PROSITE entry PS51957
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | LID |
| Accession [info] | PS51957 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
10-FEB-2021 CREATED;
10-FEB-2021 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51957 |
| Associated ProRule [info] | PRU01302 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | LIM interaction domain (LID) domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=40; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=36; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.6648701; R2=0.0148688; TEXT='-LogE'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=527; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=326; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='D'; M=-12, 20,-30, 32, 31,-34, 1, -4,-35, 1,-25,-24, 7, -7, 5, -7, 0,-12,-30,-32,-22, 18; /M: SY='V'; M= -6,-29,-16,-33,-28, 11,-31,-25, 28,-23, 15, 15,-26,-28,-27,-21,-15, -4, 34,-22, -2,-28; /M: SY='M'; M=-11,-19,-22,-23,-10, 1,-24, -4, 12,-13, 22, 33,-20,-21, -4,-12,-20,-10, 3,-17, 4, -7; /M: SY='V'; M= -1,-25,-11,-27,-26, -1,-28,-26, 23,-19, 11, 11,-25,-27,-25,-18, -8, 5, 37,-29, -9,-25; /M: SY='V'; M= 2,-27,-14,-27,-25, -5,-27,-28, 21,-18, 3, 5,-27,-13,-26,-20, -9, -1, 36,-29,-13,-26; /M: SY='G'; M= 2, 2,-24, 5, -4,-30, 27,-11,-31,-10,-27,-18, 4,-14, -2,-13, 9, -8,-24,-27,-23, -3; /M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20, 0,-30, 10,-20,-20, 0, 0, 20, 0, 0,-10,-30,-30,-20, 40; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='S'; M= 6, -4,-14, -8, -5,-17,-11,-15,-12, -4,-19,-12, 2,-11, -4, -7, 21, 19, -4,-31,-14, -5; /M: SY='M'; M= -8,-23,-20,-29,-21, 2,-27,-16, 21,-20, 25, 29,-21,-23,-13,-17,-17, -2, 14,-22, -2,-18; /M: SY='M'; M=-10,-22,-20,-30,-20, 2,-22, -3, 20,-13, 25, 53,-22,-22, -3,-12,-22,-10, 10,-20, 0,-12; /M: SY='G'; M= -3, -2,-30, 1, -6,-31, 52,-16,-39,-14,-29,-21, 2,-17,-13,-17, 0,-18,-30,-23,-28,-10; /M: SY='G'; M= -3, -6,-10, -6, -5,-28, 27,-16,-34, -6,-27,-19, -2,-18,-10,-10, 0,-13,-25,-26,-25, -7; /M: SY='E'; M=-10, 14,-25, 17, 26,-19,-10, -3,-26, 0,-21,-19, 9, -9, 4, -6, 3, -4,-24,-29,-16, 15; /I: I=-14; MD=-29; /M: SY='F'; M=-16,-22,-21,-26,-21, 40,-27, -4, 2,-19, 9, 2,-18,-26,-21,-14,-17, -5, -2, 10, 38,-21; D=-14; /I: I=-14; MD=-29; /M: SY='G'; M= -3, -3,-10, -7,-13,-19, 30,-11,-23,-13,-18, -9, 5,-17,-12,-13, -1,-11,-18,-20,-19,-13; D=-14; /I: I=-14; MI=-29; IM=-29; DM=-29; /M: SY='D'; M= -9, 19,-25, 25, 14,-30, -4, -3,-30, 3,-27,-21, 13,-11, 6, 1, 7, -4,-25,-33,-19, 10; /M: SY='E'; M=-11, 18,-29, 24, 38,-31,-10, 1,-30, 5,-24,-20, 11, -6, 14, -2, 1, -9,-30,-32,-20, 26; /M: SY='D'; M=-19, 49,-29, 64, 17,-37, -9, 1,-37, 0,-30,-29, 25,-11, 0, -9, 1, -9,-30,-40,-20, 9; /M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20, 0,-30, 10,-20,-20, 0, 0, 20, 0, 0,-10,-30,-30,-20, 40; /M: SY='R'; M=-19, -9,-30, -9, 2,-22,-20, 1,-29, 28,-20, -9, 0,-19, 15, 64, -9,-10,-21,-20,-10, 4; /M: SY='K'; M= -6, -4,-26, -8, -1,-20,-19, -3,-10, 7,-12, -1, -1, -8, 6, 2, -6, -4,-12,-24, -9, 2; /M: SY='I'; M=-10,-22,-28,-33,-26, -2,-34,-22, 39,-25, 15, 21,-12,-20,-15,-25,-17, -9, 22,-22, -2,-25; /M: SY='T'; M= 0, -4,-16, -8, -6,-13,-16,-11, -6,-10, -3, 3, -5,-14, -1,-10, 6, 15, -4,-28,-10, -4; /M: SY='R'; M=-19,-10,-30,-10, -1,-16,-21, 1,-27, 28,-19, -9, -2,-20, 8, 59,-11,-10,-19,-15, -1, -1; /M: SY='I'; M= -8,-22,-21,-23,-22, -1,-31,-24, 26,-24, 21, 12,-22,-25,-21,-22,-18, -7, 24,-25, -5,-23; /M: SY='E'; M= -9, 6,-29, 15, 49,-28,-20, -3,-28, 7,-20,-19, -2, 8, 15, -3, 1, -5,-28,-30,-20, 31; /M: SY='N'; M=-10, 32,-21, 16, 0,-20, -3, 20,-21, -2,-29,-17, 50,-19, 1, -1, 10, -1,-28,-39,-15, 0; /M: SY='S'; M= 3, -2,-21, -3, 0,-21, 0,-12,-19,-10,-20,-15, 4, 4, -5,-12, 10, 3,-17,-31,-21, -4; /M: SY='Q'; M= -7, 1,-28, 2, 5,-25, -8, 3,-22, -4,-22,-12, 1, 7, 8, -7, -1, -5,-24,-24,-11, 5; /M: SY='F'; M= -4,-15,-20,-22,-17, 24,-19,-11, -4,-18, -5, -6, -8,-16,-19,-16, -4, -3, -5, -7, 14,-18; /M: SY='D'; M= -8, 21,-25, 22, 3,-28, -3, -3,-24, -4,-22,-13, 15, -8, 1, -8, 2, -4,-22,-32,-18, 2; /M: SY='N'; M= -8, -7,-28,-11,-10,-19, -4, -7, -8,-14,-12, -6, 1, -1, -6,-14, -4, -5,-13,-26,-14,-10; /M: SY='N'; M= -5, 5,-21, -1, -3,-16, -7, -4,-11, -7,-20,-12, 15,-11, -2, -9, 7, 0,-13,-29,-11, -3; /M: SY='E'; M= 3, 2,-25, 5, 14,-29, 6, -9,-28, 1,-23,-17, 1, -9, 6, -6, 5, -7,-22,-26,-20, 10; /M: SY='N'; M= -1, -2,-19, -7, -8, -8,-12, -9, -9,-11,-13,-11, 6, -5, -9,-12, 6, 5,-10,-27, -9, -9; /M: SY='N'; M= -2, -1,-23, -5, 0,-21, 3, -7,-17, -5,-12, -5, 4,-16, 3, -7, -1, -8,-17,-26,-16, 1; /M: SY='H'; M= -7, 2,-23, 2, 0,-22, -9, 8,-18, -4,-16, -8, 5,-17, 8, 0, 4, -4,-16,-30,-11, 3; /M: SY='Q'; M= -3, 1,-25, -3, 3,-21,-11, 3,-17, -4,-20, -8, 7, -7, 10, -5, 2, -5,-21,-15,-11, 6; /M: SY='Q'; M=-10, 5,-28, 5, 10,-27,-12, 11,-24, 6,-21, -9, 6,-14, 22, 10, -2,-10,-25,-22, -7, 15; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 11 in 11 different sequences |
| Number of true positive hits | 11 in 11 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | LIM interaction domain (LID) |
| Version [info] | 1 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
11 sequences
LDB1A_DANRE (O73715), LDB1_CHICK (O42252), LDB1_HUMAN (Q86U70), LDB1_MOUSE (P70662), LDB1_XENLA (P70060), LDB1_XENTR (Q6NVL6), LDB2_CHICK (Q9W676), LDB2_HUMAN (O43679), LDB2_MOUSE (O55203), LDB2_XENLA (Q1EQW7), LIDB1_CAEEL (G5EEL0)» more
|
| PDB [Detailed view] |
11 PDB
1J2O; 1M3V; 1RUT; 2JTN; 2L6Y; 2L6Z; 2LXD; 2XJY; 2XJZ; 2YPA; 4JCJ |