Entry: PS50903

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] RUBREDOXIN_LIKE
Accession [info] PS50903
Entry type [info] MATRIX
Date [info] MAR-2003 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); OCT-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50903
Associated ProRule [info] PRU00241; PRU00299

Name and characterization of the entry

Description [info] Rubredoxin-like domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=51;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=46;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8945; R2=0.00874157; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1576.51515; R2=16.93939; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=699; N_SCORE=8.0; H_SCORE=11469; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=526; N_SCORE=6.5; H_SCORE=10504; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B0=-60; B1=-60; E0=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B0=0; B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='M'; M= -7, -6,-23, -7, -5,-12,-13, -6, -4, -7, -1, 15,-10,-12, -3,-10, -8, -5, -5,-23, -6, -5;
/M: SY='P'; M= -1, -4,-27, -4,  2,-28, -5,-11,-22,  5,-23,-13, -3,  7,  3, -1, -2, -7,-20,-25,-19,  2;
/M: SY='K'; M= -7, -9,-27,-11, -5, -9,-21,-11,-10,  5, -9, -5, -7,-18, -5,  5,-11, -7, -9, -8,  0, -6;
/M: SY='Y'; M=-19,-24,-32,-27,-22, 23,-25,  7, -4,-15, -2,  4,-22,-28,-13,-13,-24,-16,-12, 43, 45,-18;
/M: SY='E'; M= -9,-10,-25, -9,  8,-18,-24,-10, -4,  4, -6,  0,-10,-15,  5,  4, -9, -8, -1,-25,-11,  6;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='R'; M= -7, -1,-24, -1,  4,-21,-15, -8,-22,  8,-20,-14,  2,  0,  1, 14,  3,  3,-18,-28,-16,  1;
/M: SY='I'; M= -2,-15,-21,-19,-17, -8,-24,-20, 14,-15,  4,  4,-11,-21,-13,-16, -9, -5, 14,-20, -8,-16;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G'; M= -4, -6,-31, -6,-15,-27, 49,-17,-36,-16,-29,-19,  0,-20,-13,-17, -3,-19,-30, -7,-22,-14;
/M: SY='Y'; M=-17,-17,-29,-19,-17, 23,-26, 10, -6,-12, -5, -5,-15,-27,-11,-11,-16, -8,-13, 28, 53,-16;
/M: SY='I'; M= -5,-21,-24,-25,-17, -8,-27,-25, 22,-18,  5,  6,-17,-14,-16,-20,-10, -3, 18,-24, -8,-19;
/M: SY='Y'; M=-19,-18,-28,-20,-18, 27,-28, 25, -3,-13, -1,  2,-15,-28,-11,-10,-18,-11, -9, 14, 58,-18;
/M: SY='D'; M=-14, 22,-28, 30, 21,-28,-16,  2,-26,  2,-20,-18, 11,-10,  4, -3, -2, -6,-23,-33,-15, 12;
/M: SY='P'; M= -4, -7,-32, -1,  8,-29,  5,-15,-28, -8,-27,-20, -7, 29, -5,-15, -2,-11,-28,-28,-27, -1;
/M: SY='E'; M=  9,  1,-21,  3, 20,-25,-11, -9,-22,  4,-20,-16, -2, -4,  5, -3,  7, -1,-17,-28,-19, 12;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='K'; M=  5, -6,-19, -8,  2,-19,-12,-13,-12,  7,-12, -7, -7,-12, -1, -1, -1, -2, -5,-22,-13,  1; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='G'; M=  1, -9,-21, -8,-12,-25, 26,-14,-26,-15,-22,-15, -5,  1,-14,-17, -2,-13,-19,-23,-23,-14; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='D'; M= -8,  9,-29, 18, 10,-28, -4,-10,-27, -5,-25,-21,  0, 14, -4,-12, -2,-10,-25,-21,-19,  2; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='P'; M=  0, -3,-24,  1, 18,-24,-13, -9,-19,  3,-19,-14, -6, 20,  5, -5,  0, -6,-20,-23,-18, 10; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='R'; M= -8,  1,-15,  2,  1, -5,-11, -5,-11,  4, -9, -4, -1,-10, -2,  5, -4, -4, -7,-13, -4,  0; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='B'; M= -2,  2,-12,  1,  1,-11, -1, -4,-12, -1,-10, -7,  2, -7,  1, -1,  2,  2, -9,-12, -5,  1; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='G'; M= -3,  1,-16,  4,  1,-17, 11, -6,-17, -5,-15,-10,  0,  2, -2, -7,  1, -6,-15,-14,-13, -1; D=-2;
/I:         I=-2; MI=0; MD=-11; IM=0; DM=-11;
/M: SY='P'; M= -1, -4,-15,  0,  2,-13, -8, -8,-10, -5,-10, -9, -5, 19, -3, -8,  0, -3,-11,-16,-12, -2; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='P'; M= -3, -9,-19, -5,  1,-16,-10, -9,-10, -4,-14, -9, -9, 38, -1, -9, -4, -5,-15,-15,-14, -3; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='G'; M= -1, -1,-17,  0, -8,-17, 33, -9,-22, -9,-17,-12,  3,-11, -9,-10,  0,-10,-17,-13,-16, -9; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='T'; M= -1, -3, -8, -8, -8, -3, -8,-12, -6, -8, -6, -5, -2, -8, -8, -7,  8, 22,  0,-16, -6, -8; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='P'; M=  2, -9,-19, -7,  0,-17, -9,-10,-11, -2,-15, -9, -8, 29, -2, -5, -3, -5,-13,-16,-14, -3; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='F'; M=-13,-21,-18,-26,-20, 41,-18,-15, -3,-18,  2, -3,-16,-20,-23,-13,-16,-10, -5, 29, 20,-18; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='D'; M= -6, 13,-15, 20, 15,-19, -9, -3,-17,  0,-15,-14,  5, -5,  2, -5,  5,  0,-12,-23,-12,  9; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='D'; M= -1, 11,-15, 14,  7,-20, -3, -4,-18,  2,-17,-13,  7, -7,  2, -3,  5, -3,-14,-21,-12,  5; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='L'; M= -5,-20,-13,-21,-15,  4,-21,-15, 17,-18, 25, 12,-19,-19,-14,-14,-16, -5, 13,-14, -1,-15; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='P'; M= -5,-11,-23, -6,  0,-19,-11,-12,-13, -7,-20,-13,-10, 49, -6,-12, -2, -4,-18,-21,-19, -6; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='D'; M= -8, 20,-20, 29, 19,-23,-10, -2,-22,  0,-14,-16,  6, -6,  3, -6, -1, -6,-18,-24,-13, 11; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='D'; M= -7, 21,-16, 22,  4,-15, -6,  3,-19, -3,-17,-14, 17,-10, -2, -5,  3, -2,-17,-24,-10,  1; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='W'; M=-13,-24,-30,-24,-16, 13,-15,-17,-12,-13,-10,-11,-23,-20,-14,-13,-23,-17,-17, 77, 21,-12; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='R'; M= -8,-13, -7,-14, -7, -9,-20, -6,-11,  1, -6, -2, -9,-20, -5, 11, -8, -6, -4,-22, -8, -8; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='V'; M= -3, -6,-19, -8, -9,-10,-20,-15,  4,-13,  2, -1, -6,-20,-12,-12, -5, -2,  6,-29,-11,-11;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G'; M=  0,  0,-25, -1,-11,-23, 33,-14,-31,-11,-26,-18,  6,-17,-12,-11,  4,-11,-24,-24,-22,-11;
/M: SY='A'; M= 23,-11,-14,-15, -7,-16,-10, -9, -8, -9, -7, -6, -9,-14, -8,-12,  5,  0,  1,-25,-14, -8;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='P'; M= -3, -7,-32, -1,  1,-30, -1,-16,-26, -4,-28,-19, -8, 37, -7,-13, -3,-10,-26,-28,-26, -5;
/M: SY='K'; M= -9, -3,-20, -4,  6,-28,-20, -9,-29, 39,-27,-10, -1,-13,  9, 29, -9,-10,-19,-22,-11,  7;
/M: SY='D'; M= -2, 12,-20, 14, 10,-24,-12, -8,-22,  2,-21,-17,  8,-11,  0, -3,  9,  6,-14,-32,-17,  5;
/M: SY='Y'; M=-10, -1,-25,  1,  1, -8,-20,  2,-15, -1,-13, -6, -4,-17,  4, -2, -5, -5,-13,-15,  7,  2;
/M: SY='F'; M=-20,-29,-21,-39,-29, 77,-30,-18,  0,-29,  9,  0,-20,-30,-38,-19,-20,-10, -1, 11, 33,-29;
/M: SY='E'; M= -8, -6,-23, -5,  7,-13,-24,-14, -6,  0, -8, -6, -8,-14, -4, -3, -5, -1, -2,-26,-10,  1;
/M:         M= -1,-12,-21,-11,  0,-16,-19,-14, -7, -2, -8, -4,-12, -5, -5, -1, -3, -3, -1,-27,-14, -4;
/M: SY='V'; M= -5,-19,-20,-20,-14, -1,-26,-14,  9,-11,  4,  4,-17,-22,-10,-12, -9, -3, 11,-17,  5,-13;
/I:         E0=0; E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_11 which contains 547'085 sequence entries.


Total number of hits 97 in 94 different sequences
Number of true positive hits 97 in 94 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Archaea, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Rubredoxin-like
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
94 sequences

HRB_MOOTA   (Q9FDN6), HUPJ_RHOCA  (Q03009), NIGY_DESVH  (P30820), 
NORV_AERHH  (A0KEJ1), NORV_AERS4  (A4STH4), NORV_ALISL  (B6EIL4), 
NORV_CITK8  (A8ANR7), NORV_ECO24  (A7ZQD9), NORV_ECO57  (Q8X852), 
NORV_ECODH  (B1XCN7), NORV_ECOHS  (A8A3I7), NORV_ECOK1  (A1AEQ0), 
NORV_ECOL5  (Q0TEH0), NORV_ECOL6  (P59404), NORV_ECOLC  (B1IUW9), 
NORV_ECOLI  (Q46877), NORV_ECOSM  (B1LQ28), NORV_ECOUT  (Q1R7Z0), 
NORV_ENT38  (A4WDR6), NORV_KLEP7  (A6TCX5), NORV_PECAS  (Q6D8S0), 
NORV_PECCP  (C6D9Q2), NORV_SALAR  (A9MFX6), NORV_SALCH  (Q57KT3), 
NORV_SALPA  (Q5PF19), NORV_SALPB  (A9N0D9), NORV_SALTI  (Q8Z4C5), 
NORV_SALTY  (Q8ZMJ7), NORV_SERP5  (A8GG94), NORV_SHIBS  (Q31X74), 
NORV_SHIDS  (Q32CL8), NORV_SHIF8  (Q0T1D5), NORV_SHIFL  (P59405), 
NORV_SHISS  (Q3YYF4), NORV_VIBF1  (Q5E3W9), NORV_VIBVU  (Q8D4F8), 
NORV_VIBVY  (Q7MFY8), RRBR1_CLOAB (Q97D82), RRBR2_CLOAB (Q97D83), 
RUBH_METTH  (Q50533), RUBL_BRADU  (P48344), RUBL_RHILV  (P28151), 
RUBR1_ALCBS (Q0VTA9), RUBR1_CHLTE (P58992), RUBR1_CLOPE (Q8XMB2), 
RUBR1_DESDA (P04170), RUBR1_METJA (Q58145), RUBR1_PSEAE (Q9HTK7), 
RUBR1_PSEOL (P12692), RUBR1_PSEPU (Q9WWW4), RUBR2_ALCBS (Q0VKZ2), 
RUBR2_CHLTE (P58993), RUBR2_CLOPE (P14072), RUBR2_DESDA (Q93PP8), 
RUBR2_METJA (Q58150), RUBR2_PSEAE (Q9HTK8), RUBR2_PSEOL (P00272), 
RUBR2_PSEPU (Q9WWW5), RUBR2_RHOER (Q9AE63), RUBR3_CHLTE (P58025), 
RUBR3_RHOER (P0A4E8), RUBR3_RHOSQ (P0A4E9), RUBR4_RHOER (P0A4F0), 
RUBR4_RHOSQ (P0A4F1), RUBR_ACIAD  (P42453), RUBR_ANAVT  (Q9XBL8), 
RUBR_AZOCH  (P48343), RUBR_AZOVI  (P30778), RUBR_BUTME  (P14071), 
RUBR_CHLTI  (P09947), RUBR_CLOAB  (Q9AL94), RUBR_CLOPA  (P00268), 
RUBR_CLOSD  (P23474), RUBR_CUPNH  (P31912), RUBR_DESGI  (P00270), 
RUBR_DESVH  (P00269), RUBR_DESVM  (P15412), RUBR_HELMO  (P56263), 
RUBR_MEGEL  (P00271), RUBR_METTH  (O26258), RUBR_NOSS1  (Q9WWN1), 
RUBR_PEPAS  (P00267), RUBR_PYRAB  (Q9V099), RUBR_PYRFU  (P24297), 
RUBR_SYNY3  (P73068), RUBR_THETC  (P19500), RUBR_TREPA  (O83956), 
RUBY1_CLOAB (Q97FZ9), RUBY2_CLOAB (Q97ET8), RUBY_CLOPE  (P51591), 
RUBY_DESVH  (P24931), RUBY_METJA  (Q58144), RUBY_PORGI  (Q9AGG3), 
Y737_METJA  (Q58147)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission