PROSITE entry PS52000

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	COV_NSP12_IF
Accession [info]	PS52000
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	12-OCT-2022 CREATED; 12-OCT-2022 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51948
Associated ProRule [info]	PRU01344

Name and characterization of the entry

Description [info]

Coronavirus Nsp12 Interface domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=99;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=94;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0515165; R2=0.0122455; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=976; N_SCORE=14.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=364; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R';  M=-13,-11,-29,-13, -4,-19,-25,-12,-10, 23,-14, -2, -6,-16,  2, 28,-12,-10, -6,-20, -8, -4;
/M: SY='E';  M= -3, -2,-20, -2, 11,-20,-18, -9,-15,  2,-14, -9, -3,-11,  8, -2,  8,  8,-10,-29,-13, 10;
/M: SY='W';  M=-20,-31,-33,-34,-27, 42,-27,-12, -7,-21, -3, -7,-27,-30,-25,-17,-27,-17,-13, 63, 44,-24;
/M: SY='D';  M=-19, 39,-31, 57, 16,-37,-12, -3,-35, -2,-26,-27, 14, -1, -2,-11, -2,-10,-28,-38,-20,  7;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-21,-31,-21,  9,-31,-21, 22,-30, 48, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 12,-20,  0,-21;
/M: SY='L';  M= -8,-27, -6,-29,-22,  4,-29,-23, 16,-27, 33, 13,-27,-29,-22,-20,-21, -4, 15,-25, -5,-22;
/M: SY='K';  M=  0,  0,-27,  1, 19,-30,-17, -6,-25, 25,-23,-10, -2, -8, 18, 12, -3, -8,-21,-22,-14, 19;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='F';  M=-20,-27,-23,-34,-27, 66,-30, -8,  0,-24,  7,  0,-20,-30,-31,-17,-20,-10, -3, 16, 44,-27;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='E';  M=-12, 24,-29, 36, 39,-34,-15,  0,-32,  5,-23,-22,  7, -5, 15, -4,  0,-10,-29,-33,-19, 27;
/M: SY='H';  M=-18, -7,-28, -7,  5,  6,-24, 37,-18, -8,-10, -5, -5,-19,  0, -6,-12,-13,-20, -8, 28,  0;
/M: SY='K';  M=-11, -1,-30, -1,  9,-29,-20, -9,-30, 48,-29,-10,  0,-11, 10, 34,-10,-10,-20,-20,-10,  9;
/M: SY='L';  M= -9,-15,-23,-14,  1, -7,-27,-11,  4,-12, 10,  4,-16,-19, -1,-11,-12, -5,  1,-20, -1, -1;
/M: SY='E';  M= -4,  4,-11,  4, 10,-23, -9, -6,-22, -1,-21,-15,  4,-15,  2, -6,  2, -6,-17,-29,-15,  6;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='N';  M=-10, 26,-23, 19,  9,-26, -7, 10,-23,  1,-27,-16, 33,-15, 12,  0,  8, -2,-28,-35,-16, 10;
/M: SY='K';  M=-11, -1,-30, -1,  9,-29,-20, -9,-30, 48,-29,-10,  0,-11, 10, 34,-10,-10,-20,-20,-10,  9;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='Y';  M=-20,-13,-30,-13,-13, 13,-27, 47,-10,-10, -7,  0,-10,-27, -3, -7,-17,-13,-17, 10, 60,-13;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='D';  M= -9, 26,-26, 37,  6,-34, 11, -7,-36, -7,-30,-26, 13,-12, -5,-12,  8, -7,-26,-35,-22,  1;
/M: SY='Q';  M=-12,-10,-26,-13,  2,-18,-21,  3, -7,  2, -4, 16, -8,-16, 29,  7, -9,-10,-14,-18, -4, 16;
/M: SY='T';  M= -6,  7,-21,  6,  9,-23,-19,-10,-19, -1,-18,-13,  1, -2,  6, -5,  9, 19,-15,-29,-14,  7;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='P';  M= -6,-19,-38,-11, -1,-29,-19,-20,-19,-10,-29,-19,-19, 83,-10,-20, -9, -9,-28,-29,-29,-10;
/M: SY='N';  M=-11, 41,-21, 24,  1,-21, -1,  9,-21,  0,-30,-21, 57,-19,  0, -1,  9, -1,-30,-40,-20,  1;
/M: SY='C';  M= -8,-16, 96,-26,-26,-18,-28,-28,-26,-26,-18,-18,-16,-35,-26,-26, -5,  1, -8,-46,-26,-26;
/M: SY='V';  M= -3,-19, -9,-20,-15, -9,-24,-21,  9,-11, -3,  0,-16,-23,-16, -7, -2,  0, 21,-31,-13,-16;
/M: SY='D';  M=-11, 40,-26, 46, 15,-32, -7,  1,-32,  0,-28,-25, 27,-12,  1, -7,  3, -7,-28,-38,-20,  8;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='S';  M= -1, -3,-20, -4,  0,-16,-11,  6,-16,-10,-12, -8, -1,-15,  1, -9,  7,  5,-13,-26, -5, -1;
/M: SY='D';  M=-17, 45,-28, 61, 17,-37, -9,  0,-37, -1,-30,-29, 21,-10,  0,-10,  4, -7,-28,-40,-20,  9;
/M: SY='D';  M=-18, 42,-30, 60, 28,-38,-12,  0,-38,  2,-28,-28, 16, -8,  4, -8,  0,-10,-30,-38,-20, 16;
/M: SY='R';  M=-15, -8,-27, -9,  4,-19,-19,  0,-22, 19,-15, -2, -2,-17, 12, 44, -6, -8,-17,-22,-10,  5;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='I';  M= -9,-30,-26,-37,-29,  1,-37,-29, 44,-29, 23, 19,-23,-23,-21,-27,-20, -9, 30,-21, -1,-29;
/M: SY='I';  M= -9,-30,-23,-35,-26,  4,-35,-26, 35,-29, 31, 19,-25,-25,-21,-25,-23, -9, 24,-21, -1,-26;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20, 96,-30, -8,-20,  0, 10,-20, 10,  3,-10,-20,-30,-30, 19,  0;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='A';  M= 47, -9,-10,-19, -9,-20,  0,-19,-11,-10,-11,-11, -9,-10, -9,-19, 12,  1, -1,-21,-20, -9;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='V';  M= -4,-20,-18,-27,-23, -3,-30,-27, 24,-20,  7,  7,-16,-19,-19,-20, -3, 14, 25,-26, -6,-23;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='S';  M= 21, -3,-10, -5, -3,-20,  0,-13,-17,-10,-25,-17,  5,-10, -3,-13, 32, 15, -7,-35,-20, -3;
/M: SY='M';  M= -5,-10,-15,-20,-15, -5,-20,-10,  5,-10,  5, 25,-10,-15, -5,-10,  0, 20,  5,-25, -5,-10;
/M: SY='V';  M= -1,-17,-11,-22,-20, -3,-26,-25, 12,-17,  7,  3,-17,-22,-20,-16,  0, 20, 24,-29, -9,-20;
/M: SY='I';  M=-11,-29,-24,-35,-26, 12,-33,-23, 31,-28, 29, 20,-24,-25,-21,-23,-23, -9, 20,-17,  3,-25;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='N';  M= -8,  6,-26, -1, -2,-22, -9, -4,-12,  1,-20, -8, 16, -5,  4, -3,  0, -6,-18,-29,-16,  0;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='C';  M= 19, -8, 22,-14,-11,-20, -7,-18,-19,-15,-21,-17, -4,-17,-11,-18, 17,  6, -7,-36,-22,-11;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='P';  M=-10,-12,-37, -6,  0,-29,-17,-16,-20, -9,-30,-20,-10, 76, -9,-17, -7, -9,-30,-31,-29, -9;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-21,-31,-21,  9,-31,-21, 24,-30, 46, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 13,-20,  0,-21;
/M: SY='C';  M= -4,-26, 40,-30,-30, -8,-30,-30,  7,-24, -2, -2,-26,-34,-30,-24,-10, -4, 27,-38,-18,-30;
/M: SY='R';  M=-19, -9,-30, -9,  2,-22,-20,  1,-29, 28,-20, -9,  0,-19, 14, 65, -9,-10,-21,-20,-10,  3;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 12,-32,-20, -6,-28, 43,-28, -8,  0,-10, 19, 26, -8,-10,-22,-20,-10, 15;
/M: SY='I';  M= -6,-29, -4,-35,-30, -3,-35,-30, 33,-26, 11, 11,-24,-26,-25,-26,-15, -6, 32,-27, -7,-30;
/M: SY='F';  M=-20,-28,-25,-35,-26, 58,-28, -7, -5,-25,  3, -3,-20,-29,-30,-17,-22,-13, -7, 25, 33,-25;
/M: SY='V';  M= -3,-30,-17,-33,-30,  0,-33,-30, 37,-23, 13, 13,-27,-27,-27,-23,-13, -3, 43,-27, -7,-30;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='F';  M=-15,-30,-18,-37,-28, 54,-30,-22,  9,-28, 17,  5,-23,-30,-35,-20,-20, -8, 10, -2, 18,-28;
/M: SY='V';  M= -2,-30,-14,-32,-30,  0,-32,-30, 34,-22, 12, 12,-28,-28,-28,-22,-12, -2, 46,-28, -8,-30;
/M: SY='V';  M= 10,-20,-10,-24,-22, -6,-22,-26, 15,-16,  2,  2,-20,-22,-22,-18,  0,  9, 31,-28,-12,-22;
/M: SY='T';  M=  5,  0,-10, -5, -5,-15,-10,-15,-15,-10,-20,-15,  5,-10, -5,-10, 30, 34, -5,-35,-15, -5;
/M: SY='C';  M= 13,-14, 22,-24,-19,-14,-19,-25, -5,-19, -7, -7,-13,-20,-17,-23,  1,  5,  3,-30,-17,-19;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='F';  M=-16,-22,-23,-27,-22, 47,-26, -2, -3,-19,  1, -3,-16,-27,-23,-15,-12, -6, -5, 12, 44,-22;
/M: SY='K';  M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 46,-28,-10,  0,-12, 10, 38,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='E';  M=-10,  7,-30, 13, 46,-33,-20,  3,-27, 10,-20,-13,  0, -3, 34,  3,  0,-10,-30,-27,-17, 40;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='I';  M= -6,-30,-18,-33,-27,  3,-33,-27, 33,-26, 24, 16,-27,-27,-24,-23,-18, -6, 33,-24, -4,-27;
/M: SY='V';  M= -1,-30,-13,-31,-30,  0,-31,-30, 33,-21, 11, 11,-29,-29,-29,-21,-11, -1, 47,-29, -9,-30;
/M: SY='W';  M=-15,-25,-32,-30,-21,  1,-20,  1,  0,-13,  2, 25,-24,-23, -6,-12,-26,-18, -8, 38, 13,-12;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='Q';  M=-10, -7,-25,-12,  0,-19,-20, -1, -5,  6, -1, 17, -6,-16, 18,  4,-11, -9,-11,-21, -6,  9;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='V';  M= -4,-21,-14,-25,-25,  1,-27,-23, 23,-20, 11,  8,-17,-28,-24,-18,-11, -2, 31,-28, -8,-25;
/M: SY='N';  M=-10, 26,-22, 20,  3,-23, -8,  0,-24,  5,-27,-19, 31,-15,  0,  5,  8,  4,-23,-35,-17,  1;
/M: SY='L';  M= -7,-17,-18,-22,-14, -2,-26,-16, 10,-18, 19, 14,-16,-20, -8,-14,-10,  9,  5,-23, -4,-12;
/M: SY='H';  M=-16,  5,-27,  6,  2,-22,-17, 77,-30, -9,-22, -5, 11,-18,  8, -2, -3,-14,-27,-32, 11,  1;
/M: SY='R';  M= -1, -8,-18,-11, -6, -6,-12,-10,-19,  1,-18,-12,  0,-16, -4, 14, 12,  7,-10,-24, -9, -6;
/M: SY='H';  M= -5, -7,-19, -9, -6, -9,-15, 13,-11, -9,-14, -2, -2,-17,  2, -7,  8,  4, -9,-21,  8, -4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	30 in 30 different sequences
Number of true positive hits	30 in 30 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	Nsp12 Interface
Version [info]	1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

30 sequences

R1AB_BC133  (P0C6W1), R1AB_BC279  (P0C6V9), R1AB_BC512  (P0C6W0),

R1AB_BCHK3  (P0C6W2), R1AB_BCHK4  (P0C6W3), R1AB_BCHK5  (P0C6W4), 
R1AB_BCHK9  (P0C6W5), R1AB_BCRP3  (P0C6W6), R1AB_CVBEN  (P0C6W7), 
R1AB_CVBLU  (P0C6W8), R1AB_CVBM   (P0C6W9), R1AB_CVBQ   (P0C6X0), 
R1AB_CVH22  (P0C6X1), R1AB_CVHN1  (P0C6X2), R1AB_CVHN2  (P0C6X3), 
R1AB_CVHN5  (P0C6X4), R1AB_CVHNL  (P0C6X5), R1AB_CVHOC  (P0C6X6), 
R1AB_CVM2   (P0C6X8), R1AB_CVMA5  (P0C6X9), R1AB_CVMJH  (P0C6Y0), 
R1AB_CVPPU  (P0C6Y5), R1AB_FIPV   (Q98VG9), R1AB_IBVB   (P0C6Y1), 
R1AB_IBVBC  (P0C6Y2), R1AB_IBVM   (P0C6Y3), R1AB_MERS1  (K9N7C7), 
R1AB_PEDV7  (P0C6Y4), R1AB_SARS   (P0C6X7), R1AB_SARS2  (P0DTD1)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

16 PDB

6M71; 6NUR; 6NUS; 6YYT; 7BTF; 7BV1; 7BV2; 7BZF; 7C2K; 7CYQ; 7L1F; 7O7Y; 7O7Z; 7O80; 7O81; 8GY6
» more