PROSITE entry PS51049
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | KASH |
| Accession [info] | PS51049 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-DEC-2004 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 08-NOV-2023 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51049 |
| Associated ProRule [info] | PRU00385 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | KASH domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=58; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=53; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1219554; R2=0.0121448; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3976.4663086; R2=1.9960474; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=526; H_SCORE=5026; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=361; H_SCORE=4697; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-10; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='R'; M= 3,-16,-19,-19,-12,-14,-18,-14, -7, 5, -8, -4,-12,-21, -7, 20, -5, -4, 6,-23,-12,-12; /M: SY='P'; M= -6,-11,-28, -8, -4,-25, 4,-13,-27, -2,-28,-18, -4, 16, -5, 5, 4, -5,-23,-28,-23, -7; /M: SY='W'; M= 1,-21,-26,-27,-17, 11,-16,-17,-14, -7,-10,-10,-16,-22,-15, 2,-13,-11,-11, 23, 5,-15; /M: SY='W'; M= 0,-25,-31,-24,-14, -8,-18,-22, -8,-17, -4, -8,-25, 11,-15,-20,-18,-13,-14, 18, -6,-15; /M: SY='W'; M= 6,-16,-28,-19,-14,-16, 8,-17,-24, -5,-19,-15,-11,-19,-10, 2, -8,-14,-18, 15,-10,-12; /M: SY='R'; M=-11, -7,-24, -7, 0,-20,-14, -3,-27, 18,-23,-13, 3,-17, 7, 46, 5, -1,-17,-26,-13, 0; /M: SY='V'; M= -5,-21,-20,-23,-18, -9,-29,-24, 16, -1, 0, 6,-19,-22,-16, -7,-12, -5, 25,-25, -8,-18; /M: SY='A'; M= 14,-15,-18,-19, -9,-13,-13,-14, -9, -3, 2, -3,-12,-18, -6, 7, -6, -5, -4,-20,-12, -9; /M: SY='R'; M=-17,-13,-33,-10, 0,-23,-20, -6,-27, 18,-23,-13, -6, 13, 4, 43,-10,-10,-23,-23,-16, -3; /M: SY='A'; M= 20,-14,-13,-21,-13, -8,-14,-20, -1,-16, 8, -1,-14,-16,-13,-18, 0, 9, 3,-22,-12,-13; /M: SY='A'; M= 25, -4,-10,-12, -8,-17, -6,-18,-12,-10,-15,-12, -2,-10, -8,-14, 20, 20, -2,-28,-17, -8; /M: SY='L'; M= -8,-30,-18,-30,-22, 8,-30,-22, 22,-28, 42, 18,-30,-30,-22,-20,-26, -8, 18,-22, -2,-22; /M: SY='P'; M=-13,-23,-34,-19, -9, 3,-23,-20,-14,-16,-18,-14,-20, 54,-19,-20,-13,-10,-21,-18,-12,-16; /M: SY='F'; M=-13,-28,-22,-36,-26, 27,-30,-18, 21,-26, 24, 22,-22,-25,-22,-20,-22,-10, 12,-11, 9,-23; /M: SY='Q'; M=-10, -9,-27, -9, 8,-25,-23, 1, -8, -2, 1, 6, -9,-16, 36, 1, -9,-10,-18,-20, -7, 22; /M: SY='A'; M= 21,-20,-13,-25,-17, -7,-15,-22, 7,-18, 12, 3,-20,-20,-17,-20, -6, -3, 13,-22,-12,-17; /M: SY='L'; M= 2,-23,-18,-28,-18, 1,-21,-15, 14,-21, 30, 23,-23,-23,-13,-18,-19, -8, 8,-20, -4,-16; /M: SY='L'; M=-13,-28,-20,-33,-23, 29,-28,-15, 14,-25, 30, 24,-24,-28,-21,-18,-24,-10, 7,-11, 9,-21; /M: SY='L'; M=-10,-30,-18,-32,-24, 22,-30,-22, 18,-28, 32, 13,-28,-30,-27,-20,-23, -8, 18,-16, 4,-24; /M: SY='L'; M= -8,-24,-18,-26,-18, 6,-28,-20, 14,-26, 38, 14,-24,-26,-18,-18,-20, 2, 8,-22, -2,-18; /M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-32,-22, 8,-32,-22, 26,-30, 44, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 14,-20, 0,-22; /M: SY='L'; M= -9,-30,-17,-32,-25, 21,-30,-23, 19,-27, 30, 13,-28,-30,-27,-20,-22, -7, 20,-17, 3,-25; /M: SY='G'; M= -2,-12, 1,-14,-22,-28, 49,-22,-38,-22,-28,-20, -4,-24,-22,-22, -2,-18,-26,-26,-30,-22; /M: SY='A'; M= 38,-15,-10,-22,-15,-15, -7,-22, 0,-12, -5, -5,-15,-15,-15,-20, 5, 0, 12,-22,-18,-15; /M: SY='A'; M= 35, -7,-10,-17,-10,-17, -6,-20,-10,-10,-10,-10, -7,-10,-10,-17, 13, 15, 0,-23,-17,-10; /M: SY='C'; M= -8,-18, 45,-25,-22, -8,-28,-24,-10,-25, 4, -5,-18,-30,-22,-22, -9, 5, -1,-36,-16,-22; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='V'; M= -5,-28,-15,-30,-25, 3,-28,-21, 25,-21, 24, 23,-28,-28,-21,-18,-18, -5, 30,-25, -5,-23; /M: SY='P'; M=-10,-16,-38, -8, 4,-32,-20,-14,-20, -6,-28,-16,-16, 69, 5,-14, -8,-10,-30,-28,-26, 0; /M: SY='H'; M=-15,-13,-29,-11, -6,-13,-23, 39,-13,-16, -1, 2, -8, 0, -3,-10,-16,-15,-18,-27, 4, -8; /M: SY='C'; M= -1, 1, 14, -6,-12,-22, 10,-13,-27,-15,-28,-20, 11,-22,-12,-15, 12, -1,-19,-37,-25,-12; /I: I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='D'; M= -7, 12,-24, 19, 13,-26, 14, -6,-29, -4,-21,-18, 5, -9, -1, -9, 0,-11,-24,-23,-19, 6; D=-12; /I: I=-12; DM=-25; /M: SY='Y'; M=-10,-19,-18,-19,-19, 15,-24, 1, 9,-11, 3, 3,-19,-24,-14,-11,-13, -5, 10, 6, 36,-19; D=-12; /I: I=-12; DM=-25; /M: SY='C'; M= -1, -9, 48,-16,-16,-18,-18,-21,-22,-19,-21,-18, -6,-23,-16,-19, 13, 14, -8,-42,-22,-16; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='C'; M=-12, -1, 18, -2, -5,-24,-21, -7,-17, -9,-12, 3, -7,-22, 5,-11, -8,-10,-14,-33,-16, 0; /M: SY='F'; M= -6, -6,-17,-13,-12, 12,-15,-11, -5,-18, -1, -5, 3,-22,-15,-13, 2, 1, -7,-23, -3,-12; /M: SY='H'; M= -8,-13,-21,-13, -9, -7,-20, 19, -5,-19, 9, 4, -8,-22, -6,-11, -7, -6, -7,-28, 1, -9; /M: SY='N'; M= 8, 25,-17, 8, -3,-20, 0, 1,-17, -3,-24,-17, 39,-17, -3, -6, 10, 0,-21,-34,-20, -3; /M: SY='N'; M=-11, 15,-21, 3, -2,-18,-11, 0,-21, 7,-22,-14, 27,-18, 1, 19, 6, 9,-20,-31,-14, -2; /M: SY='F'; M=-15,-30,-20,-35,-25, 44,-30,-20, 10,-30, 30, 10,-25,-30,-30,-20,-25,-10, 5, -5, 15,-25; /M: SY='A'; M= 42, -8,-10,-16, -8,-20, 0,-18,-12,-10,-14,-12, -6,-10, -8,-18, 16, 4, -2,-24,-20, -8; /M: SY='R'; M=-18,-12,-28,-14, -4,-16,-20, 0,-20, 22,-12, 5, -4,-20, 8, 53,-12,-10,-14,-20, -8, -2; /M: SY='S'; M= 7, 0,-10, -3, -3,-17, -6,-13,-17,-10,-24,-17, 7,-10, -3,-10, 34, 29, -7,-37,-17, -3; /M: SY='F'; M=-14,-27,-26,-28,-18, 29,-27,-20, -1,-24, 8, -1,-22, 6,-26,-20,-19,-10, -7,-10, 4,-21; /M: SY='D'; M=-13, 9,-26, 14, 12,-10,-21, 2,-19, -3,-14,-14, -1,-14, 0, -8, -2, 2,-18,-14, 12, 4; /M: SY='P'; M=-10,-23,-34,-16, -6,-18,-23,-20, -8,-16, -6, -8,-23, 54,-13,-20,-16,-10,-18,-27,-21,-13; /M: SY='M'; M= -2,-14,-17,-17,-10,-13,-18, -9, 5, -9, -3, 13,-12,-19, 3, -9, 2, 0, 9,-28,-10, -3; /M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-32,-22, 8,-32,-22, 27,-30, 43, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 15,-20, 0,-22; /M: SY='S'; M= -1, -2,-19, -2, 5,-25, -9, -3,-22, 3,-26,-13, 6,-12, 17, 11, 20, 7,-17,-31,-16, 10; /M: SY='Y'; M=-20,-22,-28,-25,-22, 42,-30, 10, 0,-15, 2, 0,-20,-30,-17,-12,-20,-10, -8, 25, 68,-22; /M: SY='V'; M= -5,-28,-22,-27,-23, -7,-30,-28, 22,-20, 2, 5,-25, 2,-23,-22,-12, -5, 26,-28,-13,-25; /M: SY='N'; M=-15, 20,-25, 9, 0,-20, -9, 30,-25, 4,-25,-13, 35,-20, 5, 15, 1, -7,-28,-33, -8, 0; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='P'; M=-10,-23,-34,-16, -6,-18,-23,-20, -8,-16, -6, -8,-23, 54,-13,-20,-16,-10,-18,-27,-21,-13; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='I'; M=-10,-23,-23,-33,-25, 17,-33,-25, 23,-25, 10, 8,-15,-20,-22,-23,-10, 5, 15,-15, 5,-25; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 12 in 12 different sequences |
| Number of true positive hits | 12 in 12 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 9 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 57.14 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | KASH |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
12 sequences
ANC1_CAEEL (Q9N4M4), KLAR_DROME (Q9Y0E4), MS300_DROME (M9MRD1), SYNE1_HUMAN (Q8NF91), SYNE1_MOUSE (Q6ZWR6), SYNE2_HUMAN (Q8WXH0), SYNE2_MOUSE (Q6ZWQ0), SYNE3_HUMAN (Q6ZMZ3), SYNE3_MOUSE (Q4FZC9), SYNE4_HUMAN (Q8N205), SYNE4_MOUSE (Q8CII8), SYNE4_RAT (Q5M844)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
9 sequences
SINE1_ARATH (Q5XVI1), SINE2_ARATH (Q9SQR5), SINE3_ARATH (Q9C900), SINE4_ARATH (Q9SW31), TIK_ARATH (Q0WSX8), UNC83_CAEEL (Q23064), WIP1_ARATH (Q8GXA4), WIP2_ARATH (Q9FH18), WIP3_ARATH (Q94AV5)» more |
| PDB [Detailed view] |
7 PDB
4DXR; 4DXS; 4FI9; 6R15; 6R16; 6WMD; 6WME |