Entry: PS50145

General information about the entry

Entry name [info] ZF_TRAF
Accession [info] PS50145
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JAN-2002 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2015 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50145
Associated ProRule [info] PRU00207

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc finger TRAF-type profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=58;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=53;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=.2380; R2=.01036984; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2718.75835; R2=13.65815; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=796; N_SCORE=8.5; H_SCORE=12279; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=603; N_SCORE=6.5; H_SCORE=10968; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=0; E1=0; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S'; M=  6, -9,-15,-11,-11,-17, -2,-18,-10, -6,-16,-10, -5,-16,-11,-10, 12,  8,  2,-29,-17,-11;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='Y'; M=-13,-10,-27, -7, 10, -7,-25,  9, -8, -7,  4,  0,-12,-18,  8, -6,-13,-11,-15,-13, 11,  7;
/M: SY='K'; M=-11,  9,-29, 10, 10,-21, -4, -1,-27, 11,-24,-16,  8,-14,  2,  2, -4,-10,-24,-19, -4,  5;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='T'; M= -7,  1,-19,  3,  0,-19,-21,-11, -6, -6, -9, -3, -5,-15,  0, -9,  1,  8,  1,-30,-12,  0;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P'; M= -8,-14,-35, -7,  1,-29,-17, -8,-21, -9,-29,-17,-12, 61, -2,-15, -3, -7,-27,-31,-24, -4;
/M: SY='R'; M=-14,-15, -8,-20,-10,  6,-24,-10,-14,  2, -9,  1,-10,-22, -3,  7,-13,-10,-11,-15,  0, -6;
/M: SY='F'; M= -9, -9,-21,-10,  2,  4,-23,-13, -1,-12,  2, -3, -7,-20,-12,-11, -9, -6,  1,-23, -6, -4;
/M: SY='P'; M= -4,-15,-26, -9,  1,-21,-20,-18, -9,-10,-18,-12,-15, 31, -9,-16, -1, -3, -6,-31,-22, -6;
/M: SY='V'; M= -5,-30,-17,-32,-27,  3,-32,-27, 31,-25, 25, 15,-28,-28,-25,-22,-18, -5, 33,-25, -5,-27;
/M: SY='P'; M= -4, -6,-25, -3, -4,-13,-16,-13,-17,-10,-20,-16, -7, 22,-10,-15,  3,  5,-16,-24,-10, -9;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P'; M= -9, -2,-29,  7,  9,-25,-17,-13,-19, -7,-20,-17, -8, 29, -5,-14, -2, -6,-19,-32,-22,  0;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-20; IM=-29;
/M: SY='N'; M=-11, 16,-20,  7,  2,-19, -8, 18,-19,  4,-21,-10, 27,-15, 10, 11,  2, -5,-23,-26, -9,  5; D=-6;
/I:         I=-8; MI=0; IM=0; DM=-20;
/M: SY='K'; M=-10,  3,-30,  6,  3,-32,  8, -7,-33, 13,-27,-14,  3,-14,  7, 12, -4,-13,-26,-23,-17,  4;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G'; M=  0, -7,-26, -6, -8,-28, 28,-16,-31, -6,-30,-19,  0, -1, -9,-10,  7, -7,-24,-26,-25, -9;
/M: SY='V'; M=  7,-14,-17,-15, -5,-14,-20,-18,  1,  0, -5,  1,-15,-17, -9, -7, -5, -4, 12,-25,-13, -7;
/I:         I=-8; MI=-5; MD=-15; IM=-5; DM=-15;
/M: SY='K'; M= -9, -1,-25, -4,  3,-23,-20,-11,-25, 31,-23,-10,  0,-11,  5, 25, -2,  6,-15,-23,-10,  3;
/M: SY='I'; M= -7,-29,-20,-33,-26,  3,-31,-23, 32,-24, 25, 23,-26,-26,-20,-21,-20, -7, 28,-23, -3,-24;
/M: SY='M'; M=  2,-15,-22,-15, -3,-12,-17,-13, -3,-13,  3,  4,-15,  2, -6,-15, -6, -4, -6,-26,-13, -5;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='E'; M= -9,  0,-28,  4, 21,-27,-11, -5,-30, 20,-25,-15,  1,-10, 10, 20,  0, -7,-23,-26,-16, 14;
/M: SY='D'; M=-11, 18,-24, 27, 13,-25,-15, -7,-24, -1,-15,-17,  5,-12,  0, -7,  1, -1,-18,-33,-15,  6;
/M: SY='L'; M=-12,-30,-21,-33,-23, 21,-31,-21, 20,-30, 39, 16,-27,-29,-24,-21,-27,-10, 11,-15,  5,-23;
/M: SY='P'; M=  0,-12,-27,-12, -2,-24,-17,-12,-12, -3,-18, -9, -8, 16,  5, -1,  0, -5,-14,-25,-17, -1;
/M: SY='D'; M=  2, 19,-23, 24,  7,-32, -3, -7,-27, -3,-22,-18,  6,-11,  4,-10,  4, -4,-20,-30,-19,  6;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='L'; M=  2,-27,-16,-30,-23,  1,-27,-24, 22,-24, 24, 12,-26,-26,-22,-21,-16, -5, 24,-23, -6,-23;
/M: SY='E'; M= -7,  2,-25,  3, 20,-26,-18, -5,-24, 16,-22,-13,  1, -8, 15, 12,  5,  3,-20,-27,-14, 17;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='D'; M= -7, 12,-17, 13,  4,-18, -7, 12,-20,  4,-20,-11, 13,-10,  3,  1,  4, -3,-16,-24, -7,  3; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='D'; M=  5, 13,-21, 18, 18,-27,-10, -8,-25, -2,-21,-19,  4, -7,  2,-10, 10,  2,-17,-32,-19, 10;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P'; M= -7,-10,-10,-10, -8,-23,-11,-16,-19, -2,-23,-14, -6, 10,-10, -5, -3, -6,-14,-31,-22,-10;
/M: SY='K'; M=-10,  7,-25,  0,  0,-16,-17, -2,-20, 20,-23,-11, 12,-15,  2, 11, -2,  1,-18,-19,  1,  0;
/M: SY='R'; M=  3,-11,  5,-16, -9,-19,-16,-13,-22,  4,-16,-12, -6,-20, -5, 18, -1,  0,-10,-27,-16, -9;
/M: SY='R'; M=-12, -9,-27, -8,  6,-14,-21, -7,-19,  5,-12, -8, -6, -2,  6, 16, -5, -1,-17,-22,-10,  4;
/M: SY='V'; M=  4,-19,-17,-22,-15,-10,-22,-19, 12,-15,  4,  4,-16,-20, -7,-15, -3, -2, 16,-26,-10,-12;
/M: SY='P'; M= -7,-14,-26,-13, -6,-15,-22,-19, -9, -7, -6, -7,-14, 21,-10,-11, -7,  6,-11,-26,-15,-10;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='S'; M= -1, -4,-23, -3,  8,-23,-13,-10,-23,  7,-24,-16, -1,  4,  3,  8,  9,  3,-17,-29,-18,  4;
/M: SY='F'; M=-20,-23,-24,-29,-23, 52,-29,  8, -4,-22,  3,  0,-16,-29,-25,-14,-19,-11, -7, 10, 42,-23;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25;
/M: SY='H'; M= -9, -4,-16, -5, -1, -2,-13, 13,-14,  8,-11, -3, -1,-10,  0,  6, -7, -7,-11,-10,  4, -1; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='E'; M= -1,  4,-14,  5, 11,-14, -9, -4,-14,  4,-10, -9,  1, -5,  3,  5,  1,  0,-11,-16, -9,  7; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='Y'; M= -3, -8,-12, -9, -5, -4,-12, -3,  2, -6, -4,  0, -5,-11,  2, -6,  1,  0,  1, -9,  5, -3; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='G'; M=  0, -6,-17, -6,-11,-17, 40,-11,-23,-11,-17,-11,  0,-11,-11,-11,  0,-11,-17,-11,-17,-11; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K'; M= -4, -8,-22, -9, -6,-19, -8,-16,-16, 10,-15, -7, -6,-16, -6,  3, -2,  1, -6,-24,-13, -6;
/M: SY='H'; M= -9, -8, -3, -9,  1, -9,-21,  2,-18, -4,-16, -9, -6,-19, -6, -6, -2, -6,-10,-28, -7, -3;
/M: SY='E'; M=-12,  6,-27, 10, 22,-28,-19,  1,-22,  8,-17, -7,  1,-10, 22, 10, -1, -5,-22,-26,-13, 21;
/M: SY='F'; M= -8,-25,  3,-30,-28, 16,-16,-22,  3,-23,  2,  5,-21,-29,-28,-20,-13, -8, 12,-19, -3,-26;
/M: SY='P'; M= -5, -9,-25, -5,  6,-22,-19,-15,-14, -1,-20,-13, -9, 18, -4, -8,  2,  3,-10,-30,-19,  0;
/M: SY='R'; M=-10, -5,-25,-11,-11, -9,  1, -7,-18,  1,-15, -2,  2,-19, -6,  4, -6, -6,-15,-17, -5, -9;
/M: SY='E'; M= -9,  2,-26,  6, 17,-21,-21, -7,-10, -6, -6, -7, -3,-11,  8, -9, -3, -6,-13,-29,-13, 12;
/M: SY='A'; M= 13,  1,-19, -4,  6,-24,-11,-10,-18,  6,-18,-11,  2,-10,  6, -2,  6,  3,-13,-24,-16,  6;
/M: SY='L'; M=-11,-24,-25,-29,-19,  4,-30,-12, 22,-21, 24, 21,-22,-24, -8,-17,-22,-10,  9,-13, 10,-16;
/M: SY='Q'; M= -5,  0,-28,  0, 19,-35,-12,  2,-23, 11,-21, -6, -1, -9, 37,  7,  0,-10,-26,-21,-14, 28;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_08 which contains 320'201 sequence entries.


Total number of hits 86 in 59 different sequences
Number of true positive hits 86 in 59 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 8
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 91.49 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 3
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] TRAF-type
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
59 sequences

CYHR1_DROME (Q9VZV5), CYHR1_HUMAN (Q6ZMK1), CYHR1_MOUSE (Q9QXA1), 
CYHR1_RAT   (Q5BK76), CYR1A_XENLA (Q6GNX1), CYR1B_XENLA (Q2TAD9), 
DG17_DICDI  (P11467), FBX30_HUMAN (Q8TB52), FBX30_MOUSE (Q8BJL1), 
FBX30_RAT   (Q5XI67), FBX40_HUMAN (Q9UH90), FBX40_MOUSE (P62932), 
PZRN3_HUMAN (Q9UPQ7), PZRN3_MOUSE (Q69ZS0), PZRN3_RAT   (P68907), 
RN151_BOVIN (Q2TBT8), RN151_HUMAN (Q2KHN1), RN151_MOUSE (Q9CQ29), 
TRAD1_MOUSE (Q3UDK1), TRAD1_RAT   (Q99MM4), TRAF2_HUMAN (Q12933), 
TRAF2_MOUSE (P39429), TRAF3_HUMAN (Q13114), TRAF3_MOUSE (Q60803), 
TRAF4_HUMAN (Q9BUZ4), TRAF4_MOUSE (Q61382), TRAF5_HUMAN (O00463), 
TRAF5_MOUSE (P70191), TRAF6_BOVIN (Q3ZCC3), TRAF6_CERAT (B6CJY4), 
TRAF6_DANRE (Q6IWL4), TRAF6_HUMAN (Q9Y4K3), TRAF6_MACMU (B6CJY5), 
TRAF6_MOUSE (P70196), TRAF6_PIG   (A7XUJ6), TRAF6_RAT   (B5DF45), 
TRAF6_XENTR (Q28DL4), TRAF7_HUMAN (Q6Q0C0), TRAF7_MOUSE (Q922B6), 
TRF6A_XENLA (Q3MV19), TRF6B_XENLA (Q6DJN2), XAF1_HUMAN  (Q6GPH4), 
Y0883_DICDI (Q54FG0), Y0931_DICDI (Q54FD5), Y0965_DICDI (Q54FC5), 
Y0971_DICDI (Q54FB9), Y2098_DICDI (Q55A66), Y2340_DICDI (Q86AY4), 
Y2348_DICDI (Q86KX6), Y2829_DICDI (Q86L54), Y3202_DICDI (Q54C11), 
Y3435_DICDI (Q557K2), Y3509_DICDI (Q557K0), Y7243_DICDI (Q86K46), 
Y7744_DICDI (Q55GA8), Y7754_DICDI (Q55GA0), Y7813_DICDI (Q54YP8), 
Y8444_DICDI (Q1ZXR0), Y8514_DICDI (Q54NN4)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
8 sequences

CYHR1_BOVIN (Q7YR89), CYHR1_DANRE (Q08CH8), TRAD1_BOVIN (Q58D05), 
TRAD1_HUMAN (O14545), TRAD1_MACFA (Q4R970), XAF1_BOVIN  (Q58DH1), 
XAF1_MOUSE  (Q5NBU8), Y9745_DICDI (Q54WD3)
» More

PDB
[Detailed view]
4 PDB

2EOD; 2YRE; 2YUC; 3HCS

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission