Entry: PS51499

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] APO
Accession [info] PS51499
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JUN-2010 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2010 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51499
Associated ProRule [info] PRU00832

Name and characterization of the entry

Description [info] APO domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=86;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=81;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=4.2079463; R2=0.0182582; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=6141.68807; R2=30.23853; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=236; N_SCORE=8.5; H_SCORE=11585; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=126; N_SCORE=6.5; H_SCORE=9952; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-25; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='T'; M=  3,-13,-31, -7, -8,-51,-13,-31,-12,-23,-36,-18,-10,-17,-22,-23,  3,  7,-14,-32,-49,-16;
/M: SY='C'; M=-36,-59, 67,-73,-71,-81,-55,-46,-39,-81,-86,-75,-52,-47,-76,-49,-11,-39,  0,  0,-25,-72;
/M:         M=-16,-14,-62,-18,-15,-60, -6,-32,-37, -8,-49,-17,-11,-28,-17,-13, -6,-18,-17,-20,-66, -8;
/M:         M=-37,-41,-42,-45,-43, -5,-45,-25,-20,-36,-29,-28,-29,-53,-49,-25,-24,-27,-32,-13, -1,-49;
/M: SY='C'; M=-35,-66, 79,-79,-79,-75,-52,-49,-31,-85,-79,-69,-57,-47,-84,-50,-13,-36,  0,  0,-24,-84;
/M: SY='S'; M= -2,-12,-16,-22,-29,-55, -8,-28,-43,-33,-55,-44, -6,  2,-33,-24, 18, -2,-24,-37,-49,-27;
/M: SY='E'; M=-11, 18,-90, 36, 56,-89,-22,-16,-31,-19,-57,-38, -1,-28, 25,-36,-21,-30, -4, -8,-61, 50;
/M: SY='I'; M= -7,-43,-15,-13,-11,-31,-15,-41, 31,-49,  9, 11,-40,-33,-39,-48,-34,-14,  3,-12,-47,-40;
/M: SY='H'; M=-32, -1,-57, -8,-14,-41,-34, 54,-50,-28,-42,-45, 12,-20, 20, -8,-26,-36,-35,-41,-28, 12;
/M: SY='I'; M= -9,-39,-14,-14,-11,-35,-20,-37, 30,-39, -4,  6,-35,-33,-35,-31,-29,-13,  0,-16,-49,-36;
/M: SY='G'; M=  5,-10,-57,-10,-19,-59, 52,-49,-55,-40,-66,-47,-10,-26,-37,-57,  1,-16,  0,-10,-76,-19;
/M: SY='P'; M=-11,-19,-60,-25,-19,-52,-35, -4,-36,-37,-28,-37,-16, 16, -4,-25,-15,-25,-21,-59,-54, -7;
/M:         M=-15,-27,-30,-17,-18,-44,-10,-33,-25,-29,-34,-24,-22,-25,-36,-30,-12,-16,-20,-18,-42,-33;
/M: SY='G'; M=  5,-12,-56,-13,-20,-60, 42,-45,-54,-40,-63,-47,-12,-15,-34,-53,  1,-16, -3,-20,-76,-19;
/M: SY='H'; M=-37,  0,-55, -9,-15,-36,-49, 72,-49,-27,-39,-46, 16,-19, 26,  0,-30,-39,-40,-45,-18, 15;
/M: SY='Z'; M=-22, -1,-78, -1,  8,-80,-33,-13,-35,  7,-50,-26, -3,-19,  9, -1,-15,-22,-30,-38,-62, 15;
/M: SY='I'; M=-14,-44,-23,-40,-35,-20,-37,-44, 21,-49,-12, -2,-36,-41,-45,-40,-26,-16,  6,-45,-32,-45;
/M: SY='R'; M=-31,-18,-66,-30,-22,-69,-37, -7,-38, 13,-48,-20,-13,-23,  8, 31,-15,-25,-42,-28,-70,  1;
/M: SY='S'; M=-11,-11,-35,-20,-28,-48,-26,-29,-22,-23,-37,-18, -4,-29,-30,-29,  4,  2,-13,-42,-42,-27;
/M: SY='C'; M=-30,-62, 73,-80,-80,-76,-52,-49,-37,-84,-84,-74,-54,-44,-81,-49, -7,-34,  0,-10,-24,-80;
/M:         M=-21, -7,-59,-17,-19,-51,-21, -4,-39,-12,-48,-34, -1,-30, -8,-14,-12,-17,-32,-38,-41, -7;
/M: SY='G'; M=  9,-20,-39,-11,-14,-54, 20,-41,-27,-43,-42,-30,-20,-11,-32,-48, -5,-11, -4,-29,-66,-23;
/M: SY='F'; M=-20,-41,-52,-55,-51,  7,-46,-30,-10,-56,-22,-30,-31,-28,-48,-45,-20,-21,-24,-54, -3,-47;
/M: SY='K'; M=-18, -4,-68,-11,-18,-70, -1,-31,-45, 13,-56,-23,  3,-31,-22,-12, -3, -8,-31,-41,-61,-13;
/M: SY='H'; M=-21,-14,-41,-26,-33,-23,-34, 10,-34,-28,-39,-34,  1,-21,-16, -7, -3,-13,-35,-34,-21,-18;
/M: SY='Q'; M=-15, -3,-78, -3, 12,-69,-25, -5,-35,-14,-35,-15,-10,-18, 33,-14,-19,-23,-24,-55,-66, 28;
/M:         M=-20,-23,-63,-23,-15,-51,-24,-26,-23,-14,-29, -7,-19,-31, -6,-10,-19,-22,-14,-44,-59,-10;
/M: SY='R'; M=-42,-26,-48,-31,-28,-56,-44, -7,-38,  9,-47,-27,-14,-33,-13, 45,-12,-31,-42,  5,-57,-20;
/M: SY='B'; M=-19, 18,-73, 14,  1,-74,-24, -9,-34,  8,-56,-34, 18,-33, -7,-10, -5, -9,-27,-33,-57,  1;
/M: SY='G'; M=  2, -5,-60, -3, -6,-63, 29,-36,-49,-33,-60,-42, -7,-22,-19,-44, -1,-15, -7,-19,-70, -4;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='Q'; M=-21,-12,-67,-18,-12,-56,-36, -3,-30, -3,-25,-16, -9,-12, 13, -6,-19,-16,-30,-61,-49,  4; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='H'; M=-40,  0,-50,-10,-20,-30,-50, 80,-50,-30,-40,-50, 20,-20, 20,  0,-30,-40,-40,-40,-10, 10;
/M:         M= -2,-13,-56,-12,-10,-59,-13,-36,-23, -8,-37, -8,-11,-23,-18,-22, -6, -5,-14,-50,-56,-11;
/M: SY='W'; M=-80,-70,  0,  0,  0,-20,  0,-40,-80,-70,-30,-70,-50,-90,-80,  0,-30,-80,  0,130,-20,-90;
/M: SY='Q'; M=-17, -6,-66, -7, -5,-67,-22, -8,-30, -3,-39,-20, -5,-23, 11, -7,-14,-13,-31,-51,-60,  6;
/M: SY='E'; M=-17,  3,-73,  5, 12,-71,-31,-18,-23, -7,-47,-29, -2,-23, -1,-16,-16,-20,-16,-33,-57, 11;
/M: SY='G'; M= 21, -9,-45,-10,-15,-53, 25,-43,-39,-38,-53,-38, -8,-12,-29,-45,  9, -1, -3,-42,-61,-15;
/M: SY='T'; M= -2,-12,-28,-10,-18,-58, -1,-38,-24,-34,-50,-34,-10,-28,-36,-43,  2,  3, -6,-25,-52,-28;
/M: SY='I'; M=-10,-43,-23,-18,-14,-30,-19,-42, 30,-43, 10, 20,-40,-35,-37,-45,-33,-14,  4,-19,-48,-39;
/M: SY='D'; M=-13, 37,-80, 43, 30,-76,-16,  3,-37,-17,-61,-51, 27,-34,  4,-37,-10,-20,-12,-14,-54, 21;
/M: SY='D'; M=-10, 49,-87, 57, 35,-85,-10, -7,-39,-18,-68,-58, 32,-39, -1,-47, -8,-18, -5, -6,-65, 18;
/M: SY='I'; M=-19,-48,-42,-34,-28,-19,-36,-41, 26,-49, 26, 14,-43,-36,-36,-48,-39,-23,  3,-21,-44,-40;
/M: SY='I'; M=-19,-46,-41,-35,-29,-14,-41,-43, 36,-47, 22, 13,-40,-40,-37,-44,-40,-20, 10,-35,-40,-40;
/M: SY='P'; M=-12,-37,-42,-38,-31,-41,-34,-25,-15,-39,-24,-25,-33, 13,-24,-19,-15,-21,-21,-53,-56,-30;
/M: SY='P'; M= -9,-37,-57,-48,-39,-48,-37,-23,-38,-46,-25,-39,-34, 44,-19,-27, -9,-25,-28,-77,-64,-28;
/M: SY='I'; M=-13,-21,-42,-11,-14,-44,-23,-26,  3,-23,-14, -6,-16,-25,-26,-29,-21,-12,-15,-39,-47,-26;
/M: SY='E'; M=-27, -6,-63, -6,  4,-43,-44, -8,-20,-25,-42,-35, -7,-42, -9,-33,-28,-29,-16,-28,-19,  4;
/M: SY='A'; M=  3,-27,  1,-13,-16,-45, -6,-38, -4,-43,-28,-15,-23,-19,-40,-36, -2, -1,-10,-17,-44,-35;
/M: SY='W'; M=-65,-64,-29,-42,-40, 23,-35,-31,-45,-74,-23,-52,-46,-82,-78,-33,-35,-63,-22, 53, 21,-81;
/M: SY='H'; M=-40,  0,-50,-10,-20,-30,-50, 80,-50,-30,-40,-50, 20,-20, 20,  0,-30,-40,-40,-40,-10, 10;
/M: SY='L'; M=-21,-39,-59,-29,-20,-33,-38,-26,  5,-40, 17,  7,-37,-29, -9,-38,-38,-27,-10,-32,-51,-18;
/M:         M=-36,-35,-54,-51,-42,-16,-56,-13,-27,-30,-38,-34,-27,-32,-30, -8,-22,-35,-40,-20,-15,-29;
/M: SY='D'; M= -2, 30,-75, 34, 20,-78,-12,-12,-38,-23,-60,-53, 19,-18, -5,-41, -4,-14, -8,-28,-65,  8;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='P'; M=-13,-22,-45,-28,-27,-56,-24,-10,-35,-24,-42,-35,-16,  7,-12, -7, -7,-17,-27,-43,-61,-17;
/M:         M=-25,-32,-78,-39,-41,-13,-27,-36,-16,-49, -6,-18,-26,-43,-38,-53,-26,-28, -9,-21,-37,-35;
/M: SY='G'; M= -1,-16,-53,-13,-13,-62, 11,-34,-36,-29,-45,-31,-16,-11,-19,-36, -8,-15,-13,-38,-69,-13;
/M: SY='P'; M=-19,-13,-55,-14,-15,-65,-26,-14,-46,-18,-46,-43,-10,  6,-15, -7, -6,-23,-30,-40,-62,-18;
/M:         M= -8,-21,-48,-21,-15,-61,-17,-24,-29,-22,-44,-29,-20, -4,-14, -8, -8,-19,-21,-27,-67,-11;
/M: SY='L'; M=-24,-50,-52,-42,-35,-12,-46,-42, 28,-48, 31, 15,-43,-39,-35,-46,-42,-25,  6,-31,-41,-40;
/M:         M=-12,-15,-52,-16,-13,-63,-19,-22,-28, -4,-41,-17,-12,-20, -7, -3, -9,-11,-28,-40,-60, -7;
/M: SY='H'; M=-28,  8,-54, -1,-12,-46,-37, 40,-42,-17,-48,-44, 18,-23,  7,  0,-14,-26,-35,-29,-32,  5;
/M: SY='D'; M=  1, 23,-62, 27, 20,-69, -9,-17,-34,-21,-57,-42, 15,-22, -6,-34,  4, -7,-11,-24,-54, 11;
/M: SY='Z'; M=-18,-17,-81,-16, -6,-49,-28,-29,-19,-31,-14,-16,-20,-30, -6,-41,-25,-24, -5,-27,-55,  1;
/M: SY='R'; M=-40,-32,-61,-49,-40,-55,-59,-10,-25, 15,-33,-11,-22,-26, -6, 46,-17,-29,-42,-13,-64,-15;
/M:         M=-32,-27,-63,-37,-39, -2,-46,-13,-11,-43,-26,-27,-17,-44,-34,-24,-23,-30,-25,-25,-16,-33;
/M:         M=-25, -7,-55,-18,-19,-33,-38,-15,-35,-22,-46,-38, -5,-42,-24,-32,-14,-19,-34,-32,-12,-17;
/M: SY='Y'; M=-41,-48,-21,-44,-39, 15,-47,-27,-12,-61,-21,-36,-37,-67,-63,-50,-36,-38,-23,  1, 27,-61;
/M:         M= -8,-11,-68,-13,-16,-60, -1,-31,-42,-37,-41,-42,-13, -4,-21,-44,-10,-23, -9,-31,-72,-14;
/M: SY='R'; M=-32,-19,-56,-34,-32,-60,-49, -1,-32, 16,-47,-20, -7,-24, -4, 35,-10,-15,-43,-31,-55,-10;
/M: SY='I'; M=  1,-28,-33,-23,-19,-34,-28,-37, 16,-33,-18, -8,-24,-25,-27,-22,-17, -6,  2,-52,-47,-25;
/M: SY='P'; M=  2,-25,-44,-35,-28,-65,-25,-22,-48,-37,-42,-47,-24, 59,-13,-18,  6,-14,-30,-81,-74,-20;
/M: SY='A'; M= 28,-13,-42,-16,-15,-52, -9,-34,-22,-31,-42,-28,-12, -3,-17,-23,  7,  4, -8,-68,-53,-10;
/M: SY='I'; M= -9,-35,-27,-19,-16,-25,-18,-46, 34,-44, -6,  1,-31,-39,-40,-43,-30,-12, 13,-36,-46,-37;
/M: SY='M'; M=-14,-22,-45,-12,-17,-33,-23,-24,  6,-30,  0,  7,-16,-34,-27,-38,-22,-14,-11,-29,-43,-27;
/M: SY='E'; M=-12, 17,-90, 34, 54,-88,-23,-14,-32,-18,-55,-37, -2,-27, 28,-34,-22,-30, -6,-12,-62, 50;
/M: SY='L'; M=-46,-61,-77,-60,-52, -3,-60,-40, -3,-53, 47,  7,-50,-47,-37,-43,-47,-46,  0, -8,-37,-47;
/M: SY='C'; M=-40,-63, 50,-83,-78,-53,-62,-44,-31,-73,-67,-53,-53,-55,-77,-49,-17,-37, -6,-13, -9,-77;
/M: SY='I'; M=-18,-39,-35,-28,-23,-17,-40,-31, 35,-44,  9,  5,-31,-39,-32,-37,-37,-18,  8,-41,-36,-35;
/M: SY='Q'; M=-28,-10,-79,-17, -2,-76,-46,  7,-37,  8,-38,-17,-11,-17, 39, 22,-23,-27,-44,-56,-69, 25;
/M: SY='A'; M= 11,-11,-53,-15,-22,-34,  3,-32,-27,-41,-42,-34, -7,-21,-31,-44,  1, -6,-12,-50,-41,-20;
/M: SY='G'; M= -4,-16,-57,-18,-26,-49, 33,-46,-47,-38,-49,-37,-13,-27,-37,-51, -1,-17, -5, -9,-68,-23;
/M: SY='A'; M=  7,-29,-25,-17,-19,-26, -8,-37,  0,-48,-20,-12,-25,-22,-38,-42, -9, -5,-10,-32,-36,-34;
/M: SY='B'; M=-14, 13,-74, 13,  7,-52,-22, -9,-31,-27,-48,-42,  9,-24, -9,-36,-10,-21,-24,-35,-40,  5;
/M: SY='I'; M=-18,-45,-39,-34,-27,-13,-43,-45, 44,-45, 18, 12,-38,-41,-38,-41,-39,-17, 14,-43,-39,-40;
/M: SY='P'; M= -6,-24,-52,-33,-30,-46,-28,-22,-41,-42,-39,-44,-21, 29,-22,-27, -1,-18,-29,-63,-56,-25;
/M: SY='E'; M=-12,  1,-57,  6, 15,-82,-26,-23,-33,-25,-59,-41, -8,-29, -2,-33,-15,-23, -9,-25,-55, 12;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_07 which contains 546'000 sequence entries.


Total number of hits 8 in 4 different sequences
Number of true positive hits 8 in 4 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] APO
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
4 sequences

APO1_ARATH  (Q9XIR4), APO2_ARATH  (Q8W4A5), APO3_ARATH  (Q9FH50), 
APO4_ARATH  (Q9LSZ0)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission