PROSITE entry PS51538
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | AV_CP |
| Accession [info] | PS51538 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-JUN-2011 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51538 |
| Associated ProRule [info] | PRU00871 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Arterivirus nsp2 cysteine protease (AV CP) domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=108; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=103; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1047049; R2=0.0114644; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=10955.4003906; R2=13.0323534; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=689; H_SCORE=19935; N_SCORE=10.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=384; H_SCORE=15960; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='G'; M= 0, -8,-25,-10,-18,-25, 48,-20,-33,-18,-25,-18, 0,-18,-18,-18, 5, -3,-23,-22,-25,-18; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20; /M: SY='S'; M= 5, 10,-12, 5, 0,-20, 0, -5,-20, -8,-30,-20, 22,-12, 0, -8, 33, 15,-15,-40,-20, 0; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='G'; M= 12, -8,-21,-12,-15,-23, 34,-20,-26,-15,-21,-15, -2,-15,-15,-18, 7, 0,-16,-22,-23,-15; /M: SY='D'; M=-18, 40,-30, 58, 30,-38,-12, 0,-38, 2,-28,-28, 15, -8, 5, -8, 0,-10,-30,-38,-20, 17; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='A'; M= 27, 4,-12, -6, -5,-20, 0,-11,-15, -8,-19,-15, 11,-12, -5,-13, 16, 4, -9,-29,-20, -5; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='W'; M=-17,-32,-36,-32,-25, 15,-25,-15, -3,-21, 6, -3,-32,-30,-18,-18,-32,-19,-13, 69, 33,-20; /M: SY='H'; M=-20, -2,-30, -2, 0,-20,-20, 75,-30, 0,-20, -2, 8,-20, 10, 17,-10,-18,-28,-28, 13, 0; /M: SY='C'; M= -8,-22, 92,-30,-30,-16,-30,-30,-17,-28,-14,-14,-22,-38,-30,-28,-10, -8, 3,-46,-26,-30; /M: SY='I'; M=-10,-30,-25,-35,-25, 5,-35,-25, 36,-30, 34, 20,-25,-25,-20,-25,-25,-10, 21,-20, 0,-25; /M: SY='A'; M= 28, -5,-10, -9, -5,-20, 0,-15,-15,-10,-21,-15, 1,-10, -5,-15, 26, 11, -5,-31,-20, -5; /M: SY='A'; M= 33,-15,-12,-25,-15, 5, -7,-20, -8,-15, -5, -8,-12,-15,-17,-20, 3, -2, 0,-13, -8,-15; /M: SY='I'; M=-10,-26,-26,-36,-26, 0,-32,-17, 37,-22, 20, 37,-20,-20,-12,-22,-20,-10, 22,-20, 0,-22; /M: SY='M'; M= 4, -6,-19,-16,-14, -8,-14,-10, 7,-13, 6, 11, 1,-19, -8,-14, -7, -5, 0,-25,-10,-12; /M: SY='N'; M= -8, 28,-22, 13, -5,-22, 17, 3,-25, -5,-30,-20, 45,-20, -5, -5, 8, -5,-30,-35,-22, -5; /M: SY='R'; M= -3, 8,-25, 11, 3,-26,-12, -5,-28, 11,-21,-16, 3,-15, 2, 24, -2, -8,-18,-26,-15, 1; /M: SY='M'; M= -8,-18,-21,-28,-21, -2,-26,-14, 22,-16, 13, 31,-15,-18, -8,-16,-10, 5, 13,-22, -2,-16; /M: SY='V'; M= -8,-30,-17,-35,-30, 24,-32,-27, 25,-25, 12, 9,-25,-28,-31,-22,-15, -5, 31,-16, 4,-30; /M: SY='N'; M= -5, 8,-21, -1,-13,-18, 13, -9,-14,-11,-20,-13, 20,-22,-13,-11, 2, -6,-10,-32,-21,-13; /M: SY='S'; M= -1, 13,-20, 19, 2,-28, 12, -9,-30, -9,-30,-23, 11,-12, -4,-12, 20, 3,-20,-36,-22, -1; /M: SY='A'; M= 14, 7,-19, 7, 3,-27, -7,-12,-23, 7,-23,-16, 2,-10, -1, -4, 8, -1,-13,-28,-18, 1; /M: SY='F'; M=-14,-25,-22,-31,-26, 44, -5,-20, -7,-28, 5, -2,-16,-28,-33,-20,-16,-12, -6, -1, 11,-26; /M: SY='C'; M= -6, -5, 34,-10, -1,-19,-24,-19,-22,-13,-16,-16, -7,-19,-10,-15, 4, 13,-11,-37,-20, -5; /M: SY='T'; M= 5, 0,-10, -5, -5,-15,-11,-15,-15,-10,-19,-15, 5,-10, -5,-10, 29, 36, -5,-35,-15, -5; /I: I=-9; MD=-19; /M: SY='P'; M= -7, -6,-20, -6, -1,-16,-15,-10,-16, 7,-16,-10, -4, 12, -2, 9, 0, 7,-12,-20,-12, -3; D=-9; /I: I=-9; MI=-19; MD=-19; IM=-19; DM=-19; /M: SY='L'; M= -8,-23,-15,-23,-15, 8,-23,-15, 15,-23, 38, 15,-23,-23,-15,-15,-23, -8, 8,-15, 0,-15; D=-9; /I: I=-9; DM=-19; /M: SY='P'; M= -2, -7,-18, -8, -7,-16, 0,-15,-15, -9,-16,-12, -5, 15, -9,-12, 4, 11,-12,-21,-16, -9; D=-9; /I: I=-9; DM=-19; /M: SY='E'; M= -8, 7,-21, 7, 20,-23,-13, 2,-19, 13,-18, -9, 8, -6, 19, 7, 0, -6,-21,-20,-11, 20; D=-9; /I: I=-9; DM=-19; /M: SY='C'; M=-12,-13, 22,-16,-13, -4,-20, -5,-16, -4,-11, -8,-10,-23, -9, 6,-10, -8,-10,-13, 6,-13; D=-9; /I: I=-9; DM=-19; /M: SY='S'; M= 1, 1,-10, -3, -7,-10, -7, -8, -3, -8,-13, -8, 9,-14, -7, -8, 12, 6, 3,-28,-13, -7; D=-9; /I: I=-9; DM=-19; /M: SY='R'; M=-15, -8,-23, -8, 0,-15,-15, 0,-23, 23,-15, -8, 0,-15, 8, 53, -8, -8,-15,-15, -8, 0; D=-9; /I: I=-9; DM=-19; /M: SY='P'; M=-11, 6,-27, 16, 6,-26,-12, -9,-21, -5,-23,-18, -3, 38, -5,-12, -5, -8,-23,-26,-20, -2; D=-9; /I: I=-9; DM=-19; /M: SY='S'; M= 1, -3,-21, 2, 13,-25, -9,-10,-22, -6,-28,-20, 1, 16, 2,-10, 19, 6,-19,-35,-22, 6; /M: SY='D'; M=-11, 35,-24, 49, 14,-34, -7, -3,-34, -3,-30,-27, 17,-10, 0,-10, 12, -1,-24,-40,-20, 7; /M: SY='D'; M=-15, 18,-28, 30, 22,-25,-18, -5,-22, -4, -7,-15, 2,-12, 1, -9, -7,-10,-20,-32,-15, 12; /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20; /M: SY='C'; M= 17,-18, 19,-25,-18,-11,-16,-22, -6,-21, 5, -4,-18,-23,-18,-22, -7, -5, 1,-27,-17,-18; /M: SY='S'; M= 0, 12,-15, 15, 3,-23, -7,-10,-23, -8,-25,-20, 10,-10, -2,-10, 25, 20,-13,-38,-18, 0; /M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 10; /M: SY='E'; M=-12, 1,-30, 6, 31,-20,-22, 7,-21, 6,-16,-10, -4, -9, 26, 1, -4,-10,-26,-14, 4, 27; /M: SY='D'; M=-18, 30,-28, 45, 10,-28,-15, -5,-25, -7,-10,-18, 8,-15, -5,-12, -7,-10,-20,-35,-15, 3; /M: SY='L'; M= 5,-24,-18,-28,-18, 1,-21,-17, 13,-23, 31, 18,-24,-24,-15,-19,-19, -8, 8,-20, -5,-16; /M: SY='Y'; M=-11,-25,-21,-25,-25, 16,-30, -3, 14,-15, 5, 5,-25,-30,-19,-15,-15, -5, 17, 3, 39,-25; /M: SY='Q'; M=-12, 7,-28, 2, 10,-30,-15, 8,-22, 13,-22, -7, 14,-15, 33, 22, 0, -8,-28,-25,-12, 20; /M: SY='A'; M= 20,-21,-13,-25,-18, -6,-16,-22, 9,-18, 13, 4,-21,-21,-18,-20, -7, -3, 15,-22,-12,-18; /M: SY='I'; M= -9,-30,-22,-37,-30, 20,-35,-28, 32,-27, 15, 12,-23,-25,-28,-25,-17, -7, 29,-16, 4,-30; /M: SY='Q'; M=-10, -6,-27, -9, 8,-28,-20, 7, -8, 4, -8, 18, -6,-13, 42, 4, -6,-10,-18,-20, -7, 25; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='T'; M= -2,-11, 13,-19,-17,-12,-22,-22, -2,-19,-10, -7, -7,-19,-14,-19, 9, 15, 3,-34,-14,-17; /M: SY='L'; M= 8,-22,-22,-22,-12, -9,-19,-20, 1,-19, 12, 1,-22, 6,-15,-20,-13, -7, -3,-22,-13,-15; /M: SY='R'; M=-13, 1,-23, -5, -2,-18,-17, -3,-23, 15,-19,-12, 10,-18, 3, 38, 1, 7,-17,-26,-12, -2; /M: SY='L'; M=-12,-30,-20,-32,-22, 27,-30,-20, 15,-30, 40, 15,-28,-30,-25,-20,-28,-10, 8,-13, 7,-22; /M: SY='P'; M= -8,-15,-33,-10, -2,-25,-20,-20,-18,-10,-25,-18,-15, 65,-10,-18, -3, 5,-23,-30,-25,-10; /M: SY='A'; M= 38,-15,-10,-22,-15,-15, -7,-22, 0,-12, -5, -5,-15,-15,-15,-20, 5, 0, 12,-22,-18,-15; /M: SY='T'; M= 12, -2,-10,-12,-10,-12,-15,-20,-10,-10,-10,-10, -2,-10,-10,-12, 18, 38, 0,-28,-12,-10; /M: SY='I'; M= -8,-30,-22,-34,-26, 4,-34,-26, 35,-28, 29, 18,-26,-26,-22,-24,-22, -8, 27,-22, -2,-26; /I: I=-13; MD=-27; /M: SY='P'; M= -7, 1,-19, 8, -2,-17,-14,-11, -8, -7,-13,-10, -7, 14, -9,-12, -5, -5, -4,-23,-14, -6; D=-13; /I: I=-13; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27; /M: SY='R'; M= -9, -7,-21, -7, -5,-17, 8, -5,-24, 9,-17, -9, 0,-14, 0, 27, -5, -9,-17,-14,-12, -5; D=-13; /I: I=-13; DM=-27; /M: SY='N'; M= -5, 16,-17, 7, -5,-17, 17, 0,-19, -5,-21,-14, 27,-14, -5, -5, 5, -5,-21,-23,-17, -5; D=-13; /I: I=-13; DM=-27; /M: SY='G'; M= -9,-10,-30,-10,-11,-25, 29,-11,-35, 3,-25,-15, 0,-20, -6, 21, -5,-15,-25,-20,-21,-11; /M: SY='A'; M= 17,-12,-16,-17,-12,-15,-13, 13, -6,-12, -8, -2, -9,-18, -9,-14, -1, -6, 3,-25, -6,-12; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='P'; M= -8,-15,-33,-10, -2,-25,-20,-20,-18,-10,-25,-18,-15, 66,-10,-18, -3, 4,-23,-30,-25,-10; /M: SY='N'; M= 1, 18,-15, 9, 0,-20, 0, -1,-20, -5,-30,-20, 33,-15, 0, -5, 26, 11,-19,-40,-20, 0; /M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20, 0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10, 0, 0,-20,-20,-10; /M: SY='K'; M= -9, -5,-27, -8, 1,-22,-23,-15,-14, 29,-19, -5, -3,-12, 2, 15, -8, -2, -9,-21, -8, 1; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20; /M: SY='V'; M= 7,-16,-18,-19,-11,-12,-20,-19, 0, 1, 2, 1,-16,-19,-11, -5, -9, -5, 8,-22,-10,-11; /M: SY='L'; M=-10,-28,-22,-32,-22, 5,-30,-17, 26,-25, 36, 30,-25,-25,-15,-20,-25,-10, 14,-20, 0,-20; /M: SY='K'; M=-13, 8,-30, 11, 3,-26,-22,-12,-13, 15,-18, -9, 1,-12, 0, 3, -9,-10,-11,-26,-11, 0; /M: SY='C'; M=-10,-25, 57,-30,-25, -6,-30,-25, -7,-30, 12, -2,-25,-35,-25,-25,-19,-10, -1,-36,-16,-25; /M: SY='D'; M= -9, 14,-22, 17, 10,-21,-16, -7,-12, -4,-16,-14, 9,-16, -4, -8, -1, -5, -6,-35,-17, 3; /M: SY='G'; M= -5, 7,-27, 1, -7,-27, 27, -9,-32, 3,-30,-18, 18,-18, -7, -2, 1,-12,-28,-26,-22, -7; /M: SY='Q'; M= -8, -4,-26, -2, 19,-29,-22, -1,-12, 4,-14, -3, -6,-12, 31, 1, -2, -8,-13,-25,-12, 25; /M: SY='H'; M=-20, 0,-30, 0, 0,-20,-20,100,-30,-10,-20, 0, 10,-20, 10, 0,-10,-20,-30,-30, 20, 0; /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20; /M: SY='T'; M= -7, 0,-19, -4, 7,-17,-20,-11,-19, 4,-15,-12, 0,-10, 1, 12, 8, 22,-11,-28,-12, 3; /M: SY='V'; M= 0,-30,-10,-30,-30, 0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10, 0, 50,-30,-10,-30; /M: SY='T'; M= -5, 2,-19, -1, 10,-19,-20,-13,-19, 9,-17,-12, 0, -8, 1, 2, 8, 22,-11,-28,-12, 6; /M: SY='R'; M= -8,-16,-21,-16,-11,-14,-25,-17, -3, 13, -9, -1,-14,-22, -8, 17,-10, -5, 12,-25,-10,-11; /M: SY='R'; M= 2, -8,-20,-12, -5,-18,-15,-10,-20, 10,-15,-10, -2,-15, 0, 28, 2, 7,-10,-22,-12, -5; /M: SY='K'; M= -6, -5,-28, -2, 5,-28,-16,-12,-25, 23,-30,-15, -3, 14, 3, 9, 1, -4,-20,-27,-17, 3; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='M'; M=-11,-19,-21,-24,-17, -6,-22, -7, 8, -1, 6, 27,-17,-22, -4, 11,-15, -8, 11,-22, -5,-12; /M: SY='A'; M= 28, -8,-15,-13,-10,-22, 17,-18,-20,-12,-20,-15, -3,-12,-10,-18, 15, 0,-10,-25,-22,-10; /M: SY='P'; M= -8,-25,-27,-21,-13,-10,-25,-22, 4,-19, 7, 0,-25, 24,-17,-20,-17, -8, -1,-26,-15,-17; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='G'; M= -2, -5,-18, -5, -6,-18, 17, -8,-23, -2,-20,-13, 2,-13, -4, 7, 7, -3,-16,-20,-16, -6; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='C'; M= -6,-15, 14,-18,-15,-14, -9,-17,-17,-14, -7, -9,-10,-25,-13, -5, -3, -5, -9,-32,-17,-15; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='P'; M= 5, 6,-22, 11, 3,-27, -7,-12,-23, -8,-27,-21, 2, 14, -4,-14, 13, 2,-18,-34,-22, -2; /M: SY='P'; M=-12,-13,-31, -7, 10,-18,-22,-11,-15, -1, -6, -8,-13, 15, -1, 4,-12,-10,-18,-25,-16, 2; /M: SY='E'; M= -7, 14,-25, 24, 38,-29,-13, -2,-29, 3,-24,-22, 6, -4, 12, -4, 10, -3,-25,-34,-20, 25; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='V'; M= -7,-30,-14,-32,-28, 22,-30,-26, 21,-24, 17, 9,-28,-30,-31,-20,-16, -4, 31,-18, 2,-28; /M: SY='R'; M=-13,-12,-26,-12, -2,-21,-22, -4,-15, 15,-14, -3, -6,-20, 14, 36, -8, -8, -8,-22,-10, 3; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='V'; M= -2,-20, 21,-25,-25, -7,-28,-28, 6,-20, -2, -2,-20,-27,-25,-20, -3, 10, 23,-35,-15,-25; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='G'; M= 0, 5,-23, 0,-11,-25, 38,-10,-31,-13,-30,-20, 17,-18,-11,-13, 11, -7,-26,-29,-25,-11; /M: SY='C'; M=-10, -7, 54, -8, 9,-24,-26,-17,-30,-13,-20,-20,-11,-23, -8,-17, -6,-10,-19,-41,-26, 1; /M: SY='Q'; M= -8, -6, -1, -8, 1,-34, 0, -5,-27, -5,-22, -9, -4,-18, 23, -5, -2,-12,-26,-26,-19, 12; /M: SY='R'; M=-16, -8, 6, -9, 5,-22,-22, -7,-30, 12,-20,-14, -5,-21, 2, 32, -8,-10,-20,-29,-17, 1; /M: SY='M'; M= -8,-22,-18,-30,-22, 0,-22, -7, 22,-12, 18, 48,-22,-22, -7,-12,-18, -8, 20,-22, -2,-15; /M: SY='S'; M= 18, -4,-14, -7, -6,-22, 14,-14,-22,-12,-25,-18, 3,-12, -6,-14, 25, 7,-12,-31,-22, -6; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 12 in 12 different sequences |
| Number of true positive hits | 12 in 12 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotic viruses |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | Peptidase C33 |
| Version [info] | 4 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
12 sequences
1ATF_PRRSS (P0DJY0), RPOA_EAVBU (P19811), RPOA_LDVC (Q06502), RPOA_LDVP (Q83017), RPOA_PRRS1 (Q9YN02), RPOA_PRRSB (Q8B912), RPOA_PRRSL (Q04561), RPOA_PRRSR (Q9WJB2), RPOA_PRRSS (A0MD28), RPOA_PRRSV (A6YQT5), RPOA_SHFV (Q68772), RPOTF_PRRSL (P0DJZ9)» more
|
| PDB [Detailed view] |
2 PDB
4IUM; 8EHN |