PROSITE entry PS51950
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | COV_NSP8 |
Accession [info] | PS51950 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
07-APR-2021 CREATED;
07-APR-2021 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC51948 |
Associated ProRule [info] | PRU01295 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=198; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=193; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8597527; R2=0.0114071; TEXT='-LogE'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=-3006.3264160; R2=36.8080101; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=889; H_SCORE=29716; N_SCORE=12.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=407; H_SCORE=11975; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='A'; M= 27, -4,-10, -9, -4,-20, 0,-14,-16,-10,-21,-16, 1,-10, -4,-14, 27, 11, -6,-31,-20, -4; /M: SY='V'; M= -4,-30,-16,-32,-27, 3,-32,-27, 30,-24, 22, 14,-28,-28,-26,-22,-17, -4, 36,-26, -6,-27; /M: SY='A'; M= 24, -5,-15,-13, -2,-24, -9,-12,-13, -5,-13, -7, -5,-10, 9,-10, 9, 7, -8,-22,-15, 4; /M: SY='S'; M= 6, 0,-14, 0, 4,-24, -4, -6,-20, -6,-28,-16, 8,-10, 11, -6, 32, 14,-14,-36,-18, 8; /M: SY='E'; M= 2, 5,-22, 8, 34,-25,-15, -7,-23, 2,-18,-17, 0, -4, 10, -5, 9, 2,-20,-30,-19, 22; /M: SY='F'; M=-20,-27,-23,-35,-27, 67,-30, -9, 0,-25, 7, 0,-20,-30,-32,-17,-20,-10, -3, 15, 43,-27; /M: SY='V'; M= 11,-17,-10,-18,-17,-10,-15,-22, 7,-15, -7, -3,-13,-20,-17,-17, 10, 7, 22,-32,-15,-17; /M: SY='N'; M= 2, 7,-21, 0, -6,-22, 13, 12,-25,-10,-25,-15, 18,-17, -4, -9, 9, -5,-23,-30,-15, -6; /M: SY='M'; M=-10,-26,-22,-32,-22, 4,-28,-14, 26,-22, 33, 36,-24,-24,-12,-18,-24,-10, 14,-20, 0,-18; /M: SY='P'; M= 6,-17,-32,-13, -3,-27,-15,-20,-17,-10,-25,-17,-17, 63,-10,-20, -5, -7,-22,-27,-27,-10; /M: SY='S'; M= 10, 0,-10, 0, 0,-20, 0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10, 0,-10, 40, 20,-10,-40,-20, 0; /M: SY='Y'; M=-20,-27,-29,-31,-25, 47,-29, -3, -3,-19, 1, -3,-23,-30,-23,-15,-23,-13, -9, 39, 53,-24; /M: SY='V'; M= 16,-23,-13,-28,-23, -7,-21,-27, 19,-18, 5, 5,-22,-22,-22,-21, -5, -1, 30,-25,-12,-23; /M: SY='E'; M= 15, -3,-22, -4, 20,-22,-14,-12,-12, -3,-11,-11, -7, -7, 3,-12, 2, -6,-10,-25,-17, 10; /M: SY='Y'; M=-19,-21,-29,-21,-20, 27,-30, 14, 3,-13, 7, 3,-21,-30,-11,-11,-21,-10, -7, 23, 69,-20; /M: SY='E'; M= -1, 7,-27, 14, 49,-28,-17, -3,-27, 7,-18,-18, -2, -2, 15, -3, 2, -8,-25,-28,-20, 32; /M: SY='R'; M= -8, -5,-19,-10, -8,-12,-20,-13, -8, 3, -7, -5, -1,-19, -6, 9, -2, 9, -2,-27,-10, -8; /M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20, 0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10, 0, 0,-20,-20,-10; /M: SY='R'; M=-14, -4,-30, -4, 8,-28,-20, -3,-28, 36,-25, -8, 0,-14, 18, 42, -8,-10,-22,-20,-10, 11; /M: SY='Q'; M= -1, 8,-25, 4, 16,-29,-13, -1,-23, 16,-23,-11, 10,-10, 19, 8, 1, -7,-23,-25,-15, 17; /M: SY='B'; M= -2, 12,-22, 9, 7,-21,-12, -3,-15, -5, -9,-10, 12,-15, 5, -7, -1, -6,-18,-29,-15, 6; /M: SY='Y'; M=-16,-24,-26,-24,-20, 22,-30, 3, 8,-18, 21, 8,-24,-30,-14,-14,-24,-10, -2, 9, 47,-20; /M: SY='E'; M=-13, 21,-30, 34, 49,-33,-17, 0,-33, 7,-23,-23, 5, -3, 15, -3, 0,-10,-30,-33,-20, 32; /M: SY='E'; M=-11, 15,-29, 19, 32,-32,-16, 1,-29, 15,-24,-16, 10, -7, 20, 6, -1, -9,-28,-29,-17, 26; /M: SY='A'; M= 41,-14,-10,-22,-14,-16, -6,-22, -2,-12, -6, -6,-14,-14,-14,-20, 6, 0, 9,-22,-18,-14; /M: SY='V'; M= -7,-19,-20,-19,-13, -9,-26,-18, 3, 4, 2, 4,-18,-23,-12, 6,-14, -6, 14,-24, -8,-13; /M: SY='A'; M= 19, -5,-14,-11, -8,-18, -8,-15, -8, -2,-14, -9, -1,-15, -8, -9, 8, 1, 1,-27,-17, -8; /I: I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: SY='N'; M= -5, 29,-17, 15, 0,-20, 0, 5,-20, -3,-30,-20, 46,-17, 0, -3, 18, 5,-25,-40,-20, 0; /M: SY='G'; M= -3, -1,-30, 1,-14,-31, 59,-17,-40,-17,-30,-21, 3,-19,-17,-19, 0,-19,-30,-23,-29,-16; /M: SY='S'; M= 2, 2,-17, 5, -5,-22, 7,-13,-20,-12,-24,-17, 4,-15, -8,-13, 19, 5, -8,-35,-20, -6; /M: SY='A'; M= 16,-11,-14,-12, -8,-17, -8,-18, -8,-12,-17,-12, -7, -1,-10,-16, 16, 7, 1,-31,-19,-10; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='P'; M=-10, -6,-34, -1, 19,-35,-20, -3,-22, 2,-24,-11, -8, 30, 27, -3, -4,-10,-30,-25,-19, 21; /M: SY='Q'; M= -8, -5,-27, -5, 12,-34,-22, 4,-12, 5,-15, 2, -5,-13, 46, 5, -2, -8,-17,-22,-10, 29; /M: SY='I'; M= -8,-14,-26,-15, 2,-15,-28,-12, 9,-10, 4, 5,-14,-16, 8,-11,-10, -8, 3,-23, -8, 3; /M: SY='L'; M= -9,-30,-21,-32,-24, 6,-32,-24, 29,-29, 38, 19,-28,-28,-21,-22,-25, -9, 20,-21, -1,-24; /M: SY='K'; M= 1, -2,-26, -4, 6,-28,-16,-12,-26, 39,-26,-10, -2,-10, 6, 21, -6, -8,-16,-20,-12, 6; /M: SY='Q'; M= 1, -2,-26, -4, 13,-35,-16, 1,-20, 13,-20, -3, -2,-10, 39, 7, 0, -8,-23,-20,-12, 26; /M: SY='L'; M=-12,-28,-22,-28,-20, 14,-30,-12, 16,-26, 41, 16,-28,-30,-18,-18,-28,-10, 6,-11, 15,-20; /M: SY='R'; M=-12, 0,-27, 1, 18,-24,-20, -6,-27, 24,-21,-13, 0,-10, 10, 29, -3, -1,-20,-24,-13, 12; /M: SY='K'; M=-11, 0,-30, 0, 9,-29,-20, 4,-30, 42,-29, -9, 1,-11, 10, 26,-10,-11,-21,-21, -6, 9; /M: SY='A'; M= 44, -8,-10,-17, -8,-20, 0,-18,-12,-10,-13,-12, -7,-10, -8,-18, 15, 3, -2,-23,-20, -8; /M: SY='C'; M= 0,-21, 20,-30,-22, 4,-22,-18, -2,-21, 7, 10,-20,-27,-19,-20,-13, -8, 1,-24, -8,-20; /M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20, 0,-20, 0, 10,-20, 0,-30,-20, 60,-20, 0, 0, 10, 0,-30,-40,-20, 0; /M: SY='I'; M= -6,-30,-22,-36,-30, 0,-36,-30, 42,-26, 16, 16,-24,-24,-24,-26,-16, -6, 38,-24, -4,-30; /M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20, 0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10, 0, 0,-20,-20,-10; /M: SY='K'; M=-10, 0,-30, 0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10, 0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10; /M: SY='S'; M= 15, -1,-10, -2, -1,-20, 0,-11,-19,-10,-28,-19, 8,-10, -1,-11, 36, 18, -9,-38,-20, -1; /M: SY='E'; M= 7, 3,-21, 7, 18,-23,-15,-11,-15, -2,-13,-13, -6,-10, 0,-11, 1, -5, -7,-29,-18, 9; /M: SY='F'; M=-20,-27,-23,-35,-27, 66,-30, -9, 0,-25, 7, 0,-20,-30,-32,-17,-20,-10, -3, 15, 44,-27; /M: SY='D'; M=-16, 33,-30, 49, 37,-36,-14, 0,-36, 4,-26,-26, 12, -6, 8, -6, 0,-10,-30,-36,-20, 22; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='D'; M=-16, 35,-30, 51, 35,-36,-14, 0,-36, 4,-26,-26, 12, -6, 8, -6, 0,-10,-30,-36,-20, 22; /M: SY='A'; M= 15,-13,-17,-17, -8,-14,-11,-13,-11, -3, -4, -6, -9,-16, -5, 6, 1, -2, -5,-22,-14, -8; /M: SY='A'; M= 35, -6,-10,-12, -6,-20, 0,-16,-14,-10,-18,-14, -2,-10, -6,-16, 22, 8, -4,-28,-20, -6; /M: SY='V'; M= -2,-25,-12,-27,-26, -1,-27,-24, 23,-17, 9, 15,-25,-26,-23,-17, -8, 5, 37,-28, -8,-24; /M: SY='Q'; M= 6, -3,-25, -5, 12,-35,-15, 2,-17, 5,-17, -3, -3,-10, 41, 2, 3, -7,-22,-20,-13, 26; /M: SY='R'; M=-16, -6,-30, -6, 4,-24,-20, -4,-30, 39,-24,-10, 0,-16, 10, 52,-10,-10,-20,-20,-10, 4; /M: SY='K'; M=-10, 0,-30, 0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10, 0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10; /M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21, 9,-31,-21, 24,-30, 46, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 12,-20, 0,-21; /M: SY='D'; M=-15, 32,-29, 43, 35,-33,-13, 1,-33, 4,-26,-25, 16, -7, 9, -5, 1, -9,-30,-36,-20, 22; /M: SY='R'; M=-11, -5,-26, -5, 3,-23,-16, -5,-28, 28,-25,-12, 2,-15, 8, 43, -1, -4,-18,-24,-12, 3; /M: SY='M'; M=-10,-20,-20,-30,-20, 0,-20, 0, 20,-10, 20, 60,-20,-20, 0,-10,-20,-10, 10,-20, 0,-10; /M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20, 0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10, 0, 0,-20,-20,-10; /M: SY='E'; M=-14, 27,-30, 41, 43,-34,-16, 0,-34, 6,-24,-24, 9, -4, 11, -4, 0,-10,-30,-34,-20, 27; /M: SY='Q'; M=-12,-10,-27,-10, 5,-23,-23, 0,-11, 3, -1, 4, -8,-17, 29, 13,-10,-10,-17,-20, -7, 16; /M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20, 0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10, 0, 0,-20,-20,-10; /M: SY='M'; M= 13,-19,-16,-26,-16, -5,-15,-13, 8,-15, 17, 22,-19,-19, -9,-17,-11, -6, 6,-20, -8,-13; /M: SY='T'; M= 19, -4,-10,-14,-10,-14,-12,-20,-10,-10,-10,-10, -4,-10,-10,-14, 16, 31, 0,-26,-14,-10; /M: SY='N'; M= 2, 10,-18, 1, 3,-24, -9, -2,-17, -2,-21,-11, 17,-13, 14, -3, 13, 9,-18,-30,-15, 8; /M: SY='M'; M=-10,-20,-20,-30,-20, 0,-20, 0, 20,-10, 20, 60,-20,-20, 0,-10,-20,-10, 10,-20, 0,-10; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20; /M: SY='K'; M=-10, 0,-30, 0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10, 0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10; /M: SY='E'; M=-10, 8,-30, 17, 54,-32,-20, 2,-28, 10,-20,-17, 0, -2, 26, 2, 0,-10,-30,-28,-18, 40; /M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20, 0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10, 0, 0,-20,-20,-10; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='A'; M= 18,-18,-15,-24,-18,-11,-16,-23, 12,-17, -1, 0,-13,-16,-15,-21, 3, 0, 16,-25,-13,-18; /M: SY='T'; M= -4, 1,-16, -5, -4,-12,-18,-13, 0, -8, -9, -7, 5,-19,-10,-10, 3, 8, 6,-33,-14, -7; /M: SY='D'; M=-18, 48,-28, 58, 15,-35, -8, 2,-35, 0,-30,-28, 30,-12, 0, -8, 2, -8,-30,-40,-20, 8; /M: SY='R'; M=-16, -6,-30, -6, 4,-24,-20, -4,-30, 39,-24,-10, 0,-16, 10, 53,-10,-10,-20,-20,-10, 4; /M: SY='R'; M=-13, -3,-30, -3, 7,-27,-20, -7,-30, 43,-27,-10, 0,-13, 10, 44,-10,-10,-20,-20,-10, 7; /M: SY='S'; M= 24, -3,-10, -7, -3,-20, 0,-13,-17,-10,-23,-17, 3,-10, -3,-13, 30, 13, -7,-33,-20, -3; /M: SY='K'; M=-10, 0,-30, 0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10, 0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10; /M: SY='V'; M= -3,-30,-15,-31,-28, 2,-31,-28, 31,-23, 19, 13,-29,-29,-27,-21,-15, -3, 40,-27, -7,-28; /M: SY='V'; M= 0,-25,-10,-27,-27, -2,-28,-28, 24,-18, 7, 7,-25,-27,-27,-18, -5, 8, 42,-30,-10,-27; /M: SY='S'; M= 10, 0,-10, 0, 0,-20, 0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10, 0,-10, 40, 20,-10,-40,-20, 0; /M: SY='A'; M= 42, -8,-10,-16, -8,-20, 0,-18,-12,-10,-14,-12, -6,-10, -8,-18, 16, 4, -2,-24,-20, -8; /M: SY='M'; M=-10,-25,-20,-30,-20, 5,-25, -9, 20,-19, 34, 42,-25,-25, -9,-15,-25,-10, 10,-20, 0,-15; /M: SY='H'; M=-16, 0,-30, 0, 9,-29,-20, 61,-26, -1,-20, 0, 6,-16, 31, 4, -6,-16,-30,-26, 7, 17; /M: SY='T'; M= 13, -2,-10, -8, -6,-16, -9,-16,-14,-10,-18,-14, 2,-10, -6,-12, 26, 29, -4,-32,-16, -6; /M: SY='L'; M=-10,-26,-20,-30,-20, 6,-26,-11, 20,-21, 37, 37,-26,-26,-11,-16,-26,-10, 10,-20, 0,-16; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='G'; M= 5, -4,-18, -5, -9,-22, 24,-15,-26,-14,-27,-18, 5,-14, -9,-14, 22, 9,-16,-31,-22, -9; /M: SY='M'; M=-10,-20,-20,-30,-20, 0,-20, 0, 20,-10, 20, 60,-20,-20, 0,-10,-20,-10, 10,-20, 0,-10; /M: SY='L'; M= -7,-30,-17,-30,-23, 7,-30,-23, 23,-27, 39, 17,-30,-30,-23,-20,-25, -7, 21,-23, -3,-23; /M: SY='R'; M=-17, -7,-30, -7, 3,-23,-20, -3,-30, 37,-23,-10, 0,-17, 10, 57,-10,-10,-20,-20,-10, 3; /M: SY='K'; M=-12, -2,-30, -2, 8,-28,-20, -8,-30, 45,-28,-10, 0,-12, 10, 40,-10,-10,-20,-20,-10, 8; /M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-32,-22, 8,-32,-22, 26,-30, 44, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 14,-20, 0,-22; /M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 10; /M: SY='N'; M= -6, 9,-18, -3, -8,-12, -8, 2, -5, -6,-11, 11, 20,-18, 0, -6, 4, 0,-11,-32,-12, -4; /M: SY='E'; M= -4, 10,-22, 15, 20,-30,-11, -1,-25, 1,-25,-16, 7, -8, 20, -3, 15, 2,-22,-33,-17, 20; /M: SY='A'; M= 23, -4,-14, -9, -2,-22, -4,-14,-18, 1,-21,-14, 0,-10, -2, -7, 18, 6, -8,-28,-18, -2; /M: SY='L'; M= -6,-30,-16,-30,-24, 6,-30,-24, 24,-26, 35, 16,-30,-30,-24,-20,-22, -6, 25,-24, -4,-24; /M: SY='N'; M=-12, 42,-22, 32, 5,-25, -2, 8,-25, 0,-30,-22, 50,-18, 0, -2, 8, -2,-30,-40,-20, 2; /M: SY='T'; M= 1, 1,-12, -6, -9,-12,-13,-14, -7,-10,-15,-11, 6,-15, -9,-10, 18, 25, 2,-34,-14, -9; /M: SY='I'; M=-10,-30,-28,-38,-28, 2,-38,-28, 44,-30, 26, 20,-22,-22,-20,-28,-22,-10, 26,-20, 0,-28; /M: SY='L'; M=-12,-30,-23,-35,-25, 20,-33,-23, 25,-30, 34, 16,-25,-27,-24,-23,-25,-10, 14,-14, 6,-25; /M: SY='D'; M=-16, 46,-26, 50, 12,-32, -6, 4,-32, 0,-30,-26, 36,-14, 0, -6, 4, -6,-30,-40,-20, 6; /M: SY='N'; M=-10, 11,-23, 1, 2,-20,-13, 5,-10, -2,-11, 1, 20,-18, 17, 0, -2, -6,-20,-29,-12, 10; /M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20, 0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10, 0, 0,-20,-20,-10; /M: SY='R'; M= -8,-12,-21,-12, -7,-16,-19,-11,-12, 11,-15, -6, -6,-20, -3, 26, -1, -2, 1,-26,-12, -7; /M: SY='D'; M= -9, 24,-24, 25, 8,-28, -8, -2,-28, 12,-30,-20, 23,-13, 3, 3, 7, -2,-24,-35,-17, 6; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='C'; M= -4,-26, 46,-30,-30, -9,-30,-30, 4,-24, -3, -3,-26,-34,-30,-24,-10, -4, 24,-39,-19,-30; /M: SY='V'; M= -1,-30,-11,-30,-29, 1,-30,-29, 29,-21, 16, 11,-30,-30,-29,-20,-13, -1, 44,-29, -9,-29; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='N'; M= 9, 15,-14, 5, -2,-20, 0, -3,-18, -6,-26,-18, 28,-14, -2, -8, 22, 8,-17,-36,-20, -2; /M: SY='V'; M= 11,-19,-16,-27,-21, -7,-23,-25, 18,-18, 4, 4,-16,-18,-18,-21, -2, 6, 21,-24,-10,-21; /M: SY='I'; M= -8,-30,-26,-38,-30, 0,-38,-30, 46,-28, 18, 18,-22,-22,-22,-28,-18, -8, 34,-22, -2,-30; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='A'; M= 16,-17,-19,-21,-13,-13,-15,-20, 3,-17, 0, -2,-13, -2,-12,-20, 0, -2, 2,-24,-14,-14; /M: SY='V'; M= 4,-19,-13,-23,-19, -3,-23,-23, 11,-19, 13, 4,-19,-22,-19,-17, -4, 11, 18,-26, -9,-19; /M: SY='S'; M= 9, -5, 14,-11,-10,-17,-11,-18,-18,-14,-20,-16, -1,-16,-10,-15, 21, 20, -6,-36,-19,-10; /M: SY='A'; M= 37, -7,-10,-14, -7,-20, 0,-17,-13,-10,-16,-13, -4,-10, -7,-17, 19, 6, -3,-26,-20, -7; /M: SY='N'; M= 9, 16,-15, 1, -5,-17, -5, -6,-15, -5,-19,-15, 25,-15, -5, -8, 13, 13,-14,-32,-17, -5; /M: SY='K'; M=-10, -3,-25, -5, 2,-22,-20,-10,-25, 29,-22,-10, 0,-13, 5, 29, -2, 6,-15,-23,-10, 2; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='T'; M= -3, -6,-13,-15,-15, -7,-20,-16, 4,-11, -3, 5, -3,-18,-12,-11, 5, 21, 11,-30,-10,-14; /M: SY='I'; M= -6,-30,-20,-34,-28, 2,-34,-28, 36,-26, 21, 16,-26,-26,-24,-24,-18, -6, 35,-24, -4,-28; /M: SY='V'; M= -4,-30,-18,-34,-30, 0,-34,-30, 38,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 42,-26, -6,-30; /M: SY='V'; M= -2,-22,-14,-27,-25, -3,-29,-27, 23,-19, 7, 7,-20,-23,-23,-19, -4, 11, 33,-28, -8,-25; /M: SY='P'; M= -7,-17,-36, -9, 0,-29,-17,-19,-20,-10,-30,-20,-16, 77, -9,-19, -4, -6,-27,-31,-29, -9; /M: SY='D'; M=-16, 43,-27, 60, 17,-37, -9, -1,-37, -1,-30,-29, 19,-10, 0,-10, 6, -6,-27,-40,-20, 9; /M: SY='Y'; M=-13,-15,-30,-14, -7,-10,-25, 2, -6, 1, -7, -1,-12, 0, -5, -4,-16,-11,-11,-15, 7, -9; /M: SY='E'; M= -8, 14,-27, 22, 24,-32, -1, -3,-31, 0,-25,-20, 6, -8, 11, -6, 6, -7,-27,-31,-20, 18; /M: SY='T'; M= 2,-12,-10,-16,-16, -8,-19,-22, 4,-14, -7, -4,-10,-18,-16,-14, 12, 22, 18,-32,-12,-16; /M: SY='Y'; M=-20,-28,-30,-31,-26, 45,-28, -5, -4,-20, 0, -4,-24,-30,-23,-16,-24,-14,-10, 45, 51,-24; /M: SY='D'; M= -7, 9,-20, 12, -2,-21,-15,-11,-12, 0,-18,-12, 5,-17, -8, -6, 2, -1, -1,-34,-15, -5; /M: SY='K'; M=-11, 5,-28, 2, 10,-30,-17, 0,-26, 29,-26, -9, 9,-13, 22, 25, -4, -8,-24,-23,-12, 15; /M: SY='V'; M= -6,-22, 8,-30,-26, -5,-30,-25, 17,-22, 5, 10,-20,-25,-21,-22, -9, 2, 21,-30,-10,-25; /M: SY='V'; M= -7,-21, 4,-23,-18,-11,-26,-17, 5,-10, -2, 7,-19,-26,-10, -4,-10, -5, 16,-29,-12,-15; /M: SY='D'; M=-14, 19,-28, 29, 19,-31,-17, -2,-26, 5,-21,-17, 5,-12, 10, 4, -2, -9,-19,-32,-16, 14; /M: SY='N'; M= -8, 16,-27, 16, 11,-28, 18, -4,-32, -4,-27,-21, 19,-13, -2, -8, 3,-11,-30,-30,-23, 5; /M: SY='V'; M= -3, -4,-18,-10,-19,-13, 3,-16, -2,-14,-12, -6, 4,-25,-19,-14, -2, -5, 7,-31,-18,-19; /M: SY='Y'; M=-14, -6, -5,-13,-14, 7,-22, 16,-14,-13,-11, -7, 0,-25,-11,-10, -6, -1,-14,-13, 21,-14; /M: SY='V'; M= -3,-30,-12,-32,-30, 13,-30,-28, 25,-22, 10, 8,-28,-30,-32,-20,-12, -2, 42,-24, -4,-30; /M: SY='H'; M= -8, 0,-18, -6, -6,-14,-20, 26,-18,-10,-14, -6, 4,-14, -2, -6, 8, 23,-12,-30, 2, -6; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20; /M: SY='A'; M= 42, -8,-10,-16, -8,-20, 0,-18,-12,-10,-14,-12, -6,-10, -8,-18, 16, 4, -2,-24,-20, -8; /M: SY='G'; M= 0, -8,-24, -8,-12,-25, 31,-18,-29,-15,-26,-18, -1, -3,-14,-17, 9, 1,-21,-26,-25,-14; /M: SY='A'; M= 12, -1,-13,-11,-13,-13,-12,-15, -1,-10, -9, -7, 4,-19,-13,-13, 5, 6, 7,-30,-16,-13; /M: SY='V'; M= -4,-30,-17,-33,-28, 2,-33,-28, 34,-24, 19, 14,-27,-27,-26,-23,-16, -4, 38,-26, -6,-28; /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20; /M: SY='N'; M= -9, 14,-22, 7, 10,-22,-14, 12,-20, -1,-21,-12, 20,-13, 11, -1, 7, 7,-22,-32,-11, 9; /M: SY='I'; M= -9,-30,-26,-37,-29, 1,-37,-29, 44,-29, 22, 19,-23,-23,-21,-27,-20, -9, 31,-21, -1,-29; /M: SY='Q'; M=-10, 1,-27, 4, 7,-29,-22, -3, -8, -1,-13, -2, -3,-14, 26, -3, -4, -9,-11,-25,-11, 16; /M: SY='E'; M= -5, 9,-21, 11, 18,-25,-16, -6,-22, 0,-19,-15, 4, -7, 11, -4, 12, 14,-17,-31,-15, 15; /M: SY='V'; M= -4,-30,-18,-34,-30, 0,-34,-30, 38,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 42,-26, -6,-30; /M: SY='K'; M= -8,-10,-27,-12, -1,-22,-25,-11, -3, 13,-12, 1, -8,-15, 12, 5, -9, -8, -2,-22, -8, 4; /M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 10; /M: SY='A'; M= 30, 4,-12, -7, -6,-20, 0,-11,-14, -8,-18,-14, 10,-12, -6,-14, 14, 3, -9,-28,-20, -6; /M: SY='D'; M=-19, 49,-29, 63, 17,-37, -9, 1,-37, 0,-30,-29, 26,-11, 0, -9, 1, -9,-30,-40,-20, 9; /M: SY='G'; M= 2, -8,-27, -8,-17,-28, 59,-18,-37,-18,-30,-20, 2,-18,-17,-18, 6,-14,-27,-23,-28,-17; /M: SY='T'; M= 4, -1,-18, -6, -1,-21,-15,-15,-19, 14,-21,-11, 0,-10, -1, 5, 10, 16, -9,-26,-13, -1; /M: SY='N'; M= -9, 0,-22, -5, -1,-14,-20, 5, 0, -9, -9, -3, 6,-19, -6,-10, -4, -6, 0,-31, -9, -5; /M: SY='V'; M= -5,-22,-17,-22,-17, -6,-27,-23, 12, -3, 7, 6,-22,-25,-17, -6,-14, -5, 23,-25, -8,-17; /M: SY='H'; M=-16, 0,-30, 0, 9,-29,-20, 61,-26, -1,-20, 0, 6,-16, 31, 4, -6,-16,-30,-26, 7, 17; /M: SY='L'; M= -9,-28,-23,-26,-17, 1,-28,-21, 14,-25, 30, 11,-28, -7,-19,-20,-24, -9, 8,-23, -7,-19; /M: SY='N'; M= -5, 11,-20, 4, 2,-22,-11, -6,-22, 16,-26,-14, 18,-13, 2, 8, 9, 9,-17,-30,-14, 2; /M: SY='E'; M= -7, 13,-26, 22, 44,-29,-15, -2,-29, 5,-23,-21, 4, -3, 14, -3, 8, -4,-26,-33,-20, 29; /M: SY='V'; M= -4,-24,-19,-31,-26, -2,-32,-28, 31,-22, 11, 11,-20,-22,-22,-22, -9, 5, 32,-26, -6,-26; /M: SY='T'; M= -3, 11,-18, 6, -5,-21, 4,-11,-22, -9,-22,-17, 13,-13, -8,-10, 15, 17,-16,-32,-18, -6; /M: SY='A'; M= 10, -2,-17, -4, -6,-18,-11,-12, -9, -3,-12, -1, -5,-14, -5, -9, 5, 0, -1,-28,-14, -5; /M: SY='D'; M= -3, 18,-26, 21, 10,-32, 5, -4,-30, -3,-25,-19, 12,-12, 5, -8, 3, -9,-26,-30,-21, 8; /M: SY='N'; M= -7, 13, 2, 1, -8,-14,-10, -4,-14,-11,-14,-12, 25,-24, -8, -9, 3, -1,-17,-38,-18, -8; /M: SY='T'; M= 4, 6,-17, 0, 6,-21,-11, -8,-17, -3,-19,-13, 9,-10, 5, -6, 15, 16,-14,-31,-16, 6; /I: I=-9; MD=-18; /M: SY='E'; M= -9, -9,-22, -5, 8, -5,-18, -2, -8, -5, -2, -5,-11, 4, -1, -8,-10, -7,-12, -9, 5, 2; D=-9; /I: I=-9; MD=-18; /M: SY='N'; M= -5, 5, 12, -4, -9,-12,-10, -7, -8,-10,-14,-10, 13,-17, -8,-10, 4, -1, -9,-29,-14, -9; D=-9; /I: I=-9; MD=-18; /M: SY='L'; M= -7,-22,-16,-24,-16, 5,-24,-16, 20,-22, 31, 15,-20,-20,-15,-16,-20, -7, 11,-15, 0,-16; D=-9; /I: I=-9; MD=-18; /M: SY='S'; M= 11, -5, -7, -8, -6,-11, -6,-13, -6, -8,-11, -8, -2,-10, -6,-10, 16, 13, 3,-23,-12, -6; D=-9; /I: I=-9; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18; /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='V'; M= -3,-20,-19,-23,-18, -8,-27,-23, 17, -8, 0, 5,-16,-21,-15,-12, -6, -2, 23,-27, -9,-18; /M: SY='I'; M= -7,-30,-21,-34,-28, 2,-34,-28, 36,-27, 24, 17,-26,-26,-23,-24,-19, -7, 32,-23, -3,-28; /M: SY='T'; M= -2, 2,-17, -7,-11,-14, -5,-15, -8,-12,-14,-10, 10,-15,-10,-12, 12, 19, -6,-30,-14,-11; /M: SY='C'; M= 16,-18, 38,-26,-20,-14,-17,-24,-12,-21, -3, -8,-18,-25,-20,-24, -5, -6, -2,-32,-20,-20; /M: SY='E'; M= -8, 10,-22, 7, 18,-17,-16, -4,-16, -3,-10,-12, 12,-12, 3, -5, 2, 4,-18,-31,-15, 10; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='H'; M= -1, -1,-20, -9,-10,-14,-17, 16, -5,-12,-10, -3, 6,-18, -6,-11, 0, 0, -4,-29, -4,-10; /M: SY='N'; M= -4, 8,-18, -2,-12,-16, 3,-10,-10,-10,-17,-11, 18,-21,-12,-10, 5, 3, -6,-32,-18,-12; /I: I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22; /M: SY='S'; M= 4, -6, -6, -6, -6, -9, -6,-10, -3, -8,-11, -7, -1,-10, -6, -8, 15, 9, 5,-23,-10, -6; D=-10; /I: I=-10; DM=-22; /M: SY='A'; M= 11, 6,-10, 6, -1,-15, -4, -9,-12, -4,-10,-10, 1, -6, -4, -9, 6, 4, -6,-17,-11, -2; D=-10; /I: I=-10; DM=-22; /M: SY='V'; M= 0,-14, -6,-16,-16, -1,-17,-17, 13,-11, 3, 3,-14,-16,-16,-11, -2, 7, 24,-18, -6,-16; D=-10; /I: I=-10; DM=-22; /M: SY='K'; M= -5,-14,-21,-14, -8,-16,-25,-19, -2, 18,-12, -1,-14,-19, -8, 7,-10, -5, 12,-25,-10, -8; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='Q'; M=-10, 0,-30, 0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20, 0, 0,-10, 60, 10, 0,-10,-30,-20,-10, 40; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
Total number of hits | 59 in 59 different sequences |
Number of true positive hits | 59 in 59 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 0 |
Number of false negative sequences | 0 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
Taxonomic range [info] | Eukaryotic viruses |
Maximum number of repetitions [info] | 1 |
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | reversed |
Author [info] | CJA_Sigrist |
Feature key [info] | DOMAIN |
Feature description [info] | RdRp Nsp8 cofactor |
Version [info] | 1 |
Cross-references [info]
UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
59 sequences
R1AB_BC133 (P0C6W1), R1AB_BC279 (P0C6V9), R1AB_BC512 (P0C6W0), R1AB_BCHK3 (P0C6W2), R1AB_BCHK4 (P0C6W3), R1AB_BCHK5 (P0C6W4), R1AB_BCHK9 (P0C6W5), R1AB_BCRP3 (P0C6W6), R1AB_CVBEN (P0C6W7), R1AB_CVBLU (P0C6W8), R1AB_CVBM (P0C6W9), R1AB_CVBQ (P0C6X0), R1AB_CVH22 (P0C6X1), R1AB_CVHN1 (P0C6X2), R1AB_CVHN2 (P0C6X3), R1AB_CVHN5 (P0C6X4), R1AB_CVHNL (P0C6X5), R1AB_CVHOC (P0C6X6), R1AB_CVM2 (P0C6X8), R1AB_CVMA5 (P0C6X9), R1AB_CVMJH (P0C6Y0), R1AB_CVPPU (P0C6Y5), R1AB_FIPV (Q98VG9), R1AB_IBVB (P0C6Y1), R1AB_IBVBC (P0C6Y2), R1AB_IBVM (P0C6Y3), R1AB_MERS1 (K9N7C7), R1AB_PEDV7 (P0C6Y4), R1AB_SARS (P0C6X7), R1AB_SARS2 (P0DTD1), R1A_BC133 (P0C6F7), R1A_BC279 (P0C6F5), R1A_BC512 (P0C6F6), R1A_BCHK3 (P0C6F8), R1A_BCHK4 (P0C6T4), R1A_BCHK5 (P0C6T5), R1A_BCHK9 (P0C6T6), R1A_BCRP3 (P0C6T7), R1A_CVBEN (P0C6T8), R1A_CVBLU (P0C6T9), R1A_CVBM(P0C6U0), R1A_CVBQ(P0C6U1), R1A_CVH22 (P0C6U2), R1A_CVHN1 (P0C6U3), R1A_CVHN2 (P0C6U4), R1A_CVHN5 (P0C6U5), R1A_CVHNL (P0C6U6), R1A_CVHOC (P0C6U7), R1A_CVM2(P0C6U9), R1A_CVMA5 (P0C6V0), R1A_CVMJH (P0C6V1), R1A_CVPPU (P0C6V2), R1A_IBVB(P0C6V3), R1A_IBVBC (P0C6V4), R1A_IBVM(P0C6V5), R1A_MERS1 (K9N638), R1A_PEDV7 (P0C6V6), R1A_SARS(P0C6U8), R1A_SARS2 (P0DTC1)» more
|
PDB [Detailed view] |
34 PDB
2AHM; 3UB0; 5F22; 6M71; 6NUR; 6NUS; 6WIQ; 6WQD; 6WTC; 6XIP; 6YHU; 6YYT; 7BTF; 7BV1; 7BV2; 7BZF; 7C2K; 7CYQ; 7DCD; 7EIZ; 7L1F; 7YWR; 8EIR; 8GW1; 8GWB; 8GWE; 8GWF; 8GWG; 8GWI; 8GWK; 8GWM; 8GWN; 8GWO; 8GY6 » more |