PROSITE entry PS50145
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | ZF_TRAF |
| Accession [info] | PS50145 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-JAN-2002 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50145 |
| Associated ProRule [info] | PRU00207 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Zinc finger TRAF-type profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=58; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=53; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.2380000; R2=0.0103698; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4021.1279297; R2=4.4351535; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=797; H_SCORE=7556; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=604; H_SCORE=6700; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=0; E1=0; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='S'; M= 6, -9,-15,-11,-11,-17, -2,-18,-10, -6,-16,-10, -5,-16,-11,-10, 12, 8, 2,-29,-17,-11; /M: SY='H'; M=-20, 0,-30, 0, 0,-20,-20,100,-30,-10,-20, 0, 10,-20, 10, 0,-10,-20,-30,-30, 20, 0; /M: SY='Y'; M=-13,-10,-27, -7, 10, -7,-25, 9, -8, -7, 4, 0,-12,-18, 8, -6,-13,-11,-15,-13, 11, 7; /M: SY='K'; M=-11, 9,-29, 10, 10,-21, -4, -1,-27, 11,-24,-16, 8,-14, 2, 2, -4,-10,-24,-19, -4, 5; /I: I=-8; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15; /M: SY='T'; M= -7, 1,-19, 3, 0,-19,-21,-11, -6, -6, -9, -3, -5,-15, 0, -9, 1, 8, 1,-30,-12, 0; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='P'; M= -8,-14,-35, -7, 1,-29,-17, -8,-21, -9,-29,-17,-12, 61, -2,-15, -3, -7,-27,-31,-24, -4; /M: SY='R'; M=-14,-15, -8,-20,-10, 6,-24,-10,-14, 2, -9, 1,-10,-22, -3, 7,-13,-10,-11,-15, 0, -6; /M: SY='F'; M= -9, -9,-21,-10, 2, 4,-23,-13, -1,-12, 2, -3, -7,-20,-12,-11, -9, -6, 1,-23, -6, -4; /M: SY='P'; M= -4,-15,-26, -9, 1,-21,-20,-18, -9,-10,-18,-12,-15, 31, -9,-16, -1, -3, -6,-31,-22, -6; /M: SY='V'; M= -5,-30,-17,-32,-27, 3,-32,-27, 31,-25, 25, 15,-28,-28,-25,-22,-18, -5, 33,-25, -5,-27; /M: SY='P'; M= -4, -6,-25, -3, -4,-13,-16,-13,-17,-10,-20,-16, -7, 22,-10,-15, 3, 5,-16,-24,-10, -9; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='P'; M= -9, -2,-29, 7, 9,-25,-17,-13,-19, -7,-20,-17, -8, 29, -5,-14, -2, -6,-19,-32,-22, 0; /I: I=-6; MI=-29; MD=-20; IM=-29; /M: SY='N'; M=-11, 16,-20, 7, 2,-19, -8, 18,-19, 4,-21,-10, 27,-15, 10, 11, 2, -5,-23,-26, -9, 5; D=-6; /I: I=-8; MI=0; IM=0; DM=-20; /M: SY='K'; M=-10, 3,-30, 6, 3,-32, 8, -7,-33, 13,-27,-14, 3,-14, 7, 12, -4,-13,-26,-23,-17, 4; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='G'; M= 0, -7,-26, -6, -8,-28, 28,-16,-31, -6,-30,-19, 0, -1, -9,-10, 7, -7,-24,-26,-25, -9; /M: SY='V'; M= 7,-14,-17,-15, -5,-14,-20,-18, 1, 0, -5, 1,-15,-17, -9, -7, -5, -4, 12,-25,-13, -7; /I: I=-8; MI=-5; MD=-15; IM=-5; DM=-15; /M: SY='K'; M= -9, -1,-25, -4, 3,-23,-20,-11,-25, 31,-23,-10, 0,-11, 5, 25, -2, 6,-15,-23,-10, 3; /M: SY='I'; M= -7,-29,-20,-33,-26, 3,-31,-23, 32,-24, 25, 23,-26,-26,-20,-21,-20, -7, 28,-23, -3,-24; /M: SY='M'; M= 2,-15,-22,-15, -3,-12,-17,-13, -3,-13, 3, 4,-15, 2, -6,-15, -6, -4, -6,-26,-13, -5; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='E'; M= -9, 0,-28, 4, 21,-27,-11, -5,-30, 20,-25,-15, 1,-10, 10, 20, 0, -7,-23,-26,-16, 14; /M: SY='D'; M=-11, 18,-24, 27, 13,-25,-15, -7,-24, -1,-15,-17, 5,-12, 0, -7, 1, -1,-18,-33,-15, 6; /M: SY='L'; M=-12,-30,-21,-33,-23, 21,-31,-21, 20,-30, 39, 16,-27,-29,-24,-21,-27,-10, 11,-15, 5,-23; /M: SY='P'; M= 0,-12,-27,-12, -2,-24,-17,-12,-12, -3,-18, -9, -8, 16, 5, -1, 0, -5,-14,-25,-17, -1; /M: SY='D'; M= 2, 19,-23, 24, 7,-32, -3, -7,-27, -3,-22,-18, 6,-11, 4,-10, 4, -4,-20,-30,-19, 6; /M: SY='H'; M=-20, 0,-30, 0, 0,-20,-20,100,-30,-10,-20, 0, 10,-20, 10, 0,-10,-20,-30,-30, 20, 0; /M: SY='L'; M= 2,-27,-16,-30,-23, 1,-27,-24, 22,-24, 24, 12,-26,-26,-22,-21,-16, -5, 24,-23, -6,-23; /M: SY='E'; M= -7, 2,-25, 3, 20,-26,-18, -5,-24, 16,-22,-13, 1, -8, 15, 12, 5, 3,-20,-27,-14, 17; /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32; /M: SY='D'; M= -7, 12,-17, 13, 4,-18, -7, 12,-20, 4,-20,-11, 13,-10, 3, 1, 4, -3,-16,-24, -7, 3; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='D'; M= 5, 13,-21, 18, 18,-27,-10, -8,-25, -2,-21,-19, 4, -7, 2,-10, 10, 2,-17,-32,-19, 10; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='P'; M= -7,-10,-10,-10, -8,-23,-11,-16,-19, -2,-23,-14, -6, 10,-10, -5, -3, -6,-14,-31,-22,-10; /M: SY='K'; M=-10, 7,-25, 0, 0,-16,-17, -2,-20, 20,-23,-11, 12,-15, 2, 11, -2, 1,-18,-19, 1, 0; /M: SY='R'; M= 3,-11, 5,-16, -9,-19,-16,-13,-22, 4,-16,-12, -6,-20, -5, 18, -1, 0,-10,-27,-16, -9; /M: SY='R'; M=-12, -9,-27, -8, 6,-14,-21, -7,-19, 5,-12, -8, -6, -2, 6, 16, -5, -1,-17,-22,-10, 4; /M: SY='V'; M= 4,-19,-17,-22,-15,-10,-22,-19, 12,-15, 4, 4,-16,-20, -7,-15, -3, -2, 16,-26,-10,-12; /M: SY='P'; M= -7,-14,-26,-13, -6,-15,-22,-19, -9, -7, -6, -7,-14, 21,-10,-11, -7, 6,-11,-26,-15,-10; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='S'; M= -1, -4,-23, -3, 8,-23,-13,-10,-23, 7,-24,-16, -1, 4, 3, 8, 9, 3,-17,-29,-18, 4; /M: SY='F'; M=-20,-23,-24,-29,-23, 52,-29, 8, -4,-22, 3, 0,-16,-29,-25,-14,-19,-11, -7, 10, 42,-23; /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; /M: SY='H'; M= -9, -4,-16, -5, -1, -2,-13, 13,-14, 8,-11, -3, -1,-10, 0, 6, -7, -7,-11,-10, 4, -1; D=-5; /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25; /M: SY='E'; M= -1, 4,-14, 5, 11,-14, -9, -4,-14, 4,-10, -9, 1, -5, 3, 5, 1, 0,-11,-16, -9, 7; D=-5; /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25; /M: SY='Y'; M= -3, -8,-12, -9, -5, -4,-12, -3, 2, -6, -4, 0, -5,-11, 2, -6, 1, 0, 1, -9, 5, -3; D=-5; /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25; /M: SY='G'; M= 0, -6,-17, -6,-11,-17, 40,-11,-23,-11,-17,-11, 0,-11,-11,-11, 0,-11,-17,-11,-17,-11; D=-5; /I: I=-5; MI=-25; IM=-25; DM=-25; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='K'; M= -4, -8,-22, -9, -6,-19, -8,-16,-16, 10,-15, -7, -6,-16, -6, 3, -2, 1, -6,-24,-13, -6; /M: SY='H'; M= -9, -8, -3, -9, 1, -9,-21, 2,-18, -4,-16, -9, -6,-19, -6, -6, -2, -6,-10,-28, -7, -3; /M: SY='E'; M=-12, 6,-27, 10, 22,-28,-19, 1,-22, 8,-17, -7, 1,-10, 22, 10, -1, -5,-22,-26,-13, 21; /M: SY='F'; M= -8,-25, 3,-30,-28, 16,-16,-22, 3,-23, 2, 5,-21,-29,-28,-20,-13, -8, 12,-19, -3,-26; /M: SY='P'; M= -5, -9,-25, -5, 6,-22,-19,-15,-14, -1,-20,-13, -9, 18, -4, -8, 2, 3,-10,-30,-19, 0; /M: SY='R'; M=-10, -5,-25,-11,-11, -9, 1, -7,-18, 1,-15, -2, 2,-19, -6, 4, -6, -6,-15,-17, -5, -9; /M: SY='E'; M= -9, 2,-26, 6, 17,-21,-21, -7,-10, -6, -6, -7, -3,-11, 8, -9, -3, -6,-13,-29,-13, 12; /M: SY='A'; M= 13, 1,-19, -4, 6,-24,-11,-10,-18, 6,-18,-11, 2,-10, 6, -2, 6, 3,-13,-24,-16, 6; /M: SY='L'; M=-11,-24,-25,-29,-19, 4,-30,-12, 22,-21, 24, 21,-22,-24, -8,-17,-22,-10, 9,-13, 10,-16; /M: SY='Q'; M= -5, 0,-28, 0, 19,-35,-12, 2,-23, 11,-21, -6, -1, -9, 37, 7, 0,-10,-26,-21,-14, 28; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 86 in 59 different sequences |
| Number of true positive hits | 86 in 59 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 9 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 90.53 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 3 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | K_Hofmann |
| Feature key [info] | ZN_FING |
| Feature description [info] | TRAF-type |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
59 sequences
CYHR1_DROME (Q9VZV5), DG17_DICDI (P11467), FBX30_HUMAN (Q8TB52), FBX30_MOUSE (Q8BJL1), FBX30_RAT (Q5XI67), FBX40_HUMAN (Q9UH90), FBX40_MOUSE (P62932), PZRN3_HUMAN (Q9UPQ7), PZRN3_MOUSE (Q69ZS0), PZRN3_RAT (P68907), RN151_BOVIN (Q2TBT8), RN151_HUMAN (Q2KHN1), RN151_MOUSE (Q9CQ29), TRAD1_MOUSE (Q3UDK1), TRAD1_RAT (Q99MM4), TRAF2_HUMAN (Q12933), TRAF2_MOUSE (P39429), TRAF3_HUMAN (Q13114), TRAF3_MOUSE (Q60803), TRAF4_HUMAN (Q9BUZ4), TRAF4_MOUSE (Q61382), TRAF5_HUMAN (O00463), TRAF5_MOUSE (P70191), TRAF6_BOVIN (Q3ZCC3), TRAF6_CERAT (B6CJY4), TRAF6_DANRE (Q6IWL4), TRAF6_HUMAN (Q9Y4K3), TRAF6_MACMU (B6CJY5), TRAF6_MOUSE (P70196), TRAF6_PIG (A7XUJ6), TRAF6_RAT (B5DF45), TRAF6_XENTR (Q28DL4), TRAF7_HUMAN (Q6Q0C0), TRAF7_MOUSE (Q922B6), TRF6A_XENLA (Q3MV19), TRF6B_XENLA (Q6DJN2), XAF1_HUMAN (Q6GPH4), Y0883_DICDI (Q54FG0), Y0931_DICDI (Q54FD5), Y0965_DICDI (Q54FC5), Y0971_DICDI (Q54FB9), Y2098_DICDI (Q55A66), Y2340_DICDI (Q86AY4), Y2348_DICDI (Q86KX6), Y2829_DICDI (Q86L54), Y3202_DICDI (Q54C11), Y3435_DICDI (Q557K2), Y3509_DICDI (Q557K0), Y7243_DICDI (Q86K46), Y7744_DICDI (Q55GA8), Y7754_DICDI (Q55GA0), Y7813_DICDI (Q54YP8), Y8444_DICDI (Q1ZXR0), Y8514_DICDI (Q54NN4), ZFT1A_XENLA (Q6GNX1), ZFT1B_XENLA (Q2TAD9), ZTRF1_HUMAN (P0DTL6), ZTRF1_MOUSE (P0DW87), ZTRF1_RAT (P0DW89)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
9 sequences
PZR3B_DANRE (E7FDW2), TRAD1_BOVIN (Q58D05), TRAD1_HUMAN (O14545), TRAD1_MACFA (Q4R970), XAF1_BOVIN (Q58DH1), XAF1_MOUSE (Q5NBU8), Y9745_DICDI (Q54WD3), ZTRF1_BOVIN (P0DW91), ZTRF1_DANRE (Q08CH8)» more |
| PDB [Detailed view] |
8 PDB
2D9K; 2EOD; 2YRE; 2YUC; 3HCS; 5VO0; 7L3L; 8HZ2 |