Entry: PS50811

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] WRKY
Accession [info] PS50811
Entry type [info] MATRIX
Date [info] MAY-2002 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50811
Associated ProRule [info] PRU00223

Name and characterization of the entry

Description [info] WRKY domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=66;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=61;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.2606; R2=0.01147738; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=-3231.33846; R2=29.12308; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=717; N_SCORE=8.5; H_SCORE=15145; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=543; N_SCORE=6.5; H_SCORE=12612; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S'; M= 26, -4,-10, -8, -4,-20,  0,-14,-16,-10,-22,-16,  2,-10, -4,-14, 28, 12, -6,-32,-20, -4;
/M: SY='D'; M= 11, 14,-22, 20, 19,-29, -9, -8,-25, -1,-19,-19,  2, -7,  2,-11,  4, -6,-18,-29,-20, 11;
/M: SY='I'; M= -7,-14,-24,-13,  6,-12,-29,-18, 12,-11,  1,  1,-15,-15, -7,-15, -9, -7, 12,-27,-11, -2;
/M: SY='D'; M=  8, 26,-22, 34,  8,-32, -6, -8,-28, -4,-22,-22,  8,-10, -4,-14,  4, -6,-18,-32,-20,  2;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-33,-23,  7,-33,-23, 29,-30, 41, 20,-27,-27,-20,-23,-27,-10, 16,-20,  0,-23;
/M: SY='L'; M=-10, -2,-20,-10,-12, -2,-18, -8,  4,-18, 18,  4,  6,-26,-12,-12,-14, -6, -6,-28, -8,-12;
/M: SY='D'; M= -8, 30,-22, 42, 12,-32, -6, -4,-32, -4,-30,-26, 16,-10,  0,-10, 16,  2,-22,-40,-20,  6;
/M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='G'; M=  0,-18,-22,-18,-24,-18, 30,-24,-12,-20,-14, -8,-12,-24,-24,-20, -4,-12,  2,-24,-22,-24;
/M: SY='W'; M=-20,-28,-38,-28,-24, 22,-26,  0, -8,-14, -8, -8,-28,-30,-14,-14,-28,-18,-18, 78, 60,-20;
/M: SY='R'; M=  8,-10,-22,-14, -4,-20,-12, -8,-22, 14,-16,-10, -4,-16,  2, 34, -2, -6,-12,-20,-14, -4;
/M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='Q'; M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='P'; M= -4,-26,-22,-22,-18,-12,-26,-26, 10,-16, -6, -2,-26, 18,-22,-20,-10, -4, 18,-30,-18,-22;
/M: SY='V'; M= -4,-30,-18,-34,-30,  0,-34,-30, 38,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 42,-26, -6,-30;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='N'; M= -2, 24,-16, 12,  0,-20,  0,  2,-20, -4,-30,-20, 40,-16,  0, -4, 22,  8,-22,-40,-20,  0;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='N'; M=-14, 16,-24,  4, -8,  0,-12, 14,-12, -4,-18,-12, 28,-24, -4, -4, -2, -4,-22,-12, 20, -8;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='G'; M=  6, -4,-18, -4, -8,-24, 28,-14,-28,-14,-30,-20,  6,-14, -8,-14, 24,  4,-18,-32,-24, -8;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='R'; M=-14, -4,-30, -4,  6,-26,-20, -6,-30, 42,-26,-10,  0,-14, 10, 46,-10,-10,-20,-20,-10,  6;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='T'; M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='S'; M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='K'; M=  7, -3,-24, -6,  7,-30,-14, -7,-21, 20,-21, -7, -3,-10, 20,  9, -1, -7,-17,-20,-13, 14;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P'; M=-10, -7,-26, -9, -8,-11,-18,-11, -4,-15,  2, -4, -1, 10,-11,-14,-12, -7,-14,-29,-15,-11;
/M: SY='V'; M= 20,-22,-10,-26,-22, -8,-18,-26, 14,-16,  2,  2,-22,-22,-22,-20, -2,  0, 30,-26,-14,-22;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='H'; M=-16,  0,-30,  0,  8,-28,-20, 64,-26, -2,-20,  0,  6,-16, 30,  4, -6,-16,-30,-26,  8, 16;
/M: SY='V'; M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='N'; M= 14, 13,-14,  2, -3,-20,  0, -5,-17, -6,-24,-17, 24,-14, -3, -9, 19,  6,-15,-34,-20, -3;
/M: SY='R'; M= -2, -4,-18, -4,  0,-20, -8, -6,-24,  6,-26,-16,  6,-14,  4, 22, 20,  8,-14,-32,-16,  0;
/M: SY='H'; M= -2,  0,-16, -3, -3,-17,-12, 21,-20,-10,-21,-11,  7,-13,  0, -7, 19, 16,-13,-34, -5, -3;
/M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='P'; M= -4,-17,-28,-17, -9,-18,-21,-20,  2,-16,-14, -8,-11, 27,-10,-20,  1, -1, -6,-30,-18,-13;
/M: SY='K'; M=-13, -3,-30, -3,  7,-27,-20, -7,-30, 44,-27,-10,  0,-13, 10, 42,-10,-10,-20,-20,-10,  7;
/M: SY='M'; M= 13,-11,-14,-18,-11,-12, -8, -9, -1,-10, -4, 15, -8,-14, -3,-13,  7,  2,  1,-26,-12, -7;
/M: SY='F'; M= -8,-30,-14,-34,-30, 32,-30,-26, 18,-24, 10,  6,-26,-30,-34,-20,-14, -4, 30,-14,  6,-30;
/M: SY='I'; M= -7,-30,-24,-37,-30,  0,-37,-30, 44,-27, 17, 17,-23,-23,-23,-27,-17, -7, 36,-23, -3,-30;
/M: SY='T'; M=  0,-12,-10,-18,-18, -6,-24,-24,  6,-14, -2, -2,-12,-18,-18,-14,  8, 30, 20,-30,-10,-18;
/M: SY='T'; M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='E'; M= -6,  6,-22,  8, 32,-22,-20, -8,-22,  2,-16,-16,  0, -4,  8, -4,  8, 14,-18,-30,-16, 20;
/M: SY='G'; M= 20,-10,-22,-14,-16,-26, 42,-20,-28,-16,-22,-16, -4,-16,-16,-20,  4,-12,-18,-20,-26,-16;
/M: SY='K'; M=-10,  4,-30,  8, 30,-30,-20, -6,-30, 34,-26,-14,  0, -6, 14, 18, -6,-10,-24,-24,-14, 22;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='D'; M=-16, 22,-34, 38, 12,-36,-14, -8,-32, -4,-30,-26,  4, 30, -4,-14, -4,-10,-30,-36,-24,  2;
/M: SY='V'; M= 20,-22,-10,-26,-22, -8,-18,-26, 14,-16,  2,  2,-22,-22,-22,-20, -2,  0, 30,-26,-14,-22;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_08 which contains 546'238 sequence entries.


Total number of hits 90 in 76 different sequences
Number of true positive hits 88 in 74 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits 2 in 2 different sequences
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 97.78 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] DNA_BIND
Feature description [info] WRKY
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
74 sequences

WRK10_ARATH (Q9LG05), WRK11_ARATH (Q9SV15), WRK12_ARATH (Q93WY4), 
WRK13_ARATH (Q9SVB7), WRK14_ARATH (Q9SA80), WRK15_ARATH (O22176), 
WRK16_ARATH (Q9FL92), WRK17_ARATH (Q9SJA8), WRK18_ARATH (Q9C5T4), 
WRK19_ARATH (Q9SZ67), WRK20_ARATH (Q93WV0), WRK21_ARATH (O04336), 
WRK22_ARATH (O04609), WRK23_ARATH (O22900), WRK24_ARATH (Q9FFS3), 
WRK25_ARATH (O22921), WRK26_ARATH (Q9C5T3), WRK27_ARATH (Q9FLX8), 
WRK28_ARATH (Q8VWJ2), WRK29_ARATH (Q9SUS1), WRK30_ARATH (Q9FL62), 
WRK31_ARATH (Q93WT0), WRK32_ARATH (P59583), WRK33_ARATH (Q8S8P5), 
WRK34_ARATH (O65590), WRK35_ARATH (O64747), WRK36_ARATH (Q9CAR4), 
WRK38_ARATH (Q8GWF1), WRK39_ARATH (Q9SR07), WRK40_ARATH (Q9SAH7), 
WRK41_ARATH (Q8H0Y8), WRK42_ARATH (Q9XEC3), WRK43_ARATH (Q8GY11), 
WRK44_ARATH (Q9ZUU0), WRK45_ARATH (Q9S763), WRK46_ARATH (Q9SKD9), 
WRK47_ARATH (Q9ZSI7), WRK48_ARATH (Q9FGZ4), WRK49_ARATH (Q9FHR7), 
WRK50_ARATH (Q8VWQ5), WRK51_ARATH (Q93WU9), WRK52_ARATH (Q9FH83), 
WRK53_ARATH (Q9SUP6), WRK54_ARATH (Q93WU8), WRK55_ARATH (Q9SHB5), 
WRK56_ARATH (Q8VWQ4), WRK57_ARATH (Q9C983), WRK58_ARATH (Q93WU7), 
WRK59_ARATH (Q9SJ09), WRK60_ARATH (Q9SK33), WRK61_ARATH (Q8VWV6), 
WRK62_ARATH (Q9LZV6), WRK63_ARATH (Q9C6H5), WRK64_ARATH (Q9C557), 
WRK65_ARATH (Q9LP56), WRK66_ARATH (Q9M8M6), WRK67_ARATH (Q93WV7), 
WRK68_ARATH (Q93WV6), WRK69_ARATH (Q93WV5), WRK70_ARATH (Q9LY00), 
WRK71_ARATH (Q93WV4), WRK72_ARATH (Q9LXG8), WRK74_ARATH (Q93WU6), 
WRK75_ARATH (Q9FYA2), WRKY1_ARATH (Q9SI37), WRKY1_DICDI (Q554C5), 
WRKY1_MAIZE (Q32SG4), WRKY2_ARATH (Q9FG77), WRKY3_ARATH (Q9ZQ70), 
WRKY4_ARATH (Q9XI90), WRKY6_ARATH (Q9C519), WRKY7_ARATH (Q9STX0), 
WRKY8_ARATH (Q9FL26), WRKY9_ARATH (Q9C9F0)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences
2 sequences

ATAT1_TRYCC (Q4CQJ5), ATAT2_TRYCC (Q4DTX9)

		
PDB
[Detailed view]
3 PDB

1WJ2; 2AYD; 2LEX

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission