PROSITE entry PS51253

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	HTH_CENPB
Accession [info]	PS51253
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-SEP-2006 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51253
Associated ProRule [info]	PRU00583

Name and characterization of the entry

Description [info]

CENPB-type HTH domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=71;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=66;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.8599651; R2=0.0159268; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3748.7595215; R2=2.4916286; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=355; H_SCORE=4633; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=229; H_SCORE=4319; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='E';  M= -4, -2,-22, -2,  5,-21,-16, -8,-13,  1,-14, -7, -1,-10,  4,  0,  0, -3,-11,-27,-13,  4;
/M: SY='R';  M=  0,-12,-16,-15, -5,-15,-16,-12, -8, -4, -8, -4, -9,-15, -4,  2, -3, -4, -3,-25,-13, -6;
/M: SY='R';  M= -8, -6,-26, -9, -3,-15,-16, -3,-15, 10,-16, -6, -1,-15,  0, 12, -5, -5,-12,-20, -5, -3;
/M: SY='R';  M= -8, -3,-26, -5,  2,-23,-11, -6,-22, 11,-19,-10,  2, -9,  5, 19, -2, -4,-18,-24,-14,  1;
/M: SY='R';  M= -8, -4,-25, -7, -2,-17,-14, -2,-15,  4,-15, -5,  1, -9,  0,  5, -3, -3,-14,-25, -9, -2;
/M: SY='R';  M=-10, -5,-25, -8, -2,-19,-11, -4,-23, 12,-18,-10,  1,-18,  3, 25, -5, -5,-18,-18,-10, -1;
/M: SY='K';  M= -6, -4,-26, -5,  3,-23,-15, -1,-19, 10,-18, -7, -1, -7,  9,  8, -2, -5,-17,-24,-10,  5;
/M: SY='R';  M= -1,-11,-21,-13, -6,-15, -9,-11,-15,  0,-13, -8, -7,-11, -5,  2, -3, -5,-10,-22,-11, -7;
/M: SY='L';  M=-10,-12,-24,-14, -5, -6,-22,-11, -6,  1,  3,  0, -9,-17, -5,  3,-13, -7, -7,-21, -5, -5;
/M: SY='Y';  M= -8, -9,-20,-13,-13,  2,-16, -4, -7,-13, -9, -6, -5,-20,-10,-11, -1,  2, -8, -6, 12,-12;
/M: SY='P';  M= -3, -5,-27, -2,  5,-21,-15,-12,-16, -5,-18,-13, -6, 16, -2, -9, -1, -4,-16,-28,-18,  0;
/M: SY='D';  M= -8,  5,-24,  7,  5,-18,-16, -4,-14, -4,-10, -8,  0,-15,  1, -6, -3, -4,-13,-24, -9,  2;
/M: SY='M';  M= -7,-17,-22,-18, -7,-10,-26,-12,  9,-12, 11, 12,-17,-20,  3,-11,-13, -8,  6,-23, -6, -2;
/M: SY='E';  M=-12, 18,-29, 27, 43,-30,-15,  0,-31,  7,-22,-21,  7, -5, 13, -1,  1, -8,-29,-31,-18, 28;
/M: SY='E';  M= -8,  7,-25,  9, 18,-26,-16, -4,-27, 15,-21,-14,  4,-11,  8, 12, -3, -7,-21,-27,-14, 12;
/M: SY='A';  M=  9,-13,-15,-16, -7,-12,-17,-15, -3, -8, -1, -1,-12,-17, -8, -8, -4, -3,  2,-23,-11, -8;
/M: SY='L';  M= -7,-29,-16,-31,-23,  6,-30,-23, 24,-26, 35, 19,-29,-29,-22,-20,-23, -7, 22,-23, -3,-23;
/M: SY='Y';  M= -2,-17,-20,-19,-14,  1,-23,-10,  5,-14,  4,  2,-15,-21,-13,-15, -9, -4,  5,-13,  8,-14;
/M: SY='E';  M= -8,  7,-24,  9, 20,-24,-17, -3,-20,  5,-16,-11,  3,-10,  9,  1, -1, -6,-19,-28,-14, 14;
/M: SY='W';  M=-19,-33,-44,-33,-24, 13,-22,-18,-16,-16,-15,-15,-33,-29,-17,-16,-34,-25,-25,112, 35,-18;
/M: SY='I';  M=-10,-27,-20,-34,-26, 12,-33,-22, 27,-26, 17, 13,-21,-24,-21,-23,-18, -8, 19,-16,  5,-25;
/M: SY='L';  M= -9, -9,-22,-10, -1,-13,-23, -6, -4, -6,  2,  0, -7,-18,  1, -1, -9, -6, -6,-25, -7, -2;
/M: SY='Q';  M= -9,  2,-26,  4,  8,-23,-16, -3,-19,  5,-15, -9,  1,-14, 12,  9, -2, -5,-17,-24,-10,  9;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='Q';  M= -5,-12,-19,-14, -3,-15,-21, -6, -5, -3,  0,  4,-11,-18,  9, -1, -8, -7, -7,-21, -5,  2; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='R';  M=-11,  2,-26,  3,  9,-22,-17, -2,-19,  7,-16, -9,  1,-14, 12, 13, -2, -5,-17,-25,-11,  9; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='E';  M=  2,  0,-19, -1,  5,-21,-12, -9,-18,  2,-17,-12, -1,-13,  2, -1,  2, -3,-13,-21,-13,  3; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='R';  M= -8, -4,-26, -4,  8,-21,-18, -1,-18, 10,-11, -4, -2,-13, 10, 14, -7, -8,-16,-24,-10,  8; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='G';  M= -5,  1,-27,  0, -8,-26, 34, -7,-32, -8,-27,-17,  9,-18, -7, -7,  0,-14,-27,-23,-21, -8; D=-11;
/I:         I=-11; MI=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='I';  M= -4,-16,-23,-19,-13, -2,-16,-15,  5,-16,  4,  4,-13,-20,-12,-15,-10, -6,  3,-18, -4,-13;
/M: SY='P';  M= -1,-12,-26, -9, -1,-23,-15,-14,-17, -7,-22,-13,-11, 35, -5,-11, -1, -4,-18,-27,-20, -6;
/M: SY='I';  M= -6,-27,-24,-28,-20, -6,-29,-25, 20,-21, 11,  8,-24, -1,-19,-20,-16, -7, 16,-25,-10,-22;
/M: SY='T';  M=  1,  3,-12, -2, -3,-17,-11,-10,-18, -5,-21,-15,  8,-12, -3, -2, 23, 25,-10,-34,-15, -3;
/M: SY='G';  M= -6, -3,-25, -2, -2,-23,  4, -1,-24, -4,-18,-12,  0,-10, -3, -2, -4,-11,-21,-26,-16, -4;
/M: SY='E';  M= -3,  1,-26,  2, 11,-26,-10, -6,-20,  2,-20,-13,  1,  2,  6, -3,  1, -6,-20,-28,-18,  8;
/M: SY='M';  M= -6, -8,-23,-10, -4,-13,-22,-10,  2, -8,  1,  8, -9,-16,  1,-10, -8, -3, -2,-21, -6, -2;
/M: SY='I';  M= -9,-30,-21,-35,-27,  3,-35,-26, 36,-28, 27, 18,-25,-25,-21,-25,-21, -9, 26,-22, -2,-27;
/M: SY='R';  M=-11, -9,-26,-11,  1,-20,-21, -6,-15, 15,-12, -2, -6,-17, 12, 24, -9, -9,-12,-21, -9,  5;
/M: SY='E';  M= -7,  8,-27, 13, 24,-27,-14,  0,-25,  7,-19,-14,  3, -9, 14,  2, -1, -7,-24,-27,-14, 18;
/M: SY='K';  M= -7,-11,-20,-15, -6, -5,-21, -7,-10,  7, -9,  2, -9,-17,  0,  3, -8, -4, -8,-16,  1, -3;
/M: SY='A';  M= 45,-11,-11,-20,-11,-19, -1,-20, -9,-11,-10,-10,-11,-11,-11,-20,  8, -1,  1,-16,-18,-11;
/M: SY='K';  M= -9,  1,-24, -1,  6,-21,-18, -5,-16,  8,-12, -6,  2,-15,  7,  7, -5, -6,-15,-26,-12,  6;
/M: SY='E';  M= -6, -3,-23, -4,  4,-14,-17, -8,-13, -1,-10, -8, -1,-15,  2,  4, -1, -2,-12,-25,-11,  2;
/M: SY='L';  M=-10,-26,-23,-32,-24, 18,-31,-20, 22,-26, 23, 13,-22,-25,-22,-22,-20, -7, 13,-13,  8,-24;
/M: SY='A';  M=  5,-17,-19,-21,-15, -2,-16,-12, -4,-15,  3, -1,-15,-21,-13,-13, -9, -6, -4, -4,  0,-14;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='R';  M= -4,  4,-22,  2,  4,-21,-12,  3,-19,  5,-19,-10,  7,-14,  7,  8,  2, -4,-17,-25,-10,  4; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='E';  M= -4, -3,-19, -2,  8,-21,-17, -6,-15,  4,-12, -7, -4,-11,  7,  3, -2, -5,-12,-25,-13,  7; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='L';  M= -7,-16,-19,-20,-12, -2,-19,-10,  5,-13, 11, 10,-12,-18, -7, -8,-13, -7,  0,-19, -4,-11; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='G';  M= -5, -4,-23, -4, -7,-19, 19, -5,-23, -7,-20,-12,  2, -6, -8, -9, -2,-10,-20,-18,-14, -9; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M:         M= -5, -3,-18, -3, -1,-12,-11, -5, -7, -4, -6, -3, -2,-10, -1, -3, -2, -4, -7,-19, -7, -2; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='D';  M= -6,  3,-21,  4,  0,-16,-10, -6,-14, -5,-12, -9,  1, -7, -3, -6,  0, -2,-12,-23,-11, -2; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='F';  M=-11,-18,-21,-21,-12, 19,-19,-16,-11,-11, -6, -6,-13, -6,-17, -9,-12, -9,-10,-11,  1,-13; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='K';  M= -7, -3,-20, -5,  2,-15,-17, -7,-17,  5,-18,-10, -1, -7, -1,  0, -1, -1,-13,-25,-10,  0;
/M: SY='A';  M=  7,-20,-17,-24,-19,  6,-16,-21,  2,-19,  2, -2,-18,-12,-21,-20, -8, -4,  6,-17, -5,-20;
/M: SY='S';  M=  3,  3,-18,  3, -4,-24, 17, -9,-27,-10,-29,-20, 10,-14, -5,-10, 23,  5,-18,-34,-22, -5;
/M: SY='N';  M= -4,  2,-23, -3, -1,-18,-12, -2,-16,  4,-17, -9,  7,-14,  3,  2,  1, -1,-15,-24, -8,  0;
/M: SY='G';  M= -3,  1,-25, -3, -8,-25, 29,-10,-30, -6,-26,-16, 10,-18, -9, -5,  3, -9,-24,-26,-22, -9;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='L';  M= -8,-28,-14,-31,-23, 12,-30,-23, 17,-27, 27, 11,-26,-27,-23,-21,-21, -8, 15,-17,  0,-23;
/M: SY='D';  M=-10,  5,-24,  7,  7,-17,-15,  6,-19, -3,-17,-11,  3,-14,  4, -3,  1, -3,-17,-22, -3,  4;
/M: SY='R';  M=-14,  0,-28, -2,  3,-23,-13,  1,-28, 23,-23,-12,  7,-17,  9, 40, -5, -8,-21,-24,-12,  3;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-21,-40,-30, 73,-30,-20,  1,-29,  9,  1,-21,-30,-38,-20,-21,-11, -1, 14, 29,-29;
/M: SY='K';  M=-11,-11,-26,-14, -4,-14,-24,-11, -9, 17, -8,  3, -9,-17,  1, 17,-13, -8, -6,-20, -6, -2;
/M: SY='K';  M= -7,  2,-25,  1, 10,-24,-17, -5,-22, 18,-19,-10,  3,-12,  9, 16, -2, -4,-18,-25,-12,  8;
/M: SY='R';  M=-18, -9,-27, -9,  0,-20,-20, -1,-29, 28,-20, -9,  0,-19,  9, 59, -9, -8,-19,-21,-10,  0;
/M: SY='H';  M=-17, -3,-26, -5, -5,-11,-21, 55,-20, -7,-14, -2,  4,-21,  5,  1, -9,-12,-22,-18, 20, -3;
/M: SY='N';  M= -7,  1,-26,  0, -2,-24,  4, -5,-24, -5,-25,-16,  6,  6, -5, -8, -1, -9,-25,-28,-18, -5;
/M: SY='I';  M= -8,-17,-22,-19, -8, -3,-28,-15, 12,-17, 11,  6,-16,-20,-11,-16,-14, -8,  7,-22, -4,-11;
/M:         M= -7, -7,-23, -8, -5,-15,-11, -5,-10, -4, -8, -4, -3,-16, -4, -3, -4, -5, -8,-26, -9, -6;
/M:         M= -9,-12,-20,-16, -8, -2,-19, -7, -9, -4, -6, -3, -7,-17, -6, -3, -9, -7, -9,-15, -2, -7;
/M: SY='T';  M= -5, -6,-19,-10, -8,-11,-17,-12,-10, -1,-10, -4, -3,-13, -6,  0,  0,  6, -5,-25, -9, -8;
/M: SY='R';  M= -6, -5,-19, -6, -1,-19,-16, -8,-18, 10,-16, -9, -2,-15,  2, 12, -4, -6,-12,-24,-12, -1;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_04 which contains 571'864 sequence entries.

Total number of hits	31 in 31 different sequences
Number of true positive hits	31 in 31 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20
Author [info]	PS_Langendijk_Genevaux
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	HTH CENPB-type
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

31 sequences

ABP1_SCHPO  (P49777), CBH1_SCHPO  (O14423), CBH2_SCHPO  (O60108),

CENP1_HUMAN (B2RD01), CENPB_CRIGR (P48988), CENPB_HUMAN (P07199), 
CENPB_MOUSE (P27790), CHEC_CHAGB  (Q2HEW6), JERKL_HUMAN (Q9Y4A0), 
JERKL_MOUSE (B2RRL2), JERKY_HUMAN (O75564), JERKY_MOUSE (Q60976), 
PDC2_CANAX  (O60035), PDC2_YEAST  (P32896), POGK_HUMAN  (Q9P215), 
POGK_MOUSE  (Q80TC5), POGZ_HUMAN  (Q7Z3K3), POGZ_MOUSE  (Q8BZH4), 
TIGD1_HUMAN (Q96MW7), TIGD2_HUMAN (Q4W5G0), TIGD2_MOUSE (Q0VBL1), 
TIGD3_HUMAN (Q6B0B8), TIGD3_MOUSE (Q7TM95), TIGD4_HUMAN (Q8IY51), 
TIGD4_MOUSE (Q8BUZ3), TIGD5_BOVIN (G3MY25), TIGD5_HUMAN (Q53EQ6), 
TIGD5_MOUSE (Q499M4), TIGD5_RAT   (B1WC39), TIGD6_HUMAN (Q17RP2), 
TIGD7_HUMAN (Q6NT04)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

2 PDB

1HLV; 1IUF