PROSITE entry PS52000
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | COV_NSP12_IF |
Accession [info] | PS52000 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
12-OCT-2022 CREATED;
12-OCT-2022 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC51948 |
Associated ProRule [info] | PRU01344 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=99; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=94; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0515165; R2=0.0122455; TEXT='-LogE'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=976; N_SCORE=14.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=364; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='R'; M=-13,-11,-29,-13, -4,-19,-25,-12,-10, 23,-14, -2, -6,-16, 2, 28,-12,-10, -6,-20, -8, -4; /M: SY='E'; M= -3, -2,-20, -2, 11,-20,-18, -9,-15, 2,-14, -9, -3,-11, 8, -2, 8, 8,-10,-29,-13, 10; /M: SY='W'; M=-20,-31,-33,-34,-27, 42,-27,-12, -7,-21, -3, -7,-27,-30,-25,-17,-27,-17,-13, 63, 44,-24; /M: SY='D'; M=-19, 39,-31, 57, 16,-37,-12, -3,-35, -2,-26,-27, 14, -1, -2,-11, -2,-10,-28,-38,-20, 7; /M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21, 9,-31,-21, 22,-30, 48, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 12,-20, 0,-21; /M: SY='L'; M= -8,-27, -6,-29,-22, 4,-29,-23, 16,-27, 33, 13,-27,-29,-22,-20,-21, -4, 15,-25, -5,-22; /M: SY='K'; M= 0, 0,-27, 1, 19,-30,-17, -6,-25, 25,-23,-10, -2, -8, 18, 12, -3, -8,-21,-22,-14, 19; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20; /M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 10; /M: SY='F'; M=-20,-27,-23,-34,-27, 66,-30, -8, 0,-24, 7, 0,-20,-30,-31,-17,-20,-10, -3, 16, 44,-27; /M: SY='T'; M= 0, 0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10, 0,-10,-10,-10, 20, 50, 0,-30,-10,-10; /M: SY='E'; M=-12, 24,-29, 36, 39,-34,-15, 0,-32, 5,-23,-22, 7, -5, 15, -4, 0,-10,-29,-33,-19, 27; /M: SY='H'; M=-18, -7,-28, -7, 5, 6,-24, 37,-18, -8,-10, -5, -5,-19, 0, -6,-12,-13,-20, -8, 28, 0; /M: SY='K'; M=-11, -1,-30, -1, 9,-29,-20, -9,-30, 48,-29,-10, 0,-11, 10, 34,-10,-10,-20,-20,-10, 9; /M: SY='L'; M= -9,-15,-23,-14, 1, -7,-27,-11, 4,-12, 10, 4,-16,-19, -1,-11,-12, -5, 1,-20, -1, -1; /M: SY='E'; M= -4, 4,-11, 4, 10,-23, -9, -6,-22, -1,-21,-15, 4,-15, 2, -6, 2, -6,-17,-29,-15, 6; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='N'; M=-10, 26,-23, 19, 9,-26, -7, 10,-23, 1,-27,-16, 33,-15, 12, 0, 8, -2,-28,-35,-16, 10; /M: SY='K'; M=-11, -1,-30, -1, 9,-29,-20, -9,-30, 48,-29,-10, 0,-11, 10, 34,-10,-10,-20,-20,-10, 9; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='K'; M=-10, 0,-30, 0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10, 0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10; /M: SY='Y'; M=-20,-13,-30,-13,-13, 13,-27, 47,-10,-10, -7, 0,-10,-27, -3, -7,-17,-13,-17, 10, 60,-13; /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20; /M: SY='D'; M= -9, 26,-26, 37, 6,-34, 11, -7,-36, -7,-30,-26, 13,-12, -5,-12, 8, -7,-26,-35,-22, 1; /M: SY='Q'; M=-12,-10,-26,-13, 2,-18,-21, 3, -7, 2, -4, 16, -8,-16, 29, 7, -9,-10,-14,-18, -4, 16; /M: SY='T'; M= -6, 7,-21, 6, 9,-23,-19,-10,-19, -1,-18,-13, 1, -2, 6, -5, 9, 19,-15,-29,-14, 7; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20; /M: SY='H'; M=-20, 0,-30, 0, 0,-20,-20,100,-30,-10,-20, 0, 10,-20, 10, 0,-10,-20,-30,-30, 20, 0; /M: SY='P'; M= -6,-19,-38,-11, -1,-29,-19,-20,-19,-10,-29,-19,-19, 83,-10,-20, -9, -9,-28,-29,-29,-10; /M: SY='N'; M=-11, 41,-21, 24, 1,-21, -1, 9,-21, 0,-30,-21, 57,-19, 0, -1, 9, -1,-30,-40,-20, 1; /M: SY='C'; M= -8,-16, 96,-26,-26,-18,-28,-28,-26,-26,-18,-18,-16,-35,-26,-26, -5, 1, -8,-46,-26,-26; /M: SY='V'; M= -3,-19, -9,-20,-15, -9,-24,-21, 9,-11, -3, 0,-16,-23,-16, -7, -2, 0, 21,-31,-13,-16; /M: SY='D'; M=-11, 40,-26, 46, 15,-32, -7, 1,-32, 0,-28,-25, 27,-12, 1, -7, 3, -7,-28,-38,-20, 8; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='S'; M= -1, -3,-20, -4, 0,-16,-11, 6,-16,-10,-12, -8, -1,-15, 1, -9, 7, 5,-13,-26, -5, -1; /M: SY='D'; M=-17, 45,-28, 61, 17,-37, -9, 0,-37, -1,-30,-29, 21,-10, 0,-10, 4, -7,-28,-40,-20, 9; /M: SY='D'; M=-18, 42,-30, 60, 28,-38,-12, 0,-38, 2,-28,-28, 16, -8, 4, -8, 0,-10,-30,-38,-20, 16; /M: SY='R'; M=-15, -8,-27, -9, 4,-19,-19, 0,-22, 19,-15, -2, -2,-17, 12, 44, -6, -8,-17,-22,-10, 5; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='I'; M= -9,-30,-26,-37,-29, 1,-37,-29, 44,-29, 23, 19,-23,-23,-21,-27,-20, -9, 30,-21, -1,-29; /M: SY='I'; M= -9,-30,-23,-35,-26, 4,-35,-26, 35,-29, 31, 19,-25,-25,-21,-25,-23, -9, 24,-21, -1,-26; /M: SY='H'; M=-20, 0,-30, 0, 0,-20,-20, 96,-30, -8,-20, 0, 10,-20, 10, 3,-10,-20,-30,-30, 19, 0; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='A'; M= 47, -9,-10,-19, -9,-20, 0,-19,-11,-10,-11,-11, -9,-10, -9,-19, 12, 1, -1,-21,-20, -9; /M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20, 0,-20, 0, 10,-20, 0,-30,-20, 60,-20, 0, 0, 10, 0,-30,-40,-20, 0; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20, 0,-20, 0, 10,-20, 0,-30,-20, 60,-20, 0, 0, 10, 0,-30,-40,-20, 0; /M: SY='V'; M= -4,-20,-18,-27,-23, -3,-30,-27, 24,-20, 7, 7,-16,-19,-19,-20, -3, 14, 25,-26, -6,-23; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='S'; M= 21, -3,-10, -5, -3,-20, 0,-13,-17,-10,-25,-17, 5,-10, -3,-13, 32, 15, -7,-35,-20, -3; /M: SY='M'; M= -5,-10,-15,-20,-15, -5,-20,-10, 5,-10, 5, 25,-10,-15, -5,-10, 0, 20, 5,-25, -5,-10; /M: SY='V'; M= -1,-17,-11,-22,-20, -3,-26,-25, 12,-17, 7, 3,-17,-22,-20,-16, 0, 20, 24,-29, -9,-20; /M: SY='I'; M=-11,-29,-24,-35,-26, 12,-33,-23, 31,-28, 29, 20,-24,-25,-21,-23,-23, -9, 20,-17, 3,-25; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='N'; M= -8, 6,-26, -1, -2,-22, -9, -4,-12, 1,-20, -8, 16, -5, 4, -3, 0, -6,-18,-29,-16, 0; /M: SY='T'; M= 0, 0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10, 0,-10,-10,-10, 20, 50, 0,-30,-10,-10; /M: SY='C'; M= 19, -8, 22,-14,-11,-20, -7,-18,-19,-15,-21,-17, -4,-17,-11,-18, 17, 6, -7,-36,-22,-11; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='P'; M=-10,-12,-37, -6, 0,-29,-17,-16,-20, -9,-30,-20,-10, 76, -9,-17, -7, -9,-30,-31,-29, -9; /M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21, 9,-31,-21, 24,-30, 46, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 13,-20, 0,-21; /M: SY='C'; M= -4,-26, 40,-30,-30, -8,-30,-30, 7,-24, -2, -2,-26,-34,-30,-24,-10, -4, 27,-38,-18,-30; /M: SY='R'; M=-19, -9,-30, -9, 2,-22,-20, 1,-29, 28,-20, -9, 0,-19, 14, 65, -9,-10,-21,-20,-10, 3; /M: SY='K'; M=-10, 0,-30, 0, 12,-32,-20, -6,-28, 43,-28, -8, 0,-10, 19, 26, -8,-10,-22,-20,-10, 15; /M: SY='I'; M= -6,-29, -4,-35,-30, -3,-35,-30, 33,-26, 11, 11,-24,-26,-25,-26,-15, -6, 32,-27, -7,-30; /M: SY='F'; M=-20,-28,-25,-35,-26, 58,-28, -7, -5,-25, 3, -3,-20,-29,-30,-17,-22,-13, -7, 25, 33,-25; /M: SY='V'; M= -3,-30,-17,-33,-30, 0,-33,-30, 37,-23, 13, 13,-27,-27,-27,-23,-13, -3, 43,-27, -7,-30; /M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 10; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='V'; M= 0,-30,-10,-30,-30, 0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10, 0, 50,-30,-10,-30; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='F'; M=-15,-30,-18,-37,-28, 54,-30,-22, 9,-28, 17, 5,-23,-30,-35,-20,-20, -8, 10, -2, 18,-28; /M: SY='V'; M= -2,-30,-14,-32,-30, 0,-32,-30, 34,-22, 12, 12,-28,-28,-28,-22,-12, -2, 46,-28, -8,-30; /M: SY='V'; M= 10,-20,-10,-24,-22, -6,-22,-26, 15,-16, 2, 2,-20,-22,-22,-18, 0, 9, 31,-28,-12,-22; /M: SY='T'; M= 5, 0,-10, -5, -5,-15,-10,-15,-15,-10,-20,-15, 5,-10, -5,-10, 30, 34, -5,-35,-15, -5; /M: SY='C'; M= 13,-14, 22,-24,-19,-14,-19,-25, -5,-19, -7, -7,-13,-20,-17,-23, 1, 5, 3,-30,-17,-19; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20; /M: SY='H'; M=-20, 0,-30, 0, 0,-20,-20,100,-30,-10,-20, 0, 10,-20, 10, 0,-10,-20,-30,-30, 20, 0; /M: SY='F'; M=-16,-22,-23,-27,-22, 47,-26, -2, -3,-19, 1, -3,-16,-27,-23,-15,-12, -6, -5, 12, 44,-22; /M: SY='K'; M=-12, -2,-30, -2, 8,-28,-20, -8,-30, 46,-28,-10, 0,-12, 10, 38,-10,-10,-20,-20,-10, 8; /M: SY='E'; M=-10, 7,-30, 13, 46,-33,-20, 3,-27, 10,-20,-13, 0, -3, 34, 3, 0,-10,-30,-27,-17, 40; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='I'; M= -6,-30,-18,-33,-27, 3,-33,-27, 33,-26, 24, 16,-27,-27,-24,-23,-18, -6, 33,-24, -4,-27; /M: SY='V'; M= -1,-30,-13,-31,-30, 0,-31,-30, 33,-21, 11, 11,-29,-29,-29,-21,-11, -1, 47,-29, -9,-30; /M: SY='W'; M=-15,-25,-32,-30,-21, 1,-20, 1, 0,-13, 2, 25,-24,-23, -6,-12,-26,-18, -8, 38, 13,-12; /M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20, 0,-20, 0, 10,-20, 0,-30,-20, 60,-20, 0, 0, 10, 0,-30,-40,-20, 0; /M: SY='Q'; M=-10, -7,-25,-12, 0,-19,-20, -1, -5, 6, -1, 17, -6,-16, 18, 4,-11, -9,-11,-21, -6, 9; /M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 10; /M: SY='V'; M= -4,-21,-14,-25,-25, 1,-27,-23, 23,-20, 11, 8,-17,-28,-24,-18,-11, -2, 31,-28, -8,-25; /M: SY='N'; M=-10, 26,-22, 20, 3,-23, -8, 0,-24, 5,-27,-19, 31,-15, 0, 5, 8, 4,-23,-35,-17, 1; /M: SY='L'; M= -7,-17,-18,-22,-14, -2,-26,-16, 10,-18, 19, 14,-16,-20, -8,-14,-10, 9, 5,-23, -4,-12; /M: SY='H'; M=-16, 5,-27, 6, 2,-22,-17, 77,-30, -9,-22, -5, 11,-18, 8, -2, -3,-14,-27,-32, 11, 1; /M: SY='R'; M= -1, -8,-18,-11, -6, -6,-12,-10,-19, 1,-18,-12, 0,-16, -4, 14, 12, 7,-10,-24, -9, -6; /M: SY='H'; M= -5, -7,-19, -9, -6, -9,-15, 13,-11, -9,-14, -2, -2,-17, 2, -7, 8, 4, -9,-21, 8, -4; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
Total number of hits | 30 in 30 different sequences |
Number of true positive hits | 30 in 30 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 0 |
Number of false negative sequences | 0 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
Taxonomic range [info] | Eukaryotic viruses |
Maximum number of repetitions [info] | 1 |
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | reversed |
Author [info] | CJA_Sigrist |
Feature key [info] | DOMAIN |
Feature description [info] | Nsp12 Interface |
Version [info] | 1 |
Cross-references [info]
UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
30 sequences
R1AB_BC133 (P0C6W1), R1AB_BC279 (P0C6V9), R1AB_BC512 (P0C6W0), R1AB_BCHK3 (P0C6W2), R1AB_BCHK4 (P0C6W3), R1AB_BCHK5 (P0C6W4), R1AB_BCHK9 (P0C6W5), R1AB_BCRP3 (P0C6W6), R1AB_CVBEN (P0C6W7), R1AB_CVBLU (P0C6W8), R1AB_CVBM (P0C6W9), R1AB_CVBQ (P0C6X0), R1AB_CVH22 (P0C6X1), R1AB_CVHN1 (P0C6X2), R1AB_CVHN2 (P0C6X3), R1AB_CVHN5 (P0C6X4), R1AB_CVHNL (P0C6X5), R1AB_CVHOC (P0C6X6), R1AB_CVM2 (P0C6X8), R1AB_CVMA5 (P0C6X9), R1AB_CVMJH (P0C6Y0), R1AB_CVPPU (P0C6Y5), R1AB_FIPV (Q98VG9), R1AB_IBVB (P0C6Y1), R1AB_IBVBC (P0C6Y2), R1AB_IBVM (P0C6Y3), R1AB_MERS1 (K9N7C7), R1AB_PEDV7 (P0C6Y4), R1AB_SARS (P0C6X7), R1AB_SARS2 (P0DTD1)» more
|
PDB [Detailed view] |
16 PDB
6M71; 6NUR; 6NUS; 6YYT; 7BTF; 7BV1; 7BV2; 7BZF; 7C2K; 7CYQ; 7L1F; 7O7Y; 7O7Z; 7O80; 7O81; 8GY6 » more |