Entry: PS50847

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] GRAM_POS_ANCHORING
Accession [info] PS50847
Entry type [info] MATRIX
Date [info] MAY-2002 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); OCT-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00373
Associated ProRule [info] PRU00477

Name and characterization of the entry

Description [info] Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=38;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=35;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-1.1366972; R2=0.0260992; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=386.89655; R2=18.18391; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=370; N_SCORE=8.5000; H_SCORE=6406; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=293; N_SCORE=6.5000; H_SCORE=5715; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,-10,-30,-20,-20,-60, 60,-20,-30,-50,-20,-20,-30,-10,-10,-19,-10,-20;
/M: SY='P'; M= -8,-20,-39,-10,-10,-30,-19,-20,-20,-10,-29,-20,-20, 87,-10,-20, -9,-10,-29,-30,-30,-10;
/M: SY='E'; M=  0,  6,-22,  6,  8,-23,-12,  0,-28,  6,  0,-12,  8,-12,  7,-10,  3,  5,-17,-28,-13,  7;
/M: SY='T'; M= 20,-10,-10,-10,-10,-11,-18,-20,-10,-10,-11,-10,-10,-10,-10,-11, 36, 50,-10,-30,-11,-10;
/M: SY='G'; M= 60,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 50,-20,-20,-20, 45,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='E'; M= -5, 13,-24, 19, 23,-27, -7, -6,-26, -1,-21,-19,  5, -8,  4, -7,  6, -1,-21,-32,-19, 13;
/M: SY='E'; M=  1,  5,-21,  2,  8,-22,-13, -6,-18,  5,-19,-20,  7,-20,  4, -1,  6,  3,-14,-29,-15,  5;
/M: SY='N'; M=  1,  6,-21,  4,  3,-21, -4, -7,-27,-10,-19,-13,  8,-12,  0, -4,  6, -1,-16,-29,-16,  1;
/M: SY='N'; M= -2, 10,-19,  4,  3,-20, -7, -3,-17, -3,-21,-13, 17,-20,  2, -5, 12,  7,-16,-33,-16,  2;
/M:         M=  0, -9,-22,-12, -9,-12,-16,-13, -4,-10, -7, -5, -4, -3, -9,-12, -2,  0, -5,-25,-11,-11;
/M: SY='F'; M= -6,-14,-22,-18,-14,  6,-18,-14, -1,-15,  0, -2, -9,-15,-14,-14, -7, -3, -3,-14,  1,-14;
/M: SY='F'; M= -8,-20,-20,-25,-18, 17,-20,-15,  3,-20, 12,  6,-15,-20,-18,-16,-12, -4,  0,-13,  5,-18;
/M: SY='T'; M=  0,-10,-18,-15,-10, -8,-16,-17, -2,-12, -1, -2, -8,-11,-11,-13,  1, 10,  0,-25,-10,-11;
/M: SY='I'; M=  6,-20,-18,-26,-20, -2,-18,-21, 13,-20, 10,  7,-17,-20,-17,-20, -8, -2, 12,-21, -6,-19;
/M: SY='A'; M= 15,-17,-15,-23,-16, -7,-13,-21,  4,-17,  7,  2,-16,-17,-16,-19, -3,  2,  9,-22,-11,-16;
/M: SY='G'; M= 10,-13,-23,-17,-18,-16, 32,-20,-22,-18,-15,-11, -7,-19,-18,-19, -1,-12,-15,-17,-20,-18;
/M: SY='L'; M=  7,-19,-18,-23,-18, -5, -8,-20,  3,-21, 10,  3,-16,-20,-17,-19, -8, -4,  4,-21,-10,-18;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='L'; M= -3,-24,-18,-27,-20,  2,-24,-21, 17,-23, 24, 14,-22,-24,-18,-19,-14, -2, 15,-23, -5,-19;
/M: SY='M'; M= -1,-21,-17,-26,-19,  3,-20,-18, 12,-20, 13, 14,-18,-22,-16,-18, -9, -1, 11,-22, -4,-18;
/M: SY='A'; M= 10,-18,-16,-23,-17, -5,-13,-20,  6,-18,  7,  4,-15,-19,-15,-18, -3,  1,  8,-23,-10,-16;
/M: SY='V'; M=  5,-18,-18,-23,-19, -4,-10,-22,  5,-20,  6,  2,-15,-20,-18,-19, -5,  0,  8,-22,-10,-19;
/M: SY='A'; M=  9,-17,-19,-21,-17,-10,  0,-21, -1,-20,  3, -1,-13,-20,-16,-20, -3, -3,  2,-23,-13,-17;
/M: SY='G'; M=  9,-10,-23,-12,-16,-23, 37,-19,-26,-17,-21,-15, -3,-15,-16,-18,  5, -8,-17,-23,-24,-16;
/M: SY='L'; M=  4,-20,-17,-24,-19, -2,-10,-20,  5,-21,  9,  4,-16,-22,-18,-20, -7, -4,  6,-21, -8,-19;
/M: SY='L'; M= -1,-22,-19,-25,-20,  6,-13,-19,  6,-21, 11,  5,-18,-24,-20,-18,-11, -6,  7,-16, -2,-20;
/M: SY='L'; M= -1,-24,-18,-28,-21,  8,-22,-21, 12,-24, 21,  8,-22,-25,-20,-20,-16, -5,  9,-15,  0,-20;
/M: SY='L'; M= -2,-21,-18,-24,-19,  9,-16,-18,  4,-20, 11,  3,-18,-24,-19,-17,-10, -3,  6,-16,  1,-19;
/M: SY='V'; M= -1,-16,-21,-19,-13, -3,-14,-17, -2, -7,  0,  0,-12,-20,-12, -7, -7, -4,  1,-19, -5,-13;
/M: SY='K'; M= -8, -9,-26,-10, -2,-18,-16,-11,-18, 20,-15, -6, -6,-16, -1, 19, -9, -8,-10,-21,-15, -2;
/M: SY='R'; M=-13, -3,-28, -5,  2,-22,-16, -4,-27, 29,-24,-11,  3,-15,  6, 39, -6, -8,-19,-20,-10,  2;
/M: SY='R'; M=-14, -5,-28, -5,  5,-24,-19, -3,-27, 32,-22, -9,  1,-16, 10, 45, -8, -9,-19,-21,-10,  5;
/M: SY='K'; M=-11,  4,-29,  4, 15,-28,-18, -5,-29, 33,-26,-13,  4,-11, 11, 28, -6, -8,-22,-24,-13, 12;
/M: SY='E'; M= -7,  6,-25,  7, 17,-25,-16, -5,-23, 15,-22,-13,  6,-10,  9, 10,  1, -2,-19,-27,-14, 12;
/M: SY='D'; M= -7, 18,-24, 19, 12,-26, -9,  1,-25,  4,-23,-17, 16,-13,  4, -1,  4, -4,-21,-33,-16,  8;
/M: SY='K'; M= -9,  8,-23,  9, 13,-28,-14, -4,-25, 17,-24,-13,  7,-12,  9,  8, -1, -6,-20,-28,-15, 11;
/M: SY='N'; M=  0, 11,-19,  5,  5,-24, -7, -5,-21,  7,-23,-14, 16,-14,  3,  0,  5, -2,-19,-30,-17,  4;
/M: SY='K'; M= -7,  2,-26,  3, 10,-21,-18, -8,-19, 16,-14, -8,  0,-13,  5,  7, -7, -9,-16,-24,-11,  7;
/M: SY='A'; M=  1, -1,-22, -4,  1,-11,-11, -4,-19,  0,-14,-10,  0,-15, -2, -1, -2, -5,-15,-21, -9, -1;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_11 which contains 547'085 sequence entries.


Total number of hits 171 in 171 different sequences
Number of true positive hits 168 in 168 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits 3 in 3 different sequences
Number of false negative sequences 21
Number of 'partial' sequences 2
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 98.25 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 88.89 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] C_Lachaize, CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 1
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
168 sequences

ARP4_STRPY  (P13050), ASA1_ENTFA  (P17953), BAG_STRAG   (P27951), 
BBP_STAAR   (Q6GJA6), BBP_STAAU   (Q14U76), BCA_STRA1   (Q02192), 
C5AP_STRP3  (P0DD34), C5AP_STRP6  (Q5X9R0), C5AP_STRP8  (Q8NZ80), 
C5AP_STRPQ  (P0DD35), C5AP_STRPY  (P15926), CLFA_STAA8  (Q2G015), 
CLFA_STAAC  (Q5HHM8), CLFA_STAAE  (Q53653), CLFA_STAAM  (Q932C5), 
CLFA_STAAN  (Q99VJ4), CLFA_STAAR  (Q6GIK4), CLFA_STAAS  (Q6GB45), 
CLFA_STAAW  (Q8NXJ1), CLFB_STAA8  (Q2FUY2), CLFB_STAAC  (Q5HCR7), 
CLFB_STAAE  (O86476), CLFB_STAAM  (Q99R07), CLFB_STAAN  (Q7A382), 
CLFB_STAAR  (Q6GDH2), CLFB_STAAS  (Q6G644), CLFB_STAAW  (Q8NUL0), 
DEXT_STRDO  (P39653), DEXT_STRMU  (Q54443), FAP1_STRPA  (A1C3L3), 
FBE_STAEP   (O70022), FM1_ACTVI   (P18477), FM2_ACTNA   (P12616), 
FNBA_STAA1  (A7X6I5), FNBA_STAA3  (Q2FE03), FNBA_STAA8  (P14738), 
FNBA_STAAB  (Q2YW62), FNBA_STAAC  (Q5HD51), FNBA_STAAM  (Q99RD2), 
FNBA_STAAN  (Q7A3J7), FNBA_STAAR  (Q6GDU5), FNBA_STAAS  (Q6G6H3), 
FNBA_STAAW  (Q8NUU7), GH101_STRPN (Q2MGH6), GH101_STRR6 (Q8DR60), 
IGA1A_STRPN (Q97QP7), IGA1B_STREE (Q54875), IGA1_STRR6  (Q59947), 
IGA1_STRSA  (Q59986), INLA_LISM4  (G2K3G6), INLA_LISMF  (Q723K6), 
INLA_LISMO  (P0DJM0), INLI_LISMF  (Q723X5), INLI_LISMO  (Q8YA32), 
INLJ_LISMF  (Q71VU0), INLJ_LISMO  (Q8Y3L4), INUS_LACJO  (Q74K42), 
ISDA_STAA1  (A7X148), ISDA_STAA2  (A6U0U7), ISDA_STAA3  (Q2FHV1), 
ISDA_STAA8  (Q2FZE9), ISDA_STAA9  (A5IS16), ISDA_STAAB  (Q2YX95), 
ISDA_STAAC  (Q5HGV4), ISDA_STAAE  (A6QG31), ISDA_STAAM  (Q99UX4), 
ISDA_STAAN  (Q7A655), ISDA_STAAR  (Q6GHV6), ISDA_STAAS  (Q6GA85), 
ISDA_STAAT  (A8Z1R0), ISDA_STAAU  (P0C1S5), ISDA_STAAW  (Q7A152), 
ISDB_STAA1  (A7X146), ISDB_STAA2  (A6U0U6), ISDB_STAA3  (Q2FHV2), 
ISDB_STAA8  (Q2FZF0), ISDB_STAA9  (A5IS15), ISDB_STAAB  (Q2YX96), 
ISDB_STAAC  (Q5HGV5), ISDB_STAAE  (A6QG30), ISDB_STAAM  (Q99UX5), 
ISDB_STAAN  (Q7A656), ISDB_STAAR  (Q6GHV7), ISDB_STAAS  (Q6GA86), 
ISDB_STAAT  (P0C7J5), ISDB_STAAW  (Q8NX66), LEVS_LACGS  (D3WYW0), 
LEVS_LACSN  (Q70XJ9), M12_STRPY   (P19401), M21_STRPY   (P50468), 
M22_STRPY   (P50469), M24_STRPY   (P12379), M49_STRP9   (P16947), 
M5_STRP5    (P02977), M6A_STRP6   (Q5X9Q9), M6B_STRPY   (P08089), 
MRP4_STRPY  (P30141), MRP_STRSU   (P32653), MX_STRP9    (P16946), 
NANA_STREE  (P62575), NANA_STRR6  (P62576), NTPES_BACSU (O34313), 
P1P_LACLC   (P16271), P2P_LACLC   (P15293), P2P_LACPA   (Q02470), 
P3P_LACLS   (P15292), PAA_STRCG   (Q9LBG3), PAB_FINMA   (Q51911), 
PAC_STRMG   (P11657), PAS_STRIT   (Q9KW51), PLS_STAAC   (Q5HJU7), 
PLS_STAAM   (Q931E9), PLS_STAAN   (P61598), PLS_STAAU   (P80544), 
PLS_STAAW   (Q8NUV0), PLS_STAES   (Q8CQD9), SASG_STAA8  (Q2G2B2), 
SDRC_STAA3  (Q2FJ79), SDRC_STAA8  (Q2G0L5), SDRC_STAAC  (Q5HIB4), 
SDRC_STAAE  (O86487), SDRC_STAAM  (Q99W48), SDRC_STAAN  (Q7A781), 
SDRC_STAAR  (Q6GJA7), SDRC_STAAS  (Q6GBS6), SDRC_STAAW  (Q8NXX7), 
SDRD_STAA3  (Q2FJ78), SDRD_STAA8  (Q2G0L4), SDRD_STAAC  (Q5HIB3), 
SDRD_STAAE  (O86488), SDRD_STAAM  (Q99W47), SDRD_STAAN  (Q7A780), 
SDRD_STAAS  (Q6GBS5), SDRD_STAAW  (Q8NXX6), SDRE_STAA3  (Q2FJ77), 
SDRE_STAAC  (Q5HIB2), SDRE_STAAE  (O86489), SDRE_STAAM  (Q932F7), 
SDRE_STAAN  (Q99W46), SDRE_STAAS  (Q6GBS4), SDRE_STAAW  (Q8NXX5), 
SDRF_STAEP  (Q9KI14), SDRF_STAES  (Q8CMP4), SDRG_STAEP  (Q9KI13), 
SDRI_STASA  (Q8KWM1), SPAA_STRDO  (P21979), SPAP_STRMU  (P23504), 
SPA_STAA8   (P02976), SPA_STAAM   (P0A015), SPA_STAAN   (P99134), 
SPA_STAAU   (P38507), SPG1_STRSG  (P06654), SPG2_STRSG  (P19909), 
SPH_STRP1   (P50470), SRAP_STAA3  (Q2FDK5), SRAP_STAA8  (Q2FUW1), 
SRAP_STAAC  (Q5HCP3), SRAP_STAAM  (Q99QY4), SRAP_STAAN  (Q7A362), 
SRAP_STAAR  (Q6GDE9), SRAP_STAAS  (Q6G620), SRAP_STAAU  (Q8VQ99), 
SRAP_STAAW  (Q8NUJ3), SRAP_STAHJ  (Q4L9P0), SSP5_STRGN  (P16952), 
STRH_STRPN  (P49610), TEE6_STRP6  (P18481), WAPA_STRMU  (P11000)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
21 sequences

C5AP_STRP1  (P58099), CNA_STAAU   (Q53654), FRUA_STRMU  (Q03174), 
GH101_RENSM (A9WNA0), GSPB_STRGN  (Q939N5), HYSA_STRPN  (Q54873), 
ISDH_STAA3  (Q2FG07), ISDH_STAA8  (Q2FXJ2), ISDH_STAAB  (Q2YTF7), 
ISDH_STAAC  (Q5HF43), ISDH_STAAM  (Q931P4), ISDH_STAAN  (Q99TD3), 
ISDH_STAAS  (Q6G8J7), ISDH_STAAW  (Q8NW39), MANA_BIFAA  (A1A278), 
NISP_LACLL  (Q07596), PFBA_STRR6  (Q8CYC9), UAFA_STAS1  (Q4A0V8), 
ZMPB_STRPN  (Q9L7Q2), ZMPB_STRR6  (Q8DQN5), ZMPC_STRPN  (Q97T80)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
'Partial' sequences
2 sequences

M32_STRTR   (P83330), PAM_STRPY   (P49054)

		
UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences
3 sequences

MRC2_RAT    (Q4TU93), PPR29_HUMAN (Q5R3F8), PPR29_MOUSE (Q68FM6)

		

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission