PROSITE entry PS50531

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	HTH_IS21
Accession [info]	PS50531
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2006 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 08-NOV-2023 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50531
Associated ProRule [info]	PRU00615

Name and characterization of the entry

Description [info]

IS21 transposase-type HTH domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=64;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=59;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4935000; R2=0.0175000; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3070.9484863; R2=3.5579400; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=658; H_SCORE=5412; N_SCORE=14.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=544; H_SCORE=5006; N_SCORE=12.0; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-8;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='E';  M= -9, -1,-27,  4, 20,-19,-17, -5,-16, -3,-12, -6, -6,  1,  4, -8, -3, -4,-17,-25,-11, 11;
/M: SY='L';  M=-12, -7,-24, -7, -8, -8,-23,-12,  3,-12, 13,  7, -9,-20, -9, -9,-15, -6, -1,-25, -7, -9;
/M: SY='Y';  M=-12,-19,-25,-22,-17, 16,-15, -5,-11,-13, -7, -6,-13,-24,-16, -8,-10, -9, -9,  9, 17,-16;
/M: SY='Y';  M= -6,-12,-24,-14, -5, -4,-21,  1, -8,  5, -8,  2,-11,-19, -3,  2,-11, -8, -5,-10, 12, -6;
/M: SY='M';  M= -9,-14,-27,-17, -2, -9,-26,-12,  5, -1,  1, 10,-11,-15,  0, -3,-13,-10, -1,-20, -5, -3;
/M: SY='V';  M=-10,-23,-23,-26,-20, -6,-30,-20, 16, -7,  5,  7,-17,-24,-13,  7,-14, -7, 19,-23, -6,-20;
/M: SY='R';  M=-14, -8,-30, -9, -1,-19,-19,  6,-20, 14,-16, -1, -3,-12,  8, 22,-12,-12,-19,-12, -4,  2;
/M: SY='E';  M= -7, -8,-28, -7,  6,-18,-10,-10,-11, -8, -9, -2, -9,-14,  4,-10, -7,-11,-14, -9,-10,  5;
/M: SY='L';  M= -9,-17,-21,-21,-17,  4,-24, -2, 10,-18, 20, 16,-15,-26,-13,-14,-18, -8,  5,-17,  8,-16;
/M: SY='R';  M=-16,-11,-25,-13, -5,  0,-23,  5,-13, -1, -2, -2, -5,-22, -2, 15,-12, -8,-13,-17,  3, -5;
/M: SY='R';  M= -8, -1,-18, -3,  5,-24,-15, -2,-25, 14,-24,-12,  5,-14, 12, 21,  6,  0,-19,-28,-13,  7;
/M: SY='Q';  M=-11,  3,-27,  5,  8,-26,-15, -4,-17,  7,-16, -3,  0,-12, 15,  5, -4, -5,-17,-25,-12, 11;
/M: SY='G';  M= -3, -7,-29, -7, -9,-28, 31, -6,-34,  1,-27,-14,  0,-17, -6, -1, -3,-16,-26,-21,-19, -8;
/M: SY='L';  M= -3,-23,-14,-29,-20,  4,-24,-15, 13,-19, 19, 18,-21,-24,-15,-15,-17, -8,  9,-18,  1,-18;
/M: SY='S';  M=  3,  4,-15,  1, -2,-15, -4, -4,-18, -6,-27,-17, 14,-14, -1, -6, 26, 12,-14,-32, -9, -2;
/M: SY='I';  M= -8,-21,-24,-23,-16, -4,-28,-15, 13,-11,  9,  7,-18,-17,-13,-12,-15, -7, 11,-21,  0,-17;
/M: SY='R';  M= -5, -9,-21,-10, -4,-17,-16, -1,-15,  3,-14, -7, -2,-17,  3, 18,  4,  1, -8,-27,-10, -3;
/M: SY='E';  M= -2, 12,-26, 18, 28,-32,-14, -1,-26,  4,-21,-15,  3, -7, 20, -3,  4, -6,-24,-28,-17, 24;
/M: SY='I';  M= -6,-28,-18,-37,-28, -1,-36,-29, 39,-28, 17, 15,-21,-22,-21,-28,-18, -9, 27,-23, -4,-28;
/M: SY='A';  M= 43,-10, -7,-19,-11,-21,  3,-20,-13,-11,-12,-11, -9,-12,-11,-20, 10,  0, -3,-22,-21,-11;
/M: SY='R';  M=-13, -6,-27, -7,  2,-23,-20, -6,-26, 25,-21,-10, -1,-10,  9, 40, -5, -1,-18,-22,-11,  3;
/M: SY='R';  M=-14, -2,-29,  2, 22,-23,-19,  6,-27, 14,-20,-12,  0,-12, 17, 26, -3, -9,-24,-22, -8, 17;
/M: SY='L';  M= -6,-18,-17,-22,-16, -1,-26,-19, 10,-20, 20, 10,-16,-21,-13,-16, -8, 12,  8,-24, -5,-15;
/M: SY='G';  M= -2, -3,-29, -6,-14,-29, 53,-14,-36,-13,-29,-18,  7,-19,-12,-14,  1,-17,-30,-22,-27,-13;
/M: SY='L';  M= -7,-26, -3,-30,-25,  1,-30,-23, 19,-24, 21, 15,-25,-28,-21,-21,-17, -4, 21,-27, -7,-24;
/M: SY='S';  M=  4, 12,-12, 14,  2,-23, -5, -7,-23, -8,-26,-20, 10,-12, -3,-11, 20,  7,-15,-35,-16, -1;
/M: SY='R';  M=-16,-11,-27,-11,  1,-12,-22, -6,-20, 18,-12, -7, -6,-19,  3, 41,-11, -9,-12,-20, -8, -1;
/M: SY='R';  M=-13, 13,-25,  4,  0,-21,-10,  3,-25, 13,-26,-15, 26,-14,  4, 29,  2, -4,-24,-30,-16,  0;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='V';  M=  0,-29,-15,-32,-29, -1,-31,-30, 33,-22, 11, 11,-27,-27,-27,-22,-11, -2, 43,-27, -8,-29;
/M: SY='R';  M=-13, -1,-28,  1,  4,-19,-18, -1,-26, 21,-21,-12,  0,-16,  6, 33, -6, -8,-19,-18, -2,  2;
/M: SY='R';  M=-13, -1,-29, -2,  6,-26,-19, -5,-29, 40,-27,-11,  4,-14,  9, 41, -9, -9,-21,-21,-11,  6;
/M: SY='Y';  M=-19,-22,-32,-22,-21, 25,-24, 12, -4,-12, -4, -3,-22,-30,-12,-12,-22,-13,-13, 43, 68,-20;
/M: SY='L';  M=  0,-27,-18,-29,-20,  4,-26,-21, 17,-26, 37, 15,-27,-27,-19,-20,-22, -8, 12,-21, -4,-20;
/M: SY='R';  M=-12,  5,-27,  5,  7,-25,-16,  2,-25, 18,-22,-11,  7,-15, 10, 27, -4, -8,-20,-26,-12,  6;
/M: SY='A';  M= 17, -7,-16,-11,-10,-14,  0,-11,-12,-11,-13, -5, -5,-14, -8,-15,  8,  2, -7,-20, -8, -9;
/M: SY='P';  M= -9, -3,-28,  2, -3,-17, -3,-14,-25, -5,-24,-18, -3, 13, -9, -8,  0, -5,-22,-26,-17, -7;
/M: SY='E';  M= -1,  0,-21, -2,  9,-16, -9, -9,-19, -1,-16,-13,  3,-12, -1,  0,  5,  3,-13,-27,-15,  4;
/M: SY='P';  M= -3,-12,-28, -9,  2,-11,-17,-15,-15, -9,-16,-12,-13, 22, -8,-15, -6, -8,-17,-17,-14, -4;
/M: SY='E';  M= -8, -4,-28,  0, 17,-25,-20, -9,-18,  3,-18,-12, -6, 16,  7, -4, -3, -2,-20,-28,-18, 11;
/I:         I=-4; MI=-21; MD=-21; IM=-21;
/M: SY='P';  M=  3, -7,-23, -5, 11,-22,-14, -9,-17,  0,-14,-11, -8, 12,  4, -2, -1, -6,-17,-23,-17,  6; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-21; MD=-21; IM=-21; DM=-21;
/M: SY='R';  M=-12, -9,-27, -7,  2,-16,-19,  0,-18, 12,-17, -5, -6,  4,  3, 13, -9, -9,-16,-20, -8,  1; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-21; MD=-21; IM=-21; DM=-21;
/M: SY='R';  M= -5,-11,-18,-12, -7, -4,-15, -4, -8,  3, -6, -2, -8,-10, -3, 10, -7, -5, -6,-10,  3, -7; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-21; MD=-21; IM=-21; DM=-21;
/M: SY='K';  M= -8, -4,-16, -4,  2, -4,-13,  1,-10, 10, -9, -5, -3, -9,  2,  9, -5, -2, -9, -4,  9,  0; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='K';  M= -6, -7,-28, -6,  2,-26,-13, -9,-22, 16,-22,-10, -3,  1,  7, 14, -4, -7,-18,-24,-15,  3;
/M: SY='R';  M= -9, -5,-26, -4, -1,-22,-18, -5,-22,  9,-21,-12, -3,  5,  0, 16, -1,  2,-16,-27,-14, -3;
/M: SY='R';  M= -7, -6,-24, -4,  4,-25,-18, -9,-24, 13,-20,-12, -6,  3,  4, 19, -7, -9,-19,-25,-16,  1;
/M: SY='Q';  M=  0,  1,-25, -2,  4,-22,-10,  7,-20,  0,-19,-10,  4, -9,  8,  1,  0, -7,-19,-23, -8,  4;
/M: SY='R';  M= -9,-12,-27,-11, -5,-17,-15,-11,-15, 11,-16, -7, -8, -6, -3, 14, -6, -7, -9,-21, -9, -6;
/M: SY='A';  M=  1,-13,-22,-15, -5,-10,-18,-14, -7, -4, -7,  0,-12,  0, -5, -6, -5, -3, -5,-22,-11, -6;
/M: SY='S';  M=  3, -5,-17, -7, -6,-18, -3,-12,-14, -8,-19,-13,  3,-10, -6, -5, 16,  6, -7,-33,-18, -7;
/M: SY='K';  M= -8,-13,-24,-14, -4,-14,-25,-15, -3, 11,  0,  4,-13,-18, -3,  4,-15, -8,  1,-22, -7, -4;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-20,-31,-22,  6,-30,-19, 24,-26, 38, 25,-27,-27,-18,-20,-25, -9, 16,-21, -1,-21;
/M: SY='D';  M=-15, 37,-28, 49, 16,-35, -5, -1,-35,  2,-30,-26, 20,-11,  0, -7,  3, -7,-28,-37,-20,  8;
/M: SY='P';  M=-10,-13,-36, -6,  6,-26,-20,-15,-21, -2,-26,-17,-15, 58, -5,-12, -8, -7,-26,-26,-20, -3;
/M: SY='Y';  M=-17,-25,-25,-28,-25, 40,-30,  0,  6,-18,  5,  2,-21,-30,-22,-15,-19, -9,  1, 15, 51,-25;
/M: SY='H';  M= -7, -4,-27, -3,  5,-18,-19, 11,-20, 11,-14, -3, -3,-15,  7, 10, -8,-10,-17,-18,  2,  4;
/M: SY='D';  M= -9, 18,-30, 30, 23,-32,-14, -5,-28,  0,-23,-20,  3, 10,  3,-10, -2, -9,-26,-33,-21, 12;
/M: SY='Y';  M=-15,-18,-27,-20,-15,  9,-27,  3,  0, -7, -1,  1,-15,-24, -7, -4,-15, -6, -4,  6, 30,-14;
/M: SY='L';  M= -9,-30,-23,-34,-25,  5,-34,-25, 32,-29, 34, 19,-26,-26,-21,-24,-24, -9, 22,-21, -1,-25;
/M: SY='E';  M= -4,  3,-25,  6, 12,-23,-15, -5,-21,  4,-13,-11, -1,-13,  7, 10, -2, -7,-17,-26,-14,  8;
/M: SY='Q';  M=  5, -4,-22, -7,  3,-26, -2, -7,-20,  2,-19, -6, -2,-12, 13,  0,  5, -3,-17,-23,-16,  8;
/M: SY='W';  M=-12,-17,-30,-20,-12, -8,-19,-12,-17,  2,-10, -6,-12,-22, -4, 19,-16,-10,-16, 21,  0, -9;
/M: SY='L';  M=-11,-30,-25,-31,-22,  6,-28,-21, 14,-23, 29, 13,-29,-28,-19,-15,-28,-12,  7,  6,  3,-20;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2023_05 which contains 570'420 sequence entries.

Total number of hits	9 in 9 different sequences
Number of true positive hits	9 in 9 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20
Author [info]	S_Spirin
Taxonomic range [info]	Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	1
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	HTH IS21-type
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

9 sequences

ISTA_PSEAI  (P15025), ISTA_SHISO  (P16944), T232_BACTB  (Q99335),

TNPA_BACFG  (Q45119), TNPA_BACFR  (Q64NF0), TRA6_GEOSE  (Q45618), 
TRA6_PSEAI  (P0A134), TRA6_SHIFL  (P0A135), TRAT_AMIAI  (Q46087)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

1 PDB

8B4H