Due to maintenance work, this service will be unavailable from
Mon Nov 11 17:30 until
Tue Nov 12 09:00
CET.
Apologies for the inconvenience.
PROSITE entry PS51949
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | COV_NSP7 |
| Accession [info] | PS51949 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
07-APR-2021 CREATED;
07-APR-2021 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51948 |
| Associated ProRule [info] | PRU01294 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=83; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=78; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.6425433; R2=0.0153458; TEXT='-LogE'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5855.2900391; R2=8.2899733; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=610; H_SCORE=10912; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=317; H_SCORE=8483; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='N'; M= 2, 17,-14, 8, 0,-20, 0, -2,-20, -6,-30,-20, 31,-14, 0, -6, 28, 12,-18,-40,-20, 0; /M: SY='K'; M=-13, -3,-30, -3, 7,-27,-20, -7,-30, 45,-27,-10, 0,-13, 10, 41,-10,-10,-20,-20,-10, 7; /M: SY='L'; M= -7,-23,-18,-27,-20, 3,-27,-19, 18,-22, 29, 21,-23,-24,-16,-17,-17, 1, 14,-23, -3,-19; /M: SY='T'; M= -2,-12,-14,-16,-12, -4,-20,-18, 0,-18, 11, 0,-10,-18,-12,-14, 4, 19, 2,-28, -8,-12; /M: SY='D'; M=-19, 47,-30, 66, 23,-39,-11, 0,-39, 1,-29,-29, 18, -9, 2, -9, 0,-10,-30,-39,-20, 13; /M: SY='V'; M= 13,-23,-15,-28,-22, -6,-21,-23, 18,-18, 9, 10,-21,-21,-19,-21, -7, -3, 24,-24,-10,-21; /M: SY='K'; M=-10, 0,-30, 0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10, 0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10; /M: SY='C'; M= 15,-16, 66,-26,-22,-20,-18,-26,-22,-22,-16,-16,-16,-28,-22,-26, -2, -6, -6,-38,-26,-22; /M: SY='T'; M= 4, -3,-10,-12,-11,-11,-18,-20, -7,-11,-10, -9, -2,-12,-11,-11, 18, 41, 3,-30,-11,-11; /M: SY='N'; M= 18, 11,-14, -2, -5,-19, -2, -8,-15, -6,-20,-15, 19,-14, -5,-10, 14, 8,-12,-31,-19, -5; /M: SY='V'; M= 0,-30,-10,-30,-30, 0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10, 0, 50,-30,-10,-30; /M: SY='V'; M= -3,-30,-14,-31,-29, 1,-31,-29, 31,-23, 17, 13,-29,-29,-27,-21,-14, -3, 42,-27, -7,-29; /M: SY='L'; M= -7,-30,-18,-31,-24, 6,-31,-24, 26,-27, 34, 17,-29,-29,-23,-21,-23, -7, 25,-23, -3,-24; /M: SY='L'; M= 15,-20,-16,-26,-16, -4,-16,-16, 8,-18, 20, 15,-20,-20,-12,-18,-12, -6, 6,-20, -8,-14; /M: SY='N'; M= -6, 17,-23, 7, -1,-26, 12, 1,-25, -4,-28,-16, 29,-17, 7, -4, 9, -5,-28,-31,-20, 3; /M: SY='L'; M= -9,-27, 10,-31,-24, 1,-30,-22, 13,-27, 26, 14,-26,-31,-22,-22,-22, -9, 11,-27, -7,-23; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='E'; M= -6, 9,-23, 14, 23,-29,-14, -2,-24, 2,-23,-15, 5, -7, 19, -2, 11, 4,-22,-31,-16, 21; /M: SY='K'; M=-10, 3,-28, 2, 8,-28,-17, 9,-28, 29,-28, -9, 7,-12, 14, 19, -4, -9,-23,-24, -7, 10; /M: SY='L'; M= 3,-22,-16,-27,-19, -1,-22,-17, 14,-19, 22, 20,-22,-23,-15,-17,-14, -3, 14,-22, -6,-17; /M: SY='G'; M= -9, 5,-27, 0, -8,-24, 22, 17,-32, -7,-27,-14, 18,-20, -5, -1, -1,-14,-29,-27,-14, -8; /M: SY='V'; M= 2,-28,-13,-31,-28, -2,-29,-29, 30,-21, 10, 10,-27,-27,-27,-22,-10, -2, 43,-28, -9,-28; /M: SY='T'; M= 8, -2,-17, -4, 11,-17,-15,-13,-14, -6,-10,-11, -4, -9, -1,-10, 9, 14, -9,-28,-15, 5; /M: SY='N'; M= 10, 12,-14, 3, -2,-20, 0, -5,-18, -6,-26,-18, 24,-14, -2, -8, 24, 9,-15,-36,-20, -2; /M: SY='N'; M= -6, 16,-21, 8, 3,-23, -8, -2,-23, 16,-29,-16, 26,-14, 3, 8, 9, 3,-21,-32,-16, 3; /M: SY='H'; M= -1, 0,-17, -1, -1,-19, -8, 25,-22,-10,-25,-13, 9,-13, 2, -7, 22, 10,-16,-36, -6, -1; /M: SY='K'; M= -3, 0,-25, 1, 16,-26,-18,-10,-23, 25,-23,-12, -2, -9, 7, 12, -1, -3,-15,-25,-14, 11; /M: SY='M'; M= -8,-17,-21,-18, -4, -5,-26,-14, 11,-14, 14, 15,-18,-19, -8,-14,-14, -4, 9,-25, -7, -6; /M: SY='W'; M=-13,-25, 4,-27,-22, -6,-20,-13,-24,-20,-21,-18,-22,-29,-17,-19,-17,-16,-22, 49, 6,-18; /M: SY='K'; M= 12, 0,-22, -5, 3,-27,-11, -9,-21, 18,-21, -9, 1,-11, 9, 7, 0, -6,-15,-22,-14, 6; /M: SY='Y'; M=-15,-10,-30,-10, -4, -1,-25, 7,-14, 16,-14, -4,-10,-20, 5, 11,-14,-10,-16, 4, 34, -2; /M: SY='C'; M=-10,-25, 43,-34,-29, -8,-34,-29, 9,-30, 4, 1,-21,-31,-25,-29,-16,-10, 9,-34,-14,-29; /M: SY='V'; M= 1,-23,-10,-24,-24, -4,-25,-26, 19,-18, 2, 4,-22,-25,-24,-18, 0, 7, 37,-31,-11,-24; /M: SY='Q'; M= -4, 4,-26, 5, 16,-30,-10, -6,-25, 10,-21,-12, 1, -9, 17, 3, 2, -1,-21,-25,-15, 16; /M: SY='L'; M=-12,-27,-21,-28,-19, 12,-28, -9, 14,-27, 39, 20,-25,-28,-18,-18,-27,-11, 6,-18, 4,-18; /M: SY='H'; M=-20, 0,-30, 0, 0,-20,-20,100,-30,-10,-20, 0, 10,-20, 10, 0,-10,-20,-30,-30, 20, 0; /M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20, 0,-20, 0, 10,-20, 0,-30,-20, 60,-20, 0, 0, 10, 0,-30,-40,-20, 0; /M: SY='D'; M= -4, 15,-27, 22, 21,-31,-14, -6,-30, 18,-25,-18, 4, -8, 7, 5, -2, -9,-22,-28,-17, 14; /M: SY='I'; M= -6,-20,-22,-29,-23, -3,-33,-27, 29,-23, 9, 9,-14,-18,-18,-23, -6, 10, 22,-24, -4,-23; /M: SY='L'; M=-10,-14,-20,-18,-15, 3,-23,-13, 11,-23, 32, 11, -9,-28,-15,-15,-21, -8, 1,-25, -5,-15; /M: SY='A'; M= 10,-13,-20,-17, -7,-13,-17,-17, -7, 3, 3, 0,-13,-17, -7, -4,-10, -7, -3,-20,-10, -7; /M: SY='A'; M= 21, -9, 20,-17,-13,-19,-10,-20,-17,-15,-16,-14, -7,-17,-13,-19, 13, 9, -4,-32,-21,-13; /M: SY='D'; M= -1, 16,-23, 19, 11,-29,-10, -6,-26, 8,-25,-18, 10,-10, 5, -1, 7, 0,-20,-31,-17, 8; /M: SY='D'; M=-12, 33,-23, 40, 9,-29,-11, -5,-29, -3,-25,-23, 17,-11, -3, -9, 9, 8,-21,-37,-17, 3; /M: SY='Y'; M= -6,-20,-24,-20,-15, 4,-24,-10, 0,-15, 0, -3,-20, 1,-15,-16,-11, -2, -3, -9, 13,-17; /M: SY='E'; M= -6, 11,-24, 14, 38,-25,-15, -2,-25, 4,-22,-19, 8, -5, 12, -2, 9, 2,-24,-33,-19, 25; /M: SY='E'; M= -9, 4,-26, 10, 26,-23,-22, -9,-14, 2,-13,-12, -4, -9, 4, -5, -2, -4,-10,-30,-15, 15; /M: SY='A'; M= 39,-13, 4,-22,-14,-18, -6,-22, -9,-13, -9, -9,-13,-15,-14,-21, 6, -1, 3,-24,-20,-14; /M: SY='E'; M=-12, -8,-26, -7, 16, 2,-23, -5,-11, -5, -2, 0,-10,-14, 6, -6,-10,-10,-15,-17, -2, 12; /M: SY='E'; M= -8, 9,-24, 16, 23,-25,-18, -8,-22, -1,-19,-18, 0, 1, 3, -8, 5, 4,-17,-33,-18, 13; /M: SY='K'; M= -5, 2,-14, -4, -2,-20,-14, 1,-18, 9,-18, -6, 8,-17, 0, 3, -1, -4,-15,-29,-11, -1; /M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-30,-20, 9,-29,-18, 20,-28, 47, 24,-29,-29,-18,-19,-29,-10, 10,-20, 0,-19; /M: SY='V'; M= 2,-26,-15,-28,-23, 3,-26,-21, 18,-21, 20, 10,-26,-27,-22,-19,-15, -4, 24,-20, 0,-23; /M: SY='Q'; M= 12, -4,-22, -7, 2,-29, -2, -9,-21, 6,-21, -9, -2,-11, 14, -1, 5, -5,-17,-22,-16, 8; /M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-30,-20, 9,-29,-18, 20,-28, 47, 24,-29,-29,-18,-19,-29,-10, 10,-20, 0,-19; /M: SY='L'; M=-10,-29,-21,-31,-21, 8,-30,-19, 23,-28, 45, 23,-28,-28,-18,-20,-28,-10, 12,-20, 0,-20; /M: SY='A'; M= 26,-17,-11,-23,-17,-12,-12,-23, 6,-15, -4, -2,-15,-17,-16,-20, 5, 1, 17,-25,-15,-17; /M: SY='Y'; M=-12,-15,-20,-20,-19, 17,-25, 8, -1,-16, -2, 0,-10,-25,-18,-12, -9, -2, 3,-11, 19,-19; /M: SY='L'; M=-12,-30,-22,-34,-24, 24,-32,-22, 21,-30, 35, 15,-26,-28,-25,-22,-26,-10, 11,-13, 7,-24; /M: SY='L'; M=-13,-30,-23,-35,-25, 25,-33,-23, 23,-30, 32, 15,-25,-27,-25,-23,-25,-10, 13,-12, 8,-25; /M: SY='E'; M= 5, 0, -5, 2, 13,-25,-11,-11,-23, -6,-23,-19, -1, -2, 0,-12, 13, 1,-17,-35,-22, 6; /M: SY='Y'; M=-12, -9,-23,-14,-11, 7,-21, 1, -6, -1, -5, 3, -3,-22,-10, -2,-12, -8, -5,-15, 8,-10; /M: SY='H'; M=-14, -7,-27, -6, -5, -7,-22, 7, -9,-14, 2, -1, -6, -6, -4,-11,-14,-11,-14,-24, -3, -5; /M: SY='S'; M= 8, -3,-20, -5, -6,-23, 6,-14,-21,-11,-26,-18, 3, 6, -7,-14, 16, 6,-16,-31,-23, -7; /M: SY='T'; M= 14, -1,-15, -5, -4,-20,-10,-17,-16, -6,-17,-14, -2, -2, -7,-12, 14, 17, -7,-28,-17, -6; /M: SY='V'; M=-11, -4,-11, -1, -2, -5,-25,-16, -4,-13, -6, -7,-10,-20,-14,-16, -8, -8, 2,-27, -9, -8; /M: SY='D'; M=-13, 24,-29, 31, 12,-37, -1, 1,-32, 0,-27,-18, 14,-12, 17, -4, 1,-11,-30,-31,-18, 15; /I: I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: SY='L'; M= -9,-30,-21,-32,-24, 6,-32,-24, 28,-29, 38, 19,-28,-28,-21,-22,-25, -9, 20,-21, -1,-24; /M: SY='D'; M= -4, 24,-22, 30, 9,-29, -1, -5,-29, -4,-26,-23, 16,-11, -2,-10, 11, 1,-22,-36,-20, 4; /I: I=-7; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15; /M: SY='E'; M= -7, 12,-26, 19, 27,-28,-15, -4,-28, 9,-22,-19, 4, -7, 8, 5, 4, -2,-22,-30,-17, 17; /M: SY='Y'; M=-14,-26,-23,-26,-22, 23,-30, -4, 11,-20, 19, 8,-25,-30,-19,-16,-22, -9, 6, 3, 36,-22; /M: SY='C'; M= -8,-24, 20,-30,-25, 6,-28,-23, 4,-26, 9, 4,-21,-30,-24,-22,-13, -6, 9,-27, -7,-24; /M: SY='D'; M=-16, 37,-29, 53, 29,-36,-12, -1,-36, 2,-27,-27, 14, -7, 5, -7, 2, -8,-29,-37,-20, 17; /M: SY='D'; M= -3, 18,-18, 21, 10,-25, -6, -5,-24, -5,-27,-21, 16,-11, 0, -8, 19, 6,-17,-38,-19, 5; /M: SY='Y'; M=-14,-25,-25,-28,-22, 15,-31, -5, 18,-20, 23, 17,-24,-27,-14,-17,-24,-10, 6, -1, 30,-21; /M: SY='L'; M= -7,-26,-19,-29,-18, 20,-27,-20, 12,-25, 27, 10,-25,-27,-23,-19,-21, -8, 10,-15, 3,-19; /M: SY='E'; M=-13, 14,-29, 19, 27,-32,-17, 1,-29, 16,-24,-15, 8, -9, 20, 11, -2, -9,-27,-28,-15, 23; /M: SY='N'; M=-15, 30,-25, 24, 4,-24, -8, 22,-27, 2,-27,-18, 37,-18, 3, 6, 2, -7,-29,-36,-12, 2; /M: SY='K'; M= -7, 5,-25, 5, 3,-25,-13, -8,-24, 12,-27,-16, 9, 2, 1, 9, 5, 2,-20,-30,-17, 1; /M: SY='T'; M= 3,-10,-14,-15,-11, -6,-18,-19, -5,-14, -5, -7, -8, -6,-13,-14, 9, 21, 1,-27,-11,-12; /M: SY='V'; M= -2,-26,-14,-30,-27, -1,-30,-27, 28,-20, 10, 13,-25,-26,-24,-20, -9, 3, 39,-28, -8,-27; /M: SY='L'; M= -9,-30,-19,-30,-21, 9,-30,-21, 21,-29, 47, 19,-30,-30,-21,-20,-28, -9, 13,-21, -1,-21; /M: SY='Q'; M=-10, 0,-30, 0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20, 0, 0,-10, 60, 10, 0,-10,-30,-20,-10, 40; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 59 in 59 different sequences |
| Number of true positive hits | 59 in 59 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotic viruses |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | RdRp Nsp7 cofactor |
| Version [info] | 1 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
59 sequences
R1AB_BC133 (P0C6W1), R1AB_BC279 (P0C6V9), R1AB_BC512 (P0C6W0), R1AB_BCHK3 (P0C6W2), R1AB_BCHK4 (P0C6W3), R1AB_BCHK5 (P0C6W4), R1AB_BCHK9 (P0C6W5), R1AB_BCRP3 (P0C6W6), R1AB_CVBEN (P0C6W7), R1AB_CVBLU (P0C6W8), R1AB_CVBM (P0C6W9), R1AB_CVBQ (P0C6X0), R1AB_CVH22 (P0C6X1), R1AB_CVHN1 (P0C6X2), R1AB_CVHN2 (P0C6X3), R1AB_CVHN5 (P0C6X4), R1AB_CVHNL (P0C6X5), R1AB_CVHOC (P0C6X6), R1AB_CVM2 (P0C6X8), R1AB_CVMA5 (P0C6X9), R1AB_CVMJH (P0C6Y0), R1AB_CVPPU (P0C6Y5), R1AB_FIPV (Q98VG9), R1AB_IBVB (P0C6Y1), R1AB_IBVBC (P0C6Y2), R1AB_IBVM (P0C6Y3), R1AB_MERS1 (K9N7C7), R1AB_PEDV7 (P0C6Y4), R1AB_SARS (P0C6X7), R1AB_SARS2 (P0DTD1), R1A_BC133 (P0C6F7), R1A_BC279 (P0C6F5), R1A_BC512 (P0C6F6), R1A_BCHK3 (P0C6F8), R1A_BCHK4 (P0C6T4), R1A_BCHK5 (P0C6T5), R1A_BCHK9 (P0C6T6), R1A_BCRP3 (P0C6T7), R1A_CVBEN (P0C6T8), R1A_CVBLU (P0C6T9), R1A_CVBM(P0C6U0), R1A_CVBQ(P0C6U1), R1A_CVH22 (P0C6U2), R1A_CVHN1 (P0C6U3), R1A_CVHN2 (P0C6U4), R1A_CVHN5 (P0C6U5), R1A_CVHNL (P0C6U6), R1A_CVHOC (P0C6U7), R1A_CVM2(P0C6U9), R1A_CVMA5 (P0C6V0), R1A_CVMJH (P0C6V1), R1A_CVPPU (P0C6V2), R1A_IBVB(P0C6V3), R1A_IBVBC (P0C6V4), R1A_IBVM(P0C6V5), R1A_MERS1 (K9N638), R1A_PEDV7 (P0C6V6), R1A_SARS(P0C6U8), R1A_SARS2 (P0DTC1)» more
|
| PDB [Detailed view] |
36 PDB
1YSY; 2AHM; 2KYS; 3UB0; 5F22; 6M71; 6NUR; 6WIQ; 6WQD; 6WTC; 6XIP; 6YHU; 6YYT; 7BTF; 7BV1; 7BV2; 7BZF; 7C2K; 7CYQ; 7DCD; 7DVX; 7EIZ; 7L1F; 7LHQ; 8EIR; 8GW1; 8GWB; 8GWE; 8GWF; 8GWG; 8GWI; 8GWK; 8GWM; 8GWN; 8GWO; 8GY6 » more |