Entry: PS50050

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] TNFR_NGFR_2
Accession [info] PS50050
Entry type [info] MATRIX
Date [info] NOV-1997 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00561
Associated ProRule [info] PRU00206

Name and characterization of the entry

Description [info] TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=41;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=37;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-4.936; R2=.0214; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=529.20000; R2=11.60000; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=627; N_SCORE=8.5; H_SCORE=7269; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=534; N_SCORE=6.5; H_SCORE=6724; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=0; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MM=1; M0=-1;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='P'; M= -4, -2,-25, -1,  3,-23,-13,-11,-19, -2,-21,-15, -1, 13, -2, -4,  3,  4,-17,-30,-19, -1;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P'; M= -4, -7,-25, -5,  4,-24,-12, -3,-21,  1,-20,-11, -5,  5,  3,  0, -2, -7,-18,-24,-14,  2;
/M: SY='E'; M= -3,  0,-27,  4, 11,-23,-12, -7,-21, -2,-20,-15, -4, 11, -1, -9, -1, -6,-20,-27,-17,  4;
/M: SY='G'; M= -3,  3,-27,  1, -9,-28, 39,-11,-34, -9,-29,-19, 10,-17,-10,-10,  4,-12,-27,-26,-25, -9;
/I:         II=-7; MI=-8; IM=-8; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
/M: SY='Y'; M=-11, -7,-23, -9,  1,  0,-21,  2,-12, -8, -7, -3, -6,-16, -1, -6, -4,  1,-12,-14,  4,  0;
/M: SY='Y'; M=-19,-22,-25,-26,-22, 44,-29,  7, -2,-17,  2,  0,-18,-29,-20,-13,-18,-10, -7, 16, 52,-22;
/M: SY='C'; M= -6, -8,  5,-12, -8,-14,-19,-11,-13,-12,-10, -8, -4,-18, -5,-10,  1,  3, -9,-27,-11, -7;
/M: SY='D'; M= -5, 10,-21, 11,  3,-21,-12, -1,-21, -3,-18,-15,  7,-11, -1, -4,  3, -1,-17,-29,-11,  0;
/M: SY='S'; M= -4, -3,-23, -3,  1,-18, -8, -4,-17, -4,-14,-10, -2,-12,  0, -5,  2,  0,-13,-24, -9, -1;
/I:         MD=-22;
/M: SY='W'; M= -2, -5,-20, -6, -3,-13, -6, -8,-15, -2,-15,-11, -3,-10, -3, -5, -1, -3,-13,  1, -6, -3; D=-4;
/I:         MD=-22;
/M: SY='N'; M=  0,  6,-14,  2, -1,-15,  1,  3,-15, -4,-17,-11, 13, -8, -2, -4,  7,  0,-14,-23,-11, -2; D=-4;
/I:         MD=-22;
/M: SY='H'; M= -3, -4,-13, -5,  0, -5, -9,  6, -8, -3, -6, -2, -2, -7,  3, -1, -2, -3, -8, -7,  2,  1; D=-4;
/I:         II=-4; MI=0; IM=0; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
/M: SY='C'; M=  0,-10,  9,-12, -9, -4,-14, -9, -6,-12, -3, -4, -8,-15,-10,-10, -1,  1,  0,-19, -7, -9; D=-4;
/I:         DM=-22;
/M: SY='D'; M= -9,  5,-27,  7,  7,-23, -4, -5,-26,  2,-24,-16,  6, -5,  2,  2,  2, -5,-23,-27,-16,  3;
/M: SY='Q'; M= -5, -7,-24, -9,  1,-15,-19,  0,-10, -1,-10, -4, -4,-11,  2,  0, -3, -4,-10,-24, -7,  0;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/I:         MD=-15;
/M: SY='R'; M= -4, -7,-16, -8, -3, -8,-16, -2, -6, -1, -4, -2, -5,-14, -2,  3, -5, -2, -3,-17, -3, -4; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-20; MD=-20; IM=-20; DM=-20;
/M: SY='P'; M= -4, -6,-21, -4,  1,-17,-12, -7,-12, -3,-14, -9, -4, 14,  1, -1,  0, -3,-14,-21,-14, -1; D=-6;
/I:         DM=-15;
/M: SY='C'; M=-12,-19, 78,-26,-25,-17,-28,-14,-27,-25,-18,-16,-18,-36,-22,-24,-13,-13,-14,-28,-17,-24;
/M: SY='T'; M= -4, -4,-19, -7, -4,-15,-15, -9,-16,  2,-16, -9,  0,-13,  0,  8,  9, 14, -9,-26, -9, -3;
/I:         II=-6; MI=-8; IM=-8; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
/M: SY='R'; M= -8, -6,-25, -8, -3,-16,-18, -2,-11,  0,-12, -5, -2, -6,  0,  1, -4, -3,-11,-24, -8, -3;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='E'; M= -7,  3,-27,  5,  9,-24,-10, -6,-22,  0,-21,-15,  3,  5,  2, -4,  1, -3,-21,-29,-18,  4;
/I:         MD=-15;
/M: SY='P'; M= -6, -7,-28, -5, -1,-21,-11,-10,-16, -5,-17,-11, -5, 19, -6, -9, -4, -6,-17,-27,-18, -5; D=-4;
/I:         MD=-15;
/M: SY='G'; M= -3,  0,-26, -1, -7,-24, 31,-11,-29,-10,-24,-16,  5,-17,-10,-11,  1,-11,-23,-23,-21, -9; D=-4;
/I:         MD=-15;
/M: SY='Q'; M= -9, -5,-22, -6,  0, -7,-12,  0,-13, -8, -6, -2, -4,-16,  1, -7, -4, -2,-13,-20, -2,  0; D=-4;
/I:         II=-7; MI=0; IM=0; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
/M:         M= -6, -9,-20, -9, -3, -8, -7, -7,-10, -4,-10, -6, -7,-16, -6,  0, -4, -6, -5,-17, -4, -5; D=-4;
/I:         DM=-15;
/M: SY='V'; M= -4,-18,-11,-18, -8, -8,-23,-19,  5,-13,  3,  3,-18,-18,-14,-14, -9, -4, 11,-27,-11,-11;
/M: SY='V'; M= -2,-12,-20,-15, -8,-11,-21,-14,  0, -3, -2,  2,-10,-18, -5, -5, -5,  1,  4,-24, -8, -7;
/M: SY='Q'; M= -2, -4,-23, -7,  3,-20,-15, -5,-16,  7,-16, -6, -1,-13, 10,  7,  2, -3,-13,-24,-11,  6;
/M: SY='P'; M= -8, -2,-28,  1,  2,-20,-14, -9,-16, -5,-16,-12, -3, 12, -5, -9, -4, -6,-17,-28,-16, -3;
/M: SY='C'; M= -4,-16, 73,-23,-23,-22,-10,-22,-29,-24,-21,-18,-14,-32,-24,-24, -6,-11,-13,-41,-27,-24;
/M: SY='T'; M= -1,  0,-17, -4, -5,-17,-12,-15,-14, -7,-15,-12,  2, -6, -6, -9, 12, 23, -8,-30,-14, -6;
/M: SY='R'; M=  1, -3,-24, -3,  2,-22, -7, -9,-20,  1,-18,-12, -2, -6,  0,  3,  2, -3,-15,-24,-16,  0;
/I:         MD=-20;
/M: SY='T'; M= -5,  4,-19,  1,  1,-17,-14, -8,-15, -1,-17,-11,  6, -9,  0, -4,  7, 12,-12,-26,-11,  1; D=-6;
/I:         II=-7; MI=-8; IM=-8; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
/M: SY='S'; M= -2,  0,-21, -2,  1,-23, -4, -5,-22,  1,-21,-12,  4,-13,  7,  5,  9,  5,-17,-28,-14,  3;
/M: SY='D'; M=-12, 34,-26, 37, 11,-30, -8,  3,-29,  1,-28,-23, 26, -8,  1, -5,  4, -5,-27,-37,-19,  6;
/M: SY='T'; M=  7, -7,-13,-14,-11,-12,-17,-19, -7, -8, -9, -8, -5,-11,-11, -7, 11, 25,  4,-28,-13,-12;
/M: SY='V'; M= -6,-16,-20,-16,-10,-11,-27,-15, 10, -9,  1,  3,-16,-18,-10,-11, -9, -3, 16,-27, -9,-11;
/M: SY='C'; M= -9,-19,115,-29,-29,-20,-29,-29,-29,-29,-20,-20,-18,-39,-29,-29, -9,-10,-10,-49,-30,-29;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_09 which contains 546'439 sequence entries.


Total number of hits 157 in 77 different sequences
Number of true positive hits 156 in 76 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits 1
Number of false negative sequences 19
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 99.36 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 89.14 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 4
Feature key [info] REPEAT
Feature description [info] TNFR-Cys
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
76 sequences

A53R_VACCW  (P24756), A53_VACCC   (P21071), ACCR1_ARATH (Q9S7D9), 
ACR4_ARATH  (Q9LX29), CD27_HUMAN  (P26842), CD27_MOUSE  (P41272), 
CRI4_MAIZE  (O24585), CRMB_CAMPM  (P68636), CRMB_CAMPS  (P68637), 
CRMB_CWPXG  (O73559), CRMB_VAR67  (P34015), TNF6B_HUMAN (O95407), 
TNR11_HUMAN (Q9Y6Q6), TNR11_MOUSE (O35305), TNR14_HUMAN (Q92956), 
TNR16_CHICK (P18519), TNR16_HUMAN (P08138), TNR16_MOUSE (Q9Z0W1), 
TNR16_RAT   (P07174), TNR19_HUMAN (Q9NS68), TNR19_MOUSE (Q9JLL3), 
TNR1A_BOVIN (O19131), TNR1A_HUMAN (P19438), TNR1A_MOUSE (P25118), 
TNR1A_PIG   (P50555), TNR1A_RAT   (P22934), TNR1B_HUMAN (P20333), 
TNR1B_MOUSE (P25119), TNR1B_RAT   (Q80WY6), TNR21_HUMAN (O75509), 
TNR21_MOUSE (Q9EPU5), TNR21_RAT   (D3ZF92), TNR22_MOUSE (Q9ER62), 
TNR23_MOUSE (Q9ER63), TNR25_HUMAN (Q93038), TNR26_MOUSE (P83626), 
TNR27_HUMAN (Q9HAV5), TNR27_MOUSE (Q8BX35), TNR3_HUMAN  (P36941), 
TNR3_MOUSE  (P50284), TNR4_HUMAN  (P43489), TNR4_MOUSE  (P47741), 
TNR4_RAT    (P15725), TNR5_BOVIN  (Q28203), TNR5_CALJA  (Q3LRP1), 
TNR5_CANFA  (Q7YRL5), TNR5_HORSE  (Q3ZTK5), TNR5_HUMAN  (P25942), 
TNR5_MOUSE  (P27512), TNR5_PIG    (Q8SQ34), TNR6_BOVIN  (P51867), 
TNR6_CERAT  (Q9BDN4), TNR6_HUMAN  (P25445), TNR6_MACFA  (Q9TSN4), 
TNR6_MACMU  (Q9BDP2), TNR6_MACNE  (Q9BDN0), TNR6_MOUSE  (P25446), 
TNR6_PIG    (O77736), TNR6_RAT    (Q63199), TNR8_HUMAN  (P28908), 
TNR8_MOUSE  (Q60846), TNR8_RAT    (P97525), TNR9_HUMAN  (Q07011), 
TR10A_HUMAN (O00220), TR10B_HUMAN (O14763), TR10B_MOUSE (Q9QZM4), 
TR10C_HUMAN (O14798), TR10D_HUMAN (Q9UBN6), TR11B_BOVIN (A5D7R1), 
TR11B_HUMAN (O00300), TR11B_MOUSE (O08712), TR11B_RAT   (O08727), 
UL144_HCMVM (F5HAM0), UL144_HCMVO (Q68396), VT2_MYXVL   (P29825), 
VT2_RFVKA   (P25943)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
19 sequences

ACCR2_ARATH (O80963), C22L_VACCC  (P21106), EDAR_HUMAN  (Q9UNE0), 
EDAR_MOUSE  (Q9R187), EDAR_ORYLA  (Q90VY2), TNR12_HUMAN (Q9NP84), 
TNR12_MOUSE (Q9CR75), TNR17_HUMAN (Q02223), TNR17_MOUSE (O88472), 
TNR18_HUMAN (Q9Y5U5), TNR18_MOUSE (O35714), TNR9_MOUSE  (P20334), 
TR13B_HUMAN (O14836), TR13B_MOUSE (Q9ET35), TR13C_HUMAN (Q96RJ3), 
TR13C_MOUSE (Q9D8D0), TR19L_HUMAN (Q969Z4), TR19L_MACFA (Q9N092), 
TR19L_MOUSE (Q8BX43)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences
1 sequence

LAMA5_HUMAN (O15230)

		
PDB
[Detailed view]
43 PDB

1D0G; 1D4V; 1DU3; 1EXT; 1FT4; 1JMA; 1NCF; 1SG1; 1TNR; 1ZA3; 2AW2; 2H9G; 2HEV; 2HEY; 3ALQ; 3BUK; 3IJ2; 3K51; 3ME2; 3ME4; 3MHD; 3MI8; 3QBQ; 3QD6; 3QO4; 3THM; 3TJE; 3U3P; 3U3Q; 3U3S; 3U3T; 3U3V; 3URF; 4E4D; 4FHQ; 4GIQ; 4I9X; 4J6G; 4KGG; 4KGQ; 4MSV; 4MXW; 4OD2
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission