PROSITE entry PS51827

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	XTBD
Accession [info]	PS51827
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	15-MAR-2017 CREATED; 13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51827
Associated ProRule [info]	PRU01171

Name and characterization of the entry

Description [info]

XRN2-binding (XTBD) domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=85;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=80;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1024818; R2=0.0114432; TEXT='-LogE';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=8507.5146484; R2=5.9352160; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=647; H_SCORE=12348; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=385; H_SCORE=10793; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='E';  M=-12, 19,-30, 31, 51,-32,-18,  0,-32,  8,-22,-22,  4, -2, 16, -2,  0,-10,-30,-32,-20, 33;
/M: SY='A';  M= 27, -5,-10,-11, -6,-19, -3,-16,-14,-10,-18,-14, -1,-10, -6,-15, 23, 15, -4,-29,-19, -6;
/M: SY='L';  M=-12,-15,-25,-12,  5,  2,-27, -5,  0,-13, 17,  3,-18,-21, -5,-11,-18,-10, -7,-12, 11, -1;
/M: SY='R';  M=-15, -5,-30, -5,  5,-25,-20, -5,-30, 41,-25,-10,  0,-15, 10, 49,-10,-10,-20,-20,-10,  5;
/M: SY='C';  M= -6, -7, 17,-13,-11,-23, -7,-20,-27,  1,-23,-15, -6,-20,-11, -5, -2,  2,-15,-31,-19,-11;
/M: SY='E';  M=-12,  1,-25,  8, 17,-19,-22, 10,-14, -6, -5, -7, -5,-14,  1, -8, -8,-10,-12,-30, -8,  8;
/M: SY='W';  M=-13,-23, -9,-25,-25, -2,  2,-16,-23,-20,-18,-16,-21,-29,-20,-20,-19,-19,-22, 39, 13,-22;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='T';  M=  5,  0,-10, -5, -5,-15, -9,-15,-15,-10,-21,-15,  5,-10, -5,-10, 31, 34, -5,-35,-15, -5;
/M: SY='D';  M=-18, 48,-28, 61, 16,-36, -8,  2,-36,  0,-30,-28, 27,-12,  0, -8,  2, -8,-30,-40,-20,  8;
/M: SY='D';  M=-13, 18,-30, 26, 24,-33,-17, -5,-33, 25,-28,-19,  6, -8,  9, 11, -5,-10,-25,-29,-15, 17;
/M: SY='H';  M=  4, -3,-24, -6,  0,-24,-14, 46,-22, -6,-17, -3,  2,-15, 13, -4, -2,-12,-21,-25,  2,  4;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='E';  M=-17,  8,-30, 15, 20,-19,-20,  4,-27, 10,-19,-16,  1,-13,  7, 16, -6,-10,-24,-19,  1, 11;
/M: SY='L';  M= -2,-18,-21,-20,-13, -4,-22, 14,  0,-21, 19,  9,-15,-24,-10,-14,-17,-11, -3,-23,  2,-13;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='R';  M=-18, -8,-30, -8,  2,-22,-20, -2,-30, 33,-22,-10,  0,-18, 10, 63,-10,-10,-20,-20,-10,  2;
/M: SY='E';  M= 12,  7,-19, 10, 19,-26, -8, -9,-23, -2,-21,-18,  2, -7,  3,-10, 12,  0,-16,-31,-20, 11;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='M';  M= -8,-25,-18,-30,-22,  3,-25,-11, 22,-17, 27, 40,-25,-25,-11,-15,-21, -8, 17,-22, -2,-16;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='R';  M= 18,-10,-19,-15, -5,-20, -9,-11,-19,  9,-15,-10, -5,-15, -1, 22,  1, -5, -9,-20,-15, -5;
/M: SY='H';  M=-15, 19,-25,  9,  0,-20,-11, 58,-25, -5,-25, -9, 33,-20,  5,  0, -1,-11,-30,-35,  1,  0;
/M: SY='Y';  M=  4,-13,-23,-17,-11, -3,-17, -2, -6,  3, -6,  6,-13,-18, -4, -4, -9, -7, -6, -4, 17, -9;
/M: SY='D';  M=-13, 26,-30, 38, 16,-35, 11, -6,-38, -4,-28,-25, 11,-11, -2,-11,  0,-13,-30,-33,-23,  7;
/M: SY='D';  M= -7, 26,-26, 36, 10,-32,-10, -4,-32,  5,-24,-22, 10,-12,  0,  6,  0, -8,-22,-32,-18,  4;
