Entry: PS50145

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] ZF_TRAF
Accession [info] PS50145
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JAN-2002 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); OCT-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50145
Associated ProRule [info] PRU00207

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc finger TRAF-type profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=58;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=53;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=.2380; R2=.01036984; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2718.75835; R2=13.65815; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=796; N_SCORE=8.5; H_SCORE=12279; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=603; N_SCORE=6.5; H_SCORE=10968; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=0; E1=0; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S'; M=  6, -9,-15,-11,-11,-17, -2,-18,-10, -6,-16,-10, -5,-16,-11,-10, 12,  8,  2,-29,-17,-11;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='Y'; M=-13,-10,-27, -7, 10, -7,-25,  9, -8, -7,  4,  0,-12,-18,  8, -6,-13,-11,-15,-13, 11,  7;
/M: SY='K'; M=-11,  9,-29, 10, 10,-21, -4, -1,-27, 11,-24,-16,  8,-14,  2,  2, -4,-10,-24,-19, -4,  5;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='T'; M= -7,  1,-19,  3,  0,-19,-21,-11, -6, -6, -9, -3, -5,-15,  0, -9,  1,  8,  1,-30,-12,  0;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P'; M= -8,-14,-35, -7,  1,-29,-17, -8,-21, -9,-29,-17,-12, 61, -2,-15, -3, -7,-27,-31,-24, -4;
/M: SY='R'; M=-14,-15, -8,-20,-10,  6,-24,-10,-14,  2, -9,  1,-10,-22, -3,  7,-13,-10,-11,-15,  0, -6;
/M: SY='F'; M= -9, -9,-21,-10,  2,  4,-23,-13, -1,-12,  2, -3, -7,-20,-12,-11, -9, -6,  1,-23, -6, -4;
/M: SY='P'; M= -4,-15,-26, -9,  1,-21,-20,-18, -9,-10,-18,-12,-15, 31, -9,-16, -1, -3, -6,-31,-22, -6;
/M: SY='V'; M= -5,-30,-17,-32,-27,  3,-32,-27, 31,-25, 25, 15,-28,-28,-25,-22,-18, -5, 33,-25, -5,-27;
/M: SY='P'; M= -4, -6,-25, -3, -4,-13,-16,-13,-17,-10,-20,-16, -7, 22,-10,-15,  3,  5,-16,-24,-10, -9;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P'; M= -9, -2,-29,  7,  9,-25,-17,-13,-19, -7,-20,-17, -8, 29, -5,-14, -2, -6,-19,-32,-22,  0;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-20; IM=-29;
/M: SY='N'; M=-11, 16,-20,  7,  2,-19, -8, 18,-19,  4,-21,-10, 27,-15, 10, 11,  2, -5,-23,-26, -9,  5; D=-6;
/I:         I=-8; MI=0; IM=0; DM=-20;
/M: SY='K'; M=-10,  3,-30,  6,  3,-32,  8, -7,-33, 13,-27,-14,  3,-14,  7, 12, -4,-13,-26,-23,-17,  4;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G'; M=  0, -7,-26, -6, -8,-28, 28,-16,-31, -6,-30,-19,  0, -1, -9,-10,  7, -7,-24,-26,-25, -9;
/M: SY='V'; M=  7,-14,-17,-15, -5,-14,-20,-18,  1,  0, -5,  1,-15,-17, -9, -7, -5, -4, 12,-25,-13, -7;
/I:         I=-8; MI=-5; MD=-15; IM=-5; DM=-15;
/M: SY='K'; M= -9, -1,-25, -4,  3,-23,-20,-11,-25, 31,-23,-10,  0,-11,  5, 25, -2,  6,-15,-23,-10,  3;
/M: SY='I'; M= -7,-29,-20,-33,-26,  3,-31,-23, 32,-24, 25, 23,-26,-26,-20,-21,-20, -7, 28,-23, -3,-24;
/M: SY='M'; M=  2,-15,-22,-15, -3,-12,-17,-13, -3,-13,  3,  4,-15,  2, -6,-15, -6, -4, -6,-26,-13, -5;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='E'; M= -9,  0,-28,  4, 21,-27,-11, -5,-30, 20,-25,-15,  1,-10, 10, 20,  0, -7,-23,-26,-16, 14;
/M: SY='D'; M=-11, 18,-24, 27, 13,-25,-15, -7,-24, -1,-15,-17,  5,-12,  0, -7,  1, -1,-18,-33,-15,  6;
/M: SY='L'; M=-12,-30,-21,-33,-23, 21,-31,-21, 20,-30, 39, 16,-27,-29,-24,-21,-27,-10, 11,-15,  5,-23;
/M: SY='P'; M=  0,-12,-27,-12, -2,-24,-17,-12,-12, -3,-18, -9, -8, 16,  5, -1,  0, -5,-14,-25,-17, -1;
/M: SY='D'; M=  2, 19,-23, 24,  7,-32, -3, -7,-27, -3,-22,-18,  6,-11,  4,-10,  4, -4,-20,-30,-19,  6;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='L'; M=  2,-27,-16,-30,-23,  1,-27,-24, 22,-24, 24, 12,-26,-26,-22,-21,-16, -5, 24,-23, -6,-23;
/M: SY='E'; M= -7,  2,-25,  3, 20,-26,-18, -5,-24, 16,-22,-13,  1, -8, 15, 12,  5,  3,-20,-27,-14, 17;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='D'; M= -7, 12,-17, 13,  4,-18, -7, 12,-20,  4,-20,-11, 13,-10,  3,  1,  4, -3,-16,-24, -7,  3; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='D'; M=  5, 13,-21, 18, 18,-27,-10, -8,-25, -2,-21,-19,  4, -7,  2,-10, 10,  2,-17,-32,-19, 10;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P'; M= -7,-10,-10,-10, -8,-23,-11,-16,-19, -2,-23,-14, -6, 10,-10, -5, -3, -6,-14,-31,-22,-10;
/M: SY='K'; M=-10,  7,-25,  0,  0,-16,-17, -2,-20, 20,-23,-11, 12,-15,  2, 11, -2,  1,-18,-19,  1,  0;
/M: SY='R'; M=  3,-11,  5,-16, -9,-19,-16,-13,-22,  4,-16,-12, -6,-20, -5, 18, -1,  0,-10,-27,-16, -9;
/M: SY='R'; M=-12, -9,-27, -8,  6,-14,-21, -7,-19,  5,-12, -8, -6, -2,  6, 16, -5, -1,-17,-22,-10,  4;
/M: SY='V'; M=  4,-19,-17,-22,-15,-10,-22,-19, 12,-15,  4,  4,-16,-20, -7,-15, -3, -2, 16,-26,-10,-12;
/M: SY='P'; M= -7,-14,-26,-13, -6,-15,-22,-19, -9, -7, -6, -7,-14, 21,-10,-11, -7,  6,-11,-26,-15,-10;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='S'; M= -1, -4,-23, -3,  8,-23,-13,-10,-23,  7,-24,-16, -1,  4,  3,  8,  9,  3,-17,-29,-18,  4;
/M: SY='F'; M=-20,-23,-24,-29,-23, 52,-29,  8, -4,-22,  3,  0,-16,-29,-25,-14,-19,-11, -7, 10, 42,-23;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25;
/M: SY='H'; M= -9, -4,-16, -5, -1, -2,-13, 13,-14,  8,-11, -3, -1,-10,  0,  6, -7, -7,-11,-10,  4, -1; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='E'; M= -1,  4,-14,  5, 11,-14, -9, -4,-14,  4,-10, -9,  1, -5,  3,  5,  1,  0,-11,-16, -9,  7; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='Y'; M= -3, -8,-12, -9, -5, -4,-12, -3,  2, -6, -4,  0, -5,-11,  2, -6,  1,  0,  1, -9,  5, -3; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='G'; M=  0, -6,-17, -6,-11,-17, 40,-11,-23,-11,-17,-11,  0,-11,-11,-11,  0,-11,-17,-11,-17,-11; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K'; M= -4, -8,-22, -9, -6,-19, -8,-16,-16, 10,-15, -7, -6,-16, -6,  3, -2,  1, -6,-24,-13, -6;
/M: SY='H'; M= -9, -8, -3, -9,  1, -9,-21,  2,-18, -4,-16, -9, -6,-19, -6, -6, -2, -6,-10,-28, -7, -3;
/M: SY='E'; M=-12,  6,-27, 10, 22,-28,-19,  1,-22,  8,-17, -7,  1,-10, 22, 10, -1, -5,-22,-26,-13, 21;
/M: SY='F'; M= -8,-25,  3,-30,-28, 16,-16,-22,  3,-23,  2,  5,-21,-29,-28,-20,-13, -8, 12,-19, -3,-26;
/M: SY='P'; M= -5, -9,-25, -5,  6,-22,-19,-15,-14, -1,-20,-13, -9, 18, -4, -8,  2,  3,-10,-30,-19,  0;
/M: SY='R'; M=-10, -5,-25,-11,-11, -9,  1, -7,-18,  1,-15, -2,  2,-19, -6,  4, -6, -6,-15,-17, -5, -9;
/M: SY='E'; M= -9,  2,-26,  6, 17,-21,-21, -7,-10, -6, -6, -7, -3,-11,  8, -9, -3, -6,-13,-29,-13, 12;
/M: SY='A'; M= 13,  1,-19, -4,  6,-24,-11,-10,-18,  6,-18,-11,  2,-10,  6, -2,  6,  3,-13,-24,-16,  6;
/M: SY='L'; M=-11,-24,-25,-29,-19,  4,-30,-12, 22,-21, 24, 21,-22,-24, -8,-17,-22,-10,  9,-13, 10,-16;
/M: SY='Q'; M= -5,  0,-28,  0, 19,-35,-12,  2,-23, 11,-21, -6, -1, -9, 37,  7,  0,-10,-26,-21,-14, 28;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_11 which contains 547'085 sequence entries.


Total number of hits 86 in 59 different sequences
Number of true positive hits 86 in 59 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 8
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 91.49 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 3
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] TRAF-type
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
59 sequences

CYHR1_DROME (Q9VZV5), CYHR1_HUMAN (Q6ZMK1), CYHR1_MOUSE (Q9QXA1), 
CYHR1_RAT   (Q5BK76), CYR1A_XENLA (Q6GNX1), CYR1B_XENLA (Q2TAD9), 
DG17_DICDI  (P11467), FBX30_HUMAN (Q8TB52), FBX30_MOUSE (Q8BJL1), 
FBX30_RAT   (Q5XI67), FBX40_HUMAN (Q9UH90), FBX40_MOUSE (P62932), 
PZRN3_HUMAN (Q9UPQ7), PZRN3_MOUSE (Q69ZS0), PZRN3_RAT   (P68907), 
RN151_BOVIN (Q2TBT8), RN151_HUMAN (Q2KHN1), RN151_MOUSE (Q9CQ29), 
TRAD1_MOUSE (Q3UDK1), TRAD1_RAT   (Q99MM4), TRAF2_HUMAN (Q12933), 
TRAF2_MOUSE (P39429), TRAF3_HUMAN (Q13114), TRAF3_MOUSE (Q60803), 
TRAF4_HUMAN (Q9BUZ4), TRAF4_MOUSE (Q61382), TRAF5_HUMAN (O00463), 
TRAF5_MOUSE (P70191), TRAF6_BOVIN (Q3ZCC3), TRAF6_CERAT (B6CJY4), 
TRAF6_DANRE (Q6IWL4), TRAF6_HUMAN (Q9Y4K3), TRAF6_MACMU (B6CJY5), 
TRAF6_MOUSE (P70196), TRAF6_PIG   (A7XUJ6), TRAF6_RAT   (B5DF45), 
TRAF6_XENTR (Q28DL4), TRAF7_HUMAN (Q6Q0C0), TRAF7_MOUSE (Q922B6), 
TRF6A_XENLA (Q3MV19), TRF6B_XENLA (Q6DJN2), XAF1_HUMAN  (Q6GPH4), 
Y0883_DICDI (Q54FG0), Y0931_DICDI (Q54FD5), Y0965_DICDI (Q54FC5), 
Y0971_DICDI (Q54FB9), Y2098_DICDI (Q55A66), Y2340_DICDI (Q86AY4), 
Y2348_DICDI (Q86KX6), Y2829_DICDI (Q86L54), Y3202_DICDI (Q54C11), 
Y3435_DICDI (Q557K2), Y3509_DICDI (Q557K0), Y7243_DICDI (Q86K46), 
Y7744_DICDI (Q55GA8), Y7754_DICDI (Q55GA0), Y7813_DICDI (Q54YP8), 
Y8444_DICDI (Q1ZXR0), Y8514_DICDI (Q54NN4)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
8 sequences

CYHR1_BOVIN (Q7YR89), CYHR1_DANRE (Q08CH8), TRAD1_BOVIN (Q58D05), 
TRAD1_HUMAN (O14545), TRAD1_MACFA (Q4R970), XAF1_BOVIN  (Q58DH1), 
XAF1_MOUSE  (Q5NBU8), Y9745_DICDI (Q54WD3)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission