Entry: PS51505

General information about the entry

Entry name [info] SCA7
Accession [info] PS51505
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JUL-2010 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAY-2015 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51505
Associated ProRule [info] PRU00838

Name and characterization of the entry

Description [info] SCA7 domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=68;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=63;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.2111027; R2=0.0134640; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4513.90909; R2=33.31818; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=430; N_SCORE=9.0; H_SCORE=16375; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=245; N_SCORE=6.5; H_SCORE=12644; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R'; M=-12,-17,-24,-19, -9, -8,-24,-11, -3,  5,  8, 10,-15,-22, -4, 15,-18, -9, -1,-21, -5, -8;
/M: SY='E'; M= -3,  2,-26,  1, 10,-27, -5, -6,-25,  9,-25,-15,  6, -3,  8,  6,  3, -5,-23,-27,-18,  8;
/M: SY='T'; M= -9, -6,-24, -9,  1,-15,-22,-11, -6, -1, -7, -2, -4, -4, -2, -1, -4,  3, -8,-26,-11, -2;
/M: SY='A'; M=  1, -7,-22, -5,  0,-17,-17,-13,-11, -2, -7, -8, -9, -8, -5, -2, -3, -5, -5,-27,-15, -4;
/M: SY='E'; M=-12, 13,-27, 17, 30,-27,-17, -1,-29, 13,-22,-18,  8, -8, 11, 12,  0, -4,-25,-30,-17, 19;
/M: SY='R'; M=-13,  9,-26, 10,  1,-22,-10, -6,-25,  7,-17,-13,  8,-17, -1, 16, -3, -3,-19,-28,-14, -2;
/M: SY='E'; M= -9,  0,-29,  5, 27,-26,-20, -8,-25, 10,-21,-16, -4, 11,  8,  5, -1, -1,-23,-28,-18, 16;
/M: SY='F'; M=-11,-20,-12,-22,-12, 14,-26,-15,  0,-19,  2, -2,-17,-15,-18,-17,-11, -6, -1,-15,  5,-15;
/M: SY='D'; M=-17, 31,-26, 38,  7,-17,-13, -3,-26, -7,-17,-20, 17,-16, -7,-10, -4, -8,-22,-32,-12,  0;
/M: SY='P'; M= -9,-25,-28,-20,-13, -8,-26,-18,  2,-17,  3, -1,-25, 24,-16,-19,-17, -8, -4,-21, -7,-17;
/M: SY='D'; M=-13, 26,-23, 27,  8,-22,-12, -2,-21, -5,-15,-16, 21,-15, -2, -8,  1, -1,-21,-35,-16,  3;
/M: SY='R'; M=-11, -6,-25,-10, -2,-19,-22,-10,-18, 21,-17, -7, -2,-15,  2, 30, -3,  5,-11,-23, -9, -2;
/M: SY='H'; M=-14, -2,-30, -2,  9,-26,-21, 38,-21,  2,-18,  0,  1,-15, 37,  5, -5,-13,-28,-17, 10, 21;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G'; M= -2,-11,-30,-11,-20,-23, 58,-15,-35,-19,-27,-18, -2,-21,-19,-19, -2,-19,-28,-14,-17,-20;
/M: SY='V'; M= -2,-28, 10,-30,-30, -3,-30,-30, 21,-22,  5,  5,-28,-32,-30,-22,-10, -2, 41,-33,-13,-30;
/M: SY='I'; M= -4,-28,-26,-32,-23, -1,-30,-26, 24,-25, 17, 10,-24,-15,-19,-24,-20,-10, 14, -8, -3,-23;
/M: SY='B'; M= -7, 15,-20, 15,  9,-21,-11, -4,-18, -5,-16,-12, 13,-13,  1, -8,  8,  4,-16,-34,-16,  5;
/M: SY='P'; M=-10, -7,-28, -1,  8,-20,-21,-11,-11, -3,-10, -2,-12, 14, -2, -9,-10, -9,-12,-28,-16,  2;
/M: SY='D'; M=-16, 24,-29, 32, 15,-31,-14, 20,-33,  9,-27,-18, 15,-12,  6,  2, -4,-11,-28,-33, -9,  9;
/M: SY='T'; M= -5,  4,-20,  2, -7,-21,  6,-15,-24, -8,-19,-16,  3,-14,-10, -6,  9, 17,-14,-28,-17, -9;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='K'; M= -4, -2,-20, -2,  0,-20,  8, -9,-22, 17,-20, -9,  0, -9,  0,  8, -4, -9,-16,-13,-11,  0; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='R'; M= -8, -8,-28,-11, -3,-22,-14, -2,-17, 17,-18, -5, -3,-15,  1, 18, -9,-11,-13,-21, -8, -3;
/M: SY='H'; M=-12,-12,-31,-13, -4,-20,-24, 10, -7,  2,-12,  4, -7,  3,  3, -3,-12,-12,-12,-24, -4, -3;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='T'; M=  2, -6,-19,-13, -7,-16,-19, -4,-10,  0,-11, -5, -3,-13, -4, -1,  3, 12, -5,-25, -7, -7;
/M: SY='R'; M=-16,  3,-28, -2,  1,-21,-15,  1,-28, 25,-24,-12, 14,-19,  8, 49, -5, -8,-22,-25,-12,  1;
/M: SY='S'; M= 10, -5,-14, -7, -4,-17, -7,-14,-15,-12,-19,-15,  1, -2, -5,-13, 24, 16, -8,-34,-18, -5;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-32,-22,  8,-32,-22, 25,-30, 45, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 13,-20,  0,-22;
/M: SY='T'; M= -8,  0,-18, -8, -8,-11,-18,-10,-11, -3, -6, -7,  6,-17, -5,  8,  4, 19, -8,-28,-10, -8;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K'; M= -8, -4,-29, -4,  5,-27,-20,-14,-25, 28,-27,-12, -4, 12,  3, 13, -5, -1,-19,-24,-14,  3;
/M: SY='T'; M= -3, -8,-19,-10,  1,-17,-20,-12, -3, -8, -7, -3, -7,-14,  6, -8,  5,  8, -1,-28,-11,  3;
/M: SY='H'; M=-19,  0,-30,  0,  1,-21,-20, 87,-30, -3,-21, -1,  9,-19, 10,  3,-10,-19,-29,-29, 17,  1;
/M: SY='T'; M=  8, -3,-12, -8, -6,-16,-11,-17,-14,-10,-18,-14,  1, -2, -7,-12, 23, 29, -6,-32,-16, -7;
/M: SY='I'; M= -2,-14,-23,-16,-10, -9,-26,-19, 16,-17,  8,  8,-15,-18,-12,-19,-11, -7, 14,-25, -8,-13;
/M: SY='E'; M= -6,  1,-25,  4, 18,-25,  0,  1,-28,  0,-23,-16,  2,-10,  5,  2,  7, -2,-23,-29,-17, 10;
/M: SY='Q'; M= -2,  4,-24,  7, 17,-29,-14, -1,-20,  0,-16, -9,  1,-10, 23, -3,  6, -4,-20,-27,-15, 20;
/M: SY='R'; M= -9, -7,-28, -8,  2,-23,-18, -6,-28, 32,-22,-10, -1,-16,  8, 46, -8, -9,-18,-20,-11,  2;
/M: SY='R'; M=-15,-10,-29, -9,  0,-21,-18, -4,-28, 21,-22,-12, -1, -6,  6, 50, -4, -6,-20,-24,-14, -1;
/M: SY='A'; M= 14, -1,-15, -8, -1,-19, -9,-12,-17, -2,-16,-13,  2,-12, -3,  0, 12, 11, -9,-27,-16, -3;
/M: SY='V'; M= -1,-27,-12,-27,-25, -3,-29,-28, 23,-12,  5,  8,-27,-28,-25,-14,-10, -1, 42,-29,-10,-25;
/M: SY='Q'; M=-11,-10,-29, -9,  3,-17,-19, -6,-21,  6,-21, -9, -6,  9, 12, 12, -4, -7,-22,-21,-11,  5;
/M: SY='G'; M= -8, -3,-30,  0, -4,-27, 25,-13,-28, -7,-22,-16,  0,-16, -8, -4, -4,-15,-23,-24,-22, -7;
/M: SY='R'; M=-14, -7,-28, -7,  2,-19,-19,  1,-24, 21,-20, -9, -1,-17, 15, 39, -4, -7,-19,-17, -2,  5;
/M: SY='F'; M= -3,-12,-17,-16,-13,  6,-18,  1,-10,-12, -9, -6, -5,-19,-12, -6,  3,  6, -2,-22,  1,-13;
/M: SY='K'; M=-14, -5,-28, -2, -1,-10,-21,-12,-18, 10,-10, -8, -7, -5, -5,  7,-13,-10,-15,-21, -7, -3;
/M: SY='A'; M=  3, -9,-24, -9, -9,-20,  3,-17,-18,-11,-11,-11, -9,  2,-11,-11, -3, -5,-14,-24,-19,-11;
/M: SY='F'; M=-15,-21,-24,-24,-17, 33,-24, -9, -9,-13, -5, -6,-13,-14,-19, -3,-10, -6, -9, -1, 21,-18;
/M: SY='D'; M=-13, 27,-24, 38,  8,-27,-13, -6,-25, -7,-15,-19,  9,-13, -4,-12,  2,  0,-18,-36,-16,  2;
/M:         M= -2,-15,-24,-15, -6,-15,-10,-16, -7, -5, -4,  0,-14, -6, -9, -5,-10, -9, -3,-24,-14, -8;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='L'; M=-10,-23,-19,-26,-18,  9,-24, -8, 16,-19, 31, 27,-23,-24,-11,-14,-23, -9,  7,-12,  9,-15; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='L'; M= -8,-22,-20,-22,-16,  2,-25,-14,  7,-15, 18,  7,-20,-26,-14, -4,-14, -5,  8,-19,  2,-16;
/M: SY='E'; M=  4,  0,-19,  1,  7,-19,-13,-10,-14, -8, -7, -9, -3,-12,  1,-10,  6,  3,-11,-29,-14,  4;
/M: SY='E'; M=  4,  9,-24, 15, 23,-28,-11, -8,-25, -1,-22,-20,  1,  3,  4,-10,  6, -4,-21,-31,-21, 13;
/M: SY='H'; M=-13, -8,-29, -7,  3,-15,-19, 12,-21,  4,-15, -7, -5,-17,  8, 10, -7,-10,-20, -4,  5,  4;
/M: SY='K'; M=  0, -4,-23, -5,  4,-26,-16,-10,-19, 22,-22, -7, -3,-12, 11, 11,  0, -4,-11,-23,-12,  8;
/M: SY='K'; M= -4,  3,-23,  2, 11,-23,-14,  6,-25, 12,-23,-13,  7,-11,  6, 10,  4,  0,-19,-28,-11,  8;
/M: SY='Q'; M= -9, -5,-25, -6,  5,-22,-17, -5,-14,  6,-16, -2, -2, -3, 10,  9, -2, -5,-13,-27,-14,  6;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='M'; M= -6, -7,-19,-12, -8,-12,-18,  4,  2, -8, -4, 11, -3,-16,  4, -7, -2, -1,  0,-24, -5, -3; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='Q'; M= -1, -6,-22,-12, -5,-18,-15, -6, -5, -2,-11,  2,  1,-15,  7,  3,  3, -2, -7,-26,-11, -1;
/M: SY='T'; M= -1,-13,-20,-14, -4, -2,-18,-16, -7,-11, -1, -5,-11, -7,-10,-12, -1,  2, -7,-23, -8, -7;
/M: SY='R'; M=-10,  3,-25,  4,  5,-22, -9, -6,-24, 10,-18,-12,  6,-16,  2, 16, -2, -6,-19,-27,-14,  2;
/M: SY='Q'; M=-10,  3,-24,  4, 11,-15,-17, -2,-18, -1,-12, -9,  4,-14, 12,  1, -1, -5,-19,-25,-10, 11;
/M: SY='D'; M= -5,  5,-24, 12,  2,-24,-16,-11,-15, -3,-15,-12, -3, -3, -2, -9, -2, -5, -9,-30,-16, -1;
/M: SY='P'; M= -5,  0,-24, -3,  1,-19,-12, -8,-10, -8,-19, -7,  6, 10, -2,-11,  6,  0,-15,-33,-18, -2;
/M: SY='N'; M=-12,  3,-27, -1,  1,-11, -9, -1,-20,  2,-20,-12, 11, -8,  3,  3, -4, -8,-24,-20, -5,  1;
/M: SY='T'; M= -8, -5,-25, -5, -5,-15,-12, -5,-11,-12,-13, -9, -6, -4, -9,-14, -2,  3, -8,-24, -6, -9;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_07 which contains 548'872 sequence entries.


Total number of hits 11 in 11 different sequences
Number of true positive hits 11 in 11 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] SCA7
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
11 sequences

AT7L1_HUMAN (Q9ULK2), AT7L2_HUMAN (Q5T6C5), AT7L3_DANRE (A1L209), 
AT7L3_HUMAN (Q14CW9), AT7L3_MOUSE (A2AWT3), ATX7_HUMAN  (O15265), 
ATX7_MOUSE  (Q8R4I1), SGF73_SCHPO (O94397), SGF73_YEAST (P53165), 
Y3132_SELML (P0DH68), Y3925_SELML (P0DH66)
» More

PDB
[Detailed view]
2 PDB

2KKR; 2KKT

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission