PROSITE entry PS50531
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | HTH_IS21 |
Accession [info] | PS50531 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
01-DEC-2006 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC50531 |
Associated ProRule [info] | PRU00615 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | IS21 transposase-type HTH domain profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=64; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=59; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4935000; R2=0.0175000; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3070.9484863; R2=3.5579400; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=658; H_SCORE=5412; N_SCORE=14.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=544; H_SCORE=5006; N_SCORE=12.0; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-8; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='E'; M= -9, -1,-27, 4, 20,-19,-17, -5,-16, -3,-12, -6, -6, 1, 4, -8, -3, -4,-17,-25,-11, 11; /M: SY='L'; M=-12, -7,-24, -7, -8, -8,-23,-12, 3,-12, 13, 7, -9,-20, -9, -9,-15, -6, -1,-25, -7, -9; /M: SY='Y'; M=-12,-19,-25,-22,-17, 16,-15, -5,-11,-13, -7, -6,-13,-24,-16, -8,-10, -9, -9, 9, 17,-16; /M: SY='Y'; M= -6,-12,-24,-14, -5, -4,-21, 1, -8, 5, -8, 2,-11,-19, -3, 2,-11, -8, -5,-10, 12, -6; /M: SY='M'; M= -9,-14,-27,-17, -2, -9,-26,-12, 5, -1, 1, 10,-11,-15, 0, -3,-13,-10, -1,-20, -5, -3; /M: SY='V'; M=-10,-23,-23,-26,-20, -6,-30,-20, 16, -7, 5, 7,-17,-24,-13, 7,-14, -7, 19,-23, -6,-20; /M: SY='R'; M=-14, -8,-30, -9, -1,-19,-19, 6,-20, 14,-16, -1, -3,-12, 8, 22,-12,-12,-19,-12, -4, 2; /M: SY='E'; M= -7, -8,-28, -7, 6,-18,-10,-10,-11, -8, -9, -2, -9,-14, 4,-10, -7,-11,-14, -9,-10, 5; /M: SY='L'; M= -9,-17,-21,-21,-17, 4,-24, -2, 10,-18, 20, 16,-15,-26,-13,-14,-18, -8, 5,-17, 8,-16; /M: SY='R'; M=-16,-11,-25,-13, -5, 0,-23, 5,-13, -1, -2, -2, -5,-22, -2, 15,-12, -8,-13,-17, 3, -5; /M: SY='R'; M= -8, -1,-18, -3, 5,-24,-15, -2,-25, 14,-24,-12, 5,-14, 12, 21, 6, 0,-19,-28,-13, 7; /M: SY='Q'; M=-11, 3,-27, 5, 8,-26,-15, -4,-17, 7,-16, -3, 0,-12, 15, 5, -4, -5,-17,-25,-12, 11; /M: SY='G'; M= -3, -7,-29, -7, -9,-28, 31, -6,-34, 1,-27,-14, 0,-17, -6, -1, -3,-16,-26,-21,-19, -8; /M: SY='L'; M= -3,-23,-14,-29,-20, 4,-24,-15, 13,-19, 19, 18,-21,-24,-15,-15,-17, -8, 9,-18, 1,-18; /M: SY='S'; M= 3, 4,-15, 1, -2,-15, -4, -4,-18, -6,-27,-17, 14,-14, -1, -6, 26, 12,-14,-32, -9, -2; /M: SY='I'; M= -8,-21,-24,-23,-16, -4,-28,-15, 13,-11, 9, 7,-18,-17,-13,-12,-15, -7, 11,-21, 0,-17; /M: SY='R'; M= -5, -9,-21,-10, -4,-17,-16, -1,-15, 3,-14, -7, -2,-17, 3, 18, 4, 1, -8,-27,-10, -3; /M: SY='E'; M= -2, 12,-26, 18, 28,-32,-14, -1,-26, 4,-21,-15, 3, -7, 20, -3, 4, -6,-24,-28,-17, 24; /M: SY='I'; M= -6,-28,-18,-37,-28, -1,-36,-29, 39,-28, 17, 15,-21,-22,-21,-28,-18, -9, 27,-23, -4,-28; /M: SY='A'; M= 43,-10, -7,-19,-11,-21, 3,-20,-13,-11,-12,-11, -9,-12,-11,-20, 10, 0, -3,-22,-21,-11; /M: SY='R'; M=-13, -6,-27, -7, 2,-23,-20, -6,-26, 25,-21,-10, -1,-10, 9, 40, -5, -1,-18,-22,-11, 3; /M: SY='R'; M=-14, -2,-29, 2, 22,-23,-19, 6,-27, 14,-20,-12, 0,-12, 17, 26, -3, -9,-24,-22, -8, 17; /M: SY='L'; M= -6,-18,-17,-22,-16, -1,-26,-19, 10,-20, 20, 10,-16,-21,-13,-16, -8, 12, 8,-24, -5,-15; /M: SY='G'; M= -2, -3,-29, -6,-14,-29, 53,-14,-36,-13,-29,-18, 7,-19,-12,-14, 1,-17,-30,-22,-27,-13; /M: SY='L'; M= -7,-26, -3,-30,-25, 1,-30,-23, 19,-24, 21, 15,-25,-28,-21,-21,-17, -4, 21,-27, -7,-24; /M: SY='S'; M= 4, 12,-12, 14, 2,-23, -5, -7,-23, -8,-26,-20, 10,-12, -3,-11, 20, 7,-15,-35,-16, -1; /M: SY='R'; M=-16,-11,-27,-11, 1,-12,-22, -6,-20, 18,-12, -7, -6,-19, 3, 41,-11, -9,-12,-20, -8, -1; /M: SY='R'; M=-13, 13,-25, 4, 0,-21,-10, 3,-25, 13,-26,-15, 26,-14, 4, 29, 2, -4,-24,-30,-16, 0; /M: SY='T'; M= 0, 0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10, 0,-10,-10,-10, 20, 50, 0,-30,-10,-10; /M: SY='V'; M= 0,-29,-15,-32,-29, -1,-31,-30, 33,-22, 11, 11,-27,-27,-27,-22,-11, -2, 43,-27, -8,-29; /M: SY='R'; M=-13, -1,-28, 1, 4,-19,-18, -1,-26, 21,-21,-12, 0,-16, 6, 33, -6, -8,-19,-18, -2, 2; /M: SY='R'; M=-13, -1,-29, -2, 6,-26,-19, -5,-29, 40,-27,-11, 4,-14, 9, 41, -9, -9,-21,-21,-11, 6; /M: SY='Y'; M=-19,-22,-32,-22,-21, 25,-24, 12, -4,-12, -4, -3,-22,-30,-12,-12,-22,-13,-13, 43, 68,-20; /M: SY='L'; M= 0,-27,-18,-29,-20, 4,-26,-21, 17,-26, 37, 15,-27,-27,-19,-20,-22, -8, 12,-21, -4,-20; /M: SY='R'; M=-12, 5,-27, 5, 7,-25,-16, 2,-25, 18,-22,-11, 7,-15, 10, 27, -4, -8,-20,-26,-12, 6; /M: SY='A'; M= 17, -7,-16,-11,-10,-14, 0,-11,-12,-11,-13, -5, -5,-14, -8,-15, 8, 2, -7,-20, -8, -9; /M: SY='P'; M= -9, -3,-28, 2, -3,-17, -3,-14,-25, -5,-24,-18, -3, 13, -9, -8, 0, -5,-22,-26,-17, -7; /M: SY='E'; M= -1, 0,-21, -2, 9,-16, -9, -9,-19, -1,-16,-13, 3,-12, -1, 0, 5, 3,-13,-27,-15, 4; /M: SY='P'; M= -3,-12,-28, -9, 2,-11,-17,-15,-15, -9,-16,-12,-13, 22, -8,-15, -6, -8,-17,-17,-14, -4; /M: SY='E'; M= -8, -4,-28, 0, 17,-25,-20, -9,-18, 3,-18,-12, -6, 16, 7, -4, -3, -2,-20,-28,-18, 11; /I: I=-4; MI=-21; MD=-21; IM=-21; /M: SY='P'; M= 3, -7,-23, -5, 11,-22,-14, -9,-17, 0,-14,-11, -8, 12, 4, -2, -1, -6,-17,-23,-17, 6; D=-4; /I: I=-4; MI=-21; MD=-21; IM=-21; DM=-21; /M: SY='R'; M=-12, -9,-27, -7, 2,-16,-19, 0,-18, 12,-17, -5, -6, 4, 3, 13, -9, -9,-16,-20, -8, 1; D=-4; /I: I=-4; MI=-21; MD=-21; IM=-21; DM=-21; /M: SY='R'; M= -5,-11,-18,-12, -7, -4,-15, -4, -8, 3, -6, -2, -8,-10, -3, 10, -7, -5, -6,-10, 3, -7; D=-4; /I: I=-4; MI=-21; MD=-21; IM=-21; DM=-21; /M: SY='K'; M= -8, -4,-16, -4, 2, -4,-13, 1,-10, 10, -9, -5, -3, -9, 2, 9, -5, -2, -9, -4, 9, 0; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21; /M: SY='K'; M= -6, -7,-28, -6, 2,-26,-13, -9,-22, 16,-22,-10, -3, 1, 7, 14, -4, -7,-18,-24,-15, 3; /M: SY='R'; M= -9, -5,-26, -4, -1,-22,-18, -5,-22, 9,-21,-12, -3, 5, 0, 16, -1, 2,-16,-27,-14, -3; /M: SY='R'; M= -7, -6,-24, -4, 4,-25,-18, -9,-24, 13,-20,-12, -6, 3, 4, 19, -7, -9,-19,-25,-16, 1; /M: SY='Q'; M= 0, 1,-25, -2, 4,-22,-10, 7,-20, 0,-19,-10, 4, -9, 8, 1, 0, -7,-19,-23, -8, 4; /M: SY='R'; M= -9,-12,-27,-11, -5,-17,-15,-11,-15, 11,-16, -7, -8, -6, -3, 14, -6, -7, -9,-21, -9, -6; /M: SY='A'; M= 1,-13,-22,-15, -5,-10,-18,-14, -7, -4, -7, 0,-12, 0, -5, -6, -5, -3, -5,-22,-11, -6; /M: SY='S'; M= 3, -5,-17, -7, -6,-18, -3,-12,-14, -8,-19,-13, 3,-10, -6, -5, 16, 6, -7,-33,-18, -7; /M: SY='K'; M= -8,-13,-24,-14, -4,-14,-25,-15, -3, 11, 0, 4,-13,-18, -3, 4,-15, -8, 1,-22, -7, -4; /M: SY='L'; M= -9,-28,-20,-31,-22, 6,-30,-19, 24,-26, 38, 25,-27,-27,-18,-20,-25, -9, 16,-21, -1,-21; /M: SY='D'; M=-15, 37,-28, 49, 16,-35, -5, -1,-35, 2,-30,-26, 20,-11, 0, -7, 3, -7,-28,-37,-20, 8; /M: SY='P'; M=-10,-13,-36, -6, 6,-26,-20,-15,-21, -2,-26,-17,-15, 58, -5,-12, -8, -7,-26,-26,-20, -3; /M: SY='Y'; M=-17,-25,-25,-28,-25, 40,-30, 0, 6,-18, 5, 2,-21,-30,-22,-15,-19, -9, 1, 15, 51,-25; /M: SY='H'; M= -7, -4,-27, -3, 5,-18,-19, 11,-20, 11,-14, -3, -3,-15, 7, 10, -8,-10,-17,-18, 2, 4; /M: SY='D'; M= -9, 18,-30, 30, 23,-32,-14, -5,-28, 0,-23,-20, 3, 10, 3,-10, -2, -9,-26,-33,-21, 12; /M: SY='Y'; M=-15,-18,-27,-20,-15, 9,-27, 3, 0, -7, -1, 1,-15,-24, -7, -4,-15, -6, -4, 6, 30,-14; /M: SY='L'; M= -9,-30,-23,-34,-25, 5,-34,-25, 32,-29, 34, 19,-26,-26,-21,-24,-24, -9, 22,-21, -1,-25; /M: SY='E'; M= -4, 3,-25, 6, 12,-23,-15, -5,-21, 4,-13,-11, -1,-13, 7, 10, -2, -7,-17,-26,-14, 8; /M: SY='Q'; M= 5, -4,-22, -7, 3,-26, -2, -7,-20, 2,-19, -6, -2,-12, 13, 0, 5, -3,-17,-23,-16, 8; /M: SY='W'; M=-12,-17,-30,-20,-12, -8,-19,-12,-17, 2,-10, -6,-12,-22, -4, 19,-16,-10,-16, 21, 0, -9; /M: SY='L'; M=-11,-30,-25,-31,-22, 6,-28,-21, 14,-23, 29, 13,-29,-28,-19,-15,-28,-12, 7, 6, 3,-20; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
Total number of hits | 9 in 9 different sequences |
Number of true positive hits | 9 in 9 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 0 |
Number of false negative sequences | 0 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
Taxonomic range [info] | Prokaryotes (Bacteria) |
Maximum number of repetitions [info] | 1 |
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | window20 |
Author [info] | S_Spirin |
Feature key [info] | DOMAIN |
Feature description [info] | HTH IS21-type |
Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
9 sequences
ISTA_PSEAI (P15025), ISTA_SHISO (P16944), T232_BACTB (Q99335), TNPA_BACFG (Q45119), TNPA_BACFR (Q64NF0), TRA6_GEOSE (Q45618), TRA6_PSEAI (P0A134), TRA6_SHIFL (P0A135), TRAT_AMIAI (Q46087)» more
|
PDB [Detailed view] |
1 PDB
8B4H |