Entry: PS51523

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] ZF_HD_DIMER
Accession [info] PS51523
Entry type [info] MATRIX
Date [info] FEB-2011 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); FEB-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51523
Associated ProRule [info] PRU00856

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc-finger ZF-HD dimerization-type profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=50;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=45;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.3594837; R2=0.0175728; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=-1369.40179; R2=25.51339; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=435; N_SCORE=10.0; H_SCORE=8275; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=236; N_SCORE=6.5; H_SCORE=4652; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='Y'; M=-16,-16,-27,-16,-15, 18,-25, 14, -6, -5, -6, -4,-14,-26, -6, -1,-11, -6,-11, 15, 56,-15;
/M: SY='R'; M= -3,-10,-28,-12, -6,-22, -2,-13,-19, 13,-18, -8, -4,-16, -2, 17, -7,-11,-13,-20,-14, -6;
/M: SY='E'; M= -4,  3,-28,  8, 33,-30, -7, -4,-28,  9,-22,-16, -1, -6, 16,  0,  0,-11,-26,-25,-19, 25;
/M: SY='C'; M= -9,-19,100,-27,-29,-21,-17,-29,-31,-29,-21,-20,-17,-37,-29,-29, -9,-11,-13,-46,-30,-29;
/M: SY='L'; M= -9,-13,-23,-13,  0,-10,-24, -5, -2, -8, 12,  9,-13,-18,  2, -6,-13, -4, -6,-23, -5,  1;
/M: SY='K'; M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 46,-28,-10,  0,-12, 10, 37,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='N'; M=-11, 26,-21, 10, -2,-18, -5,  8,-17,  3,-23, -9, 43,-20,  1,  8,  4, -2,-24,-35,-16, -1;
/M: SY='H'; M=-15, -2,-28, -3, -5,-18, -9, 66,-27,-11,-19, -4,  6,-19,  3, -4, -5,-11,-25,-26, 13, -5;
/M: SY='A'; M= 33,-11,  3,-20,-11,-20, -6,-19,-15, -7,-13,-11,-10,-15,-10, -9,  5, -3, -4,-24,-20,-11;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='A'; M= 25,-10,-12,-14, -3,-14, -9,-16, -4, -9, -3, -5,-12,-12, -8,-15,  2, -2,  3,-20,-15, -6; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='A'; M= 21, -6,-13,-10, -7,-19,  7,-13,-17, -7,-18,-13, -1,-11, -6, -7, 13,  2, -8,-23,-18, -7; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='M'; M=-14,-16,-24,-23,-17,  5,-25,  2,  8,-13,  9, 17, -9,-23, -9, -4,-16,-10,  1,-19,  3,-14;
/M: SY='G'; M= -2,-13,-15,-14,-21,-24, 49,-21,-32,-22,-20,-15, -5,-23,-21,-21, -4,-18,-24,-23,-27,-21;
/M: SY='G'; M=  3,-11,-29,-11,-17,-29, 53,-20,-35,-18,-28,-19, -3, -5,-18,-20,  0,-17,-27,-21,-29,-18;
/M: SY='H'; M=-12, -4,-28, -3,  0,-19,-18, 37,-21, -3,-19, -6,  2, -5,  8, -2, -4,-10,-23,-24,  6,  1;
/M: SY='A'; M= 30,-12,-13,-18,-13,-17,  3,-20, -9,-14, -8, -8,-10,-15,-13,-19,  8, -1,  1,-23,-19,-13;
/M: SY='L'; M= -9,-29,-18,-32,-25, 21,-30,-23, 20,-27, 26, 12,-26,-28,-26,-20,-20, -5, 19,-17,  3,-25;
/M: SY='D'; M=-19, 40,-29, 57, 15,-34,-13, -3,-32, -4,-20,-24, 14,-13, -3,-11, -4,-10,-25,-37,-17,  6;
/M: SY='G'; M= -4,-13,-29,-13,-18,-24, 46,-18,-31,-15,-19,-14, -4,-21,-16, -9, -5,-18,-24,-20,-24,-18;
/M: SY='C'; M=-12,-19, 84,-27,-26, -8,-29,-12,-26,-27,-16,-15,-16,-36,-26,-25,-11,-11,-11,-40,-16,-26;
/M: SY='G'; M= -3, -8, -8,-11,-12,-28, 28,-15,-31,-14,-24,-15, -3,-19, -4,-14,  1, -8,-24,-25,-24, -8;
/M: SY='E'; M= -7,  3,-26,  9, 37,-24,-19, -5,-23,  8,-14,-14, -2, -6, 12,  0,  0, -6,-22,-29,-16, 24;
/M: SY='F'; M=-20,-25,-22,-33,-25, 62,-29, -1, -4,-25,  5,  0,-16,-29,-31,-16,-19,-11, -5,  7, 34,-25;
/M: SY='M'; M=-12, -7,-25, -9, -9,-12,-24, -8, 10,-12,  9, 21,-11,-18,  1,-13,-15,-10,  2,-24, -5, -5;
/M: SY='P'; M=  3,-10,-25, -9, -4,-24, -3,-15,-21, -6,-25,-17, -6, 21, -7, -6,  7,  1,-18,-28,-22, -8;
/M: SY='S'; M=  9,  1,-19,  1,  5,-24,  0,-10,-24,  0,-23,-17,  2,-11,  0,  0, 13,  1,-15,-29,-19,  2;
/M: SY='S'; M= -2, -1,-23,  0,  6,-23,  1,-11,-19, -7,-23,-16,  3,  0, -4,-11,  8, -2,-15,-32,-22,  0;
/M: SY='E'; M= -9, -7,-33, -2, 17,-25,-11,-10,-25, -3,-23,-17, -9, 12,  8, -8, -4, -9,-28, -6,-15, 12;
/M: SY='E'; M= -6,  9,-23, 10, 16,-24,-12, -3,-25,  6,-22,-17, 10,-11,  6, 11,  8,  2,-20,-31,-17, 10;
/I:         I=-5; MD=-10;
/M: SY='G'; M= -3, -4,-21, -6,-10,-17, 17,-12,-18,-12,-14,-11,  2, -2,-11,-13, -1, -4,-17,-21,-18,-11; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-10;
/M: SY='S'; M=  7,  2,-15, -1,  4,-17, -7, -8,-14, -4,-16,-13,  5,  2, -2, -8, 10,  7,-12,-25,-16,  1; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-10;
/M: SY='L'; M= -2,-10,-17,-13, -5,-10,-16, -9, -3, -5,  3,  1, -8,-14,  3,  1, -3,  2, -4,-18, -7, -2; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-10;
/M: SY='E'; M=  2,  9,-19, 13, 15,-13,-11, -6,-19, -2,-13,-14,  0, -7, -1, -9,  0, -6,-15,-20,-11,  8; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-10; IM=0; DM=-10;
/M: SY='A'; M=  8, -2,-20, -3, -1,-21,-10, -9,-18,  0,-14,-10, -2,-14,  3,  6,  5, -2,-12,-26,-15,  0;
/M: SY='V'; M=  0,-25,-15,-27,-22,  2,-26,-22, 17,-15, 15, 13,-24,-26,-20,-15,-14, -4, 25,-23, -6,-21;
/M: SY='L'; M=-11,-17,-11,-21,-14, -9,-27,-18,  1, -5,  4,  2,-12,-21,-10,  4,-11,  0,  1,-24, -8,-14;
/M: SY='C'; M= -3, -9, 62,-17,-15,-22,-11,-21,-29,-20,-21,-19, -7,-29,-19,-22, -4, -9,-15,-41,-27,-17;
/M: SY='A'; M= 12,-15,-22,-17,-10,-11, -3,-19,-13,-15,-12,-11,-12, 10,-14,-19,  1, -4,-11,-22,-17,-13;
/M: SY='A'; M= 25,-15,-19,-20,-13,-18,  0,-21, -7,-15, -7, -7,-13, -2,-13,-21,  0, -6, -4,-21,-19,-14;
/M: SY='C'; M=-13,-18, 51,-23,-16,-14,-26,-10,-24,-22,-14,-14,-18,-31,-18,-21,-15,-14,-15,-17,-12,-17;
/M: SY='G'; M= -9, -7,-30, -9,-10,-23, 17,  1,-26, -1,-22,-11,  2,-19, -6,  7, -6,-15,-21,-22,-14,-10;
/M: SY='C'; M=-11,-16, 41,-22,-18,-18,-28,  2,-13,-21,-12, -6,-12,-29,-11,-19,-10,-11, -6,-37,-11,-16;
/M: SY='H'; M=-16, 13,-29, 16,  5,-28, -7, 46,-31, -5,-24,-10, 14,-17, 10, -3, -4,-15,-30,-31, -1,  5;
/M: SY='R'; M=-17,  4,-29,  4, -3,-17,-15, -2,-19,  6,-15, -2,  4,-19,  1, 18,-10,-11,-18,-10, -7, -2;
/M: SY='N'; M= -7, 18,-21, 16,  2,-22, -8, -3,-19, -3,-24,-18, 22,-15, -1, -1, 13,  2,-17,-36,-17, -1;
/M: SY='F'; M= -8,-24,-21,-32,-22, 33,-25,-17,  3,-18,  9,  7,-17,-24,-22, -8,-16, -9,  2, -6, 10,-21;
/M: SY='H'; M= -8,  1,-26, -6, -7,-13,-17, 44,-12,-11,-14, -2, 10,-20,  0, -7, -6,-11,-17,-24, 10, -7;
/M: SY='R'; M= -4,-11,-23,-13, -2,-19,-20, -7,-12,  5, -8, -2, -7,-17, 11, 18, -4, -3, -8,-22,-10,  3;
/M: SY='R'; M=-12,  7,-26,  5,  1,-22,-16, -5,-18, 13,-21,-11, 12,-16,  2, 18, -2, -5,-16,-28,-13, -1;
/M: SY='L'; M= -6, -4,-23, -1, -2,-13,-23,-16,  3,-15,  7, -1,-11,-18,-10,-17,-11, -8,  3,-27,-10, -7;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_03 which contains 542'782 sequence entries.


Total number of hits 3 in 3 different sequences
Number of true positive hits 3 in 3 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] ZF-HD dimerization-type
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
3 sequences

HB29_ARATH  (Q9SEZ1), Y4466_ARATH (Q9SB61), Y5541_ARATH (Q9FKP8)

			
		

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission