PROSITE entry PS51416

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	MIB_HERC2
Accession [info]	PS51416
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2008 CREATED; 13-FEB-2019 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51416
Associated ProRule [info]	PRU00749

Name and characterization of the entry

Description [info]

MIB/HERC2 domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=79;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=74;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.7138460; R2=0.0174579; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5140.9707031; R2=4.5145631; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=475; H_SCORE=7285; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=217; H_SCORE=6121; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-11; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='M';  M= -6,-12,-20,-14,-10,-17, -7,-13,-11,-11,-10,  2, -5,-19,  1,-12,  0, -6, -8,-27,-18, -8;
/M: SY='E';  M=-13,  3,-31,  3,  7,-28,-20,-10,-20,  6,-24,-18,  0, -4,  0, -1, -4, -9,-18,-34,-21,  4;
/M: SY='R';  M=-12,-14,-32,-21, -4,-27,-23,-10,-22, 13,-14,-15,-10, -3,  2, 27,-11,-10,-20,-30,-20, -4;
/M: SY='V';  M= -1,-18,-14,-16,-19, -7,-25,-24, 14,-20, -1,  0,-22,-23,-19,-25,-12, -6, 16,-27,-11,-17;
/M: SY='P';  M= -6,-15,-20,-15, -7,-23,-21,-15,-15, -9,-12, -5,-11, 12,  2,-12, -1,  8, -9,-29,-21, -6;
/M: SY='V';  M= -2,-26,-12,-28,-21, -8,-25,-10,  8,-19,  8,  9,-24,-22,-12,-18,-15, -7, 10,-25, -7,-18;
/M: SY='R';  M= -4, -9,-29,-14,  5,-13,-19, -6,-22, 10,-20,-15, -8,-18,  2, 16, -5,-10,-21,-23,-12,  3;
/M: SY='G';  M= -6, -2,-30, -7,-14,-27, 36,  0,-37,-15,-39,-27,  5,-20,-12,-14,  0,-17,-30,-30,-21,-14;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='I';  M=  2,-22, -8,-22,-19, -5,-22,-21, 18,-18,  8, 12,-21,-19,-15,-19,-11, -5, 18,-19,-10,-18; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='Q';  M=-10,-12,-18,-15, -5,  7,-19, -3,-11, -8, -8, -1,-10,-18,  8, -8, -5, -2,-10, -8,  1, -2; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='V';  M=  8,-19,-12,-19,-13,-20,-18,-19, -1,-11, -9, -3,-18, -5, -4,-15, -4,  5,  9,-30,-17, -8;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 60,-20,-40,-20,-40,-30,-10,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-30,-30,-20;
/M: SY='A';  M= 22,-25, -5,-25,-15,-14,-11,-22, -2,-15, -4,  6,-23,-16,-10,-13, -1, -3,  3,-27,-17,-15;
/M: SY='R';  M=-10, -7,-37,-17,  3,-30,-20, -3,-30, 29,-23,-20,  0,-17, 10, 48, -7,-10,-27,-30,-20,  3;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,-10,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-20,-20,-30,-20,  0, 40,-30,-10,-20;
/M: SY='V';  M= -2,-27,-10,-27,-27, -9,-31,-28, 26,-21,  9,  7,-25,-21,-21,-27,-15,  6, 31,-28,-12,-21;
/M: SY='R';  M=-10,-10,-40,-20,  0,-30,-20,  0,-30, 20,-20,-20,  0,-20, 10, 60,-10,-10,-30,-30,-20,  0;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 60,-20,-40,-20,-40,-30,-10,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-30,-30,-20;
/M: SY='P';  M= -7,-23,-23,-25,-17,-22,-25,-20, -3,-10, -7, -1,-20, 12, -9,-10,-15, -7,  4,-32,-18,-13;
/M: SY='D';  M=-20, 40,-40, 60, 20,-40,-10,-10,-30,-10,-40,-30, 10,-20,  0,-20,  0,-10,-30,-50,-30, 10;
/M: SY='W';  M=-30,-40,-20,-50,-30, 10,-30,-20,-20,-30,-20,-20,-40,-40,-20,-30,-30,-30,-30,100, 20,-30;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-33, -5, 16,-30,-20, -3,-30, 32,-27,-16,  0,-11, 21, 21, -1,-10,-23,-28,-20, 17;
/M: SY='W';  M=-30,-40,-20,-50,-30, 10,-30,-20,-20,-30,-20,-20,-40,-40,-20,-30,-30,-30,-30,100, 20,-30;
/M: SY='E';  M= -7,  4,-35,  7, 18,-30, 12, -7,-34, -3,-35,-24,  2,-15,  2, -8,  1,-13,-30,-31,-24, 13;
/M: SY='E';  M= -1,  6,-26,  9, 15,-29,-12, -7,-25,  9,-29,-17,  0,-12, 13, -2,  7, -6,-20,-32,-22, 13;
/M: SY='Q';  M=-10,  0,-30,  0, 20,-30,-20, 10,-30, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-20,-20,-20, 30;
/M: SY='D';  M=-20, 40,-40, 60, 20,-40,-10,-10,-30,-10,-40,-30, 10,-20,  0,-20,  0,-10,-30,-50,-30, 10;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='G';  M=  0, -8,-25, -8,-17,-25, 50,-17,-33,-17,-33,-25, -8,-17,-17,-17,  0,-17,-25,-25,-25,-17; D=-14;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='G';  M=  6,-11,-26,-11,-19,-29, 51,-20,-36,-19,-37,-27,-11,-19,-19,-19,  1,-17,-26,-30,-29,-19;
/M: SY='E';  M=-10,  8,-36, 14, 37,-28,-20, -2,-24,  6,-27,-17,  3,-12, 14, -3, -1, -8,-23,-31,-19, 30;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 60,-20,-40,-20,-40,-30,-10,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-30,-30,-20;
/M: SY='R';  M= -7, -7,-29,-12, -7,-25,  6,  5,-30,  1,-28,-22, -1,-17, -3,  7, -2, -6,-24,-28,-15, -7;
/M: SY='V';  M= -3,-23,-16,-25,-21,-14,-28,-23, 14,-12,  3,  1,-20,-20,-14,-10,-14,  3, 19,-29,-13,-16;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-27,-10,-19,-29, 48,-20,-36,-19,-36,-27, -9,-19,-19,-19,  1,-10,-26,-30,-29,-19;
/M: SY='T';  M= -3,-11,-21,-15,-10,-23,-10,-17,-15,  3,-16,-13, -6,-15, -6,  1, -1, 11, -6,-30,-20, -8;
/M: SY='V';  M= -3,-24,-16,-23,-16,-11,-29,-24, 18,-16,  6, 14,-24,-20,-11,-24,-17, -3, 25,-28,-11,-11;
/M: SY='V';  M= -7,-18,-18,-22,-19,-14,-28,-19, 12,-12,  1, -1,-13,-22,-14, -8,-12,  0, 13,-28,-14,-16;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='E';  M=-10, 12,-28, 15, 20,-22,-12, 11,-24,  1,-27,-18, 10,-12,  8, -4,  3, -7,-24,-27,-12, 15; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='I';  M=-13,-18,-13,-23,-21,  7,-27,-15, 12,-21,  7,  3,-13,-25,-19,-19,-14, -9,  5,-14, -2,-21; D=-7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='R';  M= -7, -5,-24, -9,  4,-20,-13,  2,-20, 11,-13, -9,  0,-11, 16, 30, -5, -7,-18,-18,-13,  6; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='D';  M= -9,  3,-22,  5, -1,-20,  0,  4,-21, -8,-23,-18, -1,  4, -3,-10, -3, -9,-18,-24,-12, -2; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='W';  M= -8,-15,-13,-18,-13, -5, -1,-11,-16,-13,-18,-15,-13,-18,-10,-15, -3,-11,-18, 24, -1,-13; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='S';  M= -1,  1,-12,  3, -1,-13, -6, -8, -9, -5,-13, -1,  2,-11,  0,-10, 11,  0, -9,-21,-13, -2; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='C';  M=  3,-14,  8,-16,-13,-15,-12,-15, -5,-10,-10, -9,-13,  3,-10,-16, -1, -2, -1,-20,-13,-12; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='E';  M= 10, -2,-16,  1, 14,-20, -7, -8,-18,  1,-23,-14, -3, -9,  4, -5, 13, -1,-15,-26,-17, 11; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='S';  M=  2, -1,-13,  0,  5,-19, -9,-10,-16, -1,-20,-14,  4, -9,  0, -7, 19, 17,-13,-26,-17,  4; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='P';  M= -2,-11,-24, -9,  0,-29, -4,-14,-25, -7,-26,-22,-12, 31, -5,-13, -4, -9,-18,-30,-23, -2; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='E';  M= -9,  4,-31,  6, 10,-25, -2,  3,-27,  1,-26,-20,  1,-15,  4,  7, -3,-11,-26,-28,-16,  6; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='S';  M=  0, -5,-19, -4,  5,-19,-12, -8,-12,  2,-17,-12, -2,-12,  2,  1,  8,  0,-11,-26,-15,  4; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='W';  M= -2,-28,-11,-31,-23, -7,-23,-23,  0,-20, -8, -6,-27,-23,-17,-23,-13, -2,  4, 11, -4,-20;
/M: SY='V';  M=  7,-28, -8,-30,-23, -9,-21,-25, 10,-20, -4, -2,-28,-21,-18,-23,-12, -6, 13, -7, -8,-20;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='Q';  M= -7, -4,-18, -2, -2, -9,-15, -2,-10, -7,-14, -8, -6,-15,  3,-11, -1, -6, -6,-16,  2, -1; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,-10,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-20,-20,-30,-20,  0, 40,-30,-10,-20;
/M: SY='V';  M=  1,-17,-14,-19,-10,-17,-23,-18, -1, -4, -4, -1,-16,-16, -1, -9, -6,  2,  6,-27,-16, -7;
/M: SY='W';  M=-30,-40,-20,-50,-30, 10,-30,-20,-20,-30,-20,-20,-40,-40,-20,-30,-30,-30,-30,100, 20,-30;
/M: SY='D';  M= -2, 22,-28, 36, 11,-34, -7,-13,-24,-10,-34,-24,  1,-17, -3,-17,  3, -7,-21,-44,-27,  4;
/M: SY='N';  M=-18, 22,-31, 12,  6,-28,-13, 18,-30, -1,-35,-18, 36,-18, 11, -1,  4, -6,-28,-35,-15,  6;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 60,-20,-40,-20,-40,-30,-10,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-30,-30,-20;
/M: SY='T';  M=  5,-13, -9,-13,-12,-19,-18,-21, -5,-11,-10, -8, -6,-11,-11,-13,  8, 34,  4,-30,-19,-11;
/M: SY='R';  M= -1, -8,-24,-15, -1,-23,-16,  5,-23, 11,-22,-17, -2,-15,  3, 19, -1, -1,-18,-28,-13, -1;
/M: SY='N';  M= -5, 14,-21,  1, -3,-27,-10,  0,-23, -3,-31,-17, 35,-17, -3, -3, 10,  8,-20,-37,-20, -3;
/M: SY='N';  M=-11, -1,-20, -8, -7,-20,-19, -6,-10, -7,-13, -5, 11,-19,  3, -8,  1, -2, -9,-30,-17, -4;
/M: SY='Y';  M=-20,-30,-20,-30,-20, 30,-30, 20,-10,-20,-10,-10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-10, 20, 70,-20;
/M: SY='R';  M=-10,-10,-40,-20,  0,-30,-20,  0,-30, 20,-20,-20,  0,-20, 10, 60,-10,-10,-30,-30,-20,  0;
/M: SY='V';  M=  5,-28, 10,-30,-27,-12,-25,-27, 13,-20,  3,  9,-27,-22,-17,-27,-13, -3, 20,-27,-13,-22;
/M: SY='G';  M=  5,-10,-25,-10,-17,-28, 48,-19,-35,-17,-37,-27, -9,-18,-17,-18,  5,-15,-26,-30,-28,-17;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='Y';  M= -5,-15,-18,-20,-10,  7,-17,  9,-12, -9,-12, -9,-11,-20, -7,  0, -9,-11,-13, -7, 13,-10; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='E';  M= -8,  0,-28,  2, 20,-26,-16, -3,-24, 10,-23,-15, -3,  7, 16,  1, -2, -8,-20,-24,-18, 18; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 60,-20,-40,-20,-40,-30,-10,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-30,-30,-20;
/M: SY='A';  M= 11,-13,-14,-16, -5,-19,-12,-15,-14,  7,-17, -1, -9,-14, -1, -3,  6, -3, -7,-28,-18, -5;
/M: SY='Y';  M= -7,-16,-19,-18, -9, -1,-21, 14,-12,-10,-15, -8,-10,-20,  1,-11, -6,-11, -8,-10, 19, -6;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='D';  M=-20, 40,-40, 60, 20,-40,-10,-10,-30,-10,-40,-30, 10,-20,  0,-20,  0,-10,-30,-50,-30, 10;
/M: SY='L';  M=-20,-40,-10,-40,-30,  0,-40,-30, 20,-30, 40, 20,-40,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,-10,-30;
/M: SY='R';  M=-12,-10,-30,-16,  2,-25,-23, -6,-22, 21,-14,-10, -6,-16, 14, 26, -8,-10,-19,-27,-18,  4;
/M: SY='I';  M= -8,-33, 14,-35,-32, -7,-35,-30, 19,-27, 16,  6,-33,-27,-24,-29,-21, -7, 17,-23,-12,-30;
/M: SY='V';  M=  6,-29, -8,-29,-22, -5,-22,-19,  9,-19,  3,  3,-27,-20,-17,-20,-12, -5, 14,-20, -1,-19;
/M: SY='D';  M=-13, 20,-32, 28,  8,-33, -3, -9,-28, -8,-33,-23,  9,-17,  2,-13,  3,  0,-24,-40,-26,  4;
/M: SY='D';  M=-10,  4,-10,  5,  1,-19,-16, -4,-22, -8,-27,-20,  5,-20, -5,-15,  5, -6,-22,-26, -7, -2;
/M: SY='A';  M= 24,-11,-13, -7,  9,-23, -6,-14,-16, -4,-23,-13,-14,-10, -1, -7,  7, -3, -9,-30,-20,  6;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	26 in 17 different sequences
Number of true positive hits	26 in 17 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	2
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	MIB/HERC2
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

17 sequences

HECD1_CAEEL (V6CLA2), HECD1_HUMAN (Q9ULT8), HECD1_MOUSE (Q69ZR2),

HERC2_DROME (Q9VR91), HERC2_HUMAN (O95714), HERC2_MOUSE (Q4U2R1), 
HRC23_HUMAN (Q9BVR0), MIB1_DANRE  (Q804S5), MIB1_HUMAN  (Q86YT6), 
MIB1_MOUSE  (Q80SY4), MIB1_XENLA  (Q6GNY1), MIB2_CHICK  (Q5ZIJ9), 
MIB2_HUMAN  (Q96AX9), MIB2_MOUSE  (Q8R516), MIB2_RAT(Q68LP1), 
MIB_DROME   (Q9VUX2), UFD4_DROME  (Q9VL06)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

5 PDB

2DK3; 3DKM; 4XI6; 4XI7; 4XIB