PROSITE entry PS51949

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	COV_NSP7
Accession [info]	PS51949
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	07-APR-2021 CREATED; 07-APR-2021 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51948
Associated ProRule [info]	PRU01294

Name and characterization of the entry

Description [info]

Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=83;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=78;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.6425433; R2=0.0153458; TEXT='-LogE';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5855.2900391; R2=8.2899733; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=610; H_SCORE=10912; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=317; H_SCORE=8483; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='N';  M=  2, 17,-14,  8,  0,-20,  0, -2,-20, -6,-30,-20, 31,-14,  0, -6, 28, 12,-18,-40,-20,  0;
/M: SY='K';  M=-13, -3,-30, -3,  7,-27,-20, -7,-30, 45,-27,-10,  0,-13, 10, 41,-10,-10,-20,-20,-10,  7;
/M: SY='L';  M= -7,-23,-18,-27,-20,  3,-27,-19, 18,-22, 29, 21,-23,-24,-16,-17,-17,  1, 14,-23, -3,-19;
/M: SY='T';  M= -2,-12,-14,-16,-12, -4,-20,-18,  0,-18, 11,  0,-10,-18,-12,-14,  4, 19,  2,-28, -8,-12;
/M: SY='D';  M=-19, 47,-30, 66, 23,-39,-11,  0,-39,  1,-29,-29, 18, -9,  2, -9,  0,-10,-30,-39,-20, 13;
/M: SY='V';  M= 13,-23,-15,-28,-22, -6,-21,-23, 18,-18,  9, 10,-21,-21,-19,-21, -7, -3, 24,-24,-10,-21;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='C';  M= 15,-16, 66,-26,-22,-20,-18,-26,-22,-22,-16,-16,-16,-28,-22,-26, -2, -6, -6,-38,-26,-22;
/M: SY='T';  M=  4, -3,-10,-12,-11,-11,-18,-20, -7,-11,-10, -9, -2,-12,-11,-11, 18, 41,  3,-30,-11,-11;
/M: SY='N';  M= 18, 11,-14, -2, -5,-19, -2, -8,-15, -6,-20,-15, 19,-14, -5,-10, 14,  8,-12,-31,-19, -5;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='V';  M= -3,-30,-14,-31,-29,  1,-31,-29, 31,-23, 17, 13,-29,-29,-27,-21,-14, -3, 42,-27, -7,-29;
/M: SY='L';  M= -7,-30,-18,-31,-24,  6,-31,-24, 26,-27, 34, 17,-29,-29,-23,-21,-23, -7, 25,-23, -3,-24;
/M: SY='L';  M= 15,-20,-16,-26,-16, -4,-16,-16,  8,-18, 20, 15,-20,-20,-12,-18,-12, -6,  6,-20, -8,-14;
/M: SY='N';  M= -6, 17,-23,  7, -1,-26, 12,  1,-25, -4,-28,-16, 29,-17,  7, -4,  9, -5,-28,-31,-20,  3;
/M: SY='L';  M= -9,-27, 10,-31,-24,  1,-30,-22, 13,-27, 26, 14,-26,-31,-22,-22,-22, -9, 11,-27, -7,-23;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='E';  M= -6,  9,-23, 14, 23,-29,-14, -2,-24,  2,-23,-15,  5, -7, 19, -2, 11,  4,-22,-31,-16, 21;
/M: SY='K';  M=-10,  3,-28,  2,  8,-28,-17,  9,-28, 29,-28, -9,  7,-12, 14, 19, -4, -9,-23,-24, -7, 10;
/M: SY='L';  M=  3,-22,-16,-27,-19, -1,-22,-17, 14,-19, 22, 20,-22,-23,-15,-17,-14, -3, 14,-22, -6,-17;
/M: SY='G';  M= -9,  5,-27,  0, -8,-24, 22, 17,-32, -7,-27,-14, 18,-20, -5, -1, -1,-14,-29,-27,-14, -8;
/M: SY='V';  M=  2,-28,-13,-31,-28, -2,-29,-29, 30,-21, 10, 10,-27,-27,-27,-22,-10, -2, 43,-28, -9,-28;
/M: SY='T';  M=  8, -2,-17, -4, 11,-17,-15,-13,-14, -6,-10,-11, -4, -9, -1,-10,  9, 14, -9,-28,-15,  5;
/M: SY='N';  M= 10, 12,-14,  3, -2,-20,  0, -5,-18, -6,-26,-18, 24,-14, -2, -8, 24,  9,-15,-36,-20, -2;
/M: SY='N';  M= -6, 16,-21,  8,  3,-23, -8, -2,-23, 16,-29,-16, 26,-14,  3,  8,  9,  3,-21,-32,-16,  3;
/M: SY='H';  M= -1,  0,-17, -1, -1,-19, -8, 25,-22,-10,-25,-13,  9,-13,  2, -7, 22, 10,-16,-36, -6, -1;
/M: SY='K';  M= -3,  0,-25,  1, 16,-26,-18,-10,-23, 25,-23,-12, -2, -9,  7, 12, -1, -3,-15,-25,-14, 11;
/M: SY='M';  M= -8,-17,-21,-18, -4, -5,-26,-14, 11,-14, 14, 15,-18,-19, -8,-14,-14, -4,  9,-25, -7, -6;
/M: SY='W';  M=-13,-25,  4,-27,-22, -6,-20,-13,-24,-20,-21,-18,-22,-29,-17,-19,-17,-16,-22, 49,  6,-18;
/M: SY='K';  M= 12,  0,-22, -5,  3,-27,-11, -9,-21, 18,-21, -9,  1,-11,  9,  7,  0, -6,-15,-22,-14,  6;
/M: SY='Y';  M=-15,-10,-30,-10, -4, -1,-25,  7,-14, 16,-14, -4,-10,-20,  5, 11,-14,-10,-16,  4, 34, -2;
/M: SY='C';  M=-10,-25, 43,-34,-29, -8,-34,-29,  9,-30,  4,  1,-21,-31,-25,-29,-16,-10,  9,-34,-14,-29;
/M: SY='V';  M=  1,-23,-10,-24,-24, -4,-25,-26, 19,-18,  2,  4,-22,-25,-24,-18,  0,  7, 37,-31,-11,-24;
/M: SY='Q';  M= -4,  4,-26,  5, 16,-30,-10, -6,-25, 10,-21,-12,  1, -9, 17,  3,  2, -1,-21,-25,-15, 16;
/M: SY='L';  M=-12,-27,-21,-28,-19, 12,-28, -9, 14,-27, 39, 20,-25,-28,-18,-18,-27,-11,  6,-18,  4,-18;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='D';  M= -4, 15,-27, 22, 21,-31,-14, -6,-30, 18,-25,-18,  4, -8,  7,  5, -2, -9,-22,-28,-17, 14;
/M: SY='I';  M= -6,-20,-22,-29,-23, -3,-33,-27, 29,-23,  9,  9,-14,-18,-18,-23, -6, 10, 22,-24, -4,-23;
/M: SY='L';  M=-10,-14,-20,-18,-15,  3,-23,-13, 11,-23, 32, 11, -9,-28,-15,-15,-21, -8,  1,-25, -5,-15;
/M: SY='A';  M= 10,-13,-20,-17, -7,-13,-17,-17, -7,  3,  3,  0,-13,-17, -7, -4,-10, -7, -3,-20,-10, -7;
/M: SY='A';  M= 21, -9, 20,-17,-13,-19,-10,-20,-17,-15,-16,-14, -7,-17,-13,-19, 13,  9, -4,-32,-21,-13;
/M: SY='D';  M= -1, 16,-23, 19, 11,-29,-10, -6,-26,  8,-25,-18, 10,-10,  5, -1,  7,  0,-20,-31,-17,  8;
/M: SY='D';  M=-12, 33,-23, 40,  9,-29,-11, -5,-29, -3,-25,-23, 17,-11, -3, -9,  9,  8,-21,-37,-17,  3;
/M: SY='Y';  M= -6,-20,-24,-20,-15,  4,-24,-10,  0,-15,  0, -3,-20,  1,-15,-16,-11, -2, -3, -9, 13,-17;
/M: SY='E';  M= -6, 11,-24, 14, 38,-25,-15, -2,-25,  4,-22,-19,  8, -5, 12, -2,  9,  2,-24,-33,-19, 25;
/M: SY='E';  M= -9,  4,-26, 10, 26,-23,-22, -9,-14,  2,-13,-12, -4, -9,  4, -5, -2, -4,-10,-30,-15, 15;
/M: SY='A';  M= 39,-13,  4,-22,-14,-18, -6,-22, -9,-13, -9, -9,-13,-15,-14,-21,  6, -1,  3,-24,-20,-14;
/M: SY='E';  M=-12, -8,-26, -7, 16,  2,-23, -5,-11, -5, -2,  0,-10,-14,  6, -6,-10,-10,-15,-17, -2, 12;
/M: SY='E';  M= -8,  9,-24, 16, 23,-25,-18, -8,-22, -1,-19,-18,  0,  1,  3, -8,  5,  4,-17,-33,-18, 13;
/M: SY='K';  M= -5,  2,-14, -4, -2,-20,-14,  1,-18,  9,-18, -6,  8,-17,  0,  3, -1, -4,-15,-29,-11, -1;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-20,-30,-20,  9,-29,-18, 20,-28, 47, 24,-29,-29,-18,-19,-29,-10, 10,-20,  0,-19;
/M: SY='V';  M=  2,-26,-15,-28,-23,  3,-26,-21, 18,-21, 20, 10,-26,-27,-22,-19,-15, -4, 24,-20,  0,-23;
/M: SY='Q';  M= 12, -4,-22, -7,  2,-29, -2, -9,-21,  6,-21, -9, -2,-11, 14, -1,  5, -5,-17,-22,-16,  8;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-20,-30,-20,  9,-29,-18, 20,-28, 47, 24,-29,-29,-18,-19,-29,-10, 10,-20,  0,-19;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-21,-31,-21,  8,-30,-19, 23,-28, 45, 23,-28,-28,-18,-20,-28,-10, 12,-20,  0,-20;
/M: SY='A';  M= 26,-17,-11,-23,-17,-12,-12,-23,  6,-15, -4, -2,-15,-17,-16,-20,  5,  1, 17,-25,-15,-17;
/M: SY='Y';  M=-12,-15,-20,-20,-19, 17,-25,  8, -1,-16, -2,  0,-10,-25,-18,-12, -9, -2,  3,-11, 19,-19;
/M: SY='L';  M=-12,-30,-22,-34,-24, 24,-32,-22, 21,-30, 35, 15,-26,-28,-25,-22,-26,-10, 11,-13,  7,-24;
/M: SY='L';  M=-13,-30,-23,-35,-25, 25,-33,-23, 23,-30, 32, 15,-25,-27,-25,-23,-25,-10, 13,-12,  8,-25;
/M: SY='E';  M=  5,  0, -5,  2, 13,-25,-11,-11,-23, -6,-23,-19, -1, -2,  0,-12, 13,  1,-17,-35,-22,  6;
/M: SY='Y';  M=-12, -9,-23,-14,-11,  7,-21,  1, -6, -1, -5,  3, -3,-22,-10, -2,-12, -8, -5,-15,  8,-10;
/M: SY='H';  M=-14, -7,-27, -6, -5, -7,-22,  7, -9,-14,  2, -1, -6, -6, -4,-11,-14,-11,-14,-24, -3, -5;
/M: SY='S';  M=  8, -3,-20, -5, -6,-23,  6,-14,-21,-11,-26,-18,  3,  6, -7,-14, 16,  6,-16,-31,-23, -7;
/M: SY='T';  M= 14, -1,-15, -5, -4,-20,-10,-17,-16, -6,-17,-14, -2, -2, -7,-12, 14, 17, -7,-28,-17, -6;
/M: SY='V';  M=-11, -4,-11, -1, -2, -5,-25,-16, -4,-13, -6, -7,-10,-20,-14,-16, -8, -8,  2,-27, -9, -8;
/M: SY='D';  M=-13, 24,-29, 31, 12,-37, -1,  1,-32,  0,-27,-18, 14,-12, 17, -4,  1,-11,-30,-31,-18, 15;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='L';  M= -9,-30,-21,-32,-24,  6,-32,-24, 28,-29, 38, 19,-28,-28,-21,-22,-25, -9, 20,-21, -1,-24;
/M: SY='D';  M= -4, 24,-22, 30,  9,-29, -1, -5,-29, -4,-26,-23, 16,-11, -2,-10, 11,  1,-22,-36,-20,  4;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='E';  M= -7, 12,-26, 19, 27,-28,-15, -4,-28,  9,-22,-19,  4, -7,  8,  5,  4, -2,-22,-30,-17, 17;
/M: SY='Y';  M=-14,-26,-23,-26,-22, 23,-30, -4, 11,-20, 19,  8,-25,-30,-19,-16,-22, -9,  6,  3, 36,-22;
/M: SY='C';  M= -8,-24, 20,-30,-25,  6,-28,-23,  4,-26,  9,  4,-21,-30,-24,-22,-13, -6,  9,-27, -7,-24;
/M: SY='D';  M=-16, 37,-29, 53, 29,-36,-12, -1,-36,  2,-27,-27, 14, -7,  5, -7,  2, -8,-29,-37,-20, 17;
/M: SY='D';  M= -3, 18,-18, 21, 10,-25, -6, -5,-24, -5,-27,-21, 16,-11,  0, -8, 19,  6,-17,-38,-19,  5;
/M: SY='Y';  M=-14,-25,-25,-28,-22, 15,-31, -5, 18,-20, 23, 17,-24,-27,-14,-17,-24,-10,  6, -1, 30,-21;
/M: SY='L';  M= -7,-26,-19,-29,-18, 20,-27,-20, 12,-25, 27, 10,-25,-27,-23,-19,-21, -8, 10,-15,  3,-19;
/M: SY='E';  M=-13, 14,-29, 19, 27,-32,-17,  1,-29, 16,-24,-15,  8, -9, 20, 11, -2, -9,-27,-28,-15, 23;
/M: SY='N';  M=-15, 30,-25, 24,  4,-24, -8, 22,-27,  2,-27,-18, 37,-18,  3,  6,  2, -7,-29,-36,-12,  2;
/M: SY='K';  M= -7,  5,-25,  5,  3,-25,-13, -8,-24, 12,-27,-16,  9,  2,  1,  9,  5,  2,-20,-30,-17,  1;
/M: SY='T';  M=  3,-10,-14,-15,-11, -6,-18,-19, -5,-14, -5, -7, -8, -6,-13,-14,  9, 21,  1,-27,-11,-12;
/M: SY='V';  M= -2,-26,-14,-30,-27, -1,-30,-27, 28,-20, 10, 13,-25,-26,-24,-20, -9,  3, 39,-28, -8,-27;
/M: SY='L';  M= -9,-30,-19,-30,-21,  9,-30,-21, 21,-29, 47, 19,-30,-30,-21,-20,-28, -9, 13,-21, -1,-21;
/M: SY='Q';  M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	59 in 59 different sequences
Number of true positive hits	59 in 59 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	RdRp Nsp7 cofactor
Version [info]	1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

59 sequences

R1AB_BC133  (P0C6W1), R1AB_BC279  (P0C6V9), R1AB_BC512  (P0C6W0),

R1AB_BCHK3  (P0C6W2), R1AB_BCHK4  (P0C6W3), R1AB_BCHK5  (P0C6W4), 
R1AB_BCHK9  (P0C6W5), R1AB_BCRP3  (P0C6W6), R1AB_CVBEN  (P0C6W7), 
R1AB_CVBLU  (P0C6W8), R1AB_CVBM   (P0C6W9), R1AB_CVBQ   (P0C6X0), 
R1AB_CVH22  (P0C6X1), R1AB_CVHN1  (P0C6X2), R1AB_CVHN2  (P0C6X3), 
R1AB_CVHN5  (P0C6X4), R1AB_CVHNL  (P0C6X5), R1AB_CVHOC  (P0C6X6), 
R1AB_CVM2   (P0C6X8), R1AB_CVMA5  (P0C6X9), R1AB_CVMJH  (P0C6Y0), 
R1AB_CVPPU  (P0C6Y5), R1AB_FIPV   (Q98VG9), R1AB_IBVB   (P0C6Y1), 
R1AB_IBVBC  (P0C6Y2), R1AB_IBVM   (P0C6Y3), R1AB_MERS1  (K9N7C7), 
R1AB_PEDV7  (P0C6Y4), R1AB_SARS   (P0C6X7), R1AB_SARS2  (P0DTD1), 
R1A_BC133   (P0C6F7), R1A_BC279   (P0C6F5), R1A_BC512   (P0C6F6), 
R1A_BCHK3   (P0C6F8), R1A_BCHK4   (P0C6T4), R1A_BCHK5   (P0C6T5), 
R1A_BCHK9   (P0C6T6), R1A_BCRP3   (P0C6T7), R1A_CVBEN   (P0C6T8), 
R1A_CVBLU   (P0C6T9), R1A_CVBM(P0C6U0), R1A_CVBQ(P0C6U1), 
R1A_CVH22   (P0C6U2), R1A_CVHN1   (P0C6U3), R1A_CVHN2   (P0C6U4), 
R1A_CVHN5   (P0C6U5), R1A_CVHNL   (P0C6U6), R1A_CVHOC   (P0C6U7), 
R1A_CVM2(P0C6U9), R1A_CVMA5   (P0C6V0), R1A_CVMJH   (P0C6V1), 
R1A_CVPPU   (P0C6V2), R1A_IBVB(P0C6V3), R1A_IBVBC   (P0C6V4), 
R1A_IBVM(P0C6V5), R1A_MERS1   (K9N638), R1A_PEDV7   (P0C6V6), 
R1A_SARS(P0C6U8), R1A_SARS2   (P0DTC1)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

34 PDB

1YSY; 2AHM; 2KYS; 3UB0; 5F22; 6M71; 6NUR; 6WIQ; 6WQD; 6WTC; 6XIP; 6YHU; 6YYT; 7BTF; 7BV1; 7BV2; 7BZF; 7C2K; 7CYQ; 7DCD; 7DVX; 7EIZ; 7L1F; 7LHQ; 8EIR; 8GW1; 8GWB; 8GWE; 8GWF; 8GWG; 8GWI; 8GWN; 8GWO; 8GY6
» more