PROSITE

Home | Contact

	Home ScanProsite ProRule Documents Downloads Links Funding
	Entry: PS51049

General information about the entry

Entry name [info]

KASH

Accession [info]

PS51049

Entry type [info]

MATRIX

Date [info]

01-DEC-2004 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE;
22-FEB-2023 INFO UPDATE.

PROSITE Doc. [info]

PDOC51049

Associated ProRule [info]

PRU00385

Name and characterization of the entry

Description [info]

KASH domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=58;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=53;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1219554; R2=0.0121448; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3976.4663086; R2=1.9960474; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=526; H_SCORE=5026; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=361; H_SCORE=4697; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-10; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R';  M=  3,-16,-19,-19,-12,-14,-18,-14, -7,  5, -8, -4,-12,-21, -7, 20, -5, -4,  6,-23,-12,-12;
/M: SY='P';  M= -6,-11,-28, -8, -4,-25,  4,-13,-27, -2,-28,-18, -4, 16, -5,  5,  4, -5,-23,-28,-23, -7;
/M: SY='W';  M=  1,-21,-26,-27,-17, 11,-16,-17,-14, -7,-10,-10,-16,-22,-15,  2,-13,-11,-11, 23,  5,-15;
/M: SY='W';  M=  0,-25,-31,-24,-14, -8,-18,-22, -8,-17, -4, -8,-25, 11,-15,-20,-18,-13,-14, 18, -6,-15;
/M: SY='W';  M=  6,-16,-28,-19,-14,-16,  8,-17,-24, -5,-19,-15,-11,-19,-10,  2, -8,-14,-18, 15,-10,-12;
/M: SY='R';  M=-11, -7,-24, -7,  0,-20,-14, -3,-27, 18,-23,-13,  3,-17,  7, 46,  5, -1,-17,-26,-13,  0;
/M: SY='V';  M= -5,-21,-20,-23,-18, -9,-29,-24, 16, -1,  0,  6,-19,-22,-16, -7,-12, -5, 25,-25, -8,-18;
/M: SY='A';  M= 14,-15,-18,-19, -9,-13,-13,-14, -9, -3,  2, -3,-12,-18, -6,  7, -6, -5, -4,-20,-12, -9;
/M: SY='R';  M=-17,-13,-33,-10,  0,-23,-20, -6,-27, 18,-23,-13, -6, 13,  4, 43,-10,-10,-23,-23,-16, -3;
/M: SY='A';  M= 20,-14,-13,-21,-13, -8,-14,-20, -1,-16,  8, -1,-14,-16,-13,-18,  0,  9,  3,-22,-12,-13;
/M: SY='A';  M= 25, -4,-10,-12, -8,-17, -6,-18,-12,-10,-15,-12, -2,-10, -8,-14, 20, 20, -2,-28,-17, -8;
/M: SY='L';  M= -8,-30,-18,-30,-22,  8,-30,-22, 22,-28, 42, 18,-30,-30,-22,-20,-26, -8, 18,-22, -2,-22;
/M: SY='P';  M=-13,-23,-34,-19, -9,  3,-23,-20,-14,-16,-18,-14,-20, 54,-19,-20,-13,-10,-21,-18,-12,-16;
/M: SY='F';  M=-13,-28,-22,-36,-26, 27,-30,-18, 21,-26, 24, 22,-22,-25,-22,-20,-22,-10, 12,-11,  9,-23;
/M: SY='Q';  M=-10, -9,-27, -9,  8,-25,-23,  1, -8, -2,  1,  6, -9,-16, 36,  1, -9,-10,-18,-20, -7, 22;
/M: SY='A';  M= 21,-20,-13,-25,-17, -7,-15,-22,  7,-18, 12,  3,-20,-20,-17,-20, -6, -3, 13,-22,-12,-17;
/M: SY='L';  M=  2,-23,-18,-28,-18,  1,-21,-15, 14,-21, 30, 23,-23,-23,-13,-18,-19, -8,  8,-20, -4,-16;
/M: SY='L';  M=-13,-28,-20,-33,-23, 29,-28,-15, 14,-25, 30, 24,-24,-28,-21,-18,-24,-10,  7,-11,  9,-21;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-18,-32,-24, 22,-30,-22, 18,-28, 32, 13,-28,-30,-27,-20,-23, -8, 18,-16,  4,-24;
/M: SY='L';  M= -8,-24,-18,-26,-18,  6,-28,-20, 14,-26, 38, 14,-24,-26,-18,-18,-20,  2,  8,-22, -2,-18;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-22,-32,-22,  8,-32,-22, 26,-30, 44, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 14,-20,  0,-22;
/M: SY='L';  M= -9,-30,-17,-32,-25, 21,-30,-23, 19,-27, 30, 13,-28,-30,-27,-20,-22, -7, 20,-17,  3,-25;
/M: SY='G';  M= -2,-12,  1,-14,-22,-28, 49,-22,-38,-22,-28,-20, -4,-24,-22,-22, -2,-18,-26,-26,-30,-22;
/M: SY='A';  M= 38,-15,-10,-22,-15,-15, -7,-22,  0,-12, -5, -5,-15,-15,-15,-20,  5,  0, 12,-22,-18,-15;
/M: SY='A';  M= 35, -7,-10,-17,-10,-17, -6,-20,-10,-10,-10,-10, -7,-10,-10,-17, 13, 15,  0,-23,-17,-10;
/M: SY='C';  M= -8,-18, 45,-25,-22, -8,-28,-24,-10,-25,  4, -5,-18,-30,-22,-22, -9,  5, -1,-36,-16,-22;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='V';  M= -5,-28,-15,-30,-25,  3,-28,-21, 25,-21, 24, 23,-28,-28,-21,-18,-18, -5, 30,-25, -5,-23;
/M: SY='P';  M=-10,-16,-38, -8,  4,-32,-20,-14,-20, -6,-28,-16,-16, 69,  5,-14, -8,-10,-30,-28,-26,  0;
/M: SY='H';  M=-15,-13,-29,-11, -6,-13,-23, 39,-13,-16, -1,  2, -8,  0, -3,-10,-16,-15,-18,-27,  4, -8;
/M: SY='C';  M= -1,  1, 14, -6,-12,-22, 10,-13,-27,-15,-28,-20, 11,-22,-12,-15, 12, -1,-19,-37,-25,-12;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='D';  M= -7, 12,-24, 19, 13,-26, 14, -6,-29, -4,-21,-18,  5, -9, -1, -9,  0,-11,-24,-23,-19,  6; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='Y';  M=-10,-19,-18,-19,-19, 15,-24,  1,  9,-11,  3,  3,-19,-24,-14,-11,-13, -5, 10,  6, 36,-19; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='C';  M= -1, -9, 48,-16,-16,-18,-18,-21,-22,-19,-21,-18, -6,-23,-16,-19, 13, 14, -8,-42,-22,-16;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='C';  M=-12, -1, 18, -2, -5,-24,-21, -7,-17, -9,-12,  3, -7,-22,  5,-11, -8,-10,-14,-33,-16,  0;
/M: SY='F';  M= -6, -6,-17,-13,-12, 12,-15,-11, -5,-18, -1, -5,  3,-22,-15,-13,  2,  1, -7,-23, -3,-12;
/M: SY='H';  M= -8,-13,-21,-13, -9, -7,-20, 19, -5,-19,  9,  4, -8,-22, -6,-11, -7, -6, -7,-28,  1, -9;
/M: SY='N';  M=  8, 25,-17,  8, -3,-20,  0,  1,-17, -3,-24,-17, 39,-17, -3, -6, 10,  0,-21,-34,-20, -3;
/M: SY='N';  M=-11, 15,-21,  3, -2,-18,-11,  0,-21,  7,-22,-14, 27,-18,  1, 19,  6,  9,-20,-31,-14, -2;
/M: SY='F';  M=-15,-30,-20,-35,-25, 44,-30,-20, 10,-30, 30, 10,-25,-30,-30,-20,-25,-10,  5, -5, 15,-25;
/M: SY='A';  M= 42, -8,-10,-16, -8,-20,  0,-18,-12,-10,-14,-12, -6,-10, -8,-18, 16,  4, -2,-24,-20, -8;
/M: SY='R';  M=-18,-12,-28,-14, -4,-16,-20,  0,-20, 22,-12,  5, -4,-20,  8, 53,-12,-10,-14,-20, -8, -2;
/M: SY='S';  M=  7,  0,-10, -3, -3,-17, -6,-13,-17,-10,-24,-17,  7,-10, -3,-10, 34, 29, -7,-37,-17, -3;
/M: SY='F';  M=-14,-27,-26,-28,-18, 29,-27,-20, -1,-24,  8, -1,-22,  6,-26,-20,-19,-10, -7,-10,  4,-21;
/M: SY='D';  M=-13,  9,-26, 14, 12,-10,-21,  2,-19, -3,-14,-14, -1,-14,  0, -8, -2,  2,-18,-14, 12,  4;
/M: SY='P';  M=-10,-23,-34,-16, -6,-18,-23,-20, -8,-16, -6, -8,-23, 54,-13,-20,-16,-10,-18,-27,-21,-13;
/M: SY='M';  M= -2,-14,-17,-17,-10,-13,-18, -9,  5, -9, -3, 13,-12,-19,  3, -9,  2,  0,  9,-28,-10, -3;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-22,-32,-22,  8,-32,-22, 27,-30, 43, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 15,-20,  0,-22;
/M: SY='S';  M= -1, -2,-19, -2,  5,-25, -9, -3,-22,  3,-26,-13,  6,-12, 17, 11, 20,  7,-17,-31,-16, 10;
/M: SY='Y';  M=-20,-22,-28,-25,-22, 42,-30, 10,  0,-15,  2,  0,-20,-30,-17,-12,-20,-10, -8, 25, 68,-22;
/M: SY='V';  M= -5,-28,-22,-27,-23, -7,-30,-28, 22,-20,  2,  5,-25,  2,-23,-22,-12, -5, 26,-28,-13,-25;
/M: SY='N';  M=-15, 20,-25,  9,  0,-20, -9, 30,-25,  4,-25,-13, 35,-20,  5, 15,  1, -7,-28,-33, -8,  0;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='P';  M=-10,-23,-34,-16, -6,-18,-23,-20, -8,-16, -6, -8,-23, 54,-13,-20,-16,-10,-18,-27,-21,-13;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='I';  M=-10,-23,-23,-33,-25, 17,-33,-25, 23,-25, 10,  8,-15,-20,-22,-23,-10,  5, 15,-15,  5,-25;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2023_01 which contains 569'213 sequence entries.

Total number of hits

12 in 12 different sequences

Number of true positive hits

12 in 12 different sequences

Number of 'unknown' hits

Number of false positive hits

Number of false negative sequences

Number of 'partial' sequences

Precision (true positives / (true positives + false positives))

100.00 %

Recall (true positives / (true positives + false negatives))

57.14 %

Comments [info]

Matrix type [info]

protein_domain

Scaling database [info]

reversed

Author [info]

CJA_Sigrist

Taxonomic range [info]

Eukaryotes

Maximum number of repetitions [info]

Feature key [info]

DOMAIN

Feature description [info]

KASH

Version [info]

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

12 sequences

ANC1_CAEEL  (Q9N4M4    ), KLAR_DROME  (Q9Y0E4    ), MS300_DROME (M9MRD1    ),

SYNE1_HUMAN (Q8NF91    ), SYNE1_MOUSE (Q6ZWR6    ), SYNE2_HUMAN (Q8WXH0    ), 
SYNE2_MOUSE (Q6ZWQ0    ), SYNE3_HUMAN (Q6ZMZ3    ), SYNE3_MOUSE (Q4FZC9    ), 
SYNE4_HUMAN (Q8N205    ), SYNE4_MOUSE (Q8CII8    ), SYNE4_RAT   (Q5M844    )

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

9 sequences

SINE1_ARATH (Q5XVI1    ), SINE2_ARATH (Q9SQR5    ), SINE3_ARATH (Q9C900    ),

SINE4_ARATH (Q9SW31    ), TIK_ARATH   (Q0WSX8    ), UNC83_CAEEL (Q23064    ), 
WIP1_ARATH  (Q8GXA4    ), WIP2_ARATH  (Q9FH18    ), WIP3_ARATH  (Q94AV5    )

» more

PDB
[Detailed view]

7 PDB

4DXR; 4DXS; 4FI9; 6R15; 6R16; 6WMD; 6WME

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission