PROSITE entry PS51017

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	CCT
Accession [info]	PS51017
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-SEP-2004 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51017
Associated ProRule [info]	PRU00357

Name and characterization of the entry

Description [info]

CCT domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=43;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=39;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1719618; R2=0.0099220; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2482.7265625; R2=2.9572649; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=638; H_SCORE=4369; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=437; H_SCORE=3775; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-7; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R';  M=-19, -8,-30, -7,  3,-21,-19, 10,-30, 25,-20,-10,  1,-19, 10, 58, -9,-11,-22,-22, -7,  2;
/M: SY='E';  M=  1,  0,-24,  1, 16,-22,-15, -8,-19,  8,-13,-10, -2,-11,  4,  4, -4, -8,-15,-25,-15,  9;
/M: SY='A';  M= 18,  2,-18, -2, 10,-24, -8, -9,-18,  0,-17,-13,  1, -9,  4, -7,  7, -2,-13,-26,-18,  7;
/M: SY='R';  M=  5, -8,-20,-11, -2,-16,-13,-11,-18, 10,-16, -9, -4,-14,  1, 13,  3, -2,-10,-22,-12, -1;
/M: SY='I';  M= -6,-26,-18,-28,-22,  1,-29,-23, 23,-20, 22, 14,-24,-26,-20,-18,-17, -5, 23,-24, -5,-22;
/M: SY='M';  M= -8, -9,-22,-12, -5,-13,-20,  0, -3, -5,  1, 12, -8,-17,  5, -3, -6, -2, -6,-24, -5, -1;
/M: SY='R';  M=-16, -4,-29, -3,  3,-23,-18, -3,-30, 31,-23,-12,  2,-17,  9, 53, -7, -9,-20,-22,-11,  3;
/M: SY='Y';  M=-19,-18,-28,-19,-18, 31,-29,  8, -1,-13,  0, -1,-17,-27,-12,-12,-18,-10, -8, 18, 57,-18;
/M: SY='R';  M=-15, -9,-28,-10,  0,-16,-21, -7,-23, 27,-16, -7, -3,-17,  4, 42,-10, -7,-16,-19, -7,  0;
/M: SY='E';  M= -9,  5,-28, 11, 33,-26,-19, -4,-23,  8,-17,-14, -1, -2, 12,  2, -3, -8,-21,-29,-17, 22;
/M: SY='K';  M= -9, -3,-28, -4,  5,-22,-16,-11,-26, 36,-24, -9, -2,-12,  4, 21, -8, -9,-17,-20, -9,  5;
/M: SY='R';  M=-15, -9,-28,-10, -1,-16,-21, -6,-23, 29,-18, -5, -4,-18,  5, 44,-11,-10,-14,-19, -7,  0;
/M: SY='K';  M= -9,  0,-26, -2,  6,-24,-14, -7,-22, 23,-21, -9,  3,-14,  8, 18, -5, -7,-17,-24,-12,  6;
/M: SY='T';  M= -3,  1,-20, -3,  1,-17,-10, -8,-14, -2,-11, -6,  4,-15,  1, -1,  2,  5,-13,-28,-13,  1;
/M: SY='R';  M=-19,-10,-29,-10, -2,-17,-21,  5,-27, 24,-18, -9, -1,-20,  8, 58, -9, -7,-19,-18, -4, -2;
/M: SY='R';  M=-11, -2, -5, -7, -5,-17,-18, -4,-18,  7,-12, -7,  4,-21, -3,  8, -7, -7,-15,-29,-12, -5;
/M: SY='F';  M=-19,-22,-23,-31,-25, 57,-26,-13, -2,-24,  5, -2,-13,-29,-30,-17,-18,-10, -5, 13, 29,-25;
/M: SY='D';  M= -7,  9,-25, 14, 12,-26,  1, -6,-26, -4,-20,-17,  5,-13,  0, -5,  2, -7,-21,-30,-19,  5;
/M: SY='K';  M=-10, -5,-22, -6,  4,-25,-22,-12,-23, 37,-22, -7, -4,-14,  5, 23,-12,-10,-15,-21,-10,  4;
/M: SY='K';  M= -8, -3,-25, -6,  3,-23,-20, -6,-21, 21,-18, -7, -2,-13, 11, 19, -2,  3,-15,-22, -9,  7;
/M: SY='I';  M= -8,-27,-20,-33,-27, -5,-30,-25, 32,-26, 10, 11,-20,-17,-21,-26,-16, -9, 24,-24, -6,-27;
/M: SY='R';  M=-14,-11,-27,-12, -2,-18,-20, -5,-23, 24,-15, -7, -4,-19,  5, 51,-10, -8,-14,-21,-10, -2;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='A';  M= 15, -3,-20, -5, 13,-25,-10, -8,-16, -2,-14,-10, -6, -9,  9, -9,  4, -3,-12,-24,-17, 11;
/M: SY='C';  M=  2,-11, 17,-14,-14,-14,-15,-19, -9,-17,-15,-11, -6,-22,-14,-17, 14,  8,  4,-39,-19,-14;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='K';  M= -9, -1,-29, -1,  9,-29,-19, -9,-29, 45,-28,-10,  0,-11, 11, 31, -9,-10,-20,-20,-10,  9;
/M: SY='A';  M=  7, -7,-19,-10,  2,-17,-16,-14,-12,  2, -7, -6, -7,-12, -1, -2,  1,  5, -6,-24,-13,  0;
/M: SY='L';  M=-11,-15,-21,-18,-16,  2,-24,-10,  6,-13, 14,  5,-10,-26,-13, -5,-15, -4,  3,-18,  5,-16;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='D';  M=-12, 20,-21, 31, 26,-29,-17, -5,-27, -1,-17,-19,  4,-10,  4, -9, -3, -9,-22,-34,-18, 15;
/M: SY='Q';  M= -4, -2,-18, -3,  1,-23,-14, -7,-19,  6,-19, -9,  1,-14,  9,  9,  7,  4,-13,-28,-13,  4;
/M: SY='R';  M=-18,-10,-29,-11, -1,-19,-20,  0,-24, 26,-16, -2, -2,-19, 11, 58,-11,-10,-17,-20, -9,  1;
/M: SY='P';  M= -8,-17,-35,-10,  0,-27,-20,-16,-18, -3,-23,-14,-16, 57, -3,-10, -9, -9,-24,-27,-24, -5;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  1,-30, 29,-20,-10,  0,-20, 10, 68,-10,-10,-20,-19, -9,  0;
/M: SY='V';  M= -2,-22,-16,-26,-23, -3,-26,-22, 23,-16,  8, 12,-18,-24,-19,-16,-10, -3, 29,-27, -8,-22;
/M: SY='K';  M=-13, -2,-30, -3,  5,-27,-15, -6,-30, 38,-27,-11,  3,-14,  9, 38, -9,-10,-21,-21,-11,  6;
/M: SY='G';  M=  1,-12,-28,-12,-20,-27, 61,-21,-34,-20,-26,-17, -3,-21,-20,-20, -1,-18,-24,-21,-28,-20;
/M: SY='R';  M=-15, -7,-27, -7,  5,-25,-19,  1,-26, 21,-20, -8,  0,-17, 22, 47, -5, -7,-22,-21,-11, 10;
/M: SY='F';  M=-19,-26,-20,-36,-28, 72,-28,-19, -1,-28,  8, -1,-16,-29,-37,-19,-18, -8, -1,  6, 26,-28;
/M: SY='V';  M= 18,-18,-13,-23,-18,-10,-17,-23,  9,-14,  0,  0,-16,-17,-18,-17,  0,  3, 19,-25,-14,-18;
/M: SY='R';  M=-11, -4,-27, -4,  4,-25,-16, -7,-28, 32,-26,-12,  1,-14,  8, 38, -2, -5,-18,-23,-12,  4;
/M: SY='N';  M=  0,  6,-19, -1,  0,-21,-11, -5,-17,  3,-20,-11, 13,-15,  6,  5,  8,  4,-14,-29,-15,  2;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_05 which contains 572'214 sequence entries.

Total number of hits	42 in 42 different sequences
Number of true positive hits	42 in 42 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	CCT
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

42 sequences

APRR1_ARATH (Q9LKL2), APRR3_ARATH (Q9LVG4), APRR5_ARATH (Q6LA42),

APRR7_ARATH (Q93WK5), APRR9_ARATH (Q8L500), CIA2_ARATH  (Q9LU68), 
CO3_ORYSJ   (O82117), COL10_ARATH (Q9LUA9), COL11_ARATH (O23379), 
COL12_ARATH (Q9LJ44), COL13_ARATH (O82256), COL14_ARATH (O22800), 
COL15_ARATH (Q9C7E8), COL16_ARATH (Q8RWD0), COL1_ARATH  (O50055), 
COL2_ARATH  (Q96502), COL3_ARATH  (Q9SK53), COL4_ARATH  (Q940T9), 
COL5_ARATH  (Q9FHH8), COL6_ARATH  (Q8LG76), COL7_ARATH  (Q9C9A9), 
COL8_ARATH  (Q9M9B3), COL9_ARATH  (Q9SSE5), CONS_ARATH  (Q39057), 
GAT17_ORYSJ (Q6Z433), GAT18_ORYSI (A2XKR7), GAT18_ORYSJ (Q10F25), 
GAT19_ORYSI (B8AR30), GAT19_ORYSJ (Q0DNU1), GAT20_ORYSJ (Q5Z4U5), 
GAT24_ARATH (Q8GXL7), GAT25_ARATH (Q9LRH6), GAT28_ARATH (Q8H1G0), 
GHD7_ORYSJ  (E5RQA1), HD1_ORYSJ   (Q9FDX8), PRR1_ORYSJ  (Q689G9), 
PRR37_ORYSI (A2YQ93), PRR37_ORYSJ (Q0D3B6), PRR73_ORYSI (A2XFB7), 
PRR73_ORYSJ (Q10N34), PRR95_ORYSJ (Q689G6), VRN2_BRADI  (A0A0Q3PY21)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

3 PDB

7C9O; 7CVO; 7CVQ