PROSITE entry PS50884
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | ZF_DOF_2 |
| Accession [info] | PS50884 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-JAN-2003 CREATED;
13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50884 |
| Associated ProRule [info] | PRU00071 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Zinc finger Dof-type profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=55; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=50; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.3707771; R2=0.0093185; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5895.8437500; R2=4.6951971; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1356; H_SCORE=12263; N_SCORE=15.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=658; H_SCORE=8985; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-9; D=-40; I=-40; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='L'; M=-12,-21,-23,-20,-13, -3,-26,-15, 5,-13, 22, 8,-19,-21,-10, 1,-20, -9, 1,-22, -5,-13; /M: SY='P'; M= -5,-11,-23, -9, -5,-21,-18,-16,-12, 0,-20,-12, -8, 21, -9, -7, -4, -5, -9,-30,-20, -9; /M: SY='C'; M=-10,-20,115,-30,-30,-19,-30,-29,-28,-29,-19,-17,-20,-39,-29,-29,-10,-10, -9,-49,-29,-29; /M: SY='P'; M= -6,-19,-37,-10, -1,-29,-18,-20,-19,-10,-29,-19,-18, 81,-10,-20, -7, -8,-27,-30,-29,-10; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='D'; M=-12, 20,-27, 21, 7,-22, -4, 2,-27, 2,-24,-19, 18,-16, 0, 1, 0, -8,-26,-26, -8, 3; /M: SY='S'; M= 10, 0,-10, 0, 0,-20, 0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10, 0,-10, 40, 20,-10,-40,-20, 0; /M: SY='T'; M= -7, 2,-21, 2, -4,-18,-15, -9,-14, -2,-11, -3, -1,-12, -3, 3, 1, 5, -8,-28,-12, -5; /M: SY='N'; M=-12, 29,-25, 26, 16,-28, -9, 7,-26, 4,-26,-19, 31,-13, 11, 0, 5, -4,-29,-35,-17, 13; /M: SY='T'; M= 0, 0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10, 0,-10,-10,-10, 20, 50, 0,-30,-10,-10; /M: SY='K'; M=-11, -1,-30, -1, 9,-29,-20, -9,-30, 48,-29,-10, 0,-11, 10, 35,-10,-10,-20,-20,-10, 9; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='C'; M= -8,-18,104,-26,-26,-20,-26,-28,-29,-28,-21,-20,-16,-36,-26,-28, -4, -6,-10,-49,-29,-26; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 31,-30, 19, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-11,-10,-20,-10,-10, 30, 79,-20; /M: SY='Y'; M=-20,-24,-26,-28,-24, 50,-30, 4, 0,-18, 4, 0,-20,-30,-22,-14,-20,-10, -6, 22, 60,-24; /M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20, 0,-20, 0, 10,-20, 0,-30,-20, 60,-20, 0, 0, 10, 0,-30,-40,-20, 0; /M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20, 0,-20, 0, 10,-20, 0,-30,-20, 60,-20, 0, 0, 10, 0,-30,-40,-20, 0; /M: SY='Y'; M=-19,-13,-29,-15,-18, 24,-26, 19, -2, -9, -4, -2,-10,-29, -9, -9,-16, -9,-12, 22, 68,-18; /M: SY='N'; M= -3, 20,-13, 9, 0,-21, -3, 0,-22, 2,-30,-19, 34,-16, 0, -1, 17, 5,-22,-38,-19, 0; /M: SY='L'; M= -6,-21,-18,-22,-13, -1,-27,-20, 12,-12, 16, 10,-22,-24,-16,-12,-16, -5, 16,-24, -6,-14; /M: SY='S'; M= 2, 7,-15, -1, -4,-13, -6, -4,-18, -6,-23,-16, 18,-15, -3, -3, 19, 12,-14,-32,-14, -4; /M: SY='Q'; M=-10, 0,-30, 0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20, 0, 0,-10, 60, 10, 0,-10,-30,-20,-10, 40; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='H'; M=-20, -9,-30, -9, -9, 2,-24, 65,-17,-10,-11, 0, -3,-24, 1, -4,-14,-16,-21, -4, 46, -9; /M: SY='F'; M=-18,-26,-22,-33,-24, 57,-29,-17, -2,-19, 9, 1,-19,-28,-30,-13,-20,-10, -2, 4, 25,-24; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='K'; M=-12, -2,-30, -2, 8,-28,-20, -8,-30, 46,-28,-10, 0,-12, 10, 38,-10,-10,-20,-20,-10, 8; /M: SY='N'; M= 9, 12,-16, 2, -2,-21, 2, -5,-19, -5,-24,-17, 21,-14, -3, -8, 15, 5,-17,-32,-19, -3; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='R'; M=-17, -8,-12, -9, 0,-24,-21, 8,-28, 16,-20, -8, -1,-20, 14, 39, -8,-11,-22,-25, -9, 4; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='Y'; M=-19,-20,-12,-21,-21, 24,-30, 14, -4,-12, -2, -2,-20,-31,-12,-12,-19,-10,-10, 20, 67,-21; /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20; /M: SY='T'; M= 0, 0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10, 0,-10,-10,-10, 20, 50, 0,-30,-10,-10; /M: SY='H'; M= 7, -4,-23, -7, 3,-23,-13, 18,-23, 6,-18, -8, -1,-13, 7, 7, -1, -9,-17,-24, -6, 3; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='A'; M= 24, -9,-10,-15,-11,-15, -8,-19, -6,-12,-11, -9, -6,-13,-11,-16, 16, 13, 5,-28,-17,-11; /M: SY='L'; M= -8,-26,-19,-28,-18, 6,-26,-16, 17,-25, 38, 23,-25,-27,-15,-18,-22, -7, 9,-22, -2,-17; /M: SY='R'; M=-14,-10,-28,-11, -1,-20,-18, -2,-28, 27,-19,-10, -1,-19, 8, 62, -8, -9,-18,-20,-11, -1; /M: SY='N'; M= -9, 30,-20, 15, 0,-20, -5, 4,-19, 0,-26,-18, 44,-18, -1, 2, 10, 4,-24,-37,-18, -1; /M: SY='V'; M= -2,-27,-16,-30,-27, -2,-30,-28, 32,-22, 10, 10,-24,-25,-25,-22, -9, -1, 39,-28, -8,-27; /M: SY='P'; M= -6,-19,-38,-11, -1,-29,-19,-20,-19,-10,-29,-19,-19, 83,-10,-20, -9, -9,-28,-29,-29,-10; /M: SY='V'; M= 0,-25,-14,-27,-25, -3,-27,-27, 26,-20, 6, 7,-22,-25,-24,-20, -4, 1, 37,-30,-10,-25; /M: SY='G'; M= 8, -9,-24,-12,-17,-26, 48,-20,-32,-17,-24,-17, -2,-17,-17,-19, 4, -8,-22,-21,-26,-17; /M: SY='G'; M= 8,-10,-25,-10,-14,-27, 43,-19,-31,-16,-27,-18, -2, -8,-15,-19, 6,-11,-23,-23,-27,-15; /M: SY='G'; M= 4,-12,-26,-14,-16,-23, 32,-20,-21,-18,-21,-14, -4,-10,-16,-19, 3,-10,-16,-24,-24,-17; /M: SY='C'; M= -3,-11, 23,-16,-14,-16,-13,-16,-23, -9,-19,-14, -7,-23,-12, -2, 3, 2,-11,-31,-15,-14; /M: SY='R'; M=-14, -3,-28, -1, 2,-22,-17, -2,-30, 23,-20,-12, 2,-18, 7, 53, -7, -9,-20,-22,-12, 0; /M: SY='K'; M= -9, -2,-28, -3, 5,-26,-18, -7,-28, 38,-26,-10, 2,-13, 8, 37, -8, -9,-19,-21,-11, 5; /M: SY='N'; M= -4, 12,-19, 5, 0,-21, -7, 0,-21, 3,-27,-16, 23,-11, 1, 4, 14, 8,-19,-34,-16, 0; /M: SY='K'; M= -7, 1,-25, -2, 1,-24,-16, -9,-20, 22,-24,-11, 5, -6, 1, 15, -3, -5,-14,-26,-14, 0; /M: SY='R'; M= -8, -8,-26, -8, -3,-19,-13, -2,-20, 9,-15, -9, -2, -6, 0, 17, -5, -6,-17,-25,-12, -4; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 43 in 43 different sequences |
| Number of true positive hits | 43 in 43 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | window20 |
| Author [info] | N_Hulo |
| Feature key [info] | ZN_FING |
| Feature description [info] | Dof-type |
| Version [info] | 6 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
43 sequences
CDF1_ARATH (Q8W1E3), CDF2_ARATH (Q93ZL5), CDF3_ARATH (Q8LFV3), CDF4_ARATH (O22967), CDF5_ARATH (Q9SEZ3), DOF11_ARATH (Q8L9V6), DOF12_ARATH (P68349), DOF13_ARATH (Q9LQX4), DOF14_ARATH (Q9FZA4), DOF15_ARATH (P68350), DOF16_ARATH (Q9SX97), DOF17_ARATH (O82155), DOF18_ARATH (Q84JQ8), DOF1_ORYSJ (Q9SXG8), DOF21_ARATH (Q8LE43), DOF22_ARATH (Q9ZV33), DOF24_ARATH (O80928), DOF25_ARATH (Q9ZPY0), DOF2_ORYSJ (B9F1L8), DOF31_ARATH (Q94AR6), DOF32_ARATH (Q9M1E6), DOF34_ARATH (Q39088), DOF35_ARATH (Q9SVC5), DOF36_ARATH (Q9M2U1), DOF37_ARATH (Q43385), DOF3_ORYSJ (Q6K537), DOF41_ARATH (Q9M161), DOF42_ARATH (Q9SUB1), DOF43_ARATH (Q9SUB0), DOF44_ARATH (Q9SUA9), DOF45_ARATH (O49550), DOF46_ARATH (Q8LAP8), DOF47_ARATH (Q84K52), DOF4_ORYSJ (Q6Z345), DOF51_ARATH (Q9LZ56), DOF53_ARATH (Q84TE9), DOF54_ARATH (Q8LDR0), DOF56_ARATH (Q9FM03), DOF57_ARATH (Q9LSL6), DOF58_ARATH (Q9FGD6), DOF5_ORYSJ (Q5JLR7), MNB1A_MAIZE (P38564), PBF_MAIZE (O24463)» more
|