To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS51416

General information about the entry

Entry name [info] MIB_HERC2
Accession [info] PS51416
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-DEC-2008 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 22-NOV-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51416
Associated ProRule [info] PRU00749

Name and characterization of the entry

Description [info] MIB/HERC2 domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=79;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=74;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.7138460; R2=0.0174579; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5193.7656250; R2=4.5053229; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=475; H_SCORE=7334; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=217; H_SCORE=6171; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-11; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='M'; M= -6,-12,-20,-14,-10,-17, -7,-13,-11,-11,-10,  2, -5,-19,  1,-12,  0, -6, -8,-27,-18, -8;
/M: SY='E'; M=-13,  3,-31,  3,  7,-28,-20,-10,-20,  6,-24,-18,  0, -4,  0, -1, -4, -9,-18,-34,-21,  4;
/M: SY='R'; M=-12,-14,-32,-21, -4,-27,-23,-10,-22, 13,-14,-15,-10, -3,  2, 27,-11,-10,-20,-30,-20, -4;
/M: SY='V'; M= -1,-18,-14,-16,-19, -7,-25,-24, 14,-20, -1,  0,-22,-23,-19,-25,-12, -6, 16,-27,-11,-17;
/M: SY='P'; M= -6,-15,-20,-15, -7,-23,-21,-15,-15, -9,-12, -5,-11, 12,  2,-12, -1,  8, -9,-29,-21, -6;
/M: SY='V'; M= -2,-26,-12,-28,-21, -8,-25,-10,  8,-19,  8,  9,-24,-22,-12,-18,-15, -7, 10,-25, -7,-18;
/M: SY='R'; M= -4, -9,-29,-14,  5,-13,-19, -6,-22, 10,-20,-15, -8,-18,  2, 16, -5,-10,-21,-23,-12,  3;
/M: SY='G'; M= -6, -2,-30, -7,-14,-27, 36,  0,-37,-15,-39,-27,  5,-20,-12,-14,  0,-17,-30,-30,-21,-14;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='I'; M=  2,-22, -8,-22,-19, -5,-22,-21, 18,-18,  8, 12,-21,-19,-15,-19,-11, -5, 18,-19,-10,-18; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='Q'; M=-10,-12,-18,-15, -5,  7,-19, -3,-11, -8, -8, -1,-10,-18,  8, -8, -5, -2,-10, -8,  1, -2; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='V'; M=  8,-19,-12,-19,-13,-20,-18,-19, -1,-11, -9, -3,-18, -5, -4,-15, -4,  5,  9,-30,-17, -8;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 60,-20,-40,-20,-40,-30,-10,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-30,-30,-20;
/M: SY='A'; M= 22,-25, -5,-25,-15,-14,-11,-22, -2,-15, -4,  6,-23,-16,-10,-13, -1, -3,  3,-27,-17,-15;
/M: SY='R'; M=-10, -7,-37,-17,  3,-30,-20, -3,-30, 29,-23,-20,  0,-17, 10, 48, -7,-10,-27,-30,-20,  3;
/M: SY='V'; M=  0,-30,-10,-30,-30,-10,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-20,-20,-30,-20,  0, 40,-30,-10,-20;
/M: SY='V'; M= -2,-27,-10,-27,-27, -9,-31,-28, 26,-21,  9,  7,-25,-21,-21,-27,-15,  6, 31,-28,-12,-21;
/M: SY='R'; M=-10,-10,-40,-20,  0,-30,-20,  0,-30, 20,-20,-20,  0,-20, 10, 60,-10,-10,-30,-30,-20,  0;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 60,-20,-40,-20,-40,-30,-10,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-30,-30,-20;
/M: SY='P'; M= -7,-23,-23,-25,-17,-22,-25,-20, -3,-10, -7, -1,-20, 12, -9,-10,-15, -7,  4,-32,-18,-13;
/M: SY='D'; M=-20, 40,-40, 60, 20,-40,-10,-10,-30,-10,-40,-30, 10,-20,  0,-20,  0,-10,-30,-50,-30, 10;
/M: SY='W'; M=-30,-40,-20,-50,-30, 10,-30,-20,-20,-30,-20,-20,-40,-40,-20,-30,-30,-30,-30,100, 20,-30;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-33, -5, 16,-30,-20, -3,-30, 32,-27,-16,  0,-11, 21, 21, -1,-10,-23,-28,-20, 17;
/M: SY='W'; M=-30,-40,-20,-50,-30, 10,-30,-20,-20,-30,-20,-20,-40,-40,-20,-30,-30,-30,-30,100, 20,-30;
/M: SY='E'; M= -7,  4,-35,  7, 18,-30, 12, -7,-34, -3,-35,-24,  2,-15,  2, -8,  1,-13,-30,-31,-24, 13;
/M: SY='E'; M= -1,  6,-26,  9, 15,-29,-12, -7,-25,  9,-29,-17,  0,-12, 13, -2,  7, -6,-20,-32,-22, 13;
/M: SY='Q'; M=-10,  0,-30,  0, 20,-30,-20, 10,-30, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-20,-20,-20, 30;
/M: SY='D'; M=-20, 40,-40, 60, 20,-40,-10,-10,-30,-10,-40,-30, 10,-20,  0,-20,  0,-10,-30,-50,-30, 10;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='G'; M=  0, -8,-25, -8,-17,-25, 50,-17,-33,-17,-33,-25, -8,-17,-17,-17,  0,-17,-25,-25,-25,-17; D=-14;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='G'; M=  6,-11,-26,-11,-19,-29, 51,-20,-36,-19,-37,-27,-11,-19,-19,-19,  1,-17,-26,-30,-29,-19;
/M: SY='E'; M=-10,  8,-36, 14, 37,-28,-20, -2,-24,  6,-27,-17,  3,-12, 14, -3, -1, -8,-23,-31,-19, 30;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 60,-20,-40,-20,-40,-30,-10,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-30,-30,-20;
/M: SY='R'; M= -7, -7,-29,-12, -7,-25,  6,  5,-30,  1,-28,-22, -1,-17, -3,  7, -2, -6,-24,-28,-15, -7;
/M: SY='V'; M= -3,-23,-16,-25,-21,-14,-28,-23, 14,-12,  3,  1,-20,-20,-14,-10,-14,  3, 19,-29,-13,-16;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-27,-10,-19,-29, 48,-20,-36,-19,-36,-27, -9,-19,-19,-19,  1,-10,-26,-30,-29,-19;
/M: SY='T'; M= -3,-11,-21,-15,-10,-23,-10,-17,-15,  3,-16,-13, -6,-15, -6,  1, -1, 11, -6,-30,-20, -8;
/M: SY='V'; M= -3,-24,-16,-23,-16,-11,-29,-24, 18,-16,  6, 14,-24,-20,-11,-24,-17, -3, 25,-28,-11,-11;
/M: SY='V'; M= -7,-18,-18,-22,-19,-14,-28,-19, 12,-12,  1, -1,-13,-22,-14, -8,-12,  0, 13,-28,-14,-16;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='E'; M=-10, 12,-28, 15, 20,-22,-12, 11,-24,  1,-27,-18, 10,-12,  8, -4,  3, -7,-24,-27,-12, 15; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='I'; M=-13,-18,-13,-23,-21,  7,-27,-15, 12,-21,  7,  3,-13,-25,-19,-19,-14, -9,  5,-14, -2,-21; D=-7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='R'; M= -7, -5,-24, -9,  4,-20,-13,  2,-20, 11,-13, -9,  0,-11, 16, 30, -5, -7,-18,-18,-13,  6; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='D'; M= -9,  3,-22,  5, -1,-20,  0,  4,-21, -8,-23,-18, -1,  4, -3,-10, -3, -9,-18,-24,-12, -2; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='W'; M= -8,-15,-13,-18,-13, -5, -1,-11,-16,-13,-18,-15,-13,-18,-10,-15, -3,-11,-18, 24, -1,-13; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='S'; M= -1,  1,-12,  3, -1,-13, -6, -8, -9, -5,-13, -1,  2,-11,  0,-10, 11,  0, -9,-21,-13, -2; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='C'; M=  3,-14,  8,-16,-13,-15,-12,-15, -5,-10,-10, -9,-13,  3,-10,-16, -1, -2, -1,-20,-13,-12; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='E'; M= 10, -2,-16,  1, 14,-20, -7, -8,-18,  1,-23,-14, -3, -9,  4, -5, 13, -1,-15,-26,-17, 11; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='S'; M=  2, -1,-13,  0,  5,-19, -9,-10,-16, -1,-20,-14,  4, -9,  0, -7, 19, 17,-13,-26,-17,  4; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='P'; M= -2,-11,-24, -9,  0,-29, -4,-14,-25, -7,-26,-22,-12, 31, -5,-13, -4, -9,-18,-30,-23, -2; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='E'; M= -9,  4,-31,  6, 10,-25, -2,  3,-27,  1,-26,-20,  1,-15,  4,  7, -3,-11,-26,-28,-16,  6; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='S'; M=  0, -5,-19, -4,  5,-19,-12, -8,-12,  2,-17,-12, -2,-12,  2,  1,  8,  0,-11,-26,-15,  4; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='W'; M= -2,-28,-11,-31,-23, -7,-23,-23,  0,-20, -8, -6,-27,-23,-17,-23,-13, -2,  4, 11, -4,-20;
/M: SY='V'; M=  7,-28, -8,-30,-23, -9,-21,-25, 10,-20, -4, -2,-28,-21,-18,-23,-12, -6, 13, -7, -8,-20;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='Q'; M= -7, -4,-18, -2, -2, -9,-15, -2,-10, -7,-14, -8, -6,-15,  3,-11, -1, -6, -6,-16,  2, -1; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='V'; M=  0,-30,-10,-30,-30,-10,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-20,-20,-30,-20,  0, 40,-30,-10,-20;
/M: SY='V'; M=  1,-17,-14,-19,-10,-17,-23,-18, -1, -4, -4, -1,-16,-16, -1, -9, -6,  2,  6,-27,-16, -7;
/M: SY='W'; M=-30,-40,-20,-50,-30, 10,-30,-20,-20,-30,-20,-20,-40,-40,-20,-30,-30,-30,-30,100, 20,-30;
/M: SY='D'; M= -2, 22,-28, 36, 11,-34, -7,-13,-24,-10,-34,-24,  1,-17, -3,-17,  3, -7,-21,-44,-27,  4;
/M: SY='N'; M=-18, 22,-31, 12,  6,-28,-13, 18,-30, -1,-35,-18, 36,-18, 11, -1,  4, -6,-28,-35,-15,  6;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 60,-20,-40,-20,-40,-30,-10,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-30,-30,-20;
/M: SY='T'; M=  5,-13, -9,-13,-12,-19,-18,-21, -5,-11,-10, -8, -6,-11,-11,-13,  8, 34,  4,-30,-19,-11;
/M: SY='R'; M= -1, -8,-24,-15, -1,-23,-16,  5,-23, 11,-22,-17, -2,-15,  3, 19, -1, -1,-18,-28,-13, -1;
/M: SY='N'; M= -5, 14,-21,  1, -3,-27,-10,  0,-23, -3,-31,-17, 35,-17, -3, -3, 10,  8,-20,-37,-20, -3;
/M: SY='N'; M=-11, -1,-20, -8, -7,-20,-19, -6,-10, -7,-13, -5, 11,-19,  3, -8,  1, -2, -9,-30,-17, -4;
/M: SY='Y'; M=-20,-30,-20,-30,-20, 30,-30, 20,-10,-20,-10,-10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-10, 20, 70,-20;
/M: SY='R'; M=-10,-10,-40,-20,  0,-30,-20,  0,-30, 20,-20,-20,  0,-20, 10, 60,-10,-10,-30,-30,-20,  0;
/M: SY='V'; M=  5,-28, 10,-30,-27,-12,-25,-27, 13,-20,  3,  9,-27,-22,-17,-27,-13, -3, 20,-27,-13,-22;
/M: SY='G'; M=  5,-10,-25,-10,-17,-28, 48,-19,-35,-17,-37,-27, -9,-18,-17,-18,  5,-15,-26,-30,-28,-17;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='Y'; M= -5,-15,-18,-20,-10,  7,-17,  9,-12, -9,-12, -9,-11,-20, -7,  0, -9,-11,-13, -7, 13,-10; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='E'; M= -8,  0,-28,  2, 20,-26,-16, -3,-24, 10,-23,-15, -3,  7, 16,  1, -2, -8,-20,-24,-18, 18; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 60,-20,-40,-20,-40,-30,-10,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-30,-30,-20;
/M: SY='A'; M= 11,-13,-14,-16, -5,-19,-12,-15,-14,  7,-17, -1, -9,-14, -1, -3,  6, -3, -7,-28,-18, -5;
/M: SY='Y'; M= -7,-16,-19,-18, -9, -1,-21, 14,-12,-10,-15, -8,-10,-20,  1,-11, -6,-11, -8,-10, 19, -6;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='D'; M=-20, 40,-40, 60, 20,-40,-10,-10,-30,-10,-40,-30, 10,-20,  0,-20,  0,-10,-30,-50,-30, 10;
/M: SY='L'; M=-20,-40,-10,-40,-30,  0,-40,-30, 20,-30, 40, 20,-40,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,-10,-30;
/M: SY='R'; M=-12,-10,-30,-16,  2,-25,-23, -6,-22, 21,-14,-10, -6,-16, 14, 26, -8,-10,-19,-27,-18,  4;
/M: SY='I'; M= -8,-33, 14,-35,-32, -7,-35,-30, 19,-27, 16,  6,-33,-27,-24,-29,-21, -7, 17,-23,-12,-30;
/M: SY='V'; M=  6,-29, -8,-29,-22, -5,-22,-19,  9,-19,  3,  3,-27,-20,-17,-20,-12, -5, 14,-20, -1,-19;
/M: SY='D'; M=-13, 20,-32, 28,  8,-33, -3, -9,-28, -8,-33,-23,  9,-17,  2,-13,  3,  0,-24,-40,-26,  4;
/M: SY='D'; M=-10,  4,-10,  5,  1,-19,-16, -4,-22, -8,-27,-20,  5,-20, -5,-15,  5, -6,-22,-26, -7, -2;
/M: SY='A'; M= 24,-11,-13, -7,  9,-23, -6,-14,-16, -4,-23,-13,-14,-10, -1, -7,  7, -3, -9,-30,-20,  6;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_11 which contains 556'196 sequence entries.


Total number of hits 24 in 15 different sequences
Number of true positive hits 24 in 15 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] MIB/HERC2
Version [info] 4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
15 sequences

HECD1_HUMAN (Q9ULT8    ), HECD1_MOUSE (Q69ZR2    ), HERC2_DROME (Q9VR91    ), 
HERC2_HUMAN (O95714    ), HERC2_MOUSE (Q4U2R1    ), HRC23_HUMAN (Q9BVR0    ), 
MIB1_DANRE  (Q804S5    ), MIB1_HUMAN  (Q86YT6    ), MIB1_MOUSE  (Q80SY4    ), 
MIB1_XENLA  (Q6GNY1    ), MIB2_CHICK  (Q5ZIJ9    ), MIB2_HUMAN  (Q96AX9    ), 
MIB2_MOUSE  (Q8R516    ), MIB2_RAT    (Q68LP1    ), MIB_DROME   (Q9VUX2    )
» more

PDB
[Detailed view]
5 PDB

2DK3; 3DKM; 4XI6; 4XI7; 4XIB

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission