PROSITE entry PS51966

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	COV_VIROPORIN_3A_TM
Accession [info]	PS51966
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	02-JUN-2021 CREATED; 02-JUN-2021 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51966
Associated ProRule [info]	PRU01311

Name and characterization of the entry

Description [info]

Coronavirus (CoV) 3a-like viroporin trans-membrane (TM) domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=99;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=94;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4294674; R2=0.0130216; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=505; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=313; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='A';  M= 13, 10,-16,  1, -2,-22, -7, -5,-16, -5,-18,-13, 13,-13,  0, -9, 10,  7,-13,-29,-16, -1;
/M: SY='V';  M= -6,-18, -7,-21,-15, -2,-28,-18,  9,-16,  3,  1,-18,-23,-17,-17, -7,  4, 15,-22,  1,-17;
/M: SY='I';  M= -6,-19,-23,-23,-16, -9,-28,-19, 17, -9,  0,  6,-15,-20, -7,-12, -8, -4, 16,-22, -3,-13;
/M: SY='P';  M= -8,-12,-35, -3,  2,-30,-17,-17,-22, -9,-30,-21,-13, 70, -8,-18, -3, -6,-27,-32,-28, -7;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='V';  M=  4,-14,-12,-17,-14, -4, -8,-15, 11,-13,  5,  4,-12,-13,-12,-14, -6, -4, 12,-14, -6,-14; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='R';  M=-10, -6,-20, -7, -7, -9,-19,-10, -2, -3,  0, -1, -5,-15, -5,  8, -7,  1, -2,-19, -6, -8; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='Q';  M= -6,  4,-18,  5, 10,-22,-15, -3,-13,  1,-13, -6,  0, -8, 17, -1,  3,  4,-12,-22,-10, 13; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='A';  M= 12, -9, -1,-13, -6,-17,-11,-13,-10, -9, -8, -7, -9, -2, -2,-12,  1,  0, -7,-21,-14, -4; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='T';  M= -1,  0,-12, -7, -7, -4,-10,-10, -5,-10,-12, -8,  7,-12, -7, -9, 13, 14, -4,-24, -8, -7; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='Y';  M= -8, -7,-18,-10,-10,  0,-17,  0, -1,-11,  0, -1, -4, -8,-10,-10, -8, -2, -4,-15,  4,-11; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='I';  M= -5,-16,-23,-13,-13, -6,-23,-15,  5,-15,  2, -1,-18, -2,-15,-17,-12, -6,  5,-19, -2,-16; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='T';  M= -1, -7,-17,-14,-11,  3,-16,-15, -8,-14, -7, -8, -3, -3,-14,-13,  4, 12, -7,-21, -7,-12; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='G';  M=  4, -1,-26, -3, -3,-28, 37,-13,-32,-11,-25,-19,  5,-15,-10,-14,  2,-13,-26,-24,-26, -6;
/M: SY='Y';  M=-20,-28,-30,-32,-26, 47,-28, -5, -4,-20,  0, -4,-24,-30,-24,-16,-24,-14,-10, 44, 51,-24;
/M: SY='L';  M= -3,-18,-16,-18,-10, -4,-23,-19,  8,-18, 14,  4,-18,-22,-14,-15, -6,  2, 12,-28, -9,-12;
/M: SY='I';  M= 13,-23,-18,-30,-21,  0,-22,-24, 16,-22, 13,  7,-19,-20,-19,-23,-10, -5, 15,-19, -6,-21;
/M: SY='A';  M= 20,-17,-13,-24,-17, -9,-15,-21,  6,-15,  4,  4,-16,-17,-15,-18, -1,  4, 13,-23,-12,-16;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='A';  M= 22,-11,-10,-15,-11,-15, -8,-19, -3,-13,-12, -9, -8,-15,-11,-16, 16,  7,  9,-30,-17,-11;
/M: SY='L';  M= -9,-27, 19,-31,-24,  4,-30,-24,  7,-29, 24,  7,-27,-33,-25,-23,-22, -9,  9,-28, -8,-24;
/M: SY='F';  M=-17,-29,-21,-35,-26, 56,-30,-16,  5,-28, 20,  5,-23,-30,-32,-19,-23,-10,  2,  4, 27,-26;
/M: SY='V';  M= 11,-23,-14,-27,-22, -2,-22,-22, 17,-18,  8,  5,-23,-23,-21,-20, -8, -3, 25,-20, -4,-22;
/M: SY='T';  M= -3,-17,-19,-17,-14, -5,-21,-16,  1,-15, -4, -4,-15, -3,-15,-15,  0,  8,  6,-23, -3,-16;
/M: SY='F';  M=-15,-29,-20,-33,-26, 46,-30,-15,  8,-26, 19,  6,-24,-30,-29,-19,-22, -9,  6,  1, 25,-26;
/M: SY='L';  M=-11,-21,-21,-24,-13, 16,-25,-13,  3,-21, 18,  7,-18,-24, -9,-13,-15, -7, -2,-14,  4,-10;
/M: SY='A';  M= 19,-16,-13,-22,-15,  3,-11,-19, -3,-16, -3, -5,-12,-17,-17,-18,  5,  1,  4,-19, -8,-15;
/M: SY='L';  M=  2,-25, -6,-28,-20,  1,-24,-22, 11,-25, 29, 10,-25,-27,-20,-21,-19, -7, 11,-23, -7,-20;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='F';  M=-13,-22,-21,-26,-21, 37,-25, -8,  0,-21,  7,  0,-17,-26,-21,-15,-12, -3, -2,  2, 30,-21;
/M: SY='K';  M=-14, -2,-30, -3,  2,-20,-19, -3,-25, 29,-24,-11,  3, -7,  5, 29, -9, -9,-21,-18, -3,  2;
/M: SY='A';  M=  6,-16,-22,-17,-10,-12,-17,-14, -1,-13, -6, -4,-13,  1, -6,-16,  0, -2, -2,-22, -8,-10;
/M: SY='T';  M= -6, -7,-21, -9, -7,-13,-20,-13, -1,-11, -2, -2, -5,-16, -2, -7,  2,  7, -2,-28, -9, -6;
/M: SY='S';  M=  5,  5,-14, -3, -4,-17, -8,-10,-17, -4,-20,-15, 12,-13, -3, -1, 20, 20,-10,-32,-16, -4;
/M: SY='C';  M= -8,-23, 18,-28,-23, 10,-27,-12, -3,-25,  8,  0,-21,-31,-24,-21,-16, -9,  2,-22,  1,-23;
/M: SY='R';  M=-14, -2,-29, -3,  5,-25,-19,  3,-29, 36,-26,-10,  4,-15,  9, 41, -9,-10,-21,-22, -8,  5;
/M: SY='R';  M= -3, -6,-25, -8, -4,-24,  4,-11,-26,  9,-21,-11, -1,-15,  3, 14,  0, -1,-18,-22,-16, -2;
/M: SY='R';  M=-10,  0,  1, -5, -5,-21,-14, -7,-25,  2,-25,-17, 10,-10, -3, 14,  3, -3,-20,-34,-19, -6;
/M: SY='W';  M= -7,-30,-27,-31,-26,  7,-26,-20,  8,-19,  1,  0,-29,-28,-21,-19,-21,-12,  9, 34, 18,-23;
/M: SY='M';  M=  0,-17,-13,-22,-15,-15, -9,-18,  1,-18,  1,  2,-13,-20, -5,-18, -9,-10, -2,-22,-12,-11;
/M: SY='L';  M= -9,-18,-14,-21,-13, -7,-25,-17,  4, -7,  9,  8,-15,-22, -9, -4,-14, -7,  2,-24, -7,-12;
/M: SY='L';  M=  8,-18,-16,-26,-17,  5,-19,-19,  6,-19, 12,  8,-16,-19,-16,-18, -7,  3,  6,-18, -4,-16;
/M: SY='L';  M= -4,-26,-19,-30,-22,  3,-26,-17, 22,-22, 29, 27,-25,-25,-16,-18,-21, -8, 17,-21, -3,-19;
/M: SY='F';  M= -4,-24,-18,-29,-22, 29,-24,-14,  5,-22, 10,  3,-20,-26,-25,-18,-12, -5,  8, -7, 14,-22;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='K';  M=-10, -1,-22, -1,  5,-20,-15,  5,-22, 28,-20, -6,  1,-10,  7, 24, -7, -8,-16,-16, -4,  5; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='L';  M=-12,-30,-24,-35,-25, 18,-34,-24, 27,-30, 33, 17,-25,-26,-23,-24,-25,-10, 15,-15,  5,-25;
/M: SY='L';  M= -8,-26,-21,-27,-20, 13,-28,-10, 13,-23, 30, 12,-26,-29,-17,-17,-23, -9,  6, -7, 19,-20;
/M: SY='F';  M= -2,-19,-15,-24,-19, 22,-20,-19,  2,-20, -3, -4,-11,-21,-22,-17,  3,  4,  7,-17,  2,-19;
/M: SY='L';  M= -7,-27, -3,-30,-24,  3,-28,-20, 17,-24, 27, 20,-27,-29,-20,-19,-21, -7, 18,-26, -6,-22;
/M: SY='F';  M= -8,-18,-16,-25,-19, 16,-26,-19,  6,-20, 14,  7,-16,-22,-20,-16, -7, 12,  8,-18,  2,-19;
/M: SY='L';  M= -6,-27,-19,-29,-22,  3,-29,-23, 23,-26, 28, 14,-24,-26,-20,-21,-17, -5, 20,-24, -4,-22;
/M: SY='Y';  M=-17,-20,-29,-20,-16, 19,-30, 11,  3,-11,  5,  3,-19,-27, -5,-10,-19,-10, -7, 16, 57,-14;
/M: SY='N';  M=  1,  0, -7, -7,-13,-17,  3,-13,-11,-13,-18,-12,  9,-21,-13,-13,  8,  0, -4,-34,-20,-13;
/M: SY='P';  M=-13,-18,-16,-17,-10, -6,-23,  3,-15,-15,-15, -5,-14, 25,-12,-16,-13,-12,-19,-24, -8,-14;
/M: SY='L';  M=-10,-27,-22,-32,-22,  5,-30,-17, 27,-24, 34, 31,-25,-25,-14,-20,-25,-10, 15,-20,  0,-20;
/M: SY='L';  M= -9,-30,-19,-30,-21,  9,-30,-21, 21,-29, 46, 19,-30,-30,-21,-20,-28, -9, 14,-21, -1,-21;
/I:         I=-9; MD=-18;
/M: SY='A';  M=  7,-11, -9,-13, -9, -4,-10,-11,  5,-11,  7,  2, -9,-10, -8,-11, -2, -1,  4,-13, -5, -9; D=-9;
/I:         I=-9; MD=-18;
/M: SY='I';  M= -5,-17, -3,-20,-16,  0,-18,-16, 10,-15,  5,  3,-15,-16,-13,-14,-12, -7,  8,  3,  0,-15; D=-9;
/I:         I=-9; MD=-18;
/M: SY='V';  M=  5,-13, -9,-17,-12,  6,-12,-13,  7,-12,  7,  3,-11,-12,-12,-12, -6, -3,  8, -9, -1,-12; D=-9;
/I:         I=-9; MD=-18;
/M: SY='L';  M=  6,-13,-10,-16,-10, -1,-12,-12,  9,-13, 14,  6,-12,-12, -9,-12, -8, -4,  6,-11, -4,-10; D=-9;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18;
/M: SY='G';  M= -5, -4, -9, -7, -5, -1,  2, -8, -7, -9, -7, -5,  0,-12, -9, -9, -3, -6, -6,-12, -6, -7; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='D';  M= -5,  4,-13,  7, -2,-11,  0, -4, -9, -6, -6, -1,  0, -9, -3, -7,  0, -3, -7,-17, -8, -2; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='T';  M=  3, -2, -9, -3,  6, -9,-10, -8, -6, -3, -6, -6, -4, -5, -2, -6,  4,  7, -1,-16, -8,  2; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='Q';  M=  5,  2,-12, -2,  2,-15, -5,  7,-10, -1,-10, -4,  5, -7, 10, -2,  2, -4,-11,-14, -6,  6; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='Y';  M=-13,-16,-27,-19,-11,  2,-27,  5,  2,-12, -3,  2,-12,-14,  0,-11,-11, -7, -5, -8, 18, -8;
/M: SY='F';  M= -6,-24,-26,-27,-19, 26,-22,-14, -5,-19, -1, -5,-20, -7,-22,-18,-15,-10, -8, 10, 18,-20;
/M: SY='V';  M= -7,-22,  1,-25,-22,  7,-27,-16,  6,-20,  7,  2,-21,-28,-21,-18,-10,  0, 13,-18,  7,-22;
/M: SY='G';  M= -2, -9,-26, -9,-13,-18, 30, -8,-27,-14,-24,-15, -2,-19, -8,-14,  5, -9,-22,-15, -6,-11;
/M: SY='L';  M=  8,-19,-19,-24,-17,  0,-19,-12,  9,-17, 10,  7,-17,-20,-12,-18, -8, -4,  5,-13,  6,-16;
/M: SY='Y';  M=-17,-23, -3,-25,-23, 24,-30,  1, -1,-19,  6,  0,-22,-32,-18,-16,-20,-10, -6,  6, 43,-23;
/M: SY='L';  M=  7,-24,-20,-30,-20, -1,-24,-23, 19,-24, 25, 11,-22,-22,-17,-23,-16, -7, 12,-20, -6,-20;
/M: SY='D';  M=-14,  4,-26, 10, -2,-14,-22, -6, -5,-12,  5,  1, -6,-19, -2,-12,-13,-10, -9,-24, -2, -3;
/M: SY='A';  M= 18,-16, -3,-22,-18,-16,  0,-23, -5,-18, -9, -7,-12,-19,-17,-22,  2, -4,  4,-26,-19,-18;
/M: SY='Y';  M=-14,-21,-24,-27,-22, 26,-29, -5,  9,-18,  6,  8,-17,-24,-17,-16,-14, -1,  3,  3, 34,-21;
/M: SY='I';  M= -8,-29, -8,-34,-27, 10,-33,-26, 24,-27, 21, 12,-25,-28,-26,-23,-19, -7, 24,-22, -2,-27;
/M: SY='V';  M= -5,-25,-18,-29,-25,  0,-31,-26, 27,-23, 17, 11,-22,-24,-22,-21,-11,  4, 28,-25, -5,-25;
/M: SY='T';  M= -2,-14, -9,-20,-14, -8,-25,-18,  4,-14, -3,  0,-12,-18, -5,-14, -1,  9,  7,-24, -8,-10;
/M: SY='C';  M= -2,-18, 15,-24,-20,  0,-23,-22, -2,-22,  1, -4,-14,-24,-20,-20, -2,  6,  4,-29,-10,-20;
/M: SY='I';  M=  4,-22,-17,-29,-22, -4,-26,-24, 22,-20, 12, 12,-19,-21,-18,-21, -8,  2, 22,-24, -7,-21;
/M: SY='L';  M= -3,-18,-19,-23,-17,  0,-23,-18, 15,-23, 24, 10,-14,-24,-16,-18,-15, -5,  8,-24, -6,-17;
/M: SY='L';  M= -1,-21,-20,-25,-19,  6,-14,-20,  6,-23, 13,  4,-16,-22,-19,-20, -9, -3,  4,-19, -4,-19;
/M: SY='W';  M=-10,-26,  3,-29,-25,  0,-11,-25,-14,-24, -6,-10,-23,-30,-23,-22,-18,-14,-10, 19, -3,-22;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='R';  M=-13, -6,-19, -6,  0,-13,-13,  0,-19, 19,-13, -6,  0,-13,  6, 44, -6, -6,-13,-13, -6,  0; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='F';  M=-14,-24,-19,-33,-25, 45,-29,-21,  6,-26, 13,  3,-18,-25,-30,-19,-14,  1,  5, -5, 15,-25;
/M: SY='I';  M=  1,-26,-11,-33,-25,  3,-28,-26, 23,-25, 15,  9,-21,-23,-22,-25,-14, -7, 19,-21, -5,-25;
/M: SY='H';  M=-16,  3,-27,  7,  1, -6,-20, 15,-13, -8, -5,  2, -4,-18, -2, -9,-12,-11,-15,-17, 11, -2;
/M: SY='R';  M=-13,-17,-23,-17, -9,-10,-24,-10, -9,  6,  1,  0,-11,-23, -4, 31,-12, -4, -2,-22, -8, -9;
/M: SY='C';  M=  6,-16, 10,-23,-20,-12,-16,-24, -1,-20, -4, -5,-14,-22,-19,-21,  0,  4,  7,-30,-16,-20;
/M: SY='W';  M=-19,-24,-35,-26,-19, 12,-26, -6, -8, -5, -8, -6,-20,-26,-10,  6,-23,-15,-13, 41, 31,-16;
/M: SY='F';  M=-16,-26,-23,-29,-22, 35,-29, -3,  6,-25, 21,  8,-22,-29,-23,-17,-23,-11,  0, -1, 27,-22;
/M: SY='C';  M= -1,-16, 38,-21,-19,-15,-16,-23,-24,-20,-23,-19,-13,-26,-17,-21,  3, -3,-13,-10,-16,-17;
/M: SY='W';  M=-16,-30,-21,-33,-26, 11,-27,-16, -2,-21,  0, -4,-29,-30,-19,-20,-28,-18,-10, 55, 28,-22;
/M: SY='R';  M= -3,-16,-21,-18,-10,-11,-22,-15, -2,  6,  2,  6,-15,-20, -7,  7,-13, -7,  3,-22, -8, -9;
/M: SY='Y';  M=-12,-13,  3,-19,-20,  3,-26, -8,  2,-18,  3, -1, -9,-29,-17,-16,-14, -7,  0,-17, 11,-20;
/M: SY='R';  M=-10,  1,-26, -1,  1,-24, -6, -5,-28, 22,-27,-14, 10,-16,  4, 29,  0, -6,-21,-25,-15,  1;
/M: SY='S';  M=  1,  4,-15,  0, -1,-19, -6, -7,-20, -2,-26,-17, 14,-13,  0,  5, 25, 16,-13,-35,-17, -1;
/M: SY='F';  M= -9,-21,-24,-26,-18, 18,-24,-12, -1, -7,  2,  5,-19,-24,-16, -8,-17,-10,  0,  6, 17,-16;
/M: SY='E';  M= -4,  3,-23,  1,  6,-17,-16, -7,-11, -2, -8, -8,  5,-15, -1, -2, -3, -5,-12,-28,-14,  1;
/M: SY='P';  M=-14,-24,-31,-23,-13, 19,-24,-20,-11,-19,-12,-11,-20, 37,-23,-20,-14,-10,-17,-12, -3,-19;
/M: SY='L';  M=-11,-30,-21,-35,-26, 21,-33,-24, 25,-29, 29, 15,-25,-27,-25,-23,-23, -9, 18,-15,  5,-26;
/M: SY='L';  M= -9,-29,-20,-33,-25, 11,-31,-22, 26,-26, 30, 21,-26,-27,-21,-21,-22, -8, 21,-19,  1,-24;
/M: SY='Y';  M=-17, -1,-26,  2, -9, 17,-22,  3,-13,-12, -9,-10, -6,-23,-13,-12, -8, -7,-13,  0, 32,-12;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_06 which contains 572'619 sequence entries.

Total number of hits	18 in 18 different sequences
Number of true positive hits	18 in 18 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	CoV 3a-like viroporin TM
Version [info]	1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

18 sequences

AP3A_BC279  (Q0Q474), AP3A_BCHK3  (Q3LZX0), AP3A_BCRP3  (Q3I5J4),

AP3A_SARS   (P59632), AP3A_SARS2  (P0DTC3), NS3B_CVCBG  (Q7T6T1), 
NS3B_CVPFS  (P22656), NS3B_CVPPU  (P09047), NS3B_CVPRM  (P24414), 
NS3D_BC133  (Q0Q4E9), NS3D_BCHK4  (A3EX98), NS3D_BCHK5  (A3EXD4), 
NS3_BC512   (Q0Q465), NS3_BCHK9   (A3EXG7), NS3_CVHNL   (Q6Q1S1), 
NS3_PEDV7   (Q91AV0), NS4A_CVH22  (P19739), ORF5_MERS1  (K9N7D2)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

6 PDB

6XDC; 7KJR; 8EQJ; 8EQS; 8EQT; 8EQU