Entry: PS50809

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] DM_2
Accession [info] PS50809
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2001 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); OCT-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50809
Associated ProRule [info] PRU00070

Name and characterization of the entry

Description [info] DM DNA-binding domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=48;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=44;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1237; R2=0.00668182; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=-3533.83488; R2=25.32562; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=954; N_SCORE=8.5; H_SCORE=16853; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=654; N_SCORE=6.5; H_SCORE=13054; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='Q'; M= 14, -7,-21,-11,  2,-27,-11, -5,-18,  6,-16, -7, -4,-12, 18, 10,  2, -6,-15,-20,-14,  9;
/M: SY='R'; M=-17, -7,-30, -7,  3,-23,-20, -3,-30, 36,-23,-10,  0,-17, 10, 57,-10,-10,-20,-20,-10,  3;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='R'; M= -7, -9,-25, -7,  7,-17,-11, -8,-19,  4, -8, -8, -5,-16,  2, 17, -5, -8,-15,-24,-14,  3;
/M: SY='N'; M= -3, 18,-23,  7, -2,-25, 12,  1,-24, -4,-27,-16, 31,-18,  4, -5,  6, -6,-27,-31,-21,  1;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='G'; M= -2, -3,-29, -1,-15,-30, 57,-17,-39,-17,-30,-21,  3,-18,-17,-18,  2,-17,-29,-23,-28,-16;
/M: SY='V'; M= -7,-16,-21,-15, -2,-10,-26,-14,  5, -7,  2,  2,-16,-20, -4, -5, -9, -5, 10,-24, -7, -4;
/M: SY='K'; M= -6,-16,-25,-16, -7,-15,-25,-17,  1,  2, -2,  2,-15, -7, -3, -4,-12, -6,  1,-23,-10, -6;
/M: SY='S'; M= -1,-10,-16,-12,-11,-13,-16,-15, -1, -5,-13, -6, -3,-19, -9, -2,  9,  5,  8,-32,-14,-11;
/M: SY='P'; M= -7,-18,-16,-17, -8,-17,-23,-19, -8, -8,-14, -9,-15, 14,-10, -6, -8, -5, -8,-22,-16,-12;
/M: SY='L'; M=-11,-26,-21,-26,-17,  4,-28,-17, 11,-18, 35, 14,-24,-28,-15, -3,-25, -9,  6,-21, -2,-17;
/M: SY='K'; M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 47,-28,-10,  0,-12, 10, 36,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='G'; M= -2,  1,-28, -3,-15,-28, 54,-13,-35,-15,-30,-20, 14,-20,-15,-15,  2,-15,-30,-25,-28,-15;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='K'; M= -2, -1,-26, -2,  7,-28,-16,-11,-27, 37,-28,-11,  0,-10,  7, 20, -2, -5,-17,-22,-12,  7;
/M: SY='R'; M=-13,-11,-14,-10, -3,-23,-19, -9,-27, 13,-24,-14, -5,  2,  1, 30, -5, -7,-20,-27,-17, -5;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='Q'; M= -9, -6,-24, -6,  1, -7,-19,  2,-11, -4, -5,  0, -7,-17,  4, -1, -6, -7,-13,-17,  4,  2;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P'; M=-11,-12,-33, -8,  2,-27,-20,-11,-21,  7,-24,-11,-10, 36,  5,  7, -7, -6,-24,-25,-19,  0;
/M: SY='Y'; M=-20,-28,-29,-32,-26, 47,-28, -5, -3,-20,  1, -3,-23,-30,-24,-16,-23,-13, -9, 43, 51,-24;
/M: SY='R'; M= -6,-10,-24,-14, -8,-15,-20,-10, -8,  9, -8, -3, -3,-19, -3, 21, -9, -7, -4,-23,-10, -8;
/M: SY='D'; M=-13, 17,-25, 20, 13,-19,-16, -3,-21,  0,-14,-15, 10,-14,  0, -5, -3, -3,-20,-29,-10,  6;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='T'; M= -4, -2,-15, -6,  1,-16,-16,-11,-16, -4,-19,-11,  1,  4, -2, -8,  4,  6,-15,-29,-15, -1;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K'; M=  8, -3,-23, -4, 12,-24,-14,-11,-22, 13,-19,-13, -4, -3,  3,  6,  1, -2,-15,-24,-16,  7;
/M: SY='K'; M= -7,  2,-24,  0,  7,-22,-17, -9,-22, 22,-20,-10,  4,-12,  4, 12,  0,  0,-16,-26,-12,  6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='T'; M= -5, -3,-19, -7, -1,-17,-11,-12,-12, -5,-11, -8, -1,-15, -1, -3,  4, 11, -6,-27,-14, -1;
/M: SY='L'; M=-10,-19,-21,-22,-16,  7,-25,-15,  9,-15, 24, 13,-16,-26,-15,-11,-21, -8,  4,-20, -1,-15;
/M: SY='V'; M= -2,-25,-15,-28,-25, -1,-28,-26, 25,-21, 12,  9,-22,-25,-23,-20, -7,  2, 32,-28, -8,-25;
/M: SY='E'; M=  3,  1,-19, -4,  6,-11,-14, -8, -8, -5,-10, -4,  3,-15, -3, -9, -1, -4, -6,-27,-13,  2;
/M: SY='E'; M=-11,  7,-28, 12, 21,-23,-18,  9,-26, 11,-22,-13,  2,-10, 12,  3, -1, -8,-24,-22, -2, 16;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='R'; M=-16, -8,-23, -8,  0,-16,-16,  0,-23, 23,-16, -8,  0,-16,  8, 55, -8, -8,-16,-16, -8,  0; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='Q'; M= -9, -3,-22, -3,  8,-24,-14,  3,-18, 12,-17, -5,  1,-11, 27, 23,  1, -5,-19,-17, -9, 16; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='R'; M= -9, -3,-21, -6, -1,-16,-14, -3,-12, 10,-14, -6,  4,-13,  7, 23, -2, -4,-11,-19, -9,  1; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='L'; M= -6,-22,-14,-22,-17,  2,-23,-17, 16,-15, 19, 10,-20,-22,-16, -8,-15, -5, 18,-18, -4,-17; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='M'; M= -7,-12,-16,-18,-11, -4,-14, -1,  8,  0,  8, 35,-12,-13,  1, -2,-13, -7,  4,-14, -1, -5; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='A'; M= 19,  0,-16, -8, -5,-20, -4, -9,-17,  1,-18,-13,  7,-14, -3,  5,  8,  0,-11,-26,-18, -5;
/M: SY='A'; M= 12, -9,-19,-14,-10,-12,-15,-15,  1,-15,  7,  1, -8,-18, -6,-16, -6, -5, -1,-23,-11, -9;
/M: SY='Q'; M=-11, -1,-28, -3, 11,-26,-21,  0,-14,  9,-13, -3,  2,-14, 25, 11, -6, -9,-19,-23,-10, 17;
/M: SY='V'; M=  3,-18,-15,-21,-16, -6,-22,-21,  9,-13,  6,  3,-16,-21,-16,-14, -4,  3, 16,-27,-10,-16;
/M: SY='A'; M= 14,-14,-18,-20,-10, -5,-15,-16, -3,-10, -3, -2,-11,-16, -6,-13, -1, -3, -1,-18, -7, -8;
/M: SY='L'; M=-11, -8,-23,-14,-11, -5,-22,-11,  4, -9, 13,  4, -1,-24, -9, -3,-15, -8, -3,-25, -7,-11;
/M: SY='R'; M=-17, -8,-30, -8,  1,-18,-21, -1,-26, 32,-21, -9, -2,-18,  8, 47,-11,-10,-19,-14,  1,  1;
/M: SY='R'; M=-15, -2,-27, -5,  1,-21,-16, -1,-28, 24,-23,-12,  8,-18,  8, 50, -3, -6,-20,-24,-12,  1;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_11 which contains 547'085 sequence entries.


Total number of hits 44 in 43 different sequences
Number of true positive hits 44 in 43 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 1
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] DNA_BIND
Feature description [info] DM
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
43 sequences

DMR3T_HORSE (J7FCF0), DMRT1_BOVIN (C0LZJ1), DMRT1_CHICK (Q9PTQ7), 
DMRT1_DANRE (Q71MM5), DMRT1_HUMAN (Q9Y5R6), DMRT1_MOUSE (Q9QZ59), 
DMRT1_ORYLA (Q801F8), DMRT1_PIG   (Q9TT01), DMRT1_TRASC (P57690), 
DMRT1_XENTR (P85119), DMRT2_HUMAN (Q9Y5R5), DMRT2_MOUSE (Q8BG36), 
DMRT3_HORSE (F6W2R2), DMRT3_HUMAN (Q9NQL9), DMRT3_MOUSE (Q80WT2), 
DMRT3_RAT   (D4A218), DMRT3_TAKRU (Q90WM5), DMRTA_HUMAN (Q5VZB9), 
DMRTA_MOUSE (Q8CFG4), DMRTB_HUMAN (Q96MA1), DMRTB_MOUSE (A2A9I7), 
DMRTD_BOVIN (Q32LE6), DMRTD_HUMAN (Q8IXT2), DMRTD_MOUSE (Q8CGW9), 
DMT1A_XENLA (Q3LH63), DMT1B_XENLA (B7ZS42), DMT1Y_ORYLA (Q8JIR6), 
DMT3A_DANRE (P83758), DMT3B_DANRE (Q9DFI0), DMTA2_BOVIN (A6QQ94), 
DMTA2_DANRE (Q5UU75), DMTA2_HUMAN (Q96SC8), DMTA2_MONAL (A8TSS9), 
DMTA2_MOUSE (A2A9A2), DMTA2_ORENI (Q6YHU8), DMTA2_ORYLA (Q76L87), 
DMTA2_TAKRU (Q4AE28), DMTA2_XENLA (Q2MJB4), DMTA2_XENTR (A4QNP7), 
DMTA2_XIPMA (Q2I327), DMW_XENLA   (B0I1G7), DSX_DROME   (P23023), 
MAB3_CAEEL  (O18214)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
'Partial' sequences
1 sequence

DMRT1_ALLMI (Q9PUE0)

		

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission