Entry: PS51505

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] SCA7
Accession [info] PS51505
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JUL-2010 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51505
Associated ProRule [info] PRU00838

Name and characterization of the entry

Description [info] SCA7 domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=68;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=63;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.2111027; R2=0.0134640; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4513.90909; R2=33.31818; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=430; N_SCORE=9.0; H_SCORE=16375; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=245; N_SCORE=6.5; H_SCORE=12644; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R'; M=-12,-17,-24,-19, -9, -8,-24,-11, -3,  5,  8, 10,-15,-22, -4, 15,-18, -9, -1,-21, -5, -8;
/M: SY='E'; M= -3,  2,-26,  1, 10,-27, -5, -6,-25,  9,-25,-15,  6, -3,  8,  6,  3, -5,-23,-27,-18,  8;
/M: SY='T'; M= -9, -6,-24, -9,  1,-15,-22,-11, -6, -1, -7, -2, -4, -4, -2, -1, -4,  3, -8,-26,-11, -2;
/M: SY='A'; M=  1, -7,-22, -5,  0,-17,-17,-13,-11, -2, -7, -8, -9, -8, -5, -2, -3, -5, -5,-27,-15, -4;
/M: SY='E'; M=-12, 13,-27, 17, 30,-27,-17, -1,-29, 13,-22,-18,  8, -8, 11, 12,  0, -4,-25,-30,-17, 19;
/M: SY='R'; M=-13,  9,-26, 10,  1,-22,-10, -6,-25,  7,-17,-13,  8,-17, -1, 16, -3, -3,-19,-28,-14, -2;
/M: SY='E'; M= -9,  0,-29,  5, 27,-26,-20, -8,-25, 10,-21,-16, -4, 11,  8,  5, -1, -1,-23,-28,-18, 16;
/M: SY='F'; M=-11,-20,-12,-22,-12, 14,-26,-15,  0,-19,  2, -2,-17,-15,-18,-17,-11, -6, -1,-15,  5,-15;
/M: SY='D'; M=-17, 31,-26, 38,  7,-17,-13, -3,-26, -7,-17,-20, 17,-16, -7,-10, -4, -8,-22,-32,-12,  0;
/M: SY='P'; M= -9,-25,-28,-20,-13, -8,-26,-18,  2,-17,  3, -1,-25, 24,-16,-19,-17, -8, -4,-21, -7,-17;
/M: SY='D'; M=-13, 26,-23, 27,  8,-22,-12, -2,-21, -5,-15,-16, 21,-15, -2, -8,  1, -1,-21,-35,-16,  3;
/M: SY='R'; M=-11, -6,-25,-10, -2,-19,-22,-10,-18, 21,-17, -7, -2,-15,  2, 30, -3,  5,-11,-23, -9, -2;
/M: SY='H'; M=-14, -2,-30, -2,  9,-26,-21, 38,-21,  2,-18,  0,  1,-15, 37,  5, -5,-13,-28,-17, 10, 21;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G'; M= -2,-11,-30,-11,-20,-23, 58,-15,-35,-19,-27,-18, -2,-21,-19,-19, -2,-19,-28,-14,-17,-20;
/M: SY='V'; M= -2,-28, 10,-30,-30, -3,-30,-30, 21,-22,  5,  5,-28,-32,-30,-22,-10, -2, 41,-33,-13,-30;
/M: SY='I'; M= -4,-28,-26,-32,-23, -1,-30,-26, 24,-25, 17, 10,-24,-15,-19,-24,-20,-10, 14, -8, -3,-23;
/M: SY='B'; M= -7, 15,-20, 15,  9,-21,-11, -4,-18, -5,-16,-12, 13,-13,  1, -8,  8,  4,-16,-34,-16,  5;
/M: SY='P'; M=-10, -7,-28, -1,  8,-20,-21,-11,-11, -3,-10, -2,-12, 14, -2, -9,-10, -9,-12,-28,-16,  2;
/M: SY='D'; M=-16, 24,-29, 32, 15,-31,-14, 20,-33,  9,-27,-18, 15,-12,  6,  2, -4,-11,-28,-33, -9,  9;
/M: SY='T'; M= -5,  4,-20,  2, -7,-21,  6,-15,-24, -8,-19,-16,  3,-14,-10, -6,  9, 17,-14,-28,-17, -9;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='K'; M= -4, -2,-20, -2,  0,-20,  8, -9,-22, 17,-20, -9,  0, -9,  0,  8, -4, -9,-16,-13,-11,  0; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='R'; M= -8, -8,-28,-11, -3,-22,-14, -2,-17, 17,-18, -5, -3,-15,  1, 18, -9,-11,-13,-21, -8, -3;
/M: SY='H'; M=-12,-12,-31,-13, -4,-20,-24, 10, -7,  2,-12,  4, -7,  3,  3, -3,-12,-12,-12,-24, -4, -3;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='T'; M=  2, -6,-19,-13, -7,-16,-19, -4,-10,  0,-11, -5, -3,-13, -4, -1,  3, 12, -5,-25, -7, -7;
/M: SY='R'; M=-16,  3,-28, -2,  1,-21,-15,  1,-28, 25,-24,-12, 14,-19,  8, 49, -5, -8,-22,-25,-12,  1;
/M: SY='S'; M= 10, -5,-14, -7, -4,-17, -7,-14,-15,-12,-19,-15,  1, -2, -5,-13, 24, 16, -8,-34,-18, -5;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-32,-22,  8,-32,-22, 25,-30, 45, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 13,-20,  0,-22;
/M: SY='T'; M= -8,  0,-18, -8, -8,-11,-18,-10,-11, -3, -6, -7,  6,-17, -5,  8,  4, 19, -8,-28,-10, -8;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K'; M= -8, -4,-29, -4,  5,-27,-20,-14,-25, 28,-27,-12, -4, 12,  3, 13, -5, -1,-19,-24,-14,  3;
/M: SY='T'; M= -3, -8,-19,-10,  1,-17,-20,-12, -3, -8, -7, -3, -7,-14,  6, -8,  5,  8, -1,-28,-11,  3;
/M: SY='H'; M=-19,  0,-30,  0,  1,-21,-20, 87,-30, -3,-21, -1,  9,-19, 10,  3,-10,-19,-29,-29, 17,  1;
/M: SY='T'; M=  8, -3,-12, -8, -6,-16,-11,-17,-14,-10,-18,-14,  1, -2, -7,-12, 23, 29, -6,-32,-16, -7;
/M: SY='I'; M= -2,-14,-23,-16,-10, -9,-26,-19, 16,-17,  8,  8,-15,-18,-12,-19,-11, -7, 14,-25, -8,-13;
/M: SY='E'; M= -6,  1,-25,  4, 18,-25,  0,  1,-28,  0,-23,-16,  2,-10,  5,  2,  7, -2,-23,-29,-17, 10;
/M: SY='Q'; M= -2,  4,-24,  7, 17,-29,-14, -1,-20,  0,-16, -9,  1,-10, 23, -3,  6, -4,-20,-27,-15, 20;
/M: SY='R'; M= -9, -7,-28, -8,  2,-23,-18, -6,-28, 32,-22,-10, -1,-16,  8, 46, -8, -9,-18,-20,-11,  2;
/M: SY='R'; M=-15,-10,-29, -9,  0,-21,-18, -4,-28, 21,-22,-12, -1, -6,  6, 50, -4, -6,-20,-24,-14, -1;
/M: SY='A'; M= 14, -1,-15, -8, -1,-19, -9,-12,-17, -2,-16,-13,  2,-12, -3,  0, 12, 11, -9,-27,-16, -3;
/M: SY='V'; M= -1,-27,-12,-27,-25, -3,-29,-28, 23,-12,  5,  8,-27,-28,-25,-14,-10, -1, 42,-29,-10,-25;
/M: SY='Q'; M=-11,-10,-29, -9,  3,-17,-19, -6,-21,  6,-21, -9, -6,  9, 12, 12, -4, -7,-22,-21,-11,  5;
/M: SY='G'; M= -8, -3,-30,  0, -4,-27, 25,-13,-28, -7,-22,-16,  0,-16, -8, -4, -4,-15,-23,-24,-22, -7;
/M: SY='R'; M=-14, -7,-28, -7,  2,-19,-19,  1,-24, 21,-20, -9, -1,-17, 15, 39, -4, -7,-19,-17, -2,  5;
/M: SY='F'; M= -3,-12,-17,-16,-13,  6,-18,  1,-10,-12, -9, -6, -5,-19,-12, -6,  3,  6, -2,-22,  1,-13;
/M: SY='K'; M=-14, -5,-28, -2, -1,-10,-21,-12,-18, 10,-10, -8, -7, -5, -5,  7,-13,-10,-15,-21, -7, -3;
/M: SY='A'; M=  3, -9,-24, -9, -9,-20,  3,-17,-18,-11,-11,-11, -9,  2,-11,-11, -3, -5,-14,-24,-19,-11;
/M: SY='F'; M=-15,-21,-24,-24,-17, 33,-24, -9, -9,-13, -5, -6,-13,-14,-19, -3,-10, -6, -9, -1, 21,-18;
/M: SY='D'; M=-13, 27,-24, 38,  8,-27,-13, -6,-25, -7,-15,-19,  9,-13, -4,-12,  2,  0,-18,-36,-16,  2;
/M:         M= -2,-15,-24,-15, -6,-15,-10,-16, -7, -5, -4,  0,-14, -6, -9, -5,-10, -9, -3,-24,-14, -8;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='L'; M=-10,-23,-19,-26,-18,  9,-24, -8, 16,-19, 31, 27,-23,-24,-11,-14,-23, -9,  7,-12,  9,-15; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='L'; M= -8,-22,-20,-22,-16,  2,-25,-14,  7,-15, 18,  7,-20,-26,-14, -4,-14, -5,  8,-19,  2,-16;
/M: SY='E'; M=  4,  0,-19,  1,  7,-19,-13,-10,-14, -8, -7, -9, -3,-12,  1,-10,  6,  3,-11,-29,-14,  4;
/M: SY='E'; M=  4,  9,-24, 15, 23,-28,-11, -8,-25, -1,-22,-20,  1,  3,  4,-10,  6, -4,-21,-31,-21, 13;
/M: SY='H'; M=-13, -8,-29, -7,  3,-15,-19, 12,-21,  4,-15, -7, -5,-17,  8, 10, -7,-10,-20, -4,  5,  4;
/M: SY='K'; M=  0, -4,-23, -5,  4,-26,-16,-10,-19, 22,-22, -7, -3,-12, 11, 11,  0, -4,-11,-23,-12,  8;
/M: SY='K'; M= -4,  3,-23,  2, 11,-23,-14,  6,-25, 12,-23,-13,  7,-11,  6, 10,  4,  0,-19,-28,-11,  8;
/M: SY='Q'; M= -9, -5,-25, -6,  5,-22,-17, -5,-14,  6,-16, -2, -2, -3, 10,  9, -2, -5,-13,-27,-14,  6;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='M'; M= -6, -7,-19,-12, -8,-12,-18,  4,  2, -8, -4, 11, -3,-16,  4, -7, -2, -1,  0,-24, -5, -3; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='Q'; M= -1, -6,-22,-12, -5,-18,-15, -6, -5, -2,-11,  2,  1,-15,  7,  3,  3, -2, -7,-26,-11, -1;
/M: SY='T'; M= -1,-13,-20,-14, -4, -2,-18,-16, -7,-11, -1, -5,-11, -7,-10,-12, -1,  2, -7,-23, -8, -7;
/M: SY='R'; M=-10,  3,-25,  4,  5,-22, -9, -6,-24, 10,-18,-12,  6,-16,  2, 16, -2, -6,-19,-27,-14,  2;
/M: SY='Q'; M=-10,  3,-24,  4, 11,-15,-17, -2,-18, -1,-12, -9,  4,-14, 12,  1, -1, -5,-19,-25,-10, 11;
/M: SY='D'; M= -5,  5,-24, 12,  2,-24,-16,-11,-15, -3,-15,-12, -3, -3, -2, -9, -2, -5, -9,-30,-16, -1;
/M: SY='P'; M= -5,  0,-24, -3,  1,-19,-12, -8,-10, -8,-19, -7,  6, 10, -2,-11,  6,  0,-15,-33,-18, -2;
/M: SY='N'; M=-12,  3,-27, -1,  1,-11, -9, -1,-20,  2,-20,-12, 11, -8,  3,  3, -4, -8,-24,-20, -5,  1;
/M: SY='T'; M= -8, -5,-25, -5, -5,-15,-12, -5,-11,-12,-13, -9, -6, -4, -9,-14, -2,  3, -8,-24, -6, -9;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_09 which contains 546'439 sequence entries.


Total number of hits 11 in 11 different sequences
Number of true positive hits 11 in 11 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] SCA7
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
11 sequences

AT7L1_HUMAN (Q9ULK2), AT7L2_HUMAN (Q5T6C5), AT7L3_DANRE (A1L209), 
AT7L3_HUMAN (Q14CW9), AT7L3_MOUSE (A2AWT3), ATX7_HUMAN  (O15265), 
ATX7_MOUSE  (Q8R4I1), SGF73_SCHPO (O94397), SGF73_YEAST (P53165), 
Y3132_SELML (P0DH68), Y3925_SELML (P0DH66)
» More

PDB
[Detailed view]
2 PDB

2KKR; 2KKT

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission