PROSITE entry PS51527

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	FLAVIVIRUS_NS2B
Accession [info]	PS51527
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-MAR-2011 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51527
Associated ProRule [info]	PRU00859

Name and characterization of the entry

Description [info]

Flavivirus NS2B domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=131;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=126;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.9344397; R2=0.0144627; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=558; N_SCORE=10.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=316; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S';  M=  3, -2,-19, -2,  0,-27, 11, -8,-24, -8,-28,-16,  6,-12,  9, -8, 23,  5,-19,-31,-20,  4;
/M: SY='W';  M=-18,-32,-43,-33,-23,  2,-23,-23,-11,-11,-14,-12,-28,-26,-13, -2,-30,-23,-19, 87, 17,-17;
/M: SY='P';  M= -6,-16,-33, -8,  0,-28,-16,-18,-20,-10,-30,-20,-13, 68, -8,-18,  1, -3,-26,-32,-28, -8;
/M: SY='V';  M=  7,-26,-14,-28,-22,  0,-24,-24, 17,-22, 22, 10,-26,-26,-22,-20,-14, -4, 23,-24, -8,-22;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='N';  M= -6, 23,-13,  9, -2,-13, -4,  1,-13, -2,-19,-13, 34,-13, -2, -2, 10, 11,-17,-29,-13, -2; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='E';  M=-12, 19,-30, 31, 51,-32,-18,  0,-32,  8,-22,-22,  4, -2, 16, -2,  0,-10,-30,-32,-20, 33;
/M: SY='G';  M=  8,-16,-24,-18,-15,-12, 11,-21,-17,-16,-16,-12,-12,  5,-19,-20, -3,-10,-11,-20,-19,-17;
/M: SY='I';  M= -9,-29,-24,-35,-26,  3,-34,-24, 37,-27, 27, 23,-24,-24,-19,-24,-22, -9, 25,-21, -1,-25;
/M: SY='M';  M= 16,-12,-14,-21,-13,-11,-10,-11,  1,-10,  0, 18,-11,-14, -5,-14,  2,  3,  3,-23,-11, -9;
/M: SY='A';  M= 37,-14,-14,-24,-14,-16, -9,-22,  3,-14, -3, -3,-12,-12,-12,-22,  3, -2,  7,-20,-16,-14;
/M: SY='V';  M=  8,-27,-10,-28,-27, -3,-25,-28, 24,-18,  7,  7,-27,-27,-27,-20, -7,  0, 42,-28,-12,-27;
/M: SY='G';  M=  0,-14,-26,-14,-22,-23, 48,-22,-25,-20,-21,-13, -7,-22,-22,-20, -2,-16,-12,-22,-26,-22;
/M: SY='L';  M= -8,-22,-19,-27,-19,  4,-28,-19, 16,-24, 31, 17,-22,-24,-16,-18,-17,  3, 10,-22, -2,-18;
/M: SY='V';  M= -4,-28,-14,-30,-26,  2,-28,-21, 26,-20, 21, 23,-28,-28,-21,-18,-17, -4, 33,-26, -6,-24;
/M: SY='S';  M= -2,-12,-17,-17,-14,  4,  0,-11,-10,-16,-10,  2, -5,-18,-12,-14,  8,  1, -7,-22, -6,-12;
/M: SY='A';  M= 18,-21,-17,-29,-20, -8,-20,-24, 17,-20,  9,  5,-18,-18,-17,-23, -7, -4, 18,-22,-10,-20;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-22,-32,-22,  8,-32,-22, 26,-30, 44, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 14,-20,  0,-22;
/M: SY='A';  M= 17,-16,-18,-20,-19,-16, 14,-22, -9,-17, -7, -6,-13,-19,-19,-20, -1, -8,  2,-22,-19,-19;
/M: SY='G';  M= 15, -6,-17, -8,-10,-24, 26,-16,-25,-14,-26,-18,  2,-14,-10,-16, 19,  1,-15,-28,-24,-10;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='A';  M= 20, -6,-13, -9, -8,-19, 15,-14,-18,-11,-19,-14,  0,-11, -8,-14, 15,  2, -9,-23,-19, -8; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='L';  M= -8,-30,-18,-30,-22,  8,-30,-22, 22,-28, 41, 18,-30,-30,-22,-20,-26, -8, 19,-22, -2,-22;
/M: SY='A';  M= 25,-18,-14,-24,-14, -8,-12,-20,  2,-18, 15,  2,-18,-18,-14,-20, -7, -4,  4,-20,-12,-14;
/M: SY='K';  M=-13, -4,-28, -3, 14,-12,-22, -8,-25, 27,-21,-11, -3,-12,  4, 20, -9,-10,-19,-18, -6,  9;
/M: SY='N';  M=-12, 21,-24, 17,  3,-21,-12,  1,-16, -5,-11,-11, 23,-18,  5, -5, -2, -6,-21,-33,-14,  4;
/M: SY='D';  M=-16, 37,-30, 52, 11,-38,  8, -4,-40, -4,-30,-28, 16,-12, -4,-12,  0,-12,-30,-36,-22,  3;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='V';  M= -5,-28,-18,-33,-28,  0,-32,-25, 35,-22, 15, 21,-25,-25,-22,-22,-15, -5, 38,-25, -5,-27;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='E';  M= -7,  8,-18, 12, 22,-21,-11,  2,-16,  5,-13, -8,  2, -3, 19,  1,  0, -6,-18,-16,-10, 20; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='P';  M= -6, -7,-31, -3,  0,-26,-13,-13,-20, -8,-30,-20, -1, 52, -6,-15,  4, -2,-26,-34,-26, -6;
/M: SY='M';  M=-12,-26,-20,-32,-22, 17,-26,-12, 17,-22, 31, 34,-24,-26,-15,-16,-24,-10,  8,-15,  5,-17;
/M: SY='A';  M= 20, -9,-12,-16,-10,-12,-11,-19, -7,-13, -3, -7, -8,-13,-10,-16, 10, 17,  0,-25,-14,-10;
/M: SY='G';  M= -4,-19,-28,-21,-22,-15, 24,-22, -8,-24, -2, -3,-11,-22,-20,-22,-11,-16, -8,-20,-17,-22;
/M: SY='P';  M= -8,-18,-38,-10, -4,-30,  0,-20,-24,-12,-30,-20,-16, 66,-12,-20, -8,-12,-30,-28,-30,-12;
/M: SY='L';  M=-11,-28,-22,-33,-23, 14,-29,-17, 22,-26, 34, 26,-25,-26,-18,-19,-25,-10, 12,-17,  3,-21;
/M: SY='V';  M=  1,-23,-15,-30,-24, 14,-24,-22, 14,-19,  7,  9,-20,-23,-23,-19, -8,  1, 20,-18, -1,-23;
/M: SY='A';  M= 21,-15,-13,-20,-14,-12,-12,-20,  3,-16, -1, -3,-12,-16,-13,-19,  6,  2, 10,-26,-14,-14;
/M: SY='G';  M= 22,-10,-21,-14,-16,-26, 40,-20,-27,-16,-21,-16, -4,-16,-16,-20,  4,-11,-17,-20,-26,-16;
/M: SY='G';  M=  0,-14,-26,-14,-22,-23, 48,-22,-25,-20,-21,-13, -7,-22,-22,-20, -2,-16,-12,-22,-26,-22;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-24,-34,-24,  5,-33,-22, 31,-28, 36, 24,-25,-25,-18,-23,-25,-10, 17,-20,  0,-23;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-20,-30,-20,  8,-28,-16, 20,-26, 44, 29,-28,-28,-16,-18,-28,-10, 10,-20,  0,-18;
/M: SY='F';  M= -5,-23,-20,-32,-23, 23,-26,-19, 13,-23, 14, 13,-18,-22,-21,-19,-14, -3,  9,-11,  6,-22;
/M: SY='A';  M= 17,-20,-14,-26,-18, -6,-16,-19, 10,-17, 12, 12,-20,-20,-15,-18, -8, -4, 14,-22,-10,-16;
/M: SY='C';  M=  5,-19, 25,-24,-19, -9,-20,-22, -6,-23,  7, -3,-18,-26,-19,-22, -7, -4,  0,-31,-16,-19;
/M: SY='Y';  M=-15,-25,-24,-26,-23, 26,-30,  0,  9,-18, 14,  6,-24,-30,-18,-15,-21, -8,  5,  8, 44,-23;
/M: SY='V';  M= -1,-19,-14,-19,-14,-12,-23,-18, 11,-12, -3,  3,-17,-23, -6,-12,  0,  1, 23,-29,-12,-10;
/M: SY='I';  M= -7,-29,-20,-33,-26,  3,-32,-23, 32,-25, 27, 22,-26,-26,-20,-22,-20, -7, 27,-23, -3,-25;
/M: SY='T';  M= 12, -2,-10, -7, -6,-16, -9,-16,-14,-10,-18,-14,  3,-10, -6,-12, 27, 30, -4,-33,-16, -6;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='K';  M= -4, -1,-17, -2,  3,-18,-11, -8,-19, 18,-20,-10,  2, -9,  4, 15,  6,  5,-11,-21,-10,  3; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='S';  M= 11, -6, -8, -7, -6,-13, -5,-12, -7, -9,-15,-10, -1,-11, -6,-10, 20, 10,  3,-27,-14, -6; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='A';  M= 18,  1,-17, -2, -8,-23, 10,-17,-21,-11,-17,-15, -1,-12,-11,-16,  8,  5,-11,-25,-20, -9;
/M: SY='D';  M=-15, 25,-32, 40,  9,-36,  0, -7,-36, -5,-30,-26,  8, 10, -5,-14, -2,-12,-30,-35,-24,  1;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-20,-30,-20,  8,-28,-16, 20,-26, 44, 29,-28,-28,-16,-18,-28,-10, 10,-20,  0,-18;
/M: SY='W';  M= -7,-13,-28,-13,  1,-11,-20,-17, -6,-12,-12,-10,-11,-14, -5,-14, -3, -2, -9,  9, -4, -2;
/M: SY='L';  M=  4,-26,-18,-29,-20,  1,-24,-22, 17,-25, 30, 12,-25,-25,-19,-21,-18, -7, 14,-21, -5,-20;
/M: SY='E';  M=-10,  8,-30, 17, 52,-30,-20, -2,-30, 16,-22,-18,  0, -2, 18,  5, -2,-10,-28,-28,-18, 35;
/M: SY='R';  M=-16,-13,-34,-13, -3,-17,-20,-10,-28, 26,-24,-12, -9,-19,  3, 36,-17,-14,-22, 17, -1, -1;
/M: SY='A';  M= 36,-12,-12,-21,-12,-14, -7,-20, -5,-13, -1, -5,-12,-13,-12,-19,  5,  3,  2,-21,-16,-12;
/M: SY='A';  M= 31,-10,-17,-16,-14,-24, 26,-20,-21,-14,-17,-14, -6,-14,-14,-20,  6, -7,-11,-20,-24,-14;
/M: SY='D';  M=-16, 24,-29, 32, 19,-20,-16,  6,-26,  0,-21,-20, 11,-13,  3, -6, -3, -9,-26,-22,  2, 10;
/M: SY='V';  M=  8,-26,-16,-31,-26, -4,-27,-28, 28,-21,  9,  9,-22,-22,-22,-23, -9, -3, 33,-25, -9,-26;
/M: SY='S';  M= -3, 11,-19, 13,  6,-26,-11, -8,-23,  0,-25,-17,  8,-10,  6, -4, 18, 13,-16,-34,-16,  6;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='E';  M=-11, 12,-30, 21, 44,-31,-19, -2,-31, 18,-23,-19,  2, -3, 15,  5, -2,-10,-28,-29,-18, 30;
/M: SY='E';  M= -5,  7,-22, 13, 28,-24,-13, -3,-22,  0,-20,-12,  3, -6,  9, -5, 11,  0,-19,-33,-18, 19;
/M: SY='E';  M=-12, 21,-27, 23, 25,-27,-13,  3,-23,  3,-20,-11, 15,-10, 13, -2,  0, -8,-25,-32,-17, 19;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='E';  M= -4,  4,-26, 10, 30,-21,-19, -7,-18, -2, -5,-11, -5, -9,  5, -8, -5, -9,-18,-28,-16, 18;
/M: SY='I';  M=-13,-20,-30,-25,-15,-11,-32, -7, 18,-11,  3,  9,-11,-19, -2, -1,-15,-11,  7,-21, -1,-13;
/M: SY='T';  M= -1, -4,-14, -9, -9, -5,-15, -8,-11,-10,-15,-11, -1,-14, -7,-10, 18, 27, -6,-20,  6, -9;
/M: SY='G';  M=  2, -8,-26, -8,-16,-28, 55,-18,-36,-18,-30,-20,  2,-18,-16,-18,  9,-11,-26,-24,-28,-16;
/M: SY='S';  M= 10, -6,-14, -7, -9,-20, 12,-15,-18,-13,-24,-16,  2,-14, -9,-14, 23,  7, -7,-33,-21, -9;
/M: SY='S';  M=  3,  0,-14,  0,  0,-20, -4, 14,-22,-10,-28,-16, 10,-12,  2, -8, 29, 11,-14,-38,-11,  0;
/M: SY='H';  M=-10,-11,-27, -8,  2,-17,-19, 10,-15, -8, -8, -6, -7,  5, -1, -2, -6, -7,-17,-28, -9, -3;
/M: SY='R';  M=-16,  9,-28,  7, -2,-20,-18, -4,-13,  5,-16,-10, 12,-18, -1, 17, -6, -8,-13,-28,-12, -4;
/M: SY='L';  M=-11,-28,-23,-31,-23, 10,-32,-17, 24,-26, 32, 16,-26,-28,-19,-21,-24, -9, 15,-13, 11,-23;
/M: SY='D';  M=-12, 17,-26, 26, 24,-26,-15, -3,-23, -1,-14,-11,  3,-10,  5, -8, -1, -7,-20,-33,-16, 14;
/M: SY='V';  M= -2,-30,-14,-32,-30,  0,-32,-30, 34,-22, 12, 12,-28,-28,-28,-22,-12, -2, 46,-28, -8,-30;
/M: SY='K';  M=  0, -2,-23, -4,  6,-23,-17,-12,-23, 23,-21,-11, -2,-10,  4, 15,  0,  4,-14,-23,-12,  5;
/M: SY='L';  M= -8,-20,-22,-21,-12, -8,-28,-17,  9, -6, 13,  9,-19,-22, -6, -7,-17, -8,  9,-22, -5, -9;
/M: SY='D';  M= -9, 15,-23, 24,  6,-24,-13, -6,-20, -8,-12,-14,  5,-14,  1,-10,  3, -2,-16,-34,-15,  4;
/M: SY='D';  M=-10, 24,-26, 36, 30,-32,-11, -2,-32,  1,-26,-24, 10, -6,  7, -6,  9, -3,-26,-36,-20, 19;
/M: SY='D';  M=-18, 42,-30, 59, 20,-40,-12,  2,-37,  2,-28,-25, 17,-10,  9, -7,  0,-10,-30,-37,-18, 15;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='S';  M= -7,  9,-21,  9,  9,-22,-13, -5,-24,  4,-22,-17, 10,-12,  3, 10, 11,  9,-18,-32,-16,  5;
/M: SY='F';  M=-15,-27,-20,-35,-25, 41,-27,-14, 10,-24, 22, 22,-22,-27,-24,-17,-22,-10,  5, -5, 15,-22;
/M: SY='K';  M= -6, -8,-21, -8, -2,-20,-18,  1,-14,  9,-18, -6, -3,-17,  4,  9,  2, -3, -5,-28, -9,  0;
/M: SY='I';  M=-10,-15,-24,-23,-20, -1,-28,-18, 24,-23, 20, 11, -6,-24,-16,-20,-17, -8,  9,-24, -4,-20;
/M: SY='K';  M= -9,-11,-23,-16, -8,-12,-24,-14, -4,  7, -1,  5, -9,-16, -3,  7, -9,  3, -2,-22, -6, -7;
/M: SY='D';  M=  2, 27,-21, 30,  6,-29, -4, -4,-26, -4,-26,-22, 20,-12, -2,-10, 10, -1,-20,-36,-20,  2;
/M: SY='D';  M=-12, 16,-28, 26, 26,-30,-18, -6,-26, 12,-22,-18,  3, -9,  6,  1, -3, -9,-18,-31,-17, 16;
/M: SY='E';  M=-12, 10,-32, 21, 41,-32,-18, -4,-29,  4,-24,-22, -1, 18, 11, -6, -2,-10,-30,-32,-22, 25;
/M: SY='N';  M= -8,  8,-26,  5,  9,-25,  4, -6,-28,  7,-25,-16, 13,-13,  1,  6,  2, -3,-24,-28,-19,  5;
/M: SY='T';  M=  1, -2,-16, -3,  2,-15,-20,-17, -6, -8, -9, -9, -7,-13, -8,-12,  5, 14,  4,-30,-14, -3;
/M: SY='P';  M= -9,  6,-27,  5,  2,-25,-15, -9,-20, -5,-25,-17,  8, 25,  0, -9,  3,  5,-23,-32,-21, -1;
/M: SY='W';  M=-10,-20,-28,-27,-21,  0,-22,-22, -4,-16, -7, -2,-19,-20,-14,-16,-11,  7, -7, 38,  7,-16;
/M: SY='L';  M= -9, -5,-23, -5, -6,-12,-24,-16, -3, -4,  4, -1, -8,-17, -8, -7, -9,  3, -2,-25, -7, -8;
/M: SY='T';  M= -7,  5,-19,  4, -3,-19,-21,-13, -8, -8,-11, -8, -1,-13,  0,-10,  5, 16, -2,-30,-11, -2;
/M: SY='W';  M= -9,-28,-31,-31,-27, -3, -9,-27, 10,-25,  3,  2,-22,-24,-21,-23,-20,-15,  4, 15, -1,-24;
/M: SY='L';  M= -7,-29,-17,-30,-23,  6,-29,-21, 23,-25, 36, 21,-29,-29,-21,-19,-24, -7, 21,-23, -3,-22;
/M: SY='I';  M= -9,-28,-22,-33,-24,  4,-32,-21, 31,-26, 31, 25,-25,-25,-18,-22,-23, -9, 21,-21, -1,-23;
/M: SY='R';  M=-12,-10,-25,-11, -3,-15,-22,-11,-16, 17, -6, -3, -7,-18,  0, 25,-10, -1,-10,-22, -8, -3;
/M: SY='T';  M=  3,-11,-18,-16,-14,-12,  3,-14, -8,-15, -4,  5, -7,-17,-10,-14,  3,  6, -5,-25,-14,-12;
/M: SY='A';  M= 27,-11,-13,-17,-11,-15,  0,-19, -9,-14, -5, -8, -9,-14,-11,-18,  7,  3, -3,-23,-17,-11;
/M: SY='C';  M=  1,-20,  9,-24,-21,-10, -3,-22, -8,-25,  8, -2,-18,-27,-21,-22,-13,-11, -5,-26,-16,-21;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-22,-32,-22,  5,-30,-18, 27,-26, 36, 29,-25,-25,-16,-20,-25,-10, 15,-20,  0,-20;
/M: SY='V';  M=  6,-20,-17,-25,-21, -6,-13,-24, 10,-20,  9,  4,-18,-22,-19,-20, -7,  0, 15,-24,-11,-21;
/M: SY='V';  M=  7,-23,-20,-28,-23, -8,-11,-25, 15,-22,  7,  5,-18,-21,-20,-23, -9, -7, 16,-22,-11,-23;
/M: SY='S';  M= 21, -3,-10, -5, -3,-20,  0,-13,-17,-10,-25,-17,  5,-10, -3,-13, 32, 15, -7,-35,-20, -3;
/M: SY='G';  M= 18,-10,-23,-14,-16,-26, 44,-20,-29,-16,-23,-16, -4,-16,-16,-20,  4,-13,-19,-20,-26,-16;
/M: SY='F';  M=-11,-29,-21,-33,-26, 24,-32,-20, 20,-26, 24, 12,-25,-28,-25,-21,-21, -8, 17,-10, 13,-26;
/M: SY='Y';  M= -9,-10,-19,-15,-12, 13,-20,  9,-11,-14,-10, -7, -5,-20,-11,-11,  3,  8, -9,-12, 19,-12;
/M: SY='P';  M=-12,-24,-42,-17, -7,-21,-20,-22,-20,-12,-28,-20,-24, 64,-12,-20,-17,-14,-30, 10,-17,-12;
/M: SY='W';  M=-12,-30,-24,-33,-27, 19,-27,-19,  9,-21,  8,  7,-29,-29,-23,-18,-22,-11, 10, 23, 16,-24;
/M: SY='A';  M= 38, -7,-10,-14, -7,-20,  0,-17,-13,-10,-16,-13, -4,-10, -7,-17, 19,  6, -3,-26,-20, -7;
/M: SY='I';  M= -8,-30,-24,-36,-28,  2,-36,-28, 41,-28, 22, 18,-24,-24,-22,-26,-19, -8, 31,-22, -2,-28;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='P';  M=-10,-22,-37,-13, -3,-24,-22,-20,-14,-13,-18,-14,-22, 72,-12,-20,-13,-10,-24,-28,-25,-12;
/M: SY='V';  M= 13,-21,-16,-26,-19, -7,-20,-23, 15,-20,  8,  4,-18,-20,-17,-21, -4, -2, 18,-24,-10,-19;
/M: SY='T';  M=  6, -9,-10,-16,-15, -9,-20,-23,  0,-13, -5, -5, -9,-15,-15,-14, 11, 32, 13,-29,-11,-15;
/M: SY='F';  M= -7,-27,-20,-33,-23, 28,-27,-19, 13,-26, 24, 15,-23,-26,-23,-20,-21, -9,  8,-10,  8,-22;
/M: SY='G';  M= 13,-13,-19,-18,-17,-10, 17,-20,-17,-18, -9,-10, -8,-18,-17,-19,  0, -4,-10,-18,-16,-17;
/M: SY='I';  M= -3,-24,-22,-28,-24,  6,-14,-20, 12,-22,  8,  5,-19,-24,-22,-21,-13, -9, 12,-13,  4,-24;
/M: SY='W';  M=-18,-38,-43,-38,-28, 10,-22,-28,-11,-22, -5,-11,-38,-30,-20,-20,-38,-26,-21,113, 23,-20;
/M: SY='Y';  M=  1,-19,-21,-23,-18,  4,-23,  3,  6,-16,  5,  4,-17,-24,-13,-16,-12, -7,  6, -7, 21,-18;
/M: SY='L';  M= -8,-19,-17,-24,-18,  9,-26,-18,  9,-21, 24, 13,-18,-22,-16,-16,-12,  9,  6,-20,  0,-17;
/M: SY='W';  M=-18,-25,-36,-25,-17, -1,-22, -1,-15,-10, -5, -6,-21,-26, -9,  3,-27,-20,-19, 49, 13,-13;
/M: SY='Q';  M=-10, -4,-30, -4, 15,-32,-23,  1,-11,  8,-15,  0, -3,-11, 38,  5, -4,-10,-20,-21, -9, 26;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='W';  M= -8,-15,-24,-15, -9, -8,-18,-17, -9,  9,-13, -6,-15,-17, -7,  2,-14,-10, -3, 19,  1, -7; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='N';  M= -9,  4,-26, -1, -2,-19, -3, -2,-23,  9,-22,-12, 11,-17,  4, 10, -1, -2,-22,-21, -6,  0;
/M: SY='T';  M=  1, -4,-18,-10, -4,-17,-17,-14,-18, 10,-16,-10, -2,-12, -2, 14,  6, 18, -8,-24,-12, -4;
/M: SY='Q';  M= -7, -2,-26, -2, 10,-30,-16,  0,-24, 17,-24, -8,  2,-12, 28, 19,  5, -3,-22,-24,-12, 19;
/M: SY='R';  M=-18,-14,-30,-17, -7,-16,-24, -7,-12, 17,-11, -3, -4,-20,  3, 48,-12,-10, -9,-20, -8, -7;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_05 which contains 572'214 sequence entries.

Total number of hits	60 in 60 different sequences
Number of true positive hits	60 in 60 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	REGION
Feature description [info]	Interacts with and activates NS3 protease
Version [info]	1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

60 sequences

POLG_ALKV   (Q91B85), POLG_BANV   (C8XPA8), POLG_BUSV   (Q32ZE0),

POLG_DEN1B  (P27909), POLG_DEN1S  (P33478), POLG_DEN1W  (P17763), 
POLG_DEN26  (P29990), POLG_DEN27  (P29991), POLG_DEN28  (P14337), 
POLG_DEN2J  (P07564), POLG_DEN2N  (P14340), POLG_DEN2P  (P12823), 
POLG_DEN2Q  (Q9WDA6), POLG_DEN3C  (Q99D35), POLG_DEN3I  (Q5UB51), 
POLG_DEN3M  (Q6YMS3), POLG_DEN3P  (P27915), POLG_DEN3S  (Q6YMS4), 
POLG_DEN4D  (P09866), POLG_DEN4H  (Q2YHF2), POLG_DEN4P  (Q58HT7), 
POLG_DEN4S  (Q5UCB8), POLG_DEN4T  (Q2YHF0), POLG_EHV(C8XPB2), 
POLG_ILHV   (Q32ZD7), POLG_JAEV1  (P27395), POLG_JAEV5  (P19110), 
POLG_JAEVJ  (P32886), POLG_JAEVM  (G3FEX6), POLG_JAEVN  (P14403), 
POLG_KFDV   (D7RF80), POLG_KOKV   (Q32ZD5), POLG_KUNJM  (P14335), 
POLG_LANVT  (P29837), POLG_LIV(P22338), POLG_MVEV5  (P05769), 
POLG_OHFV   (Q7T6D2), POLG_POWVL  (Q04538), POLG_ROCV   (Q32ZD4), 
POLG_STEVM  (P09732), POLG_TBEVH  (Q01299), POLG_TBEVS  (P07720), 
POLG_TBEVW  (P14336), POLG_TMUV   (G1CRV4), POLG_USUV   (Q5WPU5), 
POLG_WNV(P06935), POLG_WNV9   (Q9Q6P4), POLG_WSLV   (C5H431), 
POLG_YEFV1  (P03314), POLG_YEFVA  (Q6DV88), POLG_YEFVC  (Q6J3P1), 
POLG_YEFVE  (Q074N0), POLG_YEFVF  (Q89277), POLG_YEFVI  (Q98803), 
POLG_YEFVN  (Q1X881), POLG_YEFVT  (Q9YRV3), POLG_YEFVU  (Q1X880), 
POLG_ZIKV   (Q32ZE1), POLG_ZIKVF  (A0A024B7W1), POLG_ZIKVK  (A0A142I5B9)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

80 PDB

2FP7; 2GGV; 2IJO; 2M9P; 2M9Q; 2WHX; 2WV9; 2WZQ; 2YOL; 3E90; 3L6P; 3LKW; 3U1I; 3U1J; 4M9F; 4M9I; 4M9K; 4M9M; 4M9T; 4R8T; 5GJ4; 5GPI; 5GXJ; 5IDK; 5T1V; 5TFN; 5TFO; 5YOD; 5YOF; 5YVV; 5YVW; 5ZMQ; 5ZMS; 5ZOB; 6JPW; 6KK2; 6KK3; 6KK4; 6KK5; 6KK6; 6KPQ; 6L50; 6UM3; 6Y3B; 7M1V; 7O2M; 7O55; 7OBV; 7OC2; 7PFQ; 7PFY; 7PFZ; 7PG1; 7PGC; 7VLG; 7VLH; 7VLI; 7VMV; 7VXX; 7VXY; 7ZLC; 7ZLD; 7ZMI; 7ZNO; 7ZPD; 7ZQ1; 7ZQF; 7ZTM; 7ZUM; 7ZV4; 7ZVV; 7ZW5; 7ZWK; 7ZYS; 8A15; 8AQA; 8AQB; 8AQK; 8CO8; 8PN6
» more