Entry: PS51488

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] KBD
Accession [info] PS51488
Entry type [info] MATRIX
Date [info] APR-2010 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); APR-2010 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51488
Associated ProRule [info] PRU00821

Name and characterization of the entry

Description [info] KBD domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=53;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=48;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.6565362; R2=0.0132355; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=-657.83951; R2=22.35802; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=518; N_SCORE=8.5; H_SCORE=9202; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=366; N_SCORE=6.5; H_SCORE=7525; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-30; I=-30; B1=-300; E1=-300; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='F'; M= -8,-21,-23,-20,-13,  8,-21,-18, -3,-21,  4, -3,-17,  5,-17,-18, -8, -4, -7,-21, -6,-15;
/M: SY='P'; M= -8,-18,-29,-17,-12, -6,-23,-10,  0,-14,-12, -6,-14, 15,-10,-17, -4, -4, -8,-14,  7,-15;
/M: SY='R'; M=-20,-16,-27,-20,-10, 12,-23, -6,-20, 11,-10, -7, -6,-23, -6, 41,-13,-10,-14,-10,  3,-10;
/M: SY='H'; M= -9,  8,-22,  1,  2,-22,-16, 20,-19, -3,-19, -7, 15,-14, 14, -1,  6,  9,-20,-29, -6,  7;
/M: SY='V'; M= -2,-24,-18,-24,-25, -8,  2,-25,  5,-22,  5,  2,-20,-27,-25,-20,-11, -8, 16,-25,-14,-25;
/M: SY='S'; M= -3,-16,-18,-21,-16,  7,-19,-18,  7,-21, -6, -3, -6,-17,-15,-18,  8,  4,  5,-23, -3,-16;
/M: SY='P'; M=-15,-25,-31,-24,-14, 22,-25,-20,-11,-19,-11,-11,-20, 33,-24,-20,-15,-10,-16,-11, -2,-19;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='E'; M=-15, 10,-28, 16, 22,-12,-19, -2,-24, -1,-16,-14,  1,-11, 11, -5, -4,-10,-24,-22, -8, 18;
/M: SY='D'; M=-15, 19,-33, 34, 22,-35,-15, -6,-32, -1,-28,-25,  3, 24,  1,-11, -3,-10,-30,-35,-23, 10;
/M: SY='D'; M= -8, 25,-24, 37, 22,-31, -9, -3,-31, -1,-28,-25, 13, -8,  4, -8, 13,  0,-24,-38,-20, 13;
/M: SY='E'; M=-12, 19,-30, 31, 51,-32,-18,  0,-32,  8,-22,-22,  4, -2, 16, -2,  0,-10,-30,-32,-20, 34;
/M: SY='E'; M= -4,  7,-24, 14, 41,-27,-14, -3,-27,  4,-23,-20,  3, -3, 14, -3, 13,  0,-24,-33,-20, 27;
/M: SY='I'; M=-10,-30,-27,-37,-27,  3,-37,-27, 40,-30, 30, 20,-23,-23,-20,-27,-23,-10, 24,-20,  0,-27;
/M: SY='V'; M= 16,-24,-10,-27,-24, -6,-20,-27, 17,-17,  4,  4,-24,-24,-24,-20, -4,  0, 34,-27,-13,-24;
/M: SY='R'; M=-14,-10,-30,-10, -6,-23,  9, -6,-33, 14,-23,-13,  0,-20,  0, 41, -7,-13,-23,-20,-16, -6;
/M: SY='I'; M=  9,-24,-24,-34,-24, -6,-27,-27, 31,-24, 10, 10,-17,-17,-17,-27,-10, -7, 20,-20, -6,-24;
/M: SY='N'; M= -7, 24,-23, 10, -6,-23, 22,  0,-26, -6,-30,-20, 41,-20, -6, -6,  7, -6,-30,-34,-23, -6;
/M: SY='P'; M= -4,-14,-30, -7,  0,-27,-14,-17,-20,-10,-30,-20,-10, 58, -7,-17,  6,  0,-24,-33,-27, -7;
/M: SY='R'; M=-17, -7,-30, -7,  6,-26,-20,  3,-27, 24,-20, -7,  0,-17, 26, 51, -7,-10,-23,-20,-10, 13;
/M: SY='E'; M= -9, 12,-30, 21, 26,-32, 11, -6,-35, -2,-25,-22,  4, -9,  3, -9,  0,-13,-30,-29,-23, 14;
/M: SY='W'; M=-15,-21,-36,-23,-13, -9,-24,-19,-10,  6,-14, -7,-17,-21, -6,  9,-22,-16,-12, 35,  5,-10;
/M: SY='W'; M= -9,-26,-32,-28,-25, -5,  2,-25,  0,-25,  2, -1,-20,-24,-20,-23,-20,-17, -6, 15, -3,-23;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='I'; M= -4,-18,-21,-25,-18, -6,-22,-16, 20,-18,  4, 17,-10,-17, -8,-18, -1,  0, 12,-26, -6,-15;
/M: SY='R'; M=-11, -5,-21,-10, -5,-15,-20, -9,-21, 11,-15,-10,  0,-15,  1, 33,  4, 18,-11,-25,-10, -5;
/M: SY='G'; M= -4,-10,-30,-10,-16,-28, 51,-16,-38, -9,-28,-18,  0,-20,-14, -1, -2,-18,-28,-20,-26,-16;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='E'; M=  3,  6,-26, 11, 45,-28,-16, -4,-26,  6,-18,-18, -2, -2, 14, -4,  2, -8,-24,-28,-20, 29;
/M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='H'; M=-20, -7,-30, -7, -4,-10,-22, 51,-24,  3,-16, -3,  1,-22,  6, 20,-12,-15,-23,-14, 23, -4;
/M: SY='A'; M= 24, -9,-16,-11, -5,-22, -4,-17,-15,-10,-21,-15, -6, 11, -7,-17, 15,  4,-10,-29,-22, -7;
/M: SY='G'; M=  3,  0,-28,  5, -4,-30, 15,-16,-29,-11,-26,-20, -3, 13,-11,-18, -1,-11,-24,-27,-26, -9;
/M: SY='V'; M= -5,-25,-22,-24,-18,-10,-25,-20, 12,-15, -1, 11,-25, 11,-17,-18,-12, -5, 16,-28,-14,-19;
/M: SY='P'; M=-15,-22,-40,-16, -6,-19,-20,-17,-23, -2,-25,-17,-19, 36, -7,  3,-16,-14,-27, 11,-12,-10;
/M: SY='P'; M= -9,  1,-33,  9,  1,-32,  5,-14,-31,  2,-30,-20, -2, 20, -6, -7, -5,-13,-28,-27,-24, -4;
/M: SY='K'; M=-10,  2,-31,  1,  5,-28,-16, -9,-25, 20,-30,-15,  6, 20,  1,  8, -6, -8,-25,-28,-19,  1;
/M: SY='P'; M=-17, -7,-31, -2, -7,  6,-23, -5,-15,-12,-14,-13,-11, 13,-14,-15,-13,-10,-19, -8, 13,-12;
/M: SY='L'; M=-10,-27,-27,-27,-17, -2,-29,-22, 16,-25, 23, 10,-25,  3,-17,-22,-23,-10,  4,-23, -8,-19;
/I:         I=-7; MD=-25;
/M: SY='D'; M= -9, 15,-20, 22, 22,-25,-11,  2,-21,  4,-16,-12,  5, -5, 17, -1,  0, -7,-20,-21,-12, 19; D=-7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='E'; M= -9, -4,-22,  1, 15,-18,-14, -4,-18,  7,-16,-11, -4, 14,  5, 11, -4, -7,-18,-18,-14,  8; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-25;
/M: SY='D'; M=  5, 22,-24, 31, 19,-32, -9, -6,-28, -1,-22,-22,  6, -8,  1,-11,  3, -7,-20,-32,-20, 10;
/M: SY='D'; M=  1,  9,-22, 15, -1,-19,-14,-12,-13,-12,  1, -9, -4,-16, -9,-16, -7, -7, -9,-28,-14, -5;
/M: SY='S'; M=  0, 13,-15, 16,  3,-23, -7,-10,-23, -7,-26,-20, 10,-10, -2,-10, 25, 19,-13,-38,-18,  0;
/M: SY='D'; M= -6, 21,-18, 26,  5,-25,-11, -9,-25, -6,-24,-21, 11,-10, -3,-10, 17, 17,-15,-37,-17,  1;
/M: SY='C'; M=  4, -6, 32,-10,-10,-20,-10,-16,-23,-16,-27,-20,  0,-20,-10,-16, 24, 10,-10,-43,-23,-10;
/M: SY='Y'; M= -7,-19,-19,-19,-19, 10,-24, -2,  5,-13, -3, -1,-17,-26,-14,-13, -4,  0,  9, -4, 30,-19;
/M: SY='V'; M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='R'; M=-16,-10,-32, -8,  4,-26,-20, -2,-26, 17,-22,-10, -4,  6, 16, 38, -8,-10,-24,-22,-14,  6;
/M: SY='F'; M=-18,-30,-22,-40,-30, 63,-32,-22, 10,-30, 12,  4,-20,-28,-36,-22,-20,-10,  6,  4, 24,-30;
/M: SY='A'; M= 33, -6,-10,-12, -6,-20,  0,-16,-14,-10,-18,-14, -2,-10, -6,-16, 23,  8, -4,-28,-20, -6;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='N'; M= -4,  6,-22, -2, -4,-24,  7, -7,-22, -6,-21,-13, 12,-15,  5, -6,  8,  9,-20,-27,-17,  0;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_09 which contains 546'439 sequence entries.


Total number of hits 11 in 11 different sequences
Number of true positive hits 11 in 11 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] KBD
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
11 sequences

SPRE1_HUMAN (Q7Z699), SPRE1_MOUSE (Q924S8), SPRE1_XENTR (Q66JG9), 
SPRE2_DANRE (Q6NYK3), SPRE2_HUMAN (Q7Z698), SPRE2_MOUSE (Q924S7), 
SPRE2_PONAB (Q5RDN2), SPRE2_RAT   (Q3C2P8), SPRE2_XENTR (Q5Y171), 
SPRE3_HUMAN (Q2MJR0), SPRE3_MOUSE (Q6P6N5)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission