PROSITE entry PS51967

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	COV_VIROPORIN_3A_CD
Accession [info]	PS51967
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	02-JUN-2021 CREATED; 02-JUN-2021 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51966
Associated ProRule [info]	PRU01312

Name and characterization of the entry

Description [info]

Coronavirus (CoV) 3a-like viroporin cytosolic (CD) domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=81;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=76;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0669315; R2=0.0292846; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=306; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=152; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='T';  M= -8,  4,-20, -3, -6, -7,-16,  7,-14, -3,-17,-10, 10,-17, -3, -3,  6, 12,-14,-19, 10, -6;
/M: SY='F';  M=-16,-29,-21,-34,-25, 48,-30,-16,  8,-28, 24,  8,-24,-30,-29,-19,-24,-10,  3,  1, 24,-25;
/M: SY='I';  M=  0,-22, -7,-29,-23, -5,-25,-20, 19,-20,  9, 17,-19,-22,-16,-21,-10, -5, 17,-26, -8,-20;
/M: SY='F';  M=-17,-22,  8,-29,-22, 20,-28,-18, -9,-13, -4, -5,-14,-28,-21,  2,-15,-10, -4,-16,  2,-22;
/M: SY='V';  M= -8,-31,-23,-33,-27,  4,-28,-25, 19,-22, 12, 11,-30,-28,-22,-20,-21,-10, 21, 10,  2,-24;
/M: SY='H';  M=-12, 11,-25, 10,  5,-25,-13, 39,-27,  1,-25,-10, 16,-15, 11,  2,  3, -8,-26,-32, -2,  6;
/M: SY='G';  M= -1, -1,-20, -7,-13,-20, 21,-17,-24,-13,-21,-15,  6,-15,-13,-13, 10, 15,-16,-27,-20,-13;
/M: SY='R';  M= -9, -1,-23, -5, -5,-19,-10,  4,-18,  8,-19, -8,  6,-18, -3,  9, -3, -3,-11,-27, -9, -5;
/M: SY='C';  M= 12, -4, 41,-15,-16,-20,-12,-18,-21,-16,-19,-17,  0,-24,-16,-20,  4, -3,-10,-37,-24,-16;
/M: SY='W';  M=  1, -7,-24,-13,-13, -2, -4, -8,-16,-12,-18,-14,  0,-20,-11,-13, -1, -6,-17, 13,  6,-12;
/M: SY='Y';  M=-13,  4,-27,  6, -5, -4,-10,  7,-20,-10,-18,-14,  3, -9, -8,-11, -4, -8,-20,-15, 10, -8;
/M: SY='Y';  M=-13,-24,-24,-25,-23, 22,-23, -3,  6,-18, 10,  4,-22,-29,-19,-15,-19, -9,  4,  5, 36,-23;
/M: SY='C';  M= -8, -6,  8, -8, -4,-15,-22,-14, -6, -9, -8, -2, -9,-22,-11,-12, -7, -6,  2,-34,-16, -7;
/M: SY='I';  M= -9,-15,-25,-21,-18, -3,-13,-17,  6,-14, -3,  1, -7,-22,-12, -9,-10, -9,  5,-20, -7,-17;
/M: SY='P';  M= -7,-12,-32, -6,  2,-27,-16,-15,-23,  4,-29,-17, -9, 45, -3, -2, -1, -4,-24,-29,-23, -4;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='Y';  M= -6,-16,-13,-18,-16, 11,-18, -6,  8,-12,  2,  6,-14,-19,-13,-11, -6, -2, 11, -7, 14,-15; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='N';  M= -6, 14,-13,  7,  4,-11, -5,  2, -7, -1,-12, -8, 21, -9,  1, -2,  2, -2,-12,-20,-10,  2; D=-11;
/I:         I=-11; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='H';  M= -4, -5,-19, -6, -4, -9,-12, 27,-16, -4,-15, -6,  1,-16,  1,  2,  2, -4,-14,-16, 11, -4; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='T';  M=  1, -8,-12,-10, -5, -9,-15,-14, -1,-11, -4, -5, -6,-13, -8,-11,  9, 12,  5,-27,-11, -7; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='K';  M= -2,  3,-16,  0,  1,-18,-11, -9,-18, 13,-21,-11,  7, -9,  1,  6, 10, 11,-12,-25,-11,  1; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='P';  M=-12,  2,-31,  9,  2,-26,-17, -2,-19, -6,-23,-16, -2, 21, -4, -8, -2, -7,-20,-32,-17, -4;
/M: SY='Y';  M=-13,-16,-26,-22,-19, 18,-22,-11, -3,-17, -3, -5,-11,-24,-17,-15,-12, -2, -8, 20, 21,-18;
/M: SY='V';  M= -4,-28,-17,-33,-27, 20,-29,-26, 22,-24, 14,  9,-24,-27,-28,-22,-15, -5, 26,-16,  2,-27;
/M: SY='V';  M=  0,-23, -3,-30,-25, -5,-28,-26, 21,-21,  7, 10,-21,-24,-21,-22, -9,  1, 27,-28,-10,-25;
/M: SY='L';  M=-11,-24,-23,-27,-19,  5,-29,-19, 12,-12, 16,  9,-20,-25,-16, -2,-19, -8, 11,-19, -1,-19;
/M: SY='Y';  M=-11,  3,-22, -3, -1, -2,-19,  2,-10, -7, -7, -8,  6,-19, -4, -7, -2,  5,-14,-14, 13, -4;
/M: SY='G';  M= -4,-11,-22,-14,-14,  1, 20,-17,-23,-18,-17,-14, -4,-19,-19,-16,  3, -3,-16,-17,-11,-15;
/M: SY='G';  M= -3,  2,-27,  1, -7,-28, 40,-14,-34,-13,-27,-20,  6,-16,-12,-15,  3, -9,-27,-25,-25, -9;
/M: SY='D';  M=-11, 20,-26, 28, 11,-32,-14, -2,-22, -2,-22,-15,  9,-11, 13, -7,  6, -4,-20,-33,-15, 11;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-9; IM=0; DM=-9;
/M: SY='H';  M=-12,  4,-21,  4, 10,-18,-13, 32,-20,  3,-16, -6,  9,-11, 13,  8, -3, -9,-21,-21, -1, 10; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='Y';  M=-13, -1,-21,  2, -8,  7, -8,  3,-12, -9, -8, -8, -5,-17,-10,-10, -9, -9,-13,  1, 23,-10; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='I';  M= -8,-19,-17,-22,-18,  7,-23, -8, 18,-15, 12, 13,-18,-20,-13,-14,-14, -6, 14, -6, 15,-17; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='Y';  M= -8,-10,-17,-12, -7,  5,-19, -1, -3, -6, -4, -1, -9,-15,  2, -5, -4,  3, -4, -4, 15, -3; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='I';  M= -5,-19,-16,-23,-18,  5,-22,-18, 19,-19, 13,  8,-14,-17,-15,-17, -9, -3, 15,-16, -1,-18; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='G';  M= -2,  3,-20, -1,-11,-20, 38, -9,-26,-11,-22,-15, 13,-15,-11,-11,  2,-11,-22,-19,-20,-11; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='G';  M= -5,  9,-20, 11, -5,-22, 24, -9,-26, -9,-21,-16,  8,-12, -9,-11,  2, -6,-20,-21,-18, -7; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='Y';  M= -9, -6,-18, -4, -3, -2,-17, -2, -5, -4, -2, -3, -8,-16, -5, -1, -6, -4, -3,-10, 10, -5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='T';  M= -4,-11,-13,-17,-13,  9,-18,-15,  4,-15, -1, -2, -6,-13,-13,-13,  3, 12,  4,-15,  0,-13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='V';  M= -5,-13,-15,-13, -2, -5,-20,-12, 10,-10,  7,  9,-14,-14, -7,-11, -9, -5, 11,-20, -7, -5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='D';  M= -3,  5,-18,  7,  3,-20,-10,  3,-19,  4,-18,-11,  2,  0,  0, -1,  3,  0,-14,-22, -9,  1; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='F';  M=-13,-20,-22,-23,-19, 27,-10,-11, -9,-15, -4, -6,-15,-21,-19, -9,-15,-12,-10, 26, 19,-17; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='V';  M=  0,-14,-13,-15,-10,  1,-17,  0,  3,-12, -1,  1,-12,-17,-13,-11, -6, -4, 11,-17, -1,-12; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='S';  M=  2,  2,-12,  3, -1,-15, -5, -9,-10, -9,-17,-12,  5, -9, -2,-10, 19,  9, -5,-28,-13, -2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='G';  M= -5, -5,-18, -8, -9, -8,  4,-11,-16, -7,-14,-10,  1, -2,-10, -4,  1,  4,-13,-17,-11,-10; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='V';  M= -4, -5,-13, -8,-12, -7,-15,-11,  8,-10, -1,  5, -4,-16,-11,-11, -2, -1, 12,-23, -8,-12; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='D';  M= -8, 13,-18, 16,  5,-19,-10, -4,-18,  6,-14,-11,  8,-10,  0,  0,  0, -3,-14,-24,-11,  2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='D';  M=-10,  2,-17,  9, -4, -9,-16,-10, -3,-12,  8, -2, -7,-16,-10,-12,-11, -6, -1,-22, -7, -7; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='Y';  M=-10, -7,-10, -9,-11,  9,-16,  8, -6, -8, -8, -5, -3,-20, -7, -8, -5, -3,-10,  3, 32,-11; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='V';  M=  3,-20,-11,-22,-19, -1,-20,-20, 19,-16, 13,  8,-19,-19,-18,-16, -9, -3, 24,-19, -6,-19; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='A';  M= 21,-14, -9,-18,-13, -8, -9,-17,  4,-12,  3,  0,-14,-14,-13,-15, -1, -1, 11,-17,-11,-13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='I';  M= -6,-22,-18,-27,-21,  2,-27,-21, 29,-21, 18, 13,-18,-18,-17,-19,-15, -6, 22,-17, -2,-21; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='R';  M=-13, -8,-20, -8, -4,-11,-16, 15,-15,  9,-11, -3, -2,-16,  3, 28, -8, -8, -9,-16,  1, -4; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='G';  M=  0, -7,-25, -7,-12,-26, 37,-14,-33,-10,-28,-18,  3,-17,-10, -3,  9, -8,-23,-25,-24,-12;
/M: SY='C';  M=-10,-17, 13,-20,-16, -3,-23, -9,-12,-12, -3, -6,-14,-28,-12, -4, -8, -5, -7,-21,  4,-16;
/M: SY='F';  M= -2,-17,-10,-23,-15, 12,-21, -6, -8,-15, -6, -4,-10,-21,-13,-10, -6, -7, -5,-16,  2,-14;
/M: SY='C';  M=-10,  2, 12,  2,  8,-23,-22, -2,-27, -3,-20,-16, -2,-16, -3, -7, -1,  1,-18,-35,-15,  2;
/M: SY='S';  M=  8,  1,-18,  0, 13,-23,-10,-10,-22,  6,-23,-16,  2, -8,  4, -2, 15,  6,-14,-30,-17,  9;
/M: SY='D';  M=-15, 26,-25, 29,  4,-26,-12,  9,-23, -2,-22,-17, 21,-17, -2, -2, -1, -7,-19,-36,-13,  0;
/M: SY='C';  M=-10,-22, 13,-26,-21,  2,-28,-14,  2,-24, 11,  2,-20,-30,-18,-20,-15, -7,  0,-19,  7,-21;
/M: SY='Y';  M=-12,-15,-22,-18,-11, 16,-24,  3, -6,-14, -1, -1,-11,-22, -5,-10, -7, -2, -9, -6, 21, -8;
/M: SY='L';  M=-11,-22,-23,-23,-14,  8,-28, -8,  8,-17, 20, 10,-21,-26, -5,-12,-19, -9,  2,-10, 13,-10;
/M: SY='L';  M= -2,-25,-18,-27,-19,  2,-25,-19, 17,-24, 28, 16,-23,-25,-17,-19,-16, -5, 13,-23, -5,-18;
/M: SY='R';  M=-19,  1,-30,  5,  9,-20,-20, 26,-29, 11,-20,-10,  3,-17,  9, 29, -8,-13,-24,-23,  1,  5;
/M: SY='S';  M=  6, -2,-16, -5, -1,-20, -9,-12,-20,  5,-24,-15,  4,-11,  0,  5, 19, 14,-10,-31,-16, -1;
/M: SY='V';  M=  6,-17,-10,-20,-19, -7,-20,-24, 10,-15, -2, -1,-15,-21,-19,-16,  6, 14, 26,-31,-13,-19;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='E';  M= -9, 19,-25, 28, 32,-29,-15, -4,-29,  2,-22,-21,  7, -5,  8, -5,  7,  2,-23,-34,-18, 20;
/M: SY='Y';  M=-12,-18,-22,-20,-16,  8,-27,  3,  4,-19, 18,  7,-17,-25,-12,-13,-15,  1, -1,-11, 20,-16;
/M: SY='L';  M= -8,-22,-25,-23,-22, -1,  0,-14,  1,-22, 10,  3,-18,-26,-19,-19,-16,-12, -1,-12,  4,-22;
/M: SY='B';  M= -7, 15,-24, 14, 12,-18,-14,  0,-16, -2,-17,-15, 14,-14,  0, -7,  0, -6,-17,-27, -8,  5;
/M: SY='G';  M= -7, -2,  8,  0, -2,-29, 18,-16,-35,-14,-25,-21, -3,-20,-12,-17, -3,-14,-25,-32,-27, -7;
/M: SY='N';  M= -5, 12,-21,  7,  3,-16,-14,  3,-19, -1,-19,-14, 13,-14, -1, -4,  5,  8,-17,-25, -4,  0;
/M: SY='F';  M= -3,-19, -4,-26,-21, 19,-24,-15, -3,-15, -2, -4,-16,-25,-22,-15, -8, -1,  3, -9, 12,-21;
/M: SY='I';  M= -6,-24,-20,-30,-24,  0,-32,-26, 29,-24, 16, 12,-20,-22,-20,-22,-11,  4, 25,-24, -4,-24;
/M: SY='Y';  M=-12,-18,-22,-21,-18, 33,-22,  0, -5,-16, -4, -5,-12,-25,-17,-13, -5, -2, -7,  6, 39,-18;
/M: SY='I';  M=-13,-25,-23,-30,-21, 12,-30,-19, 13,-13,  9,  7,-18,-25,-18,  0,-17, -8, 13,-16,  2,-21;
/M: SY='F';  M=-17,-29,-23,-37,-28, 52,-32,-18, 12,-28, 15,  6,-21,-28,-31,-21,-21,-10,  6,  3, 26,-28;
/M: SY='S';  M=  1,-11, -5,-14,-11, -6,-15,-11,-10, -9,-15,-10, -5,-18, -9,-12,  9,  3, -5,-22,  0,-11;
/M: SY='E';  M= -7, 11,-24,  8, 17,-28,-12,  0,-24, 14,-26,-14, 15,-10, 17,  8,  7, -3,-24,-30,-16, 17;
/M: SY='E';  M= -7, -2,-12, -3,  8,-22,-18,  7,-20,  3,-20,-11,  1,-13,  3, -1,  4, -1,-15,-31,-10,  4;
/M: SY='P';  M= -7,-18,-26,-17, -9,-16,-24,-17,  3,-14, -3, -1,-16, 12, -4,-15, -7, -2, -2,-26,-13, -8;
/M: SY='V';  M=  1,-28,-16,-31,-25,  1,-29,-26, 27,-23, 20, 12,-26,-26,-24,-22,-15, -4, 31,-25, -7,-25;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_05 which contains 572'214 sequence entries.

Total number of hits	18 in 18 different sequences
Number of true positive hits	18 in 18 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	CoV 3a-like viroporin CD
Version [info]	1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

18 sequences

AP3A_BC279  (Q0Q474), AP3A_BCHK3  (Q3LZX0), AP3A_BCRP3  (Q3I5J4),

AP3A_SARS   (P59632), AP3A_SARS2  (P0DTC3), NS3B_CVCBG  (Q7T6T1), 
NS3B_CVPFS  (P22656), NS3B_CVPPU  (P09047), NS3B_CVPRM  (P24414), 
NS3D_BC133  (Q0Q4E9), NS3D_BCHK4  (A3EX98), NS3D_BCHK5  (A3EXD4), 
NS3_BC512   (Q0Q465), NS3_BCHK9   (A3EXG7), NS3_CVHNL   (Q6Q1S1), 
NS3_PEDV7   (Q91AV0), NS4B_CVH22  (P19740), ORF5_MERS1  (K9N7D2)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

6 PDB

6XDC; 7KJR; 8EQJ; 8EQS; 8EQT; 8EQU