PROSITE entry PS50175
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | ASP_PROT_RETROV |
Accession [info] | PS50175 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
01-DEC-2001 CREATED;
26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC00128 |
Associated ProRule [info] | PRU00275 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | Aspartyl protease, retroviral-type family profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=72; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=67; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-0.7856000; R2=0.0251893; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2336.9001465; R2=5.5017223; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=369; H_SCORE=4367; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=290; H_SCORE=3932; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='V'; M= -7,-21,-18,-26,-19, 9,-28,-22, 9,-11, 5, 4,-17,-22,-18,-10,-13, -3, 11,-17, 0,-19; /M: SY='E'; M= -8, 1,-24, 2, 18,-21,-19, -7,-18, 9,-14,-10, 0,-11, 8, 7, -1, 0,-15,-27,-13, 13; /M: SY='A'; M= 12,-18,-18,-24,-20, 3, 5,-20, -8,-19, -4, -3,-13,-20,-21,-20, -4, -8, -1,-15, -9,-19; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-31,-21, 9,-31,-21, 22,-30, 47, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 13,-20, 0,-21; /M: SY='L'; M= -7,-30,-17,-31,-24, 9,-30,-23, 23,-27, 36, 16,-29,-30,-24,-20,-23, -7, 22,-22, -2,-24; /M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 10; /M: SY='T'; M= 0, 0,-10,-10,-10,-10,-19,-20,-10,-10,-11,-10, 0,-10,-10,-10, 21, 49, 0,-30,-10,-10; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20, 0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10, 0, 0,-20,-20,-10; /M: SY='D'; M=-18, 43,-30, 60, 24,-39,-12, 1,-38, 2,-28,-27, 17, -9, 6, -8, 0,-10,-30,-38,-19, 15; /M: SY='D'; M=-12, 5,-26, 7, 0,-20,-20, 2,-10, -3,-10, -5, 2,-16, -3, -4, -7, -7, -8,-29, -8, -3; /M: SY='T'; M= 3, -1,-10, -7, -7,-13,-14,-17,-12,-10,-16,-13, 2,-11, -7,-10, 26, 37, -1,-33,-13, -7; /M: SY='V'; M= -5,-30,-14,-34,-30, -1,-34,-30, 37,-25, 13, 13,-25,-26,-26,-25,-14, -5, 39,-26, -6,-30; /M: SY='L'; M= -9,-30,-22,-34,-25, 7,-34,-25, 32,-29, 33, 18,-26,-26,-22,-24,-24, -9, 22,-20, 0,-25; /M: SY='E'; M= 0, 0,-22, -2, 7,-23,-14,-10,-21, 6,-22,-14, 2, 3, 2, 2, 7, 7,-16,-28,-17, 4; /M: SY='E'; M=-10, 0,-28, 2, 14,-20,-14, -4,-20, 2,-15,-11, -1,-13, 10, 3, -3, -6,-20,-18, -8, 11; /M: SY='H'; M= -4, -4,-24, -9, -3,-17,-18, 3, -9, -2,-12, -2, 2, -7, -2, -1, -3, -3,-10,-26, -9, -5; /M: SY='D'; M=-14, 15,-28, 18, 6,-20,-14, 10,-22, -5,-17,-12, 11,-17, 2, -7, -4, -9,-23,-17, -5, 4; /M: SY='W'; M=-11,-21,-30,-22,-20, 4, -9,-19, -8,-20, -1, -5,-19,-26,-18,-18,-19,-15,-11, 29, 6,-18; /M: SY='P'; M= -7, -7,-31, -2, 2,-28,-14,-10,-21, 0,-27,-15, -6, 34, 1, -8, -1, -6,-23,-29,-21, -1; /I: I=-7; MI=-5; IM=-5; DM=-15; MD=-15; /M: SY='G'; M= -2, -8,-24, -8,-10,-21, 15,-16,-23, -5,-17,-12, -4,-15,-10, -4, -1, -6,-15,-24,-19,-10; /M: SY='N'; M= -6, 11,-23, 6, -1,-22, -7, -5,-19, 2,-23,-15, 18, -9, -2, 2, 6, 0,-19,-32,-17, -3; /M: SY='W'; M=-16,-23,-37,-24,-20, 3,-21,-16,-12,-13,-15,-13,-22,-16,-14,-13,-22,-15,-18, 63, 21,-16; /M: SY='P'; M= -9,-10,-31, -7, 3,-27,-19,-11,-23, 13,-25,-13, -7, 24, 4, 12, -5, -5,-22,-25,-18, 1; /M: SY='P'; M= -6,-16,-26,-17,-13,-15, -8,-20, -5,-11, -7, -5,-12, 2,-13,-12, -6, -1, -5,-24,-15,-15; /M: SY='R'; M= -7, -5,-23, -8, 0,-20,-20, -2,-15, 11,-15, -4, -3,-14, 5, 12, -1, 3,-10,-24, -8, 1; /I: MD=-23; /M: SY='B'; M= -7, 5,-19, 3, 4,-15,-12, -4, -8, 1,-12, -6, 5, 1, 2, -3, -2, -3,-11,-20,-10, 2; D=-4; /I: MD=-23; /M: SY='A'; M= 7, -5, -9, -9, -7, -7, -5,-10, -4, -4, -6, -4, -4, -8, -6, -7, 3, 6, 0,-12, -4, -7; D=-4; /I: I=-4; MI=0; IM=0; DM=-23; /M: SY='M'; M= -4, -8,-23,-14,-12,-14,-12,-10, -1, -7, -8, 1, -2,-18, -6, -9, -3, -4, -3,-20, -9, -9; /M: SY='I'; M= -8,-26,-21,-29,-19, 0,-31,-22, 26,-23, 24, 16,-24,-24,-16,-20,-19, -8, 21,-23, -4,-19; /M: SY='Q'; M= -8,-11,-28,-13, -6,-24, 4, -5,-13, -9,-11, -2, -6,-18, 9, -5, -7,-13,-15,-21,-13, 0; /M: SY='G'; M= 5,-10,-28,-11,-19,-29, 63,-20,-37,-19,-28,-19, -1,-19,-19,-20, 1,-18,-27,-20,-29,-19; /M: SY='I'; M= 2,-24,-22,-31,-24, -4,-29,-26, 29,-24, 12, 11,-18,-19,-18,-24,-10, -3, 23,-23, -6,-24; /M: SY='G'; M= 0, -7,-28, -9,-18,-28, 60,-19,-37,-18,-29,-19, 3,-19,-18,-18, 2,-14,-28,-22,-28,-18; /M: SY='G'; M= -2, -8,-28, -9,-13,-27, 42,-13,-31,-14,-25,-13, -1,-18, -6,-14, 1,-13,-25,-20,-20, -9; /M: M= 0,-10,-21,-16,-13, -6, -4,-15, -8,-10,-11, -6, -4,-18,-10, -9, 0, -2, -4,-21,-10,-11; /M: SY='I'; M= -5,-10,-15,-16,-14,-10,-23,-18, 7,-10, -3, 0, -3,-19,-12,-12, -2, 3, 7,-29,-10,-14; /M: SY='N'; M=-11, 4,-20, 1, 7,-19,-13, 0,-20, 5,-19,-10, 8,-11, 3, 7, -2, -5,-19,-27,-11, 4; /M: M= -3,-11,-23,-12,-12,-16, -8,-12, -7,-12,-12, -5,-10, 0,-11,-15, -4, -3, -2,-26,-13,-13; /M: SY='R'; M=-11, -7,-28, -7, 5,-11,-21, -4,-23, 16,-18,-10, -5,-15, 4, 18, -8, -6,-18, -9, -1, 4; /M: SY='Q'; M=-11, -5,-29, -6, 7,-18,-20, -4,-19, 11,-19, -8, -3,-14, 15, 10, -5, -7,-20, -6, -2, 11; /M: SY='Y'; M= -7, -9,-22,-12,-10, 0,-17, -6,-12, -6,-13,-10, -5,-19, -7, -7, 3, 7,-11, 2, 14, -9; /M: SY='D'; M= -7, 3,-24, 4, 0,-19,-15,-10,-16, -2,-15,-10, 2,-10, -2, -4, 1, 0,-14,-21,-12, -1; /M: SY='N'; M=-10, 9,-24, 8, 7,-24,-13, 3,-19, 3,-18,-10, 11,-16, 10, 5, 0, -5,-18,-29,-13, 7; /M: SY='V'; M= -4,-20,-18,-23,-17, -6,-25,-18, 11,-12, 4, 8,-18,-18,-12, -8, -7, 1, 17,-24, -7,-16; /M: SY='L'; M=-10,-15,-26,-14, -1, -9,-21, -2, -2,-13, 7, 2,-14,-12, -5,-10,-14, -9, -7,-23, -4, -5; /M: SY='V'; M= -8,-18,-24,-19,-11, -9,-26,-15, 2, -7, 1, 1,-17,-10,-12, -8,-12, -3, 4,-16, -6,-12; /M: SY='W'; M=-12,-12,-25,-12, 2,-16,-22, -6,-14, -1,-13, -7,-11,-18, 5, 0,-13,-13,-15, 6, -3, 3; /M: SY='L'; M=-10,-18,-25,-20,-12, -1,-19,-14, 4,-12, 7, 4,-15,-21,-10,-11,-14, -7, 0,-15, 3,-12; /M: M= -8, -4,-22, -2, 0,-16, -9, -2,-19, -1,-13, -8, -4,-17, -5, -1, -7,-10,-13,-24,-10, -3; /M: SY='D'; M= -7, 6,-26, 9, 5,-26, -6, -9,-23, 3,-20,-14, 3, -9, 0, 0, 0, -6,-19,-28,-17, 2; /M: SY='E'; M=-11, 5,-29, 9, 14,-26,-11, 1,-26, 11,-19,-12, 2, -7, 7, 4, -6,-11,-23,-27,-13, 9; /I: I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0; /M: M= -5,-11,-21,-15,-14, -7, -1,-16, -9, -7,-12, -5, -4,-19,-13, -5, -1, -2, -3,-21,-10,-14; D=-5; /I: DM=-25; /M: SY='T'; M= -7,-15,-23,-19,-13, -9,-21,-12, 1, -9, 0, 1,-11,-13, -8, -4, -7, 3, 1,-21, -4,-13; /M: SY='R'; M=-12,-11,-26,-13, -2, -6,-25, 1, -7, 1, -8, -2, -7,-17, -4, 5, -9, -6, -5,-21, -1, -4; /M: SY='G'; M= 0, -7,-22,-10,-10,-21, 10,-11,-19, -8,-20,-11, 0,-15, -6, -7, 8, 3,-13,-26,-16, -9; /M: SY='P'; M= -9,-10,-27, -9, -5,-10,-20,-16,-16, -9,-18,-14,-10, 29, -9,-11, -1, 7,-17,-24,-14, -9; /M: SY='I'; M=-10,-28,-15,-32,-26, 14,-31,-19, 22,-24, 18, 15,-24,-27,-22,-21,-19, -8, 19,-14, 9,-25; /M: SY='I'; M= -7,-29,-19,-32,-26, 4,-32,-24, 30,-25, 24, 17,-27,-27,-23,-22,-19, -6, 29,-22, -1,-26; /M: SY='I'; M= -7,-26,-18,-31,-25, 9,-31,-25, 24,-24, 20, 11,-23,-25,-23,-21,-14, 1, 23,-21, -1,-25; /M: SY='P'; M= -2,-15,-27,-14,-11,-16, 3,-19,-15,-17,-15,-12,-10, 16,-14,-19, -1, -5,-16,-25,-20,-14; /I: MD=-18; /M: SY='P'; M= -4, 6,-24, 10, 9,-23,-11, -7,-21, -4,-23,-18, 5, 16, -1,-10, 5, -1,-21,-29,-17, 3; D=-4; /I: I=-4; MI=0; IM=0; DM=-18; /M: SY='T'; M= -6, -7, 2,-13,-14, -9,-21,-18, -2,-18, 1, -4, -5,-21,-14,-16, -1, 9, 1,-32,-12,-15; /M: SY='P'; M=-11,-15,-37, -9, 0,-28,-20,-17,-18, -2,-27,-17,-14, 64, -7,-10,-10,-10,-26,-28,-25, -8; /M: SY='V'; M= -5,-27,-23,-30,-25, 3,-23,-22, 13,-20, 3, 3,-25,-26,-20,-19,-16, -9, 16, 6, 5,-22; /M: SY='N'; M= -5, 15,-23, 8, 6,-23,-10, -3,-20, -3,-25,-17, 21, 5, 2, -6, 7, 4,-24,-34,-20, 3; /M: SY='I'; M= -9,-30,-23,-34,-25, 5,-34,-25, 34,-29, 33, 19,-26,-26,-21,-24,-24, -9, 23,-21, -1,-25; /M: SY='L'; M=-13,-32,-29,-36,-26, 14,-30,-25, 16,-28, 23, 9,-29,-28,-22,-22,-29,-15, 5, 21, 10,-23; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='D'; M=-16, 45,-27, 56, 15,-35, -8, 1,-35, -1,-30,-28, 27,-12, 0, -8, 4, -6,-29,-40,-20, 8; /M: SY='I'; M= -4,-17,-15,-25,-21, -1,-26,-20, 19,-23, 16, 8,-11,-24,-18,-21,-15, -7, 11,-24, -6,-21; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
Total number of hits | 160 in 160 different sequences |
Number of true positive hits | 153 in 153 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 7 in 7 different sequences |
Number of false negative sequences | 17 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 95.62 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 90.00 % |
Comments [info]
Taxonomic range [info] | Eukaryotes, Eukaryotic viruses |
Maximum number of repetitions [info] | 1 |
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | reversed |
Author [info] | K_Hofmann |
Feature key [info] | DOMAIN |
Feature description [info] | Peptidase A2 |
Version [info] | 6 |
Cross-references [info]