PROSITE

Home | Contact

	Home ScanProsite ProRule Documents Downloads Links Funding
	Entry: PS51865

General information about the entry

Entry name [info]

PDZ_GRASP

Accession [info]

PS51865

Entry type [info]

MATRIX

Date [info]

12-SEP-2018 CREATED;
12-SEP-2018 DATA UPDATE;
13-FEB-2019 INFO UPDATE.

PROSITE Doc. [info]

PDOC51865

Associated ProRule [info]

PRU01212; PRU01214

Name and characterization of the entry

Description [info]

GRASP-type PDZ domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=91;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=91;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.9744649; R2=0.0142465; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=810; N_SCORE=13.5; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=318; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='E';  M=  3,  1,  6, -2, 10,-25,-13, -8,-23, -5,-21,-16,  3,-14,  5, -9,  8, -2,-18,-34,-21,  8;
/M: SY='G';  M= -2,-18,-25,-19,-24,-18, 30,-24,-10,-22,-13, -7,-10,-22,-22,-22, -5,-14, -2,-22,-21,-24;
/M: SY='W';  M=-18,-33,-33,-36,-27, 34,-26,-19, -4,-23,  4, -4,-29,-30,-25,-19,-29,-18,-11, 62, 32,-23;
/M: SY='H';  M=-20, -4,-30, -4,  0,-20,-20, 64,-30,  4,-20, -4,  6,-20, 10, 25,-10,-16,-26,-26,  9,  0;
/M: SY='V';  M= -4,-30,-18,-33,-29,  1,-33,-29, 35,-24, 18, 14,-27,-27,-26,-23,-16, -4, 39,-26, -6,-29;
/M: SY='L';  M= -9,-26,-19,-26,-19,  5,-29, -7, 16,-26, 35, 16,-25,-29,-18,-18,-24, -9, 12,-23,  1,-19;
/M: SY='K';  M=-13,  4,-32,  5,  3,-22, -5, -8,-29,  9,-26,-18,  5,-16,  0,  8, -8,-13,-27,  2, -9,  2;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='E';  M=-12,  8,-30, 14, 29,-30,-21, -2,-17,  2,-16,-10,  0, -7, 20, -4, -3,-10,-21,-28,-14, 24;
/M: SY='E';  M= -9, 17,-27, 22, 28,-29,-13, -2,-27,  2,-26,-22, 13,  5,  7, -5,  5, -5,-28,-35,-21, 17;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='B';  M= -9, 32,-19, 31,  7,-23, -3,  2,-23, -1,-25,-20, 30,-12,  0, -5,  9, -1,-22,-33,-17,  3; D=-12;
/I:         I=-12; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='S';  M=  8,  0, -8,  0,  0,-17,  0, -8,-17, -8,-25,-17,  8, -8,  0, -8, 33, 17, -8,-33,-17,  0; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='P';  M= -8,-13,-31, -6,  2,-25,-17,-15,-18,  3,-25,-15,-13, 56, -5, -7, -8, -8,-23,-23,-21, -5; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='A';  M= 27,-11,-11,-17,-13,-15,  5,-18, -6,-11, -8, -7,-10,-13,-13,-17,  4, -3,  4,-18,-16,-13; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='A';  M= 10,-11,-21,-17, -9, -9,-14, 10, -7, -8, -6,  6,-10,-17,  3,-10, -5, -7, -8,-12,  9, -5;
/M: SY='R';  M=-13, -2,-26, -6,  1,-19,-19,  0,-14,  5, -6, -2,  4,-19, 16, 18, -8, -8,-18,-24,-10,  7;
/M: SY='A';  M= 38,-13,-12,-23,-13, -3, -5,-20, -8,-13, -7, -8,-12,-13,-15,-20,  5, -2,  0,-15,-11,-13;
/M: SY='G';  M= -4, -7,-27, -7, -6,-28, 27,-10,-32, -4,-26,-15,  2,-17,  2,  4,  4,-10,-25,-23,-21, -3;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-22,-32,-22,  8,-32,-22, 26,-30, 44, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 14,-20,  0,-22;
/M: SY='E';  M=-11, -3,-27,  2, 25,-25,-22, -3,-19, 10,-15,-10, -5,-11, 17, 15, -4, -8,-15,-26,-14, 20;
/M: SY='P';  M= -3,-13,-29, -6,  0,-26,-13,-16,-20,-10,-30,-20, -9, 54, -6,-16,  8,  1,-23,-34,-26, -6;
/M: SY='Y';  M=-20,-21,-27,-24,-21, 40,-29, 16, -3,-16,  1,  0,-17,-29,-17,-12,-19,-11, -9, 18, 58,-21;
/M: SY='F';  M=-13,-15,-21,-19, -8, 31,-24, -8, -8,-15, -3, -7,-11,-21,-17,-13, -5,  1, -8, -3, 21,-12;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='Y';  M=-20,-24,-26,-29,-24, 52,-30,  2,  0,-19,  4,  0,-20,-30,-23,-14,-20,-10, -6, 21, 58,-24;
/M: SY='I';  M= -9,-30,-27,-39,-30,  0,-39,-30, 47,-29, 19, 19,-21,-21,-21,-29,-19, -9, 33,-21, -1,-30;
/M: SY='V';  M= -2,-24,-15,-28,-26, -2,-30,-28, 27,-20,  8,  8,-22,-24,-24,-20, -7,  7, 36,-28, -8,-26;
/M: SY='G';  M= 11, -7,-21,-11,-14,-24, 37,-19,-28,-16,-24,-17, -1,-16,-14,-17, 10, -3,-18,-24,-24,-14;
/M: SY='V';  M=  1,-19,-17,-26,-21,  7,-24,-23, 13,-20,  2,  2,-14,-20,-20,-20, -1,  6, 16,-21, -3,-21;
/M: SY='N';  M=-11, 27,-27, 23,  2,-27,  3, -1,-27, -4,-30,-22, 31, -1, -4, -8,  3, -6,-30,-36,-23, -2;
/I:         I=-8; MD=-16;
/M: SY='G';  M= -6,  5,-18,  9, -3,-19, 18,  5,-23, -8,-17,-12,  5,-11, -5, -8, -1,-11,-18,-17,-11, -5; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-16; IM=0; DM=-16;
/M: SY='S';  M=  1, -7,-13, -9, -9,-10,  4,-12, -2,-12, -9, -5, -1,-10, -7,-12,  6,  0, -2,-17,-10, -9; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-16;
/M: SY='R';  M=-13,-12,-24,-13,  2,  0,-24, -8,-12, -2, -1, -3, -9,-18,  1, 11, -9, -4,-12,-18, -3,  1;
/M: SY='L';  M= -4,-22,-20,-23,-19, -4,-11,-21,  9,-24, 16,  6,-17,-24,-18,-20,-10, -5,  7,-24, -9,-19;
/M: SY='N';  M=-12,  5,-22, -6,-11, -2,-14,  5, -1, -8, -2,  9, 14,-23, -4, -7, -8, -6,-11,-20,  5, -9;
/M: SY='K';  M= -8, -4,-29, -6, -2,-26, -1, -7,-20,  7,-21, -3,  0,  3,  5,  0, -6,-11,-21,-24,-17,  1;
/M: SY='D';  M=-13, 28,-27, 40, 29,-32,-15, -3,-32,  2,-23,-23, 10, -6,  5, -6,  3, -1,-25,-35,-18, 17;
/M: SY='N';  M= -5,  1,-25, -2, -7,-15,  2, -3,-20, -9,-25,-17, 10,  1, -7,-11,  7, -2,-22,-23, -6, -8;
/M: SY='E';  M=-10, 15,-26, 24, 28,-29,-14, -2,-31,  7,-24,-21,  7, -8,  9,  8,  6, -4,-25,-33,-18, 18;
/M: SY='R';  M=-12,  6,-23,  6,  0,-20,-18, -7,-18,  8,-14, -1,  1,-14,  1, 10, -2,  5,-12,-27,-10, -1;
/M: SY='F';  M= -4,-27,-20,-33,-23, 26,-27,-22, 14,-27, 23,  9,-22,-25,-25,-22,-19, -8,  9,-11,  6,-23;
/M: SY='F';  M=-11,-15,-21,-21,-13, 11,-24,-14, -2, -3,  5, 10,-13,-20,-12, -4,-12,  0, -2,-15,  3,-11;
/M: SY='S';  M= 17,  4,-13,  2, -2,-21, -4,-13,-18, -9,-21,-17,  4,-10, -4,-13, 23, 14, -8,-33,-19, -3;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='L';  M= -8,-24,-18,-26,-18,  6,-26,-18, 21,-24, 35, 16,-23,-23,-16,-18,-23, -8, 12,-16,  0,-18; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='L';  M=-12,-30,-24,-36,-26, 18,-34,-24, 28,-30, 32, 17,-24,-26,-23,-24,-24,-10, 16,-15,  5,-26;
/M: SY='E';  M=-10,  5,-26,  5, 22,-21,-18, -5,-19, 11,-11,-10,  5,-12,  6,  4, -7, -8,-20,-27,-14, 14;
/M: SY='S';  M= 10, -3,-17, -5,  7,-21, -9,-10,-20,  1,-19,-15,  0,-10,  2,  4, 14,  7,-12,-28,-17,  3;
/M: SY='H';  M=-17, 20,-27, 18,  4,-24,-13, 58,-29, -6,-24,-11, 24,-18,  6, -2, -3,-13,-30,-34,  2,  2;
/M: SY='C';  M= -4,-13,  6,-13, -2,-13,-22,-18, -5,-14, -3, -6,-14,-21,-11,-15, -1, -2,  4,-34,-16, -6;
/M: SY='G';  M=  3,  5,-23,  3,  8,-25, 16, -8,-27, -6,-25,-19, 10,-12, -2,-10, 10, -5,-23,-29,-23,  3;
/M: SY='R';  M=-13, -7,-32, -5,  5,-27,-20, -9,-28, 32,-27,-12, -4,  6,  6, 34,-10,-10,-22,-22,-14,  3;
/M: SY='P';  M= -8,-11,-33, -4, 10,-27,-20,-16,-20, -6,-25,-18,-13, 56, -4,-15, -3,  0,-25,-30,-25, -1;
/M: SY='L';  M= -6,-30,-16,-30,-24,  6,-30,-24, 24,-26, 32, 16,-30,-30,-24,-20,-21, -6, 28,-24, -4,-24;
/M: SY='K';  M=-10, -2,-26, -3,  5,-25,-20,-10,-26, 36,-25,-10,  0,-12,  6, 29, -4,  1,-16,-22,-10,  5;
/M: SY='L';  M= -8,-29,-18,-30,-22,  7,-29,-19, 22,-26, 39, 24,-29,-29,-19,-19,-25, -8, 17,-22, -2,-20;
/M: SY='Y';  M=-13, -2,-26, -3,  8, -3,-21,  4, -8, -5, -2,  1, -1,-18,  1, -7,-10, -8,-14,-13, 11,  3;
/M: SY='V';  M= -5,-30,-19,-35,-30,  0,-35,-30, 39,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 41,-25, -5,-30;
/M: SY='Y';  M=-20,-27,-30,-30,-25, 42,-28, -1, -3,-18,  0, -3,-23,-30,-21,-15,-23,-13,-10, 44, 56,-23;
/M: SY='N';  M=  0, 20,-15, 10,  0,-20,  0,  0,-20, -5,-30,-20, 35,-15,  0, -5, 25, 10,-20,-40,-20,  0;
/M: SY='A';  M=  5,-10,-16,-14, -9,-11,-13,  4, -6,-14, -2,  3, -6,-17, -5,-12,  5,  4, -4,-28, -7, -8;
/M: SY='K';  M=-13,  2,-30,  4,  6,-22,-20, -4,-26, 35,-25,-11, -1,-13,  6, 20,-10,-10,-20,-14,  3,  5;
/M: SY='G';  M= -2, -5,-20, -9,-11,-20, 15,-16,-25, -7,-21,-15,  1,-15, -9, -1, 11, 12,-15,-26,-18,-11;
/M: SY='D';  M=-12, 11,-27, 18,  3,-27, -2, -4,-21, -7,-12, -5,  1,-16,  5, -9, -6,-12,-20,-28,-15,  4;
/M: SY='S';  M= -4, -1,-20, -6,  1,-16,-16,-11, -8, -5,-15,-10,  5,-13, -2, -2, 11, 10, -7,-31,-13, -2;
/M: SY='C';  M= -7,-17, 17,-25,-22,  7,-27,-24, -4,-22,  1, -4,-16,-25,-23,-19, -4, 12,  5,-27, -7,-22;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='E';  M=-12, 13,-30, 22, 37,-33,-18,  0,-30, 16,-24,-17,  3, -5, 21,  6, -2,-10,-28,-28,-17, 29;
/M: SY='V';  M= -2,-19,-13,-19,-12, -6,-27,-24, 14,-14,  2,  2,-21,-22,-19,-15, -4,  5, 30,-30,-12,-15;
/M: SY='T';  M= -6,  2,-20, -4, -2, -8,-17, -5, -7, -8,-13, -9,  7,-15, -4, -9,  7, 13, -9,-22,  2, -5;
/M: SY='I';  M= -6,-30,-22,-36,-30,  0,-36,-30, 42,-26, 16, 16,-24,-24,-24,-26,-16, -6, 38,-24, -4,-30;
/M: SY='T';  M=  0, -8,-14,-12,-10,-13,-19,-19, -5, -1,-12, -6, -7,-15,-10, -5,  9, 20,  8,-30,-12,-10;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='P';  M=-10,-22,-38,-16, -6,-24,-24,-22, -7,-14,-21,-12,-20, 69,-12,-22,-12,-10,-19,-28,-24,-14;
/M: SY='N';  M= -2, 23,-16, 12,  0,-20,  0,  2,-20, -4,-30,-20, 39,-16,  0, -4, 23,  8,-22,-40,-20,  0;
/M: SY='S';  M=  5,  7,-16,  1, -1,-20, -3, -5,-20, -1,-26,-17, 19,-14,  0,  4, 21,  8,-15,-34,-18, -1;
/M: SY='H';  M=  2, -1,-23, -1, -7,-19,  1,  5,-16,-12, -7, -2, -3,-17, -7,-14, -6,-11,-13,-25,-10, -8;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='W';  M=-15,-24,-37,-22, -9,  1,-16,-19,-18,-11,-16,-16,-26,-19, -9,-13,-26,-21,-24, 91, 16, -6; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='G';  M=  9, -8,-21,-10,-15,-23, 45,-16,-27,-15,-21,-15, -2,-15,-15,-16,  2,-13,-19,-16,-23,-15; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='G';  M= -3, -6,-24, -6,-13,-23, 41,  4,-31,-15,-23,-13,  2,-16,-11,-13, -2,-16,-24,-18,-16,-13; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='Q';  M= -8,  9,-23,  8, 22,-27,-13,  6,-19,  7,-18, -8,  9, -7, 30,  4,  2, -7,-24,-22,-12, 26; D=-11;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='G';  M= -4, -5,-30, -3,  2,-32, 38,-11,-35, -9,-26,-17,  0,-15,  1,-11,  0,-16,-30,-22,-25,  2;
/M: SY='A';  M= 14,-11,-16,-14, -6,-14,-11,-16, -9, -4, -3, -5, -8,-15, -6, -8,  3,  0, -4,-25,-13, -6;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-23,-33,-23,  7,-33,-23, 30,-30, 40, 20,-27,-27,-20,-23,-27,-10, 17,-20,  0,-23;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='C';  M= -3,-22, 37,-31,-26,  4,-25,-21, -5,-22, -2,  4,-20,-30,-24,-22,-11, -7,  5,-28,-10,-24;
/M: SY='G';  M=  1,-10,-21,-10,-12,-22, 18,-18,-20, -6,-22,-13, -3,-18,-12, -9,  6, -4, -8,-27,-20,-12;
/M: SY='I';  M= -6,-30,-19,-34,-28,  2,-34,-28, 35,-26, 21, 16,-26,-26,-24,-24,-17, -6, 35,-24, -4,-28;
/M: SY='Q';  M= -9, -6,-30, -6, -1,-31, 15, -4,-30,  3,-24,-10,  0,-16, 16, 13, -3,-14,-27,-20,-18,  7;
/M: SY='W';  M=-20,-27,-35,-29,-23, 28,-25,  4,-12,-19, -8, -7,-23,-28,-18,-15,-26,-19,-18, 59, 40,-19;
/M: SY='G';  M=  7,-11, 15,-17,-19,-22, 16,-23,-27,-19,-20,-16, -7,-21,-19,-21,  3, -2,-14,-29,-25,-19;
/M: SY='S';  M= -2,-13,-20,-11, -9, -7,-15, -8, -8,-12,-17,-11, -8, -1, -9,-13, 10,  5, -4,-20,  3,-11;
/M: SY='L';  M=-13,-30,-22,-34,-24, 26,-32,-22, 21,-30, 34, 15,-26,-28,-25,-22,-26,-10, 11,-12,  8,-24;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Post-processing [info]

COMPETES_HIT_WITH

PS50106

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2019_02 which contains 559'228 sequence entries.

Total number of hits

16 in 8 different sequences

Number of true positive hits

16 in 8 different sequences

Number of 'unknown' hits

Number of false positive hits

Number of false negative sequences

Number of 'partial' sequences

Precision (true positives / (true positives + false positives))

100.00 %

Recall (true positives / (true positives + false negatives))

100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]

protein_domain

Scaling database [info]

reversed

Author [info]

CJA_Sigrist

Taxonomic range [info]

Eukaryotes

Maximum number of repetitions [info]

Feature key [info]

DOMAIN

Feature description [info]

PDZ GRASP-type

Version [info]

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

8 sequences

GORS1_HUMAN (Q9BQQ3    ), GORS1_MOUSE (Q91X51    ), GORS1_RAT   (O35254    ),

GORS2_HUMAN (Q9H8Y8    ), GORS2_MOUSE (Q99JX3    ), GORS2_RAT   (Q9R064    ), 
GRH1_YEAST  (Q04410    ), YAT2_SCHPO  (Q10149    )

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

9 PDB

3RLE; 4EDJ; 4KFV; 4KFW; 4REY; 5GMI; 5GMJ; 5GML; 5H3J

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

SIB Swiss Institute of Bioinformatics | Disclaimer

Back to the Top