Entry: PS50175

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] ASP_PROT_RETROV
Accession [info] PS50175
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2001 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); OCT-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00128
Associated ProRule [info] PRU00275

Name and characterization of the entry

Description [info] Aspartyl protease, retroviral-type family profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=72;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=67;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-.7856; R2=.02518926; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=440.22338; R2=22.05846; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=368; N_SCORE=8.5; H_SCORE=8580; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=289; N_SCORE=6.5; H_SCORE=6815; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='V'; M= -7,-21,-18,-26,-19,  9,-28,-22,  9,-11,  5,  4,-17,-22,-18,-10,-13, -3, 11,-17,  0,-19;
/M: SY='E'; M= -8,  1,-24,  2, 18,-21,-19, -7,-18,  9,-14,-10,  0,-11,  8,  7, -1,  0,-15,-27,-13, 13;
/M: SY='A'; M= 12,-18,-18,-24,-20,  3,  5,-20, -8,-19, -4, -3,-13,-20,-21,-20, -4, -8, -1,-15, -9,-19;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-31,-21,  9,-31,-21, 22,-30, 47, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 13,-20,  0,-21;
/M: SY='L'; M= -7,-30,-17,-31,-24,  9,-30,-23, 23,-27, 36, 16,-29,-30,-24,-20,-23, -7, 22,-22, -2,-24;
/M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='T'; M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-19,-20,-10,-10,-11,-10,  0,-10,-10,-10, 21, 49,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='D'; M=-18, 43,-30, 60, 24,-39,-12,  1,-38,  2,-28,-27, 17, -9,  6, -8,  0,-10,-30,-38,-19, 15;
/M: SY='D'; M=-12,  5,-26,  7,  0,-20,-20,  2,-10, -3,-10, -5,  2,-16, -3, -4, -7, -7, -8,-29, -8, -3;
/M: SY='T'; M=  3, -1,-10, -7, -7,-13,-14,-17,-12,-10,-16,-13,  2,-11, -7,-10, 26, 37, -1,-33,-13, -7;
/M: SY='V'; M= -5,-30,-14,-34,-30, -1,-34,-30, 37,-25, 13, 13,-25,-26,-26,-25,-14, -5, 39,-26, -6,-30;
/M: SY='L'; M= -9,-30,-22,-34,-25,  7,-34,-25, 32,-29, 33, 18,-26,-26,-22,-24,-24, -9, 22,-20,  0,-25;
/M: SY='E'; M=  0,  0,-22, -2,  7,-23,-14,-10,-21,  6,-22,-14,  2,  3,  2,  2,  7,  7,-16,-28,-17,  4;
/M: SY='E'; M=-10,  0,-28,  2, 14,-20,-14, -4,-20,  2,-15,-11, -1,-13, 10,  3, -3, -6,-20,-18, -8, 11;
/M: SY='H'; M= -4, -4,-24, -9, -3,-17,-18,  3, -9, -2,-12, -2,  2, -7, -2, -1, -3, -3,-10,-26, -9, -5;
/M: SY='D'; M=-14, 15,-28, 18,  6,-20,-14, 10,-22, -5,-17,-12, 11,-17,  2, -7, -4, -9,-23,-17, -5,  4;
/M: SY='W'; M=-11,-21,-30,-22,-20,  4, -9,-19, -8,-20, -1, -5,-19,-26,-18,-18,-19,-15,-11, 29,  6,-18;
/M: SY='P'; M= -7, -7,-31, -2,  2,-28,-14,-10,-21,  0,-27,-15, -6, 34,  1, -8, -1, -6,-23,-29,-21, -1;
/I:         I=-7; MI=-5; IM=-5; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='G'; M= -2, -8,-24, -8,-10,-21, 15,-16,-23, -5,-17,-12, -4,-15,-10, -4, -1, -6,-15,-24,-19,-10;
/M: SY='N'; M= -6, 11,-23,  6, -1,-22, -7, -5,-19,  2,-23,-15, 18, -9, -2,  2,  6,  0,-19,-32,-17, -3;
/M: SY='W'; M=-16,-23,-37,-24,-20,  3,-21,-16,-12,-13,-15,-13,-22,-16,-14,-13,-22,-15,-18, 63, 21,-16;
/M: SY='P'; M= -9,-10,-31, -7,  3,-27,-19,-11,-23, 13,-25,-13, -7, 24,  4, 12, -5, -5,-22,-25,-18,  1;
/M: SY='P'; M= -6,-16,-26,-17,-13,-15, -8,-20, -5,-11, -7, -5,-12,  2,-13,-12, -6, -1, -5,-24,-15,-15;
/M: SY='R'; M= -7, -5,-23, -8,  0,-20,-20, -2,-15, 11,-15, -4, -3,-14,  5, 12, -1,  3,-10,-24, -8,  1;
/I:         MD=-23;
/M: SY='B'; M= -7,  5,-19,  3,  4,-15,-12, -4, -8,  1,-12, -6,  5,  1,  2, -3, -2, -3,-11,-20,-10,  2; D=-4;
/I:         MD=-23;
/M: SY='A'; M=  7, -5, -9, -9, -7, -7, -5,-10, -4, -4, -6, -4, -4, -8, -6, -7,  3,  6,  0,-12, -4, -7; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; IM=0; DM=-23;
/M: SY='M'; M= -4, -8,-23,-14,-12,-14,-12,-10, -1, -7, -8,  1, -2,-18, -6, -9, -3, -4, -3,-20, -9, -9;
/M: SY='I'; M= -8,-26,-21,-29,-19,  0,-31,-22, 26,-23, 24, 16,-24,-24,-16,-20,-19, -8, 21,-23, -4,-19;
/M: SY='Q'; M= -8,-11,-28,-13, -6,-24,  4, -5,-13, -9,-11, -2, -6,-18,  9, -5, -7,-13,-15,-21,-13,  0;
/M: SY='G'; M=  5,-10,-28,-11,-19,-29, 63,-20,-37,-19,-28,-19, -1,-19,-19,-20,  1,-18,-27,-20,-29,-19;
/M: SY='I'; M=  2,-24,-22,-31,-24, -4,-29,-26, 29,-24, 12, 11,-18,-19,-18,-24,-10, -3, 23,-23, -6,-24;
/M: SY='G'; M=  0, -7,-28, -9,-18,-28, 60,-19,-37,-18,-29,-19,  3,-19,-18,-18,  2,-14,-28,-22,-28,-18;
/M: SY='G'; M= -2, -8,-28, -9,-13,-27, 42,-13,-31,-14,-25,-13, -1,-18, -6,-14,  1,-13,-25,-20,-20, -9;
/M:         M=  0,-10,-21,-16,-13, -6, -4,-15, -8,-10,-11, -6, -4,-18,-10, -9,  0, -2, -4,-21,-10,-11;
/M: SY='I'; M= -5,-10,-15,-16,-14,-10,-23,-18,  7,-10, -3,  0, -3,-19,-12,-12, -2,  3,  7,-29,-10,-14;
/M: SY='N'; M=-11,  4,-20,  1,  7,-19,-13,  0,-20,  5,-19,-10,  8,-11,  3,  7, -2, -5,-19,-27,-11,  4;
/M:         M= -3,-11,-23,-12,-12,-16, -8,-12, -7,-12,-12, -5,-10,  0,-11,-15, -4, -3, -2,-26,-13,-13;
/M: SY='R'; M=-11, -7,-28, -7,  5,-11,-21, -4,-23, 16,-18,-10, -5,-15,  4, 18, -8, -6,-18, -9, -1,  4;
/M: SY='Q'; M=-11, -5,-29, -6,  7,-18,-20, -4,-19, 11,-19, -8, -3,-14, 15, 10, -5, -7,-20, -6, -2, 11;
/M: SY='Y'; M= -7, -9,-22,-12,-10,  0,-17, -6,-12, -6,-13,-10, -5,-19, -7, -7,  3,  7,-11,  2, 14, -9;
/M: SY='D'; M= -7,  3,-24,  4,  0,-19,-15,-10,-16, -2,-15,-10,  2,-10, -2, -4,  1,  0,-14,-21,-12, -1;
/M: SY='N'; M=-10,  9,-24,  8,  7,-24,-13,  3,-19,  3,-18,-10, 11,-16, 10,  5,  0, -5,-18,-29,-13,  7;
/M: SY='V'; M= -4,-20,-18,-23,-17, -6,-25,-18, 11,-12,  4,  8,-18,-18,-12, -8, -7,  1, 17,-24, -7,-16;
/M: SY='L'; M=-10,-15,-26,-14, -1, -9,-21, -2, -2,-13,  7,  2,-14,-12, -5,-10,-14, -9, -7,-23, -4, -5;
/M: SY='V'; M= -8,-18,-24,-19,-11, -9,-26,-15,  2, -7,  1,  1,-17,-10,-12, -8,-12, -3,  4,-16, -6,-12;
/M: SY='W'; M=-12,-12,-25,-12,  2,-16,-22, -6,-14, -1,-13, -7,-11,-18,  5,  0,-13,-13,-15,  6, -3,  3;
/M: SY='L'; M=-10,-18,-25,-20,-12, -1,-19,-14,  4,-12,  7,  4,-15,-21,-10,-11,-14, -7,  0,-15,  3,-12;
/M:         M= -8, -4,-22, -2,  0,-16, -9, -2,-19, -1,-13, -8, -4,-17, -5, -1, -7,-10,-13,-24,-10, -3;
/M: SY='D'; M= -7,  6,-26,  9,  5,-26, -6, -9,-23,  3,-20,-14,  3, -9,  0,  0,  0, -6,-19,-28,-17,  2;
/M: SY='E'; M=-11,  5,-29,  9, 14,-26,-11,  1,-26, 11,-19,-12,  2, -7,  7,  4, -6,-11,-23,-27,-13,  9;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0;
/M:         M= -5,-11,-21,-15,-14, -7, -1,-16, -9, -7,-12, -5, -4,-19,-13, -5, -1, -2, -3,-21,-10,-14; D=-5;
/I:         DM=-25;
/M: SY='T'; M= -7,-15,-23,-19,-13, -9,-21,-12,  1, -9,  0,  1,-11,-13, -8, -4, -7,  3,  1,-21, -4,-13;
/M: SY='R'; M=-12,-11,-26,-13, -2, -6,-25,  1, -7,  1, -8, -2, -7,-17, -4,  5, -9, -6, -5,-21, -1, -4;
/M: SY='G'; M=  0, -7,-22,-10,-10,-21, 10,-11,-19, -8,-20,-11,  0,-15, -6, -7,  8,  3,-13,-26,-16, -9;
/M: SY='P'; M= -9,-10,-27, -9, -5,-10,-20,-16,-16, -9,-18,-14,-10, 29, -9,-11, -1,  7,-17,-24,-14, -9;
/M: SY='I'; M=-10,-28,-15,-32,-26, 14,-31,-19, 22,-24, 18, 15,-24,-27,-22,-21,-19, -8, 19,-14,  9,-25;
/M: SY='I'; M= -7,-29,-19,-32,-26,  4,-32,-24, 30,-25, 24, 17,-27,-27,-23,-22,-19, -6, 29,-22, -1,-26;
/M: SY='I'; M= -7,-26,-18,-31,-25,  9,-31,-25, 24,-24, 20, 11,-23,-25,-23,-21,-14,  1, 23,-21, -1,-25;
/M: SY='P'; M= -2,-15,-27,-14,-11,-16,  3,-19,-15,-17,-15,-12,-10, 16,-14,-19, -1, -5,-16,-25,-20,-14;
/I:         MD=-18;
/M: SY='P'; M= -4,  6,-24, 10,  9,-23,-11, -7,-21, -4,-23,-18,  5, 16, -1,-10,  5, -1,-21,-29,-17,  3; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; IM=0; DM=-18;
/M: SY='T'; M= -6, -7,  2,-13,-14, -9,-21,-18, -2,-18,  1, -4, -5,-21,-14,-16, -1,  9,  1,-32,-12,-15;
/M: SY='P'; M=-11,-15,-37, -9,  0,-28,-20,-17,-18, -2,-27,-17,-14, 64, -7,-10,-10,-10,-26,-28,-25, -8;
/M: SY='V'; M= -5,-27,-23,-30,-25,  3,-23,-22, 13,-20,  3,  3,-25,-26,-20,-19,-16, -9, 16,  6,  5,-22;
/M: SY='N'; M= -5, 15,-23,  8,  6,-23,-10, -3,-20, -3,-25,-17, 21,  5,  2, -6,  7,  4,-24,-34,-20,  3;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-23,-34,-25,  5,-34,-25, 34,-29, 33, 19,-26,-26,-21,-24,-24, -9, 23,-21, -1,-25;
/M: SY='L'; M=-13,-32,-29,-36,-26, 14,-30,-25, 16,-28, 23,  9,-29,-28,-22,-22,-29,-15,  5, 21, 10,-23;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='D'; M=-16, 45,-27, 56, 15,-35, -8,  1,-35, -1,-30,-28, 27,-12,  0, -8,  4, -6,-29,-40,-20,  8;
/M: SY='I'; M= -4,-17,-15,-25,-21, -1,-26,-20, 19,-23, 16,  8,-11,-24,-18,-21,-15, -7, 11,-24, -6,-21;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_11 which contains 547'085 sequence entries.


Total number of hits 144 in 144 different sequences
Number of true positive hits 137 in 137 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits 7 in 7 different sequences
Number of false negative sequences 17
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 95.14 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 88.96 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Peptidase A2
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
137 sequences

APRV1_HUMAN (Q53RT3), APRV1_MOUSE (Q09PK2), GAG_AVIMA   (P26315), 
GAG_IPHA    (P04023), GAG_IPMA    (P11365), GAG_RSVP    (P03322), 
GAG_RSVSA   (P0C776), GAG_RSVSB   (O92954), POK9_HUMAN  (P63128), 
POL4_DROME  (P10394), POL_BAEVM   (P10272), POL_BIV29   (P19560), 
POL_CAEVC   (P33459), POL_COYMV   (P19199), POL_EIAV9   (P11204), 
POL_EIAVC   (P32542), POL_EIAVY   (P03371), POL_FIVPE   (P16088), 
POL_FIVSD   (P19028), POL_FIVT2   (P31822), POL_FLV     (P10273), 
POL_GALV    (P21414), POL_HTL1A   (P03362), POL_HTL1C   (P14078), 
POL_HTL1L   (P0C211), POL_HTL32   (Q0R5R2), POL_HTL3P   (Q4U0X6), 
POL_HTLV2   (P03363), POL_HV190   (O93215), POL_HV192   (O12158), 
POL_HV193   (O89290), POL_HV196   (Q9QBY3), POL_HV197   (Q9QBZ9), 
POL_HV19N   (O41798), POL_HV1A2   (P03369), POL_HV1AN   (Q77373), 
POL_HV1B1   (P03366), POL_HV1B5   (P04587), POL_HV1B9   (Q73368), 
POL_HV1BR   (P03367), POL_HV1C4   (P05960), POL_HV1EL   (P04589), 
POL_HV1ET   (Q75002), POL_HV1H2   (P04585), POL_HV1J3   (P12498), 
POL_HV1JR   (P20875), POL_HV1LW   (P0C6F2), POL_HV1M2   (Q9QBZ1), 
POL_HV1MA   (P04588), POL_HV1MN   (P05961), POL_HV1MP   (Q9QBZ5), 
POL_HV1MV   (Q79666), POL_HV1N5   (P12497), POL_HV1ND   (P18802), 
POL_HV1OY   (P20892), POL_HV1RH   (P05959), POL_HV1S2   (Q9WC54), 
POL_HV1S9   (Q9WC63), POL_HV1SE   (O89940), POL_HV1U4   (P24740), 
POL_HV1V9   (Q9Q720), POL_HV1VI   (Q9QSR3), POL_HV1Y2   (P35963), 
POL_HV1YB   (Q9IDV9), POL_HV1YF   (O91080), POL_HV1Z2   (P12499), 
POL_HV2BE   (P18096), POL_HV2CA   (P24107), POL_HV2D1   (P17757), 
POL_HV2D2   (P15833), POL_HV2EH   (Q89928), POL_HV2G1   (P18042), 
POL_HV2KR   (Q74120), POL_HV2NZ   (P05962), POL_HV2RO   (P04584), 
POL_HV2SB   (P12451), POL_HV2ST   (P20876), POL_HV2UC   (Q76634), 
POL_JEMBR   (Q82851), POL_KORV    (Q9TTC1), POL_MLVAV   (P03356), 
POL_MLVF5   (P26810), POL_MLVFF   (P26809), POL_MLVFP   (P26808), 
POL_MLVMS   (P03355), POL_MLVRD   (P11227), POL_MMTVC   (P11283), 
POL_OMVVS   (P16901), POL_RSVP    (P03354), POL_RSVSA   (Q04095), 
POL_RSVSB   (O92956), POL_SIVCZ   (P17283), POL_SIVEK   (Q1A249), 
POL_SIVG1   (Q02836), POL_SIVGB   (P22382), POL_SIVM1   (P05896), 
POL_SIVMB   (Q1A267), POL_SIVMK   (P05897), POL_SIVS4   (P12502), 
POL_SIVSP   (P19505), POL_SIVTN   (Q8AII1), POL_SIVV1   (P27973), 
POL_SIVVG   (P27980), POL_SIVVT   (P05895), POL_VILV    (P03370), 
POL_VILV1   (P23426), POL_VILV2   (P23427), POL_VILVK   (P35956), 
POL_XMRV3   (Q2F7J3), POL_XMRV4   (Q2F7J0), POL_XMRV6   (A1Z651), 
PRO_HTL1A   (P10274), PRO_HTL1C   (P14074), PRO_HTL1L   (P0C210), 
PRO_HTL32   (Q0R5R3), PRO_HTL3P   (Q09SZ9), PRO_HTLV2   (P03353), 
PRO_MMTVC   (Q9IZT2), VP113_HUMAN (P63121), VPK04_HUMAN (P63124), 
VPK10_HUMAN (P10265), VPK18_HUMAN (P63123), VPK19_HUMAN (P63120), 
VPK21_HUMAN (P63119), VPK24_HUMAN (P63129), VPK25_HUMAN (P63125), 
VPK6_HUMAN  (Q9Y6I0), VPK7_HUMAN  (P63131), VPK8_HUMAN  (P63122), 
VPK9_HUMAN  (P63127), VPRT_BLVJ   (P10270), VPRT_JSRV   (P31625), 
VPRT_MMTVB  (P10271), VPRT_MPMV   (P07570), VPRT_SMRVH  (P21407), 
VPRT_SRV1   (P04024), VPRT_SRV2   (P51518)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
17 sequences

POL_CSVMV   (Q89703), POL_FFV     (O93209), POL_FOAMV   (P14350), 
POL_SFV1    (P23074), POL_SFV3L   (P27401), POL_WDSV    (O92815), 
TF211_SCHPO (Q9UR07), TF212_SCHPO (P0CT41), TF21_SCHPO  (P0CT34), 
TF22_SCHPO  (P0CT35), TF23_SCHPO  (P0CT36), TF24_SCHPO  (P0CT37), 
TF25_SCHPO  (P0CT38), TF26_SCHPO  (P0CT39), TF27_SCHPO  (P0CT42), 
TF28_SCHPO  (P0CT43), TF29_SCHPO  (P0CT40)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences
7 sequences

DDI1_ASHGO  (Q754R2), DDI1_CANGA  (Q6FQE9), DDI1_CHAGB  (Q2H085), 
DDI1_YARLI  (Q6CFI3), DDI1_YEAST  (P40087), NUC2_NEUCR  (Q01317), 
V219_FOWPN  (Q9J516)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission