Due to maintenance work, this service will be unavailable from Mon Nov 11 17:30 until Tue Nov 12 09:00 CET. Apologies for the inconvenience.

PROSITE entry PS51950

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	COV_NSP8
Accession [info]	PS51950
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	07-APR-2021 CREATED; 07-APR-2021 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51948
Associated ProRule [info]	PRU01295

Name and characterization of the entry

Description [info]

Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=198;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=193;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8597527; R2=0.0114071; TEXT='-LogE';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=-3006.3264160; R2=36.8080101; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=889; H_SCORE=29716; N_SCORE=12.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=407; H_SCORE=11975; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='A';  M= 27, -4,-10, -9, -4,-20,  0,-14,-16,-10,-21,-16,  1,-10, -4,-14, 27, 11, -6,-31,-20, -4;
/M: SY='V';  M= -4,-30,-16,-32,-27,  3,-32,-27, 30,-24, 22, 14,-28,-28,-26,-22,-17, -4, 36,-26, -6,-27;
/M: SY='A';  M= 24, -5,-15,-13, -2,-24, -9,-12,-13, -5,-13, -7, -5,-10,  9,-10,  9,  7, -8,-22,-15,  4;
/M: SY='S';  M=  6,  0,-14,  0,  4,-24, -4, -6,-20, -6,-28,-16,  8,-10, 11, -6, 32, 14,-14,-36,-18,  8;
/M: SY='E';  M=  2,  5,-22,  8, 34,-25,-15, -7,-23,  2,-18,-17,  0, -4, 10, -5,  9,  2,-20,-30,-19, 22;
/M: SY='F';  M=-20,-27,-23,-35,-27, 67,-30, -9,  0,-25,  7,  0,-20,-30,-32,-17,-20,-10, -3, 15, 43,-27;
/M: SY='V';  M= 11,-17,-10,-18,-17,-10,-15,-22,  7,-15, -7, -3,-13,-20,-17,-17, 10,  7, 22,-32,-15,-17;
/M: SY='N';  M=  2,  7,-21,  0, -6,-22, 13, 12,-25,-10,-25,-15, 18,-17, -4, -9,  9, -5,-23,-30,-15, -6;
/M: SY='M';  M=-10,-26,-22,-32,-22,  4,-28,-14, 26,-22, 33, 36,-24,-24,-12,-18,-24,-10, 14,-20,  0,-18;
/M: SY='P';  M=  6,-17,-32,-13, -3,-27,-15,-20,-17,-10,-25,-17,-17, 63,-10,-20, -5, -7,-22,-27,-27,-10;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='Y';  M=-20,-27,-29,-31,-25, 47,-29, -3, -3,-19,  1, -3,-23,-30,-23,-15,-23,-13, -9, 39, 53,-24;
/M: SY='V';  M= 16,-23,-13,-28,-23, -7,-21,-27, 19,-18,  5,  5,-22,-22,-22,-21, -5, -1, 30,-25,-12,-23;
/M: SY='E';  M= 15, -3,-22, -4, 20,-22,-14,-12,-12, -3,-11,-11, -7, -7,  3,-12,  2, -6,-10,-25,-17, 10;
/M: SY='Y';  M=-19,-21,-29,-21,-20, 27,-30, 14,  3,-13,  7,  3,-21,-30,-11,-11,-21,-10, -7, 23, 69,-20;
/M: SY='E';  M= -1,  7,-27, 14, 49,-28,-17, -3,-27,  7,-18,-18, -2, -2, 15, -3,  2, -8,-25,-28,-20, 32;
/M: SY='R';  M= -8, -5,-19,-10, -8,-12,-20,-13, -8,  3, -7, -5, -1,-19, -6,  9, -2,  9, -2,-27,-10, -8;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='R';  M=-14, -4,-30, -4,  8,-28,-20, -3,-28, 36,-25, -8,  0,-14, 18, 42, -8,-10,-22,-20,-10, 11;
/M: SY='Q';  M= -1,  8,-25,  4, 16,-29,-13, -1,-23, 16,-23,-11, 10,-10, 19,  8,  1, -7,-23,-25,-15, 17;
/M: SY='B';  M= -2, 12,-22,  9,  7,-21,-12, -3,-15, -5, -9,-10, 12,-15,  5, -7, -1, -6,-18,-29,-15,  6;
/M: SY='Y';  M=-16,-24,-26,-24,-20, 22,-30,  3,  8,-18, 21,  8,-24,-30,-14,-14,-24,-10, -2,  9, 47,-20;
/M: SY='E';  M=-13, 21,-30, 34, 49,-33,-17,  0,-33,  7,-23,-23,  5, -3, 15, -3,  0,-10,-30,-33,-20, 32;
/M: SY='E';  M=-11, 15,-29, 19, 32,-32,-16,  1,-29, 15,-24,-16, 10, -7, 20,  6, -1, -9,-28,-29,-17, 26;
/M: SY='A';  M= 41,-14,-10,-22,-14,-16, -6,-22, -2,-12, -6, -6,-14,-14,-14,-20,  6,  0,  9,-22,-18,-14;
/M: SY='V';  M= -7,-19,-20,-19,-13, -9,-26,-18,  3,  4,  2,  4,-18,-23,-12,  6,-14, -6, 14,-24, -8,-13;
/M: SY='A';  M= 19, -5,-14,-11, -8,-18, -8,-15, -8, -2,-14, -9, -1,-15, -8, -9,  8,  1,  1,-27,-17, -8;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='N';  M= -5, 29,-17, 15,  0,-20,  0,  5,-20, -3,-30,-20, 46,-17,  0, -3, 18,  5,-25,-40,-20,  0;
/M: SY='G';  M= -3, -1,-30,  1,-14,-31, 59,-17,-40,-17,-30,-21,  3,-19,-17,-19,  0,-19,-30,-23,-29,-16;
/M: SY='S';  M=  2,  2,-17,  5, -5,-22,  7,-13,-20,-12,-24,-17,  4,-15, -8,-13, 19,  5, -8,-35,-20, -6;
/M: SY='A';  M= 16,-11,-14,-12, -8,-17, -8,-18, -8,-12,-17,-12, -7, -1,-10,-16, 16,  7,  1,-31,-19,-10;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='P';  M=-10, -6,-34, -1, 19,-35,-20, -3,-22,  2,-24,-11, -8, 30, 27, -3, -4,-10,-30,-25,-19, 21;
/M: SY='Q';  M= -8, -5,-27, -5, 12,-34,-22,  4,-12,  5,-15,  2, -5,-13, 46,  5, -2, -8,-17,-22,-10, 29;
/M: SY='I';  M= -8,-14,-26,-15,  2,-15,-28,-12,  9,-10,  4,  5,-14,-16,  8,-11,-10, -8,  3,-23, -8,  3;
/M: SY='L';  M= -9,-30,-21,-32,-24,  6,-32,-24, 29,-29, 38, 19,-28,-28,-21,-22,-25, -9, 20,-21, -1,-24;
/M: SY='K';  M=  1, -2,-26, -4,  6,-28,-16,-12,-26, 39,-26,-10, -2,-10,  6, 21, -6, -8,-16,-20,-12,  6;
/M: SY='Q';  M=  1, -2,-26, -4, 13,-35,-16,  1,-20, 13,-20, -3, -2,-10, 39,  7,  0, -8,-23,-20,-12, 26;
/M: SY='L';  M=-12,-28,-22,-28,-20, 14,-30,-12, 16,-26, 41, 16,-28,-30,-18,-18,-28,-10,  6,-11, 15,-20;
/M: SY='R';  M=-12,  0,-27,  1, 18,-24,-20, -6,-27, 24,-21,-13,  0,-10, 10, 29, -3, -1,-20,-24,-13, 12;
/M: SY='K';  M=-11,  0,-30,  0,  9,-29,-20,  4,-30, 42,-29, -9,  1,-11, 10, 26,-10,-11,-21,-21, -6,  9;
/M: SY='A';  M= 44, -8,-10,-17, -8,-20,  0,-18,-12,-10,-13,-12, -7,-10, -8,-18, 15,  3, -2,-23,-20, -8;
/M: SY='C';  M=  0,-21, 20,-30,-22,  4,-22,-18, -2,-21,  7, 10,-20,-27,-19,-20,-13, -8,  1,-24, -8,-20;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='I';  M= -6,-30,-22,-36,-30,  0,-36,-30, 42,-26, 16, 16,-24,-24,-24,-26,-16, -6, 38,-24, -4,-30;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='S';  M= 15, -1,-10, -2, -1,-20,  0,-11,-19,-10,-28,-19,  8,-10, -1,-11, 36, 18, -9,-38,-20, -1;
/M: SY='E';  M=  7,  3,-21,  7, 18,-23,-15,-11,-15, -2,-13,-13, -6,-10,  0,-11,  1, -5, -7,-29,-18,  9;
/M: SY='F';  M=-20,-27,-23,-35,-27, 66,-30, -9,  0,-25,  7,  0,-20,-30,-32,-17,-20,-10, -3, 15, 44,-27;
/M: SY='D';  M=-16, 33,-30, 49, 37,-36,-14,  0,-36,  4,-26,-26, 12, -6,  8, -6,  0,-10,-30,-36,-20, 22;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='D';  M=-16, 35,-30, 51, 35,-36,-14,  0,-36,  4,-26,-26, 12, -6,  8, -6,  0,-10,-30,-36,-20, 22;
/M: SY='A';  M= 15,-13,-17,-17, -8,-14,-11,-13,-11, -3, -4, -6, -9,-16, -5,  6,  1, -2, -5,-22,-14, -8;
/M: SY='A';  M= 35, -6,-10,-12, -6,-20,  0,-16,-14,-10,-18,-14, -2,-10, -6,-16, 22,  8, -4,-28,-20, -6;
/M: SY='V';  M= -2,-25,-12,-27,-26, -1,-27,-24, 23,-17,  9, 15,-25,-26,-23,-17, -8,  5, 37,-28, -8,-24;
/M: SY='Q';  M=  6, -3,-25, -5, 12,-35,-15,  2,-17,  5,-17, -3, -3,-10, 41,  2,  3, -7,-22,-20,-13, 26;
/M: SY='R';  M=-16, -6,-30, -6,  4,-24,-20, -4,-30, 39,-24,-10,  0,-16, 10, 52,-10,-10,-20,-20,-10,  4;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-21,-31,-21,  9,-31,-21, 24,-30, 46, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 12,-20,  0,-21;
/M: SY='D';  M=-15, 32,-29, 43, 35,-33,-13,  1,-33,  4,-26,-25, 16, -7,  9, -5,  1, -9,-30,-36,-20, 22;
/M: SY='R';  M=-11, -5,-26, -5,  3,-23,-16, -5,-28, 28,-25,-12,  2,-15,  8, 43, -1, -4,-18,-24,-12,  3;
/M: SY='M';  M=-10,-20,-20,-30,-20,  0,-20,  0, 20,-10, 20, 60,-20,-20,  0,-10,-20,-10, 10,-20,  0,-10;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='E';  M=-14, 27,-30, 41, 43,-34,-16,  0,-34,  6,-24,-24,  9, -4, 11, -4,  0,-10,-30,-34,-20, 27;
/M: SY='Q';  M=-12,-10,-27,-10,  5,-23,-23,  0,-11,  3, -1,  4, -8,-17, 29, 13,-10,-10,-17,-20, -7, 16;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='M';  M= 13,-19,-16,-26,-16, -5,-15,-13,  8,-15, 17, 22,-19,-19, -9,-17,-11, -6,  6,-20, -8,-13;
/M: SY='T';  M= 19, -4,-10,-14,-10,-14,-12,-20,-10,-10,-10,-10, -4,-10,-10,-14, 16, 31,  0,-26,-14,-10;
/M: SY='N';  M=  2, 10,-18,  1,  3,-24, -9, -2,-17, -2,-21,-11, 17,-13, 14, -3, 13,  9,-18,-30,-15,  8;
/M: SY='M';  M=-10,-20,-20,-30,-20,  0,-20,  0, 20,-10, 20, 60,-20,-20,  0,-10,-20,-10, 10,-20,  0,-10;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='E';  M=-10,  8,-30, 17, 54,-32,-20,  2,-28, 10,-20,-17,  0, -2, 26,  2,  0,-10,-30,-28,-18, 40;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='A';  M= 18,-18,-15,-24,-18,-11,-16,-23, 12,-17, -1,  0,-13,-16,-15,-21,  3,  0, 16,-25,-13,-18;
/M: SY='T';  M= -4,  1,-16, -5, -4,-12,-18,-13,  0, -8, -9, -7,  5,-19,-10,-10,  3,  8,  6,-33,-14, -7;
/M: SY='D';  M=-18, 48,-28, 58, 15,-35, -8,  2,-35,  0,-30,-28, 30,-12,  0, -8,  2, -8,-30,-40,-20,  8;
/M: SY='R';  M=-16, -6,-30, -6,  4,-24,-20, -4,-30, 39,-24,-10,  0,-16, 10, 53,-10,-10,-20,-20,-10,  4;
/M: SY='R';  M=-13, -3,-30, -3,  7,-27,-20, -7,-30, 43,-27,-10,  0,-13, 10, 44,-10,-10,-20,-20,-10,  7;
/M: SY='S';  M= 24, -3,-10, -7, -3,-20,  0,-13,-17,-10,-23,-17,  3,-10, -3,-13, 30, 13, -7,-33,-20, -3;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='V';  M= -3,-30,-15,-31,-28,  2,-31,-28, 31,-23, 19, 13,-29,-29,-27,-21,-15, -3, 40,-27, -7,-28;
/M: SY='V';  M=  0,-25,-10,-27,-27, -2,-28,-28, 24,-18,  7,  7,-25,-27,-27,-18, -5,  8, 42,-30,-10,-27;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='A';  M= 42, -8,-10,-16, -8,-20,  0,-18,-12,-10,-14,-12, -6,-10, -8,-18, 16,  4, -2,-24,-20, -8;
/M: SY='M';  M=-10,-25,-20,-30,-20,  5,-25, -9, 20,-19, 34, 42,-25,-25, -9,-15,-25,-10, 10,-20,  0,-15;
/M: SY='H';  M=-16,  0,-30,  0,  9,-29,-20, 61,-26, -1,-20,  0,  6,-16, 31,  4, -6,-16,-30,-26,  7, 17;
/M: SY='T';  M= 13, -2,-10, -8, -6,-16, -9,-16,-14,-10,-18,-14,  2,-10, -6,-12, 26, 29, -4,-32,-16, -6;
/M: SY='L';  M=-10,-26,-20,-30,-20,  6,-26,-11, 20,-21, 37, 37,-26,-26,-11,-16,-26,-10, 10,-20,  0,-16;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='G';  M=  5, -4,-18, -5, -9,-22, 24,-15,-26,-14,-27,-18,  5,-14, -9,-14, 22,  9,-16,-31,-22, -9;
/M: SY='M';  M=-10,-20,-20,-30,-20,  0,-20,  0, 20,-10, 20, 60,-20,-20,  0,-10,-20,-10, 10,-20,  0,-10;
/M: SY='L';  M= -7,-30,-17,-30,-23,  7,-30,-23, 23,-27, 39, 17,-30,-30,-23,-20,-25, -7, 21,-23, -3,-23;
/M: SY='R';  M=-17, -7,-30, -7,  3,-23,-20, -3,-30, 37,-23,-10,  0,-17, 10, 57,-10,-10,-20,-20,-10,  3;
/M: SY='K';  M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 45,-28,-10,  0,-12, 10, 40,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-22,-32,-22,  8,-32,-22, 26,-30, 44, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 14,-20,  0,-22;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='N';  M= -6,  9,-18, -3, -8,-12, -8,  2, -5, -6,-11, 11, 20,-18,  0, -6,  4,  0,-11,-32,-12, -4;
/M: SY='E';  M= -4, 10,-22, 15, 20,-30,-11, -1,-25,  1,-25,-16,  7, -8, 20, -3, 15,  2,-22,-33,-17, 20;
/M: SY='A';  M= 23, -4,-14, -9, -2,-22, -4,-14,-18,  1,-21,-14,  0,-10, -2, -7, 18,  6, -8,-28,-18, -2;
/M: SY='L';  M= -6,-30,-16,-30,-24,  6,-30,-24, 24,-26, 35, 16,-30,-30,-24,-20,-22, -6, 25,-24, -4,-24;
/M: SY='N';  M=-12, 42,-22, 32,  5,-25, -2,  8,-25,  0,-30,-22, 50,-18,  0, -2,  8, -2,-30,-40,-20,  2;
/M: SY='T';  M=  1,  1,-12, -6, -9,-12,-13,-14, -7,-10,-15,-11,  6,-15, -9,-10, 18, 25,  2,-34,-14, -9;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-28,-38,-28,  2,-38,-28, 44,-30, 26, 20,-22,-22,-20,-28,-22,-10, 26,-20,  0,-28;
/M: SY='L';  M=-12,-30,-23,-35,-25, 20,-33,-23, 25,-30, 34, 16,-25,-27,-24,-23,-25,-10, 14,-14,  6,-25;
/M: SY='D';  M=-16, 46,-26, 50, 12,-32, -6,  4,-32,  0,-30,-26, 36,-14,  0, -6,  4, -6,-30,-40,-20,  6;
/M: SY='N';  M=-10, 11,-23,  1,  2,-20,-13,  5,-10, -2,-11,  1, 20,-18, 17,  0, -2, -6,-20,-29,-12, 10;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='R';  M= -8,-12,-21,-12, -7,-16,-19,-11,-12, 11,-15, -6, -6,-20, -3, 26, -1, -2,  1,-26,-12, -7;
/M: SY='D';  M= -9, 24,-24, 25,  8,-28, -8, -2,-28, 12,-30,-20, 23,-13,  3,  3,  7, -2,-24,-35,-17,  6;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='C';  M= -4,-26, 46,-30,-30, -9,-30,-30,  4,-24, -3, -3,-26,-34,-30,-24,-10, -4, 24,-39,-19,-30;
/M: SY='V';  M= -1,-30,-11,-30,-29,  1,-30,-29, 29,-21, 16, 11,-30,-30,-29,-20,-13, -1, 44,-29, -9,-29;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='N';  M=  9, 15,-14,  5, -2,-20,  0, -3,-18, -6,-26,-18, 28,-14, -2, -8, 22,  8,-17,-36,-20, -2;
/M: SY='V';  M= 11,-19,-16,-27,-21, -7,-23,-25, 18,-18,  4,  4,-16,-18,-18,-21, -2,  6, 21,-24,-10,-21;
/M: SY='I';  M= -8,-30,-26,-38,-30,  0,-38,-30, 46,-28, 18, 18,-22,-22,-22,-28,-18, -8, 34,-22, -2,-30;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='A';  M= 16,-17,-19,-21,-13,-13,-15,-20,  3,-17,  0, -2,-13, -2,-12,-20,  0, -2,  2,-24,-14,-14;
/M: SY='V';  M=  4,-19,-13,-23,-19, -3,-23,-23, 11,-19, 13,  4,-19,-22,-19,-17, -4, 11, 18,-26, -9,-19;
/M: SY='S';  M=  9, -5, 14,-11,-10,-17,-11,-18,-18,-14,-20,-16, -1,-16,-10,-15, 21, 20, -6,-36,-19,-10;
/M: SY='A';  M= 37, -7,-10,-14, -7,-20,  0,-17,-13,-10,-16,-13, -4,-10, -7,-17, 19,  6, -3,-26,-20, -7;
/M: SY='N';  M=  9, 16,-15,  1, -5,-17, -5, -6,-15, -5,-19,-15, 25,-15, -5, -8, 13, 13,-14,-32,-17, -5;
/M: SY='K';  M=-10, -3,-25, -5,  2,-22,-20,-10,-25, 29,-22,-10,  0,-13,  5, 29, -2,  6,-15,-23,-10,  2;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='T';  M= -3, -6,-13,-15,-15, -7,-20,-16,  4,-11, -3,  5, -3,-18,-12,-11,  5, 21, 11,-30,-10,-14;
/M: SY='I';  M= -6,-30,-20,-34,-28,  2,-34,-28, 36,-26, 21, 16,-26,-26,-24,-24,-18, -6, 35,-24, -4,-28;
/M: SY='V';  M= -4,-30,-18,-34,-30,  0,-34,-30, 38,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 42,-26, -6,-30;
/M: SY='V';  M= -2,-22,-14,-27,-25, -3,-29,-27, 23,-19,  7,  7,-20,-23,-23,-19, -4, 11, 33,-28, -8,-25;
/M: SY='P';  M= -7,-17,-36, -9,  0,-29,-17,-19,-20,-10,-30,-20,-16, 77, -9,-19, -4, -6,-27,-31,-29, -9;
/M: SY='D';  M=-16, 43,-27, 60, 17,-37, -9, -1,-37, -1,-30,-29, 19,-10,  0,-10,  6, -6,-27,-40,-20,  9;
/M: SY='Y';  M=-13,-15,-30,-14, -7,-10,-25,  2, -6,  1, -7, -1,-12,  0, -5, -4,-16,-11,-11,-15,  7, -9;
/M: SY='E';  M= -8, 14,-27, 22, 24,-32, -1, -3,-31,  0,-25,-20,  6, -8, 11, -6,  6, -7,-27,-31,-20, 18;
/M: SY='T';  M=  2,-12,-10,-16,-16, -8,-19,-22,  4,-14, -7, -4,-10,-18,-16,-14, 12, 22, 18,-32,-12,-16;
/M: SY='Y';  M=-20,-28,-30,-31,-26, 45,-28, -5, -4,-20,  0, -4,-24,-30,-23,-16,-24,-14,-10, 45, 51,-24;
/M: SY='D';  M= -7,  9,-20, 12, -2,-21,-15,-11,-12,  0,-18,-12,  5,-17, -8, -6,  2, -1, -1,-34,-15, -5;
/M: SY='K';  M=-11,  5,-28,  2, 10,-30,-17,  0,-26, 29,-26, -9,  9,-13, 22, 25, -4, -8,-24,-23,-12, 15;
/M: SY='V';  M= -6,-22,  8,-30,-26, -5,-30,-25, 17,-22,  5, 10,-20,-25,-21,-22, -9,  2, 21,-30,-10,-25;
/M: SY='V';  M= -7,-21,  4,-23,-18,-11,-26,-17,  5,-10, -2,  7,-19,-26,-10, -4,-10, -5, 16,-29,-12,-15;
/M: SY='D';  M=-14, 19,-28, 29, 19,-31,-17, -2,-26,  5,-21,-17,  5,-12, 10,  4, -2, -9,-19,-32,-16, 14;
/M: SY='N';  M= -8, 16,-27, 16, 11,-28, 18, -4,-32, -4,-27,-21, 19,-13, -2, -8,  3,-11,-30,-30,-23,  5;
/M: SY='V';  M= -3, -4,-18,-10,-19,-13,  3,-16, -2,-14,-12, -6,  4,-25,-19,-14, -2, -5,  7,-31,-18,-19;
/M: SY='Y';  M=-14, -6, -5,-13,-14,  7,-22, 16,-14,-13,-11, -7,  0,-25,-11,-10, -6, -1,-14,-13, 21,-14;
/M: SY='V';  M= -3,-30,-12,-32,-30, 13,-30,-28, 25,-22, 10,  8,-28,-30,-32,-20,-12, -2, 42,-24, -4,-30;
/M: SY='H';  M= -8,  0,-18, -6, -6,-14,-20, 26,-18,-10,-14, -6,  4,-14, -2, -6,  8, 23,-12,-30,  2, -6;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='A';  M= 42, -8,-10,-16, -8,-20,  0,-18,-12,-10,-14,-12, -6,-10, -8,-18, 16,  4, -2,-24,-20, -8;
/M: SY='G';  M=  0, -8,-24, -8,-12,-25, 31,-18,-29,-15,-26,-18, -1, -3,-14,-17,  9,  1,-21,-26,-25,-14;
/M: SY='A';  M= 12, -1,-13,-11,-13,-13,-12,-15, -1,-10, -9, -7,  4,-19,-13,-13,  5,  6,  7,-30,-16,-13;
/M: SY='V';  M= -4,-30,-17,-33,-28,  2,-33,-28, 34,-24, 19, 14,-27,-27,-26,-23,-16, -4, 38,-26, -6,-28;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='N';  M= -9, 14,-22,  7, 10,-22,-14, 12,-20, -1,-21,-12, 20,-13, 11, -1,  7,  7,-22,-32,-11,  9;
/M: SY='I';  M= -9,-30,-26,-37,-29,  1,-37,-29, 44,-29, 22, 19,-23,-23,-21,-27,-20, -9, 31,-21, -1,-29;
/M: SY='Q';  M=-10,  1,-27,  4,  7,-29,-22, -3, -8, -1,-13, -2, -3,-14, 26, -3, -4, -9,-11,-25,-11, 16;
/M: SY='E';  M= -5,  9,-21, 11, 18,-25,-16, -6,-22,  0,-19,-15,  4, -7, 11, -4, 12, 14,-17,-31,-15, 15;
/M: SY='V';  M= -4,-30,-18,-34,-30,  0,-34,-30, 38,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 42,-26, -6,-30;
/M: SY='K';  M= -8,-10,-27,-12, -1,-22,-25,-11, -3, 13,-12,  1, -8,-15, 12,  5, -9, -8, -2,-22, -8,  4;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='A';  M= 30,  4,-12, -7, -6,-20,  0,-11,-14, -8,-18,-14, 10,-12, -6,-14, 14,  3, -9,-28,-20, -6;
/M: SY='D';  M=-19, 49,-29, 63, 17,-37, -9,  1,-37,  0,-30,-29, 26,-11,  0, -9,  1, -9,-30,-40,-20,  9;
/M: SY='G';  M=  2, -8,-27, -8,-17,-28, 59,-18,-37,-18,-30,-20,  2,-18,-17,-18,  6,-14,-27,-23,-28,-17;
/M: SY='T';  M=  4, -1,-18, -6, -1,-21,-15,-15,-19, 14,-21,-11,  0,-10, -1,  5, 10, 16, -9,-26,-13, -1;
/M: SY='N';  M= -9,  0,-22, -5, -1,-14,-20,  5,  0, -9, -9, -3,  6,-19, -6,-10, -4, -6,  0,-31, -9, -5;
/M: SY='V';  M= -5,-22,-17,-22,-17, -6,-27,-23, 12, -3,  7,  6,-22,-25,-17, -6,-14, -5, 23,-25, -8,-17;
/M: SY='H';  M=-16,  0,-30,  0,  9,-29,-20, 61,-26, -1,-20,  0,  6,-16, 31,  4, -6,-16,-30,-26,  7, 17;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-23,-26,-17,  1,-28,-21, 14,-25, 30, 11,-28, -7,-19,-20,-24, -9,  8,-23, -7,-19;
/M: SY='N';  M= -5, 11,-20,  4,  2,-22,-11, -6,-22, 16,-26,-14, 18,-13,  2,  8,  9,  9,-17,-30,-14,  2;
/M: SY='E';  M= -7, 13,-26, 22, 44,-29,-15, -2,-29,  5,-23,-21,  4, -3, 14, -3,  8, -4,-26,-33,-20, 29;
/M: SY='V';  M= -4,-24,-19,-31,-26, -2,-32,-28, 31,-22, 11, 11,-20,-22,-22,-22, -9,  5, 32,-26, -6,-26;
/M: SY='T';  M= -3, 11,-18,  6, -5,-21,  4,-11,-22, -9,-22,-17, 13,-13, -8,-10, 15, 17,-16,-32,-18, -6;
/M: SY='A';  M= 10, -2,-17, -4, -6,-18,-11,-12, -9, -3,-12, -1, -5,-14, -5, -9,  5,  0, -1,-28,-14, -5;
/M: SY='D';  M= -3, 18,-26, 21, 10,-32,  5, -4,-30, -3,-25,-19, 12,-12,  5, -8,  3, -9,-26,-30,-21,  8;
/M: SY='N';  M= -7, 13,  2,  1, -8,-14,-10, -4,-14,-11,-14,-12, 25,-24, -8, -9,  3, -1,-17,-38,-18, -8;
/M: SY='T';  M=  4,  6,-17,  0,  6,-21,-11, -8,-17, -3,-19,-13,  9,-10,  5, -6, 15, 16,-14,-31,-16,  6;
/I:         I=-9; MD=-18;
/M: SY='E';  M= -9, -9,-22, -5,  8, -5,-18, -2, -8, -5, -2, -5,-11,  4, -1, -8,-10, -7,-12, -9,  5,  2; D=-9;
/I:         I=-9; MD=-18;
/M: SY='N';  M= -5,  5, 12, -4, -9,-12,-10, -7, -8,-10,-14,-10, 13,-17, -8,-10,  4, -1, -9,-29,-14, -9; D=-9;
/I:         I=-9; MD=-18;
/M: SY='L';  M= -7,-22,-16,-24,-16,  5,-24,-16, 20,-22, 31, 15,-20,-20,-15,-16,-20, -7, 11,-15,  0,-16; D=-9;
/I:         I=-9; MD=-18;
/M: SY='S';  M= 11, -5, -7, -8, -6,-11, -6,-13, -6, -8,-11, -8, -2,-10, -6,-10, 16, 13,  3,-23,-12, -6; D=-9;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='V';  M= -3,-20,-19,-23,-18, -8,-27,-23, 17, -8,  0,  5,-16,-21,-15,-12, -6, -2, 23,-27, -9,-18;
/M: SY='I';  M= -7,-30,-21,-34,-28,  2,-34,-28, 36,-27, 24, 17,-26,-26,-23,-24,-19, -7, 32,-23, -3,-28;
/M: SY='T';  M= -2,  2,-17, -7,-11,-14, -5,-15, -8,-12,-14,-10, 10,-15,-10,-12, 12, 19, -6,-30,-14,-11;
/M: SY='C';  M= 16,-18, 38,-26,-20,-14,-17,-24,-12,-21, -3, -8,-18,-25,-20,-24, -5, -6, -2,-32,-20,-20;
/M: SY='E';  M= -8, 10,-22,  7, 18,-17,-16, -4,-16, -3,-10,-12, 12,-12,  3, -5,  2,  4,-18,-31,-15, 10;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='H';  M= -1, -1,-20, -9,-10,-14,-17, 16, -5,-12,-10, -3,  6,-18, -6,-11,  0,  0, -4,-29, -4,-10;
/M: SY='N';  M= -4,  8,-18, -2,-12,-16,  3,-10,-10,-10,-17,-11, 18,-21,-12,-10,  5,  3, -6,-32,-18,-12;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='S';  M=  4, -6, -6, -6, -6, -9, -6,-10, -3, -8,-11, -7, -1,-10, -6, -8, 15,  9,  5,-23,-10, -6; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M: SY='A';  M= 11,  6,-10,  6, -1,-15, -4, -9,-12, -4,-10,-10,  1, -6, -4, -9,  6,  4, -6,-17,-11, -2; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M: SY='V';  M=  0,-14, -6,-16,-16, -1,-17,-17, 13,-11,  3,  3,-14,-16,-16,-11, -2,  7, 24,-18, -6,-16; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M: SY='K';  M= -5,-14,-21,-14, -8,-16,-25,-19, -2, 18,-12, -1,-14,-19, -8,  7,-10, -5, 12,-25,-10, -8;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='Q';  M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_05 which contains 572'214 sequence entries.

Total number of hits	59 in 59 different sequences
Number of true positive hits	59 in 59 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	RdRp Nsp8 cofactor
Version [info]	1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

59 sequences

R1AB_BC133  (P0C6W1), R1AB_BC279  (P0C6V9), R1AB_BC512  (P0C6W0),

R1AB_BCHK3  (P0C6W2), R1AB_BCHK4  (P0C6W3), R1AB_BCHK5  (P0C6W4), 
R1AB_BCHK9  (P0C6W5), R1AB_BCRP3  (P0C6W6), R1AB_CVBEN  (P0C6W7), 
R1AB_CVBLU  (P0C6W8), R1AB_CVBM   (P0C6W9), R1AB_CVBQ   (P0C6X0), 
R1AB_CVH22  (P0C6X1), R1AB_CVHN1  (P0C6X2), R1AB_CVHN2  (P0C6X3), 
R1AB_CVHN5  (P0C6X4), R1AB_CVHNL  (P0C6X5), R1AB_CVHOC  (P0C6X6), 
R1AB_CVM2   (P0C6X8), R1AB_CVMA5  (P0C6X9), R1AB_CVMJH  (P0C6Y0), 
R1AB_CVPPU  (P0C6Y5), R1AB_FIPV   (Q98VG9), R1AB_IBVB   (P0C6Y1), 
R1AB_IBVBC  (P0C6Y2), R1AB_IBVM   (P0C6Y3), R1AB_MERS1  (K9N7C7), 
R1AB_PEDV7  (P0C6Y4), R1AB_SARS   (P0C6X7), R1AB_SARS2  (P0DTD1), 
R1A_BC133   (P0C6F7), R1A_BC279   (P0C6F5), R1A_BC512   (P0C6F6), 
R1A_BCHK3   (P0C6F8), R1A_BCHK4   (P0C6T4), R1A_BCHK5   (P0C6T5), 
R1A_BCHK9   (P0C6T6), R1A_BCRP3   (P0C6T7), R1A_CVBEN   (P0C6T8), 
R1A_CVBLU   (P0C6T9), R1A_CVBM(P0C6U0), R1A_CVBQ(P0C6U1), 
R1A_CVH22   (P0C6U2), R1A_CVHN1   (P0C6U3), R1A_CVHN2   (P0C6U4), 
R1A_CVHN5   (P0C6U5), R1A_CVHNL   (P0C6U6), R1A_CVHOC   (P0C6U7), 
R1A_CVM2(P0C6U9), R1A_CVMA5   (P0C6V0), R1A_CVMJH   (P0C6V1), 
R1A_CVPPU   (P0C6V2), R1A_IBVB(P0C6V3), R1A_IBVBC   (P0C6V4), 
R1A_IBVM(P0C6V5), R1A_MERS1   (K9N638), R1A_PEDV7   (P0C6V6), 
R1A_SARS(P0C6U8), R1A_SARS2   (P0DTC1)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

34 PDB

2AHM; 3UB0; 5F22; 6M71; 6NUR; 6NUS; 6WIQ; 6WQD; 6WTC; 6XIP; 6YHU; 6YYT; 7BTF; 7BV1; 7BV2; 7BZF; 7C2K; 7CYQ; 7DCD; 7EIZ; 7L1F; 7YWR; 8EIR; 8GW1; 8GWB; 8GWE; 8GWF; 8GWG; 8GWI; 8GWK; 8GWM; 8GWN; 8GWO; 8GY6
» more