Entry: PS50847

General information about the entry

Entry name [info] GRAM_POS_ANCHORING
Accession [info] PS50847
Entry type [info] MATRIX
Date [info] MAY-2002 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2015 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00373
Associated ProRule [info] PRU00477

Name and characterization of the entry

Description [info] Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=38;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=35;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-1.1366972; R2=0.0260992; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=386.89655; R2=18.18391; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=370; N_SCORE=8.5000; H_SCORE=6406; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=293; N_SCORE=6.5000; H_SCORE=5715; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,-10,-30,-20,-20,-60, 60,-20,-30,-50,-20,-20,-30,-10,-10,-19,-10,-20;
/M: SY='P'; M= -8,-20,-39,-10,-10,-30,-19,-20,-20,-10,-29,-20,-20, 87,-10,-20, -9,-10,-29,-30,-30,-10;
/M: SY='E'; M=  0,  6,-22,  6,  8,-23,-12,  0,-28,  6,  0,-12,  8,-12,  7,-10,  3,  5,-17,-28,-13,  7;
/M: SY='T'; M= 20,-10,-10,-10,-10,-11,-18,-20,-10,-10,-11,-10,-10,-10,-10,-11, 36, 50,-10,-30,-11,-10;
/M: SY='G'; M= 60,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 50,-20,-20,-20, 45,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='E'; M= -5, 13,-24, 19, 23,-27, -7, -6,-26, -1,-21,-19,  5, -8,  4, -7,  6, -1,-21,-32,-19, 13;
/M: SY='E'; M=  1,  5,-21,  2,  8,-22,-13, -6,-18,  5,-19,-20,  7,-20,  4, -1,  6,  3,-14,-29,-15,  5;
/M: SY='N'; M=  1,  6,-21,  4,  3,-21, -4, -7,-27,-10,-19,-13,  8,-12,  0, -4,  6, -1,-16,-29,-16,  1;
/M: SY='N'; M= -2, 10,-19,  4,  3,-20, -7, -3,-17, -3,-21,-13, 17,-20,  2, -5, 12,  7,-16,-33,-16,  2;
/M:         M=  0, -9,-22,-12, -9,-12,-16,-13, -4,-10, -7, -5, -4, -3, -9,-12, -2,  0, -5,-25,-11,-11;
/M: SY='F'; M= -6,-14,-22,-18,-14,  6,-18,-14, -1,-15,  0, -2, -9,-15,-14,-14, -7, -3, -3,-14,  1,-14;
/M: SY='F'; M= -8,-20,-20,-25,-18, 17,-20,-15,  3,-20, 12,  6,-15,-20,-18,-16,-12, -4,  0,-13,  5,-18;
/M: SY='T'; M=  0,-10,-18,-15,-10, -8,-16,-17, -2,-12, -1, -2, -8,-11,-11,-13,  1, 10,  0,-25,-10,-11;
/M: SY='I'; M=  6,-20,-18,-26,-20, -2,-18,-21, 13,-20, 10,  7,-17,-20,-17,-20, -8, -2, 12,-21, -6,-19;
/M: SY='A'; M= 15,-17,-15,-23,-16, -7,-13,-21,  4,-17,  7,  2,-16,-17,-16,-19, -3,  2,  9,-22,-11,-16;
/M: SY='G'; M= 10,-13,-23,-17,-18,-16, 32,-20,-22,-18,-15,-11, -7,-19,-18,-19, -1,-12,-15,-17,-20,-18;
/M: SY='L'; M=  7,-19,-18,-23,-18, -5, -8,-20,  3,-21, 10,  3,-16,-20,-17,-19, -8, -4,  4,-21,-10,-18;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='L'; M= -3,-24,-18,-27,-20,  2,-24,-21, 17,-23, 24, 14,-22,-24,-18,-19,-14, -2, 15,-23, -5,-19;
/M: SY='M'; M= -1,-21,-17,-26,-19,  3,-20,-18, 12,-20, 13, 14,-18,-22,-16,-18, -9, -1, 11,-22, -4,-18;
/M: SY='A'; M= 10,-18,-16,-23,-17, -5,-13,-20,  6,-18,  7,  4,-15,-19,-15,-18, -3,  1,  8,-23,-10,-16;
/M: SY='V'; M=  5,-18,-18,-23,-19, -4,-10,-22,  5,-20,  6,  2,-15,-20,-18,-19, -5,  0,  8,-22,-10,-19;
/M: SY='A'; M=  9,-17,-19,-21,-17,-10,  0,-21, -1,-20,  3, -1,-13,-20,-16,-20, -3, -3,  2,-23,-13,-17;
/M: SY='G'; M=  9,-10,-23,-12,-16,-23, 37,-19,-26,-17,-21,-15, -3,-15,-16,-18,  5, -8,-17,-23,-24,-16;
/M: SY='L'; M=  4,-20,-17,-24,-19, -2,-10,-20,  5,-21,  9,  4,-16,-22,-18,-20, -7, -4,  6,-21, -8,-19;
/M: SY='L'; M= -1,-22,-19,-25,-20,  6,-13,-19,  6,-21, 11,  5,-18,-24,-20,-18,-11, -6,  7,-16, -2,-20;
/M: SY='L'; M= -1,-24,-18,-28,-21,  8,-22,-21, 12,-24, 21,  8,-22,-25,-20,-20,-16, -5,  9,-15,  0,-20;
/M: SY='L'; M= -2,-21,-18,-24,-19,  9,-16,-18,  4,-20, 11,  3,-18,-24,-19,-17,-10, -3,  6,-16,  1,-19;
/M: SY='V'; M= -1,-16,-21,-19,-13, -3,-14,-17, -2, -7,  0,  0,-12,-20,-12, -7, -7, -4,  1,-19, -5,-13;
/M: SY='K'; M= -8, -9,-26,-10, -2,-18,-16,-11,-18, 20,-15, -6, -6,-16, -1, 19, -9, -8,-10,-21,-15, -2;
/M: SY='R'; M=-13, -3,-28, -5,  2,-22,-16, -4,-27, 29,-24,-11,  3,-15,  6, 39, -6, -8,-19,-20,-10,  2;
/M: SY='R'; M=-14, -5,-28, -5,  5,-24,-19, -3,-27, 32,-22, -9,  1,-16, 10, 45, -8, -9,-19,-21,-10,  5;
/M: SY='K'; M=-11,  4,-29,  4, 15,-28,-18, -5,-29, 33,-26,-13,  4,-11, 11, 28, -6, -8,-22,-24,-13, 12;
/M: SY='E'; M= -7,  6,-25,  7, 17,-25,-16, -5,-23, 15,-22,-13,  6,-10,  9, 10,  1, -2,-19,-27,-14, 12;
/M: SY='D'; M= -7, 18,-24, 19, 12,-26, -9,  1,-25,  4,-23,-17, 16,-13,  4, -1,  4, -4,-21,-33,-16,  8;
/M: SY='K'; M= -9,  8,-23,  9, 13,-28,-14, -4,-25, 17,-24,-13,  7,-12,  9,  8, -1, -6,-20,-28,-15, 11;
/M: SY='N'; M=  0, 11,-19,  5,  5,-24, -7, -5,-21,  7,-23,-14, 16,-14,  3,  0,  5, -2,-19,-30,-17,  4;
/M: SY='K'; M= -7,  2,-26,  3, 10,-21,-18, -8,-19, 16,-14, -8,  0,-13,  5,  7, -7, -9,-16,-24,-11,  7;
/M: SY='A'; M=  1, -1,-22, -4,  1,-11,-11, -4,-19,  0,-14,-10,  0,-15, -2, -1, -2, -5,-15,-21, -9, -1;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_08 which contains 320'201 sequence entries.


Total number of hits 171 in 171 different sequences
Number of true positive hits 168 in 168 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 3 in 3 different sequences
Number of false negative sequences 21
Number of 'partial' sequences 2
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 98.25 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 88.89 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] C_Lachaize, CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 1
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
168 sequences

ARP4_STRPY  (P13050), ASA1_ENTFA  (P17953), BAG_STRAG   (P27951), 
BBP_STAAR   (Q6GJA6), BBP_STAAU   (Q14U76), BCA_STRA1   (Q02192), 
C5AP_STRP3  (P0DD34), C5AP_STRP6  (Q5X9R0), C5AP_STRP8  (Q8NZ80), 
C5AP_STRPQ  (P0DD35), C5AP_STRPY  (P15926), CLFA_STAA8  (Q2G015), 
CLFA_STAAC  (Q5HHM8), CLFA_STAAE  (Q53653), CLFA_STAAM  (Q932C5), 
CLFA_STAAN  (Q99VJ4), CLFA_STAAR  (Q6GIK4), CLFA_STAAS  (Q6GB45), 
CLFA_STAAW  (Q8NXJ1), CLFB_STAA8  (Q2FUY2), CLFB_STAAC  (Q5HCR7), 
CLFB_STAAE  (O86476), CLFB_STAAM  (Q99R07), CLFB_STAAN  (Q7A382), 
CLFB_STAAR  (Q6GDH2), CLFB_STAAS  (Q6G644), CLFB_STAAW  (Q8NUL0), 
DEXT_STRDO  (P39653), DEXT_STRMU  (Q54443), FAP1_STRPA  (A1C3L3), 
FBE_STAEP   (O70022), FM1_ACTVI   (P18477), FM2_ACTNA   (P12616), 
FNBA_STAA1  (A7X6I5), FNBA_STAA3  (Q2FE03), FNBA_STAA8  (P14738), 
FNBA_STAAB  (Q2YW62), FNBA_STAAC  (Q5HD51), FNBA_STAAM  (Q99RD2), 
FNBA_STAAN  (Q7A3J7), FNBA_STAAR  (Q6GDU5), FNBA_STAAS  (Q6G6H3), 
FNBA_STAAW  (Q8NUU7), GH101_STRPN (Q2MGH6), GH101_STRR6 (Q8DR60), 
IGA1A_STRPN (Q97QP7), IGA1B_STREE (Q54875), IGA1_STRR6  (Q59947), 
IGA1_STRSA  (Q59986), INLA_LISM4  (G2K3G6), INLA_LISMF  (Q723K6), 
INLA_LISMO  (P0DJM0), INLI_LISMF  (Q723X5), INLI_LISMO  (Q8YA32), 
INLJ_LISMF  (Q71VU0), INLJ_LISMO  (Q8Y3L4), INUS_LACJO  (Q74K42), 
ISDA_STAA1  (A7X148), ISDA_STAA2  (A6U0U7), ISDA_STAA3  (Q2FHV1), 
ISDA_STAA8  (Q2FZE9), ISDA_STAA9  (A5IS16), ISDA_STAAB  (Q2YX95), 
ISDA_STAAC  (Q5HGV4), ISDA_STAAE  (A6QG31), ISDA_STAAM  (Q99UX4), 
ISDA_STAAN  (Q7A655), ISDA_STAAR  (Q6GHV6), ISDA_STAAS  (Q6GA85), 
ISDA_STAAT  (A8Z1R0), ISDA_STAAU  (P0C1S5), ISDA_STAAW  (Q7A152), 
ISDB_STAA1  (A7X146), ISDB_STAA2  (A6U0U6), ISDB_STAA3  (Q2FHV2), 
ISDB_STAA8  (Q2FZF0), ISDB_STAA9  (A5IS15), ISDB_STAAB  (Q2YX96), 
ISDB_STAAC  (Q5HGV5), ISDB_STAAE  (A6QG30), ISDB_STAAM  (Q99UX5), 
ISDB_STAAN  (Q7A656), ISDB_STAAR  (Q6GHV7), ISDB_STAAS  (Q6GA86), 
ISDB_STAAT  (P0C7J5), ISDB_STAAW  (Q8NX66), LEVS_LACGS  (D3WYW0), 
LEVS_LACSN  (Q70XJ9), M12_STRPY   (P19401), M21_STRPY   (P50468), 
M22_STRPY   (P50469), M24_STRPY   (P12379), M49_STRP9   (P16947), 
M5_STRP5    (P02977), M6A_STRP6   (Q5X9Q9), M6B_STRPY   (P08089), 
MRP4_STRPY  (P30141), MRP_STRSU   (P32653), MX_STRP9    (P16946), 
NANA_STREE  (P62575), NANA_STRR6  (P62576), NTPES_BACSU (O34313), 
P1P_LACLC   (P16271), P2P_LACLC   (P15293), P2P_LACPA   (Q02470), 
P3P_LACLS   (P15292), PAA_STRCG   (Q9LBG3), PAB_FINMA   (Q51911), 
PAC_STRMG   (P11657), PAS_STRIT   (Q9KW51), PLS_STAAC   (Q5HJU7), 
PLS_STAAM   (Q931E9), PLS_STAAN   (P61598), PLS_STAAU   (P80544), 
PLS_STAAW   (Q8NUV0), PLS_STAES   (Q8CQD9), SASG_STAA8  (Q2G2B2), 
SDRC_STAA3  (Q2FJ79), SDRC_STAA8  (Q2G0L5), SDRC_STAAC  (Q5HIB4), 
SDRC_STAAE  (O86487), SDRC_STAAM  (Q99W48), SDRC_STAAN  (Q7A781), 
SDRC_STAAR  (Q6GJA7), SDRC_STAAS  (Q6GBS6), SDRC_STAAW  (Q8NXX7), 
SDRD_STAA3  (Q2FJ78), SDRD_STAA8  (Q2G0L4), SDRD_STAAC  (Q5HIB3), 
SDRD_STAAE  (O86488), SDRD_STAAM  (Q99W47), SDRD_STAAN  (Q7A780), 
SDRD_STAAS  (Q6GBS5), SDRD_STAAW  (Q8NXX6), SDRE_STAA3  (Q2FJ77), 
SDRE_STAAC  (Q5HIB2), SDRE_STAAE  (O86489), SDRE_STAAM  (Q932F7), 
SDRE_STAAN  (Q99W46), SDRE_STAAS  (Q6GBS4), SDRE_STAAW  (Q8NXX5), 
SDRF_STAEP  (Q9KI14), SDRF_STAES  (Q8CMP4), SDRG_STAEP  (Q9KI13), 
SDRI_STASA  (Q8KWM1), SPAA_STRDO  (P21979), SPAP_STRMU  (P23504), 
SPA_STAA8   (P02976), SPA_STAAM   (P0A015), SPA_STAAN   (P99134), 
SPA_STAAU   (P38507), SPG1_STRSG  (P06654), SPG2_STRSG  (P19909), 
SPH_STRP1   (P50470), SRAP_STAA3  (Q2FDK5), SRAP_STAA8  (Q2FUW1), 
SRAP_STAAC  (Q5HCP3), SRAP_STAAM  (Q99QY4), SRAP_STAAN  (Q7A362), 
SRAP_STAAR  (Q6GDE9), SRAP_STAAS  (Q6G620), SRAP_STAAU  (Q8VQ99), 
SRAP_STAAW  (Q8NUJ3), SRAP_STAHJ  (Q4L9P0), SSP5_STRGN  (P16952), 
STRH_STRPN  (P49610), TEE6_STRP6  (P18481), WAPA_STRMU  (P11000)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
21 sequences

C5AP_STRP1  (P58099), CNA_STAAU   (Q53654), FRUA_STRMU  (Q03174), 
GH101_RENSM (A9WNA0), GSPB_STRGN  (Q939N5), HYSA_STRPN  (Q54873), 
ISDH_STAA3  (Q2FG07), ISDH_STAA8  (Q2FXJ2), ISDH_STAAB  (Q2YTF7), 
ISDH_STAAC  (Q5HF43), ISDH_STAAM  (Q931P4), ISDH_STAAN  (Q99TD3), 
ISDH_STAAS  (Q6G8J7), ISDH_STAAW  (Q8NW39), MANA_BIFAA  (A1A278), 
NISP_LACLL  (Q07596), PFBA_STRR6  (Q8CYC9), UAFA_STAS1  (Q4A0V8), 
ZMPB_STRPN  (Q9L7Q2), ZMPB_STRR6  (Q8DQN5), ZMPC_STRPN  (Q97T80)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
'Partial' sequences
2 sequences

M32_STRTR   (P83330), PAM_STRPY   (P49054)

		
UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences
3 sequences

MRC2_RAT    (Q4TU93), PPR29_HUMAN (Q5R3F8), PPR29_MOUSE (Q68FM6)

		

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission