PROSITE entry PS51327

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	DICER_DSRBF
Accession [info]	PS51327
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-AUG-2007 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 08-NOV-2023 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51327
Associated ProRule [info]	PRU00657

Name and characterization of the entry

Description [info]

Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=94;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=89;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.0935960; R2=0.0289039; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=188; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=118; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-10; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='A';  M= 27,-13, -5,-13, -6,-20, -2,-17,-12, -7,-22,-13,-10,-10, -6,-10, 18,  3, -6,-30,-20, -6;
/M: SY='V';  M= -7,-23, -9,-24,-18,-12,-27,-23,  9,-13,  5,  2,-23,-22,-14,-16,-14, -6, 10,-25,-14,-16;
/M: SY='S';  M= -1, -3,-21, -5,  2,-24, -8, -7,-20, -1,-23,-13,  2,-11,  7, -4, 10, -3,-17,-29,-20,  3;
/M: SY='L';  M=-15,-23,-13,-25,-20, -5,-31, -3,  6,-22, 11,  4,-21,-26,-13,-17,-17, -8,  1,-21, -4,-20;
/M: SY='L';  M=-15,-35,-11,-35,-29,  0,-34,-28, 20,-28, 27, 13,-34,-28,-22,-23,-24, -8, 14,-20, -9,-28;
/M: SY='H';  M= -8,  1,-23, -4,  2,-15,-14, 17,-24, -4,-27,-15, 12,-17,  7, -4,  5, -7,-21,-22,  0,  3;
/M: SY='H';  M= -8, -4,-22,-11, -2,-17,-18, 15,-22,  2,-23,-14,  5,-18,  6,  5, -2, -7,-19,-24, -5, -1;
/M: SY='Y';  M=-17,-29,-18,-33,-23, 35,-28,  3, -6,-23, -6, -6,-24,-32,-23,-23,-17,-18,-10, 14, 43,-23;
/M: SY='C';  M=  2,-27, 56,-34,-33,-18,-23,-27, -6,-25, -8,-14,-25,-26,-25,-32, -9, -8, -5,-23,-19,-32;
/M: SY='S';  M=  7, -3,-17, -5,  0,-23, -5, -8,-20, -4,-23,-10,  3,-14,  7, -6, 11, -2,-15,-29,-20,  1;
/M: SY='K';  M= -5, -6,-22,-10, -2,-24,-16, -8,-19,  8,-20,-14, -1, -9,  4,  3,  5,  7,-13,-29,-18,  0;
/M: SY='L';  M=-18,-37,-12,-38,-29,  7,-38,-26, 18,-29, 31, 19,-36,-31,-20,-22,-27,-11, 10,-16, -4,-29;
/M: SY='P';  M= -6,-11,-22,-13, -6,-31,-12,-14,-26, -6,-27,-23, -8, 29, -5,-12,  0, -7,-20,-34,-25, -6;
/M: SY='S';  M= -4, -6,-21,-11, -5,-16,-12,  3,-21, -3,-23,-16,  4,-14, -1,  1,  7, -1,-19,-24, -6, -5;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='D';  M=-14, 14,-32, 22, 10,-25,-13, -3,-26, -5,-30,-22,  2,-15,  2,-10, -1, -8,-24,-33,-14,  5; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='E';  M= -7, -4,-25, -4,  2,-25,-19,-11,-16,  1,-18,-12, -6, -6,  1, -5, -3, -3,-12,-32,-19,  1;
/M: SY='Y';  M=-13,-23,-20,-27,-16, 25,-25, -1, -7,-17, -8, -4,-19,-29,-17,-19,-13,-15,-10,  1, 28,-17;
/M: SY='T';  M= -3,-13,-14,-14,-14, -8,-15,-17, -6,-15,-11, -9,-11,-20,-14,-16, -4,  5, -3,-25,-12,-13;
/M: SY='N';  M= -9,  3,-27, -1,  2,-23,-12, -6,-21,  4,-25,-15,  5,-17,  3, -1,  2, -4,-18,-30,-18,  1;
/M:         M= -8,-18,-19,-22,-13,-15,-21,-14,-10, -7, -8, -7,-14, -8, -9, -9, -9, -3, -7,-23,-12,-13;
/M: SY='Q';  M= -6,-10,-21,-11, -5,-17,-17,-12,-12, -2,-12, -6, -7,-18,  1, -4, -3,  0, -8,-26,-14, -4;
/M: SY='P';  M= -7,-17,-28,-16, -8,-36,-19,-19,-25,-10,-28,-26,-18, 61, -9,-19, -7, -8,-16,-39,-28, -8;
/M:         M= -9,-11,-22,-13, -5,-13,-21,-10, -8, -5,-10, -8, -9,-20, -5, -6, -7, -2, -7,-24,-11, -6;
/M: SY='Y';  M=-18,-28,-17,-34,-26, 30,-26, -3, -6,-25, -8, -7,-24,-33,-23,-26,-19,-19,-10, 17, 34,-25;
/M:         M= -4,-12,-21,-12, -5,-12,-20,-10, -8, -7,-12, -8,-10,-19, -4, -4, -6, -4, -6,-24, -8, -5;
/M: SY='I';  M= -8,-20,-12,-21,-20,  0,-25,-16,  5,-19, -2, -3,-20,-26,-18,-20,-12, -8,  4,-17,  0,-19;
/M:         M= -9,-12,-19,-12, -4,-14,-21, -5,-10,-10,-11,-10,-10,-17, -5,-10, -9, -9,-10,-22, -6, -6;
/M: SY='Q';  M= -9, -3,-28, -2,  6,-30,-17,-10,-24,  5,-23,-17, -5,  5,  7, -2, -1, -4,-19,-32,-23,  5;
/M: SY='I';  M= -8,-18,-13,-19,-17,-11,-25,-19,  6,-18,  1,  0,-17,-19,-15,-19,-11, -3,  4,-26,-13,-17;
/M: SY='E';  M=-11, -1,-25, -1,  2,-21,-20, -7,-14, -4,-17,-12, -1,-13, -1, -8, -3, -3,-12,-30,-15,  0;
/M: SY='N';  M= -5,  2,-28,  2,  4,-28,  2, -6,-29, -2,-31,-21,  5,-11,  3, -3,  5, -7,-25,-31,-21,  3;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-9; IM=0; DM=-9;
/M: SY='R';  M= -5, -4,-17, -7, -1,-14, -8, -1,-15,  3,-14, -9,  0, -4,  5,  8, -1, -5,-12,-16,-10,  0; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='G';  M= -4, -5,-21, -5, -7,-23, 10,-13,-21, -7,-23,-17, -3, -8, -6,-11,  2, -3,-16,-27,-20, -7; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M:         M= -5,-16,-21,-18,-12,-17, -1,-13,-14,-10,-10, -7,-15,-19, -6, -8, -8,-10,-11,-20,-16,-11; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='Y';  M=-16,-24,-19,-28,-18, 21,-28, -2, -3,-19, -2, -4,-20,-28,-18,-16,-16,-12, -7,  3, 24,-19; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='V';  M= -6,-19,-10,-21,-14,-14,-25,-18,  3, -9, -2, -2,-17,-20, -6,-13, -8, -4,  5,-24,-13,-12;
/M: SY='C';  M=  9,-25, 42,-30,-27,-15,-18,-23, -9,-22,-13,-15,-24,-23,-22,-28, -3, -7, -5,-21,-13,-27;
/M: SY='T';  M= -6, -8,-22, -8,  3,-17,-21,-12,-14, -1,-14,-11, -5,-15,  1, -1,  0, 14,-10,-26,-15,  2;
/M: SY='I';  M= -9,-33,-10,-33,-30, -4,-36,-30, 29,-26, 22, 13,-33,-26,-22,-27,-23, -6, 28,-24,-10,-26;
/M: SY='I';  M=-13,-18,-19,-21,-14, -8,-30, -4,  3,-14,  2,  1,-14,-24, -8, -9,-14, -6,  0,-21, -5,-13;
/M: SY='L';  M=-18,-39,-11,-39,-29,  0,-39,-29, 20,-29, 37, 22,-38,-30,-19,-20,-29,-10, 11,-20,-10,-29;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-30,-20,-10,-40,-20,-20,-30,-10,-30,-30,-20, 80,-10,-20,-10,-10,-20,-40,-30,-10;
/M:         M= -6,-15,-16,-18,-10,-12,-21,-18, -3, -8, -9, -8,-14,-12,-11,-14, -5, -7, -4,-25,-14,-11;
/M: SY='N';  M= -9,  4,-19, -4, -2,-20,-14,  1,-21, -2,-24,-13, 18,-17,  6, -4,  9, -1,-20,-28,-14,  0;
/M: SY='S';  M=  5,-17, -2,-18,-15,-14, -9,-19, -6,-13,-11, -7,-13,-18,-11,-18,  8, -1, -5,-26,-16,-14;
/M: SY='P';  M= -5,-10,-27,-10, -3,-33,-13,-12,-27, -2,-28,-23,-11, 32, -1, -9, -3, -7,-19,-35,-25, -3;
/M: SY='I';  M= -9,-24,-16,-25,-21, -8,-28,-22,  8,-20,  1, -1,-23,-10,-16,-23,-15, -8,  8,-19,-10,-19;
/M: SY='K';  M= -8, -3,-28, -8,  5,-25,-19, -7,-24, 16,-23,-16,  0,-12,  9, 14,  0, -2,-19,-29,-19,  5;
/M:         M= -4,-11,-18, -9, -2,-16,-19,-12, -6,-10, -9, -7,-10,-17, -3,-13,  0,  0, -5,-26,-13, -3;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='R';  M=  1, -4,-13, -5, -2, -9, -8, -6,-11,  0,-12, -8, -4,-10, -1,  4,  0, -2, -9,-16, -9, -2; D=-11;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='F';  M=-11,-19,-10,-23,-19,  9,-24,-14,  8,-17,  7,  4,-17,-22,-16,-14,-13, -7,  3,-10,  0,-18; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='V';  M= -4,-14,-10,-14, -9, -9,-21, -9,  0,-11, -5, -4,-13,-17, -7,-13, -6, -2,  1,-18, -4, -8; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='G';  M=  1,-10,-22, -9,-12,-23, 20,-16,-23,-14,-26,-19, -9,-18,-11,-16,  4, -8,-17,-28,-21,-12;
/M: SY='N';  M= -9,  3,-26,  0,  2,-28,-14, -9,-24,  6,-27,-19,  7, -1,  2, -3,  6, -4,-20,-34,-22,  1;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='P';  M= -4,-21,-15,-22,-16,-18,-21,-21, -3,-12, -5, -7,-20, 10,-12,-17, -9, -1,  2,-25,-16,-13; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='W';  M= -8,-24, -9,-27,-15, -2,-21,-13,-11,-16, -9,  0,-22,-26, -8,-18,-13,-14,-11,  8,  2,-15; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='S';  M=  3, -9,-20,-12, -5,-22,-10,-13,-19,  0,-22,-14, -6, -4, -2, -3,  4, -2,-14,-30,-19, -5;
/M: SY='S';  M= -2,  3,-19,  0,  3,-25, -9, -7,-23,  2,-27,-18, 11,-13,  2, -2, 14,  8,-19,-32,-21,  2;
/M: SY='K';  M= -6, -7,-19,-10,  4,-23,-18,-13,-16, 14,-19,-12, -7,-15,  0, -1, -2, -7,-11,-29,-18,  3;
/M: SY='K';  M= -2, -2,-27, -5, 10,-27,-16, -8,-24, 19,-25,-17, -2,-13,  8, 14,  2, -6,-19,-30,-20,  8;
/M:         M= -9, -9,-22, -6, -7,-18,-23,-16, -4,-12, -6, -4,-12,-16, -7,-13,-10, -6, -3,-30,-16, -8;
/M: SY='A';  M= 33,-18, -3,-17,-10,-20, -3,-20, -9,-11,-17, -9,-20,-12,-10,-11,  7, -1, -1,-30,-20,-10;
/M: SY='K';  M= -7, -4,-22,-12,  6,-27,-20,-10,-25, 32,-24,-15, -4,-13, 11, 14, -2, -9,-17,-28,-19,  7;
/M: SY='Q';  M= -3,-10,-17,-13,  3,-25,-20, -7,-20,  7,-17, -7, -8,-16, 12, 11, -4, -7,-16,-26,-19,  4;
/M: SY='S';  M=  0,  4,-15,  8,  1,-24,-10,-13,-18, -6,-25,-16,  3,-15, -3,-12, 14,  4,-16,-34,-22, -2;
/M: SY='A';  M= 27,-23, -3,-23,-16,-17,-10,-23,  2,-13,-11, -4,-23,-13,-13,-16,  1,  1, 12,-30,-17,-13;
/M: SY='A';  M= 24,-20, 17,-22,-16,-17, -8,-20,-11,-14,-19,-13,-18,-16,-14,-17,  9, -1, -6,-26,-18,-16;
/M: SY='F';  M=-20,-33,-17,-38,-28, 37,-33,-13,  5,-28, 11,  7,-31,-36,-25,-26,-23,-17, -3,  1, 21,-28;
/M: SY='Q';  M=-10, -1,-29, -1, 16,-26,-21, -3,-22, 13,-20,-10, -2,-13, 22,  6, -2, -8,-18,-27,-19, 16;
/M: SY='A';  M= 28,-22, -1,-22,-13,-15, -7,-19, -7,-13,-13, -3,-20,-14,-11,-13,  4, -1,  0,-26,-14,-13;
/M: SY='C';  M= -3,-27, 36,-32,-30, -9,-27,-14, -3,-23, -8,-11,-24,-26,-22,-30,-11, -9,  0,-16,  0,-28;
/M: SY='K';  M= -9,-16,-22,-20, -8,-14,-27,-14, -2,  4, -4, -3,-15,-20, -2, -1,-11, -9, -1,-24,-13, -7;
/M: SY='Q';  M= -1, -9,-23, -9,  5,-22,-19,-10,-15,  5,-15, -7, -9,-15,  9,  3, -2, -7,-11,-27,-18,  5;
/M: SY='L';  M=-19,-39,-11,-39,-29,  0,-39,-29, 19,-29, 39, 22,-39,-30,-19,-20,-29,-10, 10,-20,-10,-29;
/M: SY='Y';  M=-18,-18,-24,-21,-10,  4,-27, 26,-12,-13,-11,-10,-11,-25, -7, -8,-16,-17,-13, -6, 28,-11;
/M: SY='Q';  M= -7, -4,-28, -7, 11,-26,-20, -5,-23, 16,-19,-11, -3,-13, 17, 11, -3, -8,-17,-27,-19, 12;
/M:         M= -2,-12,-18,-16, -8,-15,-18,-12, -6, -3,-10, -2, -8,-19, -4, -8, -4, -7, -4,-26,-14, -8;
/M: SY='G';  M= -4, -8,-23,-10,-13,-26, 30,-12,-34, -7,-34,-26, -8,-19,-11,-13, -2,-17,-26,-27,-21,-13;
/M:         M= -7,-17,-21,-15, -2, -9,-24, -9, -9,-10, -6, -4,-18,-15, -6,-12,-11,-10, -9,-20, -2, -4;
/M: SY='L';  M=-13,-35,-11,-36,-30,  2,-37,-29, 25,-28, 27, 14,-35,-29,-23,-25,-25, -9, 20,-20, -7,-28;
/M: SY='D';  M=-15, 22,-30, 24,  5,-29,-12, -6,-26, -7,-33,-23, 20,-14, -3,-13,  6,  1,-24,-40,-23,  1;
/M: SY='D';  M=-16, 26,-33, 39, 22,-35,-13, -5,-29, -4,-35,-25,  8,-17,  5,-13,  1, -9,-28,-42,-25, 14;
/M: SY='H';  M=-16,  2,-29, -5,  2,-12,-18, 30,-25, -5,-26,-15, 12,-20,  6,  0, -3,-12,-25,-23,  2,  2;
/M: SY='L';  M=-19,-36,-13,-37,-27,  8,-37,-23, 13,-27, 29, 15,-36,-30,-17,-20,-27,-12,  5,-14, -1,-26;
/M: SY='L';  M=-14,-19,-20,-23,-14,-14,-29,-14,  0,-10,  7,  6,-13,-23, -1, -3,-15, -8, -1,-25,-14,-11;
/M: SY='P';  M= -6,-17,-26,-18, -9,-34,-18,-18,-25, -8,-26,-25,-15, 54, -9,-15, -3, -4,-17,-37,-27, -9;
/M: SY='T';  M= -7,-11,-17,-13,-10,-15,-22,-16, -5, -7, -9, -8,-10,-20,-10, -8, -6,  1, -4,-26,-13,-10;
/M:         M=-10,-13,-24,-15,-11,-12,-12, -9,-14, -9,-15,-11,-11,-12, -9,-10, -7, -8,-12,-24,-11,-11;
/M: SY='K';  M= -7, -5,-21, -6, -1,-21,-15, -8,-16,  3,-18,-13, -6,-17,  1, -2, -1, -6,-13,-29,-16, -1;
/M: SY='K';  M= -5,  0,-27, -2,  9,-26,-16, -5,-22, 11,-24,-16,  2,-13,  9,  7,  5, -2,-18,-30,-19,  8;
/M:         M= -9, -7,-26, -7, -1,-21,-17, -7,-19, -3,-21,-16, -7, -2, -2, -6, -4, -8,-16,-26,-10, -3;
/M:         M=-13,-15,-20,-17, -7,-11,-28, -7, -7, -4, -5, -6,-15,-22, -4, -2,-13,-11, -8,-21, -7, -7;
/M:         M= -8, -7,-24, -8, -5,-20,-15,-11,-14, -7,-15,-12, -8,-11, -5, -8, -6, -5,-12,-30,-17, -6;
/M: SY='A';  M=  2, -8,-21,-10,  2,-21,-16,-10,-15,  2,-20,-12, -7,-10,  2, -4, -2, -6, -9,-28,-15,  2;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2023_05 which contains 570'420 sequence entries.

Total number of hits	45 in 45 different sequences
Number of true positive hits	45 in 45 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	Dicer dsRNA-binding fold
Version [info]	3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

45 sequences

DCL1_ARATH  (Q9SP32), DCL1_ASPCL  (A1CBC9), DCL1_ASPFU  (Q4WVE3),

DCL1_ASPNC  (A2RAF3), DCL1_ASPOR  (Q2U6C4), DCL1_ASPTN  (Q0CW42), 
DCL1_CHAGB  (Q2H0G2), DCL1_COCIM  (Q1DKI1), DCL1_CRYPA  (Q2VF19), 
DCL1_MAGO7  (A4RKC3), DCL1_NEOFI  (A1DE13), DCL1_NEUCR  (Q7S8J7), 
DCL1_ORYSJ  (Q8LMR2), DCL1_PHANO  (Q0UI93), DCL21_ASPNC (A2R345), 
DCL22_ASPNC (A2QX45), DCL2A_ORYSJ (Q10HL3), DCL2B_ORYSJ (Q69LX2), 
DCL2_ARATH  (Q3EBC8), DCL2_ASPCL  (A1C9M6), DCL2_ASPFU  (Q4WA22), 
DCL2_ASPOR  (Q2UNX5), DCL2_ASPTN  (Q0CEI2), DCL2_COCIM  (Q1DW80), 
DCL2_CRYPA  (Q2VF18), DCL2_EMENI  (P0C5H7), DCL2_MAGO7  (A4RHU9), 
DCL2_NEOFI  (A1D9Z6), DCL2_NEUCR  (Q7SCC1), DCL2_PHANO  (Q0UL22), 
DCL3A_ORYSJ (Q5N870), DCL3B_ORYSJ (Q7XD96), DCL4_ARATH  (P84634), 
DCL4_ORYSJ  (A7LFZ6), DCR1_CAEEL  (P34529), DCR1_DROME  (Q9VCU9), 
DCR1_SCHPO  (Q09884), DCR2_DROME  (A1ZAW0), DICER_BOVIN (Q6TUI4), 
DICER_CHICK (Q25BN1), DICER_CRIGR (A0MQH0), DICER_DANRE (Q6TV19), 
DICER_HUMAN (Q9UPY3), DICER_MOUSE (Q8R418), DICER_XENTR (B3DLA6)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

30 PDB

2KOU; 5ZAK; 5ZAL; 5ZAM; 6BU9; 6BUA; 7ELD; 7ELE; 7V6B; 7V6C; 7W0A; 7W0B; 7W0C; 7W0D; 7W0E; 7W0F; 7XW2; 7XW3; 7YYM; 7YYN; 7YZ4; 7ZPI; 7ZPJ; 7ZPK; 8DFV; 8DG5; 8DG7; 8DGA; 8DGI; 8DGJ
» more