 |
|
| Entry: PS51865 |
General information about the entry
| Entry name [info] | PDZ_GRASP |
| Accession [info] | PS51865 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
12-SEP-2018 CREATED;
12-SEP-2018 DATA UPDATE; 10-FEB-2021 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51865 |
| Associated ProRule [info] | PRU01212; PRU01214 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | GRASP-type PDZ domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=91; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=91; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.9744649; R2=0.0142465; TEXT='-LogE'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=810; N_SCORE=13.5; MODE=1; TEXT='R'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=318; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='R?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='E'; M= 3, 1, 6, -2, 10,-25,-13, -8,-23, -5,-21,-16, 3,-14, 5, -9, 8, -2,-18,-34,-21, 8; /M: SY='G'; M= -2,-18,-25,-19,-24,-18, 30,-24,-10,-22,-13, -7,-10,-22,-22,-22, -5,-14, -2,-22,-21,-24; /M: SY='W'; M=-18,-33,-33,-36,-27, 34,-26,-19, -4,-23, 4, -4,-29,-30,-25,-19,-29,-18,-11, 62, 32,-23; /M: SY='H'; M=-20, -4,-30, -4, 0,-20,-20, 64,-30, 4,-20, -4, 6,-20, 10, 25,-10,-16,-26,-26, 9, 0; /M: SY='V'; M= -4,-30,-18,-33,-29, 1,-33,-29, 35,-24, 18, 14,-27,-27,-26,-23,-16, -4, 39,-26, -6,-29; /M: SY='L'; M= -9,-26,-19,-26,-19, 5,-29, -7, 16,-26, 35, 16,-25,-29,-18,-18,-24, -9, 12,-23, 1,-19; /M: SY='K'; M=-13, 4,-32, 5, 3,-22, -5, -8,-29, 9,-26,-18, 5,-16, 0, 8, -8,-13,-27, 2, -9, 2; /M: SY='V'; M= 0,-30,-10,-30,-30, 0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10, 0, 50,-30,-10,-30; /M: SY='E'; M=-12, 8,-30, 14, 29,-30,-21, -2,-17, 2,-16,-10, 0, -7, 20, -4, -3,-10,-21,-28,-14, 24; /M: SY='E'; M= -9, 17,-27, 22, 28,-29,-13, -2,-27, 2,-26,-22, 13, 5, 7, -5, 5, -5,-28,-35,-21, 17; /I: I=-12; MD=-25; /M: SY='B'; M= -9, 32,-19, 31, 7,-23, -3, 2,-23, -1,-25,-20, 30,-12, 0, -5, 9, -1,-22,-33,-17, 3; D=-12; /I: I=-12; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25; /M: SY='S'; M= 8, 0, -8, 0, 0,-17, 0, -8,-17, -8,-25,-17, 8, -8, 0, -8, 33, 17, -8,-33,-17, 0; D=-12; /I: I=-12; DM=-25; /M: SY='P'; M= -8,-13,-31, -6, 2,-25,-17,-15,-18, 3,-25,-15,-13, 56, -5, -7, -8, -8,-23,-23,-21, -5; D=-12; /I: I=-12; DM=-25; /M: SY='A'; M= 27,-11,-11,-17,-13,-15, 5,-18, -6,-11, -8, -7,-10,-13,-13,-17, 4, -3, 4,-18,-16,-13; D=-12; /I: I=-12; DM=-25; /M: SY='A'; M= 10,-11,-21,-17, -9, -9,-14, 10, -7, -8, -6, 6,-10,-17, 3,-10, -5, -7, -8,-12, 9, -5; /M: SY='R'; M=-13, -2,-26, -6, 1,-19,-19, 0,-14, 5, -6, -2, 4,-19, 16, 18, -8, -8,-18,-24,-10, 7; /M: SY='A'; M= 38,-13,-12,-23,-13, -3, -5,-20, -8,-13, -7, -8,-12,-13,-15,-20, 5, -2, 0,-15,-11,-13; /M: SY='G'; M= -4, -7,-27, -7, -6,-28, 27,-10,-32, -4,-26,-15, 2,-17, 2, 4, 4,-10,-25,-23,-21, -3; /M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-32,-22, 8,-32,-22, 26,-30, 44, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 14,-20, 0,-22; /M: SY='E'; M=-11, -3,-27, 2, 25,-25,-22, -3,-19, 10,-15,-10, -5,-11, 17, 15, -4, -8,-15,-26,-14, 20; /M: SY='P'; M= -3,-13,-29, -6, 0,-26,-13,-16,-20,-10,-30,-20, -9, 54, -6,-16, 8, 1,-23,-34,-26, -6; /M: SY='Y'; M=-20,-21,-27,-24,-21, 40,-29, 16, -3,-16, 1, 0,-17,-29,-17,-12,-19,-11, -9, 18, 58,-21; /M: SY='F'; M=-13,-15,-21,-19, -8, 31,-24, -8, -8,-15, -3, -7,-11,-21,-17,-13, -5, 1, -8, -3, 21,-12; /M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 10; /M: SY='Y'; M=-20,-24,-26,-29,-24, 52,-30, 2, 0,-19, 4, 0,-20,-30,-23,-14,-20,-10, -6, 21, 58,-24; /M: SY='I'; M= -9,-30,-27,-39,-30, 0,-39,-30, 47,-29, 19, 19,-21,-21,-21,-29,-19, -9, 33,-21, -1,-30; /M: SY='V'; M= -2,-24,-15,-28,-26, -2,-30,-28, 27,-20, 8, 8,-22,-24,-24,-20, -7, 7, 36,-28, -8,-26; /M: SY='G'; M= 11, -7,-21,-11,-14,-24, 37,-19,-28,-16,-24,-17, -1,-16,-14,-17, 10, -3,-18,-24,-24,-14; /M: SY='V'; M= 1,-19,-17,-26,-21, 7,-24,-23, 13,-20, 2, 2,-14,-20,-20,-20, -1, 6, 16,-21, -3,-21; /M: SY='N'; M=-11, 27,-27, 23, 2,-27, 3, -1,-27, -4,-30,-22, 31, -1, -4, -8, 3, -6,-30,-36,-23, -2; /I: I=-8; MD=-16; /M: SY='G'; M= -6, 5,-18, 9, -3,-19, 18, 5,-23, -8,-17,-12, 5,-11, -5, -8, -1,-11,-18,-17,-11, -5; D=-8; /I: I=-8; MI=0; MD=-16; IM=0; DM=-16; /M: SY='S'; M= 1, -7,-13, -9, -9,-10, 4,-12, -2,-12, -9, -5, -1,-10, -7,-12, 6, 0, -2,-17,-10, -9; D=-8; /I: I=-8; DM=-16; /M: SY='R'; M=-13,-12,-24,-13, 2, 0,-24, -8,-12, -2, -1, -3, -9,-18, 1, 11, -9, -4,-12,-18, -3, 1; /M: SY='L'; M= -4,-22,-20,-23,-19, -4,-11,-21, 9,-24, 16, 6,-17,-24,-18,-20,-10, -5, 7,-24, -9,-19; /M: SY='N'; M=-12, 5,-22, -6,-11, -2,-14, 5, -1, -8, -2, 9, 14,-23, -4, -7, -8, -6,-11,-20, 5, -9; /M: SY='K'; M= -8, -4,-29, -6, -2,-26, -1, -7,-20, 7,-21, -3, 0, 3, 5, 0, -6,-11,-21,-24,-17, 1; /M: SY='D'; M=-13, 28,-27, 40, 29,-32,-15, -3,-32, 2,-23,-23, 10, -6, 5, -6, 3, -1,-25,-35,-18, 17; /M: SY='N'; M= -5, 1,-25, -2, -7,-15, 2, -3,-20, -9,-25,-17, 10, 1, -7,-11, 7, -2,-22,-23, -6, -8; /M: SY='E'; M=-10, 15,-26, 24, 28,-29,-14, -2,-31, 7,-24,-21, 7, -8, 9, 8, 6, -4,-25,-33,-18, 18; /M: SY='R'; M=-12, 6,-23, 6, 0,-20,-18, -7,-18, 8,-14, -1, 1,-14, 1, 10, -2, 5,-12,-27,-10, -1; /M: SY='F'; M= -4,-27,-20,-33,-23, 26,-27,-22, 14,-27, 23, 9,-22,-25,-25,-22,-19, -8, 9,-11, 6,-23; /M: SY='F'; M=-11,-15,-21,-21,-13, 11,-24,-14, -2, -3, 5, 10,-13,-20,-12, -4,-12, 0, -2,-15, 3,-11; /M: SY='S'; M= 17, 4,-13, 2, -2,-21, -4,-13,-18, -9,-21,-17, 4,-10, -4,-13, 23, 14, -8,-33,-19, -3; /I: I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='L'; M= -8,-24,-18,-26,-18, 6,-26,-18, 21,-24, 35, 16,-23,-23,-16,-18,-23, -8, 12,-16, 0,-18; D=-14; /I: I=-14; DM=-29; /M: SY='L'; M=-12,-30,-24,-36,-26, 18,-34,-24, 28,-30, 32, 17,-24,-26,-23,-24,-24,-10, 16,-15, 5,-26; /M: SY='E'; M=-10, 5,-26, 5, 22,-21,-18, -5,-19, 11,-11,-10, 5,-12, 6, 4, -7, -8,-20,-27,-14, 14; /M: SY='S'; M= 10, -3,-17, -5, 7,-21, -9,-10,-20, 1,-19,-15, 0,-10, 2, 4, 14, 7,-12,-28,-17, 3; /M: SY='H'; M=-17, 20,-27, 18, 4,-24,-13, 58,-29, -6,-24,-11, 24,-18, 6, -2, -3,-13,-30,-34, 2, 2; /M: SY='C'; M= -4,-13, 6,-13, -2,-13,-22,-18, -5,-14, -3, -6,-14,-21,-11,-15, -1, -2, 4,-34,-16, -6; /M: SY='G'; M= 3, 5,-23, 3, 8,-25, 16, -8,-27, -6,-25,-19, 10,-12, -2,-10, 10, -5,-23,-29,-23, 3; /M: SY='R'; M=-13, -7,-32, -5, 5,-27,-20, -9,-28, 32,-27,-12, -4, 6, 6, 34,-10,-10,-22,-22,-14, 3; /M: SY='P'; M= -8,-11,-33, -4, 10,-27,-20,-16,-20, -6,-25,-18,-13, 56, -4,-15, -3, 0,-25,-30,-25, -1; /M: SY='L'; M= -6,-30,-16,-30,-24, 6,-30,-24, 24,-26, 32, 16,-30,-30,-24,-20,-21, -6, 28,-24, -4,-24; /M: SY='K'; M=-10, -2,-26, -3, 5,-25,-20,-10,-26, 36,-25,-10, 0,-12, 6, 29, -4, 1,-16,-22,-10, 5; /M: SY='L'; M= -8,-29,-18,-30,-22, 7,-29,-19, 22,-26, 39, 24,-29,-29,-19,-19,-25, -8, 17,-22, -2,-20; /M: SY='Y'; M=-13, -2,-26, -3, 8, -3,-21, 4, -8, -5, -2, 1, -1,-18, 1, -7,-10, -8,-14,-13, 11, 3; /M: SY='V'; M= -5,-30,-19,-35,-30, 0,-35,-30, 39,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 41,-25, -5,-30; /M: SY='Y'; M=-20,-27,-30,-30,-25, 42,-28, -1, -3,-18, 0, -3,-23,-30,-21,-15,-23,-13,-10, 44, 56,-23; /M: SY='N'; M= 0, 20,-15, 10, 0,-20, 0, 0,-20, -5,-30,-20, 35,-15, 0, -5, 25, 10,-20,-40,-20, 0; /M: SY='A'; M= 5,-10,-16,-14, -9,-11,-13, 4, -6,-14, -2, 3, -6,-17, -5,-12, 5, 4, -4,-28, -7, -8; /M: SY='K'; M=-13, 2,-30, 4, 6,-22,-20, -4,-26, 35,-25,-11, -1,-13, 6, 20,-10,-10,-20,-14, 3, 5; /M: SY='G'; M= -2, -5,-20, -9,-11,-20, 15,-16,-25, -7,-21,-15, 1,-15, -9, -1, 11, 12,-15,-26,-18,-11; /M: SY='D'; M=-12, 11,-27, 18, 3,-27, -2, -4,-21, -7,-12, -5, 1,-16, 5, -9, -6,-12,-20,-28,-15, 4; /M: SY='S'; M= -4, -1,-20, -6, 1,-16,-16,-11, -8, -5,-15,-10, 5,-13, -2, -2, 11, 10, -7,-31,-13, -2; /M: SY='C'; M= -7,-17, 17,-25,-22, 7,-27,-24, -4,-22, 1, -4,-16,-25,-23,-19, -4, 12, 5,-27, -7,-22; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='E'; M=-12, 13,-30, 22, 37,-33,-18, 0,-30, 16,-24,-17, 3, -5, 21, 6, -2,-10,-28,-28,-17, 29; /M: SY='V'; M= -2,-19,-13,-19,-12, -6,-27,-24, 14,-14, 2, 2,-21,-22,-19,-15, -4, 5, 30,-30,-12,-15; /M: SY='T'; M= -6, 2,-20, -4, -2, -8,-17, -5, -7, -8,-13, -9, 7,-15, -4, -9, 7, 13, -9,-22, 2, -5; /M: SY='I'; M= -6,-30,-22,-36,-30, 0,-36,-30, 42,-26, 16, 16,-24,-24,-24,-26,-16, -6, 38,-24, -4,-30; /M: SY='T'; M= 0, -8,-14,-12,-10,-13,-19,-19, -5, -1,-12, -6, -7,-15,-10, -5, 9, 20, 8,-30,-12,-10; /I: I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12; /M: SY='P'; M=-10,-22,-38,-16, -6,-24,-24,-22, -7,-14,-21,-12,-20, 69,-12,-22,-12,-10,-19,-28,-24,-14; /M: SY='N'; M= -2, 23,-16, 12, 0,-20, 0, 2,-20, -4,-30,-20, 39,-16, 0, -4, 23, 8,-22,-40,-20, 0; /M: SY='S'; M= 5, 7,-16, 1, -1,-20, -3, -5,-20, -1,-26,-17, 19,-14, 0, 4, 21, 8,-15,-34,-18, -1; /M: SY='H'; M= 2, -1,-23, -1, -7,-19, 1, 5,-16,-12, -7, -2, -3,-17, -7,-14, -6,-11,-13,-25,-10, -8; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='W'; M=-15,-24,-37,-22, -9, 1,-16,-19,-18,-11,-16,-16,-26,-19, -9,-13,-26,-21,-24, 91, 16, -6; D=-11; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='G'; M= 9, -8,-21,-10,-15,-23, 45,-16,-27,-15,-21,-15, -2,-15,-15,-16, 2,-13,-19,-16,-23,-15; D=-11; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='G'; M= -3, -6,-24, -6,-13,-23, 41, 4,-31,-15,-23,-13, 2,-16,-11,-13, -2,-16,-24,-18,-16,-13; D=-11; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='Q'; M= -8, 9,-23, 8, 22,-27,-13, 6,-19, 7,-18, -8, 9, -7, 30, 4, 2, -7,-24,-22,-12, 26; D=-11; /I: I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23; /M: SY='G'; M= -4, -5,-30, -3, 2,-32, 38,-11,-35, -9,-26,-17, 0,-15, 1,-11, 0,-16,-30,-22,-25, 2; /M: SY='A'; M= 14,-11,-16,-14, -6,-14,-11,-16, -9, -4, -3, -5, -8,-15, -6, -8, 3, 0, -4,-25,-13, -6; /M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-33,-23, 7,-33,-23, 30,-30, 40, 20,-27,-27,-20,-23,-27,-10, 17,-20, 0,-23; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='C'; M= -3,-22, 37,-31,-26, 4,-25,-21, -5,-22, -2, 4,-20,-30,-24,-22,-11, -7, 5,-28,-10,-24; /M: SY='G'; M= 1,-10,-21,-10,-12,-22, 18,-18,-20, -6,-22,-13, -3,-18,-12, -9, 6, -4, -8,-27,-20,-12; /M: SY='I'; M= -6,-30,-19,-34,-28, 2,-34,-28, 35,-26, 21, 16,-26,-26,-24,-24,-17, -6, 35,-24, -4,-28; /M: SY='Q'; M= -9, -6,-30, -6, -1,-31, 15, -4,-30, 3,-24,-10, 0,-16, 16, 13, -3,-14,-27,-20,-18, 7; /M: SY='W'; M=-20,-27,-35,-29,-23, 28,-25, 4,-12,-19, -8, -7,-23,-28,-18,-15,-26,-19,-18, 59, 40,-19; /M: SY='G'; M= 7,-11, 15,-17,-19,-22, 16,-23,-27,-19,-20,-16, -7,-21,-19,-21, 3, -2,-14,-29,-25,-19; /M: SY='S'; M= -2,-13,-20,-11, -9, -7,-15, -8, -8,-12,-17,-11, -8, -1, -9,-13, 10, 5, -4,-20, 3,-11; /M: SY='L'; M=-13,-30,-22,-34,-24, 26,-32,-22, 21,-30, 34, 15,-26,-28,-25,-22,-26,-10, 11,-12, 8,-24; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Post-processing [info]
| COMPETES_HIT_WITH | PS50106 |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 16 in 8 different sequences |
| Number of true positive hits | 16 in 8 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 2 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | PDZ GRASP-type |
| Version [info] | 1 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
8 sequences
GORS1_HUMAN (Q9BQQ3 ), GORS1_MOUSE (Q91X51 ), GORS1_RAT (O35254 ), GORS2_HUMAN (Q9H8Y8 ), GORS2_MOUSE (Q99JX3 ), GORS2_RAT (Q9R064 ), GRH1_YEAST (Q04410 ), YAT2_SCHPO (Q10149 )» more
|
| PDB [Detailed view] |
12 PDB
3RLE; 4EDJ; 4KFV; 4KFW; 4REY; 5GMI; 5GMJ; 5GML; 5H3J; 6G8T; 6G8W; 6G8Y |
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission