PROSITE entry PS51017

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	CCT
Accession [info]	PS51017
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-SEP-2004 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 08-NOV-2023 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51017
Associated ProRule [info]	PRU00357

Name and characterization of the entry

Description [info]

CCT domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=43;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=39;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1719618; R2=0.0099220; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2482.7265625; R2=2.9572649; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=638; H_SCORE=4369; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=437; H_SCORE=3775; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-7; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R';  M=-19, -8,-30, -7,  3,-21,-19, 10,-30, 25,-20,-10,  1,-19, 10, 58, -9,-11,-22,-22, -7,  2;
/M: SY='E';  M=  1,  0,-24,  1, 16,-22,-15, -8,-19,  8,-13,-10, -2,-11,  4,  4, -4, -8,-15,-25,-15,  9;
/M: SY='A';  M= 18,  2,-18, -2, 10,-24, -8, -9,-18,  0,-17,-13,  1, -9,  4, -7,  7, -2,-13,-26,-18,  7;
/M: SY='R';  M=  5, -8,-20,-11, -2,-16,-13,-11,-18, 10,-16, -9, -4,-14,  1, 13,  3, -2,-10,-22,-12, -1;
/M: SY='I';  M= -6,-26,-18,-28,-22,  1,-29,-23, 23,-20, 22, 14,-24,-26,-20,-18,-17, -5, 23,-24, -5,-22;
/M: SY='M';  M= -8, -9,-22,-12, -5,-13,-20,  0, -3, -5,  1, 12, -8,-17,  5, -3, -6, -2, -6,-24, -5, -1;
/M: SY='R';  M=-16, -4,-29, -3,  3,-23,-18, -3,-30, 31,-23,-12,  2,-17,  9, 53, -7, -9,-20,-22,-11,  3;
/M: SY='Y';  M=-19,-18,-28,-19,-18, 31,-29,  8, -1,-13,  0, -1,-17,-27,-12,-12,-18,-10, -8, 18, 57,-18;
/M: SY='R';  M=-15, -9,-28,-10,  0,-16,-21, -7,-23, 27,-16, -7, -3,-17,  4, 42,-10, -7,-16,-19, -7,  0;
/M: SY='E';  M= -9,  5,-28, 11, 33,-26,-19, -4,-23,  8,-17,-14, -1, -2, 12,  2, -3, -8,-21,-29,-17, 22;
/M: SY='K';  M= -9, -3,-28, -4,  5,-22,-16,-11,-26, 36,-24, -9, -2,-12,  4, 21, -8, -9,-17,-20, -9,  5;
/M: SY='R';  M=-15, -9,-28,-10, -1,-16,-21, -6,-23, 29,-18, -5, -4,-18,  5, 44,-11,-10,-14,-19, -7,  0;
/M: SY='K';  M= -9,  0,-26, -2,  6,-24,-14, -7,-22, 23,-21, -9,  3,-14,  8, 18, -5, -7,-17,-24,-12,  6;
/M: SY='T';  M= -3,  1,-20, -3,  1,-17,-10, -8,-14, -2,-11, -6,  4,-15,  1, -1,  2,  5,-13,-28,-13,  1;
/M: SY='R';  M=-19,-10,-29,-10, -2,-17,-21,  5,-27, 24,-18, -9, -1,-20,  8, 58, -9, -7,-19,-18, -4, -2;
/M: SY='R';  M=-11, -2, -5, -7, -5,-17,-18, -4,-18,  7,-12, -7,  4,-21, -3,  8, -7, -7,-15,-29,-12, -5;
/M: SY='F';  M=-19,-22,-23,-31,-25, 57,-26,-13, -2,-24,  5, -2,-13,-29,-30,-17,-18,-10, -5, 13, 29,-25;
/M: SY='D';  M= -7,  9,-25, 14, 12,-26,  1, -6,-26, -4,-20,-17,  5,-13,  0, -5,  2, -7,-21,-30,-19,  5;
/M: SY='K';  M=-10, -5,-22, -6,  4,-25,-22,-12,-23, 37,-22, -7, -4,-14,  5, 23,-12,-10,-15,-21,-10,  4;
/M: SY='K';  M= -8, -3,-25, -6,  3,-23,-20, -6,-21, 21,-18, -7, -2,-13, 11, 19, -2,  3,-15,-22, -9,  7;
/M: SY='I';  M= -8,-27,-20,-33,-27, -5,-30,-25, 32,-26, 10, 11,-20,-17,-21,-26,-16, -9, 24,-24, -6,-27;
/M: SY='R';  M=-14,-11,-27,-12, -2,-18,-20, -5,-23, 24,-15, -7, -4,-19,  5, 51,-10, -8,-14,-21,-10, -2;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='A';  M= 15, -3,-20, -5, 13,-25,-10, -8,-16, -2,-14,-10, -6, -9,  9, -9,  4, -3,-12,-24,-17, 11;
/M: SY='C';  M=  2,-11, 17,-14,-14,-14,-15,-19, -9,-17,-15,-11, -6,-22,-14,-17, 14,  8,  4,-39,-19,-14;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='K';  M= -9, -1,-29, -1,  9,-29,-19, -9,-29, 45,-28,-10,  0,-11, 11, 31, -9,-10,-20,-20,-10,  9;
/M: SY='A';  M=  7, -7,-19,-10,  2,-17,-16,-14,-12,  2, -7, -6, -7,-12, -1, -2,  1,  5, -6,-24,-13,  0;
/M: SY='L';  M=-11,-15,-21,-18,-16,  2,-24,-10,  6,-13, 14,  5,-10,-26,-13, -5,-15, -4,  3,-18,  5,-16;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='D';  M=-12, 20,-21, 31, 26,-29,-17, -5,-27, -1,-17,-19,  4,-10,  4, -9, -3, -9,-22,-34,-18, 15;
/M: SY='Q';  M= -4, -2,-18, -3,  1,-23,-14, -7,-19,  6,-19, -9,  1,-14,  9,  9,  7,  4,-13,-28,-13,  4;
/M: SY='R';  M=-18,-10,-29,-11, -1,-19,-20,  0,-24, 26,-16, -2, -2,-19, 11, 58,-11,-10,-17,-20, -9,  1;
/M: SY='P';  M= -8,-17,-35,-10,  0,-27,-20,-16,-18, -3,-23,-14,-16, 57, -3,-10, -9, -9,-24,-27,-24, -5;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  1,-30, 29,-20,-10,  0,-20, 10, 68,-10,-10,-20,-19, -9,  0;
/M: SY='V';  M= -2,-22,-16,-26,-23, -3,-26,-22, 23,-16,  8, 12,-18,-24,-19,-16,-10, -3, 29,-27, -8,-22;
/M: SY='K';  M=-13, -2,-30, -3,  5,-27,-15, -6,-30, 38,-27,-11,  3,-14,  9, 38, -9,-10,-21,-21,-11,  6;
/M: SY='G';  M=  1,-12,-28,-12,-20,-27, 61,-21,-34,-20,-26,-17, -3,-21,-20,-20, -1,-18,-24,-21,-28,-20;
/M: SY='R';  M=-15, -7,-27, -7,  5,-25,-19,  1,-26, 21,-20, -8,  0,-17, 22, 47, -5, -7,-22,-21,-11, 10;
/M: SY='F';  M=-19,-26,-20,-36,-28, 72,-28,-19, -1,-28,  8, -1,-16,-29,-37,-19,-18, -8, -1,  6, 26,-28;
/M: SY='V';  M= 18,-18,-13,-23,-18,-10,-17,-23,  9,-14,  0,  0,-16,-17,-18,-17,  0,  3, 19,-25,-14,-18;
/M: SY='R';  M=-11, -4,-27, -4,  4,-25,-16, -7,-28, 32,-26,-12,  1,-14,  8, 38, -2, -5,-18,-23,-12,  4;
/M: SY='N';  M=  0,  6,-19, -1,  0,-21,-11, -5,-17,  3,-20,-11, 13,-15,  6,  5,  8,  4,-14,-29,-15,  2;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2023_05 which contains 570'420 sequence entries.

Total number of hits	42 in 42 different sequences
Number of true positive hits	42 in 42 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	CCT
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

42 sequences

APRR1_ARATH (Q9LKL2), APRR3_ARATH (Q9LVG4), APRR5_ARATH (Q6LA42),

APRR7_ARATH (Q93WK5), APRR9_ARATH (Q8L500), CIA2_ARATH  (Q9LU68), 
CO3_ORYSJ   (O82117), COL10_ARATH (Q9LUA9), COL11_ARATH (O23379), 
COL12_ARATH (Q9LJ44), COL13_ARATH (O82256), COL14_ARATH (O22800), 
COL15_ARATH (Q9C7E8), COL16_ARATH (Q8RWD0), COL1_ARATH  (O50055), 
COL2_ARATH  (Q96502), COL3_ARATH  (Q9SK53), COL4_ARATH  (Q940T9), 
COL5_ARATH  (Q9FHH8), COL6_ARATH  (Q8LG76), COL7_ARATH  (Q9C9A9), 
COL8_ARATH  (Q9M9B3), COL9_ARATH  (Q9SSE5), CONS_ARATH  (Q39057), 
GAT17_ORYSJ (Q6Z433), GAT18_ORYSI (A2XKR7), GAT18_ORYSJ (Q10F25), 
GAT19_ORYSI (B8AR30), GAT19_ORYSJ (Q0DNU1), GAT20_ORYSJ (Q5Z4U5), 
GAT24_ARATH (Q8GXL7), GAT25_ARATH (Q9LRH6), GAT28_ARATH (Q8H1G0), 
GHD7_ORYSJ  (E5RQA1), HD1_ORYSJ   (Q9FDX8), PRR1_ORYSJ  (Q689G9), 
PRR37_ORYSI (A2YQ93), PRR37_ORYSJ (Q0D3B6), PRR73_ORYSI (A2XFB7), 
PRR73_ORYSJ (Q10N34), PRR95_ORYSJ (Q689G6), VRN2_BRADI  (A0A0Q3PY21)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

3 PDB

7C9O; 7CVO; 7CVQ