 |
|
| Entry: PS51327 |
General information about the entry
| Entry name [info] | DICER_DSRBF |
| Accession [info] | PS51327 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-AUG-2007 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE; 16-OCT-2019 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51327 |
| Associated ProRule [info] | PRU00657 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=94; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=89; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.0935960; R2=0.0289039; TEXT='NScore'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=188; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=118; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-10; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='A'; M= 27,-13, -5,-13, -6,-20, -2,-17,-12, -7,-22,-13,-10,-10, -6,-10, 18, 3, -6,-30,-20, -6; /M: SY='V'; M= -7,-23, -9,-24,-18,-12,-27,-23, 9,-13, 5, 2,-23,-22,-14,-16,-14, -6, 10,-25,-14,-16; /M: SY='S'; M= -1, -3,-21, -5, 2,-24, -8, -7,-20, -1,-23,-13, 2,-11, 7, -4, 10, -3,-17,-29,-20, 3; /M: SY='L'; M=-15,-23,-13,-25,-20, -5,-31, -3, 6,-22, 11, 4,-21,-26,-13,-17,-17, -8, 1,-21, -4,-20; /M: SY='L'; M=-15,-35,-11,-35,-29, 0,-34,-28, 20,-28, 27, 13,-34,-28,-22,-23,-24, -8, 14,-20, -9,-28; /M: SY='H'; M= -8, 1,-23, -4, 2,-15,-14, 17,-24, -4,-27,-15, 12,-17, 7, -4, 5, -7,-21,-22, 0, 3; /M: SY='H'; M= -8, -4,-22,-11, -2,-17,-18, 15,-22, 2,-23,-14, 5,-18, 6, 5, -2, -7,-19,-24, -5, -1; /M: SY='Y'; M=-17,-29,-18,-33,-23, 35,-28, 3, -6,-23, -6, -6,-24,-32,-23,-23,-17,-18,-10, 14, 43,-23; /M: SY='C'; M= 2,-27, 56,-34,-33,-18,-23,-27, -6,-25, -8,-14,-25,-26,-25,-32, -9, -8, -5,-23,-19,-32; /M: SY='S'; M= 7, -3,-17, -5, 0,-23, -5, -8,-20, -4,-23,-10, 3,-14, 7, -6, 11, -2,-15,-29,-20, 1; /M: SY='K'; M= -5, -6,-22,-10, -2,-24,-16, -8,-19, 8,-20,-14, -1, -9, 4, 3, 5, 7,-13,-29,-18, 0; /M: SY='L'; M=-18,-37,-12,-38,-29, 7,-38,-26, 18,-29, 31, 19,-36,-31,-20,-22,-27,-11, 10,-16, -4,-29; /M: SY='P'; M= -6,-11,-22,-13, -6,-31,-12,-14,-26, -6,-27,-23, -8, 29, -5,-12, 0, -7,-20,-34,-25, -6; /M: SY='S'; M= -4, -6,-21,-11, -5,-16,-12, 3,-21, -3,-23,-16, 4,-14, -1, 1, 7, -1,-19,-24, -6, -5; /I: I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='D'; M=-14, 14,-32, 22, 10,-25,-13, -3,-26, -5,-30,-22, 2,-15, 2,-10, -1, -8,-24,-33,-14, 5; D=-12; /I: I=-12; DM=-25; /M: SY='E'; M= -7, -4,-25, -4, 2,-25,-19,-11,-16, 1,-18,-12, -6, -6, 1, -5, -3, -3,-12,-32,-19, 1; /M: SY='Y'; M=-13,-23,-20,-27,-16, 25,-25, -1, -7,-17, -8, -4,-19,-29,-17,-19,-13,-15,-10, 1, 28,-17; /M: SY='T'; M= -3,-13,-14,-14,-14, -8,-15,-17, -6,-15,-11, -9,-11,-20,-14,-16, -4, 5, -3,-25,-12,-13; /M: SY='N'; M= -9, 3,-27, -1, 2,-23,-12, -6,-21, 4,-25,-15, 5,-17, 3, -1, 2, -4,-18,-30,-18, 1; /M: M= -8,-18,-19,-22,-13,-15,-21,-14,-10, -7, -8, -7,-14, -8, -9, -9, -9, -3, -7,-23,-12,-13; /M: SY='Q'; M= -6,-10,-21,-11, -5,-17,-17,-12,-12, -2,-12, -6, -7,-18, 1, -4, -3, 0, -8,-26,-14, -4; /M: SY='P'; M= -7,-17,-28,-16, -8,-36,-19,-19,-25,-10,-28,-26,-18, 61, -9,-19, -7, -8,-16,-39,-28, -8; /M: M= -9,-11,-22,-13, -5,-13,-21,-10, -8, -5,-10, -8, -9,-20, -5, -6, -7, -2, -7,-24,-11, -6; /M: SY='Y'; M=-18,-28,-17,-34,-26, 30,-26, -3, -6,-25, -8, -7,-24,-33,-23,-26,-19,-19,-10, 17, 34,-25; /M: M= -4,-12,-21,-12, -5,-12,-20,-10, -8, -7,-12, -8,-10,-19, -4, -4, -6, -4, -6,-24, -8, -5; /M: SY='I'; M= -8,-20,-12,-21,-20, 0,-25,-16, 5,-19, -2, -3,-20,-26,-18,-20,-12, -8, 4,-17, 0,-19; /M: M= -9,-12,-19,-12, -4,-14,-21, -5,-10,-10,-11,-10,-10,-17, -5,-10, -9, -9,-10,-22, -6, -6; /M: SY='Q'; M= -9, -3,-28, -2, 6,-30,-17,-10,-24, 5,-23,-17, -5, 5, 7, -2, -1, -4,-19,-32,-23, 5; /M: SY='I'; M= -8,-18,-13,-19,-17,-11,-25,-19, 6,-18, 1, 0,-17,-19,-15,-19,-11, -3, 4,-26,-13,-17; /M: SY='E'; M=-11, -1,-25, -1, 2,-21,-20, -7,-14, -4,-17,-12, -1,-13, -1, -8, -3, -3,-12,-30,-15, 0; /M: SY='N'; M= -5, 2,-28, 2, 4,-28, 2, -6,-29, -2,-31,-21, 5,-11, 3, -3, 5, -7,-25,-31,-21, 3; /I: I=-4; MI=0; MD=-9; IM=0; DM=-9; /M: SY='R'; M= -5, -4,-17, -7, -1,-14, -8, -1,-15, 3,-14, -9, 0, -4, 5, 8, -1, -5,-12,-16,-10, 0; D=-4; /I: I=-4; DM=-9; /M: SY='G'; M= -4, -5,-21, -5, -7,-23, 10,-13,-21, -7,-23,-17, -3, -8, -6,-11, 2, -3,-16,-27,-20, -7; D=-4; /I: I=-4; DM=-9; /M: M= -5,-16,-21,-18,-12,-17, -1,-13,-14,-10,-10, -7,-15,-19, -6, -8, -8,-10,-11,-20,-16,-11; D=-4; /I: I=-4; DM=-9; /M: SY='Y'; M=-16,-24,-19,-28,-18, 21,-28, -2, -3,-19, -2, -4,-20,-28,-18,-16,-16,-12, -7, 3, 24,-19; D=-4; /I: I=-4; DM=-9; /M: SY='V'; M= -6,-19,-10,-21,-14,-14,-25,-18, 3, -9, -2, -2,-17,-20, -6,-13, -8, -4, 5,-24,-13,-12; /M: SY='C'; M= 9,-25, 42,-30,-27,-15,-18,-23, -9,-22,-13,-15,-24,-23,-22,-28, -3, -7, -5,-21,-13,-27; /M: SY='T'; M= -6, -8,-22, -8, 3,-17,-21,-12,-14, -1,-14,-11, -5,-15, 1, -1, 0, 14,-10,-26,-15, 2; /M: SY='I'; M= -9,-33,-10,-33,-30, -4,-36,-30, 29,-26, 22, 13,-33,-26,-22,-27,-23, -6, 28,-24,-10,-26; /M: SY='I'; M=-13,-18,-19,-21,-14, -8,-30, -4, 3,-14, 2, 1,-14,-24, -8, -9,-14, -6, 0,-21, -5,-13; /M: SY='L'; M=-18,-39,-11,-39,-29, 0,-39,-29, 20,-29, 37, 22,-38,-30,-19,-20,-29,-10, 11,-20,-10,-29; /M: SY='P'; M=-10,-20,-30,-20,-10,-40,-20,-20,-30,-10,-30,-30,-20, 80,-10,-20,-10,-10,-20,-40,-30,-10; /M: M= -6,-15,-16,-18,-10,-12,-21,-18, -3, -8, -9, -8,-14,-12,-11,-14, -5, -7, -4,-25,-14,-11; /M: SY='N'; M= -9, 4,-19, -4, -2,-20,-14, 1,-21, -2,-24,-13, 18,-17, 6, -4, 9, -1,-20,-28,-14, 0; /M: SY='S'; M= 5,-17, -2,-18,-15,-14, -9,-19, -6,-13,-11, -7,-13,-18,-11,-18, 8, -1, -5,-26,-16,-14; /M: SY='P'; M= -5,-10,-27,-10, -3,-33,-13,-12,-27, -2,-28,-23,-11, 32, -1, -9, -3, -7,-19,-35,-25, -3; /M: SY='I'; M= -9,-24,-16,-25,-21, -8,-28,-22, 8,-20, 1, -1,-23,-10,-16,-23,-15, -8, 8,-19,-10,-19; /M: SY='K'; M= -8, -3,-28, -8, 5,-25,-19, -7,-24, 16,-23,-16, 0,-12, 9, 14, 0, -2,-19,-29,-19, 5; /M: M= -4,-11,-18, -9, -2,-16,-19,-12, -6,-10, -9, -7,-10,-17, -3,-13, 0, 0, -5,-26,-13, -3; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='R'; M= 1, -4,-13, -5, -2, -9, -8, -6,-11, 0,-12, -8, -4,-10, -1, 4, 0, -2, -9,-16, -9, -2; D=-11; /I: I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23; /M: SY='F'; M=-11,-19,-10,-23,-19, 9,-24,-14, 8,-17, 7, 4,-17,-22,-16,-14,-13, -7, 3,-10, 0,-18; D=-11; /I: I=-11; DM=-23; /M: SY='V'; M= -4,-14,-10,-14, -9, -9,-21, -9, 0,-11, -5, -4,-13,-17, -7,-13, -6, -2, 1,-18, -4, -8; D=-11; /I: I=-11; DM=-23; /M: SY='G'; M= 1,-10,-22, -9,-12,-23, 20,-16,-23,-14,-26,-19, -9,-18,-11,-16, 4, -8,-17,-28,-21,-12; /M: SY='N'; M= -9, 3,-26, 0, 2,-28,-14, -9,-24, 6,-27,-19, 7, -1, 2, -3, 6, -4,-20,-34,-22, 1; /I: I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='P'; M= -4,-21,-15,-22,-16,-18,-21,-21, -3,-12, -5, -7,-20, 10,-12,-17, -9, -1, 2,-25,-16,-13; D=-12; /I: I=-12; DM=-25; /M: SY='W'; M= -8,-24, -9,-27,-15, -2,-21,-13,-11,-16, -9, 0,-22,-26, -8,-18,-13,-14,-11, 8, 2,-15; D=-12; /I: I=-12; DM=-25; /M: SY='S'; M= 3, -9,-20,-12, -5,-22,-10,-13,-19, 0,-22,-14, -6, -4, -2, -3, 4, -2,-14,-30,-19, -5; /M: SY='S'; M= -2, 3,-19, 0, 3,-25, -9, -7,-23, 2,-27,-18, 11,-13, 2, -2, 14, 8,-19,-32,-21, 2; /M: SY='K'; M= -6, -7,-19,-10, 4,-23,-18,-13,-16, 14,-19,-12, -7,-15, 0, -1, -2, -7,-11,-29,-18, 3; /M: SY='K'; M= -2, -2,-27, -5, 10,-27,-16, -8,-24, 19,-25,-17, -2,-13, 8, 14, 2, -6,-19,-30,-20, 8; /M: M= -9, -9,-22, -6, -7,-18,-23,-16, -4,-12, -6, -4,-12,-16, -7,-13,-10, -6, -3,-30,-16, -8; /M: SY='A'; M= 33,-18, -3,-17,-10,-20, -3,-20, -9,-11,-17, -9,-20,-12,-10,-11, 7, -1, -1,-30,-20,-10; /M: SY='K'; M= -7, -4,-22,-12, 6,-27,-20,-10,-25, 32,-24,-15, -4,-13, 11, 14, -2, -9,-17,-28,-19, 7; /M: SY='Q'; M= -3,-10,-17,-13, 3,-25,-20, -7,-20, 7,-17, -7, -8,-16, 12, 11, -4, -7,-16,-26,-19, 4; /M: SY='S'; M= 0, 4,-15, 8, 1,-24,-10,-13,-18, -6,-25,-16, 3,-15, -3,-12, 14, 4,-16,-34,-22, -2; /M: SY='A'; M= 27,-23, -3,-23,-16,-17,-10,-23, 2,-13,-11, -4,-23,-13,-13,-16, 1, 1, 12,-30,-17,-13; /M: SY='A'; M= 24,-20, 17,-22,-16,-17, -8,-20,-11,-14,-19,-13,-18,-16,-14,-17, 9, -1, -6,-26,-18,-16; /M: SY='F'; M=-20,-33,-17,-38,-28, 37,-33,-13, 5,-28, 11, 7,-31,-36,-25,-26,-23,-17, -3, 1, 21,-28; /M: SY='Q'; M=-10, -1,-29, -1, 16,-26,-21, -3,-22, 13,-20,-10, -2,-13, 22, 6, -2, -8,-18,-27,-19, 16; /M: SY='A'; M= 28,-22, -1,-22,-13,-15, -7,-19, -7,-13,-13, -3,-20,-14,-11,-13, 4, -1, 0,-26,-14,-13; /M: SY='C'; M= -3,-27, 36,-32,-30, -9,-27,-14, -3,-23, -8,-11,-24,-26,-22,-30,-11, -9, 0,-16, 0,-28; /M: SY='K'; M= -9,-16,-22,-20, -8,-14,-27,-14, -2, 4, -4, -3,-15,-20, -2, -1,-11, -9, -1,-24,-13, -7; /M: SY='Q'; M= -1, -9,-23, -9, 5,-22,-19,-10,-15, 5,-15, -7, -9,-15, 9, 3, -2, -7,-11,-27,-18, 5; /M: SY='L'; M=-19,-39,-11,-39,-29, 0,-39,-29, 19,-29, 39, 22,-39,-30,-19,-20,-29,-10, 10,-20,-10,-29; /M: SY='Y'; M=-18,-18,-24,-21,-10, 4,-27, 26,-12,-13,-11,-10,-11,-25, -7, -8,-16,-17,-13, -6, 28,-11; /M: SY='Q'; M= -7, -4,-28, -7, 11,-26,-20, -5,-23, 16,-19,-11, -3,-13, 17, 11, -3, -8,-17,-27,-19, 12; /M: M= -2,-12,-18,-16, -8,-15,-18,-12, -6, -3,-10, -2, -8,-19, -4, -8, -4, -7, -4,-26,-14, -8; /M: SY='G'; M= -4, -8,-23,-10,-13,-26, 30,-12,-34, -7,-34,-26, -8,-19,-11,-13, -2,-17,-26,-27,-21,-13; /M: M= -7,-17,-21,-15, -2, -9,-24, -9, -9,-10, -6, -4,-18,-15, -6,-12,-11,-10, -9,-20, -2, -4; /M: SY='L'; M=-13,-35,-11,-36,-30, 2,-37,-29, 25,-28, 27, 14,-35,-29,-23,-25,-25, -9, 20,-20, -7,-28; /M: SY='D'; M=-15, 22,-30, 24, 5,-29,-12, -6,-26, -7,-33,-23, 20,-14, -3,-13, 6, 1,-24,-40,-23, 1; /M: SY='D'; M=-16, 26,-33, 39, 22,-35,-13, -5,-29, -4,-35,-25, 8,-17, 5,-13, 1, -9,-28,-42,-25, 14; /M: SY='H'; M=-16, 2,-29, -5, 2,-12,-18, 30,-25, -5,-26,-15, 12,-20, 6, 0, -3,-12,-25,-23, 2, 2; /M: SY='L'; M=-19,-36,-13,-37,-27, 8,-37,-23, 13,-27, 29, 15,-36,-30,-17,-20,-27,-12, 5,-14, -1,-26; /M: SY='L'; M=-14,-19,-20,-23,-14,-14,-29,-14, 0,-10, 7, 6,-13,-23, -1, -3,-15, -8, -1,-25,-14,-11; /M: SY='P'; M= -6,-17,-26,-18, -9,-34,-18,-18,-25, -8,-26,-25,-15, 54, -9,-15, -3, -4,-17,-37,-27, -9; /M: SY='T'; M= -7,-11,-17,-13,-10,-15,-22,-16, -5, -7, -9, -8,-10,-20,-10, -8, -6, 1, -4,-26,-13,-10; /M: M=-10,-13,-24,-15,-11,-12,-12, -9,-14, -9,-15,-11,-11,-12, -9,-10, -7, -8,-12,-24,-11,-11; /M: SY='K'; M= -7, -5,-21, -6, -1,-21,-15, -8,-16, 3,-18,-13, -6,-17, 1, -2, -1, -6,-13,-29,-16, -1; /M: SY='K'; M= -5, 0,-27, -2, 9,-26,-16, -5,-22, 11,-24,-16, 2,-13, 9, 7, 5, -2,-18,-30,-19, 8; /M: M= -9, -7,-26, -7, -1,-21,-17, -7,-19, -3,-21,-16, -7, -2, -2, -6, -4, -8,-16,-26,-10, -3; /M: M=-13,-15,-20,-17, -7,-11,-28, -7, -7, -4, -5, -6,-15,-22, -4, -2,-13,-11, -8,-21, -7, -7; /M: M= -8, -7,-24, -8, -5,-20,-15,-11,-14, -7,-15,-12, -8,-11, -5, -8, -6, -5,-12,-30,-17, -6; /M: SY='A'; M= 2, -8,-21,-10, 2,-21,-16,-10,-15, 2,-20,-12, -7,-10, 2, -4, -2, -6, -9,-28,-15, 2; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 44 in 44 different sequences |
| Number of true positive hits | 44 in 44 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | Dicer dsRNA-binding fold |
| Version [info] | 3 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
44 sequences
DCL1_ARATH (Q9SP32 ), DCL1_ASPCL (A1CBC9 ), DCL1_ASPFU (Q4WVE3 ), DCL1_ASPNC (A2RAF3 ), DCL1_ASPOR (Q2U6C4 ), DCL1_ASPTN (Q0CW42 ), DCL1_CHAGB (Q2H0G2 ), DCL1_COCIM (Q1DKI1 ), DCL1_CRYPA (Q2VF19 ), DCL1_MAGO7 (A4RKC3 ), DCL1_NEOFI (A1DE13 ), DCL1_NEUCR (Q7S8J7 ), DCL1_ORYSJ (Q8LMR2 ), DCL1_PHANO (Q0UI93 ), DCL21_ASPNC (A2R345 ), DCL22_ASPNC (A2QX45 ), DCL2A_ORYSJ (Q10HL3 ), DCL2B_ORYSJ (Q69LX2 ), DCL2_ARATH (Q3EBC8 ), DCL2_ASPCL (A1C9M6 ), DCL2_ASPFU (Q4WA22 ), DCL2_ASPOR (Q2UNX5 ), DCL2_ASPTN (Q0CEI2 ), DCL2_COCIM (Q1DW80 ), DCL2_CRYPA (Q2VF18 ), DCL2_EMENI (P0C5H7 ), DCL2_MAGO7 (A4RHU9 ), DCL2_NEOFI (A1D9Z6 ), DCL2_NEUCR (Q7SCC1 ), DCL2_PHANO (Q0UL22 ), DCL3A_ORYSJ (Q5N870 ), DCL3B_ORYSJ (Q7XD96 ), DCL4_ARATH (P84634 ), DCL4_ORYSJ (A7LFZ6 ), DCR1_CAEEL (P34529 ), DCR1_DROME (Q9VCU9 ), DCR1_SCHPO (Q09884 ), DICER_BOVIN (Q6TUI4 ), DICER_CHICK (Q25BN1 ), DICER_CRIGR (A0MQH0 ), DICER_DANRE (Q6TV19 ), DICER_HUMAN (Q9UPY3 ), DICER_MOUSE (Q8R418 ), DICER_XENTR (B3DLA6 )» more
|
| PDB [Detailed view] |
4 PDB
2KOU; 5ZAK; 5ZAL; 5ZAM |
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission