PROSITE logo

PROSITE entry PS51446


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] PACIFASTIN
Accession [info] PS51446
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-APR-2009 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51446
Associated ProRule [info] PRU00776

Name and characterization of the entry

Description [info] Pacifastin domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=35;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=35;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.1693327; R2=0.0095010; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=562; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=414; N_SCORE=7.1; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-12; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='G';  M=  1, -6,-24, -3, -1,-26,  5,-16,-21, -7,-26,-18, -8,-10, -6,-13,  3, -5,-14,-32,-23, -2;
/M:         M= -4,-10,-18,-11, -7,-16,-15,-15, -8, -8,-11, -7, -9,-18, -6,-12, -2, -3, -5,-27,-16, -7;
/M: SY='E';  M= -5, -6,-26, -5,  8,-21,-13, -2,-19, -4,-21,-12, -5, -9,  8, -8, -2, -9,-15,-26,-12,  8;
/M: SY='C';  M=  0,-30, 90,-40,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-20,-30,-30,-30,-40,-10,-10,-10,-20,-20,-40;
/M: SY='T';  M= -3, -6,-20, -5,  3,-20,-14, -8,-18, -4,-19,-14, -2,-12, -3, -7,  4, 20,-11,-27,-14,  1;
/M: SY='P';  M=-10,-11,-31,-11, -5,-30, -6,-15,-30,-10,-31,-26,-11, 36, -9,-17, -6,-12,-23,-34,-24, -6;
/M: SY='G';  M= -5,  1,-30,  1,-12,-30, 37,-14,-36,-15,-38,-27,  3,-19,-14,-16,  2,-12,-28,-34,-28,-13;
/M: SY='S';  M=  3, -3,-21,  0, 10,-26, -6,-11,-23, -2,-28,-20, -2,  0,  1, -9, 14,  3,-20,-31,-22,  7;
/M: SY='T';  M= -3, -3,-21, -6, -3,-24,-14,-10,-18,  2,-21,-16,  5,-14, -1,  7, 10, 14,-14,-32,-20, -3;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='W';  M=-22,-30,-21,-38,-23, 18,-29,-13,-12,-17,-13,-12,-29,-33,-18,-22,-21,-22,-17, 42, 20,-22;
/M: SY='K';  M=-10, -9,-29,-16,  0,-20,-22, -7,-24, 22,-20,-13, -5,-10,  5, 17, -6, -7,-18,-25,-13,  1;
/M: SY='E';  M= -9, -2,-25,  0,  6,-18,-20, -7,-15,  1,-18,-12, -5,-17,  2, -7, -4, -9,-13,-26, -9,  4;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='D';  M=-12, 12,-35, 20, 10,-30,  6, -8,-32, -5,-35,-25,  0,-18,  0,-13, -1,-14,-27,-34,-21,  5;
/M: SY='C';  M=  0,-30, 90,-40,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-20,-30,-30,-30,-40,-10,-10,-10,-20,-20,-40;
/M: SY='N';  M=-19, 28,-30,  9,  1,-30,-11,  9,-30,  4,-39,-20, 56,-19,  1,  1,  9, -1,-29,-39,-20,  1;
/M: SY='W';  M=-13,-15,-20,-16,-12, -8,-22,-15,-14,-15,-15,-10,-14,-24, -8,-15, -7,  0,-15,  8, -6,-13;
/M: SY='C';  M=  0,-30, 90,-40,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-20,-30,-30,-30,-40,-10,-10,-10,-20,-20,-40;
/M: SY='T';  M= -5,-12,-20,-16, -8,-10,-19,-11,-13, -2,-14,-10, -5,-17, -3,  1,  3, 10,-10,-23,-11, -7;
/M: SY='C';  M=  0,-30, 90,-40,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-20,-30,-30,-30,-40,-10,-10,-10,-20,-20,-40;
/M: SY='T';  M=  1, -7,-17, -9, -7,-21,-13,-15,-10, -5,-16,-11, -3,-15, -6, -9,  5,  6, -5,-31,-19, -6;
/M: SY='N';  M= -7, 11,-26,  5,  4,-28,-12, -1,-26,  5,-32,-20, 18, -9,  1, -3,  7, -1,-22,-36,-20,  3;
/M: SY='G';  M= -6,  0,-27, -1,-10,-27, 21,-11,-29,-15,-31,-22,  1,-19,-12,-15,  0, -8,-23,-33,-24,-12;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='G';  M= -1, -8,-18, -8,-13,-17, 31,-13,-21,-13,-20,-16, -8,-13,-13,-13, -2,-12,-16,-18,-18,-13; D=-13;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M:         M= -3,-18,-15,-21,-14,-10,-23,-13,  0,-10, -4, -5,-14,-20,-11, -8, -3,  0,  0,-24,-11,-14;
/M: SY='G';  M=  9,-19,-18,-21,-15,-19, 11,-16,-22,-14,-25,-17,-17,-12,-13,-12, -3,-12,-16,-16,-15,-15;
/M: SY='A';  M=  5,-17,-11,-18,-13,-13,-13,-18, -3,-13, -9, -3,-13,-18, -8,-16,  4,  0, -2,-19,-15,-12;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='C';  M=  0,-30, 90,-40,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-20,-30,-30,-30,-40,-10,-10,-10,-20,-20,-40;
/M: SY='T';  M=  1, -9,-10, -9, -9,-20,-19,-19,-11, -9,-11,-11,  1,-10, -9,-10, 12, 48, -1,-30,-20, -9;
/M: SY='R';  M=-11,-20,-24,-22, -9,-14,-27,-13, -6, -4,  2,  3,-15,-22, -3,  7,-14, -3, -6,-24,-11, -9;
/M: SY='K';  M= -8,-10,-26,-15,  1,-21,-23,-13,-15, 22,-14, -3, -8,-16,  4,  8, -6,-10,-10,-27,-17,  0;
/M: SY='A';  M=  5,-18,-18,-20,-12, -8, -4,-14,-15,-11,-15,-11,-17,-20,-11, -6, -3,-10,-12,-21, -9,-12;
/M: SY='C';  M=  0,-30, 90,-40,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-20,-30,-30,-30,-40,-10,-10,-10,-20,-20,-40;
/M: SY='P';  M=-13,-12,-25, -9,-10,-15,-24,-15,-10,-15,-12,-13,-16,  3,-11,-17,-11, -7, -9,-27,-12,-11;
/M: SY='P';  M= -8, -7,-27, -8, -2,-29,-13,-11,-25,  0,-26,-21, -5, 14, -1, -6, -1, -3,-18,-32,-21, -2;
/M:         M= -9, -9,-23,-10,-10,-20, -9,-14,-14, -9,-15,-11, -7,-20, -5, -7, -4, -5,-11,-24,-18, -9;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_03 which contains 571'609 sequence entries.


Total number of hits 19 in 10 different sequences
Number of true positive hits 19 in 10 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 1
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 95.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 3
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Pacifastin
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
10 sequences

CVP4_PIMHY  (Q8T0W2), LCM_LOCMI   (P80060), MSPI2_MELSA (B3A0N9), 
PI10A_PLARH (A0A6B9KZ89), PI11A_PLARH (A0A6B9KZ79), PI12A_PLARH (A0A6B9L3M7), 
PI21_PLARH  (A0A6B9KZ59), PISP_NASVI  (A0A7M6UNN1), SGP1_SCHGR  (O46162), 
SGP3_SCHGR  (O46163)
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
1 sequence

MSPI1_MELSA (B3A0N8)

		
PDB
[Detailed view]
12 PDB

1GL0; 1GL1; 1KGM; 1KIO; 1KJ0; 1PMC; 2F91; 2XTT; 3TVJ; 4DJZ; 7SGQ; 7SLT