PROSITE entry PS51997
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | UPF1_CH_RICH |
| Accession [info] | PS51997 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
03-AUG-2022 CREATED;
03-AUG-2022 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51997 |
| Associated ProRule [info] | PRU01341 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Upf1 cysteine-histidine-rich (CH-rich) domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=158; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=158; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4779823; R2=0.0091338; TEXT='-LogE'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1098; N_SCORE=12.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=441; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='E'; M= -7, 6,-24, 3, 10,-22, -4, -3,-19, 5,-19, -6, 10,-13, 5, -1, 0, -5,-19,-28,-16, 7; /M: SY='K'; M= -9, 0,-27, 1, 11,-26,-18,-10,-20, 14,-21,-11, -2, 0, 6, 4, -3, -2,-16,-26,-14, 8; /M: SY='E'; M=-10, 8,-25, 12, 15,-25,-18, -7,-23, 9,-19,-14, 3,-10, 6, 8, 2, 4,-17,-29,-14, 10; /M: SY='L'; M= -9,-17,-26,-15,-10, -3,-24,-15, -2,-12, 12, 2,-19, -3,-13,-12,-19,-10, -6,-19, -4,-12; /M: SY='P'; M= -6, -2,-30, 4, 6,-30,-16,-11,-22, 4,-26,-16, -5, 26, 5, -5, -1, -5,-22,-29,-20, 3; /M: SY='E'; M= -8, -3,-29, 1, 18,-20,-20, -5,-17, 8,-15, -5, -7, 4, 5, -2, -7, -9,-18,-22, -8, 11; /M: SY='H'; M=-13, -7,-25, -8, 0,-10,-22, 30,-11, -9, -9, 3, -4,-13, -1, -7,-10,-12,-10,-25, 4, -2; /M: SY='A'; M= 12, -9,-22,-11, -3,-23, -6, -9,-21, 5,-20,-12, -5, 0, -2, 6, 3, -4,-14,-24,-17, -5; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='A'; M= 14,-11,-22,-15, -5,-19, -9,-12,-18, 1,-18,-11, -8,-14, 3, 4, 2, -5,-13, -2,-11, -1; /M: SY='Y'; M=-19,-21,-29,-21,-20, 28,-30, 15, 2,-12, 6, 2,-21,-30,-11,-11,-21,-10, -8, 24, 70,-20; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='G'; M= 0, -5,-28, -3, -1,-28, 40,-10,-35,-12,-27,-19, 1,-15, -9,-15, 2,-15,-27,-24,-25, -5; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='I'; M= -1,-18,-20,-23,-12, -5,-25,-19, 19,-17, 11, 10,-15,-15,-11,-18,-11, -4, 13,-20, -5,-13; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='H'; M= 7, 4,-20, 4, 4,-24, -9, 20,-24, -5,-21,-12, 5,-12, 2, -8, 8, -4,-17,-30, -8, 1; /M: SY='D'; M= -7, 17,-22, 21, 14,-23,-11, -5,-22, -5,-17,-17, 11,-12, 1, -8, 8, 1,-19,-35,-17, 7; /M: SY='P'; M= 1,-18,-27,-16, -7,-18,-20,-20, -7, -7, -9, -7,-17, 27,-11,-14, -9, -5,-10,-25,-18,-11; /I: I=-14; MD=-29; /M: SY='E'; M= 1, 6,-19, 5, 8,-20,-10, -2,-18, 4,-16,-12, 6,-10, 2, -2, 5, 0,-14,-26,-12, 4; D=-14; /I: I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29; /M: SY='C'; M= -3, -8, 21,-11, -8,-19,-15,-17,-21, -7,-22,-16, -5, -5, -9,-11, 7, 5,-12,-34,-20, -9; D=-14; /I: I=-14; DM=-29; /M: SY='V'; M= -5,-30,-16,-30,-25, 5,-30,-25, 26,-25, 29, 15,-30,-30,-25,-20,-20, -5, 30,-25, -5,-25; /M: SY='V'; M= 4,-27,-16,-31,-27, -2,-29,-28, 30,-22, 12, 10,-24,-24,-24,-23,-11, -3, 36,-25, -8,-27; /M: SY='R'; M=-14, -6,-28, -6, 8,-17,-21, -3,-22, 24,-17, -3, -4,-14, 11, 28,-10,-10,-18,-18, -5, 8; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='N'; M= -7, 2,-23, -8,-14,-14, 4,-10, -5,-15, -7, -4, 13,-21,-11,-14, -4, -5,-11,-28,-15,-14; /I: I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: SY='T'; M= 7, -3,-13, -9, -9,-13, -6,-10, -8,-10,-13, -9, 2,-12, -8,-11, 13, 15, -2,-26,-12, -9; D=-13; /I: I=-13; DM=-27; /M: SY='C'; M= -9,-19,116,-29,-29,-20,-29,-29,-30,-29,-20,-20,-19,-39,-29,-29, -8, -9,-10,-50,-30,-29; /M: SY='R'; M= -6, -3,-26, -4, -5,-25, 14, -9,-31, 8,-28,-16, 6,-17, -2, 15, 3, -8,-22,-25,-19, -5; /M: SY='K'; M=-11, 0,-30, 2, 15,-29,-20, -8,-30, 43,-28,-11, 0,-10, 11, 30, -9,-10,-21,-21,-11, 13; /M: SY='W'; M=-16,-34,-23,-35,-29, 8,-24,-24,-13,-20,-14,-14,-34,-31,-21,-20,-30,-22,-15, 90, 24,-22; /M: SY='F'; M=-20,-29,-21,-38,-29, 74,-30,-15, 0,-28, 9, 0,-20,-30,-36,-19,-20,-10, -1, 12, 36,-29; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='N'; M= -9, 38,-19, 19, 0,-20, 0, 9,-20, -1,-30,-20, 57,-19, 0, -1, 12, 1,-29,-40,-20, 0; /M: SY='G'; M= 5, -1,-20, -5,-11,-23, 28,-14,-26,-14,-26,-18, 9,-16,-11,-14, 14, -1,-18,-29,-24,-11; /M: SY='R'; M=-10, -5,-23, -9, -4, -9,-13, -8,-22, 11,-19,-11, 3,-17, -2, 22, 1, 2,-15,-22, -8, -4; /M: SY='G'; M= -6, 7,-26, 9, -6,-24, 24, -2,-31,-11,-27,-19, 10,-17, -9,-13, 5, -9,-25,-25,-14, -8; /M: SY='N'; M= 0, 8,-23, 1, -6,-24, 16, 5,-27, -5,-26,-15, 19,-17, -5, -6, 5, -8,-24,-29,-17, -6; /M: SY='T'; M= 2, -2,-15, -7, -7,-17, -5,-17,-18, -4,-19,-13, 2,-11, -7, -7, 18, 26, -8,-29,-15, -7; /M: SY='S'; M= 1, -1, -4, -5, -4,-18, -6,-13,-21, -2,-25,-16, 5,-14, -4, -5, 20, 13,-12,-34,-17, -4; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='G'; M= 4,-12,-19,-14,-16,-17, 21,-18,-11,-16,-14, -9, -5,-16,-15,-17, 3, -6, -5,-22,-18,-16; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='S'; M= 9, -1,-11, -1, -1,-21, 4,-11,-21,-11,-30,-20, 9,-11, -1,-11, 38, 18,-11,-39,-21, -1; /M: SY='H'; M=-20, 0,-30, 0, 0,-20,-20,100,-30,-10,-20, 0, 10,-20, 10, 0,-10,-20,-30,-30, 20, 0; /M: SY='I'; M=-10,-30,-30,-40,-30, 0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20, 0,-30; /M: SY='V'; M= -3,-30,-16,-33,-30, 0,-33,-30, 36,-23, 13, 13,-27,-27,-27,-23,-13, -3, 44,-27, -7,-30; /M: SY='H'; M=-12, 2,-21, -6, -7, -3,-16, 12,-15, -7,-10, -7, 12,-20, -6, 2, -1, 3,-15,-26, -2, -7; /M: SY='H'; M=-20, 0,-30, 0, 0,-20,-20,100,-30,-10,-20, 0, 10,-20, 10, 0,-10,-20,-30,-30, 20, 0; /M: SY='L'; M= -3,-27,-19,-29,-19, 6,-26,-19, 16,-26, 41, 19,-27,-27,-18,-19,-25, -9, 9,-20, -2,-18; /M: SY='V'; M= 0,-23,-12,-23,-20, -7,-25,-23, 18,-15, 2, 5,-22,-25,-15,-15, -3, 1, 33,-30,-11,-18; /M: SY='R'; M=-12,-10,-26,-10, -2,-16,-20, -8,-18, 18, -9, -5, -5,-18, 2, 30, -8, -6,-12,-22, -9, -2; /M: SY='A'; M= 21, -7,-11,-12, -7,-15, -6,-16,-10,-12,-11,-10, -3,-12, -7,-15, 18, 13, -3,-29,-16, -7; /M: SY='K'; M=-10, -3,-30, -3, 3,-29, -3, -4,-31, 29,-27,-11, 0,-14, 7, 24, -8,-12,-23,-20,-12, 4; /M: SY='H'; M=-20, -1,-25, -1, -1,-20,-20, 96,-30,-11,-20, -1, 9,-21, 9, -1,-10,-20,-29,-31, 18, -1; /M: SY='K'; M=-12, 11,-29, 11, 9,-29,-16, -5,-30, 35,-29,-14, 11,-12, 7, 24, -6, -9,-23,-25,-13, 8; /M: SY='E'; M= -5, 7,-24, 13, 24,-25,-15, 8,-23, -1,-20,-15, 2, -9, 9, -5, 5, -5,-18,-32,-14, 16; /M: SY='V'; M= -2,-29,-18,-33,-27, 1,-31,-28, 32,-24, 19, 14,-26,-26,-24,-23,-16, -5, 33,-24, -6,-27; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='R'; M= -3, -4,-15, -5, 6,-18,-16, -5,-17, 7,-15, -9, -3,-12, 8, 9, 1, -1,-13,-20, -7, 5; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='L'; M= -9,-23,-24,-24,-15, -2,-28,-20, 11,-17, 23, 10,-22,-10,-15,-15,-21, -6, 3,-22, -6,-16; /M: SY='H'; M=-16, -1,-26, -4, -6,-12,-20, 64,-18,-10,-15, -1, 7,-22, 1, -4, -9,-14,-18,-24, 19, -6; /M: SY='S'; M= 6, -6,-23, -5, 0,-25, 2,-14,-24, 2,-26,-16, -2, 4, -3, -5, 9, -1,-17,-28,-21, -2; /M: SY='D'; M=-13, 29,-29, 41, 32,-34,-14, 4,-34, 5,-25,-23, 12, -7, 8, -4, 0,-10,-29,-34,-18, 20; /I: I=-10; MD=-21; /M: SY='S'; M= 0, 1,-15, -1, 2, -7, -1, -8,-18, -9,-20,-15, 8,-12, -4, -9, 17, 5,-14,-26,-12, -1; D=-10; /I: I=-10; MD=-21; /M: SY='P'; M= -8, -8,-24, -4, -5, -7,-16, -4,-11,-10,-12,-10, -9, 10, -7,-12, -2, -2,-14,-14, 6, -8; D=-10; /I: I=-10; MD=-21; /M: SY='L'; M= -8,-22, -8,-25,-18, 8,-24,-17, 15,-23, 28, 12,-21,-22,-17,-17,-20, -8, 8,-16, 0,-18; D=-10; /I: I=-10; MI=-21; MD=-21; IM=-21; DM=-21; /M: SY='G'; M= -1, -8,-23, -7,-12,-23, 39,-15,-27,-14,-23,-15, -2, -1,-13,-15, 0,-12,-22,-17,-23,-13; D=-10; /I: I=-10; DM=-21; /M: SY='D'; M= -9, 23,-20, 33, 22,-26, -9, -1,-26, 1,-21,-19, 9, -5, 5, -5, 5, -4,-20,-28,-15, 13; D=-10; /I: I=-10; DM=-21; /M: SY='T'; M= -1, 6,-10, 3, -3,-12,-12,-12,-12, -6,-12,-11, 4, -8, -5, -8, 15, 28, -5,-25,-10, -4; D=-10; /I: I=-10; DM=-21; /M: SY='V'; M= 0,-16,-13,-20,-16, -5,-21,-19, 16,-14, 4, 5,-13,-16,-11,-14, -4, 5, 19,-20, -6,-15; D=-10; /I: I=-10; DM=-21; /M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-32,-22, 6,-32,-22, 26,-29, 41, 19,-27,-24,-20,-22,-27,-10, 14,-20, -1,-22; /M: SY='E'; M=-11, 4,-30, 10, 39,-24,-21, 3,-25, 12,-19,-14, -2, -6, 20, 3, -4,-10,-26,-20, -5, 29; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='Y'; M=-18, -5,-27,-10,-13, 14,-22, 13, -8, -4, -9, -6, 2,-26, -7, 1,-12, -8,-16, 6, 43,-13; /M: SY='N'; M=-11, 16,-24, 9, -2,-18,-13, -3,-12, 0,-15,-10, 23,-18, -3, 0, -1, -4,-16,-32,-14, -3; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='G'; M= -1, -6,-29, -6, -4,-28, 34,-14,-35, -2,-26,-17, -1,-16, -8, -2, -2,-15,-26,-21,-24, -6; /M: SY='T'; M= -3, -3, 13, -8, -4,-17,-18,-16,-18,-10,-18,-15, -1,-17, -8,-10, 12, 18, -7,-36,-18, -6; /M: SY='R'; M=-13, 3,-28, 5, 6,-26,-18, -6,-30, 31,-26,-13, 3,-13, 7, 34, -4, -5,-20,-24,-12, 5; /M: SY='N'; M= -9, 34,-21, 16, -2,-21, 9, 6,-22, -2,-30,-20, 53,-20, -2, -2, 9, -2,-30,-38,-21, -2; /M: SY='V'; M= -5,-29,-20,-30,-25, -2,-32,-28, 29,-23, 13, 10,-26,-13,-24,-23,-15, -5, 30,-26, -8,-26; /M: SY='F'; M=-18,-26,-19,-36,-28, 69,-29,-20, -1,-28, 8, -1,-18,-28,-36,-19,-15, -3, 0, 5, 25,-28; /M: SY='V'; M= -4,-15,-18,-17,-13, -6,-21,-17, 6,-12, 7, 4,-11,-21,-12,-11, -5, -1, 8,-27, -9,-13; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='G'; M= -1,-12,-29,-12,-20,-25, 58,-20,-33,-21,-21,-15, -4,-21,-20,-20, -4,-19,-25,-20,-26,-20; /M: SY='F'; M=-19,-25,-21,-33,-19, 67,-29,-18, -4,-25, 6, -2,-18,-26,-33,-18,-18,-10, -4, 5, 24,-22; /M: SY='I'; M= -9,-21,-24,-29,-23, 0,-30,-20, 31,-23, 20, 19,-14,-23,-16,-21,-18, -8, 18,-23, -3,-22; /M: SY='P'; M= -6,-13,-32, -8, 0,-29, -7,-15,-22, -9,-28,-17,-10, 47, -2,-15, 0, -4,-26,-29,-25, -4; /M: SY='A'; M= 20, -9,-14,-15,-13,-17, 5,-20,-12,-13,-13,-10, -6,-14,-13,-17, 11, 9, 0,-25,-18,-13; /M: SY='K'; M=-10, -1,-30, -1, 9,-29,-19,-10,-29, 44,-30,-11, 0, -6, 9, 28, -8, -9,-20,-21,-11, 8; /I: I=-10; MD=-21; /M: SY='E'; M= 10, -1,-17, -2, 12,-23,-10, -7,-17, 2,-17,-11, -1, -7, 11, -4, 9, 2,-13,-23,-15, 12; D=-10; /I: I=-10; MD=-21; /M: SY='D'; M=-13, 27,-25, 35, 29,-29,-12, 1,-29, 6,-23,-21, 15, -7, 7, -2, 1, -8,-26,-31,-17, 18; D=-10; /I: I=-10; MD=-21; /M: SY='S'; M= 14, -2,-12, -6, -4,-18, 2,-12,-16, -8,-19,-13, 3,-10, -2,-11, 19, 12, -9,-27,-17, -3; D=-10; /I: I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21; /M: SY='V'; M= -2,-24, 6,-26,-25, -2,-25,-23, 18,-18, 6, 11,-24,-27,-23,-18,-10, -2, 32,-28,-10,-24; D=-10; /I: I=-10; DM=-21; /M: SY='V'; M= 1,-19, -9,-20,-20, -4,-22,-23, 16,-15, 1, 3,-18,-22,-20,-15, 1, 8, 31,-28,-10,-20; D=-10; /I: I=-10; DM=-21; /M: SY='V'; M= 0,-20,-11,-22,-23, -5,-13,-24, 13,-16, 1, 3,-19,-23,-23,-16, -4, 3, 28,-25,-11,-23; D=-10; /I: I=-10; DM=-21; /M: SY='L'; M=-10,-29, -8,-34,-26, 2,-34,-26, 27,-30, 29, 15,-24,-27,-21,-26,-23,-10, 16,-24, -4,-26; /M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-34,-25, 14,-33,-24, 27,-29, 33, 17,-26,-27,-23,-23,-24, -9, 18,-18, 2,-25; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='R'; M=-18, -5,-10, -9, -4,-20,-19, -3,-29, 19,-21,-12, 5,-22, 4, 49, -8, -9,-20,-26,-14, -4; /M: SY='Q'; M= -7, 1,-23, 4, 5,-23,-10,-10,-14, -6,-12, -8, -3,-14, 6, -8, 0, 1,-10,-27,-14, 5; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='P'; M= -8, -8,-28, -4, 0,-22,-13,-12,-15, -6,-23,-15, -5, 55, -6,-13, -5, -6,-23,-24,-22, -6; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='A'; M= 13,-13,-18,-17, -9,-13,-10,-14,-10, -5, -1, -5,-10,-17, -7, 3, -1, -3, -5,-22,-13, -9; /I: I=-1; MD=-2; /M: SY='H'; M= 2, -6,-17, -9, -5,-11,-11, 9,-10, -5,-11, 1, -2,-14, 4, -4, 4, 0, -9,-18, 3, -2; D=-1; /I: I=-1; MD=-2; /M: SY='S'; M= -2, -4,-17, -8, -7,-10, -9, -4, -7, -7,-13, -6, 3,-16, -1, -5, 6, 2, -6,-19, -2, -5; D=-1; /I: I=-1; MD=-2; /M: SY='H'; M= -2, 0,-11, -4, -3,-14,-12, 5,-16, -2,-17, -9, 4, -4, -2, -4, 4, 4,-13,-22, -5, -4; D=-1; /I: I=-1; MD=-2; /M: SY='T'; M= 1, 0,-13, -2, -6, -8,-12,-12, -5,-10, -9, -8, 0,-10, -8,-12, 8, 10, -2,-22, -8, -7; D=-1; /I: I=-1; MD=-2; /M: SY='L'; M= -2,-11,-16,-13, -5, -9,-16, -9, 4,-10, 5, 4, -8,-13, 3, -9, -3, -1, 0,-17, -5, -2; D=-1; /I: I=-1; MI=0; MD=-2; IM=0; DM=-2; /M: SY='K'; M=-10, 3,-26, 3, 13,-25,-16, -5,-26, 34,-24,-11, 4, -9, 9, 25, -6, -8,-19,-20,-11, 11; D=-1; /I: I=-1; DM=-2; /M: SY='D'; M= -6, 27,-22, 31, 9,-26, -8, -2,-21, -2,-19,-16, 16,-11, -1, -9, 1, -6,-18,-31,-16, 4; D=-1; /I: I=-1; DM=-2; /M: SY='M'; M= -6,-13,-20,-15, -9, -9,-21,-10, 7, -8, 10, 15,-13,-17, 0, -8,-14, -8, 3,-19, -5, -5; D=-1; /I: I=-1; DM=-2; /M: SY='N'; M= -7, 20,-22, 13, -1,-22, 5, -1,-22, -4,-26,-19, 29, -2, -4, -6, 6, -3,-25,-32,-20, -3; D=-1; /I: I=-1; DM=-2; /M: SY='W'; M=-18,-30,-42,-30,-23, 5,-18,-10,-19,-16,-18,-15,-29,-25,-14,-15,-32,-25,-26,110, 25,-15; D=-1; /I: I=-1; DM=-2; /M: SY='D'; M=-14, 36,-25, 50, 21,-32, -9, 0,-32, 1,-25,-24, 16, -8, 2, -7, 3, -7,-25,-34,-18, 12; D=-1; /I: I=-1; DM=-2; /M: SY='T'; M= -1,-14,-17,-16,-10, -9,-18,-13, 0, -8, 1, 2,-11,-11, -6, -3, -3, 3, 3,-22, -9, -9; D=-1; /I: I=-1; DM=-2; /M: SY='S'; M= -3, 11,-18, 13, 12,-24, -9, -4,-21, 0,-22,-15, 9, -8, 9, -3, 14, 6,-17,-30,-15, 10; D=-1; /I: I=-1; DM=-2; /M: SY='S'; M= -4, 1,-19, 0, 3,-23,-14, -2,-20, 2,-20,-11, 4,-12, 11, 3, 13, 12,-15,-30,-12, 7; /M: SY='W'; M=-18,-35,-44,-36,-29, 14,-11,-28,-20,-21,-17,-18,-33,-29,-22,-20,-33,-26,-26,113, 23,-21; /M: SY='Q'; M= -7, -8,-19,-10, 2,-21,-22, -7,-12, 5, -5, 0, -8,-16, 16, 3, -7, -3,-13,-22, -9, 9; /M: SY='P'; M= -6,-12,-30, -6, 5,-24,-16,-13,-17, -8,-23,-11,-11, 44, -3,-14, 1, -3,-21,-31,-23, -2; /M: SY='L'; M= -8,-29,-20,-32,-24, 5,-30,-21, 27,-26, 34, 23,-27,-27,-19,-20,-23, -8, 21,-22, -2,-22; /M: SY='I'; M= -8,-30,-25,-38,-30, 0,-38,-30, 45,-28, 18, 18,-22,-22,-22,-28,-18, -8, 35,-22, -2,-30; /M: SY='E'; M= -4, 8, -9, 12, 32,-28,-17, -5,-27, 1,-21,-19, 1, -8, 9, -6, 2, -7,-24,-33,-21, 21; /I: I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='D'; M=-15, 32,-30, 47, 38,-35,-15, 0,-35, 5,-25,-25, 11, -5, 9, -5, 0,-10,-30,-35,-20, 24; /M: SY='R'; M=-17, -9,-30, -9, -1,-22, -9, -3,-31, 26,-22,-11, 0,-19, 6, 55, -9,-11,-21,-20,-12, -1; /M: SY='C'; M= 3, -9, 18,-15, -6,-22,-18,-13,-22, -2,-18,-11, -8,-20, 4, -4, -1, -6,-14,-28,-17, -1; /M: SY='F'; M= -7,-28,-18,-34,-24, 41,-26,-20, 7,-27, 20, 6,-22,-28,-29,-20,-19, -8, 6, -5, 12,-24; /M: SY='L'; M= -5,-22,-10,-24,-18, 1,-25,-20, 10,-24, 25, 8,-21,-26,-18,-18,-12, 2, 10,-26, -6,-18; /I: I=-14; MD=-29; /M: SY='P'; M= -3, 1,-22, 1, 6,-20,-10, -8,-19, 1,-24,-16, 6, 14, -1, -4, 7, 0,-19,-28,-18, 1; D=-14; /I: I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29; /M: SY='W'; M=-14,-28,-37,-27,-16, 3,-19,-23,-13,-14,-14,-14,-29,-23,-14,-15,-27,-20,-17, 89, 16,-12; D=-14; /I: I=-14; DM=-29; /M: SY='I'; M=-10,-21,-24,-28,-22, 1,-31,-21, 29,-26, 25, 15,-14,-24,-18,-22,-20, -8, 16,-23, -3,-22; /M: SY='V'; M= -1,-16, 16,-17,-22,-11,-25,-25, 5,-19, -3, -3,-19,-28,-24,-21, -7, -4, 21,-34,-16,-23; /M: SY='K'; M= -5, 3,-26, 0, 4,-24,-14, 5,-24, 13,-25,-12, 7, -1, 3, 8, 0, -3,-21,-28,-12, 2; /M: SY='I'; M= -4,-15,-22,-17,-10,-14,-23,-15, 7,-14, -1, 2,-11, -7, -2,-14, -4, -1, 3,-26,-11, -7; /M: SY='P'; M=-10,-18,-39, -9, 1,-30,-20,-19,-21, -3,-30,-19,-18, 78, -8,-14,-10,-10,-29,-29,-28, -8; /M: SY='S'; M= 4, -3,-14, -3, 3,-16, -9,-11,-15,-10,-16,-14, 2,-11, -2,-10, 24, 17, -8,-35,-16, 1; /M: SY='E'; M= -2, 5,-21, 5, 14,-20,-17, -8,-11, -2,-13,-11, 3,-13, 1, -7, 1, -2, -6,-31,-16, 7; /M: SY='E'; M= -9, 7,-28, 14, 26,-30,-19, -2,-21, 2,-16,-12, -1, -4, 19, -3, -2, -7,-22,-28,-16, 22; /M: SY='E'; M=-10, 7,-23, 14, 36,-30, -7, -4,-32, 4,-22,-19, 0, -7, 12, 0, -1,-11,-28,-29,-21, 24; /I: I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17; /M: SY='Q'; M= -7, 2,-19, 4, 8,-19,-14, -1,-10, 1, -8, 2, -3,-10, 14, -1, -3, -6,-11,-20, -9, 11; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: SY='L'; M= -1,-10,-15,-12, -5, -7,-15,-12, -2, -7, 4, -1, -8,-14, -6, -3, -2, 4, -1,-20, -7, -6; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: SY='R'; M= -3, -7,-20,-11, -4,-13,-15, -8, -9, 10, -8, -3, -2,-13, 0, 19, -6, -6, -6,-16, -8, -4; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: SY='A'; M= 16,-11,-11,-15,-11,-10, -2,-16, -3,-12, -1, -3,-10,-13,-11,-14, 2, 1, 4,-19,-12,-11; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: SY='R'; M=-15, -4,-30, -4, 10,-24,-20, -1,-25, 24,-20, -9, 2,-15, 15, 41, -7,-10,-21,-22,-11, 10; /M: SY='R'; M=-11, -9,-27, -8, 2,-22,-19, 1,-20, 10,-14, -6, -4, -6, 12, 20, -5, -7,-18,-24,-10, 5; /M: SY='I'; M= -9,-27,-24,-33,-24, 3,-33,-25, 32,-28, 29, 17,-22,-23,-19,-24,-20, -6, 19,-21, -1,-24; /M: SY='T'; M= 3, 0,-10, -7, -7,-13,-15,-17,-13,-10,-15,-13, 3,-10, -7,-10, 25, 42, -3,-33,-13, -7; /M: SY='A'; M= 1,-12,-24,-13, -6,-10,-17, -7,-10, 1,-10, -6, -9, -6, -5, -5, -4, -5, -9,-17, 0, -7; /M: SY='Q'; M= -8, -3,-27, -4, 10,-28,-19, 15,-18, 3,-18, -3, -1, -9, 36, 3, 0, -6,-24,-19, -1, 22; /M: SY='Q'; M= -9, 7,-26, 7, 12,-32,-15, 3,-21, 9,-21, -6, 7,-12, 31, 5, 3, -5,-24,-26,-13, 21; /M: SY='I'; M= -7,-16,-24,-21,-20, -6,-27,-17, 25,-19, 11, 22,-15,-19,-12,-21,-15, -9, 17,-23, -5,-18; /M: SY='A'; M= 10, 1,-16, -8, -7,-17, -9,-10,-11, -1,-14,-10, 7,-17, -6, 0, 6, 2, -6,-28,-16, -7; /M: SY='K'; M= -7, -1,-25, -2, 9,-24,-19, -9,-25, 28,-22,-11, -1,-11, 7, 24, -2, 1,-17,-23,-12, 7; /M: SY='L'; M=-11,-25,-21,-28,-18, 3,-26,-12, 15,-16, 31, 28,-23,-26,-11, -6,-24,-10, 7,-20, -1,-15; /M: SY='E'; M= -3, 11,-26, 15, 44,-28,-15, -1,-26, 6,-20,-19, 6, -4, 14, -2, 2, -8,-26,-30,-20, 29; /M: SY='E'; M= -7, -3,-30, 2, 26,-20,-18, -6,-22, 4,-14,-12, -8,-10, 8, 3, -8,-11,-22, -6,-11, 17; /M: SY='R'; M=-12,-15,-24,-16, -2, -2,-23, -9, -6, -3, 8, 4,-13,-20, -3, 9,-14, -8, -7,-19, -4, -3; /M: SY='W'; M=-18,-26,-40,-28,-22, 3,-19,-20,-17,-13,-13,-14,-22,-28,-14, -6,-29,-22,-24, 86, 16,-15; /M: SY='R'; M=-11, -7,-27, -9, 2,-21,-23, -9,-11, 18,-15, -4, -3,-16, 8, 20, -9, -8, -8,-23,-10, 3; /M: SY='N'; M= -6, 7,-22, 3, 7,-19,-14, -5,-10, -4,-15, -8, 11,-13, 4, -6, 6, 1,-13,-32,-14, 5; /M: SY='N'; M=-10, 18,-27, 13, 7,-26,-11, 4,-25, 12,-28,-17, 23, -2, 3, 4, 0, -6,-26,-32,-16, 4; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 11 in 11 different sequences |
| Number of true positive hits | 11 in 11 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | Upf1 CH-rich |
| Version [info] | 1 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
11 sequences
RENT1_ARATH (Q9FJR0), RENT1_CAEEL (O76512), RENT1_DANRE (F1RCY6), RENT1_DICDI (Q54I89), RENT1_DROME (Q9VYS3), RENT1_HUMAN (Q92900), RENT1_MOUSE (Q9EPU0), RENT1_NEUCR (Q9HEH1), RENT1_SCHPO (Q09820), RENT1_TAKRU (Q98TR3), RENT1_YEAST (P30771)» more
|
| PDB [Detailed view] |
4 PDB
2IYK; 2WJV; 2WJY; 2XZL |