PROSITE entry PS50176

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50176
Entry name [info]	ARM_REPEAT
Accession [info]	PS50176
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50176
Associated ProRule [info]	PRU00259

Name and characterization of the entry

Description [info]

Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=45;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=41;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.4374000; R2=0.0350000; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1266.6010742; R2=2.3988764; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=231; H_SCORE=1821; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=174; H_SCORE=1684; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=-30; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='G';  M= -5,  1,-28,  1, -6,-26, 27, -8,-31, -5,-26,-17,  7,-16, -3, -5,  0,-13,-27,-22,-18, -5;
/M: SY='G';  M=  8,-15,-16,-19,-19,-16, 15,-20,-11,-18, -7, -5,-10,-19,-17,-19, -4, -9, -5,-23,-19,-18;
/M: SY='I';  M= -6,-26,-20,-29,-23,  0,-30,-23, 25,-24, 21, 15,-23,-20,-20,-21,-17, -4, 21,-24, -5,-23;
/M: SY='P';  M= -2, -4,-27,  0,  9,-29,-13,-10,-22, -1,-24,-16, -5, 22,  5, -6,  2, -5,-22,-29,-21,  5;
/M: SY='A';  M=  9,-10,-22,-12, -2,-19,-14, -9,-10, -4,-11, -6, -8, -1, -4, -7, -1, -3, -7,-25,-14, -4;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-21,-31,-22, 14,-30,-18, 19,-27, 37, 19,-27,-28,-20,-19,-26,-10, 10,-16,  5,-21;
/M: SY='V';  M=  0,-24,-15,-27,-25, -4,-25,-26, 22,-19,  8,  8,-23,-22,-23,-20, -8,  2, 31,-27,-10,-25;
/M: SY='R';  M= -9,  1,-26,  0,  6,-23,-15,  1,-22, 12,-20, -9,  4,-10, 11, 15, -2, -6,-20,-25,-11,  7;
/M: SY='L';  M= -7,-23,-20,-25,-16,  2,-26,-14, 13,-23, 30, 14,-22,-25,-13,-17,-19, -5,  7,-21, -2,-15;
/M: SY='L';  M= -8,-28,-20,-30,-21,  6,-29,-19, 22,-26, 38, 24,-27,-27,-18,-19,-25, -8, 15,-21, -1,-20;
/M: SY='H';  M= -8, -2,-24, -4, -2,-17,-12,  7,-17,  0,-15, -6,  3,-17,  7,  4,  0, -4,-16,-22, -3,  1;
/M: SY='S';  M= -1,  4,-20,  2,  0,-21, -8,  0,-20,  0,-23,-13,  9,-10,  1,  0, 12,  4,-15,-32,-13, -1;
/M: SY='P';  M= -5,  4,-26,  6,  7,-24,-12, -5,-23,  0,-23,-16,  2,  9,  1, -5,  2, -1,-22,-28,-15,  2;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25;
/M: SY='N';  M= -8, 15,-21, 14,  3,-22, -4,  2,-21, -1,-23,-15, 17,-14, -1, -3,  6, -2,-18,-31,-14,  0; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='D';  M= -4,  6, -8,  7,  2, -6, -4,  1, -8,  1, -7, -5,  3, -4,  1,  0,  1, -1, -6, -7, -1,  1; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='R';  M= -2,  1, -3,  2,  1, -3, -2,  0, -3,  2, -2, -2,  1, -1,  1,  3, -1, -1, -2, -3, -1,  1; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='E';  M= -7, -8,-25, -5,  6,-16,-20,-12, -8, -7, -8, -5,-10,  0,  0,-10, -5, -5,-10,-18,-11,  2; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='E';  M= -8, 11,-26, 12, 13,-26, -8, -4,-25,  5,-24,-16, 10, -4,  3,  1,  1, -5,-22,-31,-18,  7;
/M: SY='I';  M= -5,-26,-20,-31,-25,  3,-31,-25, 28,-24, 18, 13,-23,-24,-21,-22,-15, -3, 26,-22, -3,-24;
/M: SY='V';  M=  0,-16,-19,-19,-11,-10,-23,-15,  6,-12,  5,  5,-15,-20, -2,-11, -6, -1,  8,-23, -8, -7;
/M: SY='R';  M= -6, -5,-19, -7,  2,-14,-17,-10,-19,  5,-15,-10, -4,-15,  0,  7, -3, -1,-14,-16, -9,  1;
/M:         M= -1, -7, -9,-10, -6,-16,-14, -8,-12, -9,-15,-10, -4, -8, -5,-12, -1, -3,-10,-24, -8, -7;
/M: SY='A';  M= 30, -8, -5,-16,-11,-17, -6,-20,-10,-12,-10,-10, -8,-13,-11,-18, 10,  8,  0,-25,-18,-11;
/M: SY='A';  M= 14,-15, -3,-21,-16,-10,-17,-22,  2,-17, -1, -3,-13,-18,-16,-19,  4,  9, 10,-28,-14,-16;
/M: SY='G';  M= -2, -9,-18,-10,-14,-20, 15,-17,-26,-11,-20,-14, -7,-20,-12, -9, -4,-11,-19, -4,-15,-13;
/M: SY='A';  M= 13,-16, -1,-23,-18, -9,-18,-22,  3,-17,  2, -1,-15,-19,-16,-19,  0,  7, 10,-26,-12,-17;
/M: SY='L';  M= -9,-30,-20,-31,-23,  8,-31,-22, 25,-28, 40, 20,-28,-28,-21,-21,-26, -9, 18,-21, -1,-22;
/M: SY='R';  M= -9, -7,-20, -9, -3,-16,-10,  6,-24,  2,-20,-11,  0,-18,  3, 12, -1, -6,-19,-17, -5, -2;
/M: SY='N';  M=-11, 23,-22, 10,  1,-18, -8, 11,-15, -1,-22,-13, 37,-19,  2,  1,  3, -4,-22,-34,-13,  1;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-19,-32,-22,  6,-31,-20, 25,-27, 38, 22,-26,-27,-18,-21,-26,-10, 14,-20,  0,-22;
/M: SY='S';  M= 17, -7, -9,-12, -9,-15, -9,-17, -9,-12,-14,-11, -3,-13, -9,-15, 20, 18,  0,-31,-16, -9;
/M:         M= -2,-11, -8,-13, -8,-10,-17, -4,-10, -9, -8, -6, -8,-20, -7, -7,  0,  0, -4,-26, -5, -8;
/M: SY='N';  M=-11,  6,-10,  6, -2,-24, -5,  7,-29, -2,-22,-15,  8,-19, -3,  2, -3, -9,-22,-30,-12, -4;
/M: SY='N';  M= -8,  7,-26,  7,  7,-24,-13,  4,-23,  5,-22,-14,  9, -3,  3,  4,  0, -4,-21,-30,-14,  4;
/M: SY='E';  M=  3,  2,-24,  3, 14,-26,-11, -3,-21,  0,-18,-13,  0, -3, 11, -4,  4, -4,-19,-27,-16, 12;
/M: SY='N';  M= -5, 10,-24,  6,  5,-23,  3, -4,-23,  0,-21,-15, 16,-15,  2, -2,  3, -6,-23,-28,-17,  3;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='R';  M=  0,  1,-21,  0,  3,-19,-12, -5,-17,  6,-13, -9,  3,-13,  5,  7,  0, -4,-14,-23,-11,  3; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='E';  M= -9, -3,-27, -2, 10,-19,-18,  6,-19,  7,-14, -7, -3, -8,  5,  3, -6, -7,-18,-23, -5,  6;
/M: SY='A';  M=  7,-10,-19,-13, -4,-14,-16,-13, -4, -3, -1,  4,-11,-15, -3, -6, -4, -2, -1,-23,-11, -4;
/M: SY='I';  M= -2,-23,-25,-28,-18, -6,-28,-23, 23,-19, 11, 10,-18,-12,-15,-21,-14, -7, 15,-22, -7,-19;
/M: SY='V';  M= -5,-18,-20,-20,-12, -3,-24,-16,  9,-11,  4,  7,-17,-21, -9, -7,-10, -5, 12,-22, -6,-11;
/M: SY='N';  M= -7,  1,-20, -3,  0,-19,-12, -8,-13,  0,-12, -8,  6,-17,  1,  2, -3, -5,-14,-27,-13, -1;
/M: SY='S';  M=  9, -1,-18, -2,  6,-20, -9, -4,-17, -5,-15,-11,  0,-11,  4, -8, 11,  2,-13,-27,-13,  5;
/M: SY='G';  M=  4, -8,-22,-11,-11,-20, 10,-11,-16,-12,-18,-11, -2,-12, -9,-14,  2, -6,-10,-23,-18,-10;
/M: SY='G';  M=  5,-16,-22,-17,-22,-20, 32,-23,-15,-19,-16,-10,-10,-22,-22,-20, -2,-12, -2,-23,-23,-22;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_01 which contains 572'970 sequence entries.

Total number of hits	661 in 205 different sequences
Number of true positive hits	655 in 199 different sequences
Number of 'unknown' hits	1
Number of false positive hits	5 in 5 different sequences
Number of false negative sequences	106
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.24 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	86.07 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	9
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	REPEAT
Feature description [info]	ARM
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	199 sequences AARA_DICDI (Q54I71), ABAP1_ARATH (B7U179), ADLO1_ARATH (O22161), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	106 sequences APCL_HUMAN (O95996), APCL_MOUSE (Q9Z1K7), APC_XENLA (P70039), » more
UniProtKB/Swiss-Prot 'Unknown' sequences	1 sequence VATH_DICDI (Q8MML6)
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	5 sequences CHAO_DROME (P12024), DOHH_SCHPO (Q9P6K9), FLII_BACSU (P23445), » more
PDB [Detailed view]	301 PDB 1BK5; 1BK6; 1EE4; 1EE5; 1EJL; 1EJY; 1G3J; 1I7W; 1I7X; 1IAL; 1IQ1; 1JDH; » more