Due to maintenance work, this service will be unavailable from
Mon Nov 11 17:30 until
Tue Nov 12 09:00
CET.
Apologies for the inconvenience.
PROSITE entry PS51925
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | SWIB_MDM2 |
| Accession [info] | PS51925 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
12-AUG-2020 CREATED;
12-AUG-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51925 |
| Associated ProRule [info] | PRU01273 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | SWIB/MDM2 domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=83; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=78; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4679739; R2=0.0233732; TEXT='-LogE'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=366; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='R'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=173; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='R?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: M= -6, -8,-26, -8, -3,-15, -6, -2,-17, -6,-17,-10, -5, -5, -4, -7, 0, 0,-15,-20, -4, -5; /M: SY='L'; M= -9,-18,-22,-18, -9, 0,-25,-10, 4,-18, 16, 7,-17,-20, -5,-13,-14, -8, 0,-21, -2, -7; /M: SY='P'; M= -9,-10,-27,-10, -4,-11,-16,-10, -6,-10,-12, -8, -8, 5,-10,-14, -7, -5, -7,-20, -4, -9; /M: SY='K'; M=-11, -4,-12, -4, 4,-22,-20, -7,-25, 13,-22,-12, -3, -6, 4, 13, -5, -7,-20,-26,-14, 3; /M: SY='P'; M= -9,-16,-28,-13, -4,-17,-23,-14, -9, -1,-12, -3,-15, 16, 0, -4,-10, -7,-10,-23,-13, -3; /M: SY='Y'; M=-12,-17,-25,-17,-10, 4,-21, -9, -8, -3, -9, -3,-13,-10, -8, 0,-10, -7, -6,-11, 7,-10; /M: SY='K'; M= -3, -8,-26, -9, -5,-17,-17,-14,-15, 7,-16, -8, -8, -7, -5, 3, -7, -4,-11, -8, -9, -5; /M: SY='L'; M= -3,-20,-21,-21,-13, -5,-21,-19, 9,-20, 16, 6,-17,-15,-14,-18,-13, -6, 6,-25, -9,-14; /M: SY='S'; M= -3, -3,-20, -3, -4,-14,-14, -5,-11, -9, -9, -3, -3, -9, -3,-10, 5, 3, -9,-29,-10, -4; /M: SY='P'; M= -5, -7,-25, -8, 0,-19,-16,-13,-15, 2,-11, -8, -5, 3, -1, -1, -3, 1,-14,-26,-14, -2; /M: SY='K'; M= 0, -1,-24, 1, 6,-25,-11, -8,-22, 7,-18,-12, -2, -6, 7, 5, 2, -5,-17,-26,-16, 6; /M: SY='L'; M=-10,-28,-21,-29,-19, 9,-29,-18, 18,-27, 43, 20,-28,-28,-16,-18,-28,-10, 8,-19, 0,-17; /M: SY='L'; M= 8,-18,-18,-23,-13, 1,-17,-17, 2,-15, 11, 5,-16,-20,-12,-15, -8, -4, 2,-18, -5,-12; /M: SY='K'; M=-11, 7,-27, 10, 14,-28,-17, -4,-26, 20,-22,-13, 4,-11, 12, 15, -1, -5,-21,-27,-13, 12; /M: SY='F'; M= -9,-18,-21,-19, -8, 12,-25,-17, 5,-20, 11, 2,-15,-21,-16,-16,-10, -5, 3,-19, 0,-11; /M: SY='L'; M= 1,-24,-17,-26,-19, 1,-24,-21, 16,-24, 26, 11,-23,-25,-18,-19,-14, -4, 15,-24, -6,-19; /M: SY='G'; M= -4, -2,-28, -3,-11,-28, 40, -7,-33,-11,-28,-16, 6,-18, -9,-12, 0,-15,-26,-24,-22,-10; /I: I=-10; MD=-22; /M: SY='A'; M= 4, -9, -7,-12, -9, -6,-11, 3, -6,-11, -5, -3, -6,-13, -7,-11, -1, -2, -4,-10, -2, -8; D=-10; /I: I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22; /M: SY='Q'; M= -5, 5,-17, 5, 4,-19, -6, -3,-16, 6,-16, -9, 5, -3, 7, 2, 2, 0,-14,-18,-10, 5; D=-10; /I: I=-10; DM=-22; /M: M= -6, -6,-24, -6, -6,-19, -3,-10,-12, -6,-13, -7, -2,-16, -6, -7, 0, -3, -8,-26,-13, -7; /M: SY='E'; M= -8, 10,-24, 16, 20,-26,-14, 14,-28, 1,-23,-16, 7, -9, 7, -1, 8, 0,-22,-33,-11, 13; /M: SY='T'; M= -6,-11,-17,-14, -7, -3,-24,-14, 3,-11, 2, 6,-13,-18, -9,-12, -4, 8, 8,-23, -4, -8; /M: SY='L'; M=-12,-17,-25,-18,-10, 6,-24,-11, 1,-12, 11, 4,-16,-22, -7,-10,-16, -8, -4,-13, 6, -9; /M: SY='T'; M= 1, -1,-15, -4, 1,-16,-14,-13,-16, -8,-19,-15, 1, -3, -3,-10, 21, 27, -9,-31,-13, -2; /M: SY='R'; M=-13,-13,-27,-15, -8,-15,-10, -7,-18, 9,-11, 0, -7,-20, 1, 28, -9, -9,-13,-13, -9, -5; /M: SY='P'; M= -4, -4,-24, -4, -1,-17,-15, -8,-17, 2,-20,-11, -2, 5, -1, -4, 3, 1,-16,-24, -8, -2; /M: SY='E'; M= -9, 15,-28, 23, 26,-31,-16, -3,-28, 10,-22,-17, 4, -8, 12, 4, -1, -9,-23,-29,-17, 19; /M: SY='V'; M= -3,-28,-16,-31,-26, -1,-32,-29, 33,-22, 11, 11,-25,-26,-25,-22,-12, -2, 40,-27, -7,-27; /M: SY='M'; M= -8,-14,-21,-21,-15, -9,-24,-14, 10, -8, 1, 11, -9,-19, -5, -2, -6, 2, 9,-25, -7,-12; /M: SY='K'; M= -5, -3,-24, -5, 3,-16,-16, 2,-19, 6,-16, -8, -1,-14, 5, 4, -1, -3,-15,-22, -5, 3; /M: SY='Y'; M= 5,-18,-21,-23,-16, 2,-21, -8, 5,-13, 6, 4,-16,-21,-12,-14,-11, -5, 2, -8, 14,-16; /M: SY='L'; M= -9,-28,-21,-32,-23, 8,-31,-22, 26,-27, 32, 19,-25,-26,-20,-22,-22, -8, 17,-20, 0,-23; /M: SY='W'; M= -8,-23,-19,-26,-23, -5, -4,-22,-15,-20,-14,-13,-20,-25,-18,-20,-15,-13,-16, 39, 4,-19; /M: SY='Q'; M= -6, 7,-27, 7, 12,-31,-16, 8,-23, 10,-20, -7, 5,-12, 24, 5, -2, -9,-23,-25,-10, 18; /M: SY='Y'; M=-20,-19,-30,-19,-19, 28,-30, 24, -1,-10, -1, 0,-19,-30, -9,-10,-20,-10,-11, 27, 77,-19; /M: SY='I'; M= -3,-28,-25,-37,-28, 3,-34,-28, 38,-27, 15, 14,-20,-21,-21,-27,-15, -8, 27,-19, -2,-28; /M: SY='K'; M= -8, -4,-25, -7, 3,-21,-18, -7,-17, 25,-17, 4, -4,-12, 6, 16, -6, -4,-12,-23, -9, 5; /M: SY='E'; M= -1, -1,-20, 0, 4,-17,-17, -8,-15, 3,-15, -9, -3,-13, -3, 0, 2, 3, -7,-27,-12, 0; /M: SY='N'; M=-12, 14,-26, 7, 5,-22,-13, 18,-25, 17,-27,-12, 23,-16, 6, 13, -3, -8,-25,-28, -6, 4; /M: SY='K'; M=-11, 13,-27, 13, 8,-29, -8, -2,-28, 14,-26,-15, 13,-14, 11, 14, 1, -6,-24,-28,-15, 9; /M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-30,-20, 9,-29,-19, 20,-29, 48, 22,-29,-29,-19,-19,-29,-10, 10,-20, 0,-19; /M: SY='Y'; M=-10,-13,-26,-13, -4, -9,-24, 3, -7, 1, -6, 1,-12,-20, 14, 5,-10, -8,-10, -7, 16, 3; /M: SY='D'; M=-18, 48,-28, 59, 16,-36, -8, 2,-36, 0,-30,-28, 29,-12, 0, -8, 2, -8,-30,-40,-20, 8; /M: SY='P'; M= 6, -7,-24, -7, 4,-25,-10,-13,-18, -2,-21,-12, -7, 17, 2, -9, 4, 0,-17,-26,-20, 2; /M: SY='E'; M=-11, 8,-26, 10, 12,-26,-16, 9,-24, 11,-22,-11, 8,-13, 12, 7, -1, -7,-21,-29,-10, 11; /M: SY='B'; M=-12, 23,-25, 21, 16,-27,-12, 6,-25, 3,-24,-17, 23,-12, 12, 2, 4, -1,-27,-33,-16, 13; /M: SY='K'; M=-12, -3,-30, -2, 10,-31,-20, -4,-27, 35,-26, -8, -1, -7, 20, 30, -8,-10,-23,-20,-11, 14; /M: SY='H'; M=-11, 3,-26, 2, 7,-23,-12, 19,-27, 10,-24,-12, 10,-15, 7, 17, 0, -6,-23,-28, -8, 5; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='I'; M=-11,-16,-26,-19, -6, 0,-28,-12, 8, -8, 7, 6,-14,-18, -5,-10,-15, -8, 1,-14, 5, -7; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='V'; M= -5,-30,-20,-35,-30, 4,-35,-30, 38,-25, 15, 14,-25,-25,-26,-25,-15, -5, 39,-24, -4,-30; /M: SY='Y'; M=-12,-10,-25,-16,-14, -3,-24, 2, 6,-10, 4, 6, -3,-22, -8, -8,-13, -7, -1,-19, 7,-13; /M: SY='C'; M=-10,-21, 70,-27,-25,-16,-25,-26,-19,-27, -8,-10,-21,-23,-25,-26,-13,-10, -9,-41,-24,-25; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='D'; M=-16, 42,-27, 53, 14,-35, -4, 1,-35, -1,-30,-27, 26,-12, -1, -8, 3, -8,-29,-39,-21, 7; /M: SY='D'; M= -6, 15,-26, 22, 14,-31,-13, -7,-28, 6,-26,-20, 5, 2, 3, -2, 3, -3,-22,-31,-19, 8; /M: SY='M'; M= -7,-11,-25,-14, -8, -8,-22, -8, -3, 1, -1, 3, -8,-12, -5, 0,-13, -8, -6,-17, 0, -8; /M: SY='L'; M=-11,-30,-21,-31,-21, 14,-30,-20, 20,-29, 44, 20,-28,-29,-21,-20,-28,-10, 11,-18, 2,-21; /M: SY='K'; M= -8, -9,-12,-10, -3,-21, -3,-13,-22, 3,-19,-10, -6,-18, 0, 2, -7,-12,-15,-23,-15, -2; /M: SY='D'; M=-10, 17,-27, 23, 14,-30,-14, -4,-27, 9,-22,-16, 9, -8, 8, 1, 0, -7,-23,-31,-16, 11; /M: SY='L'; M= -9,-28, -6,-32,-24, 3,-32,-24, 22,-28, 30, 16,-26,-28,-21,-23,-23, -9, 17,-24, -4,-24; /M: SY='F'; M=-15,-30,-20,-37,-27, 50,-31,-21, 11,-30, 22, 8,-23,-29,-32,-21,-22,-10, 8, -3, 17,-27; /I: I=-8; MD=-17; /M: SY='G'; M= -4, -7,-22, -7, -9,-19, 26,-11,-22, -8,-14,-10, -1,-16, -8, -6, -4,-12,-18,-17,-17, -9; D=-8; /I: I=-8; MD=-17; /M: SY='V'; M= -3, -9, -8, -9, -2, -6,-14, -9, 2, -4, 0, 3, -9,-11, -5, -4, -4, -2, 6,-16, -7, -4; D=-8; /I: I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17; /M: SY='K'; M= -7, 4,-17, 4, 5,-14, -8, 1,-14, 6,-14, -8, 3, 0, 5, 1, -2, -4,-14,-13, -4, 4; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: SY='E'; M= -3, 6,-17, 10, 17,-19, -9, -5,-18, -2,-19,-15, 5, -2, 3, -6, 11, 3,-14,-28,-16, 10; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: SY='F'; M= -7,-10, -7,-15, -9, 4,-14,-13,-12,-11, -7, -6, -6,-19, -8,-10, -3, -2, -9,-19, -5, -7; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: SY='S'; M= -3, 6,-22, 8, 7,-25, -8, 5,-24, -1,-24,-15, 7, -9, 5, -2, 10, -1,-18,-32,-14, 5; /M: SY='V'; M= -4,-13,-19,-15, -9,-13,-22,-12, -2, -1, -6, -2,-10,-18, -5, 4, -2, 4, 6,-26, -9, -8; /M: SY='V'; M= -7,-19,-21,-22,-14, -6,-26,-18, 9, -4, 10, 10,-17,-22,-11, -4,-14, -5, 11,-23, -6,-14; /M: SY='K'; M=-11, 4,-24, 4, 4,-18,-13, -3,-21, 7,-17, -8, 3,-14, 2, 6, -1, 2,-17,-24, -8, 2; /M: SY='F'; M=-16,-18,-28,-21,-13, 16,-25, 4, -8, -9, -6, 2,-13, -5,-13, -6,-15,-11,-11, -9, 13,-14; /M: SY='F'; M= -8,-14,-21,-17,-12, 5,-20,-11, -6,-10, -4, -3, -7,-12,-11, -2, -2, 2, -6,-18, 0,-12; /M: SY='E'; M= -5, -1,-27, 0, 15,-25,-16, -8,-21, 6,-21,-12, -2, 14, 6, 0, 0, -3,-21,-28,-18, 9; /M: SY='I'; M=-11,-27,-26,-33,-25, 2,-29,-19, 24,-19, 16, 24,-24,-24,-14,-16,-22,-11, 15, -1, 2,-21; /M: SY='H'; M=-13, -3,-29, 0, -2,-13,-15, 6,-17, -7,-15, -9, -3, 1, 3, -9, -7, -9,-21,-16, 6, -1; /M: SY='Q'; M= -3, 6,-20, 6, 9,-26,-15, -6,-20, 6,-20,-10, 3,-11, 11, 0, 5, 1,-16,-29,-14, 10; /M: SY='M'; M=-13,-22,-26,-25,-16, 1,-26, -6, 7,-11, 17, 18,-20,-24, -8, -5,-23,-12, 0, -6, 7,-13; /M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-32,-22, 8,-31,-21, 25,-29, 43, 21,-28,-28,-20,-21,-27,-10, 15,-20, 0,-22; /M: SY='N'; M= -5, 4,-22, 0, 2,-17,-13, 2,-21, 6,-20,-12, 8,-14, 1, 6, 4, 5,-16,-24, -5, 0; /M: SY='R'; M= -8, -4,-27, -4, 3,-24,-12, 8,-27, 16,-24,-11, 2, -8, 5, 23, -3, -8,-21,-25,-10, 2; /M: SY='H'; M=-12, -4, 1,-11,-13, -8,-20, 16,-10,-17, -2, -2, 3,-27,-11,-12,-11,-10,-11,-32, -4,-13; /M: SY='L'; M=-12,-28,-21,-30,-22, 20,-29,-15, 16,-26, 37, 18,-27,-29,-21,-18,-26,-10, 8,-11, 12,-21; /M: SY='T'; M= -6, -7,-19, -9, -4, -9,-21,-12, -1, -7, -2, -1, -6,-18, -7, -9, -3, 2, 2,-27, -9, -5; /M: SY='E'; M= -8, 0,-27, 0, 11,-23,-18, -5,-17, 4,-20,-13, 1, 8, 1, -2, -2, -3,-17,-29,-16, 4; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 46 in 45 different sequences |
| Number of true positive hits | 46 in 45 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes, Eukaryotic viruses |
| Maximum number of repetitions [info] | 2 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | SWIB/MDM2 |
| Version [info] | 1 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
45 sequences
BAP60_DROME (Q9VYG2), C3H19_ARATH (Q9SIV5), C3H44_ARATH (Q9SD34), EIF2D_BOVIN (Q58CR3), EIF2D_HUMAN (P41214), EIF2D_MOUSE (Q61211), EIF2D_PONAB (Q5RA63), EIF2D_RABIT (P0CL18), EIF2D_RAT (Q5PPG7), MDM2_CANLF (P56950), MDM2_DANRE (O42354), MDM2_FELCA (Q7YRZ8), MDM2_HORSE (P56951), MDM2_HUMAN (Q00987), MDM2_MESAU (Q60524), MDM2_MOUSE (P23804), MDM2_XENLA (P56273), MDM4_BOVIN (Q2HJ21), MDM4_DANRE (Q7ZUW7), MDM4_HUMAN (O15151), MDM4_MOUSE (O35618), MDM4_RAT(Q5XIN1), MDM4_XENLA (Q7ZYI3), SMRD1_BOVIN (Q2TBN1), SMRD1_HUMAN (Q96GM5), SMRD1_MOUSE (Q61466), SMRD2_BOVIN (E1BJD1), SMRD2_HUMAN (Q92925), SMRD2_MOUSE (Q99JR8), SMRD2_RAT (O54772), SMRD3_HUMAN (Q6STE5), SMRD3_MOUSE (Q6P9Z1), SNF12_ARATH (Q9FMT4), SNF12_DICDI (Q556Z0), SSR3_SCHPO (Q9P7S3), SWIC1_CAEEL (Q09646), SWIC2_CAEEL (O02101), TMA64_YEAST (Q04600), TRI1_YEAST (Q05024), UAF30_SCHPO (O74503), UAF30_YEAST (Q08747), VF306_IIV3 (Q196Z0), VF306_IIV6 (Q91FL8), Y5843_ARATH (Q9FT92), YR508_MIMIV (Q5UQ74)» more
|
| PDB [Detailed view] |
190 PDB
1RV1; 1T4E; 1T4F; 1TTV; 1UHR; 1V31; 1V32; 1YCQ; 1YCR; 1Z1M; 2AXI; 2GV2; 2LZG; 2M86; 2MPS; 2MWY; 2N06; 2N0U; 2N0W; 2N14; 2RUH; 2VYR; 2Z5S; 2Z5T; 3DAB; 3DAC; 3EQS; 3EQY; 3FDO; 3FE7; 3FEA; 3G03; 3IUX; 3IWY; 3JZK; 3JZO; 3JZP; 3JZQ; 3JZR; 3JZS; 3LBJ; 3LBK; 3LBL; 3LNJ; 3LNZ; 3TJ2; 3TPX; 3TU1; 3U15; 3V3B; 3VBG; 3VZV; 3W69; 4DIJ; 4ERE; 4ERF; 4HBM; 4HFZ; 4HG7; 4IPF; 4J3E; 4J74; 4J7D; 4J7E; 4JRG; 4JSC; 4JV7; 4JV9; 4JVE; 4JVR; 4JWR; 4LWT; 4LWU; 4LWV; 4MDN; 4MDQ; 4N5T; 4OAS; 4OBA; 4OCC; 4ODE; 4ODF; 4OGN; 4OGT; 4OGV; 4OQ3; 4QO4; 4QOC; 4RXZ; 4UD7; 4UE1; 4UMN; 4WT2; 4ZFI; 4ZGK; 4ZYC; 4ZYF; 4ZYI; 5AFG; 5C5A; 5HMH; 5HMI; 5HMK; 5J7F; 5J7G; 5LAV; 5LAW; 5LAY; 5LAZ; 5LN2; 5OA3; 5OA9; 5OAI; 5OC8; 5SWK; 5TRF; 5UML; 5UMM; 5VK0; 5VK1; 5W2F; 5WTS; 5XXK; 5Z02; 5ZXF; 6AAW; 6GGN; 6H22; 6HFA; 6I29; 6I3S; 6IM9; 6KZU; 6LTH; 6LTJ; 6Q96; 6Q9H; 6Q9L; 6Q9O; 6Q9Q; 6Q9S; 6Q9U; 6Q9W; 6Q9Y; 6T2D; 6T2E; 6T2F; 6V4E; 6V4F; 6V4G; 6V4H; 6Y4Q; 7AD0; 7AYE; 7BIR; 7BIT; 7BIV; 7BJ0; 7BJ6; 7BMG; 7C3Q; 7C3Y; 7C44; 7EL4; 7KJM; 7KJN; 7NA1; 7NA2; 7NA3; 7NA4; 7NUS; 7QDQ; 7VDV; 7Y8R; 7Z0O; 8AEU; 8BGU; 8EBK; 8EI9; 8EIA; 8EIB; 8EIC; 8F0Z; 8F10; 8F12; 8F13; 8GJS; 8HDG; 8IA5; 8J81 » more |