Entry: PS50831

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] SOHO
Accession [info] PS50831
Entry type [info] MATRIX
Date [info] SEP-2003 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50831
Associated ProRule [info] PRU00195

Name and characterization of the entry

Description [info] SoHo domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=62;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=57;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8877351; R2=0.0100598; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3898.69811; R2=17.28243; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=658; N_SCORE=8.5; H_SCORE=13542; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=459; N_SCORE=6.5; H_SCORE=11814; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='V'; M= -7, -2,-17,  5,-12,-14,-23,-19,  5,-13, -4, -4,-12,-23,-19,-16, -6, -4, 22,-34,-14,-16;
/M: SY='V'; M= -7,-19,-23,-22,-16,-11,-30,-23, 15,  2, -1,  6,-16,-20,-13, -5,-13, -7, 19,-23, -7,-16;
/M: SY='R'; M=-17, -7,-30, -7,  3,-23,-20, -3,-30, 36,-23,-10,  0,-17, 10, 58,-10,-10,-20,-20,-10,  3;
/M: SY='W'; M= 12,-17,-24,-20,-14, -9, -7,-20,-17,-14,-20,-17,-14,-17,-10,-17,  2, -4,-14, 34, -2,-10;
/M: SY='A'; M= 14,-20,-19,-20,-14,-16,-17,-24,  1,-14, -9, -6,-20, 14,-17,-20, -3, -3,  8,-27,-20,-17;
/M: SY='H'; M=-13,  0,-30,  0, 10,-30,-20, 31,-27, 18,-24, -4,  3,-13, 27, 14, -7,-13,-26,-23, -1, 17;
/M: SY='Y'; M=-20,  3,-30, 10, -7,  7,-23, 13,-13, -7,-10,-10, -7,-23, -7,-10,-13,-10,-17,  7, 47,-10;
/M: SY='P'; M=-10,-13,-30, -6, 15,-17,-23,-13,-10,-10,  0, -7,-16, 18, -3,-13,-13,-10,-17,-27,-16,  4;
/M: SY='G'; M=  3, -7,-23, -7,-13,-27, 47,-17,-33,-17,-30,-20,  3,-17,-13,-17, 13, -7,-23,-27,-27,-13;
/M: SY='I'; M=-13, -3,-30, -3,-13,-13,-30,-20, 20,-20,  3,  3, -7,-17,-13,-23,-13,-10, 10,-27, -7,-17;
/M: SY='G'; M=  0,-17,-23,-17,-23,-20, 37,-23,-17,-20,-17,-10,-10,-23,-23,-20, -3,-13, -3,-23,-23,-23;
/M: SY='P'; M= -3,-13,-30, -7,  0,-27,-13,-17,-20,-10,-30,-20,-10, 57, -7,-17,  7,  0,-23,-33,-27, -7;
/M: SY='V'; M=  0,-20,-10,-23,-23, -3,-27,-27, 17,-17,  3,  3,-20,-23,-23,-17,  0, 17, 33,-30,-10,-23;
/M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='S'; M=  7,-10,-10,-10,-10,-13,-10,-17, -3,-13,-17,-10, -3,-17,-10,-13, 23, 13, 10,-37,-17,-10;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='I'; M=-10,-26,-26,-36,-26,  0,-33,-19, 39,-23, 20, 34,-20,-20,-13,-23,-20,-10, 23,-20,  0,-23;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='I'; M= -7,-21,-20,-27,-20,  0,-30,-24, 21,-24, 21, 11,-17,-20,-17,-20,-11,  9, 14,-23, -3,-20;
/M: SY='A'; M= 27,-10,-17,-17, -7,-20, -7,-13,-17,  3,-13,-10, -7,-13, -3, 10,  3, -3, -7,-20,-17, -7;
/M: SY='P'; M=-10, -3,-30, -9, -9,-17,-20,-13,  2,-13,-14, -8,  7, 19,-10,-16, -6, -7,-11,-30,-17,-13;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='R'; M=-13, -7,-20, -7,  0,-13,-13,  0,-20, 20,-13, -7,  0,-13,  7, 47, -7, -7,-13,-13, -7,  0; D=-13;
/I:         I=-13; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='T'; M=  4,  0, -7, -3, -3,-10, -6,-10,-10, -7,-14,-10,  4, -7, -3, -7, 20, 23, -4,-24,-10, -3; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='T'; M=  4,  0, -7, -3, -3,-10, -6,-10,-10, -7,-14,-10,  4, -7, -3, -7, 20, 23, -4,-24,-10, -3; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='V'; M=  0,-20,-10,-23,-23, -3,-27,-27, 17,-17,  3,  3,-20,-23,-23,-17,  0, 17, 33,-30,-10,-23;
/M: SY='D'; M=-17, 37,-30, 53, 33,-37,-13,  0,-37,  3,-27,-27, 13, -7,  7, -7,  0,-10,-30,-37,-20, 20;
/M: SY='R'; M= -9, -6,-23, -6,  0,-20,-13, -4,-26, 16,-24,-14,  4,-16,  6, 42,  8,  1,-16,-27,-14,  0;
/M: SY='P'; M= -3,-13,-30, -7,  0,-27,-13,-17,-20,-10,-30,-20,-10, 57, -7,-17,  7,  0,-23,-33,-27, -7;
/M: SY='R'; M=-14, -4,-30, -4,  6,-26,-20, -6,-30, 43,-26,-10,  0,-14, 10, 44,-10,-10,-20,-20,-10,  6;
/M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='R'; M=-14, -4,-30, -4,  6,-26,-20, -6,-30, 43,-26,-10,  0,-14, 10, 44,-10,-10,-20,-20,-10,  6;
/M: SY='T'; M= -7, -4,-17,-10, -6,-14,-20,-13,-17,  4,-14,-10,  0,-14, -3, 18,  9, 29, -7,-26,-10, -6;
/M: SY='M'; M=-10,-20,-20,-30,-20,  0,-20,  0, 20,-10, 20, 60,-20,-20,  0,-10,-20,-10, 10,-20,  0,-10;
/M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-30,  0, 14,-34,-20, -3,-26, 36,-26, -6,  0,-10, 28, 23, -6,-10,-24,-20,-10, 21;
/M: SY='Q'; M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='I'; M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='R'; M=-14,-10,-27,-13, -3,-17,-20, -3,-14, 24,-11, 12, -6,-17,  7, 32,-13,-10,-11,-20, -7,  0;
/M: SY='V'; M= -7,-19,-20,-19,-12, -7,-26,-20,  5,  1,  9,  6,-19,-23,-12, -2,-17, -7, 12,-23, -7,-12;
/M: SY='H'; M=-13,  6,-23, -4, -7,-13,-13, 34, -9, -7, -9, 15, 16,-20,  3, -4, -7,-10,-16,-30,  0, -4;
/M: SY='R'; M=-13,-10,-34, -7,  3,-27,-20,-10,-26, 22,-27,-14, -7, 22,  3, 26,-10,-10,-24,-24,-17,  0;
/I:         I=-9; MD=-19;
/M: SY='P'; M=-10, 11,-23, 22,  7,-24,-10, -6,-20, -3,-20,-17,  1, 24, -3,-10, -3, -7,-20,-24,-16,  0; D=-9;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='D'; M=-16, 36,-30, 52, 34,-36,-14,  0,-36,  4,-26,-26, 13, -6,  7, -6,  0,-10,-30,-36,-20, 21;
/M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='D'; M=-16, 25,-34, 42, 13,-36,-14, -7,-33, -4,-30,-26,  6, 25, -4,-14, -4,-10,-30,-36,-24,  3;
/M: SY='P'; M=  0, -7,-21, -7, -3,-20,-13,-17,-17,-10,-24,-17, -4, 25, -7,-14, 16, 19,-14,-33,-20, -7;
/M: SY='D'; M=-16, 32,-30, 45, 16,-36,-14, -4,-36, 18,-30,-23, 13,-10,  4,  4, -4,-10,-26,-33,-16, 10;
/M: SY='V'; M= -3,-27,-13,-30,-27,  0,-27,-21, 27,-17, 13, 26,-27,-27,-21,-17,-13, -3, 38,-27, -7,-24;
/M: SY='H'; M=-13,-17,-23,-17,-17,  3,-27, 29,  1,-14, -3,  4,-14,-27,-10,-10,-13,-10,  5,-11, 28,-17;
/M: SY='S'; M=  4, 12,-13,  6,  0,-20,  0, -4,-20, -7,-30,-20, 26,-13,  0, -7, 31, 14,-16,-40,-20,  0;
/M: SY='P'; M= 14,-10,-20,-14, -7,-20,-13,-20,-13,-10,-17,-13,-10, 23,-10,-17,  6, 12,-10,-26,-20,-10;
/M: SY='R'; M=-17,-13,-33,-10,  0,-23,-20, -6,-27, 18,-23,-13, -6, 14,  4, 42,-10,-10,-23,-23,-16, -3;
/M: SY='Y'; M=  5,-16,-23,-20,-16, 12,-19,  6, -4,-10, -4, -4,-16,-23,-10,-14, -9, -6, -6, 12, 45,-16;
/M: SY='S'; M=  7,  0,-10, -3, -3,-17, -6,-13,-17,-10,-24,-17,  7,-10, -3,-10, 34, 29, -7,-37,-17, -3;
/M: SY='F'; M= -9,-16,-20,-20,-16, 29,-19, -4, -7,-17, -7, -7, -9,-23,-16,-13,  1,  1, -7, -1, 28,-16;
/M: SY='S'; M= 18,  9,-13, -1, -4,-20,  0, -7,-16, -7,-23,-16, 18,-13, -4,-10, 20,  7,-13,-33,-20, -4;
/M: SY='E'; M=  5, 17,-24, 24, 25,-30,-10, -6,-27,  0,-20,-20,  4, -6,  4,-10,  3, -7,-21,-30,-20, 14;
/M: SY='P'; M=-10,  7,-34, 17,  0,-33, 11,-13,-33,-10,-30,-23,  0, 22,-10,-17, -4,-13,-30,-30,-27, -6;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_07 which contains 546'000 sequence entries.


Total number of hits 8 in 8 different sequences
Number of true positive hits 8 in 8 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 1
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] SoHo
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
8 sequences

SRBS1_HUMAN (Q9BX66), SRBS1_MOUSE (Q62417), SRBS2_HUMAN (O94875), 
SRBS2_MOUSE (Q3UTJ2), SRBS2_PIG   (P28220), SRBS2_RAT   (O35413), 
VINEX_HUMAN (O60504), VINEX_MOUSE (Q9R1Z8)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
'Partial' sequences
1 sequence

SRBS1_RAT   (P84109)

		

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission