PROSITE entry PS51822

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	HV_PV_NS3_PRO
Accession [info]	PS51822
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	15-FEB-2017 CREATED; 13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51822
Associated ProRule [info]	PRU01166

Name and characterization of the entry

Description [info]

Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=182;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=177;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8278402; R2=0.0132351; TEXT='-LogE';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=-8411.0546875; R2=37.0461884; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=656; H_SCORE=15891; N_SCORE=10.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=354; H_SCORE=4703; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='A';  M= 48,-10,-10,-19,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-11,-10, -9,-10,-10,-20, 11,  1,  0,-21,-20,-10;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='I';  M=-13,-30,-27,-40,-30, 20,-37,-27, 37,-30, 17, 15,-20,-23,-25,-27,-20,-10, 22,-12,  8,-30;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-19,-20,-10,-10,-11,-10,  0,-10,-10,-10, 21, 49,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='A';  M= 35,-15,-13,-23,-13,-12, -8,-20, -2,-15,  5, -2,-15,-15,-13,-20,  0, -3,  3,-20,-15,-13;
/M: SY='Y';  M=-17,-14,-30,-14, -9, 10,-27, 22, -7, -5, -6,  0,-13,-24,  9, -4,-14,-11,-16, 14, 54, -4;
/M: SY='A';  M= 28,-11, 26,-21,-15,-19, -9,-22,-16,-15,-14,-13,-11,-18,-15,-21,  7,  2, -3,-30,-22,-15;
/M: SY='Q';  M=-10, -8,-27, -8, 10,-27,-23,  2,-10,  0, -2,  5, -8,-15, 40,  2, -8,-10,-20,-20, -7, 25;
/M: SY='Q';  M= -5,  0,-25,  0, 15,-35,-15,  5,-20,  5,-23, -5,  3,-10, 45,  5, 10, -2,-25,-25,-13, 30;
/M: SY='T';  M= -3,  3,-15, -2,  8,-15,-20,-15,-15, -5,-13,-13,  0, -7, -2, -7, 15, 35, -8,-30,-13,  3;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='L';  M= -7,-22,-17,-25,-18,  4,-28,-21, 14,-24, 31, 12,-22,-25,-18,-18,-16,  6, 11,-23, -3,-18;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-19,-31,-22, 19,-30,-21, 18,-29, 40, 16,-29,-30,-24,-20,-27, -9, 12,-17,  3,-22;
/M: SY='G';  M=  3, -7,-24, -7,-14,-27, 48,-17,-34,-17,-30,-20,  3,-17,-14,-17, 13, -7,-24,-26,-27,-14;
/M: SY='A';  M= 20, -8, 12,-18,-13,-16,-13,-22,-13,-13,-12,-12, -8,-15,-13,-18, 11, 19, -2,-29,-18,-13;
/M: SY='I';  M=-10,-27,-27,-37,-27,  0,-35,-22, 42,-25, 20, 30,-20,-20,-15,-25,-20,-10, 25,-20,  0,-25;
/M: SY='V';  M= 11,-25,-13,-29,-25, -5,-24,-27, 23,-19,  6,  6,-23,-23,-23,-21, -6, -1, 34,-26,-11,-25;
/M: SY='T';  M=  0,-15,-10,-20,-19, -5,-25,-25,  9,-15,  1,  0,-15,-20,-19,-15,  5, 25, 23,-30,-10,-19;
/M: SY='S';  M=  7, -8,-10, -8, -8,-15, -8,-15, -7,-13,-20,-12,  0,-15, -8,-13, 27, 15,  5,-37,-17, -8;
/M: SY='L';  M=-10,-26,-20,-30,-20,  6,-26,-13, 20,-23, 39, 35,-26,-26,-13,-16,-26,-10, 10,-20,  0,-16;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='R';  M=-17,-15,-30,-18, -8,-15,-25, -8,-10, 15,-10, -2, -5,-20,  2, 45,-13,-10, -7,-20, -7, -8;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='K';  M=-10, -6,-32, -4,  6,-29,-20,-12,-27, 31,-29,-13, -5, 15,  4, 18, -9, -8,-22,-23,-15,  4;
/M: SY='N';  M=-11, 23,-21,  9, -1,-19, -7,  4,-21,  6,-25,-16, 38,-19,  1, 16,  6,  4,-24,-34,-16, -1;
/M: SY='E';  M= -7,  0,-23,  2, 20,-22,-22, -8,-13, -1,-12, -9, -4, -9, 11, -5,  3,  6,-10,-28,-14, 15;
/M: SY='W';  M= -1,-22,-24,-24,-17, -8,-21,-20,  2,-13, -7, -3,-21,-24, -8,-14,-13, -9,  6, 18, -1,-11;
/M: SY='T';  M=  8,  1,-12, -2, 13,-20,-15,-14,-18, -4,-14,-14, -3, -8, -1,-10, 10, 15,-11,-28,-17,  6;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='E';  M= -7,  7,-25, 11, 40,-26,-20, -4,-24,  5,-17,-16,  0, -3, 15, -2,  5,  5,-22,-29,-17, 27;
/M: SY='I';  M= -5,-30,-20,-35,-30,  0,-35,-30, 40,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 40,-25, -5,-30;
/M: SY='Q';  M=-13, -8,-27,-10,  7,-10,-23,  2,-15,  0,-12,  0, -5,-15, 35,  2, -5,-10,-22,-12,  0, 22;
/M: SY='V';  M= -7,-25,-18,-27,-22, -2,-29,-22, 17, -9,  4,  6,-21,-26,-19,  1,-12, -4, 28,-25, -7,-22;
/M: SY='L';  M= -7,-30,-17,-30,-23,  7,-30,-23, 23,-27, 40, 17,-30,-30,-23,-20,-25, -7, 20,-23, -3,-23;
/M: SY='S';  M=  7, -3,-15, -3, -5,-23, 18,-13,-25,-13,-30,-20,  7,-13, -5,-13, 30, 10,-15,-35,-23, -5;
/M: SY='T';  M=  3,  0,-10, -7, -7,-13,-14,-17,-13,-10,-16,-13,  3,-10, -7,-10, 26, 41, -3,-33,-13, -7;
/M: SY='A';  M= 22,-17,-13,-21,-15, -9,-13,-21,  4,-17,  7,  0,-17,-19,-15,-19, -2, -2, 10,-23,-13,-15;
/M: SY='T';  M= 14, -3,-10,-12,-10,-13,-14,-20,-10,-10,-11,-10, -2,-10,-10,-13, 18, 35,  0,-28,-13,-10;
/M: SY='Q';  M= -7,  0,-25, -3, 12,-32,-20,  2,-17,  5,-17, -3,  0,-10, 42,  5,  5,  5,-22,-23,-10, 27;
/M: SY='S';  M=  7,  0,-10, -3, -3,-17, -7,-13,-17,-10,-23,-17,  7,-10, -3,-10, 33, 30, -7,-37,-17, -3;
/M: SY='F';  M=-20,-27,-23,-35,-27, 67,-30,-10,  0,-25,  7,  0,-20,-30,-32,-17,-20,-10, -3, 15, 43,-27;
/M: SY='L';  M=-10,-27,-20,-30,-20,  7,-27,-15, 20,-25, 41, 30,-27,-27,-15,-17,-27,-10, 11,-20,  0,-18;
/M: SY='G';  M= 15,-10,-24,-13,-17,-27, 48,-20,-31,-17,-24,-17, -3,-17,-17,-20,  3,-14,-21,-20,-27,-17;
/M: SY='T';  M= -5, -9,-13,-19,-16, 13,-23,-20, -6,-16, -4, -6, -6,-15,-18,-13,  9, 33,  1,-20,  0,-16;
/M: SY='C';  M=  4,-14, 24,-19,-19,-13,-20,-23, -7,-18,-11, -9,-12,-23,-19,-19,  7, 12,  8,-36,-18,-19;
/M: SY='V';  M= -7,-27, 15,-34,-30, -5,-34,-30, 23,-27,  6,  6,-23,-29,-26,-27,-14, -7, 27,-31,-11,-30;
/M: SY='N';  M= -7, 28,-22, 25,  2,-26,  8, -1,-28, -5,-30,-23, 32,-16, -3, -7, 11, -2,-26,-37,-21,  0;
/M: SY='G';  M= -3,  3,-27, -2,-15,-27, 52,-12,-35,-15,-30,-20, 15,-20,-15,-15,  3,-15,-30,-25,-27,-15;
/M: SY='V';  M=  2,-29,-11,-30,-29, -1,-29,-30, 29,-20,  9,  9,-29,-29,-29,-20, -9,  0, 47,-29,-10,-29;
/M: SY='L';  M=-10,-25,  9,-30,-22,  1,-28,-17, 10,-25, 27, 22,-25,-29,-17,-20,-23,-10,  6,-26, -6,-20;
/M: SY='W';  M=-20,-35,-45,-35,-27, 15,-23,-17,-15,-17,-15,-15,-35,-30,-17,-17,-35,-25,-25,120, 43,-20;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='V';  M= 12,-25,-10,-27,-25, -5,-22,-27, 20,-18,  6,  5,-25,-25,-25,-20, -6,  0, 36,-27,-12,-25;
/M: SY='Y';  M=-20,-16,-29,-18,-16, 25,-27, 34, -8,-13, -4,  0,-12,-27, -9, -9,-17,-13,-14, 12, 57,-16;
/M: SY='H';  M=-20, -1,-30, -1, -1,-19,-20, 98,-29,-10,-19,  0,  9,-20,  9,  0,-10,-20,-29,-28, 22, -1;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='A';  M= 38, -8,-11,-15, -7,-20, -1,-17,-13,-10,-16,-13, -5, -7, -7,-17, 17,  5, -3,-25,-20, -7;
/M: SY='G';  M= -3, -7,-30, -7,-12,-30, 47,-17,-37, -2,-30,-17,  0,-17,-12, -7, -3,-17,-27,-20,-25,-12;
/M: SY='S';  M=  5,  3,-17, -1, -7,-20, 16,-10,-24,-11,-27,-19, 14,-15, -7,-12, 20,  6,-17,-32,-21, -7;
/M: SY='R';  M=-15, -5,-30, -5,  5,-25,-20, -5,-30, 40,-25,-10,  0,-15, 10, 49,-10,-10,-20,-20,-10,  5;
/M: SY='T';  M= -5, -2,-15, -9, -7,-13,-20,-14,-15,  0,-13,-10,  1,-13, -5, 10, 12, 34, -6,-28,-10, -7;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-21,-31,-21,  9,-31,-21, 24,-30, 46, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 12,-20,  0,-21;
/M: SY='A';  M= 48,-10,-10,-19,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-11,-10, -9,-10,-10,-20, 11,  1,  0,-21,-20,-10;
/M: SY='G';  M= -3, -6,-28, -6,-13,-26, 39, 11,-35,-16,-27,-15,  4,-19,-10,-14,  2,-15,-27,-25,-16,-13;
/M: SY='P';  M= -4,-12,-32, -8, -2,-25,-16,-16,-17,-10,-25,-17,-10, 57, -9,-17, -3, -6,-23,-31,-26, -9;
/M: SY='K';  M= -9, -2,-24, -4,  3,-23,-19,-11,-25, 29,-23,-10,  0,-12,  5, 26,  0,  6,-15,-23,-10,  3;
/M: SY='G';  M= -3,-10,-30,-10,-17,-29, 57,-12,-39,-15,-29,-18,  0,-20,-16,-10, -1,-19,-29,-20,-26,-17;
/M: SY='P';  M= -5,-15,-32, -7,  0,-27,-15,-17,-20,-10,-30,-20,-12, 65, -7,-17,  3, -2,-25,-33,-27, -7;
/M: SY='V';  M=  4,-27,-17,-32,-27, -3,-29,-29, 31,-22, 11, 11,-24,-24,-24,-24,-11, -4, 36,-25, -8,-27;
/M: SY='H';  M= -9,-10,  3,-16,-14,-10,-24,  8, -8,-18, -3, -2, -6,-23,-11,-14, -4,  5, -3,-32, -4,-14;
/M: SY='Q';  M=-10, -5,-33, -3, 14,-37,-20,  2,-20,  5,-23, -5, -5, 15, 41,  4, -3,-10,-30,-23,-15, 26;
/M: SY='M';  M=-10,-22,-22,-32,-22,  0,-25, -8, 27,-15, 19, 49,-20,-20, -5,-15,-19, -9, 15,-20,  0,-15;
/M: SY='Y';  M=-15,-15,-25,-17,-17, 20,-27, 10, -3,-10, -3, -3,-15,-25,-10,-10,-10,  5, -7, 15, 57,-17;
/M: SY='T';  M=  1, -8,-10,-14,-14, -9,-20,-21, -1,-13, -7, -6, -6,-15,-14,-13, 15, 34, 11,-31,-11,-14;
/M: SY='N';  M= -9, 35,-21, 29,  5,-25, -3,  4,-25, -2,-30,-23, 41,-16,  0, -4, 13,  1,-26,-40,-20,  3;
/M: SY='V';  M= 22,-21,-10,-26,-21, -9,-17,-26, 13,-16,  1,  1,-21,-21,-21,-20, -1,  0, 28,-26,-14,-21;
/M: SY='D';  M= -1, 28,-25, 38, 20,-33, -9, -5,-31, -1,-23,-23,  9, -8,  1,-11,  3, -7,-22,-33,-20, 10;
/M: SY='Q';  M= -8,  6,-27,  1,  5,-30,  1,  2,-22,  2,-21, -8, 13,-16, 22,  1,  0, -9,-27,-25,-16, 14;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='L';  M=-10,-22,-23,-22,-10, -3,-27,-11, 10,-19, 30, 17,-22,-24,  1,-12,-22,-10,  0,-20, -3, -4;
/M: SY='V';  M= -5,-10,-15, -5,-17,-10,-25,-22, 12,-15,  0,  0,-17,-25,-22,-17, -7, -3, 30,-33,-13,-20;
/M: SY='G';  M= -3,-15,-30,-18,-23,-22, 42,-23,-17,-23,-17,-10, -5,-20,-20,-23, -5,-17,-15,-20,-22,-23;
/M: SY='W';  M=-20,-35,-45,-35,-27, 15,-23,-17,-15,-17,-15,-15,-35,-30,-17,-17,-35,-25,-25,120, 43,-20;
/M: SY='P';  M=-10,-14,-37, -7,  6,-33,-20, -9,-20, -4,-27,-14,-13, 58, 11,-11, -7,-10,-30,-27,-23,  5;
/M: SY='A';  M= 21, -9,-18,-11, -4,-22, -6,-17,-16, -9,-21,-16, -6, 15, -7,-16, 14,  4,-11,-29,-22, -7;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='P';  M= -3,-17,  5,-16, -7,-26,-20,-20,-20,-14,-22,-16,-17, 34, -9,-20, -7, -9,-21,-33,-26,-11;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='A';  M= 28, -7,-11,-16,-10,-16, -8,-20,-10, -8,-11,-10, -6,-11,-10,-15, 13, 16,  1,-25,-16,-10;
/M: SY='R';  M=-12, -7,-30, -7, -3,-25,  6, -8,-33, 21,-25,-13,  0,-17,  1, 34, -7,-13,-23,-20,-16, -3;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-20,-30,-20, 11,-30,-18, 19,-29, 47, 20,-29,-30,-19,-19,-29,-10,  9,-18,  3,-20;
/M: SY='T';  M= -1,  6,-16,  4,  3,-17,-18,-15,-15, -6,-13,-13,  1,-10, -6,-10, 12, 28, -6,-31,-13, -2;
/M: SY='P';  M=-13,-17,-37,-10,  0,-27,-20,-14,-23,  1,-27,-17,-14, 59, -4,  6,-10,-10,-27,-27,-24, -7;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='T';  M=  4,  1,-11, -6, -6,-14,-13,-16,-14, -8,-17,-13,  4,-10, -6, -9, 24, 37, -4,-33,-13, -6;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='S';  M= 16,  0,-15, -1, 12,-23, -5,-10,-20, -5,-22,-17,  2, -7,  2,-10, 21,  7,-12,-32,-20,  7;
/M: SY='S';  M= 12, -7,-10,-11,-10,-14,-10,-18, -7,-12,-14,-10, -3,-14,-10,-13, 21, 21,  5,-32,-16,-10;
/M: SY='D';  M=-17, 37,-30, 52, 17,-37,-13, -3,-37, 13,-30,-25, 15,-10,  3,  0, -3,-10,-27,-35,-17, 10;
/M: SY='L';  M= -7,-25,-23,-25,-20,  0, -5,-20,  5,-27, 30, 10,-22,-27,-20,-20,-22,-13,  0,-20, -8,-20;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='V';  M= -1,-30,-12,-31,-30,  0,-31,-30, 32,-21, 11, 11,-29,-29,-29,-21,-11, -1, 48,-29, -9,-30;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='H';  M=-13,  8,-25,  6,  2,-16,-15, 23,-16, -9, -6, -5, 12,-20,  1, -6, -8,-10,-20,-30, -4,  0;
/M: SY='A';  M= 37,-10,-15,-17,-13,-23, 18,-20,-18,-13,-15,-13, -7,-13,-13,-20,  7, -5, -8,-20,-23,-13;
/M: SY='D';  M=-12, 37,-25, 52, 15,-35, -7, -3,-35, -3,-30,-27, 17,-10,  0,-10, 10, -2,-25,-40,-20,  7;
/M: SY='V';  M= -3,-30,-13,-30,-27,  3,-30,-27, 27,-23, 20, 13,-30,-30,-27,-20,-15, -3, 40,-27, -7,-27;
/M: SY='I';  M= -7,-30,-23,-36,-29,  1,-36,-29, 41,-27, 20, 17,-24,-24,-23,-26,-18, -7, 34,-23, -3,-29;
/M: SY='P';  M=-10,-12,-37, -2, 15,-30,-20,-15,-23, -5,-27,-20,-15, 67, -2,-15, -7,-10,-30,-30,-27,  3;
/M: SY='V';  M= 24,-20,-10,-25,-20,-10,-16,-25, 11,-15,  0,  0,-20,-20,-20,-20,  0,  0, 26,-25,-15,-20;
/M: SY='R';  M=-17,  3,-27, -2,  0,-20,-15,  3,-27, 22,-23,-13, 15,-20,  7, 52, -5, -7,-23,-25,-13,  0;
/M: SY='R';  M=-17, -7,-30, -7,  3,-23,-20, -3,-30, 35,-23,-10,  0,-17, 10, 60,-10,-10,-20,-20,-10,  3;
/M: SY='R';  M=-11, -6,-25, -6,  1,-21,-15, -3,-27, 20,-23,-12,  3,-16,  9, 45,  3, -2,-18,-25,-13,  2;
/M: SY='G';  M= -6,  9,-30, 15, -7,-33, 45,-14,-40,-14,-30,-23,  6,-17,-14,-17,  0,-17,-30,-26,-27,-11;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='P';  M= -4, -2,-23, -3, -1,-22,-11,-11,-21, -1,-26,-17,  5, 13, -2,  1, 11,  9,-18,-32,-19, -4;
/M: SY='R';  M=-17,-11,-27,-13, -6, -6,-23,  2,-20, 14,-14, -7, -5,-21,  2, 38, -8, -1,-15, -9, 13, -6;
/M: SY='W';  M= 13,-18,-28,-21,-19,-16, 22,-23,-24,-16,-20,-16,-14,-19,-16,-20, -6,-15,-19, 23,-11,-16;
/M: SY='C';  M= 17, -9, 21,-15,-12,-21, -3,-19,-21,-16,-21,-17, -5,-18,-12,-19, 15,  4, -8,-35,-23,-12;
/M: SY='L';  M= -7,-30,-17,-30,-23,  7,-30,-23, 23,-27, 40, 17,-30,-30,-23,-20,-25, -7, 20,-23, -3,-23;
/M: SY='L';  M=-10,-27, 15,-30,-23,  2,-30,-23,  9,-30, 31, 10,-27,-32,-23,-23,-25,-10,  6,-28, -8,-23;
/M: SY='S';  M=  7, -3,-15, -3, -5,-23, 18,-13,-25,-13,-30,-20,  7,-13, -5,-13, 30, 10,-15,-35,-23, -5;
/M: SY='P';  M=  6,-17,-31,-13, -3,-27,-15,-20,-17,-10,-24,-17,-17, 60,-10,-20, -4, -5,-21,-27,-27,-10;
/M: SY='R';  M=-17,-15,-27,-15, -5,-12,-23, -5,-17, 15, -2, -2, -8,-23,  2, 47,-15,-10,-12,-20, -7, -5;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='I';  M= -9,-27,-23,-34,-24,  3,-31,-19, 32,-24, 29, 29,-24,-24,-16,-21,-22, -9, 20,-21, -1,-22;
/M: SY='S';  M= 24, -3,-10, -7, -3,-20,  0,-13,-17,-10,-23,-17,  3,-10, -3,-13, 30, 13, -7,-33,-20, -3;
/M: SY='T';  M= -6,-16,  0,-20,-20,  0,-25,-14,  1,-15, -4, -3,-15,-24,-17,-14, -1, 11,  9,-19,  7,-20;
/M: SY='L';  M=  5,-25,-17,-27,-17,  2,-22,-20, 12,-25, 35, 12,-25,-25,-17,-20,-20, -7,  7,-20, -5,-17;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='G';  M= 13,-10,-25,-13,-17,-27, 52,-20,-32,-17,-25,-17, -3,-17,-17,-20,  3,-15,-22,-20,-27,-17;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='I';  M= -7,-30,-21,-34,-27,  3,-33,-26, 34,-26, 26, 19,-26,-26,-22,-23,-20, -7, 29,-23, -3,-26;
/M: SY='L';  M=-10,-27,-20,-30,-20,  7,-27,-14, 20,-24, 42, 31,-27,-27,-14,-17,-27,-10, 10,-20,  0,-17;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P';  M= -4,-14,-32, -7,  0,-27,-14,-17,-20,-10,-30,-20,-12, 62, -7,-17,  4, -2,-24,-33,-27, -7;
/M: SY='S';  M=  3, -4,-15, -5, -2,-17, -6, -8,-18, -3,-23,-11,  5,-13,  1,  4, 24, 12,-10,-34,-16, -2;
/M: SY='G';  M= -1, -9,-30, -8,-19,-30, 66,-19,-40,-18,-30,-20,  0,-20,-19,-18,  0,-20,-30,-20,-29,-19;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='V';  M= 11,-24,-11,-27,-24, -6,-22,-26, 18,-16,  4,  4,-24,-25,-24,-16, -5,  0, 35,-27,-12,-24;
/M: SY='V';  M=  8,-26,-15,-30,-26, -4,-26,-28, 27,-20,  8,  8,-23,-23,-23,-23, -8, -3, 35,-25,-10,-26;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='I';  M= -9,-27,-23,-34,-25,  2,-32,-20, 34,-24, 26, 29,-23,-23,-16,-22,-21, -9, 22,-21, -1,-23;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='R';  M=-15, -7,-25,-10, -3,-17,-20, -5,-25, 20,-17,-10,  0,-17,  5, 50, -2,  5,-15,-23,-10, -3;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='V';  M= -5,-25,-16,-25,-22, -5,-28,-22, 16, -8,  3,  5,-22,-27,-20,  2,-10, -3, 32,-27,-10,-22;
/M: SY='C';  M=-10, -5, 85,-17,-22,-20,-22,-20,-27,-22,-23,-20,  0,-35,-22,-22, -5, -7,-15,-47,-27,-22;
/M: SY='T';  M=  6, -1,-10, -7, -7,-14,-12,-17,-13,-10,-17,-13,  3,-10, -7,-11, 26, 37, -3,-33,-14, -7;
/M: SY='R';  M=-15,-10,-30,-10, -5,-23,  3, -5,-33, 17,-23,-13,  0,-20,  2, 47, -7,-13,-23,-20,-15, -5;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='V';  M=  4,-22,-10,-22,-22, -6,-21,-25, 16,-17, -1,  2,-19,-24,-22,-17,  3,  5, 33,-32,-13,-22;
/M: SY='A';  M= 37,-15,-10,-23,-15,-15, -8,-23,  0,-13, -5, -5,-15,-15,-15,-20,  5,  0, 13,-23,-17,-15;
/M: SY='K';  M= -5,  0,-25,  0,  7,-27,-15,-10,-27, 35,-30,-13,  3,-10,  7, 20,  3, -2,-17,-25,-13,  7;
/M: SY='A';  M= 24, -5,-15, -9,  0,-25, -5,-10,-15, -5,-18,-10, -2,-10, 10,-10, 16,  3,-10,-26,-17,  5;
/M: SY='I';  M= -8,-30,-22,-34,-26,  4,-34,-26, 35,-28, 29, 18,-26,-26,-22,-24,-22, -8, 27,-22, -2,-26;
/M: SY='D';  M=-18, 26,-30, 38, 16,-35,-14,  1,-34,  9,-26,-20, 11,-12, 12, 13, -3,-10,-27,-32,-16, 13;
/M: SY='F';  M=-15,-30,-17,-37,-30, 60,-30,-23,  8,-27, 10,  3,-23,-30,-37,-20,-17, -7, 13,  0, 20,-30;
/M: SY='I';  M= -9,-24,-25,-30,-22, -6,-32,-22, 24,-12,  7,  9,-17,-22,-14, -2,-14, -8, 21,-22, -5,-22;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='V';  M= -3,-30, -8,-30,-27,  2,-30,-27, 26,-23, 19, 12,-29,-30,-27,-21,-15, -3, 37,-28, -8,-27;
/M: SY='E';  M= -7,  0,-25,  7, 37,-22,-23, -8,-15,  2,-12,-12, -8, -8,  7, -5, -3, -7,-10,-30,-17, 22;
/M: SY='C';  M=  2,  1, 21, -6, -9,-18,-11,-13,-21,-13,-24,-18,  9,-19, -9,-14, 18, 13,-12,-40,-21, -9;
/M: SY='L';  M=  5,-22,-17,-27,-17,  0,-20,-15, 12,-20, 27, 22,-22,-22,-12,-17,-17, -7,  7,-20, -5,-15;
/M: SY='D';  M= -7, 13,-27, 21, 20,-31,  8, -6,-33, -3,-26,-22,  6, -9,  4, -9,  6, -8,-27,-31,-22, 12;
/M: SY='T';  M= -1,-11,-16,-17,-16,  1,-22,-11,  0,-12, -4, -4,-10,-18,-13,-13,  4, 19,  5,-14, 12,-16;
/M: SY='H';  M= -4, -4,-19, -9, -5,-17,-20, 14,-11, -9,-12, -4, -1,-15,  3, -7,  5, 13, -7,-28, -3, -2;
/M: SY='M';  M= -4,-15,-23,-19,-11,-13,-20,-13,  1, -9, -3, 13,-15, 10, -5,-11, -6,  3, -2,-25,-12,-10;
/M: SY='R';  M=-17, -7,-30, -7,  5,-25,-20,  3,-27, 25,-20, -7,  0,-17, 23, 55, -7,-10,-23,-20,-10, 10;
/M: SY='S';  M=  2, -5,-15, -6, -6, -7, -9, -3,-14,-10,-21,-14,  2,-15, -3,-10, 24, 14, -9,-22,  6, -6;
/M: SY='P';  M= -7,-15,-32,-10, -3,-25,-20,-20,-17,-10,-25,-17,-15, 65,-10,-17, -2,  5,-22,-30,-25,-10;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_05 which contains 572'214 sequence entries.

Total number of hits	33 in 33 different sequences
Number of true positive hits	33 in 33 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	Peptidase S29
Version [info]	3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

33 sequences

POLG_GBVB   (Q69422), POLG_HCV1   (P26664), POLG_HCV6A  (Q5I2N3),

POLG_HCV77  (P27958), POLG_HCVBB  (Q68749), POLG_HCVBK  (P26663), 
POLG_HCVCO  (Q9WMX2), POLG_HCVED  (O39929), POLG_HCVEU  (O39927), 
POLG_HCVEV  (O39928), POLG_HCVH9  (Q81754), POLG_HCVIN  (Q913D4), 
POLG_HCVJ1  (Q03463), POLG_HCVJ4  (O92972), POLG_HCVJ6  (P26660), 
POLG_HCVJ8  (P26661), POLG_HCVJA  (P26662), POLG_HCVJF  (Q99IB8), 
POLG_HCVJK  (Q68801), POLG_HCVJL  (Q68798), POLG_HCVJP  (Q9DHD6), 
POLG_HCVJT  (Q00269), POLG_HCVK3  (Q81495), POLG_HCVNZ  (Q81258), 
POLG_HCVR6  (Q913V3), POLG_HCVSA  (O91936), POLG_HCVT5  (O92529), 
POLG_HCVTR  (Q81487), POLG_HCVTW  (P29846), POLG_HCVVA  (Q9QAX1), 
POLG_HCVVN  (O92530), POLG_HCVVO  (O92531), POLG_HCVVP  (O92532)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

80 PDB

1A1Q; 1A1R; 1A1V; 1BT7; 1CU1; 1DXP; 1DY8; 1DY9; 1JXP; 1N1L; 1NS3; 1RGQ; 1RTL; 1W3C; 2A4G; 2A4R; 2F9V; 2GVF; 2O8M; 2OBO; 2OBQ; 2OC0; 2OC1; 2OC7; 2OC8; 2OIN; 2P59; 2QV1; 2XNI; 2ZJO; 3EYD; 3KN2; 3MRG; 3MRH; 3MRJ; 3MRL; 3OYP; 3P8N; 3P8O; 3RC4; 3RC5; 3RVB; 3SU4; 4A1T; 4A1V; 4A1X; 4A92; 4B6E; 4B6F; 4B71; 4B73; 4B74; 4B75; 4B76; 4I31; 4I32; 4I33; 4JMY; 4K8B; 4KTC; 4U01; 5FPS; 5FPT; 5FPY; 6BQJ; 6BQK; 6N4N; 6P6S; 6P6Z; 6VDO; 7MM3; 7MM4; 7MM9; 7MMA; 7MMB; 7MMC; 7MMD; 7MME; 7MMK; 7MML
» more