/M: SY='F';  M=-17,-27,-23,-31,-24, 44,-30, -7,  6,-24, 18,  6,-23,-30,-25,-17,-23,-10,  0,  8, 37,-24;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-10; IM=0; DM=-10;
/M: SY='P';  M= -6, -4,-30,  1, 19,-31,-16, -5,-22,  0,-25,-14, -4, 24, 18, -5,  4, -5,-26,-29,-20, 17;
/M: SY='L';  M=-10,-12,-25, -9,  7,-11,-25,-12, -7,  4,  9,  2,-14,-17, -2,  0,-17,-10, -8,-22, -8,  3;
/M: SY='D';  M=-14, 11,-30, 15,  4,-27,-22, -7, -6, -7,-11, -6,  2,-13, 11,-11, -6,-10,-11,-28,-11,  6;
/M: SY='Q';  M=-14, -4,-30, -4, 12,-32,-20,  6,-24, 18,-20, -4,  0,-14, 40, 34, -4,-10,-26,-20,-10, 24;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='I';  M= -6,-21,-21,-22,-12,-11,-28,-16, 15,-14,  9, 10,-19,-22,  2,-12,-12, -6, 15,-24, -7, -6;
/M: SY='C';  M= -1,-11, 60,-16,-16,-20,-16,-21,-25,-21,-25,-20, -6,-26,-16,-21, 13,  4,-10,-45,-25,-16;
/M: SY='L';  M=-13,-30,-20,-33,-23, 30,-30,-20, 14,-30, 39, 14,-27,-30,-26,-20,-27,-10,  7,-11,  9,-23;
/M: SY='S';  M= 19, -2,-10, -4, -2,-20,  0,-12,-18,-10,-26,-18,  6,-10, -2,-12, 33, 16, -8,-36,-20, -2;
/M: SY='Q';  M=-10, -9,-25,-14,  1,-21,-20,  5, -1,  1, -1, 28, -9,-15, 32,  1, -9,-10,-11,-20, -5, 17;
/M: SY='L';  M= 11,-18,-13,-23,-17, -5,-19,-22,  7,-18, 12,  3,-18,-20,-17,-18, -4,  8, 12,-24,-10,-17;
/M: SY='W';  M=-20,-35,-34,-40,-30, 48,-25,-25, -9,-25, -4, -9,-29,-30,-31,-20,-29,-19,-14, 75, 30,-25;
/M: SY='V';  M= 20,-21,-16,-29,-21, -9,-19,-25, 18,-19,  4,  4,-18,-18,-18,-23, -4, -3, 21,-22,-11,-21;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='H';  M=-11,-14,-21,-16,-14, -9,-23, 37,  0,-13, -2, 16, -9,-23, -5, -9,-12,-11,  4,-28,  6,-12;
/M: SY='V';  M= -4,-12,-17,-11, -1,-13,-25,-19,  1, -1, -6, -3,-14,-17,-10, -7, -3,  5, 14,-29,-12, -5;
/M: SY='F';  M=-17,-30,-20,-37,-27, 58,-30,-20,  6,-30, 23,  6,-23,-30,-34,-20,-23,-10,  3,  1, 21,-27;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-20,-30,-20,  8,-28,-16, 20,-26, 43, 29,-28,-28,-16,-18,-28,-10, 10,-20,  0,-18;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='R';  M=-15, -1,-30,  2, 21,-25,-20, -2,-30, 28,-22,-13,  0,-11, 13, 39, -7,-10,-23,-23,-13, 15;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='P';  M= -4,-14,-31, -7,  0,-27,-14,-17,-20,-10,-30,-20,-11, 59, -7,-17,  6, -1,-24,-33,-27, -7;
/M: SY='Q';  M= -6,  1,-26,  3, 21,-34,-16,  4,-21,  6,-22, -7,  2, -9, 41,  4,  9, -3,-26,-26,-14, 31;
/M: SY='K';  M=  6, -4,-19, -8, -1,-21,-13,-12,-21, 14,-20,-11, -1,-12,  1, 14,  7,  7,-11,-25,-14, -1;
/M: SY='V';  M= -3,-23,-13,-26,-22,  1,-28,-25, 18,-21, 18,  9,-23,-26,-22,-18,-10,  8, 26,-27, -7,-22;
/M: SY='M';  M=-10,-20,-20,-30,-20,  0,-20,  0, 20,-10, 20, 60,-20,-20,  0,-10,-20,-10, 10,-20,  0,-10;
/M: SY='D';  M=-15, 17,-28, 26, 11,-29,-18, -1,-20, -4, -9, -9,  3,-14, 14, -6, -7,-10,-21,-29,-12, 13;
/M: SY='K';  M=-10, -7,-28, -7,  3,-21,-22,-12,-19, 32,-12, -3, -7,-14,  3, 19,-14,-10,-13,-20, -8,  3;
/M: SY='I';  M= -8,-30,-26,-38,-30,  0,-38,-30, 46,-28, 18, 18,-22,-22,-22,-28,-18, -8, 34,-22, -2,-30;
/M: SY='Q';  M=  2, -5,-21,-11, -5,-14,-15, -7, -8, -4,  0, -2,  0,-19,  3,  3, -6, -6,-10,-24,-11, -2;
/M: SY='E';  M= -1,  4,-18,  5, 21,-21,-14, -9,-21, -2,-20,-17,  3, -6,  5, -6, 18, 17,-15,-33,-17, 13;
/M: SY='M';  M=-10,-22,-20,-30,-20,  2,-22, -4, 20,-14, 27, 51,-22,-22, -4,-12,-22,-10, 10,-20,  0,-12;
/M: SY='A';  M= 25, -8,-16,-12,-11,-23, 22,-18,-22,-13,-21,-15, -2,-13,-11,-18, 14, -2,-12,-24,-23,-11;
/M: SY='E';  M=  9,  1,-24,  3, 27,-27,-14, -9,-24, 13,-19,-15, -3, -5,  8,  0,  1, -7,-18,-25,-18, 18;
/M: SY='G';  M= -2, -6,-30, -3, -2,-30, 50,-16,-38,-13,-28,-20,  0,-16,-11,-16,  0,-18,-30,-22,-28, -7;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='A';  M= 24, -5,-16,-13, -4,-21, -9,-17,-16,  7,-16,-10, -5,-10, -4, -4,  6,  6, -6,-22,-15, -4;
/M: SY='A';  M= 27,-19,-10,-25,-19,-11,-14,-25,  9,-15, -1, -1,-19,-19,-19,-20,  1,  0, 23,-25,-15,-19;
/M: SY='T';  M= -6, 12,-20,  9, -4,-18,-15,-11, -9,-10,-15,-12, 12,-13, -6,-12, 10, 13, -8,-34,-14, -6;
/M: SY='D';  M=-15,  9,-28, 15, 13, -8,-19, -8,-26, 11,-19,-15,  1,-13, -2,  2, -8,-10,-20,-21, -6,  7;
/M: SY='A';  M= 12,  9,-21, 11,  2,-26, -8, -9,-24,  2,-19,-16,  2,-12, -2,  3,  2, -5,-14,-26,-18, -1;
/M: SY='P';  M=-13,-12,-35, -8,  4,-29,-20, -7,-23,  7,-25,-12, -9, 33, 12, 15, -8,-10,-27,-25,-19,  4;
/M: SY='T';  M= -5, -2,-21, -7,  4,-17,-23,-16,-10,  4,-12, -8, -3,-10, -2, -2,  4, 18, -6,-26,-10,  1;
/M: SY='R';  M=-17, -7,-30, -7,  0,-16,-21, 14,-26, 25,-20, -7, -1,-18,  7, 36,-11,-11,-20,-14,  7,  0;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='E';  M= -3,  2,-15,  3, 13,-17,-11, -7,-17,  8,-16,-11,  1, -5,  5,  2,  7,  7,-12,-21,-11,  9; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='T';  M= -2, -3,-21, -8, -6,-23,  8,-13,-22, -9,-19,-11,  0,-13,  2, -9,  9, 15,-16,-25,-16, -2;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='R';  M= -8,  2,-17, -1,  0,-14, -8,  0,-18, 10,-17,-10, 10,-13,  4, 26,  4, -1,-14,-21,-10,  0; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='Y';  M=-10,-18,-20,-21,-17, 11,-27, -7,  5,-18, 17,  5,-18,-24,-14,-14,-13,  7,  1, -7, 22,-17;
/M: SY='R';  M=-10,-12,-24,-12, -5,-18,-23,-13,-11, 22,-15, -4, -9,-19, -3, 26,-10, -7,  2,-23,-10, -5;
/M: SY='R';  M=-17, 10,-30, 16,  9,-29,-17, -3,-33, 28,-26,-16,  6,-14,  7, 35, -7,-10,-23,-26,-13,  6;
/M: SY='E';  M= 11, -4,-21, -5, 12,-22,-14,-14,-17, -4,-16,-15, -7, 11, -1,-12,  6,  6,-14,-27,-20,  4;
/M: SY='F';  M=  5,-17,-15,-21,-14, 11,-15,-17, -2,-20,  5, -2,-12,-20,-16,-17,  1,  1,  0,-20, -3,-14;
/M: SY='V';  M=  8,-27,-10,-28,-27, -3,-25,-28, 23,-18,  7,  7,-27,-27,-27,-20, -7,  0, 42,-28,-12,-27;
/M: SY='A';  M= 34, -6,-10,-12, -6,-20,  0,-16,-14,-10,-18,-14, -2,-10, -6,-16, 22,  8, -4,-28,-20, -6;
/M: SY='K';  M= 14, -4,-22, -8,  2,-26,-12,-14,-22, 26,-22,-10, -4,-10,  2, 10, -2, -6,-12,-20,-14,  2;
/M: SY='K';  M=  9, -7,-17, -9, -3,-20,-12,-15,-13, 10,-19, -9, -4,-13, -3,  1,  7,  2, -2,-27,-15, -3;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_06 which contains 572'619 sequence entries.

Total number of hits	10 in 10 different sequences
Number of true positive hits	10 in 10 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	XRN2-binding (XTBD)
Version [info]	3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

10 sequences

C2AIL_BOVIN (Q24JY8), C2AIL_HUMAN (Q96HQ2), C2AIL_MOUSE (Q9D211),

C2AIL_RAT   (Q5RK03), CARFA_XENLA (Q7ZXV6), CARFB_XENLA (Q6PAV5), 
CARF_HUMAN  (Q9NXV6), CARF_MOUSE  (Q8BI72), CARF_RAT(Q5U2X0), 
PAXT1_CAEEL (Q21738)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

1 PDB

5FIR