PROSITE entry PS51077
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | HTH_ICLR |
| Accession [info] | PS51077 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-FEB-2005 CREATED;
07-APR-2021 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC00807 |
| Associated ProRule [info] | PRU00393 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | IclR-type HTH domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=63; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=58; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0114145; R2=0.0185352; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2753.4482422; R2=2.7931035; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=502; H_SCORE=4156; N_SCORE=11.3; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=243; H_SCORE=3432; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='V'; M= -2,-17,-13,-22,-21, -7,-24,-17, 16,-16, 2, 6,-12,-23,-16,-15, -6, -1, 22,-29, -9,-20; /M: SY='Q'; M= -2, -1,-25, -3, 7,-29,-15, -1,-20, 9,-22, -8, 2, -3, 22, 5, 4, -1,-21,-25,-13, 14; /M: SY='S'; M= 10, -5,-15, -8, -8,-18, 0, -7,-15,-12,-20,-13, 1,-11, -7,-13, 18, 9, -6,-32,-16, -8; /M: SY='L'; M= -2,-24,-18,-28,-21, 0,-27,-22, 20,-23, 23, 13,-22,-22,-20,-20,-16, -5, 19,-24, -6,-21; /M: SY='D'; M= -7, 10,-24, 15, 15,-22,-14, -5,-20, -3,-16,-15, 3,-11, 0, -8, 2, -2,-15,-31,-15, 7; /M: SY='R'; M=-16, -2,-29, -2, 4,-24,-19, -2,-28, 30,-21,-10, 2,-17, 10, 47, -9,-10,-20,-22,-11, 4; /M: SY='A'; M= 27,-12,-15,-18,-14,-18, 8,-20,-10,-14,-11, -8, -9,-14,-13,-19, 7, -1, -1,-23,-19,-14; /M: SY='L'; M=-10,-26,-22,-31,-21, 15,-27,-18, 18,-25, 29, 20,-24,-26,-19,-19,-23,-10, 10,-16, 3,-20; /M: SY='R'; M= 1, -2,-23, -3, 4,-23,-12, -7,-19, 7,-16, -8, -1,-13, 7, 12, 1, -2,-14,-24,-14, 5; /M: SY='I'; M= -4,-28,-16,-33,-26, 0,-32,-26, 30,-26, 21, 15,-24,-25,-22,-24,-18, -7, 26,-24, -5,-26; /M: SY='L'; M=-11,-29,-21,-31,-21, 14,-30,-19, 20,-28, 39, 18,-27,-28,-19,-20,-27,-10, 10,-17, 3,-20; /M: SY='D'; M= -7, 11,-25, 14, 14,-25,-11, -3,-22, 2,-18,-12, 6,-12, 10, -1, 0, -6,-21,-28,-15, 12; /M: SY='L'; M= 4,-18,-20,-21,-14, -1,-19, -6, 2,-16, 8, 4,-15,-21,-10,-14, -8, -4, 0,-12, 5,-13; /M: SY='L'; M=-11,-29,-20,-33,-25, 24,-31,-21, 20,-27, 28, 14,-26,-29,-26,-21,-23, -8, 16,-12, 9,-25; /M: SY='A'; M= 14, -6,-16,-10, -5,-16, -4,-14,-11,-11, -9, -9, -4,-14, -7,-14, 7, 3, -5,-24,-14, -6; /I: I=-4; MD=-21; /M: SY='E'; M= -8, 3,-25, 5, 15,-20,-12, -4,-23, 7,-20,-14, 2,-11, 6, 3, 1, -4,-19,-21,-12, 10; D=-4; /I: I=-4; MD=-21; /M: SY='N'; M= -2, 2,-22, 0, 1,-18, -8, 4,-16, -4,-14, -9, 5,-12, 0, -4, 1, -4,-14,-26,-10, -1; D=-4; /I: I=-4; MD=-21; /M: SY='P'; M= -6, -4,-19, -2, -3,-19, -5, -8,-19, -2,-18,-12, -4, 3, -5, -1, -5, -7,-15,-15,-13, -6; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21; /M: SY='G'; M= -5, 1,-23, 1, 0,-22, 7, -1,-26, -1,-20,-13, 5,-14, -1, 4, 2, -6,-20,-25,-15, -1; D=-4; /I: I=-4; DM=-21; /M: SY='G'; M= -2, -7,-26, -5, -1,-23, 7,-11,-23, -7,-22,-14, -5, 5, -6, -7, 1, -6,-19,-21,-19, -5; D=-4; /I: I=-4; DM=-21; /M: SY='L'; M= 1,-21, -5,-24,-17, -3,-23,-16, 7,-21, 12, 4,-20,-24,-17,-19,-12, -6, 8,-19, -5,-17; D=-4; /I: I=-4; DM=-21; /M: SY='S'; M= 0, -3,-19, -6, -7,-20, 6,-14,-23, -6,-23,-16, 4,-10, -6, -2, 15, 13,-14,-29,-18, -8; /M: SY='L'; M= -3,-23,-17,-26,-20, 2,-27,-22, 14,-23, 15, 6,-21,-14,-19,-22,-15, -7, 10,-21, -4,-21; /M: SY='T'; M= 6, -3,-17, -7, -4,-17, -7,-13,-16, -3,-16,-10, -2,-12, -5, -4, 10, 13, -8,-25,-12, -5; /M: SY='E'; M= -6, 9,-26, 15, 27,-28,-17, -1,-23, 3,-17,-12, 0, -6, 14, -3, 0, -5,-21,-29,-16, 20; /M: SY='L'; M= -7,-29,-22,-33,-24, 4,-32,-23, 30,-27, 32, 20,-25,-25,-19,-23,-23, -9, 20,-21, -2,-24; /M: SY='A'; M= 26, -9, -9,-15, -9,-18, -4,-13,-10,-12,-13, -8, -5,-13, -6,-16, 13, 3, -3,-27,-17, -8; /M: SY='E'; M= -3, 4,-26, 7, 23,-27,-13, -2,-26, 11,-20,-14, 2, -9, 12, 8, 0, -7,-22,-26,-16, 17; /M: SY='R'; M= 1, -7,-21,-10, -1,-16,-17,-11, -9, 1, -5, -4, -4,-16, 0, 3, -3, -1, -7,-24,-12, -1; /M: SY='L'; M= 4,-17,-15,-21,-15, -1,-19,-19, 6,-19, 9, 4,-14,-19,-14,-17, -1, 6, 8,-24, -7,-15; /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='G'; M= -2, 0,-28, 0, -6,-29, 36,-12,-33, -9,-27,-16, 4,-16, -7,-10, 1,-14,-26,-24,-24, -7; /M: SY='L'; M= -7,-27,-18,-32,-23, 4,-30,-19, 25,-25, 28, 23,-25,-25,-17,-21,-22, -9, 17,-20, 0,-22; /M: SY='P'; M= 0, -2,-26, -2, -2,-24, -7, -5,-21, -9,-26,-17, 3, 25, -6,-13, 5, 0,-21,-32,-21, -6; /M: SY='R'; M= -9, -4,-26, -5, 0,-20,-19, -9,-18, 17,-15, -6, -1,-10, 3, 19, -7, -4,-14,-24,-11, 0; /M: SY='S'; M= 12, -3,-14, -4, -1,-21, 1,-12,-19, -9,-25,-17, 4, -6, -2,-11, 27, 15,-11,-34,-20, -2; /M: SY='T'; M= 6, 0,-13, -7, -4,-15,-13,-15,-15, -5,-16,-13, 2,-10, -5, -4, 19, 29, -6,-30,-14, -4; /M: SY='V'; M= 7,-22, -9,-26,-22, -4,-23,-25, 14,-20, 12, 5,-21,-23,-21,-20, -7, 3, 23,-26,-10,-22; /M: SY='H'; M=-16,-10,-26,-11, -9, 2,-23, 32,-12, -8, -7, -1, -4,-23, 0, 0,-10, -9,-15, -9, 27, -8; /I: I=-6; MD=-32; /M: SY='R'; M=-12, -4,-25, -7, -2,-18,-14, -3,-23, 18,-18,-10, 5,-18, 4, 40, -4, -5,-15,-23,-12, -2; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='L'; M=-11,-26,-20,-30,-22, 7,-31,-11, 21,-26, 29, 19,-23,-26,-17,-20,-24,-10, 11,-18, 6,-21; /M: SY='L'; M= -7,-28,-16,-30,-22, 8,-29,-21, 19,-27, 37, 18,-28,-28,-20,-20,-24, -7, 14,-21, -2,-21; /M: SY='Q'; M= -7, 0,-24, -2, 2,-21,-14, 1,-18, 4,-17, -7, 4,-11, 8, 8, 0, 0,-17,-26,-10, 4; /M: SY='T'; M= 1, -2,-14, -7, -9,-11,-12,-16, -9,-11,-10, -8, -1,-14,-11,-12, 11, 22, -1,-29,-12, -9; /M: SY='L'; M=-10,-28,-20,-29,-20, 7,-25,-17, 18,-26, 42, 25,-27,-28,-17,-18,-27,-10, 9,-20, -1,-18; /M: SY='E'; M= -2,-11,-22,-11, 3,-16,-23,-12, -3, -1, -6, -2,-12,-16, 2, -2, -5, -5, 2,-24,-10, 2; /M: SY='E'; M= -6, 3,-24, 4, 16,-21,-16, -1,-20, 4,-17,-10, 2,-11, 12, 5, 4, -1,-18,-25, -9, 13; /M: SY='H'; M= -7, -9,-15,-10, 3,-15,-19, 7,-14, -6, -7, -1, -8,-17, 2, -5, -8,-10,-14,-20, -5, 2; /M: SY='G'; M= -3, 0,-28, 0, -4,-28, 37,-12,-34, -9,-27,-19, 6,-16,-10, -9, 1,-13,-27,-24,-25, -7; /M: SY='Y'; M=-16,-25,-24,-29,-23, 33,-29, -7, 6,-18, 11, 8,-22,-28,-20,-14,-21,-10, 2, 9, 34,-22; /M: SY='V'; M= -2,-28,-16,-30,-26, 4,-30,-26, 26,-23, 20, 12,-26,-27,-25,-21,-15, -3, 31,-24, -5,-26; /M: SY='E'; M= -2, 1,-22, 2, 10,-20,-13, -6,-19, 0,-15,-11, 0,-11, 3, 1, 5, 3,-14,-27,-12, 5; /I: I=-4; MD=-22; /M: SY='R'; M=-10, -6,-24, -7, 4,-15,-18, -3,-18, 7,-15, -7, -2,-10, 13, 17, -1, -4,-16,-20, -8, 8; D=-4; /I: I=-4; MD=-22; /M: SY='D'; M= -8, 16,-22, 19, 4,-23,-13, -4,-16, -4,-16,-13, 10,-14, -1, -8, 1, -2,-12,-32,-14, 1; D=-4; /I: I=-4; MD=-22; /M: SY='P'; M= 2, -4,-18, -3, 1,-24, -2,-10,-21, -5,-22,-15, -4, 10, -4,-11, 1, -5,-18,-27,-20, -3; D=-4; /I: I=-4; MD=-22; /M: SY='E'; M= -4, 8,-15, 11, 16,-17, -9, 3,-15, 1,-11, -9, 4, -5, 8, -2, 1, -4,-15,-19, -9, 12; D=-4; /I: I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22; DM=-22; /M: SY='B'; M= -2, 10,-17, 10, 2,-19, -1, -3,-20, -3,-17,-14, 9,-11, -2, -5, 6, 0,-15,-26,-14, -1; D=-4; /I: I=-4; DM=-22; /M: SY='G'; M= -8, -1,-28, 0, 0,-27, 15, -4,-30, 5,-25,-14, 3,-15, -2, 4, -4,-14,-24,-22,-17, -2; D=-4; /I: I=-4; DM=-22; /M: SY='R'; M= -7, -7,-23,-11, -7,-13,-14, -7,-14, 7,-11, -4, -3,-19, -3, 11, -5, -3,-10,-18, -5, -6; /M: SY='Y'; M=-17,-24,-30,-26,-22, 34,-28, 6, -3,-15, -1, -3,-22,-29,-16,-13,-21,-12,-10, 38, 61,-21; /M: SY='R'; M= -2,-10,-15,-13, -8,-13,-17, -1,-10, -4,-11, -5, -5,-18, -1, 4, 3, 2, -5,-24, -4, -6; /M: SY='L'; M= -7,-27,-18,-29,-21, 4,-30,-21, 19,-26, 31, 13,-26,-20,-19,-21,-22, -7, 12,-21, -1,-21; /M: SY='G'; M= -1,-10,-28,-11,-19,-25, 53,-20,-34,-19,-25,-18, -2,-19,-19,-19, 1,-11,-25,-16,-25,-19; /M: SY='P'; M= -4,-17,-25,-17, -9,-11,-22,-16, -1,-14, -1, -2,-15, 12,-11,-15, -8, -1, -5,-24,-10,-13; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Post-processing [info]
| PROMOTED_BY | PS51078 |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 35 in 35 different sequences |
| Number of true positive hits | 35 in 35 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 14 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 71.43 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria) |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | window20 |
| Author [info] | PS_Langendijk_Genevaux |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | HTH iclR-type |
| Version [info] | 8 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
35 sequences
ALLR_ECO57 (P0ACN6), ALLR_ECOK1 (A1A8H2), ALLR_ECOL5 (Q0TKD5), ALLR_ECOL6 (P0ACN5), ALLR_ECOLI (P0ACN4), ALLR_ECOUT (Q1RF28), ALLR_KLEPN (Q765S0), ALLR_SALCH (Q57S48), ALLR_SALPA (Q5PCF5), ALLR_SALTI (Q8Z8R2), ALLR_SALTY (Q8ZR86), ARCR_HALS3 (B0R9X6), BHCR_PARDP (A1B8Z4), GYLR_STRCO (P15360), GYLR_STRGR (P22866), ICLR_ECOLI (P16528), ICLR_SALTY (P17430), KDGR_DICCH (P37728), KDGR_ECOLI (P76268), KIPR_BACSU (P42968), MHPR_ECOLI (P77569), PCAR_PSEPU (Q52154), PCAU_ACIAD (O83046), POBR_ACIAD (Q43992), RHMR_ECOLI (P77732), SAUR_CUPNH (Q0K846), SRPS_PSEPU (Q9R9U0), TSAQ_COMTE (Q6XL52), TTGV_PSEPT (Q93PU6), XACR_HALVD (D4GP42), XYNR_ECOLI (P77300), Y1032_HAEIN (P44996), Y1719_MYCTU (P71977), YIAJ_ECOLI (P37671), YJHI_ECOLI (P39360)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
14 sequences
AACUS_ASPA1 (A0A1L9WLK0), AFLJ_DOTSN (M2YJ20), AFLS_ASPPU (O42716), AGN9_PAEDI (A0A411PQN9), CLAA_PASFU (P0CU73), EFL2_CAEEL (A5HWA8), GEDD_ASPTN (Q0CCY2), GME69_PESMI (A0A5B8YU39), MDPA_EMENI (C8VQ72), NOTR_ASPSM (E1ACR3), NSRH_ASPN1 (A0A2I1C3U1), PIG10_CLAP2 (M1WG94), PK81J_PSEFD (M2YMT1), TPCD_ASPFU (Q4WQZ4)» more |
| PDB [Detailed view] |
2 PDB
2XRN; 2XRO |