PROSITE entry PS51854
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | CSPG |
Accession [info] | PS51854 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
28-FEB-2018 CREATED;
28-FEB-2018 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC51854 |
Associated ProRule [info] | PRU01201 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | CSPG repeat profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=92; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=87; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8655000; R2=0.0086952; TEXT='-LogE'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1511; N_SCORE=15.0; MODE=1; TEXT='R'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=821; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='R?'; /DEFAULT: M0=-17; D=-150; I=-150; B1=-1000; E1=-1000; MI=-380; MD=-380; IM=-380; DM=-380; ... A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y /I: B1=0; BI=-380; BD=-380; /M: SY='P'; M= 24,-55,-36, 4,-29,-20,-24,-34, -2,-18,-41,-30, 52, 15,-28,-24, 23,-14,-58,-25; /M: SY='P'; M=-14,-63,-34,-19,-33,-44,-14,-11,-29,-11,-40,-50, 90,-13,-29,-27,-24, 2,-60,-52; /M: SY='P'; M=-23,-60,-44, -4,-20,-51, 18, 2,-13,-45,-15,-15, 53, 36, 6, 4,-21, 6, 12,-24; /M: SY='V'; M=-32,-54,-26, -5,-14,-42,-51, 25,-35, 30, 18,-52, 6, 3,-25,-27,-26, 32,-58,-41; /M: SY='T'; M= -2,-51,-41,-37, 3,-24, 0, 6,-40, 13, 12,-24,-33, -3,-50, 1, 30, 22, -4,-25; /M: SY='T'; M= 5,-53,-35,-38, -1,-30,-10, 15, -8, -2,-23,-26, 3, -8, 5,-25, 32, 12, -8,-20; /M: SY='N'; M= -5,-52,-26,-19,-27, 7, 16,-21,-23,-26, -9, 66,-52,-10, -7, 16, -6,-22,-64,-37; /M: SY='T'; M= -1,-23, -9, -4,-41,-12,-12,-35, 11,-38, 8, -9,-17, 12, 28, 6, 31,-11,-62,-46; /M: SY='G'; M=-27,-57,-25, -8,-45, 45,-14,-29,-21,-17, 3, -6, 34,-19,-14, 13, -7,-21,-59,-32; /M: SY='L'; M=-27,-52,-66,-59, 30,-66,-52, 19,-59, 62, 22,-62,-64,-54,-57,-56,-44, 1,-49,-30; /M: SY='H'; M=-19,-55,-18, 16,-33,-46, 43, -6,-23,-34, 19,-31,-15, 12, 8, 3, 21, 11, 19,-10; /M: SY='V'; M=-30,-50,-63,-57,-33,-64,-59, 14,-41, 22, 40,-58,-59,-54,-55,-48, -5, 67,-12,-40; /M: SY='W'; M= -1, -3, 4, -3, -1,-42,-45,-16,-23, 3, 2,-14, 26, 15,-39, -3, 13,-19, 35, -3; /I: I=-31; MI=0; MD=-79; IM=0; DM=-79; /M: SY='E'; M=-20,-61,-24, 74,-62, -6,-38,-27,-11,-44,-30,-16, -1, 34, -2,-27,-35,-44,-60,-52; /M: SY='G'; M=-31,-23,-26,-27,-17, 72, 16,-61,-21,-37,-50, 1,-34,-23,-39,-12,-20,-47,-56,-21; /M: SY='G'; M= -6,-35, 7, 12,-44, 39, 7,-43,-29,-32, 4,-26,-48, 37,-43, 20,-10,-28,-59,-28; /M: SY='R'; M= -3,-53,-44,-18,-41,-11,-17,-19,-10, -9, 14,-23,-51, 29, 29, 16, 25, 0,-60,-34; /M: SY='T'; M= 18,-29,-46,-14, -1,-10,-19,-19, 6,-14, -8,-17,-35,-14, 18, -4, 24, 8,-58,-42; /M: SY='P'; M= -2,-56,-48, -4,-36,-53,-27, 10,-24, 0,-11,-30, 50,-15,-14, -7, 17, 8, 5,-10; /M: SY='I'; M=-48,-55,-67,-63,-12,-70,-59, 67,-61, 49,-14,-61,-61,-56,-61,-57,-42, 4,-54,-36; /M: SY='T'; M=-24,-49, 19,-23,-54, -7,-44,-49,-37,-29,-46, -9,-13, 2,-14, 35, 66,-43,-67,-49; /M: SY='P'; M=-18,-56,-31,-11,-24,-22,-44,-48, -4,-26,-10, 16, 55, -8, 7, 14, 27,-32, 22,-47; /M: SY='Q'; M= 8,-55, 19, 15,-10,-34, 10,-52, 8,-29,-45, 1, -2, 33, 3, 11, 7,-43,-60,-44; /M: SY='H'; M=-15,-55,-25, -3,-30,-54, 63, 19,-43, 2, 6, -5,-53, 23,-44, -9,-13, 18,-10, 1; /M: SY='L'; M=-47,-51,-65,-59, 6,-49,-52, 13,-59, 68,-14,-62,-64,-54,-57,-40,-26, 4,-52,-34; /M: SY='Q'; M= -8,-25, 6, -8, -7,-33, 32,-43, 7,-23,-13, 10,-50, 35, 11, 32,-13,-34,-60,-41; /M: SY='A'; M= 50,-26,-54,-49, 4, -5,-52, 2,-48,-19,-35,-38,-19,-34,-31,-23,-14, 29,-53, 2; /M: SY='T'; M=-14,-51, -8, 22,-48,-42,-45, -1,-21,-31,-30,-28,-20, -3,-23, 25, 46, 13,-62,-11; /I: I=-26; MD=-67; /M: SY='D'; M=-37,-61, 89, -2,-64,-32,-12,-62,-26,-33,-57, -4,-50, -5,-36, -6,-11,-59,-77,-39; D=-26; /I: I=-26; MI=0; MD=-67; IM=0; DM=-67; /M: SY='P'; M= 17,-61, 9,-15,-54,-28,-51,-14,-31,-11, 0,-48, 31, 13,-16,-18,-29, -4,-25,-24; D=-26; /I: I=-26; DM=-67; /M: SY='D'; M=-24,-59, 80, 28,-43, -5,-24,-36,-25,-54,-55, 15,-48,-11,-43,-11,-33,-35,-72,-51; /M: SY='S'; M=-24,-50, 19,-38,-52,-13,-44,-26,-30,-27,-45,-10, -9,-37, 4, 50, 45, -8,-66,-48; /M: SY='P'; M= -5,-58, 39, 13,-44,-20,-28,-53,-20,-26,-48, 14, 52, -7, -5, 7,-10,-37,-64,-31; /M: SY='D'; M=-10, 0, 54, -8,-31, -8, -6,-34, -5,-17,-47,-16, 44, -8, -9, -8,-39,-28,-65,-49; /M: SY='D'; M=-12,-58, 41, 26,-51, -5, 4,-49, -8,-25,-48, 4, 21, 6, 2, 13,-26,-33,-65,-49; /M: SY='D'; M=-17,-57, 43, 42,-45,-16, -2,-46,-10,-15, 10, 4,-34, 20,-39, 8,-13,-43,-63,-32; /M: SY='L'; M=-18,-53,-33,-57,-11,-65,-36, 42,-48, 50,-17,-59,-27,-53,-57,-53,-41, 25,-55,-18; /M: SY='H'; M=-24,-54,-42,-25, -8,-58, 35, 13,-13, 25, 0,-46,-55, -9, 2, -9, 8, 16, 26,-23; /M: SY='F'; M=-53, 11,-63,-61, 80,-64,-39, 1,-56, -1,-20,-57,-66,-58,-54,-53,-47,-14,-23, 72; /M: SY='T'; M=-29,-53,-39, 11,-33,-52, 11, 0, -3,-27,-25, 15,-50, 22, 13, 4, 30, 18,-61,-16; /M: SY='I'; M=-33,-52,-65,-60,-15,-67,-59, 48,-58, 41, -4,-60,-41,-55,-59,-52,-14, 44,-58,-38; /M: SY='T'; M=-20,-49,-38, -2,-44,-55,-24, -2,-16, 5, -5,-31,-49,-12, -9,-12, 60, 23,-64,-44; /M: SY='Q'; M=-10,-57, -4, 15,-56, -5,-24,-41, -2,-41,-45, -8,-39, 48, 38, 14, 0,-29,-23,-15; /M: SY='P'; M= 13,-57,-26,-18,-12, 31,-47,-41, -7,-10,-42,-41, 47, 25,-22,-14,-12,-24,-56,-48; /M: SY='P'; M=-34,-68,-28,-39,-31,-51,-27,-49,-45,-10,-45,-53,106,-48,-46,-22,-33,-53,-59,-43; /M: SY='Q'; M=-31,-27,-28,-15,-41,-30, 17,-34, 0, 2,-11,-19,-19, 58, 28, 12, 14,-35,-59,-42; /I: I=-25; MI=0; MD=-63; IM=0; DM=-63; /M: SY='H'; M=-10,-58,-23,-26, 12,-32, 91,-49,-17,-14,-25, 13,-54, 15,-13,-18,-32,-38, 0, 31; /M: SY='G'; M=-31,-59,-47,-58,-63, 90,-53,-69,-51,-53,-55,-33,-51,-49,-45,-32,-50,-47,-56,-59; /M: SY='H'; M=-33,-15,-24, 9,-12,-45, 53,-33,-10,-22, -5, 2,-16, 36, 20,-22, -6,-27,-23, 41; /M: SY='L'; M=-45,-53,-64,-38,-21,-68,-31, 39,-58, 57, 6,-62,-62,-53,-58,-56,-42, 28,-56,-37; /M: SY='E'; M=-24,-55,-33, 40, -6,-58,-44,-16,-38, 18, 4,-34,-52, 37,-17,-27, -8, 28,-58,-32; /M: SY='H'; M=-31,-31,-28,-27,-25,-53, 34,-16, 7, 20, 15, 27,-56, -9, 19,-11,-40, 6, 13, 3; /M: SY='R'; M= -3,-53,-12,-25,-25,-24,-11,-11,-10, -9, -5, 11,-39, 19, 28, -2, 25, 1,-28,-30; /M: SY='G'; M=-12,-57, 41,-15,-56, 42, -7,-23,-15,-14,-31,-14,-18, 4,-15, 4,-16,-34,-63,-50; /I: I=-15; MD=-38; /M: SY='Q'; M= -4,-67, 0,-16,-39,-11, 1,-30,-22,-35,-53, -2, 13, 24, -9,-13, -8,-50,-26,-32; D=-15; /I: I=-15; MD=-38; /M: SY='P'; M=-12,-45,-27,-23,-56, 17, -4,-39,-34,-56,-43,-15, 53,-43,-19,-11,-31,-63,-72,-48; D=-15; /I: I=-15; MI=0; MD=-38; IM=0; DM=-38; /M: SY='G'; M=-20,-64, -4,-15,-29, 36, -5,-63,-24,-32,-19, 3,-59,-49,-32, 3, 4,-52, 2,-55; D=-15; /I: I=-15; DM=-38; /M: SY='E'; M= -8,-55,-13, 23,-34, -5, 0,-11,-25,-17,-19, -2,-50, 10, 22, -3, 12, 11,-19,-30; /M: SY='P'; M=-20,-64,-42, 8,-41,-43,-13,-52,-23,-53,-24,-19, 91, 13,-17, -1,-11,-29,-61,-55; /M: SY='I'; M= 7,-52,-33,-44,-36,-15,-57, 44,-53, 24, 2,-52,-37,-51,-45,-38, 1, 33,-59,-42; /M: SY='T'; M= 3,-51, -3, 2,-35,-18, 32,-47,-23,-37,-31,-14,-30, -6, -1, 35, 38,-13,-62,-12; /M: SY='M'; M= 7,-14,-11, 24,-30,-24, 10,-41, -8,-22, 43, 4,-20, 15, 2, 36, 8,-18,-56,-19; /I: I=-16; MI=0; MD=-40; IM=0; DM=-40; /M: SY='F'; M=-53,-10,-66,-61,111,-60,-47,-27,-57,-19,-29,-55,-64,-67,-54,-52,-45,-27, 29, 3; /M: SY='T'; M=-24,-42,-36,-37,-37,-42, 13,-39,-35,-22,-17,-20,-19,-10,-35, 37, 87,-32,-63,-41; /M: SY='Q'; M=-40, 0,-43,-26,-40,-50,-34,-14,-19, 23, 12,-22,-39, 93,-30,-29,-40,-16, 62, -2; /M: SY='Q'; M= 22,-52, 14, 31,-35,-28,-16,-44, 17, 10,-17,-34,-45, 37, 29,-13,-19,-41, -4,-41; /M: SY='D'; M=-27,-58, 95, 34,-63,-44, -8,-60,-29,-45,-38,-18,-43, 37,-36,-33,-36,-57,-71,-46; /M: SY='V'; M=-31,-47,-62,-56,-25,-64,-56, 47,-55, 46, 0,-57,-57,-52,-55,-49,-35, 58,-56,-35; /M: SY='N'; M= -4,-50, 33, 19,-33,-44,-22, -4,-10, -7,-11, 43,-47, 13, 7, -2,-15, 16,-59,-21; /M: SY='N'; M= 16,-50, 10, 34,-53,-13, 21,-49, -3,-25,-41, 49,-44, 33, 2, 7,-12,-32,-60,-33; /M: SY='G'; M=-25, 48,-39,-37,-43, 66, 3,-53, -4,-25, 21, 28,-36, 3,-10, -8,-39,-51,-56,-47; /I: I=-45; MI=0; MD=-115; IM=0; DM=-115; /M: SY='K'; M=-12,-34,-14,-18,-45,-43, 21,-30, 50, 5,-34, 1,-48, 23, 42, -3,-14,-24,-53,-10; /M: SY='I'; M= 9,-48,-60,-55,-29,-59,-58, 59,-53, 23,-17,-54,-41,-51,-55,-44,-33, 57,-56,-37; /M: SY='R'; M= 14, 0,-44,-28, -9,-21,-15,-20,-19, 2,-10, -2,-51, 4, 47, 7, -3, 15, 12, 6; /M: SY='Y'; M=-50,-57,-52,-53, 56,-57,-20,-32,-46,-19,-27,-51,-62,-43,-43,-46,-44,-37, -8,114; /M: SY='V'; M= -3,-32,-44, 0,-22,-40, -8, 30,-10,-14, -1,-40,-49, 36, 19, 4,-17, 40,-25,-38; /I: I=-33; MI=0; MD=-84; IM=0; DM=-84; /M: SY='H'; M=-29,-58,-33,-22,-21,-47,125,-58,-34,-47,-16, 2, 27, 2,-15,-20,-37,-58,-69, -8; /M: SY='D'; M=-27,-32, 63, 13,-32, -9,-35,-44, -3,-32,-46, 15, 18,-23, -2, 14, 30,-47,-62,-19; /I: I=-36; MI=0; MD=-90; IM=0; DM=-90; /M: SY='G'; M=-12,-53, 35,-34,-59, 73,-42,-62,-11,-60,-51, -2,-35,-28, -6, 15,-21,-49,-57,-51; /M: SY='P'; M= 2,-50,-13, -2,-17, 14,-42, -4,-31,-38,-29,-20, 51,-12,-14, 46, 6,-12,-56,-45; /M: SY='E'; M=-19,-55, 35, 66,-55,-14, 32,-54,-14,-30,-28, -1, 14, 6,-29, 8,-25,-36,-61,-35; /M: SY='P'; M= 10,-29, 29, -6,-49,-11, 11,-11,-18,-27,-18,-24, 33,-29,-27, 32, 33, -2,-61,-44; /M: SY='T'; M=-11,-50,-24,-18,-17, 16, -3,-17,-18,-12,-27,-27, 2, 35, 8, 5, 44, -4, 20,-10; /M: SY='S'; M=-11,-51, 9, 25,-38, -8, 15,-37, 3,-26,-10,-30,-13, 26, -5, 44, 10,-15, 30,-40; /I: I=-36; MI=0; MD=-90; IM=0; DM=-90; /M: SY='D'; M=-30,-57, 98, -1, -5,-31,-22,-42,-34,-21,-50,-19,-47,-34,-13,-35,-36,-21,-68,-30; /M: SY='Q'; M=-10,-33, -1, -6,-33,-23, 27,-17,-25,-22,-22, 6,-45, 62, 1, 37, 22,-22,-56,-14; /M: SY='F'; M=-43,-17,-64,-59, 88,-62,-47, 23,-56, 35, 10,-56,-61,-58,-54,-52,-42, -8,-30, -2; /M: SY='T'; M= -7,-29,-19, 14,-18,-37, 3,-10, -5,-30,-10,-18,-24, 21, 17, 17, 33, 25,-55, -5; /M: SY='F'; M=-46,-48,-63,-57, 77,-62,-47, 4,-55, 47, 9,-57,-61,-56,-53,-52,-41, 20,-34, 1; /M: SY='E'; M=-32,-53, 4, 46,-44,-46, 0,-21, 1,-15,-18,-32,-44, 34, 21, 33, -3,-14, -1, 13; /M: SY='V'; M= 6, 6, 9,-47,-11,-55,-53, 14,-50, 24, 13,-39,-55,-49,-52,-42,-32, 65,-59,-37; /M: SY='S'; M= -9,-46,-34, 13,-32, 6,-15,-37,-26,-32,-21, -5,-42, 10,-31, 56, 42,-15, 35,-28; /I: E1=0; IE=-380; DE=-380;» more |
Numerical results [info]
Total number of hits | 153 in 12 different sequences |
Number of true positive hits | 153 in 12 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 0 |
Number of false negative sequences | 0 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
Maximum number of repetitions [info] | 15 |
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | reversed |
Author [info] | CJA_Sigrist |
Feature key [info] | REPEAT |
Feature description [info] | CSPG |
Version [info] | 1 |
Cross-references [info]
UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
12 sequences
CSPG4_HUMAN (Q6UVK1), CSPG4_MOUSE (Q8VHY0), CSPG4_RAT (Q00657), FRAS1_HUMAN (Q86XX4), FRAS1_MOUSE (Q80T14), FREM1_HUMAN (Q5H8C1), FREM1_MOUSE (Q684R7), FREM2_HUMAN (Q5SZK8), FREM2_LYTVA (Q9GV77), FREM2_MOUSE (Q6NVD0), FREM3_HUMAN (P0C091), FREM3_MOUSE (Q5H8B9)» more
|
PDB [Detailed view] |
3 PDB
7ML7; 7N8X; 7N9Y |