PROSITE entry PS51949

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	COV_NSP7
Accession [info]	PS51949
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	07-APR-2021 CREATED; 07-APR-2021 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51948
Associated ProRule [info]	PRU01294

Name and characterization of the entry

Description [info]

Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=83;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=78;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.6425433; R2=0.0153458; TEXT='-LogE';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5855.2900391; R2=8.2899733; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=610; H_SCORE=10912; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=317; H_SCORE=8483; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='N';  M=  2, 17,-14,  8,  0,-20,  0, -2,-20, -6,-30,-20, 31,-14,  0, -6, 28, 12,-18,-40,-20,  0;
/M: SY='K';  M=-13, -3,-30, -3,  7,-27,-20, -7,-30, 45,-27,-10,  0,-13, 10, 41,-10,-10,-20,-20,-10,  7;
/M: SY='L';  M= -7,-23,-18,-27,-20,  3,-27,-19, 18,-22, 29, 21,-23,-24,-16,-17,-17,  1, 14,-23, -3,-19;
/M: SY='T';  M= -2,-12,-14,-16,-12, -4,-20,-18,  0,-18, 11,  0,-10,-18,-12,-14,  4, 19,  2,-28, -8,-12;
/M: SY='D';  M=-19, 47,-30, 66, 23,-39,-11,  0,-39,  1,-29,-29, 18, -9,  2, -9,  0,-10,-30,-39,-20, 13;
/M: SY='V';  M= 13,-23,-15,-28,-22, -6,-21,-23, 18,-18,  9, 10,-21,-21,-19,-21, -7, -3, 24,-24,-10,-21;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='C';  M= 15,-16, 66,-26,-22,-20,-18,-26,-22,-22,-16,-16,-16,-28,-22,-26, -2, -6, -6,-38,-26,-22;
/M: SY='T';  M=  4, -3,-10,-12,-11,-11,-18,-20, -7,-11,-10, -9, -2,-12,-11,-11, 18, 41,  3,-30,-11,-11;
/M: SY='N';  M= 18, 11,-14, -2, -5,-19, -2, -8,-15, -6,-20,-15, 19,-14, -5,-10, 14,  8,-12,-31,-19, -5;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='V';  M= -3,-30,-14,-31,-29,  1,-31,-29, 31,-23, 17, 13,-29,-29,-27,-21,-14, -3, 42,-27, -7,-29;
/M: SY='L';  M= -7,-30,-18,-31,-24,  6,-31,-24, 26,-27, 34, 17,-29,-29,-23,-21,-23, -7, 25,-23, -3,-24;
/M: SY='L';  M= 15,-20,-16,-26,-16, -4,-16,-16,  8,-18, 20, 15,-20,-20,-12,-18,-12, -6,  6,-20, -8,-14;
/M: SY='N';  M= -6, 17,-23,  7, -1,-26, 12,  1,-25, -4,-28,-16, 29,-17,  7, -4,  9, -5,-28,-31,-20,  3;
/M: SY='L';  M= -9,-27, 10,-31,-24,  1,-30,-22, 13,-27, 26, 14,-26,-31,-22,-22,-22, -9, 11,-27, -7,-23;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='E';  M= -6,  9,-23, 14, 23,-29,-14, -2,-24,  2,-23,-15,  5, -7, 19, -2, 11,  4,-22,-31,-16, 21;
/M: SY='K';  M=-10,  3,-28,  2,  8,-28,-17,  9,-28, 29,-28, -9,  7,-12, 14, 19, -4, -9,-23,-24, -7, 10;
/M: SY='L';  M=  3,-22,-16,-27,-19, -1,-22,-17, 14,-19, 22, 20,-22,-23,-15,-17,-14, -3, 14,-22, -6,-17;
/M: SY='G';  M= -9,  5,-27,  0, -8,-24, 22, 17,-32, -7,-27,-14, 18,-20, -5, -1, -1,-14,-29,-27,-14, -8;
/M: SY='V';  M=  2,-28,-13,-31,-28, -2,-29,-29, 30,-21, 10, 10,-27,-27,-27,-22,-10, -2, 43,-28, -9,-28;
/M: SY='T';  M=  8, -2,-17, -4, 11,-17,-15,-13,-14, -6,-10,-11, -4, -9, -1,-10,  9, 14, -9,-28,-15,  5;
/M: SY='N';  M= 10, 12,-14,  3, -2,-20,  0, -5,-18, -6,-26,-18, 24,-14, -2, -8, 24,  9,-15,-36,-20, -2;
/M: SY='N';  M= -6, 16,-21,  8,  3,-23, -8, -2,-23, 16,-29,-16, 26,-14,  3,  8,  9,  3,-21,-32,-16,  3;
/M: SY='H';  M= -1,  0,-17, -1, -1,-19, -8, 25,-22,-10,-25,-13,  9,-13,  2, -7, 22, 10,-16,-36, -6, -1;
/M: SY='K';  M= -3,  0,-25,  1, 16,-26,-18,-10,-23, 25,-23,-12, -2, -9,  7, 12, -1, -3,-15,-25,-14, 11;
/M: SY='M';  M= -8,-17,-21,-18, -4, -5,-26,-14, 11,-14, 14, 15,-18,-19, -8,-14,-14, -4,  9,-25, -7, -6;
/M: SY='W';  M=-13,-25,  4,-27,-22, -6,-20,-13,-24,-20,-21,-18,-22,-29,-17,-19,-17,-16,-22, 49,  6,-18;
/M: SY='K';  M= 12,  0,-22, -5,  3,-27,-11, -9,-21, 18,-21, -9,  1,-11,  9,  7,  0, -6,-15,-22,-14,  6;
/M: SY='Y';  M=-15,-10,-30,-10, -4, -1,-25,  7,-14, 16,-14, -4,-10,-20,  5, 11,-14,-10,-16,  4, 34, -2;
/M: SY='C';  M=-10,-25, 43,-34,-29, -8,-34,-29,  9,-30,  4,  1,-21,-31,-25,-29,-16,-10,  9,-34,-14,-29;
/M: SY='V';  M=  1,-23,-10,-24,-24, -4,-25,-26, 19,-18,  2,  4,-22,-25,-24,-18,  0,  7, 37,-31,-11,-24;
/M: SY='Q';  M= -4,  4,-26,  5, 16,-30,-10, -6,-25, 10,-21,-12,  1, -9, 17,  3,  2, -1,-21,-25,-15, 16;
/M: SY='L';  M=-12,-27,-21,-28,-19, 12,-28, -9, 14,-27, 39, 20,-25,-28,-18,-18,-27,-11,  6,-18,  4,-18;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='D';  M= -4, 15,-27, 22, 21,-31,-14, -6,-30, 18,-25,-18,  4, -8,  7,  5, -2, -9,-22,-28,-17, 14;
/M: SY='I';  M= -6,-20,-22,-29,-23, -3,-33,-27, 29,-23,  9,  9,-14,-18,-18,-23, -6, 10, 22,-24, -4,-23;
/M: SY='L';  M=-10,-14,-20,-18,-15,  3,-23,-13, 11,-23, 32, 11, -9,-28,-15,-15,-21, -8,  1,-25, -5,-15;
/M: SY='A';  M= 10,-13,-20,-17, -7,-13,-17,-17, -7,  3,  3,  0,-13,-17, -7, -4,-10, -7, -3,-20,-10, -7;
/M: SY='A';  M= 21, -9, 20,-17,-13,-19,-10,-20,-17,-15,-16,-14, -7,-17,-13,-19, 13,  9, -4,-32,-21,-13;
/M: SY='D';  M= -1, 16,-23, 19, 11,-29,-10, -6,-26,  8,-25,-18, 10,-10,  5, -1,  7,  0,-20,-31,-17,  8;
/M: SY='D';  M=-12, 33,-23, 40,  9,-29,-11, -5,-29, -3,-25,-23, 17,-11, -3, -9,  9,  8,-21,-37,-17,  3;
/M: SY='Y';  M= -6,-20,-24,-20,-15,  4,-24,-10,  0,-15,  0, -3,-20,  1,-15,-16,-11, -2, -3, -9, 13,-17;
/M: SY='E';  M= -6, 11,-24, 14, 38,-25,-15, -2,-25,  4,-22,-19,  8, -5, 12, -2,  9,  2,-24,-33,-19, 25;
/M: SY='E';  M= -9,  4,-26, 10, 26,-23,-22, -9,-14,  2,-13,-12, -4, -9,  4, -5, -2, -4,-10,-30,-15, 15;
/M: SY='A';  M= 39,-13,  4,-22,-14,-18, -6,-22, -9,-13, -9, -9,-13,-15,-14,-21,  6, -1,  3,-24,-20,-14;
/M: SY='E';  M=-12, -8,-26, -7, 16,  2,-23, -5,-11, -5, -2,  0,-10,-14,  6, -6,-10,-10,-15,-17, -2, 12;
/M: SY='E';  M= -8,  9,-24, 16, 23,-25,-18, -8,-22, -1,-19,-18,  0,  1,  3, -8,  5,  4,-17,-33,-18, 13;
/M: SY='K';  M= -5,  2,-14, -4, -2,-20,-14,  1,-18,  9,-18, -6,  8,-17,  0,  3, -1, -4,-15,-29,-11, -1;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-20,-30,-20,  9,-29,-18, 20,-28, 47, 24,-29,-29,-18,-19,-29,-10, 10,-20,  0,-19;
/M: SY='V';  M=  2,-26,-15,-28,-23,  3,-26,-21, 18,-21, 20, 10,-26,-27,-22,-19,-15, -4, 24,-20,  0,-23;
/M: SY='Q';  M= 12, -4,-22, -7,  2,-29, -2, -9,-21,  6,-21, -9, -2,-11, 14, -1,  5, -5,-17,-22,-16,  8;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-20,-30,-20,  9,-29,-18, 20,-28, 47, 24,-29,-29,-18,-19,-29,-10, 10,-20,  0,-19;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-21,-31,-21,  8,-30,-19, 23,-28, 45, 23,-28,-28,-18,-20,-28,-10, 12,-20,  0,-20;
/M: SY='A';  M= 26,-17,-11,-23,-17,-12,-12,-23,  6,-15, -4, -2,-15,-17,-16,-20,  5,  1, 17,-25,-15,-17;
/M: SY='Y';  M=-12,-15,-20,-20,-19, 17,-25,  8, -1,-16, -2,  0,-10,-25,-18,-12, -9, -2,  3,-11, 19,-19;
/M: SY='L';  M=-12,-30,-22,-34,-24, 24,-32,-22, 21,-30, 35, 15,-26,-28,-25,-22,-26,-10, 11,-13,  7,-24;
/M: SY='L';  M=-13,-30,-23,-35,-25, 25,-33,-23, 23,-30, 32, 15,-25,-27,-25,-23,-25,-10, 13,-12,  8,-25;
/M: SY='E';  M=  5,  0, -5,  2, 13,-25,-11,-11,-23, -6,-23,-19, -1, -2,  0,-12, 13,  1,-17,-35,-22,  6;
/M: SY='Y';  M=-12, -9,-23,-14,-11,  7,-21,  1, -6, -1, -5,  3, -3,-22,-10, -2,-12, -8, -5,-15,  8,-10;
/M: SY='H';  M=-14, -7,-27, -6, -5, -7,-22,  7, -9,-14,  2, -1, -6, -6, -4,-11,-14,-11,-14,-24, -3, -5;
/M: SY='S';  M=  8, -3,-20, -5, -6,-23,  6,-14,-21,-11,-26,-18,  3,  6, -7,-14, 16,  6,-16,-31,-23, -7;
/M: SY='T';  M= 14, -1,-15, -5, -4,-20,-10,-17,-16, -6,-17,-14, -2, -2, -7,-12, 14, 17, -7,-28,-17, -6;
/M: SY='V';  M=-11, -4,-11, -1, -2, -5,-25,-16, -4,-13, -6, -7,-10,-20,-14,-16, -8, -8,  2,-27, -9, -8;
/M: SY='D';  M=-13, 24,-29, 31, 12,-37, -1,  1,-32,  0,-27,-18, 14,-12, 17, -4,  1,-11,-30,-31,-18, 15;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='L';  M= -9,-30,-21,-32,-24,  6,-32,-24, 28,-29, 38, 19,-28,-28,-21,-22,-25, -9, 20,-21, -1,-24;
/M: SY='D';  M= -4, 24,-22, 30,  9,-29, -1, -5,-29, -4,-26,-23, 16,-11, -2,-10, 11,  1,-22,-36,-20,  4;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='E';  M= -7, 12,-26, 19, 27,-28,-15, -4,-28,  9,-22,-19,  4, -7,  8,  5,  4, -2,-22,-30,-17, 17;
/M: SY='Y';  M=-14,-26,-23,-26,-22, 23,-30, -4, 11,-20, 19,  8,-25,-30,-19,-16,-22, -9,  6,  3, 36,-22;
/M: SY='C';  M= -8,-24, 20,-30,-25,  6,-28,-23,  4,-26,  9,  4,-21,-30,-24,-22,-13, -6,  9,-27, -7,-24;
/M: SY='D';  M=-16, 37,-29, 53, 29,-36,-12, -1,-36,  2,-27,-27, 14, -7,  5, -7,  2, -8,-29,-37,-20, 17;
/M: SY='D';  M= -3, 18,-18, 21, 10,-25, -6, -5,-24, -5,-27,-21, 16,-11,  0, -8, 19,  6,-17,-38,-19,  5;
/M: SY='Y';  M=-14,-25,-25,-28,-22, 15,-31, -5, 18,-20, 23, 17,-24,-27,-14,-17,-24,-10,  6, -1, 30,-21;
/M: SY='L';  M= -7,-26,-19,-29,-18, 20,-27,-20, 12,-25, 27, 10,-25,-27,-23,-19,-21, -8, 10,-15,  3,-19;
/M: SY='E';  M=-13, 14,-29, 19, 27,-32,-17,  1,-29, 16,-24,-15,  8, -9, 20, 11, -2, -9,-27,-28,-15, 23;
/M: SY='N';  M=-15, 30,-25, 24,  4,-24, -8, 22,-27,  2,-27,-18, 37,-18,  3,  6,  2, -7,-29,-36,-12,  2;
/M: SY='K';  M= -7,  5,-25,  5,  3,-25,-13, -8,-24, 12,-27,-16,  9,  2,  1,  9,  5,  2,-20,-30,-17,  1;
/M: SY='T';  M=  3,-10,-14,-15,-11, -6,-18,-19, -5,-14, -5, -7, -8, -6,-13,-14,  9, 21,  1,-27,-11,-12;
/M: SY='V';  M= -2,-26,-14,-30,-27, -1,-30,-27, 28,-20, 10, 13,-25,-26,-24,-20, -9,  3, 39,-28, -8,-27;
/M: SY='L';  M= -9,-30,-19,-30,-21,  9,-30,-21, 21,-29, 47, 19,-30,-30,-21,-20,-28, -9, 13,-21, -1,-21;
/M: SY='Q';  M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_06 which contains 572'619 sequence entries.

Total number of hits	59 in 59 different sequences
Number of true positive hits	59 in 59 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	RdRp Nsp7 cofactor
Version [info]	1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

59 sequences

R1AB_BC133  (P0C6W1), R1AB_BC279  (P0C6V9), R1AB_BC512  (P0C6W0),

R1AB_BCHK3  (P0C6W2), R1AB_BCHK4  (P0C6W3), R1AB_BCHK5  (P0C6W4), 
R1AB_BCHK9  (P0C6W5), R1AB_BCRP3  (P0C6W6), R1AB_CVBEN  (P0C6W7), 
R1AB_CVBLU  (P0C6W8), R1AB_CVBM   (P0C6W9), R1AB_CVBQ   (P0C6X0), 
R1AB_CVH22  (P0C6X1), R1AB_CVHN1  (P0C6X2), R1AB_CVHN2  (P0C6X3), 
R1AB_CVHN5  (P0C6X4), R1AB_CVHNL  (P0C6X5), R1AB_CVHOC  (P0C6X6), 
R1AB_CVM2   (P0C6X8), R1AB_CVMA5  (P0C6X9), R1AB_CVMJH  (P0C6Y0), 
R1AB_CVPPU  (P0C6Y5), R1AB_FIPV   (Q98VG9), R1AB_IBVB   (P0C6Y1), 
R1AB_IBVBC  (P0C6Y2), R1AB_IBVM   (P0C6Y3), R1AB_MERS1  (K9N7C7), 
R1AB_PEDV7  (P0C6Y4), R1AB_SARS   (P0C6X7), R1AB_SARS2  (P0DTD1), 
R1A_BC133   (P0C6F7), R1A_BC279   (P0C6F5), R1A_BC512   (P0C6F6), 
R1A_BCHK3   (P0C6F8), R1A_BCHK4   (P0C6T4), R1A_BCHK5   (P0C6T5), 
R1A_BCHK9   (P0C6T6), R1A_BCRP3   (P0C6T7), R1A_CVBEN   (P0C6T8), 
R1A_CVBLU   (P0C6T9), R1A_CVBM(P0C6U0), R1A_CVBQ(P0C6U1), 
R1A_CVH22   (P0C6U2), R1A_CVHN1   (P0C6U3), R1A_CVHN2   (P0C6U4), 
R1A_CVHN5   (P0C6U5), R1A_CVHNL   (P0C6U6), R1A_CVHOC   (P0C6U7), 
R1A_CVM2(P0C6U9), R1A_CVMA5   (P0C6V0), R1A_CVMJH   (P0C6V1), 
R1A_CVPPU   (P0C6V2), R1A_IBVB(P0C6V3), R1A_IBVBC   (P0C6V4), 
R1A_IBVM(P0C6V5), R1A_MERS1   (K9N638), R1A_PEDV7   (P0C6V6), 
R1A_SARS(P0C6U8), R1A_SARS2   (P0DTC1)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

37 PDB

1YSY; 2AHM; 2KYS; 3UB0; 5F22; 6M71; 6NUR; 6WIQ; 6WQD; 6WTC; 6XIP; 6YHU; 6YYT; 7BTF; 7BV1; 7BV2; 7BZF; 7C2K; 7CYQ; 7DCD; 7DVX; 7EIZ; 7L1F; 7LHQ; 8EIR; 8GW1; 8GWB; 8GWE; 8GWF; 8GWG; 8GWI; 8GWK; 8GWM; 8GWN; 8GWO; 8GY6; 9CPO
» more