Entry: PS50865

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] ZF_MYND_2
Accession [info] PS50865
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JAN-2003 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50865
Associated ProRule [info] PRU00134

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc finger MYND-type profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=38;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=35;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.2840; R2=0.00864205; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=958.16874; R2=12.26387; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=834; N_SCORE=8.5; H_SCORE=9776; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=603; N_SCORE=6.5; H_SCORE=8366; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='C'; M=-10,-11, 99,-22,-25,-20,-25,-24,-28,-25,-22,-20, -8,-37,-25,-25, -7, -8,-13,-48,-28,-25;
/M: SY='Y'; M= -5, -9,-24,-12,-11, -4,-17,  0,-13, -8,-10, -8, -7,-20, -9, -4, -7, -3,-11,  4,  7,-11;
/M: SY='N'; M= -8,  0,-23, -6, -7,-10,-11, -5, -9, -7,-13, -9,  7,-20, -5, -8, -1, -2,-10,-15, -2, -6;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G'; M= -5, -5,-26, -7,-12,-12, 30,-15,-26,-17,-17,-14,  2,-20,-16,-16, -2,-13,-22,-21,-18,-14;
/M: SY='R'; M= -7,  1, -8, -4,  1,-22,-16, -8,-25, 15,-23,-14,  6,-16,  1, 18,  0,  0,-17,-29,-15,  0;
/M: SY='W'; M= -8,-10,-28, -8,  5,-11,-12,-13,-21, -2,-18,-15, -9,-15, -2, -3, -2, -5,-19,  9, -5,  2;
/M: SY='A'; M= 17, -4,-11, -8,  4,-23,-10,-12,-17, -1,-16,-10, -3, -7,  1, -9,  4, -4,-12,-26,-19,  2;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='T'; M=  1, -3,-18, -5, -2,-14, -9,-11, -8, -9, -7, -3, -2, -7, -5,-11,  2,  4, -7,-25,-13, -4; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='Y'; M= -6, -3,-18, -2,  2, -4,-13,  1,-14,  2,-13, -8, -3, -6, -2, -2, -2, -4,-12,-12,  3,  0; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='K'; M=  3, -4,-14, -6,  0,-13, -9,  0, -9,  7, -7,  1, -4, -8,  4,  2, -4, -5, -7,-12, -5,  2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='K'; M= -8, -3,-24, -4,  5,-21,-20,  0,-22, 18,-17, -8, -1,-13,  4, 18, -3,  2,-15,-24, -8,  3;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/I:         I=-6; MD=-29;
/M: SY='S'; M=  3, -4,-16, -5, -1,-17,  1,-10,-19, -4,-18,-13,  2,-12, -2,  1, 16,  6,-11,-28,-16, -2; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='R'; M= -4, -9,-24,-10, -4,-15,  4, -9,-23,  4,-15, -9, -4,-16, -1, 14, -5,-10,-17,-17,-12, -4; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-29;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='R'; M=-13, -2,-31, -5,  1,-21,-12,  1,-25, 16,-24,-10,  4,-17, 11, 19, -8,-12,-25, -4, -3,  5;
/M: SY='R'; M=-10,  1,-21, -4, -6, -8,-17, -6,-13,  3,-15, -7,  7,-19, -3, 10, -1,  1, -9,-25, -8, -4;
/M: SY='A'; M= 17,-11,-12,-16,-10,-12,-15,-21, -2,-12, -5, -5,-11,-15,-13,-16,  8, 15,  9,-27,-14,-11;
/M: SY='R'; M= -4,-12,-27,-13, -5,-17,-16,  0,-19,  9,-18, -7, -8,-13,  0, 14, -8,-10,-14, -4, -5, -4;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='S'; M=  6,  1, -6,  1, -3,-22,  5,-12,-24,-12,-29,-21,  8,-13, -4,-12, 31, 12,-13,-38,-22, -3;
/M: SY='K'; M= -4, -6,-25, -7,  3,-24,-18,-10,-18, 17,-20, -9, -3, -7,  7, 15, -1, -3,-12,-24,-13,  4;
/M: SY='E'; M= -6,  2,-25,  6, 25,-13,-18, -7,-23,  6,-18,-15, -1, -8,  4, -1,  1, -3,-19,-24,-11, 15;
/M: SY='C'; M=-12,-16, 86,-23,-23,-20,-28, -1,-30,-26,-20,-16,-13,-36,-21,-23,-10,-12,-14,-46,-19,-23;
/M: SY='Q'; M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='R'; M= -5,-10,-23,-11, -3,-18,-20,  2,-12,  7,-11, -2, -7,-18,  6, 11, -6, -5, -7,-21, -4,  0;
/M: SY='K'; M=  0, -6,-22, -7,  0,-19,-13,-13,-13,  3, -8, -6, -5,-14,  0,  0, -2, -3, -9,-24,-12, -1;
/M: SY='D'; M= -1, 22,-24, 27, 10,-29,-10, 16,-29, -4,-22,-18, 11,-12,  1, -9,  1, -9,-22,-32,-12,  4;
/M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='E'; M=-10, -5,-27, -3,  4,-19,-15, -4,-17,  2,-10, -7, -4, -5,  2,  4, -7, -8,-17,-26,-12,  2;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='G'; M= -1, -5,-22, -7, -8,-15,  4,-12,-17, -7,-12,-10, -3,-18,-10,-10, -1, -3,-12,-20, -8, -9;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='R'; M=-12, -3,-29, -3,  6,-27,-14,  4,-29, 28,-25, -9,  1,-14, 14, 30, -5,-10,-22,-22, -9,  8;
/M: SY='H'; M=-13, -3,-26, -3,  1,-17,-20,  9,-15,  4,-12, -2, -2,-12,  5,  8, -7, -7,-13,-24, -3,  1;
/M: SY='E'; M= -7, -8,-28, -9, 11,-10,-22,-14, -9, -7,-10,-10, -9,-13, -3,-12, -7, -5,-11,  1, -5,  4;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_09 which contains 546'439 sequence entries.


Total number of hits 96 in 96 different sequences
Number of true positive hits 95 in 95 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits 1
Number of false negative sequences 10
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 98.96 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 90.48 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] MYND-type
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
95 sequences

ANKY1_HUMAN (Q9P2S6), ANKY2_BOVIN (Q0VCS9), ANKY2_CHICK (Q5ZMD2), 
ANKY2_HUMAN (Q8IV38), ANKY2_MOUSE (Q3TPE9), ANMY1_MOUSE (Q8C0W1), 
ASHR1_ARATH (Q7XJS0), DAF25_CAEEL (Q9N3Q8), DEAF1_DROME (Q24180), 
DEAF1_HUMAN (O75398), DEAF1_MOUSE (Q9Z1T5), DEAF1_PANTR (O77562), 
DEAF1_RAT   (O88450), EGLN1_HUMAN (Q9GZT9), EGLN1_MOUSE (Q91YE3), 
FB342_ARATH (Q9FK27), GACZ_DICDI  (Q55DW9), MSS51_HUMAN (Q4VC12), 
MSS51_MOUSE (Q9D5Z5), MSS51_RAT   (D3ZKV9), MTG16_CHICK (Q5F3B1), 
MTG16_HUMAN (O75081), MTG16_MOUSE (O54972), MTG8R_HUMAN (O43439), 
MTG8R_MOUSE (O70374), MTG8R_XENLA (Q9IAB2), MTG8_HUMAN  (Q06455), 
MTG8_MOUSE  (Q61909), MUB1_ASPCL  (A1CBG9), MUB1_ASPFC  (B0Y1D1), 
MUB1_ASPFN  (B8NKS1), MUB1_ASPFU  (Q4WVI6), MUB1_ASPNC  (A2RA63), 
MUB1_ASPOR  (Q2U685), MUB1_ASPTN  (Q0CW83), MUB1_EMENI  (O42631), 
MUB1_NEOFI  (A1DDX0), MUB1_SCHPO  (P87311), MUB1_YEAST  (Q03162), 
PDCD2_BOVIN (Q2YDC9), PDCD2_HUMAN (Q16342), PDCD2_MOUSE (P46718), 
PDCD2_RAT   (P47816), PKCB1_HUMAN (Q9ULU4), SET14_CAEEL (Q09415), 
SET6_SCHPO  (O94256), SMY2A_DANRE (Q5BJI7), SMY2A_XENLA (Q7ZXV5), 
SMY2B_DANRE (Q5RGL7), SMY2B_XENLA (Q6GN68), SMYD1_HUMAN (Q8NB12), 
SMYD1_MOUSE (P97443), SMYD2_BOVIN (Q0P585), SMYD2_CHICK (E1C5V0), 
SMYD2_HUMAN (Q9NRG4), SMYD2_MOUSE (Q8R5A0), SMYD2_PIG   (C3RZA1), 
SMYD2_RAT   (Q7M6Z3), SMYD3_HUMAN (Q9H7B4), SMYD3_MOUSE (Q9CWR2), 
SMYD4_CHICK (Q5F3V0), SMYD4_HUMAN (Q8IYR2), SMYD4_MOUSE (Q8BTK5), 
SMYD4_PONAB (Q5R5X9), TDRD1_DANRE (Q58EK5), TDRD1_HUMAN (Q9BXT4), 
TDRD1_MOUSE (Q99MV1), TDRD1_ORYLA (A9CPT4), UBP15_ARATH (Q9FPS9), 
UBP16_ARATH (Q9SB51), UBP17_ARATH (Q9FKP5), UBP18_ARATH (Q67XW5), 
UBP19_ARATH (Q9SJA1), UBP19_HUMAN (O94966), UBP19_MOUSE (Q3UJD6), 
UBP19_RAT   (Q6J1Y9), Y2140_DICDI (Q54DL6), Y2454_DICDI (Q54D67), 
Y4059_DICDI (Q54Q80), Y7331_DICDI (Q54ZX8), YR331_MIMIV (Q5UQS2), 
ZMY10_DANRE (F1QN74), ZMY10_DROME (Q9VU41), ZMY10_HUMAN (O75800), 
ZMY10_MOUSE (Q99ML0), ZMY10_RAT   (Q6AXZ5), ZMY10_XENLA (Q5FWU8), 
ZMY11_HUMAN (Q15326), ZMY11_MOUSE (Q8R5C8), ZMY12_HUMAN (Q9H0C1), 
ZMY15_HUMAN (Q9H091), ZMY15_MOUSE (Q8C0R7), ZMY19_HUMAN (Q96E35), 
ZMY19_MOUSE (Q9CQG3), ZMY19_RAT   (Q7TSV3)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
10 sequences

ATXR2_ARATH (Q5PP37), BIG_ARATH   (Q9SRU2), BIG_ORYSJ   (B9G2A8), 
SMYD5_CHICK (Q5ZIZ2), SMYD5_HUMAN (Q6GMV2), SMYD5_MOUSE (Q3TYX3), 
SMYD5_XENLA (Q6GPQ4), Y3589_DICDI (Q557F7), Y3591_DICDI (Q557F6), 
Y8495_DICDI (Q54IV4)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences
1 sequence

FB76_ARATH  (Q9FYF9)

		
PDB
[Detailed view]
25 PDB

2D8Q; 2DAN; 2DJ8; 2JW6; 2OD1; 2ODD; 3MEK; 3N71; 3OXF; 3OXG; 3OXL; 3PDN; 3QWP; 3QWV; 3QWW; 3RIB; 3RU0; 3S7B; 3S7D; 3S7F; 3S7J; 3TG4; 3TG5; 4A24; 4O6F
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission