Home  |  Contact
Entry: PS51997

General information about the entry

Entry name [info] UPF1_CH_RICH
Accession [info] PS51997
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 03-AUG-2022 CREATED;
03-AUG-2022 DATA UPDATE;
12-OCT-2022 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51997
Associated ProRule [info] PRU01341

Name and characterization of the entry

Description [info] Upf1 cysteine-histidine-rich (CH-rich) domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=158;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=158;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4779823; R2=0.0091338; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1098; N_SCORE=12.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=441; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='E';  M= -7,  6,-24,  3, 10,-22, -4, -3,-19,  5,-19, -6, 10,-13,  5, -1,  0, -5,-19,-28,-16,  7;
/M: SY='K';  M= -9,  0,-27,  1, 11,-26,-18,-10,-20, 14,-21,-11, -2,  0,  6,  4, -3, -2,-16,-26,-14,  8;
/M: SY='E';  M=-10,  8,-25, 12, 15,-25,-18, -7,-23,  9,-19,-14,  3,-10,  6,  8,  2,  4,-17,-29,-14, 10;
/M: SY='L';  M= -9,-17,-26,-15,-10, -3,-24,-15, -2,-12, 12,  2,-19, -3,-13,-12,-19,-10, -6,-19, -4,-12;
/M: SY='P';  M= -6, -2,-30,  4,  6,-30,-16,-11,-22,  4,-26,-16, -5, 26,  5, -5, -1, -5,-22,-29,-20,  3;
/M: SY='E';  M= -8, -3,-29,  1, 18,-20,-20, -5,-17,  8,-15, -5, -7,  4,  5, -2, -7, -9,-18,-22, -8, 11;
/M: SY='H';  M=-13, -7,-25, -8,  0,-10,-22, 30,-11, -9, -9,  3, -4,-13, -1, -7,-10,-12,-10,-25,  4, -2;
/M: SY='A';  M= 12, -9,-22,-11, -3,-23, -6, -9,-21,  5,-20,-12, -5,  0, -2,  6,  3, -4,-14,-24,-17, -5;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='A';  M= 14,-11,-22,-15, -5,-19, -9,-12,-18,  1,-18,-11, -8,-14,  3,  4,  2, -5,-13, -2,-11, -1;
/M: SY='Y';  M=-19,-21,-29,-21,-20, 28,-30, 15,  2,-12,  6,  2,-21,-30,-11,-11,-21,-10, -8, 24, 70,-20;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G';  M=  0, -5,-28, -3, -1,-28, 40,-10,-35,-12,-27,-19,  1,-15, -9,-15,  2,-15,-27,-24,-25, -5;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='I';  M= -1,-18,-20,-23,-12, -5,-25,-19, 19,-17, 11, 10,-15,-15,-11,-18,-11, -4, 13,-20, -5,-13; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='H';  M=  7,  4,-20,  4,  4,-24, -9, 20,-24, -5,-21,-12,  5,-12,  2, -8,  8, -4,-17,-30, -8,  1;
/M: SY='D';  M= -7, 17,-22, 21, 14,-23,-11, -5,-22, -5,-17,-17, 11,-12,  1, -8,  8,  1,-19,-35,-17,  7;
/M: SY='P';  M=  1,-18,-27,-16, -7,-18,-20,-20, -7, -7, -9, -7,-17, 27,-11,-14, -9, -5,-10,-25,-18,-11;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='E';  M=  1,  6,-19,  5,  8,-20,-10, -2,-18,  4,-16,-12,  6,-10,  2, -2,  5,  0,-14,-26,-12,  4; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='C';  M= -3, -8, 21,-11, -8,-19,-15,-17,-21, -7,-22,-16, -5, -5, -9,-11,  7,  5,-12,-34,-20, -9; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='V';  M= -5,-30,-16,-30,-25,  5,-30,-25, 26,-25, 29, 15,-30,-30,-25,-20,-20, -5, 30,-25, -5,-25;
/M: SY='V';  M=  4,-27,-16,-31,-27, -2,-29,-28, 30,-22, 12, 10,-24,-24,-24,-23,-11, -3, 36,-25, -8,-27;
/M: SY='R';  M=-14, -6,-28, -6,  8,-17,-21, -3,-22, 24,-17, -3, -4,-14, 11, 28,-10,-10,-18,-18, -5,  8;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='N';  M= -7,  2,-23, -8,-14,-14,  4,-10, -5,-15, -7, -4, 13,-21,-11,-14, -4, -5,-11,-28,-15,-14;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='T';  M=  7, -3,-13, -9, -9,-13, -6,-10, -8,-10,-13, -9,  2,-12, -8,-11, 13, 15, -2,-26,-12, -9; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='C';  M= -9,-19,116,-29,-29,-20,-29,-29,-30,-29,-20,-20,-19,-39,-29,-29, -8, -9,-10,-50,-30,-29;
/M: SY='R';  M= -6, -3,-26, -4, -5,-25, 14, -9,-31,  8,-28,-16,  6,-17, -2, 15,  3, -8,-22,-25,-19, -5;
/M: SY='K';  M=-11,  0,-30,  2, 15,-29,-20, -8,-30, 43,-28,-11,  0,-10, 11, 30, -9,-10,-21,-21,-11, 13;
/M: SY='W';  M=-16,-34,-23,-35,-29,  8,-24,-24,-13,-20,-14,-14,-34,-31,-21,-20,-30,-22,-15, 90, 24,-22;
/M: SY='F';  M=-20,-29,-21,-38,-29, 74,-30,-15,  0,-28,  9,  0,-20,-30,-36,-19,-20,-10, -1, 12, 36,-29;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='N';  M= -9, 38,-19, 19,  0,-20,  0,  9,-20, -1,-30,-20, 57,-19,  0, -1, 12,  1,-29,-40,-20,  0;
/M: SY='G';  M=  5, -1,-20, -5,-11,-23, 28,-14,-26,-14,-26,-18,  9,-16,-11,-14, 14, -1,-18,-29,-24,-11;
/M: SY='R';  M=-10, -5,-23, -9, -4, -9,-13, -8,-22, 11,-19,-11,  3,-17, -2, 22,  1,  2,-15,-22, -8, -4;
/M: SY='G';  M= -6,  7,-26,  9, -6,-24, 24, -2,-31,-11,-27,-19, 10,-17, -9,-13,  5, -9,-25,-25,-14, -8;
/M: SY='N';  M=  0,  8,-23,  1, -6,-24, 16,  5,-27, -5,-26,-15, 19,-17, -5, -6,  5, -8,-24,-29,-17, -6;
/M: SY='T';  M=  2, -2,-15, -7, -7,-17, -5,-17,-18, -4,-19,-13,  2,-11, -7, -7, 18, 26, -8,-29,-15, -7;
/M: SY='S';  M=  1, -1, -4, -5, -4,-18, -6,-13,-21, -2,-25,-16,  5,-14, -4, -5, 20, 13,-12,-34,-17, -4;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='G';  M=  4,-12,-19,-14,-16,-17, 21,-18,-11,-16,-14, -9, -5,-16,-15,-17,  3, -6, -5,-22,-18,-16; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='S';  M=  9, -1,-11, -1, -1,-21,  4,-11,-21,-11,-30,-20,  9,-11, -1,-11, 38, 18,-11,-39,-21, -1;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='V';  M= -3,-30,-16,-33,-30,  0,-33,-30, 36,-23, 13, 13,-27,-27,-27,-23,-13, -3, 44,-27, -7,-30;
/M: SY='H';  M=-12,  2,-21, -6, -7, -3,-16, 12,-15, -7,-10, -7, 12,-20, -6,  2, -1,  3,-15,-26, -2, -7;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='L';  M= -3,-27,-19,-29,-19,  6,-26,-19, 16,-26, 41, 19,-27,-27,-18,-19,-25, -9,  9,-20, -2,-18;
/M: SY='V';  M=  0,-23,-12,-23,-20, -7,-25,-23, 18,-15,  2,  5,-22,-25,-15,-15, -3,  1, 33,-30,-11,-18;
/M: SY='R';  M=-12,-10,-26,-10, -2,-16,-20, -8,-18, 18, -9, -5, -5,-18,  2, 30, -8, -6,-12,-22, -9, -2;
/M: SY='A';  M= 21, -7,-11,-12, -7,-15, -6,-16,-10,-12,-11,-10, -3,-12, -7,-15, 18, 13, -3,-29,-16, -7;
/M: SY='K';  M=-10, -3,-30, -3,  3,-29, -3, -4,-31, 29,-27,-11,  0,-14,  7, 24, -8,-12,-23,-20,-12,  4;
/M: SY='H';  M=-20, -1,-25, -1, -1,-20,-20, 96,-30,-11,-20, -1,  9,-21,  9, -1,-10,-20,-29,-31, 18, -1;
/M: SY='K';  M=-12, 11,-29, 11,  9,-29,-16, -5,-30, 35,-29,-14, 11,-12,  7, 24, -6, -9,-23,-25,-13,  8;
/M: SY='E';  M= -5,  7,-24, 13, 24,-25,-15,  8,-23, -1,-20,-15,  2, -9,  9, -5,  5, -5,-18,-32,-14, 16;
/M: SY='V';  M= -2,-29,-18,-33,-27,  1,-31,-28, 32,-24, 19, 14,-26,-26,-24,-23,-16, -5, 33,-24, -6,-27;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='R';  M= -3, -4,-15, -5,  6,-18,-16, -5,-17,  7,-15, -9, -3,-12,  8,  9,  1, -1,-13,-20, -7,  5; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='L';  M= -9,-23,-24,-24,-15, -2,-28,-20, 11,-17, 23, 10,-22,-10,-15,-15,-21, -6,  3,-22, -6,-16;
/M: SY='H';  M=-16, -1,-26, -4, -6,-12,-20, 64,-18,-10,-15, -1,  7,-22,  1, -4, -9,-14,-18,-24, 19, -6;
/M: SY='S';  M=  6, -6,-23, -5,  0,-25,  2,-14,-24,  2,-26,-16, -2,  4, -3, -5,  9, -1,-17,-28,-21, -2;
/M: SY='D';  M=-13, 29,-29, 41, 32,-34,-14,  4,-34,  5,-25,-23, 12, -7,  8, -4,  0,-10,-29,-34,-18, 20;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='S';  M=  0,  1,-15, -1,  2, -7, -1, -8,-18, -9,-20,-15,  8,-12, -4, -9, 17,  5,-14,-26,-12, -1; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='P';  M= -8, -8,-24, -4, -5, -7,-16, -4,-11,-10,-12,-10, -9, 10, -7,-12, -2, -2,-14,-14,  6, -8; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='L';  M= -8,-22, -8,-25,-18,  8,-24,-17, 15,-23, 28, 12,-21,-22,-17,-17,-20, -8,  8,-16,  0,-18; D=-10;
/I:         I=-10; MI=-21; MD=-21; IM=-21; DM=-21;
/M: SY='G';  M= -1, -8,-23, -7,-12,-23, 39,-15,-27,-14,-23,-15, -2, -1,-13,-15,  0,-12,-22,-17,-23,-13; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='D';  M= -9, 23,-20, 33, 22,-26, -9, -1,-26,  1,-21,-19,  9, -5,  5, -5,  5, -4,-20,-28,-15, 13; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='T';  M= -1,  6,-10,  3, -3,-12,-12,-12,-12, -6,-12,-11,  4, -8, -5, -8, 15, 28, -5,-25,-10, -4; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='V';  M=  0,-16,-13,-20,-16, -5,-21,-19, 16,-14,  4,  5,-13,-16,-11,-14, -4,  5, 19,-20, -6,-15; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-23,-32,-22,  6,-32,-22, 26,-29, 41, 19,-27,-24,-20,-22,-27,-10, 14,-20, -1,-22;
/M: SY='E';  M=-11,  4,-30, 10, 39,-24,-21,  3,-25, 12,-19,-14, -2, -6, 20,  3, -4,-10,-26,-20, -5, 29;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='Y';  M=-18, -5,-27,-10,-13, 14,-22, 13, -8, -4, -9, -6,  2,-26, -7,  1,-12, -8,-16,  6, 43,-13;
/M: SY='N';  M=-11, 16,-24,  9, -2,-18,-13, -3,-12,  0,-15,-10, 23,-18, -3,  0, -1, -4,-16,-32,-14, -3;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G';  M= -1, -6,-29, -6, -4,-28, 34,-14,-35, -2,-26,-17, -1,-16, -8, -2, -2,-15,-26,-21,-24, -6;
/M: SY='T';  M= -3, -3, 13, -8, -4,-17,-18,-16,-18,-10,-18,-15, -1,-17, -8,-10, 12, 18, -7,-36,-18, -6;
/M: SY='R';  M=-13,  3,-28,  5,  6,-26,-18, -6,-30, 31,-26,-13,  3,-13,  7, 34, -4, -5,-20,-24,-12,  5;
/M: SY='N';  M= -9, 34,-21, 16, -2,-21,  9,  6,-22, -2,-30,-20, 53,-20, -2, -2,  9, -2,-30,-38,-21, -2;
/M: SY='V';  M= -5,-29,-20,-30,-25, -2,-32,-28, 29,-23, 13, 10,-26,-13,-24,-23,-15, -5, 30,-26, -8,-26;
/M: SY='F';  M=-18,-26,-19,-36,-28, 69,-29,-20, -1,-28,  8, -1,-18,-28,-36,-19,-15, -3,  0,  5, 25,-28;
/M: SY='V';  M= -4,-15,-18,-17,-13, -6,-21,-17,  6,-12,  7,  4,-11,-21,-12,-11, -5, -1,  8,-27, -9,-13;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='G';  M= -1,-12,-29,-12,-20,-25, 58,-20,-33,-21,-21,-15, -4,-21,-20,-20, -4,-19,-25,-20,-26,-20;
/M: SY='F';  M=-19,-25,-21,-33,-19, 67,-29,-18, -4,-25,  6, -2,-18,-26,-33,-18,-18,-10, -4,  5, 24,-22;
/M: SY='I';  M= -9,-21,-24,-29,-23,  0,-30,-20, 31,-23, 20, 19,-14,-23,-16,-21,-18, -8, 18,-23, -3,-22;
/M: SY='P';  M= -6,-13,-32, -8,  0,-29, -7,-15,-22, -9,-28,-17,-10, 47, -2,-15,  0, -4,-26,-29,-25, -4;
/M: SY='A';  M= 20, -9,-14,-15,-13,-17,  5,-20,-12,-13,-13,-10, -6,-14,-13,-17, 11,  9,  0,-25,-18,-13;
/M: SY='K';  M=-10, -1,-30, -1,  9,-29,-19,-10,-29, 44,-30,-11,  0, -6,  9, 28, -8, -9,-20,-21,-11,  8;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='E';  M= 10, -1,-17, -2, 12,-23,-10, -7,-17,  2,-17,-11, -1, -7, 11, -4,  9,  2,-13,-23,-15, 12; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='D';  M=-13, 27,-25, 35, 29,-29,-12,  1,-29,  6,-23,-21, 15, -7,  7, -2,  1, -8,-26,-31,-17, 18; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='S';  M= 14, -2,-12, -6, -4,-18,  2,-12,-16, -8,-19,-13,  3,-10, -2,-11, 19, 12, -9,-27,-17, -3; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='V';  M= -2,-24,  6,-26,-25, -2,-25,-23, 18,-18,  6, 11,-24,-27,-23,-18,-10, -2, 32,-28,-10,-24; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='V';  M=  1,-19, -9,-20,-20, -4,-22,-23, 16,-15,  1,  3,-18,-22,-20,-15,  1,  8, 31,-28,-10,-20; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='V';  M=  0,-20,-11,-22,-23, -5,-13,-24, 13,-16,  1,  3,-19,-23,-23,-16, -4,  3, 28,-25,-11,-23; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='L';  M=-10,-29, -8,-34,-26,  2,-34,-26, 27,-30, 29, 15,-24,-27,-21,-26,-23,-10, 16,-24, -4,-26;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-22,-34,-25, 14,-33,-24, 27,-29, 33, 17,-26,-27,-23,-23,-24, -9, 18,-18,  2,-25;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='R';  M=-18, -5,-10, -9, -4,-20,-19, -3,-29, 19,-21,-12,  5,-22,  4, 49, -8, -9,-20,-26,-14, -4;
/M: SY='Q';  M= -7,  1,-23,  4,  5,-23,-10,-10,-14, -6,-12, -8, -3,-14,  6, -8,  0,  1,-10,-27,-14,  5;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='P';  M= -8, -8,-28, -4,  0,-22,-13,-12,-15, -6,-23,-15, -5, 55, -6,-13, -5, -6,-23,-24,-22, -6; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='A';  M= 13,-13,-18,-17, -9,-13,-10,-14,-10, -5, -1, -5,-10,-17, -7,  3, -1, -3, -5,-22,-13, -9;
/I:         I=-1; MD=-2;
/M: SY='H';  M=  2, -6,-17, -9, -5,-11,-11,  9,-10, -5,-11,  1, -2,-14,  4, -4,  4,  0, -9,-18,  3, -2; D=-1;
/I:         I=-1; MD=-2;
/M: SY='S';  M= -2, -4,-17, -8, -7,-10, -9, -4, -7, -7,-13, -6,  3,-16, -1, -5,  6,  2, -6,-19, -2, -5; D=-1;
/I:         I=-1; MD=-2;
/M: SY='H';  M= -2,  0,-11, -4, -3,-14,-12,  5,-16, -2,-17, -9,  4, -4, -2, -4,  4,  4,-13,-22, -5, -4; D=-1;
/I:         I=-1; MD=-2;
/M: SY='T';  M=  1,  0,-13, -2, -6, -8,-12,-12, -5,-10, -9, -8,  0,-10, -8,-12,  8, 10, -2,-22, -8, -7; D=-1;
/I:         I=-1; MD=-2;
/M: SY='L';  M= -2,-11,-16,-13, -5, -9,-16, -9,  4,-10,  5,  4, -8,-13,  3, -9, -3, -1,  0,-17, -5, -2; D=-1;
/I:         I=-1; MI=0; MD=-2; IM=0; DM=-2;
/M: SY='K';  M=-10,  3,-26,  3, 13,-25,-16, -5,-26, 34,-24,-11,  4, -9,  9, 25, -6, -8,-19,-20,-11, 11; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-2;
/M: SY='D';  M= -6, 27,-22, 31,  9,-26, -8, -2,-21, -2,-19,-16, 16,-11, -1, -9,  1, -6,-18,-31,-16,  4; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-2;
/M: SY='M';  M= -6,-13,-20,-15, -9, -9,-21,-10,  7, -8, 10, 15,-13,-17,  0, -8,-14, -8,  3,-19, -5, -5; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-2;
/M: SY='N';  M= -7, 20,-22, 13, -1,-22,  5, -1,-22, -4,-26,-19, 29, -2, -4, -6,  6, -3,-25,-32,-20, -3; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-2;
/M: SY='W';  M=-18,-30,-42,-30,-23,  5,-18,-10,-19,-16,-18,-15,-29,-25,-14,-15,-32,-25,-26,110, 25,-15; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-2;
/M: SY='D';  M=-14, 36,-25, 50, 21,-32, -9,  0,-32,  1,-25,-24, 16, -8,  2, -7,  3, -7,-25,-34,-18, 12; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-2;
/M: SY='T';  M= -1,-14,-17,-16,-10, -9,-18,-13,  0, -8,  1,  2,-11,-11, -6, -3, -3,  3,  3,-22, -9, -9; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-2;
/M: SY='S';  M= -3, 11,-18, 13, 12,-24, -9, -4,-21,  0,-22,-15,  9, -8,  9, -3, 14,  6,-17,-30,-15, 10; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-2;
/M: SY='S';  M= -4,  1,-19,  0,  3,-23,-14, -2,-20,  2,-20,-11,  4,-12, 11,  3, 13, 12,-15,-30,-12,  7;
/M: SY='W';  M=-18,-35,-44,-36,-29, 14,-11,-28,-20,-21,-17,-18,-33,-29,-22,-20,-33,-26,-26,113, 23,-21;
/M: SY='Q';  M= -7, -8,-19,-10,  2,-21,-22, -7,-12,  5, -5,  0, -8,-16, 16,  3, -7, -3,-13,-22, -9,  9;
/M: SY='P';  M= -6,-12,-30, -6,  5,-24,-16,-13,-17, -8,-23,-11,-11, 44, -3,-14,  1, -3,-21,-31,-23, -2;
/M: SY='L';  M= -8,-29,-20,-32,-24,  5,-30,-21, 27,-26, 34, 23,-27,-27,-19,-20,-23, -8, 21,-22, -2,-22;
/M: SY='I';  M= -8,-30,-25,-38,-30,  0,-38,-30, 45,-28, 18, 18,-22,-22,-22,-28,-18, -8, 35,-22, -2,-30;
/M: SY='E';  M= -4,  8, -9, 12, 32,-28,-17, -5,-27,  1,-21,-19,  1, -8,  9, -6,  2, -7,-24,-33,-21, 21;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='D';  M=-15, 32,-30, 47, 38,-35,-15,  0,-35,  5,-25,-25, 11, -5,  9, -5,  0,-10,-30,-35,-20, 24;
/M: SY='R';  M=-17, -9,-30, -9, -1,-22, -9, -3,-31, 26,-22,-11,  0,-19,  6, 55, -9,-11,-21,-20,-12, -1;
/M: SY='C';  M=  3, -9, 18,-15, -6,-22,-18,-13,-22, -2,-18,-11, -8,-20,  4, -4, -1, -6,-14,-28,-17, -1;
/M: SY='F';  M= -7,-28,-18,-34,-24, 41,-26,-20,  7,-27, 20,  6,-22,-28,-29,-20,-19, -8,  6, -5, 12,-24;
/M: SY='L';  M= -5,-22,-10,-24,-18,  1,-25,-20, 10,-24, 25,  8,-21,-26,-18,-18,-12,  2, 10,-26, -6,-18;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='P';  M= -3,  1,-22,  1,  6,-20,-10, -8,-19,  1,-24,-16,  6, 14, -1, -4,  7,  0,-19,-28,-18,  1; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='W';  M=-14,-28,-37,-27,-16,  3,-19,-23,-13,-14,-14,-14,-29,-23,-14,-15,-27,-20,-17, 89, 16,-12; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='I';  M=-10,-21,-24,-28,-22,  1,-31,-21, 29,-26, 25, 15,-14,-24,-18,-22,-20, -8, 16,-23, -3,-22;
/M: SY='V';  M= -1,-16, 16,-17,-22,-11,-25,-25,  5,-19, -3, -3,-19,-28,-24,-21, -7, -4, 21,-34,-16,-23;
/M: SY='K';  M= -5,  3,-26,  0,  4,-24,-14,  5,-24, 13,-25,-12,  7, -1,  3,  8,  0, -3,-21,-28,-12,  2;
/M: SY='I';  M= -4,-15,-22,-17,-10,-14,-23,-15,  7,-14, -1,  2,-11, -7, -2,-14, -4, -1,  3,-26,-11, -7;
/M: SY='P';  M=-10,-18,-39, -9,  1,-30,-20,-19,-21, -3,-30,-19,-18, 78, -8,-14,-10,-10,-29,-29,-28, -8;
/M: SY='S';  M=  4, -3,-14, -3,  3,-16, -9,-11,-15,-10,-16,-14,  2,-11, -2,-10, 24, 17, -8,-35,-16,  1;
/M: SY='E';  M= -2,  5,-21,  5, 14,-20,-17, -8,-11, -2,-13,-11,  3,-13,  1, -7,  1, -2, -6,-31,-16,  7;
/M: SY='E';  M= -9,  7,-28, 14, 26,-30,-19, -2,-21,  2,-16,-12, -1, -4, 19, -3, -2, -7,-22,-28,-16, 22;
/M: SY='E';  M=-10,  7,-23, 14, 36,-30, -7, -4,-32,  4,-22,-19,  0, -7, 12,  0, -1,-11,-28,-29,-21, 24;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='Q';  M= -7,  2,-19,  4,  8,-19,-14, -1,-10,  1, -8,  2, -3,-10, 14, -1, -3, -6,-11,-20, -9, 11; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='L';  M= -1,-10,-15,-12, -5, -7,-15,-12, -2, -7,  4, -1, -8,-14, -6, -3, -2,  4, -1,-20, -7, -6; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='R';  M= -3, -7,-20,-11, -4,-13,-15, -8, -9, 10, -8, -3, -2,-13,  0, 19, -6, -6, -6,-16, -8, -4; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='A';  M= 16,-11,-11,-15,-11,-10, -2,-16, -3,-12, -1, -3,-10,-13,-11,-14,  2,  1,  4,-19,-12,-11; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='R';  M=-15, -4,-30, -4, 10,-24,-20, -1,-25, 24,-20, -9,  2,-15, 15, 41, -7,-10,-21,-22,-11, 10;
/M: SY='R';  M=-11, -9,-27, -8,  2,-22,-19,  1,-20, 10,-14, -6, -4, -6, 12, 20, -5, -7,-18,-24,-10,  5;
/M: SY='I';  M= -9,-27,-24,-33,-24,  3,-33,-25, 32,-28, 29, 17,-22,-23,-19,-24,-20, -6, 19,-21, -1,-24;
/M: SY='T';  M=  3,  0,-10, -7, -7,-13,-15,-17,-13,-10,-15,-13,  3,-10, -7,-10, 25, 42, -3,-33,-13, -7;
/M: SY='A';  M=  1,-12,-24,-13, -6,-10,-17, -7,-10,  1,-10, -6, -9, -6, -5, -5, -4, -5, -9,-17,  0, -7;
/M: SY='Q';  M= -8, -3,-27, -4, 10,-28,-19, 15,-18,  3,-18, -3, -1, -9, 36,  3,  0, -6,-24,-19, -1, 22;
/M: SY='Q';  M= -9,  7,-26,  7, 12,-32,-15,  3,-21,  9,-21, -6,  7,-12, 31,  5,  3, -5,-24,-26,-13, 21;
/M: SY='I';  M= -7,-16,-24,-21,-20, -6,-27,-17, 25,-19, 11, 22,-15,-19,-12,-21,-15, -9, 17,-23, -5,-18;
/M: SY='A';  M= 10,  1,-16, -8, -7,-17, -9,-10,-11, -1,-14,-10,  7,-17, -6,  0,  6,  2, -6,-28,-16, -7;
/M: SY='K';  M= -7, -1,-25, -2,  9,-24,-19, -9,-25, 28,-22,-11, -1,-11,  7, 24, -2,  1,-17,-23,-12,  7;
/M: SY='L';  M=-11,-25,-21,-28,-18,  3,-26,-12, 15,-16, 31, 28,-23,-26,-11, -6,-24,-10,  7,-20, -1,-15;
/M: SY='E';  M= -3, 11,-26, 15, 44,-28,-15, -1,-26,  6,-20,-19,  6, -4, 14, -2,  2, -8,-26,-30,-20, 29;
/M: SY='E';  M= -7, -3,-30,  2, 26,-20,-18, -6,-22,  4,-14,-12, -8,-10,  8,  3, -8,-11,-22, -6,-11, 17;
/M: SY='R';  M=-12,-15,-24,-16, -2, -2,-23, -9, -6, -3,  8,  4,-13,-20, -3,  9,-14, -8, -7,-19, -4, -3;
/M: SY='W';  M=-18,-26,-40,-28,-22,  3,-19,-20,-17,-13,-13,-14,-22,-28,-14, -6,-29,-22,-24, 86, 16,-15;
/M: SY='R';  M=-11, -7,-27, -9,  2,-21,-23, -9,-11, 18,-15, -4, -3,-16,  8, 20, -9, -8, -8,-23,-10,  3;
/M: SY='N';  M= -6,  7,-22,  3,  7,-19,-14, -5,-10, -4,-15, -8, 11,-13,  4, -6,  6,  1,-13,-32,-14,  5;
/M: SY='N';  M=-10, 18,-27, 13,  7,-26,-11,  4,-25, 12,-28,-17, 23, -2,  3,  4,  0, -6,-26,-32,-16,  4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2022_04 which contains 568'363 sequence entries.


Total number of hits 11 in 11 different sequences
Number of true positive hits 11 in 11 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Upf1 CH-rich
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
11 sequences

RENT1_ARATH (Q9FJR0    ), RENT1_CAEEL (O76512    ), RENT1_DANRE (F1RCY6    ), 
RENT1_DICDI (Q54I89    ), RENT1_DROME (Q9VYS3    ), RENT1_HUMAN (Q92900    ), 
RENT1_MOUSE (Q9EPU0    ), RENT1_NEUCR (Q9HEH1    ), RENT1_SCHPO (Q09820    ), 
RENT1_TAKRU (Q98TR3    ), RENT1_YEAST (P30771    )
» more

PDB
[Detailed view]
4 PDB

2IYK; 2WJV; 2WJY; 2XZL

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission