PROSITE entry PS50049
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | TNF_2 |
| Accession [info] | PS50049 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-NOV-1997 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 03-MAY-2023 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC00224 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | TNF family profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=138; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=133; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-1.6519001; R2=0.0187941; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=6995.9594727; R2=5.5570073; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=541; H_SCORE=10002; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=434; H_SCORE=9408; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=0; E1=0; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-5; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='A'; M= 17,-22, -7,-28,-21, 0,-16,-24, 1,-17, -3, -4,-20,-22,-21,-21, -5, -5, 11, -5, -7,-20; /M: SY='A'; M= 43,-12,-11,-21,-11,-17, -3,-20, -7,-12, -3, -7,-12,-12,-11,-20, 6, -1, 1,-20,-18,-11; /M: SY='H'; M=-18, -1,-30, -1, 4,-19,-21, 71,-26, -4,-19, -2, 5,-18, 14, 2, -9,-17,-28,-23, 19, 5; /M: SY='L'; M= -9,-29,-20,-30,-23, 10,-31,-18, 22,-26, 35, 16,-28,-29,-21,-20,-25, -8, 16,-16, 7,-23; /M: SY='V'; M= -6,-17,-21,-19, -9,-10,-28,-19, 14,-14, 4, 5,-15,-18, -5,-14, -6, 2, 15,-25, -8, -8; /M: SY='A'; M= 14,-15,-18,-17,-16,-18, 13,-21,-11,-16,-12, -9,-11,-13,-17,-19, 2, -5, -1,-24,-20,-17; /M: SY='B'; M= -4, 12,-24, 10, 5,-23,-13, 7,-18, -1,-19,-12, 12,-13, 3, -5, 2, -4,-17,-29,-10, 3; /M: SY='P'; M= -4, -4,-28, -5, -1,-23,-14, -3,-19, -1,-25,-14, 2, 19, -1, -5, -1, -4,-22,-23,-16, -3; /I: I=-6; MI=0; MD=-30; IM=0; DM=-30; /M: SY='S'; M= -1, -7,-20, -8, -4,-18,-10, -2,-14, -9,-15, -8, -2, -3, -2, -8, 8, 5,-10,-30,-13, -4; /M: SY='R'; M= 1,-12,-22,-13, -9,-17, -2,-15,-13, -2,-10, -6, -6,-17, -7, 2, 0, -4, -7,-24,-14, -9; /M: SY='Q'; M= -7, 3,-25, 4, 9,-26, -8, -3,-20, -1,-18,-11, 6, -6, 14, -3, 3, -5,-22,-28,-16, 11; /M: SY='B'; M= -8, 11,-18, 9, 1,-26, -6, -6,-19, -1,-20,-12, 11,-15, 3, -6, -1, -6,-18,-30,-16, 1; /M: SY='S'; M= -1, 1,-22, -1, -3,-26, 8,-10,-24, -8,-24,-15, 4, -6, 3, -9, 11, 5,-20,-28,-20, 0; /I: I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19; /M: SY='T'; M= 0, -2,-10, -4, -3,-10, -5, -9,-10, -1,-11, -7, 0, -1, -4, -3, 8, 13, -6,-16, -8, -4; D=-4; /I: I=-4; DM=-19; /M: SY='V'; M= -5,-11,-14,-12, -7, -3,-17,-13, 3, -2, -3, 0,-10, -7, -9, -3, -6, -1, 6,-15, -5, -8; D=-4; /I: I=-4; DM=-19; /M: SY='L'; M= -7,-22,-18,-23,-15, 3,-25,-18, 13,-24, 30, 11,-21,-26,-16,-17,-17, -5, 9,-25, -5,-16; /M: SY='Q'; M= -4, -5,-23, -5, 1,-19, -2, -6,-18, -6,-16, -8, 0, -9, 5, -4, 5, -3,-18,-25,-12, 2; /M: SY='W'; M=-20,-39,-50,-39,-29, 9,-20,-29,-20,-19,-20,-20,-39,-30,-19,-18,-39,-30,-30,146, 29,-20; /M: SY='E'; M= -6, -1,-25, 0, 16,-18,-17, 2,-16, 0, -9, -8, -1,-14, 9, 1, -5, -9,-17,-24, -8, 12; /M: SY='S'; M= 3, 1,-22, 3, 6,-24, -4,-12,-22, 0,-21,-15, 0, -3, -1, -6, 8, 0,-16,-29,-19, 2; /I: I=-4; MD=-23; /M: SY='B'; M= -2, 10,-18, 10, 3,-23, -6, -6,-21, 1,-21,-14, 8,-10, 3, -2, 10, 6,-16,-28,-15, 3; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23; /M: SY='N'; M= -6, -3,-18, -6, -6, -8, -6, -3,-11, -1,-11, -7, 2,-15, -2, 1, 0, 1,-10,-14, 2, -5; D=-4; /I: I=-4; DM=-23; /M: SY='G'; M= 2, -3,-18, -2, -3,-13, 6, -8,-15,-10,-10,-10, -3,-13, -7,-12, 1, -5,-12,-16, -7, -5; D=-4; /I: I=-4; DM=-23; /M: SY='N'; M= -7, 2,-17, -2, 0,-11,-11, 7,-14, 0,-15, -8, 8,-13, 3, 6, 5, 3,-13,-20, -1, -1; D=-4; /I: I=-4; DM=-23; /M: SY='A'; M= 20, -6,-14,-10, -7,-21, 6,-16,-17,-11,-19,-13, -1,-12, -5,-14, 18, 9, -8,-28,-19, -6; /M: SY='F'; M=-12,-25,-23,-29,-21, 24,-18,-19, 2,-25, 12, 5,-20,-13,-24,-19,-18, -8, -2,-11, 3,-22; /M: SY='L'; M= -9,-24,-22,-25,-16, 2,-28,-18, 13,-18, 31, 14,-22,-25,-14,-11,-22, -8, 6,-21, -2,-16; /M: SY='R'; M= -5, -2,-22, -5, -1,-19,-12, 11,-22, 6,-20, -9, 7,-16, 6, 22, 5, -2,-17,-28, -9, 0; /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='G'; M= -2, -7,-22, -8,-14,-19, 40,-10,-25,-15,-16,-11, 0,-16,-14,-14, -3,-14,-20,-17,-18,-14; D=-6; /I: I=-6; DM=-32; /M: SY='Y'; M= -7,-22,-19,-24,-20, 9,-25,-11, 8,-14, 5, 6,-20,-20,-17,-11,-11, -3, 11,-12, 13,-20; /M: SY='E'; M= -5, 3,-25, 3, 11,-23,-12, -2,-19, 5,-17, -9, 3,-12, 7, 1, 1, -4,-17,-27,-13, 8; /M: SY='L'; M=-14,-22,-24,-22,-10, 14,-28, -9, 3,-16, 22, 7,-21,-26,-13, -6,-22,-10, -2, -9, 13,-13; /M: SY='Q'; M= -9, 7,-25, 12, 17,-30,-16, -2,-24, 10,-23,-13, 4,-10, 19, 8, 5, -3,-21,-29,-15, 17; /M: SY='B'; M= -9, 19,-26, 18, 6,-25,-14, -6,-18, 4,-22,-15, 17, -9, -1, -3, 0, -4,-18,-32,-16, 2; /M: SY='G'; M= -2, 3,-26, -2, -8,-27, 30,-10,-31, -2,-28,-17, 12,-17, -6, -6, 2,-10,-26,-25,-22, -7; /M: SY='E'; M= -7, 7,-27, 9, 26,-30, -6, 2,-28, 6,-24,-15, 7, -9, 18, 1, 3, -8,-27,-28,-17, 21; /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='L'; M=-11,-30,-20,-32,-22, 17,-31,-21, 20,-29, 42, 17,-28,-29,-23,-21,-27, -9, 12,-17, 3,-22; /M: SY='V'; M= 0,-22,-16,-25,-20, -4,-26,-23, 15,-14, 9, 6,-20,-23,-18,-10, -9, 2, 23,-25, -8,-20; /M: SY='V'; M= -4,-30,-18,-33,-29, 1,-33,-29, 35,-24, 18, 14,-27,-27,-26,-23,-15, -4, 39,-26, -6,-29; /M: SY='P'; M= -8, -2,-30, -1, 5,-27,-18, 0,-19, 3,-22,-11, -1, 17, 7, -4, -4, -6,-22,-27,-15, 4; /M: SY='R'; M= -8, -1,-24, -1, 10,-15,-17, -5,-23, 8,-18,-12, 0,-13, 8, 15, 3, 0,-18,-24,-10, 8; /M: SY='D'; M= 5, 6,-22, 9, 7,-26,-11,-11,-22, -3,-21,-17, 0, 6, 0,-10, 7, 4,-16,-30,-19, 3; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-31,-23, 14,-31,-20, 21,-27, 36, 16,-28,-29,-22,-20,-25, -9, 15,-16, 5,-23; /M: SY='Y'; M=-20,-21,-29,-21,-21, 33,-30, 18, 0,-11, 1, 0,-20,-30,-12,-11,-20,-10, -9, 29, 77,-21; /M: SY='Y'; M=-18,-25,-25,-28,-23, 40,-29, -1, 5,-20, 13, 7,-22,-29,-21,-15,-22,-10, -2, 12, 46,-23; /M: SY='I'; M= -6,-30,-20,-34,-28, 2,-34,-28, 35,-26, 23, 16,-26,-26,-24,-24,-18, -6, 33,-24, -4,-28; /M: SY='Y'; M=-19,-21,-28,-22,-21, 30,-30, 15, 2,-14, 1, 1,-19,-29,-14,-12,-19,-10, -5, 20, 64,-21; /M: SY='C'; M= 0,-11, 23,-16,-15,-12,-11,-19,-16,-19,-17,-14, -5,-22,-15,-19, 12, 6, -7,-36,-18,-15; /M: SY='Q'; M=-10, -1,-30, 0, 19,-36,-20, 10,-20, 11,-18, -1, -1,-11, 50, 9, -2,-10,-28,-21, -9, 34; /M: SY='V'; M= -2,-28,-12,-28,-26, 2,-29,-27, 24,-22, 18, 11,-28,-28,-26,-19,-12, 2, 37,-28, -8,-26; /M: SY='Y'; M=-10,-13,-23,-14, -8, -6,-18, 3, -6,-10, 2, 1,-12,-21, -3, -8,-10, -3, -6,-16, 7, -7; /M: SY='F'; M=-18,-28,-22,-35,-27, 60,-30,-13, 3,-27, 15, 3,-22,-30,-32,-18,-22,-10, 0, 9, 34,-27; /M: SY='R'; M= -7, -2,-10, -2, -2,-20,-17, -9,-22, 5,-15,-11, -1,-17, 1, 14, 1, 0,-14,-29,-14, -2; /M: SY='G'; M= -6, -5,-26, -3, -5,-17, 12,-15,-21,-12,-19,-14, -3,-12,-12,-12, -1,-10,-15,-24,-18, -9; /M: SY='Q'; M= -8, -2,-17, -5, 2,-26, -9, -3,-19, 4,-20, -8, 2,-16, 14, 5, 0, -5,-17,-26,-14, 7; /M: SY='S'; M= -1, -7, -7,-10, -4,-16, -7,-14,-20, -2,-19,-12, -4,-16, -5, -2, 5, 3,-11,-27,-15, -5; /I: I=-4; MD=-22; /M: SY='C'; M= 4,-10, 15,-13, -4,-17,-16,-14,-18,-12,-17,-15,-10, -5,-10,-17, 2, -1,-12,-27,-13, -8; D=-4; /I: I=-4; MD=-22; /M: SY='N'; M= -1, -2,-21, -6, -6,-17, -6,-12,-11, -9,-17,-12, 5, 3, -9,-11, 3, 0,-10,-28,-18, -9; D=-4; /I: I=-4; MD=-22; /M: SY='N'; M= -5, 1,-22, -1, -1,-14,-11, 0,-16, -3,-16, -8, 3, -6, -2, -6, 3, 2,-15,-22, -3, -3; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22; /M: SY='S'; M= -3, -5,-16, -5, -1,-12, 0, -4,-14, -5, -8, -7, -2,-11, -3, -3, 2, 1,-10,-19, -9, -3; D=-4; /I: I=-4; DM=-22; /M: SY='H'; M= -8, 6,-23, 9, 3,-23, -5, 10,-23, -3,-23,-13, 6, -2, 4, -5, 4, -5,-21,-26, -8, 2; D=-4; /I: I=-4; DM=-22; /M: SY='L'; M= -5,-17,-19,-17,-14, -7,-19,-11, 4,-13, 11, 5,-16,-22,-11, -8,-13, -5, 7,-23, -6,-13; D=-4; /I: I=-4; DM=-22; /M: SY='P'; M=-10,-14,-27,-11, -8, -6,-23,-13, -4,-13, -3, -4,-14, 5,-10,-14,-10, -6, -7,-20, -4,-11; /M: SY='L'; M= -8,-19,-20,-21,-15, 2,-21,-16, 4,-16, 14, 6,-16,-24,-12, -8,-13, -2, 5,-21, -4,-13; /M: SY='T'; M= 0, 0,-20, -5, -7,-16,-11,-13,-12, -6,-14, -9, 1,-14, -6, -6, 5, 10, -8,-19,-11, -7; /M: SY='H'; M= -8,-12,-25,-12, -9,-15, -7, 16,-15, -5, -6, -1, -6,-21, -5, -1,-11,-13,-11,-24, -3, -9; /M: SY='Q'; M= 3, -4,-20, -4, 7,-24,-12,-10,-16, 5,-18, -9, -3,-11, 9, -1, 7, 2,-10,-27,-15, 8; /M: SY='L'; M= -6,-30,-17,-31,-25, 5,-30,-24, 27,-25, 30, 18,-29,-29,-23,-20,-21, -6, 27,-24, -4,-24; /M: M= 0,-14,-12,-16,-13,-10,-14, -3, -6,-14, -6, -3,-11,-21, -7,-13, -1, -1, -1,-18, -2,-11; /M: SY='L'; M=-10,-23,-22,-25,-15, -2,-27,-15, 13,-16, 22, 15,-20,-24, -8, -6,-18, -8, 7,-22, -4,-13; /M: SY='R'; M=-16,-10,-19,-15, -8, 6,-22, -5,-16, 4,-12, -6, -2,-22, -2, 17,-11, -9,-14,-12, 5, -6; /M: SY='S'; M= 6, -5, -3, -9, -5,-20, -7,-15,-16,-10,-21,-15, 0, -6, -7,-14, 11, 3,-11,-33,-20, -7; /M: M= -5,-11,-23,-10, -8,-10,-14, -8, -8,-10, -5, -5,-10, -7, -9,-11, -4, -4, -7,-23, -5,-10; /M: SY='E'; M= -4, -7,-26, -6, 8,-22,-17,-10,-12, 3,-13, -7, -5, -7, 8, 0, -1, -5,-13,-25,-13, 7; /I: I=-4; MD=-23; /M: SY='Y'; M=-12,-11,-27,-10, -3, 0,-13, 4,-12, -2, -9, -6,-10,-20, -1, -3,-10, -9,-15, 1, 27, -5; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23; /M: SY='P'; M= -5,-13,-25,-13, -4, -6,-18,-14,-15, -6,-18,-11, -9, 17, -5,-10, 0, 1,-16,-21,-10, -5; /M: SY='E'; M= -7, 2,-23, 5, 11,-15,-15, -7,-19, -2,-12,-11, -1,-13, 5, -2, 0, -3,-17,-25,-11, 8; /M: SY='A'; M= 1, -5,-22, -7, -5,-10,-15, -3,-17, -1,-13, -9, -2, -8, -6, -1, -3, -4,-13,-22, -8, -6; /M: SY='I'; M= -8,-24,-20,-28,-21, 0,-30,-22, 20,-19, 20, 11,-21,-24,-18,-11,-16, -1, 18,-23, -4,-21; /M: SY='A'; M= 7,-15, -1,-19,-16,-10,-18,-20, 0,-17, 1, -3,-12,-14,-17,-18, -4, -1, 5,-29,-16,-17; /M: SY='L'; M= -2,-22,-20,-25,-13, 0,-26,-19, 14,-22, 27, 12,-21,-22,-14,-19,-17, -3, 8,-22, -5,-14; /M: SY='M'; M= -6,-16,-20,-18,-12, -8,-15,-13, -1,-10, 6, 9,-13,-20, -6, -4, -7, 0, 1,-24, -8, -9; /M: SY='S'; M= 9, -4, -2, -8, -3,-19,-10,-14,-16, -4,-20,-14, 0,-15, -5, -6, 13, 4, -6,-33,-19, -4; /M: SY='E'; M= 6, -3,-21, -2, 9,-19,-11, -9,-13, -6, -8, -5, -5, -6, 0,-11, 1, -4,-12,-27,-16, 4; /M: SY='S'; M= 0, -8,-23,-11, -7,-18, -7,-14, -9, -9,-11, -7, -2, -4, -4,-11, 2, 0, -9,-27,-15, -7; /I: I=-4; MD=-19; /M: SY='R'; M= -8,-12,-24,-12, -7,-10,-11,-14,-16, 4,-17, -8, -8, 1, -7, 5, -5, -3,-11,-20,-11, -8; D=-4; /I: I=-4; MD=-19; /M: SY='H'; M= -4, -4,-16, -6, -5,-12,-11, 7, -8, -8,-10, -1, 1, -2, -3, -8, 3, 2, -8,-24, -7, -5; D=-4; /I: I=-4; MD=-19; /M: SY='P'; M= 0, -4,-11, -3, -3,-10, -6, -8, -6, -6,-12, -8, -1, 9, -4, -7, 7, 3, -4,-18,-11, -4; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19; /M: SY='S'; M= 0, -3, -4, -3, -2,-14, -3, -8,-11, -4,-12, -8, -3, 0, -3, -7, 1, -3, -9,-16,-11, -3; D=-4; /I: I=-4; DM=-19; /M: SY='G'; M= 4, -5,-12, -6, -6,-13, 9,-10,-14, -5,-11, -8, -1,-10, -6, -5, 5, 1, -8,-16,-12, -6; D=-4; /I: I=-4; DM=-19; /M: SY='E'; M= -4, 0,-16, 2, 6,-13,-13, -4,-10, -4, -9, -7, -3, -6, 4, -6, 2, 1, -9,-17, -4, 4; D=-4; /I: I=-4; DM=-19; /M: SY='E'; M= 2, -2,-21, 0, 6,-23, 0, -9,-20, -2,-17,-12, -3, 2, 4, -7, 2, -4,-17,-21,-17, 4; D=-4; /I: I=-4; DM=-19; /M: SY='E'; M= -4, -1,-22, 1, 7,-21, -9, -8,-19, 7,-17,-10, -2, 0, 5, 3, 0, -3,-16,-22,-14, 5; D=-4; /I: I=-4; DM=-19; /M: SY='H'; M= -7,-12,-11,-14, -9,-10,-18, 1, -9, -9, -6, -3, -8, -3, -7, -5, -8, -7,-10,-21, -3,-11; D=-4; /I: I=-4; DM=-19; /M: SY='W'; M= -9,-20,-36,-21,-13,-11, -7,-18,-17,-12,-19,-13,-17,-15, -4,-14,-17,-18,-22, 47, 2, -7; /M: SY='Y'; M= -6,-14,-23,-16,-13, 3,-17, -1, -2,-13, 3, 0,-11,-24, -6,-12, -9, -6, -5, -6, 20,-11; /M: SY='Q'; M=-10, 1,-19, -2, 8,-21,-18, 8,-22, 5,-18, -9, 4,-16, 16, 12, -2, -5,-22,-23, -5, 10; /M: SY='S'; M= 0, -5,-17, -7, -5,-10,-10,-12,-12,-13,-14,-12, 2, -3, -7,-13, 15, 9,-10,-32,-15, -7; /M: SY='V'; M= -6,-24, 11,-30,-25, -6,-25,-25, 13,-25, 7, 6,-20,-27,-22,-24,-12, -7, 15,-30,-12,-25; /M: SY='Y'; M=-13,-15,-26,-15,-13, 9,-18, 13, -7,-11, -5, -2,-12,-24, -3, -9,-10, -8,-11, 2, 35,-11; /M: SY='L'; M= -7,-15,-21,-16, -6, -7,-22, -7, 0,-13, 6, 4,-12,-20, 6, -9, -6, -4, -3,-22, -5, 0; /M: SY='G'; M= 6,-10,-24,-12,-14,-18, 33,-17,-28,-13,-23,-15, -2,-17,-12,-15, 4,-10,-20,-19,-20,-12; /M: SY='G'; M= 7,-12,-25,-14,-16,-23, 37,-18,-27,-14,-17,-13, -5,-19,-15,-11, -2,-14,-19,-20,-23,-16; /M: SY='L'; M= -4,-28,-17,-30,-25, 2,-25,-25, 23,-25, 25, 13,-27,-28,-24,-21,-18, -6, 25,-24, -6,-25; /M: SY='F'; M=-10,-20,-20,-25,-20, 35,-25, -7, -2,-23, 9, 1,-15,-25,-25,-17,-14, -7, -1, -8, 13,-20; /M: SY='Q'; M= -9, -2,-29, -2, 12,-22,-19, 10,-19, 3,-16, -7, -1, -3, 16, 2, -5,-10,-23,-20, -3, 12; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='Q'; M= -5, -1,-23, -2, 11,-24,-16, 0,-22, 9,-20,-10, 1,-11, 15, 13, 6, 4,-18,-26,-12, 12; /M: SY='E'; M= -2, -8,-24, -6, 6,-23,-18,-11,-15, 6,-18,-10, -8, 1, 4, 4, 0, -4, -9,-27,-16, 4; /M: SY='G'; M= 2, -1,-27, -5,-16,-28, 53,-15,-34,-16,-29,-19, 10,-19,-16,-17, 2,-15,-28,-23,-28,-16; /M: SY='D'; M= -6, 25,-24, 34, 14,-30,-10, -5,-28, -3,-22,-21, 10,-10, 2,-10, 7, -1,-21,-35,-18, 8; /M: SY='R'; M= -9, -4,-23, -6, 3,-21,-17, 1,-20, 8,-19, -9, 2,-14, 9, 20, 6, 4,-15,-27,-10, 4; /M: SY='L'; M= -5,-29,-20,-31,-23, 5,-30,-23, 25,-27, 35, 17,-27,-27,-21,-22,-23, -8, 19,-22, -3,-23; /M: SY='Y'; M= -7,-13,-13,-15,-11, 6,-13, -6,-14,-10,-14, -9, -6,-21, -8, -3, 4, -1, -9,-13, 9,-10; /M: SY='V'; M= 0,-24,-13,-27,-24, -2,-28,-27, 22,-20, 11, 8,-23,-24,-23,-19, -7, 7, 32,-27, -8,-24; /M: SY='N'; M= -9, 12,-24, 6, 4,-21,-11, 19,-21, 1,-22,-12, 22,-16, 4, 7, 3, -6,-22,-32,-10, 2; /M: SY='V'; M= -4,-22,-18,-27,-24, -3,-25,-26, 21,-21, 10, 8,-19,-22,-21,-20, -7, 7, 24,-26, -7,-24; /M: SY='T'; M= -4, 8,-20, 7, -1,-19,-13, -5,-17, -9,-15,-13, 7, -3, -6,-11, 7, 9,-14,-33,-15, -4; /M: SY='N'; M=-10, 1,-27, 0, 1,-22, -6, 2,-22, -3,-18,-11, 4, -5, 4, 1, -2, -5,-23,-25,-11, 1; /M: SY='P'; M= -7,-13,-30,-11, 1, -8,-21,-17,-11,-12,-11,-11,-15, 11, -9,-16,-11, -8,-15, -4, -9, -5; /M: SY='S'; M= 7, 2,-20, 1, 5,-23, -9, 1,-19, -3,-18,-12, 3, -9, 5, -4, 8, -2,-16,-29,-14, 4; /M: SY='H'; M= -8,-12,-25,-15,-10, -2,-21, 20, -6,-10, 3, 6, -9,-22, 0, -5,-13,-11,-10,-11, 19, -7; /M: SY='L'; M= -5,-24,-21,-25,-17, -4,-27,-20, 15,-15, 16, 11,-22,-18,-13,-12,-17, -7, 14,-23, -7,-16; /M: SY='D'; M=-13, 18,-26, 24, 4,-25,-15, -5,-19, 0,-17,-14, 9,-15, -3, -3, -2, -6,-15,-33,-14, 0; /M: SY='F'; M= -6,-14,-21,-19,-15, 12,-19, 3, -8,-15, -1, -1, -8,-22,-13, -9, -8, -3, -8, -6, 10,-14; /M: SY='A'; M= 11, 1,-19, -1, 2,-20, -4,-10,-17, -6,-13,-12, 2,-13, -3, -7, 5, -2,-12,-27,-18, -1; /M: SY='E'; M= -9, -5,-27, -1, 8,-20,-19, -8,-18, -4,-16,-13, -7, 8, 0, -4, -1, 2,-17,-20,-13, 3; /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='G'; M= -6, -1,-24, 0, -5,-12, 14, -7,-24,-14,-17,-14, 2,-18,-11,-14, 1, -9,-20,-24,-14, -8; /M: SY='Q'; M= 0, -6,-21, -7, 1,-13,-14,-11,-13, -3, -8, -6, -7,-15, 2, -6, -2, -2, -9,-22,-10, 2; /M: SY='T'; M= 0, -3,-11,-10,-12,-10,-18,-18, -4,-12, -8, -7, 0,-15,-12,-11, 14, 31, 5,-32,-12,-12; /M: SY='F'; M=-13,-23,-20,-28,-23, 42,-26,-10, 2,-21, 2, -1,-17,-27,-26,-16,-10, -4, 4, 2, 29,-23; /M: SY='F'; M=-18,-30,-20,-38,-28, 66,-30,-20, 4,-30, 18, 4,-22,-30,-36,-20,-22,-10, 2, 4, 24,-28; /M: SY='G'; M= 1, -9,-28, -9,-18,-29, 63,-19,-38,-19,-30,-20, 1,-19,-18,-19, 4,-16,-28,-22,-29,-18; /M: SY='L'; M= 11,-23,-17,-28,-20, 1,-21,-22, 14,-22, 19, 8,-22,-22,-19,-21,-12, -5, 13,-20, -6,-20; /M: SY='F'; M=-14,-28,-21,-34,-25, 40,-31,-18, 12,-25, 15, 7,-22,-28,-26,-19,-19, -9, 9, -3, 18,-24; /M: SY='K'; M= 2,-13,-24,-16, -5,-15,-18,-12, -9, 5, -2, 3,-13,-17, 2, 2,-11, -9, -8,-11, -7, -1; /M: SY='L'; M= -7,-29,-17,-29,-24, 8,-30,-21, 23,-24, 29, 14,-29,-30,-23,-19,-21, -6, 24,-19, 4,-24; /I: E1=0;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 103 in 103 different sequences |
| Number of true positive hits | 103 in 103 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 5 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 95.37 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | K_Hofmann |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
103 sequences
CD40L_AOTTR (Q9BDM3 ), CD40L_BOVIN (P51749 ), CD40L_CALJA (Q9BDN3 ), CD40L_CANLF (O97626 ), CD40L_CERAT (P63305 ), CD40L_CHICK (Q9I8D8 ), CD40L_FELCA (O97605 ), CD40L_HUMAN (P29965 ), CD40L_MACMU (P63304 ), CD40L_MACNE (Q9BDM7 ), CD40L_MOUSE (P27548 ), CD40L_PIG (Q95MQ5 ), CD40L_RAT (Q9Z2V2 ), CD70_HUMAN (P32970 ), CD70_MOUSE (O55237 ), CD70_PIG (Q3ZDR4 ), EDA_BOVIN (Q9BEG5 ), EDA_HUMAN (Q92838 ), EDA_MOUSE (O54693 ), EIGER_DROME (Q8MUJ1 ), TN13B_HUMAN (Q9Y275 ), TN13B_MOUSE (Q9WU72 ), TNF10_HUMAN (P50591 ), TNF10_MOUSE (P50592 ), TNF11_HUMAN (O14788 ), TNF11_MOUSE (O35235 ), TNF11_RAT (Q9ESE2 ), TNF12_HUMAN (O43508 ), TNF12_MOUSE (O54907 ), TNF13_HUMAN (O75888 ), TNF13_MOUSE (Q9D777 ), TNF14_HUMAN (O43557 ), TNF14_MOUSE (Q9QYH9 ), TNF15_HUMAN (O95150 ), TNF15_MOUSE (Q5UBV8 ), TNF15_RAT (Q8K3Y7 ), TNFA_BOSIN (P59684 ), TNFA_BOSTR (Q1G1A2 ), TNFA_BOVIN (Q06599 ), TNFA_BUBBU (P59693 ), TNFA_BUBCA (Q2MH05 ), TNFA_CALJA (Q19LH4 ), TNFA_CAMBA (Q75N23 ), TNFA_CANLF (P51742 ), TNFA_CAPHI (P13296 ), TNFA_CAVPO (P51435 ), TNFA_CEREL (P51743 ), TNFA_DASNO (Q1WM27 ), TNFA_DELLE (Q8WNR1 ), TNFA_FELCA (P19101 ), TNFA_HORSE (P29553 ), TNFA_HUMAN (P01375 ), TNFA_LAMGL (P59694 ), TNFA_MACFA (P79337 ), TNFA_MACMU (P48094 ), TNFA_MARMO (O35734 ), TNFA_MOUSE (P06804 ), TNFA_NOTEU (O77764 ), TNFA_PANTR (Q8HZD9 ), TNFA_PAPAN (P59695 ), TNFA_PAPHU (O77510 ), TNFA_PAPSP (P33620 ), TNFA_PERLE (P36939 ), TNFA_PIG (P23563 ), TNFA_RABIT (P04924 ), TNFA_RAT (P16599 ), TNFA_SAISC (Q8MKG8 ), TNFA_SHEEP (P23383 ), TNFA_SPAAU (Q8JFG3 ), TNFA_TRIVU (P79374 ), TNFA_TUPTA (Q539C2 ), TNFA_TURTR (Q9BEA1 ), TNFB_BOVIN (Q06600 ), TNFB_CANLF (Q5WR07 ), TNFB_HUMAN (P01374 ), TNFB_MACMU (Q5TM20 ), TNFB_MARMO (Q9JM09 ), TNFB_MOUSE (P09225 ), TNFB_NOTEU (Q9XT48 ), TNFB_PANTR (P61125 ), TNFB_PIG (P26445 ), TNFB_RABIT (P10154 ), TNFB_RAT (Q06332 ), TNFC_HUMAN (Q06643 ), TNFC_MACMU (Q5TM22 ), TNFC_MARMO (Q9JM10 ), TNFC_MOUSE (P41155 ), TNFC_NOTEU (Q9XT47 ), TNFC_PANTR (Q862Z7 ), TNFC_PIG (Q9TSV8 ), TNFL6_CERAT (Q9BDN1 ), TNFL6_FELCA (Q861W5 ), TNFL6_HUMAN (P48023 ), TNFL6_MACFA (P63308 ), TNFL6_MACMU (P63307 ), TNFL6_MACNE (P63306 ), TNFL6_MOUSE (P41047 ), TNFL6_PIG (Q9BEA8 ), TNFL6_RAT (P36940 ), TNFL8_HUMAN (P32971 ), TNFL8_MOUSE (P32972 ), TNFL9_HUMAN (P41273 ), TNFL9_MOUSE (P41274 )» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
5 sequences
TNF18_HUMAN (Q9UNG2 ), TNF18_MOUSE (Q7TS55 ), TNFL4_HUMAN (P23510 ), TNFL4_MOUSE (P43488 ), TNFL4_RABIT (O02765 )» more |
| PDB [Detailed view] |
124 PDB
1A8M; 1ALY; 1D0G; 1D2Q; 1D4V; 1DG6; 1DU3; 1I9R; 1IQA; 1JH5; 1JTZ; 1KD7; 1KXG; 1OQD; 1OQE; 1OSG; 1RJ7; 1RJ8; 1S55; 1TNF; 1TNR; 1U5X; 1U5Y; 1U5Z; 1XU1; 1XU2; 2AZ5; 2E7A; 2HEW; 2HEY; 2O0O; 2Q8O; 2QDN; 2QE3; 2RE9; 2RJK; 2RJL; 2TNF; 2TUN; 2X29; 2ZJC; 2ZPX; 3ALQ; 3B9I; 3FC0; 3IT8; 3K48; 3K51; 3L9J; 3LKJ; 3ME2; 3MI8; 3QBQ; 3QD6; 3URF; 3V56; 3WD5; 4E4D; 4EN0; 4G3Y; 4GIQ; 4HT1; 4J6G; 4KG8; 4KGG; 4KGQ; 4MSV; 4MXV; 4MXW; 4N90; 4RSU; 4TSV; 4TWT; 4V46; 4ZCH; 5BNQ; 5CIR; 5L19; 5L36; 5M2I; 5M2J; 5M2M; 5MU8; 5TSW; 5UUI; 5WUX; 5Y9J; 5YOY; 6A3V; 6BRB; 6BWV; 6CPR; 6CU0; 6D3N; 6FIB; 6FXN; 6MGE; 6MGP; 6MKB; 6MKZ; 6OOY; 6OOZ; 6OP0; 6RMJ; 6W9G; 6X81; 6X82; 6X83; 6X85; 6X86; 6ZT0; 7E57; 7JRA; 7KHX; 7KP7; 7KP8; 7KP9; 7KPA; 7KPB; 7KX0; 7MSG; 7SGM; 7TA3; 7TA6 » more |