Home  |  Contact
Entry: PS51967

General information about the entry

Entry name [info] COV_VIROPORIN_3A_CD
Accession [info] PS51967
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 02-JUN-2021 CREATED;
02-JUN-2021 DATA UPDATE;
02-JUN-2021 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51966
Associated ProRule [info] PRU01312

Name and characterization of the entry

Description [info] Coronavirus (CoV) 3a-like viroporin cytosolic (CD) domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=81;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=76;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0669315; R2=0.0292846; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=306; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=152; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='T';  M= -8,  4,-20, -3, -6, -7,-16,  7,-14, -3,-17,-10, 10,-17, -3, -3,  6, 12,-14,-19, 10, -6;
/M: SY='F';  M=-16,-29,-21,-34,-25, 48,-30,-16,  8,-28, 24,  8,-24,-30,-29,-19,-24,-10,  3,  1, 24,-25;
/M: SY='I';  M=  0,-22, -7,-29,-23, -5,-25,-20, 19,-20,  9, 17,-19,-22,-16,-21,-10, -5, 17,-26, -8,-20;
/M: SY='F';  M=-17,-22,  8,-29,-22, 20,-28,-18, -9,-13, -4, -5,-14,-28,-21,  2,-15,-10, -4,-16,  2,-22;
/M: SY='V';  M= -8,-31,-23,-33,-27,  4,-28,-25, 19,-22, 12, 11,-30,-28,-22,-20,-21,-10, 21, 10,  2,-24;
/M: SY='H';  M=-12, 11,-25, 10,  5,-25,-13, 39,-27,  1,-25,-10, 16,-15, 11,  2,  3, -8,-26,-32, -2,  6;
/M: SY='G';  M= -1, -1,-20, -7,-13,-20, 21,-17,-24,-13,-21,-15,  6,-15,-13,-13, 10, 15,-16,-27,-20,-13;
/M: SY='R';  M= -9, -1,-23, -5, -5,-19,-10,  4,-18,  8,-19, -8,  6,-18, -3,  9, -3, -3,-11,-27, -9, -5;
/M: SY='C';  M= 12, -4, 41,-15,-16,-20,-12,-18,-21,-16,-19,-17,  0,-24,-16,-20,  4, -3,-10,-37,-24,-16;
/M: SY='W';  M=  1, -7,-24,-13,-13, -2, -4, -8,-16,-12,-18,-14,  0,-20,-11,-13, -1, -6,-17, 13,  6,-12;
/M: SY='Y';  M=-13,  4,-27,  6, -5, -4,-10,  7,-20,-10,-18,-14,  3, -9, -8,-11, -4, -8,-20,-15, 10, -8;
/M: SY='Y';  M=-13,-24,-24,-25,-23, 22,-23, -3,  6,-18, 10,  4,-22,-29,-19,-15,-19, -9,  4,  5, 36,-23;
/M: SY='C';  M= -8, -6,  8, -8, -4,-15,-22,-14, -6, -9, -8, -2, -9,-22,-11,-12, -7, -6,  2,-34,-16, -7;
/M: SY='I';  M= -9,-15,-25,-21,-18, -3,-13,-17,  6,-14, -3,  1, -7,-22,-12, -9,-10, -9,  5,-20, -7,-17;
/M: SY='P';  M= -7,-12,-32, -6,  2,-27,-16,-15,-23,  4,-29,-17, -9, 45, -3, -2, -1, -4,-24,-29,-23, -4;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='Y';  M= -6,-16,-13,-18,-16, 11,-18, -6,  8,-12,  2,  6,-14,-19,-13,-11, -6, -2, 11, -7, 14,-15; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='N';  M= -6, 14,-13,  7,  4,-11, -5,  2, -7, -1,-12, -8, 21, -9,  1, -2,  2, -2,-12,-20,-10,  2; D=-11;
/I:         I=-11; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='H';  M= -4, -5,-19, -6, -4, -9,-12, 27,-16, -4,-15, -6,  1,-16,  1,  2,  2, -4,-14,-16, 11, -4; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='T';  M=  1, -8,-12,-10, -5, -9,-15,-14, -1,-11, -4, -5, -6,-13, -8,-11,  9, 12,  5,-27,-11, -7; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='K';  M= -2,  3,-16,  0,  1,-18,-11, -9,-18, 13,-21,-11,  7, -9,  1,  6, 10, 11,-12,-25,-11,  1; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='P';  M=-12,  2,-31,  9,  2,-26,-17, -2,-19, -6,-23,-16, -2, 21, -4, -8, -2, -7,-20,-32,-17, -4;
/M: SY='Y';  M=-13,-16,-26,-22,-19, 18,-22,-11, -3,-17, -3, -5,-11,-24,-17,-15,-12, -2, -8, 20, 21,-18;
/M: SY='V';  M= -4,-28,-17,-33,-27, 20,-29,-26, 22,-24, 14,  9,-24,-27,-28,-22,-15, -5, 26,-16,  2,-27;
/M: SY='V';  M=  0,-23, -3,-30,-25, -5,-28,-26, 21,-21,  7, 10,-21,-24,-21,-22, -9,  1, 27,-28,-10,-25;
/M: SY='L';  M=-11,-24,-23,-27,-19,  5,-29,-19, 12,-12, 16,  9,-20,-25,-16, -2,-19, -8, 11,-19, -1,-19;
/M: SY='Y';  M=-11,  3,-22, -3, -1, -2,-19,  2,-10, -7, -7, -8,  6,-19, -4, -7, -2,  5,-14,-14, 13, -4;
/M: SY='G';  M= -4,-11,-22,-14,-14,  1, 20,-17,-23,-18,-17,-14, -4,-19,-19,-16,  3, -3,-16,-17,-11,-15;
/M: SY='G';  M= -3,  2,-27,  1, -7,-28, 40,-14,-34,-13,-27,-20,  6,-16,-12,-15,  3, -9,-27,-25,-25, -9;
/M: SY='D';  M=-11, 20,-26, 28, 11,-32,-14, -2,-22, -2,-22,-15,  9,-11, 13, -7,  6, -4,-20,-33,-15, 11;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-9; IM=0; DM=-9;
/M: SY='H';  M=-12,  4,-21,  4, 10,-18,-13, 32,-20,  3,-16, -6,  9,-11, 13,  8, -3, -9,-21,-21, -1, 10; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='Y';  M=-13, -1,-21,  2, -8,  7, -8,  3,-12, -9, -8, -8, -5,-17,-10,-10, -9, -9,-13,  1, 23,-10; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='I';  M= -8,-19,-17,-22,-18,  7,-23, -8, 18,-15, 12, 13,-18,-20,-13,-14,-14, -6, 14, -6, 15,-17; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='Y';  M= -8,-10,-17,-12, -7,  5,-19, -1, -3, -6, -4, -1, -9,-15,  2, -5, -4,  3, -4, -4, 15, -3; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='I';  M= -5,-19,-16,-23,-18,  5,-22,-18, 19,-19, 13,  8,-14,-17,-15,-17, -9, -3, 15,-16, -1,-18; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='G';  M= -2,  3,-20, -1,-11,-20, 38, -9,-26,-11,-22,-15, 13,-15,-11,-11,  2,-11,-22,-19,-20,-11; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='G';  M= -5,  9,-20, 11, -5,-22, 24, -9,-26, -9,-21,-16,  8,-12, -9,-11,  2, -6,-20,-21,-18, -7; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='Y';  M= -9, -6,-18, -4, -3, -2,-17, -2, -5, -4, -2, -3, -8,-16, -5, -1, -6, -4, -3,-10, 10, -5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='T';  M= -4,-11,-13,-17,-13,  9,-18,-15,  4,-15, -1, -2, -6,-13,-13,-13,  3, 12,  4,-15,  0,-13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='V';  M= -5,-13,-15,-13, -2, -5,-20,-12, 10,-10,  7,  9,-14,-14, -7,-11, -9, -5, 11,-20, -7, -5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='D';  M= -3,  5,-18,  7,  3,-20,-10,  3,-19,  4,-18,-11,  2,  0,  0, -1,  3,  0,-14,-22, -9,  1; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='F';  M=-13,-20,-22,-23,-19, 27,-10,-11, -9,-15, -4, -6,-15,-21,-19, -9,-15,-12,-10, 26, 19,-17; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='V';  M=  0,-14,-13,-15,-10,  1,-17,  0,  3,-12, -1,  1,-12,-17,-13,-11, -6, -4, 11,-17, -1,-12; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='S';  M=  2,  2,-12,  3, -1,-15, -5, -9,-10, -9,-17,-12,  5, -9, -2,-10, 19,  9, -5,-28,-13, -2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='G';  M= -5, -5,-18, -8, -9, -8,  4,-11,-16, -7,-14,-10,  1, -2,-10, -4,  1,  4,-13,-17,-11,-10; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='V';  M= -4, -5,-13, -8,-12, -7,-15,-11,  8,-10, -1,  5, -4,-16,-11,-11, -2, -1, 12,-23, -8,-12; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='D';  M= -8, 13,-18, 16,  5,-19,-10, -4,-18,  6,-14,-11,  8,-10,  0,  0,  0, -3,-14,-24,-11,  2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='D';  M=-10,  2,-17,  9, -4, -9,-16,-10, -3,-12,  8, -2, -7,-16,-10,-12,-11, -6, -1,-22, -7, -7; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='Y';  M=-10, -7,-10, -9,-11,  9,-16,  8, -6, -8, -8, -5, -3,-20, -7, -8, -5, -3,-10,  3, 32,-11; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='V';  M=  3,-20,-11,-22,-19, -1,-20,-20, 19,-16, 13,  8,-19,-19,-18,-16, -9, -3, 24,-19, -6,-19; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='A';  M= 21,-14, -9,-18,-13, -8, -9,-17,  4,-12,  3,  0,-14,-14,-13,-15, -1, -1, 11,-17,-11,-13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='I';  M= -6,-22,-18,-27,-21,  2,-27,-21, 29,-21, 18, 13,-18,-18,-17,-19,-15, -6, 22,-17, -2,-21; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='R';  M=-13, -8,-20, -8, -4,-11,-16, 15,-15,  9,-11, -3, -2,-16,  3, 28, -8, -8, -9,-16,  1, -4; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='G';  M=  0, -7,-25, -7,-12,-26, 37,-14,-33,-10,-28,-18,  3,-17,-10, -3,  9, -8,-23,-25,-24,-12;
/M: SY='C';  M=-10,-17, 13,-20,-16, -3,-23, -9,-12,-12, -3, -6,-14,-28,-12, -4, -8, -5, -7,-21,  4,-16;
/M: SY='F';  M= -2,-17,-10,-23,-15, 12,-21, -6, -8,-15, -6, -4,-10,-21,-13,-10, -6, -7, -5,-16,  2,-14;
/M: SY='C';  M=-10,  2, 12,  2,  8,-23,-22, -2,-27, -3,-20,-16, -2,-16, -3, -7, -1,  1,-18,-35,-15,  2;
/M: SY='S';  M=  8,  1,-18,  0, 13,-23,-10,-10,-22,  6,-23,-16,  2, -8,  4, -2, 15,  6,-14,-30,-17,  9;
/M: SY='D';  M=-15, 26,-25, 29,  4,-26,-12,  9,-23, -2,-22,-17, 21,-17, -2, -2, -1, -7,-19,-36,-13,  0;
/M: SY='C';  M=-10,-22, 13,-26,-21,  2,-28,-14,  2,-24, 11,  2,-20,-30,-18,-20,-15, -7,  0,-19,  7,-21;
/M: SY='Y';  M=-12,-15,-22,-18,-11, 16,-24,  3, -6,-14, -1, -1,-11,-22, -5,-10, -7, -2, -9, -6, 21, -8;
/M: SY='L';  M=-11,-22,-23,-23,-14,  8,-28, -8,  8,-17, 20, 10,-21,-26, -5,-12,-19, -9,  2,-10, 13,-10;
/M: SY='L';  M= -2,-25,-18,-27,-19,  2,-25,-19, 17,-24, 28, 16,-23,-25,-17,-19,-16, -5, 13,-23, -5,-18;
/M: SY='R';  M=-19,  1,-30,  5,  9,-20,-20, 26,-29, 11,-20,-10,  3,-17,  9, 29, -8,-13,-24,-23,  1,  5;
/M: SY='S';  M=  6, -2,-16, -5, -1,-20, -9,-12,-20,  5,-24,-15,  4,-11,  0,  5, 19, 14,-10,-31,-16, -1;
/M: SY='V';  M=  6,-17,-10,-20,-19, -7,-20,-24, 10,-15, -2, -1,-15,-21,-19,-16,  6, 14, 26,-31,-13,-19;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='E';  M= -9, 19,-25, 28, 32,-29,-15, -4,-29,  2,-22,-21,  7, -5,  8, -5,  7,  2,-23,-34,-18, 20;
/M: SY='Y';  M=-12,-18,-22,-20,-16,  8,-27,  3,  4,-19, 18,  7,-17,-25,-12,-13,-15,  1, -1,-11, 20,-16;
/M: SY='L';  M= -8,-22,-25,-23,-22, -1,  0,-14,  1,-22, 10,  3,-18,-26,-19,-19,-16,-12, -1,-12,  4,-22;
/M: SY='B';  M= -7, 15,-24, 14, 12,-18,-14,  0,-16, -2,-17,-15, 14,-14,  0, -7,  0, -6,-17,-27, -8,  5;
/M: SY='G';  M= -7, -2,  8,  0, -2,-29, 18,-16,-35,-14,-25,-21, -3,-20,-12,-17, -3,-14,-25,-32,-27, -7;
/M: SY='N';  M= -5, 12,-21,  7,  3,-16,-14,  3,-19, -1,-19,-14, 13,-14, -1, -4,  5,  8,-17,-25, -4,  0;
/M: SY='F';  M= -3,-19, -4,-26,-21, 19,-24,-15, -3,-15, -2, -4,-16,-25,-22,-15, -8, -1,  3, -9, 12,-21;
/M: SY='I';  M= -6,-24,-20,-30,-24,  0,-32,-26, 29,-24, 16, 12,-20,-22,-20,-22,-11,  4, 25,-24, -4,-24;
/M: SY='Y';  M=-12,-18,-22,-21,-18, 33,-22,  0, -5,-16, -4, -5,-12,-25,-17,-13, -5, -2, -7,  6, 39,-18;
/M: SY='I';  M=-13,-25,-23,-30,-21, 12,-30,-19, 13,-13,  9,  7,-18,-25,-18,  0,-17, -8, 13,-16,  2,-21;
/M: SY='F';  M=-17,-29,-23,-37,-28, 52,-32,-18, 12,-28, 15,  6,-21,-28,-31,-21,-21,-10,  6,  3, 26,-28;
/M: SY='S';  M=  1,-11, -5,-14,-11, -6,-15,-11,-10, -9,-15,-10, -5,-18, -9,-12,  9,  3, -5,-22,  0,-11;
/M: SY='E';  M= -7, 11,-24,  8, 17,-28,-12,  0,-24, 14,-26,-14, 15,-10, 17,  8,  7, -3,-24,-30,-16, 17;
/M: SY='E';  M= -7, -2,-12, -3,  8,-22,-18,  7,-20,  3,-20,-11,  1,-13,  3, -1,  4, -1,-15,-31,-10,  4;
/M: SY='P';  M= -7,-18,-26,-17, -9,-16,-24,-17,  3,-14, -3, -1,-16, 12, -4,-15, -7, -2, -2,-26,-13, -8;
/M: SY='V';  M=  1,-28,-16,-31,-25,  1,-29,-26, 27,-23, 20, 12,-26,-26,-24,-22,-15, -4, 31,-25, -7,-25;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2021_03 which contains 565'254 sequence entries.


Total number of hits 18 in 18 different sequences
Number of true positive hits 18 in 18 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] CoV 3a-like viroporin CD
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
18 sequences

AP3A_BC279  (Q0Q474    ), AP3A_BCHK3  (Q3LZX0    ), AP3A_BCRP3  (Q3I5J4    ), 
AP3A_SARS   (P59632    ), AP3A_SARS2  (P0DTC3    ), NS3B_CVCBG  (Q7T6T1    ), 
NS3B_CVPFS  (P22656    ), NS3B_CVPPU  (P09047    ), NS3B_CVPRM  (P24414    ), 
NS3D_BC133  (Q0Q4E9    ), NS3D_BCHK4  (A3EX98    ), NS3D_BCHK5  (A3EXD4    ), 
NS3_BC512   (Q0Q465    ), NS3_BCHK9   (A3EXG7    ), NS3_CVHNL   (Q6Q1S1    ), 
NS3_PEDV7   (Q91AV0    ), NS4B_CVH22  (P19740    ), ORF5_MERS1  (K9N7D2    )
» more

PDB
[Detailed view]
2 PDB

6XDC; 7KJR

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission