PROSITE entry PS50049

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	TNF_2
Accession [info]	PS50049
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-NOV-1997 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 08-NOV-2023 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00224

Name and characterization of the entry

Description [info]

TNF family profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=138;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=133;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-1.6519001; R2=0.0187941; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=6995.9594727; R2=5.5570073; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=541; H_SCORE=10002; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=434; H_SCORE=9408; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=0; E1=0; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-5;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='A';  M= 17,-22, -7,-28,-21,  0,-16,-24,  1,-17, -3, -4,-20,-22,-21,-21, -5, -5, 11, -5, -7,-20;
/M: SY='A';  M= 43,-12,-11,-21,-11,-17, -3,-20, -7,-12, -3, -7,-12,-12,-11,-20,  6, -1,  1,-20,-18,-11;
/M: SY='H';  M=-18, -1,-30, -1,  4,-19,-21, 71,-26, -4,-19, -2,  5,-18, 14,  2, -9,-17,-28,-23, 19,  5;
/M: SY='L';  M= -9,-29,-20,-30,-23, 10,-31,-18, 22,-26, 35, 16,-28,-29,-21,-20,-25, -8, 16,-16,  7,-23;
/M: SY='V';  M= -6,-17,-21,-19, -9,-10,-28,-19, 14,-14,  4,  5,-15,-18, -5,-14, -6,  2, 15,-25, -8, -8;
/M: SY='A';  M= 14,-15,-18,-17,-16,-18, 13,-21,-11,-16,-12, -9,-11,-13,-17,-19,  2, -5, -1,-24,-20,-17;
/M: SY='B';  M= -4, 12,-24, 10,  5,-23,-13,  7,-18, -1,-19,-12, 12,-13,  3, -5,  2, -4,-17,-29,-10,  3;
/M: SY='P';  M= -4, -4,-28, -5, -1,-23,-14, -3,-19, -1,-25,-14,  2, 19, -1, -5, -1, -4,-22,-23,-16, -3;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-30; IM=0; DM=-30;
/M: SY='S';  M= -1, -7,-20, -8, -4,-18,-10, -2,-14, -9,-15, -8, -2, -3, -2, -8,  8,  5,-10,-30,-13, -4;
/M: SY='R';  M=  1,-12,-22,-13, -9,-17, -2,-15,-13, -2,-10, -6, -6,-17, -7,  2,  0, -4, -7,-24,-14, -9;
/M: SY='Q';  M= -7,  3,-25,  4,  9,-26, -8, -3,-20, -1,-18,-11,  6, -6, 14, -3,  3, -5,-22,-28,-16, 11;
/M: SY='B';  M= -8, 11,-18,  9,  1,-26, -6, -6,-19, -1,-20,-12, 11,-15,  3, -6, -1, -6,-18,-30,-16,  1;
/M: SY='S';  M= -1,  1,-22, -1, -3,-26,  8,-10,-24, -8,-24,-15,  4, -6,  3, -9, 11,  5,-20,-28,-20,  0;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='T';  M=  0, -2,-10, -4, -3,-10, -5, -9,-10, -1,-11, -7,  0, -1, -4, -3,  8, 13, -6,-16, -8, -4; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='V';  M= -5,-11,-14,-12, -7, -3,-17,-13,  3, -2, -3,  0,-10, -7, -9, -3, -6, -1,  6,-15, -5, -8; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='L';  M= -7,-22,-18,-23,-15,  3,-25,-18, 13,-24, 30, 11,-21,-26,-16,-17,-17, -5,  9,-25, -5,-16;
/M: SY='Q';  M= -4, -5,-23, -5,  1,-19, -2, -6,-18, -6,-16, -8,  0, -9,  5, -4,  5, -3,-18,-25,-12,  2;
/M: SY='W';  M=-20,-39,-50,-39,-29,  9,-20,-29,-20,-19,-20,-20,-39,-30,-19,-18,-39,-30,-30,146, 29,-20;
/M: SY='E';  M= -6, -1,-25,  0, 16,-18,-17,  2,-16,  0, -9, -8, -1,-14,  9,  1, -5, -9,-17,-24, -8, 12;
/M: SY='S';  M=  3,  1,-22,  3,  6,-24, -4,-12,-22,  0,-21,-15,  0, -3, -1, -6,  8,  0,-16,-29,-19,  2;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='B';  M= -2, 10,-18, 10,  3,-23, -6, -6,-21,  1,-21,-14,  8,-10,  3, -2, 10,  6,-16,-28,-15,  3; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='N';  M= -6, -3,-18, -6, -6, -8, -6, -3,-11, -1,-11, -7,  2,-15, -2,  1,  0,  1,-10,-14,  2, -5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='G';  M=  2, -3,-18, -2, -3,-13,  6, -8,-15,-10,-10,-10, -3,-13, -7,-12,  1, -5,-12,-16, -7, -5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='N';  M= -7,  2,-17, -2,  0,-11,-11,  7,-14,  0,-15, -8,  8,-13,  3,  6,  5,  3,-13,-20, -1, -1; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='A';  M= 20, -6,-14,-10, -7,-21,  6,-16,-17,-11,-19,-13, -1,-12, -5,-14, 18,  9, -8,-28,-19, -6;
/M: SY='F';  M=-12,-25,-23,-29,-21, 24,-18,-19,  2,-25, 12,  5,-20,-13,-24,-19,-18, -8, -2,-11,  3,-22;
/M: SY='L';  M= -9,-24,-22,-25,-16,  2,-28,-18, 13,-18, 31, 14,-22,-25,-14,-11,-22, -8,  6,-21, -2,-16;
/M: SY='R';  M= -5, -2,-22, -5, -1,-19,-12, 11,-22,  6,-20, -9,  7,-16,  6, 22,  5, -2,-17,-28, -9,  0;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='G';  M= -2, -7,-22, -8,-14,-19, 40,-10,-25,-15,-16,-11,  0,-16,-14,-14, -3,-14,-20,-17,-18,-14; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-32;
/M: SY='Y';  M= -7,-22,-19,-24,-20,  9,-25,-11,  8,-14,  5,  6,-20,-20,-17,-11,-11, -3, 11,-12, 13,-20;
/M: SY='E';  M= -5,  3,-25,  3, 11,-23,-12, -2,-19,  5,-17, -9,  3,-12,  7,  1,  1, -4,-17,-27,-13,  8;
/M: SY='L';  M=-14,-22,-24,-22,-10, 14,-28, -9,  3,-16, 22,  7,-21,-26,-13, -6,-22,-10, -2, -9, 13,-13;
/M: SY='Q';  M= -9,  7,-25, 12, 17,-30,-16, -2,-24, 10,-23,-13,  4,-10, 19,  8,  5, -3,-21,-29,-15, 17;
/M: SY='B';  M= -9, 19,-26, 18,  6,-25,-14, -6,-18,  4,-22,-15, 17, -9, -1, -3,  0, -4,-18,-32,-16,  2;
/M: SY='G';  M= -2,  3,-26, -2, -8,-27, 30,-10,-31, -2,-28,-17, 12,-17, -6, -6,  2,-10,-26,-25,-22, -7;
/M: SY='E';  M= -7,  7,-27,  9, 26,-30, -6,  2,-28,  6,-24,-15,  7, -9, 18,  1,  3, -8,-27,-28,-17, 21;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='L';  M=-11,-30,-20,-32,-22, 17,-31,-21, 20,-29, 42, 17,-28,-29,-23,-21,-27, -9, 12,-17,  3,-22;
/M: SY='V';  M=  0,-22,-16,-25,-20, -4,-26,-23, 15,-14,  9,  6,-20,-23,-18,-10, -9,  2, 23,-25, -8,-20;
/M: SY='V';  M= -4,-30,-18,-33,-29,  1,-33,-29, 35,-24, 18, 14,-27,-27,-26,-23,-15, -4, 39,-26, -6,-29;
/M: SY='P';  M= -8, -2,-30, -1,  5,-27,-18,  0,-19,  3,-22,-11, -1, 17,  7, -4, -4, -6,-22,-27,-15,  4;
/M: SY='R';  M= -8, -1,-24, -1, 10,-15,-17, -5,-23,  8,-18,-12,  0,-13,  8, 15,  3,  0,-18,-24,-10,  8;
/M: SY='D';  M=  5,  6,-22,  9,  7,-26,-11,-11,-22, -3,-21,-17,  0,  6,  0,-10,  7,  4,-16,-30,-19,  3;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-20,-31,-23, 14,-31,-20, 21,-27, 36, 16,-28,-29,-22,-20,-25, -9, 15,-16,  5,-23;
/M: SY='Y';  M=-20,-21,-29,-21,-21, 33,-30, 18,  0,-11,  1,  0,-20,-30,-12,-11,-20,-10, -9, 29, 77,-21;
/M: SY='Y';  M=-18,-25,-25,-28,-23, 40,-29, -1,  5,-20, 13,  7,-22,-29,-21,-15,-22,-10, -2, 12, 46,-23;
/M: SY='I';  M= -6,-30,-20,-34,-28,  2,-34,-28, 35,-26, 23, 16,-26,-26,-24,-24,-18, -6, 33,-24, -4,-28;
/M: SY='Y';  M=-19,-21,-28,-22,-21, 30,-30, 15,  2,-14,  1,  1,-19,-29,-14,-12,-19,-10, -5, 20, 64,-21;
/M: SY='C';  M=  0,-11, 23,-16,-15,-12,-11,-19,-16,-19,-17,-14, -5,-22,-15,-19, 12,  6, -7,-36,-18,-15;
/M: SY='Q';  M=-10, -1,-30,  0, 19,-36,-20, 10,-20, 11,-18, -1, -1,-11, 50,  9, -2,-10,-28,-21, -9, 34;
/M: SY='V';  M= -2,-28,-12,-28,-26,  2,-29,-27, 24,-22, 18, 11,-28,-28,-26,-19,-12,  2, 37,-28, -8,-26;
/M: SY='Y';  M=-10,-13,-23,-14, -8, -6,-18,  3, -6,-10,  2,  1,-12,-21, -3, -8,-10, -3, -6,-16,  7, -7;
/M: SY='F';  M=-18,-28,-22,-35,-27, 60,-30,-13,  3,-27, 15,  3,-22,-30,-32,-18,-22,-10,  0,  9, 34,-27;
/M: SY='R';  M= -7, -2,-10, -2, -2,-20,-17, -9,-22,  5,-15,-11, -1,-17,  1, 14,  1,  0,-14,-29,-14, -2;
/M: SY='G';  M= -6, -5,-26, -3, -5,-17, 12,-15,-21,-12,-19,-14, -3,-12,-12,-12, -1,-10,-15,-24,-18, -9;
/M: SY='Q';  M= -8, -2,-17, -5,  2,-26, -9, -3,-19,  4,-20, -8,  2,-16, 14,  5,  0, -5,-17,-26,-14,  7;
/M: SY='S';  M= -1, -7, -7,-10, -4,-16, -7,-14,-20, -2,-19,-12, -4,-16, -5, -2,  5,  3,-11,-27,-15, -5;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='C';  M=  4,-10, 15,-13, -4,-17,-16,-14,-18,-12,-17,-15,-10, -5,-10,-17,  2, -1,-12,-27,-13, -8; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='N';  M= -1, -2,-21, -6, -6,-17, -6,-12,-11, -9,-17,-12,  5,  3, -9,-11,  3,  0,-10,-28,-18, -9; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='N';  M= -5,  1,-22, -1, -1,-14,-11,  0,-16, -3,-16, -8,  3, -6, -2, -6,  3,  2,-15,-22, -3, -3; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='S';  M= -3, -5,-16, -5, -1,-12,  0, -4,-14, -5, -8, -7, -2,-11, -3, -3,  2,  1,-10,-19, -9, -3; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='H';  M= -8,  6,-23,  9,  3,-23, -5, 10,-23, -3,-23,-13,  6, -2,  4, -5,  4, -5,-21,-26, -8,  2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='L';  M= -5,-17,-19,-17,-14, -7,-19,-11,  4,-13, 11,  5,-16,-22,-11, -8,-13, -5,  7,-23, -6,-13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='P';  M=-10,-14,-27,-11, -8, -6,-23,-13, -4,-13, -3, -4,-14,  5,-10,-14,-10, -6, -7,-20, -4,-11;
/M: SY='L';  M= -8,-19,-20,-21,-15,  2,-21,-16,  4,-16, 14,  6,-16,-24,-12, -8,-13, -2,  5,-21, -4,-13;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-20, -5, -7,-16,-11,-13,-12, -6,-14, -9,  1,-14, -6, -6,  5, 10, -8,-19,-11, -7;
/M: SY='H';  M= -8,-12,-25,-12, -9,-15, -7, 16,-15, -5, -6, -1, -6,-21, -5, -1,-11,-13,-11,-24, -3, -9;
/M: SY='Q';  M=  3, -4,-20, -4,  7,-24,-12,-10,-16,  5,-18, -9, -3,-11,  9, -1,  7,  2,-10,-27,-15,  8;
/M: SY='L';  M= -6,-30,-17,-31,-25,  5,-30,-24, 27,-25, 30, 18,-29,-29,-23,-20,-21, -6, 27,-24, -4,-24;
/M:         M=  0,-14,-12,-16,-13,-10,-14, -3, -6,-14, -6, -3,-11,-21, -7,-13, -1, -1, -1,-18, -2,-11;
/M: SY='L';  M=-10,-23,-22,-25,-15, -2,-27,-15, 13,-16, 22, 15,-20,-24, -8, -6,-18, -8,  7,-22, -4,-13;
/M: SY='R';  M=-16,-10,-19,-15, -8,  6,-22, -5,-16,  4,-12, -6, -2,-22, -2, 17,-11, -9,-14,-12,  5, -6;
/M: SY='S';  M=  6, -5, -3, -9, -5,-20, -7,-15,-16,-10,-21,-15,  0, -6, -7,-14, 11,  3,-11,-33,-20, -7;
/M:         M= -5,-11,-23,-10, -8,-10,-14, -8, -8,-10, -5, -5,-10, -7, -9,-11, -4, -4, -7,-23, -5,-10;
/M: SY='E';  M= -4, -7,-26, -6,  8,-22,-17,-10,-12,  3,-13, -7, -5, -7,  8,  0, -1, -5,-13,-25,-13,  7;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='Y';  M=-12,-11,-27,-10, -3,  0,-13,  4,-12, -2, -9, -6,-10,-20, -1, -3,-10, -9,-15,  1, 27, -5; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='P';  M= -5,-13,-25,-13, -4, -6,-18,-14,-15, -6,-18,-11, -9, 17, -5,-10,  0,  1,-16,-21,-10, -5;
/M: SY='E';  M= -7,  2,-23,  5, 11,-15,-15, -7,-19, -2,-12,-11, -1,-13,  5, -2,  0, -3,-17,-25,-11,  8;
/M: SY='A';  M=  1, -5,-22, -7, -5,-10,-15, -3,-17, -1,-13, -9, -2, -8, -6, -1, -3, -4,-13,-22, -8, -6;
/M: SY='I';  M= -8,-24,-20,-28,-21,  0,-30,-22, 20,-19, 20, 11,-21,-24,-18,-11,-16, -1, 18,-23, -4,-21;
/M: SY='A';  M=  7,-15, -1,-19,-16,-10,-18,-20,  0,-17,  1, -3,-12,-14,-17,-18, -4, -1,  5,-29,-16,-17;
/M: SY='L';  M= -2,-22,-20,-25,-13,  0,-26,-19, 14,-22, 27, 12,-21,-22,-14,-19,-17, -3,  8,-22, -5,-14;
/M: SY='M';  M= -6,-16,-20,-18,-12, -8,-15,-13, -1,-10,  6,  9,-13,-20, -6, -4, -7,  0,  1,-24, -8, -9;
/M: SY='S';  M=  9, -4, -2, -8, -3,-19,-10,-14,-16, -4,-20,-14,  0,-15, -5, -6, 13,  4, -6,-33,-19, -4;
/M: SY='E';  M=  6, -3,-21, -2,  9,-19,-11, -9,-13, -6, -8, -5, -5, -6,  0,-11,  1, -4,-12,-27,-16,  4;
/M: SY='S';  M=  0, -8,-23,-11, -7,-18, -7,-14, -9, -9,-11, -7, -2, -4, -4,-11,  2,  0, -9,-27,-15, -7;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='R';  M= -8,-12,-24,-12, -7,-10,-11,-14,-16,  4,-17, -8, -8,  1, -7,  5, -5, -3,-11,-20,-11, -8; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='H';  M= -4, -4,-16, -6, -5,-12,-11,  7, -8, -8,-10, -1,  1, -2, -3, -8,  3,  2, -8,-24, -7, -5; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='P';  M=  0, -4,-11, -3, -3,-10, -6, -8, -6, -6,-12, -8, -1,  9, -4, -7,  7,  3, -4,-18,-11, -4; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='S';  M=  0, -3, -4, -3, -2,-14, -3, -8,-11, -4,-12, -8, -3,  0, -3, -7,  1, -3, -9,-16,-11, -3; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='G';  M=  4, -5,-12, -6, -6,-13,  9,-10,-14, -5,-11, -8, -1,-10, -6, -5,  5,  1, -8,-16,-12, -6; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='E';  M= -4,  0,-16,  2,  6,-13,-13, -4,-10, -4, -9, -7, -3, -6,  4, -6,  2,  1, -9,-17, -4,  4; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='E';  M=  2, -2,-21,  0,  6,-23,  0, -9,-20, -2,-17,-12, -3,  2,  4, -7,  2, -4,-17,-21,-17,  4; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='E';  M= -4, -1,-22,  1,  7,-21, -9, -8,-19,  7,-17,-10, -2,  0,  5,  3,  0, -3,-16,-22,-14,  5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='H';  M= -7,-12,-11,-14, -9,-10,-18,  1, -9, -9, -6, -3, -8, -3, -7, -5, -8, -7,-10,-21, -3,-11; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='W';  M= -9,-20,-36,-21,-13,-11, -7,-18,-17,-12,-19,-13,-17,-15, -4,-14,-17,-18,-22, 47,  2, -7;
/M: SY='Y';  M= -6,-14,-23,-16,-13,  3,-17, -1, -2,-13,  3,  0,-11,-24, -6,-12, -9, -6, -5, -6, 20,-11;
/M: SY='Q';  M=-10,  1,-19, -2,  8,-21,-18,  8,-22,  5,-18, -9,  4,-16, 16, 12, -2, -5,-22,-23, -5, 10;
/M: SY='S';  M=  0, -5,-17, -7, -5,-10,-10,-12,-12,-13,-14,-12,  2, -3, -7,-13, 15,  9,-10,-32,-15, -7;
/M: SY='V';  M= -6,-24, 11,-30,-25, -6,-25,-25, 13,-25,  7,  6,-20,-27,-22,-24,-12, -7, 15,-30,-12,-25;
/M: SY='Y';  M=-13,-15,-26,-15,-13,  9,-18, 13, -7,-11, -5, -2,-12,-24, -3, -9,-10, -8,-11,  2, 35,-11;
/M: SY='L';  M= -7,-15,-21,-16, -6, -7,-22, -7,  0,-13,  6,  4,-12,-20,  6, -9, -6, -4, -3,-22, -5,  0;
/M: SY='G';  M=  6,-10,-24,-12,-14,-18, 33,-17,-28,-13,-23,-15, -2,-17,-12,-15,  4,-10,-20,-19,-20,-12;
/M: SY='G';  M=  7,-12,-25,-14,-16,-23, 37,-18,-27,-14,-17,-13, -5,-19,-15,-11, -2,-14,-19,-20,-23,-16;
/M: SY='L';  M= -4,-28,-17,-30,-25,  2,-25,-25, 23,-25, 25, 13,-27,-28,-24,-21,-18, -6, 25,-24, -6,-25;
/M: SY='F';  M=-10,-20,-20,-25,-20, 35,-25, -7, -2,-23,  9,  1,-15,-25,-25,-17,-14, -7, -1, -8, 13,-20;
/M: SY='Q';  M= -9, -2,-29, -2, 12,-22,-19, 10,-19,  3,-16, -7, -1, -3, 16,  2, -5,-10,-23,-20, -3, 12;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='Q';  M= -5, -1,-23, -2, 11,-24,-16,  0,-22,  9,-20,-10,  1,-11, 15, 13,  6,  4,-18,-26,-12, 12;
/M: SY='E';  M= -2, -8,-24, -6,  6,-23,-18,-11,-15,  6,-18,-10, -8,  1,  4,  4,  0, -4, -9,-27,-16,  4;
/M: SY='G';  M=  2, -1,-27, -5,-16,-28, 53,-15,-34,-16,-29,-19, 10,-19,-16,-17,  2,-15,-28,-23,-28,-16;
/M: SY='D';  M= -6, 25,-24, 34, 14,-30,-10, -5,-28, -3,-22,-21, 10,-10,  2,-10,  7, -1,-21,-35,-18,  8;
/M: SY='R';  M= -9, -4,-23, -6,  3,-21,-17,  1,-20,  8,-19, -9,  2,-14,  9, 20,  6,  4,-15,-27,-10,  4;
/M: SY='L';  M= -5,-29,-20,-31,-23,  5,-30,-23, 25,-27, 35, 17,-27,-27,-21,-22,-23, -8, 19,-22, -3,-23;
/M: SY='Y';  M= -7,-13,-13,-15,-11,  6,-13, -6,-14,-10,-14, -9, -6,-21, -8, -3,  4, -1, -9,-13,  9,-10;
/M: SY='V';  M=  0,-24,-13,-27,-24, -2,-28,-27, 22,-20, 11,  8,-23,-24,-23,-19, -7,  7, 32,-27, -8,-24;
/M: SY='N';  M= -9, 12,-24,  6,  4,-21,-11, 19,-21,  1,-22,-12, 22,-16,  4,  7,  3, -6,-22,-32,-10,  2;
/M: SY='V';  M= -4,-22,-18,-27,-24, -3,-25,-26, 21,-21, 10,  8,-19,-22,-21,-20, -7,  7, 24,-26, -7,-24;
/M: SY='T';  M= -4,  8,-20,  7, -1,-19,-13, -5,-17, -9,-15,-13,  7, -3, -6,-11,  7,  9,-14,-33,-15, -4;
/M: SY='N';  M=-10,  1,-27,  0,  1,-22, -6,  2,-22, -3,-18,-11,  4, -5,  4,  1, -2, -5,-23,-25,-11,  1;
/M: SY='P';  M= -7,-13,-30,-11,  1, -8,-21,-17,-11,-12,-11,-11,-15, 11, -9,-16,-11, -8,-15, -4, -9, -5;
/M: SY='S';  M=  7,  2,-20,  1,  5,-23, -9,  1,-19, -3,-18,-12,  3, -9,  5, -4,  8, -2,-16,-29,-14,  4;
/M: SY='H';  M= -8,-12,-25,-15,-10, -2,-21, 20, -6,-10,  3,  6, -9,-22,  0, -5,-13,-11,-10,-11, 19, -7;
/M: SY='L';  M= -5,-24,-21,-25,-17, -4,-27,-20, 15,-15, 16, 11,-22,-18,-13,-12,-17, -7, 14,-23, -7,-16;
/M: SY='D';  M=-13, 18,-26, 24,  4,-25,-15, -5,-19,  0,-17,-14,  9,-15, -3, -3, -2, -6,-15,-33,-14,  0;
/M: SY='F';  M= -6,-14,-21,-19,-15, 12,-19,  3, -8,-15, -1, -1, -8,-22,-13, -9, -8, -3, -8, -6, 10,-14;
/M: SY='A';  M= 11,  1,-19, -1,  2,-20, -4,-10,-17, -6,-13,-12,  2,-13, -3, -7,  5, -2,-12,-27,-18, -1;
/M: SY='E';  M= -9, -5,-27, -1,  8,-20,-19, -8,-18, -4,-16,-13, -7,  8,  0, -4, -1,  2,-17,-20,-13,  3;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='G';  M= -6, -1,-24,  0, -5,-12, 14, -7,-24,-14,-17,-14,  2,-18,-11,-14,  1, -9,-20,-24,-14, -8;
/M: SY='Q';  M=  0, -6,-21, -7,  1,-13,-14,-11,-13, -3, -8, -6, -7,-15,  2, -6, -2, -2, -9,-22,-10,  2;
/M: SY='T';  M=  0, -3,-11,-10,-12,-10,-18,-18, -4,-12, -8, -7,  0,-15,-12,-11, 14, 31,  5,-32,-12,-12;
/M: SY='F';  M=-13,-23,-20,-28,-23, 42,-26,-10,  2,-21,  2, -1,-17,-27,-26,-16,-10, -4,  4,  2, 29,-23;
/M: SY='F';  M=-18,-30,-20,-38,-28, 66,-30,-20,  4,-30, 18,  4,-22,-30,-36,-20,-22,-10,  2,  4, 24,-28;
/M: SY='G';  M=  1, -9,-28, -9,-18,-29, 63,-19,-38,-19,-30,-20,  1,-19,-18,-19,  4,-16,-28,-22,-29,-18;
/M: SY='L';  M= 11,-23,-17,-28,-20,  1,-21,-22, 14,-22, 19,  8,-22,-22,-19,-21,-12, -5, 13,-20, -6,-20;
/M: SY='F';  M=-14,-28,-21,-34,-25, 40,-31,-18, 12,-25, 15,  7,-22,-28,-26,-19,-19, -9,  9, -3, 18,-24;
/M: SY='K';  M=  2,-13,-24,-16, -5,-15,-18,-12, -9,  5, -2,  3,-13,-17,  2,  2,-11, -9, -8,-11, -7, -1;
/M: SY='L';  M= -7,-29,-17,-29,-24,  8,-30,-21, 23,-24, 29, 14,-29,-30,-23,-19,-21, -6, 24,-19,  4,-24;
/I:         E1=0;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2023_05 which contains 570'420 sequence entries.

Total number of hits	103 in 103 different sequences
Number of true positive hits	103 in 103 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	5
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	95.37 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

103 sequences

CD40L_AOTTR (Q9BDM3), CD40L_BOVIN (P51749), CD40L_CALJA (Q9BDN3),

CD40L_CANLF (O97626), CD40L_CERAT (P63305), CD40L_CHICK (Q9I8D8), 
CD40L_FELCA (O97605), CD40L_HUMAN (P29965), CD40L_MACMU (P63304), 
CD40L_MACNE (Q9BDM7), CD40L_MOUSE (P27548), CD40L_PIG   (Q95MQ5), 
CD40L_RAT   (Q9Z2V2), CD70_HUMAN  (P32970), CD70_MOUSE  (O55237), 
CD70_PIG(Q3ZDR4), EDA_BOVIN   (Q9BEG5), EDA_HUMAN   (Q92838), 
EDA_MOUSE   (O54693), EIGER_DROME (Q8MUJ1), TN13B_HUMAN (Q9Y275), 
TN13B_MOUSE (Q9WU72), TNF10_HUMAN (P50591), TNF10_MOUSE (P50592), 
TNF11_HUMAN (O14788), TNF11_MOUSE (O35235), TNF11_RAT   (Q9ESE2), 
TNF12_HUMAN (O43508), TNF12_MOUSE (O54907), TNF13_HUMAN (O75888), 
TNF13_MOUSE (Q9D777), TNF14_HUMAN (O43557), TNF14_MOUSE (Q9QYH9), 
TNF15_HUMAN (O95150), TNF15_MOUSE (Q5UBV8), TNF15_RAT   (Q8K3Y7), 
TNFA_BOSIN  (P59684), TNFA_BOSTR  (Q1G1A2), TNFA_BOVIN  (Q06599), 
TNFA_BUBBU  (P59693), TNFA_BUBCA  (Q2MH05), TNFA_CALJA  (Q19LH4), 
TNFA_CAMBA  (Q75N23), TNFA_CANLF  (P51742), TNFA_CAPHI  (P13296), 
TNFA_CAVPO  (P51435), TNFA_CEREL  (P51743), TNFA_DASNO  (Q1WM27), 
TNFA_DELLE  (Q8WNR1), TNFA_FELCA  (P19101), TNFA_HORSE  (P29553), 
TNFA_HUMAN  (P01375), TNFA_LAMGL  (P59694), TNFA_MACFA  (P79337), 
TNFA_MACMU  (P48094), TNFA_MARMO  (O35734), TNFA_MOUSE  (P06804), 
TNFA_NOTEU  (O77764), TNFA_PANTR  (Q8HZD9), TNFA_PAPAN  (P59695), 
TNFA_PAPHU  (O77510), TNFA_PAPSP  (P33620), TNFA_PERLE  (P36939), 
TNFA_PIG(P23563), TNFA_RABIT  (P04924), TNFA_RAT(P16599), 
TNFA_SAISC  (Q8MKG8), TNFA_SHEEP  (P23383), TNFA_SPAAU  (Q8JFG3), 
TNFA_TRIVU  (P79374), TNFA_TUPTA  (Q539C2), TNFA_TURTR  (Q9BEA1), 
TNFB_BOVIN  (Q06600), TNFB_CANLF  (Q5WR07), TNFB_HUMAN  (P01374), 
TNFB_MACMU  (Q5TM20), TNFB_MARMO  (Q9JM09), TNFB_MOUSE  (P09225), 
TNFB_NOTEU  (Q9XT48), TNFB_PANTR  (P61125), TNFB_PIG(P26445), 
TNFB_RABIT  (P10154), TNFB_RAT(Q06332), TNFC_HUMAN  (Q06643), 
TNFC_MACMU  (Q5TM22), TNFC_MARMO  (Q9JM10), TNFC_MOUSE  (P41155), 
TNFC_NOTEU  (Q9XT47), TNFC_PANTR  (Q862Z7), TNFC_PIG(Q9TSV8), 
TNFL6_CERAT (Q9BDN1), TNFL6_FELCA (Q861W5), TNFL6_HUMAN (P48023), 
TNFL6_MACFA (P63308), TNFL6_MACMU (P63307), TNFL6_MACNE (P63306), 
TNFL6_MOUSE (P41047), TNFL6_PIG   (Q9BEA8), TNFL6_RAT   (P36940), 
TNFL8_HUMAN (P32971), TNFL8_MOUSE (P32972), TNFL9_HUMAN (P41273), 
TNFL9_MOUSE (P41274)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

5 sequences

TNF18_HUMAN (Q9UNG2), TNF18_MOUSE (Q7TS55), TNFL4_HUMAN (P23510),

TNFL4_MOUSE (P43488), TNFL4_RABIT (O02765)

» more

PDB
[Detailed view]

125 PDB

1A8M; 1ALY; 1D0G; 1D2Q; 1D4V; 1DG6; 1DU3; 1I9R; 1IQA; 1JH5; 1JTZ; 1KD7; 1KXG; 1OQD; 1OQE; 1OSG; 1RJ7; 1RJ8; 1S55; 1TNF; 1TNR; 1U5X; 1U5Y; 1U5Z; 1XU1; 1XU2; 2AZ5; 2E7A; 2HEW; 2HEY; 2O0O; 2Q8O; 2QDN; 2QE3; 2RE9; 2RJK; 2RJL; 2TNF; 2TUN; 2X29; 2ZJC; 2ZPX; 3ALQ; 3B9I; 3FC0; 3IT8; 3K48; 3K51; 3L9J; 3LKJ; 3ME2; 3MI8; 3QBQ; 3QD6; 3URF; 3V56; 3WD5; 4E4D; 4EN0; 4G3Y; 4GIQ; 4HT1; 4J6G; 4KG8; 4KGG; 4KGQ; 4MSV; 4MXV; 4MXW; 4N90; 4RSU; 4TSV; 4TWT; 4V46; 4ZCH; 5BNQ; 5CIR; 5L19; 5L36; 5M2I; 5M2J; 5M2M; 5MU8; 5TSW; 5UUI; 5WUX; 5Y9J; 5YOY; 6A3V; 6BRB; 6BWV; 6CPR; 6CU0; 6D3N; 6FIB; 6FXN; 6MGE; 6MGP; 6MKB; 6MKZ; 6OOY; 6OOZ; 6OP0; 6RMJ; 6W9G; 6X81; 6X82; 6X83; 6X85; 6X86; 6ZT0; 7E57; 7JRA; 7KHX; 7KP7; 7KP8; 7KP9; 7KPA; 7KPB; 7KX0; 7MSG; 7SGM; 7TA3; 7TA6; 7X9G
» more