To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS51499

General information about the entry

Entry name [info] APO
Accession [info] PS51499
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-JUN-2010 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 22-NOV-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51499
Associated ProRule [info] PRU00832

Name and characterization of the entry

Description [info] APO domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=86;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=81;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=4.2079463; R2=0.0182582; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3921.7895508; R2=1.2105263; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.1%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=236; H_SCORE=4207; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=126; H_SCORE=4074; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-25; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='T'; M=  3,-13,-31, -7, -8,-51,-13,-31,-12,-23,-36,-18,-10,-17,-22,-23,  3,  7,-14,-32,-49,-16;
/M: SY='C'; M=-36,-59, 67,-73,-71,-81,-55,-46,-39,-81,-86,-75,-52,-47,-76,-49,-11,-39,  0,  0,-25,-72;
/M:         M=-16,-14,-62,-18,-15,-60, -6,-32,-37, -8,-49,-17,-11,-28,-17,-13, -6,-18,-17,-20,-66, -8;
/M:         M=-37,-41,-42,-45,-43, -5,-45,-25,-20,-36,-29,-28,-29,-53,-49,-25,-24,-27,-32,-13, -1,-49;
/M: SY='C'; M=-35,-66, 79,-79,-79,-75,-52,-49,-31,-85,-79,-69,-57,-47,-84,-50,-13,-36,  0,  0,-24,-84;
/M: SY='S'; M= -2,-12,-16,-22,-29,-55, -8,-28,-43,-33,-55,-44, -6,  2,-33,-24, 18, -2,-24,-37,-49,-27;
/M: SY='E'; M=-11, 18,-90, 36, 56,-89,-22,-16,-31,-19,-57,-38, -1,-28, 25,-36,-21,-30, -4, -8,-61, 50;
/M: SY='I'; M= -7,-43,-15,-13,-11,-31,-15,-41, 31,-49,  9, 11,-40,-33,-39,-48,-34,-14,  3,-12,-47,-40;
/M: SY='H'; M=-32, -1,-57, -8,-14,-41,-34, 54,-50,-28,-42,-45, 12,-20, 20, -8,-26,-36,-35,-41,-28, 12;
/M: SY='I'; M= -9,-39,-14,-14,-11,-35,-20,-37, 30,-39, -4,  6,-35,-33,-35,-31,-29,-13,  0,-16,-49,-36;
/M: SY='G'; M=  5,-10,-57,-10,-19,-59, 52,-49,-55,-40,-66,-47,-10,-26,-37,-57,  1,-16,  0,-10,-76,-19;
/M: SY='P'; M=-11,-19,-60,-25,-19,-52,-35, -4,-36,-37,-28,-37,-16, 16, -4,-25,-15,-25,-21,-59,-54, -7;
/M:         M=-15,-27,-30,-17,-18,-44,-10,-33,-25,-29,-34,-24,-22,-25,-36,-30,-12,-16,-20,-18,-42,-33;
/M: SY='G'; M=  5,-12,-56,-13,-20,-60, 42,-45,-54,-40,-63,-47,-12,-15,-34,-53,  1,-16, -3,-20,-76,-19;
/M: SY='H'; M=-37,  0,-55, -9,-15,-36,-49, 72,-49,-27,-39,-46, 16,-19, 26,  0,-30,-39,-40,-45,-18, 15;
/M: SY='Z'; M=-22, -1,-78, -1,  8,-80,-33,-13,-35,  7,-50,-26, -3,-19,  9, -1,-15,-22,-30,-38,-62, 15;
/M: SY='I'; M=-14,-44,-23,-40,-35,-20,-37,-44, 21,-49,-12, -2,-36,-41,-45,-40,-26,-16,  6,-45,-32,-45;
/M: SY='R'; M=-31,-18,-66,-30,-22,-69,-37, -7,-38, 13,-48,-20,-13,-23,  8, 31,-15,-25,-42,-28,-70,  1;
/M: SY='S'; M=-11,-11,-35,-20,-28,-48,-26,-29,-22,-23,-37,-18, -4,-29,-30,-29,  4,  2,-13,-42,-42,-27;
/M: SY='C'; M=-30,-62, 73,-80,-80,-76,-52,-49,-37,-84,-84,-74,-54,-44,-81,-49, -7,-34,  0,-10,-24,-80;
/M:         M=-21, -7,-59,-17,-19,-51,-21, -4,-39,-12,-48,-34, -1,-30, -8,-14,-12,-17,-32,-38,-41, -7;
/M: SY='G'; M=  9,-20,-39,-11,-14,-54, 20,-41,-27,-43,-42,-30,-20,-11,-32,-48, -5,-11, -4,-29,-66,-23;
/M: SY='F'; M=-20,-41,-52,-55,-51,  7,-46,-30,-10,-56,-22,-30,-31,-28,-48,-45,-20,-21,-24,-54, -3,-47;
/M: SY='K'; M=-18, -4,-68,-11,-18,-70, -1,-31,-45, 13,-56,-23,  3,-31,-22,-12, -3, -8,-31,-41,-61,-13;
/M: SY='H'; M=-21,-14,-41,-26,-33,-23,-34, 10,-34,-28,-39,-34,  1,-21,-16, -7, -3,-13,-35,-34,-21,-18;
/M: SY='Q'; M=-15, -3,-78, -3, 12,-69,-25, -5,-35,-14,-35,-15,-10,-18, 33,-14,-19,-23,-24,-55,-66, 28;
/M:         M=-20,-23,-63,-23,-15,-51,-24,-26,-23,-14,-29, -7,-19,-31, -6,-10,-19,-22,-14,-44,-59,-10;
/M: SY='R'; M=-42,-26,-48,-31,-28,-56,-44, -7,-38,  9,-47,-27,-14,-33,-13, 45,-12,-31,-42,  5,-57,-20;
/M: SY='B'; M=-19, 18,-73, 14,  1,-74,-24, -9,-34,  8,-56,-34, 18,-33, -7,-10, -5, -9,-27,-33,-57,  1;
/M: SY='G'; M=  2, -5,-60, -3, -6,-63, 29,-36,-49,-33,-60,-42, -7,-22,-19,-44, -1,-15, -7,-19,-70, -4;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='Q'; M=-21,-12,-67,-18,-12,-56,-36, -3,-30, -3,-25,-16, -9,-12, 13, -6,-19,-16,-30,-61,-49,  4; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='H'; M=-40,  0,-50,-10,-20,-30,-50, 80,-50,-30,-40,-50, 20,-20, 20,  0,-30,-40,-40,-40,-10, 10;
/M:         M= -2,-13,-56,-12,-10,-59,-13,-36,-23, -8,-37, -8,-11,-23,-18,-22, -6, -5,-14,-50,-56,-11;
/M: SY='W'; M=-80,-70,  0,  0,  0,-20,  0,-40,-80,-70,-30,-70,-50,-90,-80,  0,-30,-80,  0,130,-20,-90;
/M: SY='Q'; M=-17, -6,-66, -7, -5,-67,-22, -8,-30, -3,-39,-20, -5,-23, 11, -7,-14,-13,-31,-51,-60,  6;
/M: SY='E'; M=-17,  3,-73,  5, 12,-71,-31,-18,-23, -7,-47,-29, -2,-23, -1,-16,-16,-20,-16,-33,-57, 11;
/M: SY='G'; M= 21, -9,-45,-10,-15,-53, 25,-43,-39,-38,-53,-38, -8,-12,-29,-45,  9, -1, -3,-42,-61,-15;
/M: SY='T'; M= -2,-12,-28,-10,-18,-58, -1,-38,-24,-34,-50,-34,-10,-28,-36,-43,  2,  3, -6,-25,-52,-28;
/M: SY='I'; M=-10,-43,-23,-18,-14,-30,-19,-42, 30,-43, 10, 20,-40,-35,-37,-45,-33,-14,  4,-19,-48,-39;
/M: SY='D'; M=-13, 37,-80, 43, 30,-76,-16,  3,-37,-17,-61,-51, 27,-34,  4,-37,-10,-20,-12,-14,-54, 21;
/M: SY='D'; M=-10, 49,-87, 57, 35,-85,-10, -7,-39,-18,-68,-58, 32,-39, -1,-47, -8,-18, -5, -6,-65, 18;
/M: SY='I'; M=-19,-48,-42,-34,-28,-19,-36,-41, 26,-49, 26, 14,-43,-36,-36,-48,-39,-23,  3,-21,-44,-40;
/M: SY='I'; M=-19,-46,-41,-35,-29,-14,-41,-43, 36,-47, 22, 13,-40,-40,-37,-44,-40,-20, 10,-35,-40,-40;
/M: SY='P'; M=-12,-37,-42,-38,-31,-41,-34,-25,-15,-39,-24,-25,-33, 13,-24,-19,-15,-21,-21,-53,-56,-30;
/M: SY='P'; M= -9,-37,-57,-48,-39,-48,-37,-23,-38,-46,-25,-39,-34, 44,-19,-27, -9,-25,-28,-77,-64,-28;
/M: SY='I'; M=-13,-21,-42,-11,-14,-44,-23,-26,  3,-23,-14, -6,-16,-25,-26,-29,-21,-12,-15,-39,-47,-26;
/M: SY='E'; M=-27, -6,-63, -6,  4,-43,-44, -8,-20,-25,-42,-35, -7,-42, -9,-33,-28,-29,-16,-28,-19,  4;
/M: SY='A'; M=  3,-27,  1,-13,-16,-45, -6,-38, -4,-43,-28,-15,-23,-19,-40,-36, -2, -1,-10,-17,-44,-35;
/M: SY='W'; M=-65,-64,-29,-42,-40, 23,-35,-31,-45,-74,-23,-52,-46,-82,-78,-33,-35,-63,-22, 53, 21,-81;
/M: SY='H'; M=-40,  0,-50,-10,-20,-30,-50, 80,-50,-30,-40,-50, 20,-20, 20,  0,-30,-40,-40,-40,-10, 10;
/M: SY='L'; M=-21,-39,-59,-29,-20,-33,-38,-26,  5,-40, 17,  7,-37,-29, -9,-38,-38,-27,-10,-32,-51,-18;
/M:         M=-36,-35,-54,-51,-42,-16,-56,-13,-27,-30,-38,-34,-27,-32,-30, -8,-22,-35,-40,-20,-15,-29;
/M: SY='D'; M= -2, 30,-75, 34, 20,-78,-12,-12,-38,-23,-60,-53, 19,-18, -5,-41, -4,-14, -8,-28,-65,  8;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='P'; M=-13,-22,-45,-28,-27,-56,-24,-10,-35,-24,-42,-35,-16,  7,-12, -7, -7,-17,-27,-43,-61,-17;
/M:         M=-25,-32,-78,-39,-41,-13,-27,-36,-16,-49, -6,-18,-26,-43,-38,-53,-26,-28, -9,-21,-37,-35;
/M: SY='G'; M= -1,-16,-53,-13,-13,-62, 11,-34,-36,-29,-45,-31,-16,-11,-19,-36, -8,-15,-13,-38,-69,-13;
/M: SY='P'; M=-19,-13,-55,-14,-15,-65,-26,-14,-46,-18,-46,-43,-10,  6,-15, -7, -6,-23,-30,-40,-62,-18;
/M:         M= -8,-21,-48,-21,-15,-61,-17,-24,-29,-22,-44,-29,-20, -4,-14, -8, -8,-19,-21,-27,-67,-11;
/M: SY='L'; M=-24,-50,-52,-42,-35,-12,-46,-42, 28,-48, 31, 15,-43,-39,-35,-46,-42,-25,  6,-31,-41,-40;
/M:         M=-12,-15,-52,-16,-13,-63,-19,-22,-28, -4,-41,-17,-12,-20, -7, -3, -9,-11,-28,-40,-60, -7;
/M: SY='H'; M=-28,  8,-54, -1,-12,-46,-37, 40,-42,-17,-48,-44, 18,-23,  7,  0,-14,-26,-35,-29,-32,  5;
/M: SY='D'; M=  1, 23,-62, 27, 20,-69, -9,-17,-34,-21,-57,-42, 15,-22, -6,-34,  4, -7,-11,-24,-54, 11;
/M: SY='Z'; M=-18,-17,-81,-16, -6,-49,-28,-29,-19,-31,-14,-16,-20,-30, -6,-41,-25,-24, -5,-27,-55,  1;
/M: SY='R'; M=-40,-32,-61,-49,-40,-55,-59,-10,-25, 15,-33,-11,-22,-26, -6, 46,-17,-29,-42,-13,-64,-15;
/M:         M=-32,-27,-63,-37,-39, -2,-46,-13,-11,-43,-26,-27,-17,-44,-34,-24,-23,-30,-25,-25,-16,-33;
/M:         M=-25, -7,-55,-18,-19,-33,-38,-15,-35,-22,-46,-38, -5,-42,-24,-32,-14,-19,-34,-32,-12,-17;
/M: SY='Y'; M=-41,-48,-21,-44,-39, 15,-47,-27,-12,-61,-21,-36,-37,-67,-63,-50,-36,-38,-23,  1, 27,-61;
/M:         M= -8,-11,-68,-13,-16,-60, -1,-31,-42,-37,-41,-42,-13, -4,-21,-44,-10,-23, -9,-31,-72,-14;
/M: SY='R'; M=-32,-19,-56,-34,-32,-60,-49, -1,-32, 16,-47,-20, -7,-24, -4, 35,-10,-15,-43,-31,-55,-10;
/M: SY='I'; M=  1,-28,-33,-23,-19,-34,-28,-37, 16,-33,-18, -8,-24,-25,-27,-22,-17, -6,  2,-52,-47,-25;
/M: SY='P'; M=  2,-25,-44,-35,-28,-65,-25,-22,-48,-37,-42,-47,-24, 59,-13,-18,  6,-14,-30,-81,-74,-20;
/M: SY='A'; M= 28,-13,-42,-16,-15,-52, -9,-34,-22,-31,-42,-28,-12, -3,-17,-23,  7,  4, -8,-68,-53,-10;
/M: SY='I'; M= -9,-35,-27,-19,-16,-25,-18,-46, 34,-44, -6,  1,-31,-39,-40,-43,-30,-12, 13,-36,-46,-37;
/M: SY='M'; M=-14,-22,-45,-12,-17,-33,-23,-24,  6,-30,  0,  7,-16,-34,-27,-38,-22,-14,-11,-29,-43,-27;
/M: SY='E'; M=-12, 17,-90, 34, 54,-88,-23,-14,-32,-18,-55,-37, -2,-27, 28,-34,-22,-30, -6,-12,-62, 50;
/M: SY='L'; M=-46,-61,-77,-60,-52, -3,-60,-40, -3,-53, 47,  7,-50,-47,-37,-43,-47,-46,  0, -8,-37,-47;
/M: SY='C'; M=-40,-63, 50,-83,-78,-53,-62,-44,-31,-73,-67,-53,-53,-55,-77,-49,-17,-37, -6,-13, -9,-77;
/M: SY='I'; M=-18,-39,-35,-28,-23,-17,-40,-31, 35,-44,  9,  5,-31,-39,-32,-37,-37,-18,  8,-41,-36,-35;
/M: SY='Q'; M=-28,-10,-79,-17, -2,-76,-46,  7,-37,  8,-38,-17,-11,-17, 39, 22,-23,-27,-44,-56,-69, 25;
/M: SY='A'; M= 11,-11,-53,-15,-22,-34,  3,-32,-27,-41,-42,-34, -7,-21,-31,-44,  1, -6,-12,-50,-41,-20;
/M: SY='G'; M= -4,-16,-57,-18,-26,-49, 33,-46,-47,-38,-49,-37,-13,-27,-37,-51, -1,-17, -5, -9,-68,-23;
/M: SY='A'; M=  7,-29,-25,-17,-19,-26, -8,-37,  0,-48,-20,-12,-25,-22,-38,-42, -9, -5,-10,-32,-36,-34;
/M: SY='B'; M=-14, 13,-74, 13,  7,-52,-22, -9,-31,-27,-48,-42,  9,-24, -9,-36,-10,-21,-24,-35,-40,  5;
/M: SY='I'; M=-18,-45,-39,-34,-27,-13,-43,-45, 44,-45, 18, 12,-38,-41,-38,-41,-39,-17, 14,-43,-39,-40;
/M: SY='P'; M= -6,-24,-52,-33,-30,-46,-28,-22,-41,-42,-39,-44,-21, 29,-22,-27, -1,-18,-29,-63,-56,-25;
/M: SY='E'; M=-12,  1,-57,  6, 15,-82,-26,-23,-33,-25,-59,-41, -8,-29, -2,-33,-15,-23, -9,-25,-55, 12;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_11 which contains 556'196 sequence entries.


Total number of hits 8 in 4 different sequences
Number of true positive hits 8 in 4 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] APO
Version [info] 4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
4 sequences

APO1_ARATH  (Q9XIR4    ), APO2_ARATH  (Q8W4A5    ), APO3_ARATH  (Q9FH50    ), 
APO4_ARATH  (Q9LSZ0    )
» more


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission