PROSITE entry PS50531

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	HTH_IS21
Accession [info]	PS50531
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2006 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50531
Associated ProRule [info]	PRU00615

Name and characterization of the entry

Description [info]

IS21 transposase-type HTH domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=64;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=59;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4935000; R2=0.0175000; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3070.9484863; R2=3.5579400; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=658; H_SCORE=5412; N_SCORE=14.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=544; H_SCORE=5006; N_SCORE=12.0; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-8;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='E';  M= -9, -1,-27,  4, 20,-19,-17, -5,-16, -3,-12, -6, -6,  1,  4, -8, -3, -4,-17,-25,-11, 11;
/M: SY='L';  M=-12, -7,-24, -7, -8, -8,-23,-12,  3,-12, 13,  7, -9,-20, -9, -9,-15, -6, -1,-25, -7, -9;
/M: SY='Y';  M=-12,-19,-25,-22,-17, 16,-15, -5,-11,-13, -7, -6,-13,-24,-16, -8,-10, -9, -9,  9, 17,-16;
/M: SY='Y';  M= -6,-12,-24,-14, -5, -4,-21,  1, -8,  5, -8,  2,-11,-19, -3,  2,-11, -8, -5,-10, 12, -6;
/M: SY='M';  M= -9,-14,-27,-17, -2, -9,-26,-12,  5, -1,  1, 10,-11,-15,  0, -3,-13,-10, -1,-20, -5, -3;
/M: SY='V';  M=-10,-23,-23,-26,-20, -6,-30,-20, 16, -7,  5,  7,-17,-24,-13,  7,-14, -7, 19,-23, -6,-20;
/M: SY='R';  M=-14, -8,-30, -9, -1,-19,-19,  6,-20, 14,-16, -1, -3,-12,  8, 22,-12,-12,-19,-12, -4,  2;
/M: SY='E';  M= -7, -8,-28, -7,  6,-18,-10,-10,-11, -8, -9, -2, -9,-14,  4,-10, -7,-11,-14, -9,-10,  5;
/M: SY='L';  M= -9,-17,-21,-21,-17,  4,-24, -2, 10,-18, 20, 16,-15,-26,-13,-14,-18, -8,  5,-17,  8,-16;
/M: SY='R';  M=-16,-11,-25,-13, -5,  0,-23,  5,-13, -1, -2, -2, -5,-22, -2, 15,-12, -8,-13,-17,  3, -5;
/M: SY='R';  M= -8, -1,-18, -3,  5,-24,-15, -2,-25, 14,-24,-12,  5,-14, 12, 21,  6,  0,-19,-28,-13,  7;
/M: SY='Q';  M=-11,  3,-27,  5,  8,-26,-15, -4,-17,  7,-16, -3,  0,-12, 15,  5, -4, -5,-17,-25,-12, 11;
/M: SY='G';  M= -3, -7,-29, -7, -9,-28, 31, -6,-34,  1,-27,-14,  0,-17, -6, -1, -3,-16,-26,-21,-19, -8;
/M: SY='L';  M= -3,-23,-14,-29,-20,  4,-24,-15, 13,-19, 19, 18,-21,-24,-15,-15,-17, -8,  9,-18,  1,-18;
/M: SY='S';  M=  3,  4,-15,  1, -2,-15, -4, -4,-18, -6,-27,-17, 14,-14, -1, -6, 26, 12,-14,-32, -9, -2;
/M: SY='I';  M= -8,-21,-24,-23,-16, -4,-28,-15, 13,-11,  9,  7,-18,-17,-13,-12,-15, -7, 11,-21,  0,-17;
/M: SY='R';  M= -5, -9,-21,-10, -4,-17,-16, -1,-15,  3,-14, -7, -2,-17,  3, 18,  4,  1, -8,-27,-10, -3;
/M: SY='E';  M= -2, 12,-26, 18, 28,-32,-14, -1,-26,  4,-21,-15,  3, -7, 20, -3,  4, -6,-24,-28,-17, 24;
/M: SY='I';  M= -6,-28,-18,-37,-28, -1,-36,-29, 39,-28, 17, 15,-21,-22,-21,-28,-18, -9, 27,-23, -4,-28;
/M: SY='A';  M= 43,-10, -7,-19,-11,-21,  3,-20,-13,-11,-12,-11, -9,-12,-11,-20, 10,  0, -3,-22,-21,-11;
/M: SY='R';  M=-13, -6,-27, -7,  2,-23,-20, -6,-26, 25,-21,-10, -1,-10,  9, 40, -5, -1,-18,-22,-11,  3;
/M: SY='R';  M=-14, -2,-29,  2, 22,-23,-19,  6,-27, 14,-20,-12,  0,-12, 17, 26, -3, -9,-24,-22, -8, 17;
/M: SY='L';  M= -6,-18,-17,-22,-16, -1,-26,-19, 10,-20, 20, 10,-16,-21,-13,-16, -8, 12,  8,-24, -5,-15;
/M: SY='G';  M= -2, -3,-29, -6,-14,-29, 53,-14,-36,-13,-29,-18,  7,-19,-12,-14,  1,-17,-30,-22,-27,-13;
/M: SY='L';  M= -7,-26, -3,-30,-25,  1,-30,-23, 19,-24, 21, 15,-25,-28,-21,-21,-17, -4, 21,-27, -7,-24;
/M: SY='S';  M=  4, 12,-12, 14,  2,-23, -5, -7,-23, -8,-26,-20, 10,-12, -3,-11, 20,  7,-15,-35,-16, -1;
/M: SY='R';  M=-16,-11,-27,-11,  1,-12,-22, -6,-20, 18,-12, -7, -6,-19,  3, 41,-11, -9,-12,-20, -8, -1;
/M: SY='R';  M=-13, 13,-25,  4,  0,-21,-10,  3,-25, 13,-26,-15, 26,-14,  4, 29,  2, -4,-24,-30,-16,  0;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='V';  M=  0,-29,-15,-32,-29, -1,-31,-30, 33,-22, 11, 11,-27,-27,-27,-22,-11, -2, 43,-27, -8,-29;
/M: SY='R';  M=-13, -1,-28,  1,  4,-19,-18, -1,-26, 21,-21,-12,  0,-16,  6, 33, -6, -8,-19,-18, -2,  2;
/M: SY='R';  M=-13, -1,-29, -2,  6,-26,-19, -5,-29, 40,-27,-11,  4,-14,  9, 41, -9, -9,-21,-21,-11,  6;
/M: SY='Y';  M=-19,-22,-32,-22,-21, 25,-24, 12, -4,-12, -4, -3,-22,-30,-12,-12,-22,-13,-13, 43, 68,-20;
/M: SY='L';  M=  0,-27,-18,-29,-20,  4,-26,-21, 17,-26, 37, 15,-27,-27,-19,-20,-22, -8, 12,-21, -4,-20;
/M: SY='R';  M=-12,  5,-27,  5,  7,-25,-16,  2,-25, 18,-22,-11,  7,-15, 10, 27, -4, -8,-20,-26,-12,  6;
/M: SY='A';  M= 17, -7,-16,-11,-10,-14,  0,-11,-12,-11,-13, -5, -5,-14, -8,-15,  8,  2, -7,-20, -8, -9;
/M: SY='P';  M= -9, -3,-28,  2, -3,-17, -3,-14,-25, -5,-24,-18, -3, 13, -9, -8,  0, -5,-22,-26,-17, -7;
/M: SY='E';  M= -1,  0,-21, -2,  9,-16, -9, -9,-19, -1,-16,-13,  3,-12, -1,  0,  5,  3,-13,-27,-15,  4;
/M: SY='P';  M= -3,-12,-28, -9,  2,-11,-17,-15,-15, -9,-16,-12,-13, 22, -8,-15, -6, -8,-17,-17,-14, -4;
/M: SY='E';  M= -8, -4,-28,  0, 17,-25,-20, -9,-18,  3,-18,-12, -6, 16,  7, -4, -3, -2,-20,-28,-18, 11;
/I:         I=-4; MI=-21; MD=-21; IM=-21;
/M: SY='P';  M=  3, -7,-23, -5, 11,-22,-14, -9,-17,  0,-14,-11, -8, 12,  4, -2, -1, -6,-17,-23,-17,  6; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-21; MD=-21; IM=-21; DM=-21;
/M: SY='R';  M=-12, -9,-27, -7,  2,-16,-19,  0,-18, 12,-17, -5, -6,  4,  3, 13, -9, -9,-16,-20, -8,  1; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-21; MD=-21; IM=-21; DM=-21;
/M: SY='R';  M= -5,-11,-18,-12, -7, -4,-15, -4, -8,  3, -6, -2, -8,-10, -3, 10, -7, -5, -6,-10,  3, -7; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-21; MD=-21; IM=-21; DM=-21;
/M: SY='K';  M= -8, -4,-16, -4,  2, -4,-13,  1,-10, 10, -9, -5, -3, -9,  2,  9, -5, -2, -9, -4,  9,  0; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='K';  M= -6, -7,-28, -6,  2,-26,-13, -9,-22, 16,-22,-10, -3,  1,  7, 14, -4, -7,-18,-24,-15,  3;
/M: SY='R';  M= -9, -5,-26, -4, -1,-22,-18, -5,-22,  9,-21,-12, -3,  5,  0, 16, -1,  2,-16,-27,-14, -3;
/M: SY='R';  M= -7, -6,-24, -4,  4,-25,-18, -9,-24, 13,-20,-12, -6,  3,  4, 19, -7, -9,-19,-25,-16,  1;
/M: SY='Q';  M=  0,  1,-25, -2,  4,-22,-10,  7,-20,  0,-19,-10,  4, -9,  8,  1,  0, -7,-19,-23, -8,  4;
/M: SY='R';  M= -9,-12,-27,-11, -5,-17,-15,-11,-15, 11,-16, -7, -8, -6, -3, 14, -6, -7, -9,-21, -9, -6;
/M: SY='A';  M=  1,-13,-22,-15, -5,-10,-18,-14, -7, -4, -7,  0,-12,  0, -5, -6, -5, -3, -5,-22,-11, -6;
/M: SY='S';  M=  3, -5,-17, -7, -6,-18, -3,-12,-14, -8,-19,-13,  3,-10, -6, -5, 16,  6, -7,-33,-18, -7;
/M: SY='K';  M= -8,-13,-24,-14, -4,-14,-25,-15, -3, 11,  0,  4,-13,-18, -3,  4,-15, -8,  1,-22, -7, -4;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-20,-31,-22,  6,-30,-19, 24,-26, 38, 25,-27,-27,-18,-20,-25, -9, 16,-21, -1,-21;
/M: SY='D';  M=-15, 37,-28, 49, 16,-35, -5, -1,-35,  2,-30,-26, 20,-11,  0, -7,  3, -7,-28,-37,-20,  8;
/M: SY='P';  M=-10,-13,-36, -6,  6,-26,-20,-15,-21, -2,-26,-17,-15, 58, -5,-12, -8, -7,-26,-26,-20, -3;
/M: SY='Y';  M=-17,-25,-25,-28,-25, 40,-30,  0,  6,-18,  5,  2,-21,-30,-22,-15,-19, -9,  1, 15, 51,-25;
/M: SY='H';  M= -7, -4,-27, -3,  5,-18,-19, 11,-20, 11,-14, -3, -3,-15,  7, 10, -8,-10,-17,-18,  2,  4;
/M: SY='D';  M= -9, 18,-30, 30, 23,-32,-14, -5,-28,  0,-23,-20,  3, 10,  3,-10, -2, -9,-26,-33,-21, 12;
/M: SY='Y';  M=-15,-18,-27,-20,-15,  9,-27,  3,  0, -7, -1,  1,-15,-24, -7, -4,-15, -6, -4,  6, 30,-14;
/M: SY='L';  M= -9,-30,-23,-34,-25,  5,-34,-25, 32,-29, 34, 19,-26,-26,-21,-24,-24, -9, 22,-21, -1,-25;
/M: SY='E';  M= -4,  3,-25,  6, 12,-23,-15, -5,-21,  4,-13,-11, -1,-13,  7, 10, -2, -7,-17,-26,-14,  8;
/M: SY='Q';  M=  5, -4,-22, -7,  3,-26, -2, -7,-20,  2,-19, -6, -2,-12, 13,  0,  5, -3,-17,-23,-16,  8;
/M: SY='W';  M=-12,-17,-30,-20,-12, -8,-19,-12,-17,  2,-10, -6,-12,-22, -4, 19,-16,-10,-16, 21,  0, -9;
/M: SY='L';  M=-11,-30,-25,-31,-22,  6,-28,-21, 14,-23, 29, 13,-29,-28,-19,-15,-28,-12,  7,  6,  3,-20;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_06 which contains 572'619 sequence entries.

Total number of hits	9 in 9 different sequences
Number of true positive hits	9 in 9 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20
Author [info]	S_Spirin
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	HTH IS21-type
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

9 sequences

ISTA_PSEAI  (P15025), ISTA_SHISO  (P16944), T232_BACTB  (Q99335),

TNPA_BACFG  (Q45119), TNPA_BACFR  (Q64NF0), TRA6_GEOSE  (Q45618), 
TRA6_PSEAI  (P0A134), TRA6_SHIFL  (P0A135), TRAT_AMIAI  (Q46087)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

2 PDB

8B4H; 8Q4D