Entry: PS50903

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] RUBREDOXIN_LIKE
Accession [info] PS50903
Entry type [info] MATRIX
Date [info] MAR-2003 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50903
Associated ProRule [info] PRU00241; PRU00299

Name and characterization of the entry

Description [info] Rubredoxin-like domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=51;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=46;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8945; R2=0.00874157; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1576.51515; R2=16.93939; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=699; N_SCORE=8.0; H_SCORE=11469; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=526; N_SCORE=6.5; H_SCORE=10504; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B0=-60; B1=-60; E0=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B0=0; B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='M'; M= -7, -6,-23, -7, -5,-12,-13, -6, -4, -7, -1, 15,-10,-12, -3,-10, -8, -5, -5,-23, -6, -5;
/M: SY='P'; M= -1, -4,-27, -4,  2,-28, -5,-11,-22,  5,-23,-13, -3,  7,  3, -1, -2, -7,-20,-25,-19,  2;
/M: SY='K'; M= -7, -9,-27,-11, -5, -9,-21,-11,-10,  5, -9, -5, -7,-18, -5,  5,-11, -7, -9, -8,  0, -6;
/M: SY='Y'; M=-19,-24,-32,-27,-22, 23,-25,  7, -4,-15, -2,  4,-22,-28,-13,-13,-24,-16,-12, 43, 45,-18;
/M: SY='E'; M= -9,-10,-25, -9,  8,-18,-24,-10, -4,  4, -6,  0,-10,-15,  5,  4, -9, -8, -1,-25,-11,  6;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='R'; M= -7, -1,-24, -1,  4,-21,-15, -8,-22,  8,-20,-14,  2,  0,  1, 14,  3,  3,-18,-28,-16,  1;
/M: SY='I'; M= -2,-15,-21,-19,-17, -8,-24,-20, 14,-15,  4,  4,-11,-21,-13,-16, -9, -5, 14,-20, -8,-16;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G'; M= -4, -6,-31, -6,-15,-27, 49,-17,-36,-16,-29,-19,  0,-20,-13,-17, -3,-19,-30, -7,-22,-14;
/M: SY='Y'; M=-17,-17,-29,-19,-17, 23,-26, 10, -6,-12, -5, -5,-15,-27,-11,-11,-16, -8,-13, 28, 53,-16;
/M: SY='I'; M= -5,-21,-24,-25,-17, -8,-27,-25, 22,-18,  5,  6,-17,-14,-16,-20,-10, -3, 18,-24, -8,-19;
/M: SY='Y'; M=-19,-18,-28,-20,-18, 27,-28, 25, -3,-13, -1,  2,-15,-28,-11,-10,-18,-11, -9, 14, 58,-18;
/M: SY='D'; M=-14, 22,-28, 30, 21,-28,-16,  2,-26,  2,-20,-18, 11,-10,  4, -3, -2, -6,-23,-33,-15, 12;
/M: SY='P'; M= -4, -7,-32, -1,  8,-29,  5,-15,-28, -8,-27,-20, -7, 29, -5,-15, -2,-11,-28,-28,-27, -1;
/M: SY='E'; M=  9,  1,-21,  3, 20,-25,-11, -9,-22,  4,-20,-16, -2, -4,  5, -3,  7, -1,-17,-28,-19, 12;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='K'; M=  5, -6,-19, -8,  2,-19,-12,-13,-12,  7,-12, -7, -7,-12, -1, -1, -1, -2, -5,-22,-13,  1; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='G'; M=  1, -9,-21, -8,-12,-25, 26,-14,-26,-15,-22,-15, -5,  1,-14,-17, -2,-13,-19,-23,-23,-14; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='D'; M= -8,  9,-29, 18, 10,-28, -4,-10,-27, -5,-25,-21,  0, 14, -4,-12, -2,-10,-25,-21,-19,  2; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='P'; M=  0, -3,-24,  1, 18,-24,-13, -9,-19,  3,-19,-14, -6, 20,  5, -5,  0, -6,-20,-23,-18, 10; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='R'; M= -8,  1,-15,  2,  1, -5,-11, -5,-11,  4, -9, -4, -1,-10, -2,  5, -4, -4, -7,-13, -4,  0; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='B'; M= -2,  2,-12,  1,  1,-11, -1, -4,-12, -1,-10, -7,  2, -7,  1, -1,  2,  2, -9,-12, -5,  1; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-11;
/M: SY='G'; M= -3,  1,-16,  4,  1,-17, 11, -6,-17, -5,-15,-10,  0,  2, -2, -7,  1, -6,-15,-14,-13, -1; D=-2;
/I:         I=-2; MI=0; MD=-11; IM=0; DM=-11;
/M: SY='P'; M= -1, -4,-15,  0,  2,-13, -8, -8,-10, -5,-10, -9, -5, 19, -3, -8,  0, -3,-11,-16,-12, -2; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='P'; M= -3, -9,-19, -5,  1,-16,-10, -9,-10, -4,-14, -9, -9, 38, -1, -9, -4, -5,-15,-15,-14, -3; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='G'; M= -1, -1,-17,  0, -8,-17, 33, -9,-22, -9,-17,-12,  3,-11, -9,-10,  0,-10,-17,-13,-16, -9; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='T'; M= -1, -3, -8, -8, -8, -3, -8,-12, -6, -8, -6, -5, -2, -8, -8, -7,  8, 22,  0,-16, -6, -8; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='P'; M=  2, -9,-19, -7,  0,-17, -9,-10,-11, -2,-15, -9, -8, 29, -2, -5, -3, -5,-13,-16,-14, -3; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='F'; M=-13,-21,-18,-26,-20, 41,-18,-15, -3,-18,  2, -3,-16,-20,-23,-13,-16,-10, -5, 29, 20,-18; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='D'; M= -6, 13,-15, 20, 15,-19, -9, -3,-17,  0,-15,-14,  5, -5,  2, -5,  5,  0,-12,-23,-12,  9; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='D'; M= -1, 11,-15, 14,  7,-20, -3, -4,-18,  2,-17,-13,  7, -7,  2, -3,  5, -3,-14,-21,-12,  5; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='L'; M= -5,-20,-13,-21,-15,  4,-21,-15, 17,-18, 25, 12,-19,-19,-14,-14,-16, -5, 13,-14, -1,-15; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='P'; M= -5,-11,-23, -6,  0,-19,-11,-12,-13, -7,-20,-13,-10, 49, -6,-12, -2, -4,-18,-21,-19, -6; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='D'; M= -8, 20,-20, 29, 19,-23,-10, -2,-22,  0,-14,-16,  6, -6,  3, -6, -1, -6,-18,-24,-13, 11; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='D'; M= -7, 21,-16, 22,  4,-15, -6,  3,-19, -3,-17,-14, 17,-10, -2, -5,  3, -2,-17,-24,-10,  1; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='W'; M=-13,-24,-30,-24,-16, 13,-15,-17,-12,-13,-10,-11,-23,-20,-14,-13,-23,-17,-17, 77, 21,-12; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='R'; M= -8,-13, -7,-14, -7, -9,-20, -6,-11,  1, -6, -2, -9,-20, -5, 11, -8, -6, -4,-22, -8, -8; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-11;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='V'; M= -3, -6,-19, -8, -9,-10,-20,-15,  4,-13,  2, -1, -6,-20,-12,-12, -5, -2,  6,-29,-11,-11;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G'; M=  0,  0,-25, -1,-11,-23, 33,-14,-31,-11,-26,-18,  6,-17,-12,-11,  4,-11,-24,-24,-22,-11;
/M: SY='A'; M= 23,-11,-14,-15, -7,-16,-10, -9, -8, -9, -7, -6, -9,-14, -8,-12,  5,  0,  1,-25,-14, -8;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='P'; M= -3, -7,-32, -1,  1,-30, -1,-16,-26, -4,-28,-19, -8, 37, -7,-13, -3,-10,-26,-28,-26, -5;
/M: SY='K'; M= -9, -3,-20, -4,  6,-28,-20, -9,-29, 39,-27,-10, -1,-13,  9, 29, -9,-10,-19,-22,-11,  7;
/M: SY='D'; M= -2, 12,-20, 14, 10,-24,-12, -8,-22,  2,-21,-17,  8,-11,  0, -3,  9,  6,-14,-32,-17,  5;
/M: SY='Y'; M=-10, -1,-25,  1,  1, -8,-20,  2,-15, -1,-13, -6, -4,-17,  4, -2, -5, -5,-13,-15,  7,  2;
/M: SY='F'; M=-20,-29,-21,-39,-29, 77,-30,-18,  0,-29,  9,  0,-20,-30,-38,-19,-20,-10, -1, 11, 33,-29;
/M: SY='E'; M= -8, -6,-23, -5,  7,-13,-24,-14, -6,  0, -8, -6, -8,-14, -4, -3, -5, -1, -2,-26,-10,  1;
/M:         M= -1,-12,-21,-11,  0,-16,-19,-14, -7, -2, -8, -4,-12, -5, -5, -1, -3, -3, -1,-27,-14, -4;
/M: SY='V'; M= -5,-19,-20,-20,-14, -1,-26,-14,  9,-11,  4,  4,-17,-22,-10,-12, -9, -3, 11,-17,  5,-13;
/I:         E0=0; E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_07 which contains 546'000 sequence entries.


Total number of hits 97 in 94 different sequences
Number of true positive hits 97 in 94 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Archaea, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Rubredoxin-like
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
94 sequences

HRB_MOOTA   (Q9FDN6), HUPJ_RHOCA  (Q03009), NIGY_DESVH  (P30820), 
NORV_AERHH  (A0KEJ1), NORV_AERS4  (A4STH4), NORV_ALISL  (B6EIL4), 
NORV_CITK8  (A8ANR7), NORV_ECO24  (A7ZQD9), NORV_ECO57  (Q8X852), 
NORV_ECODH  (B1XCN7), NORV_ECOHS  (A8A3I7), NORV_ECOK1  (A1AEQ0), 
NORV_ECOL5  (Q0TEH0), NORV_ECOL6  (P59404), NORV_ECOLC  (B1IUW9), 
NORV_ECOLI  (Q46877), NORV_ECOSM  (B1LQ28), NORV_ECOUT  (Q1R7Z0), 
NORV_ENT38  (A4WDR6), NORV_KLEP7  (A6TCX5), NORV_PECAS  (Q6D8S0), 
NORV_PECCP  (C6D9Q2), NORV_SALAR  (A9MFX6), NORV_SALCH  (Q57KT3), 
NORV_SALPA  (Q5PF19), NORV_SALPB  (A9N0D9), NORV_SALTI  (Q8Z4C5), 
NORV_SALTY  (Q8ZMJ7), NORV_SERP5  (A8GG94), NORV_SHIBS  (Q31X74), 
NORV_SHIDS  (Q32CL8), NORV_SHIF8  (Q0T1D5), NORV_SHIFL  (P59405), 
NORV_SHISS  (Q3YYF4), NORV_VIBF1  (Q5E3W9), NORV_VIBVU  (Q8D4F8), 
NORV_VIBVY  (Q7MFY8), RRBR1_CLOAB (Q97D82), RRBR2_CLOAB (Q97D83), 
RUBH_METTH  (Q50533), RUBL_BRADU  (P48344), RUBL_RHILV  (P28151), 
RUBR1_ALCBS (Q0VTA9), RUBR1_CHLTE (P58992), RUBR1_CLOPE (Q8XMB2), 
RUBR1_DESDA (P04170), RUBR1_METJA (Q58145), RUBR1_PSEAE (Q9HTK7), 
RUBR1_PSEOL (P12692), RUBR1_PSEPU (Q9WWW4), RUBR2_ALCBS (Q0VKZ2), 
RUBR2_CHLTE (P58993), RUBR2_CLOPE (P14072), RUBR2_DESDA (Q93PP8), 
RUBR2_METJA (Q58150), RUBR2_PSEAE (Q9HTK8), RUBR2_PSEOL (P00272), 
RUBR2_PSEPU (Q9WWW5), RUBR2_RHOER (Q9AE63), RUBR3_CHLTE (P58025), 
RUBR3_RHOER (P0A4E8), RUBR3_RHOSQ (P0A4E9), RUBR4_RHOER (P0A4F0), 
RUBR4_RHOSQ (P0A4F1), RUBR_ACIAD  (P42453), RUBR_ANAVT  (Q9XBL8), 
RUBR_AZOCH  (P48343), RUBR_AZOVI  (P30778), RUBR_BUTME  (P14071), 
RUBR_CHLTI  (P09947), RUBR_CLOAB  (Q9AL94), RUBR_CLOPA  (P00268), 
RUBR_CLOSD  (P23474), RUBR_CUPNH  (P31912), RUBR_DESGI  (P00270), 
RUBR_DESVH  (P00269), RUBR_DESVM  (P15412), RUBR_HELMO  (P56263), 
RUBR_MEGEL  (P00271), RUBR_METTH  (O26258), RUBR_NOSS1  (Q9WWN1), 
RUBR_PEPAS  (P00267), RUBR_PYRAB  (Q9V099), RUBR_PYRFU  (P24297), 
RUBR_SYNY3  (P73068), RUBR_THETC  (P19500), RUBR_TREPA  (O83956), 
RUBY1_CLOAB (Q97FZ9), RUBY2_CLOAB (Q97ET8), RUBY_CLOPE  (P51591), 
RUBY_DESVH  (P24931), RUBY_METJA  (Q58144), RUBY_PORGI  (Q9AGG3), 
Y737_METJA  (Q58147)
» More

PDB
[Detailed view]
81 PDB

1B13; 1B2J; 1B2O; 1B71; 1BE7; 1BFY; 1BQ8; 1BQ9; 1BRF; 1C09; 1CAA; 1CAD; 1DVB; 1E8J; 1FHH; 1FHM; 1IRN; 1IRO; 1IU5; 1IU6; 1JYB; 1LKM; 1LKO; 1LKP; 1QCV; 1QYB; 1R0F; 1R0G; 1R0H; 1R0I; 1R0J; 1RB9; 1RDG; 1RDV; 1RWD; 1RYT; 1S24; 1S2Z; 1S30; 1SMM; 1SMU; 1SMW; 1SPW; 1T9O; 1T9P; 1T9Q; 1VCX; 1YK4; 1YK5; 1YUX; 1YUZ; 1YV1; 1ZRP; 2DSX; 2KKD; 2PVE; 2PVX; 2PYA; 2QL0; 2RDV; 2V3B; 3KYU; 3KYV; 3KYW; 3KYX; 3KYY; 3RYG; 3RZ6; 3RZT; 3SS2; 4AR3; 4AR4; 4AR5; 4AR6; 4K9F; 4MBS; 4RXN; 5RXN; 6RXN; 7RXN; 8RXN
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission