PROSITE entry PS52001

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	AD
Accession [info]	PS52001
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	12-OCT-2022 CREATED; 12-OCT-2022 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC52001
Associated ProRule [info]	PRU01345

Name and characterization of the entry

Description [info]

AD domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=95;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=90;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1351166; R2=0.0069454; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1133; N_SCORE=10.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=629; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-22; D=-150; I=-150; B1=-1000; E1=-1000; MI=-380; MD=-380; IM=-380; DM=-380;

...

                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-380; BD=-380;
/M: SY='P';  M=  6,-50,  9, 25,-63,-19, 18,-54, -1,-49,-34,  2, 53, 22,  2, 19,  7,-51,-80,-34;
/M: SY='P';  M=  4,-58,-17,  3,-27,-51, -2,-23, -2,-31,-34,  9, 45, -2,  4, 32, -6, 11,-30, -2;
/M: SY='L';  M=-34,-71,-66,-75,-16,-73,-74, 46,-56, 51, 21,-61,-32,-24,-75,-52,-26, 46,-75,-36;
/M: SY='D';  M=-42,-75, 68,  3,-60,-28, 22,-39,-14,-72,-71, 66,-24,  9,-25, 13, -3,-62,-91,-55;
/I:         I=-16; MD=-40;
/M: SY='I';  M=-17,-23,-16,  0, -5,-39,-14, 35, -5, 18,  7,  0,-15,-30,-24,-10,  1, 15,-19,-38; D=-16;
/I:         I=-16; MD=-40;
/M: SY='E';  M= 17, -2, 19, 28,-42, -6,  0,-11,  5,-43,-20, 13, -7, 15,-21, -1,  1,-21,-82,-53; D=-16;
/I:         I=-16; MD=-40;
/M: SY='R';  M= -4,-21,  8, 20,-19,-40,-16,-34, 32,-24,-17, -9,-16, 28, 38, -3,-15,-31,-79,-41; D=-16;
/I:         I=-16; MD=-40;
/M: SY='L';  M=-15, -3,-10, -1,-30,-52,-39, 30,-28, 35,  0,-34,-15,-22,-45,-29,-10, 29,-36,-31; D=-16;
/I:         I=-16; MD=-40;
/M: SY='E';  M=-15,-79, 11, 40,-46,-56,-12,-26, 30,-33,-34, 11,-32, 37, 26,-10, -9,-27,-81,-51; D=-16;
/I:         I=-16; MD=-40;
/M: SY='A';  M= 21,-55,  1, 19,-46,-31, -9,-37, 16,-25,-28, 11,-41, 20, -2, 21, 20,-40,-83,-68; D=-16;
/I:         I=-16; MD=-40;
/M: SY='R';  M=-23,-28,-30,-17,-18,-78,-25,-18,  8,  0,-17,-20,-35, -8, 77,-33,-21,-31,-19,-44; D=-16;
/I:         I=-16; MD=-40;
/M: SY='E';  M= -3,-61,-21, 48, -2,-54,-44, -3,-22, 24, 10,-60,-41,  2,-28,-40,-11,-14,-78,-16; D=-16;
/I:         I=-16; MD=-40;
/M: SY='R';  M=-11,-84,  2, 26,-84,-65, -3,-71, 34,-68,-21,  8,-48, 29, 54,-17,-58,-62,-85,-55; D=-16;
/I:         I=-16; MD=-40;
/M: SY='H';  M= -5,-82, -8,  7,-73,-69, 21,-20, 19,  6,  0,  3,-47, 17, 13,-19,-28,-27,-85,-27; D=-16;
/I:         I=-16; MD=-40;
/M: SY='A';  M= 39,-53,-33, 15,-83,-57,-57,-38,-21,-53,-35, 16,-47, 25,-19, 19, -2,-38,-53,-61; D=-16;
/I:         I=-16; MD=-40;
/M: SY='I';  M=-26,-39,-85,-25,-52,-61,-39, 30,-37, -4,-30,-31,-47,-41,-42,  3,-19, 24,-94,-52; D=-16;
/I:         I=-16; MI=0; MD=-40; IM=0; DM=-40;
/M: SY='E';  M=-11,-64,-10, 31,-87,-54,-58,-37, -9,-14,-19,-52,-18, -7,  5,-10,-25,-38,-95,-58; D=-16;
/I:         I=-16; DM=-40;
/M: SY='Q';  M=-19,-87,-25, 21, 34,-66,-27,-38, -1,-11,-22,-14,-50, 38,-10,-20,-41,-62,-43,-19; D=-16;
/I:         I=-16; DM=-40;
/M: SY='R';  M=  9,-44,-50, -9, -8,-64,-15,-25, 26, -2,-17,-22, -7,  0, 33,-29,-31,-36,-82,-33; D=-16;
/I:         I=-16; DM=-40;
/M: SY='K';  M=-12,-57,-42, 14,-35,-11,-25,-66, 34,-36,-25, -5,  4, 34, 31,-14,-12,-56,-60,-48; D=-16;
/I:         I=-16; DM=-40;
/M: SY='N';  M= -8,-42,  4, 26,-37,-27,-18,-27, 27,-36,-31, 27,  7,  6, 20, -9,-13,-35,-84,-70; D=-16;
/I:         I=-16; DM=-40;
/M: SY='E';  M= 20,-74,  4, 37,-26,-27,  3,-42, 11,-16,-24, -5,-15, 23, 15, 10,  5,-35,-29,-16;
/I:         I=-38; MI=0; MD=-97; IM=0; DM=-97;
/M: SY='C';  M= 26, 35,-18, 17,-34,-54,-45,  5, -2,  7, -5,-26,-15, 11, -4, -3, 13,  0,-78,-28;
/I:         I=-36; MI=0; MD=-90; IM=0; DM=-90;
/M: SY='R';  M=  8,-17,  4, 17,-72,-33,  3,-56, 34,-24,-34,  2,-31, 26, 35, 15,  7,-28,-78,-22;
/M: SY='R';  M= 21,-31,-35, -8, -3,-44,  9,-12,  0,  9, 19, 12,-31,  1, 24,  8,  5,-13,-75,-14;
/M: SY='I';  M=-34,-18, -3,-34, -1,-43, -5, 34, -1, 11, 20,-26,-11, -1, 24, -3, -9, -1,  5, 17;
/M: SY='G';  M=-17,-35,  2,-19,-63, 46,  3,-30,  8,-76,-68, 39, -8,  4, -5, 38,  2,-52,-81,-69;
/M: SY='P';  M=  1,-17, -6, 34,-46,-31,-21,-17, 25,-52,-29,-25, 43, 24,-10, 16, -8,  4,-79,-55;
/I:         I=-36; MI=0; MD=-90; IM=0; DM=-90;
/M: SY='G';  M=-30,-58, 27, 38,-78, 55,  6,-50,  7,-56,-70, 39,-44, -1,-30,-15,-26,-76,  1,-47;
/M: SY='V';  M=  6,-27,-78,-42,-37,-62,-45, 27,-71, 22,  5,-63,-61,-70,-49,-33, -8, 71,-19,-40;
/M: SY='S';  M=-18,-69,  1, 12,-60,-29,-35,-52, -2,-36,-49,-15,  6,  1,-21, 64, 52,-48,-43,-67;
/M: SY='P';  M= 10,-38,-17, 23,-54,-46,-12,-27, 26,-30,-22, -9, 55, 18, 21,  4,-17,-26,-78,-35;
/M: SY='E';  M=-35,-79,  5, 66,-52,-69,  5,-45, -1,-17,-36,-21,-46,  1, 63,-38,-24,-31,-47,-24;
/M: SY='G';  M= 39,-34,-28,-41,-68, 55,-49,-67, 36,-62,-66,-46,-68,-12, 39,-31,-24,-48,-76,-70;
/M: SY='Q';  M=-18,-37,-12, 13,-79,-47,-26,-19, 10,-34,-39, -2,-50,100, 17,-19,-42,-42,-40,-54;
/I:         I=-28; MI=0; MD=-70; IM=0; DM=-70;
/M: SY='K';  M= 31,-38, 19, 16,-33,-49,-15,-43, 39,-29, -4,  7,-67, 26, 20,  3,-17,-45,-77,-32;
/M: SY='L';  M=-25,-41,-83,-78,-27,-84,-75, 50,-76, 59,  3,-78,-79,-73,-76,-61,-26, 44,-75,-45;
/M: SY='F';  M=-50,  1,-79,-65, 92,-81,-50, 10, 10, -8, -7,-71,-80,-39, -4,-69,-40,-12,-18, 44;
/M: SY='D';  M=-15,-55, 71, 16,-73,-52,-15,-34,  8, -9,-12, 23,-68, 15,  8,  7,-32,-26,-85,-38;
/M: SY='W';  M= 41,-33,-50,-39, -3,-42, 12,-38,-15, -6,  1,-61,-72,-13,-22, -2, -3,-29,117,  7;
/M: SY='L';  M=-60,-71,-85,-79, 31,-86,-71, 39,-78, 73, 26,-65,-82,-73,-76,-76,-62, -9,-68,-49;
/M: SY='S';  M= 11, -4,-25, 27,-19,-26,  7,-42, 26,-34,-33,  1,-67,  9, 25, 37,-12,-29,-25, -8;
/M: SY='K';  M=-28,-77,-30, -1,-65,-70,-30,-58, 86,-39,-34,-17,-43, 16, 38,-22,-24,-48,-75,-51;
/M: SY='T';  M=-37,-31,-53,-51,-67,-56, 26,-25, -9,-20,-24, 68,-59,-10,-39,-15, 78,-29,-86,-27;
/M: SY='M';  M=-52,-33,-72,-57, 21,-47, 32, 20,-38, 37, 51,-20,-77, -1, 46,-58,-42,-27,-67, 24;
/I:         I=-29; MI=0; MD=-75; IM=0; DM=-75;
/M: SY='I';  M=-38,-87,  5, -8,-16,-33,-19, 37,-34,-14,-26, -7, -3,-32,-48, -8,-44,  4,-90,-58; D=-29;
/I:         I=-29; DM=-75;
/M: SY='P';  M=-41,-83, 45, 17,-84,-47,-38,-75,-17,-69,-55, 11, 95, 22,-36,-24,-28,-56,-83,-75;
/M: SY='C';  M=-13, 79,-79,-75, -5,-79,-51, 26,-73,-23,-48,-71,-51,-75,-76,-45, 18, 71,-39,-31;
/M: SY='R';  M=-26,-75,-30, 31,-73,-64, -1,-21, 30,-57,-42,-23,-66, 28, 57, 12, 33,-16,-78,-32;
/M: SY='W';  M=-70,-90,-26, 42,-25,-68,-58,-34,-45,-30,-37,-42,-52,-50,-68,-72,-47,-25,157,-11;
/M: SY='D';  M=-16,-18, 56, 30,-76,-36, 39,-51, 10,-35,-64, 16,-67, 38,-14, 17,-22, -8,-85,-58;
/M: SY='G';  M=-26,-76, 36, 17,-81, 69,-51,-81,  7,-60,-41, 37,-25,-25,-45,-21,-28,-65,-80,-73;
/M: SY='D';  M=-19,-49, 52, 34,-79,-29,-55,-76, 42,-63,-69, 38, -4, 29, -7,-12,  7,-50,-83,-53;
/M: SY='D';  M=-28,-41, 57, 21,-74,  9,-13,-27, -6,-37,-22, 45,-58,-11,-33, 22,  9,-25,-44,-35;
/I:         I=-19; MI=0; MD=-49; IM=0; DM=-49;
/M: SY='I';  M=-68,-51,-89,-85,-33,-92,-82, 87,-81, 31, 25,-81,-80,-77,-83,-77,-62,  6,-76,-47; D=-19;
/I:         I=-19; DM=-49;
/M: SY='V';  M=-53, 17,-72,-33,-57,-78,  3, 45, -4,  8,-10,-11,-75,-21,  8, -1,-25, 54,-81,-41; D=-19;
/I:         I=-19; DM=-49;
/M: SY='V';  M=-23,-52,-72,-64,-20,-84,-82, 51,-74,  1,-11,-77,-78,-75,-50,-62,-54, 82,-80,-47;
/M: SY='M';  M= 11, -9,-15,-19, 28,-43,-16,-25,-45, 45, 65, 11,-63,-45,-58,-10,-37,-16,-30,-11;
/M: SY='D';  M=-52,-57, 77, 17,-70, 46, 13,-82, -9,-74,-37, 34,-67,  5,-31,-20,-58,-54,-86,-69;
/I:         I=-36; MI=0; MD=-90; IM=0; DM=-90;
/M: SY='E';  M=  1, 22, 32, 40,-60,-21, 19,-35,-29,-49, -9,  0,-67, 29,-14, 19, -5, 20,-83,-56;
/M: SY='V';  M= -4,-43,-81,-76,-28,-81,-79, 24,-74, 26,-22,-76,-78,-74,-75,-56,-23, 82,-81,-48;
/M: SY='R';  M=-42,-13,-66,-19,-19,-75,-34, 19,  6,  3,-19,-60,-71, -9, 51, -3, 43, 26,-45,-22;
/M: SY='I';  M=-62,-48,-85,-82,-50,-88,-84, 94,-65, -5,-37,-77,-75,-75,-80,-61,-57, 48,-76,-58;
/I:         I=-42; MI=0; MD=-106; IM=0; DM=-106;
/M: SY='S';  M=  9,-29, 13, 33,-43,-19, 11,-38, 13,-22,-25,  4,-51,  2,  9, 38,  1,-12,-80,-54;
/M: SY='P';  M=  4,-58,-43, -7,-82,-61,-31,-74,  5,-74,-69,-65,111,-53,-45,  6,-43,-74,-78,-47;
/M: SY='P';  M=-61,-91,-44,-50,-85,-68,-69,-73,-63,-72,-70,-54,126,-66,-75,-63,-52,-78,-79,-60;
/M: SY='Y';  M=-71,-52,-58,-74, 10,-78,-38,-57,-66,-53,-50,-72,-83,-62,-63,-66,-66,-62, 11,132;
/M: SY='T';  M=-17,-71,  8, -9,-38, 24,-15,-67, 24,-26,-24, 17,-52, -5, 22,-12, 56,-31,-80,-41;
/M: SY='P';  M= 23,-72,-43, -3,-50,-55,-36,  0,-40, -6,-35,-38, 65,-19,-56, 15, -3, 37,-48,-67;
/M: SY='E';  M= -7,-24, 62, 64,-81,-22,-32,-79, -8,-64,-71, 23,-29,  5,-27,  6, -8,-59,-37,-70;
/M: SY='N';  M=-30, 32, 61,-38,-67,-49,  1,-76, -1,-79,-51, 77,-69, -4,-53, 43,-24,-56,-91,-69;
/M: SY='C';  M=-25,123,-68,-79,-54,-58,-81, 32,-76,-26,-30,-71,-59,-79,-80,-38,-39, 45,-90,-70;
/M: SY='S';  M=-38,  0,-51, -4, -4,-39, -5, -6, 32,-20,-26,-30,-69, 14, 28, 38, 11, 10,-52, -3;
/M: SY='C';  M=  8, 72,-56,-40,-60, 44,-21,-35,-36,-23,-43,-18, -5,-30,-53, 45, -8,-11,-81,-41;
/M: SY='S';  M= -3,-35, 28, -5,-55,-10,-23, -9,  6,  3,-38,  9,  7,-14,-26, 30, 25,-10,-81,-51;
/I:         I=-20; MI=0; MD=-51; IM=0; DM=-51;
/M: SY='N';  M=-22,-71, 31,  4,-78, -8,-19,-76,  8,-79,-41, 92,-29, -9,-31,  9, -6,-59,-89,-70;
/M: SY='E';  M= -7,-40,  8, 50,-78,-10,-12,-54,  8,-58,-43,  4, 20, 36, -4, 25,  3,-35,-15,-68;
/M: SY='I';  M= -6,-37,-12,-23,-43,-14,-10, 46,  4,-29,  8,-15,-20, 12,  8, 23,  0,  9,-78,-54;
/M: SY='V';  M= 34,-15,-48,-41,-51,-39,-22, 37,-32, -8, -9,-39,-35, 13,-31, 18,-16, 39,-78,-38;
/M: SY='L';  M= -6,-30,-42,-24,-19,-52,-54,-26,-20, 68,  2,-10,-28,-31,-24,-36,-25, -1,-74,-36;
/I:         I=-38; MI=0; MD=-97; IM=0; DM=-97;
/M: SY='D';  M= -7,-56, 43, 43,-63,-12,-10,-45, 10,-44, -8, 23,-35, 23,-27, 30, -6,-52,-40,-48;
/I:         I=-20; MI=0; MD=-51; IM=0; DM=-51;
/M: SY='R';  M=-57,-48,-31,-32,-29,-66, 45,-76, -2,-31,-27,-38,-76, 20, 89,-44,-57,-74, -9, 33; D=-20;
/I:         I=-20; DM=-51;
/M: SY='V';  M=-43,-71,-83,-68,-21,-85,-83, 61,-63,-16, -8,-52,-63,-76,-78,-59,-34, 80,-81,-59;
/M: SY='Q';  M=-31,-12,-51,-14,-79,-71, -2,-76, 60,-54,-21,-46,-54, 76, 59,-29,-26,-63,-35,-63;
/M: SY='K';  M=-26,-51, -5,  2,-76,-18,-10,-53, 74,-47,-24, 22,-53, -5, 37, -2,-18,-59,-45,-66;
/M: SY='I';  M=-42,-72,-81,-46,-31,-72,-30, 62,-75, 47, 27,-54,-77,-71,-68,-55,-25, 43,-76,-57;
/M: SY='V';  M=-49,-71,-84,-64,-39,-86,-77, 53,-76, 52,  2,-79,-79,-73,-63,-55,-41, 57,-77,-57;
/M: SY='E';  M= -1,-53, 19, 55,-78, -6,-30,-58, 18,-52,  2, -4,-44, 37, 18, 17,-23,-45,-80,-68;
/M: SY='K';  M=-10,-38,  1, -6,-52, 25,-16,-55, 44,-51, -2, 32,-53, 23, 21, 19,-20,-54,-78,-47;
/M: SY='M';  M=-14,-12,-56, 29, 42,-47, 34,  4,-13, -3, 63,-49,-34,-24,-35,-26,-19,  2,-68, 13;
/M: SY='W';  M=-41,-52, -2,-35, -5,-58, 25,-42, -6, -7,-35,-18, 59, -8, 30,-28,-19,-32, 87, 20;
/M: SY='E';  M= -5,-21, 12, 26,-52,-60,-31,-23, 26,-17,-63, 16, -6, 26,  6, 13, -3,-17,-47,-49;
/M: SY='K';  M=-25,-30, 31, 24,-56,-43,-29,-40, 45,-35,-28, -7,-27, 18, 21,  5,-31,-63,-85,-71;
/M: SY='Q';  M=-32,-40,-36, -8,  0,-53, -1, -4, -7, 21,-10, -7,-27, 27, -8, -8,-16, -9,-51,-34;
/M: SY='Q';  M= -3,-40, 12, 27,-60,-11,-21,-51, 12,-53,-36,-23,-28, 30, -3,  3,-21,-38,-50,-60;
/I:         E1=0; IE=-380; DE=-380;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_06 which contains 572'619 sequence entries.

Total number of hits	16 in 16 different sequences
Number of true positive hits	16 in 16 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	AD
Version [info]	1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

16 sequences

GEMI6_BOVIN (Q2KHW8), GEMI6_HUMAN (Q8WXD5), GEMI6_MOUSE (Q9CX53),

HEZ_DROME   (Q9VT67), LS12A_DANRE (Q6PBA2), LS12B_DANRE (Q6NSN1), 
LSM12_BOVIN (Q0VCF9), LSM12_CHICK (Q5ZML5), LSM12_DROME (Q9VYR0), 
LSM12_HUMAN (Q3MHD2), LSM12_MOUSE (Q9D0R8), LSM12_PONAB (Q5RAT5), 
LSM12_TRYB2 (Q38E83), LSM12_XENLA (Q6GP89), LSM12_XENTR (Q6P833), 
LSM12_YEAST (P38828)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment