Entry: PS50919

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] MIR
Accession [info] PS50919
Entry type [info] MATRIX
Date [info] AUG-2003 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAR-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50919
Associated ProRule [info] PRU00131

Name and characterization of the entry

Description [info] MIR domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=56;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=51;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4597137; R2=0.0244729; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2141.81111; R2=13.67778; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=247; N_SCORE=8.5; H_SCORE=4959; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=97; N_SCORE=4.8; H_SCORE=3277; MODE=1; TEXT='RR';
/DEFAULT: B0=-30; E0=-30; M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B0=0; B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='G'; M= -4, -4,-26, -3, -5,-24, 17, -9,-26,-11,-22,-15,  0, -5, -8,-12, -1,-10,-22,-26,-21, -8;
/M: SY='E'; M= -4,  1,-23,  2,  4,-24, -2, -8,-23, -1,-21,-14,  2, -8,  0, -1,  3, -4,-18,-28,-17,  1;
/M:         M= -6, -5,-23, -7, -3, -8,-19, -3, -8, -6, -8, -5, -4,-13, -6, -7, -5, -2, -7,-21, -1, -6;
/M: SY='I'; M= -6,-28,-21,-30,-26,  2,-26,-26, 24,-24, 15, 10,-25,-25,-23,-22,-17, -8, 24,-14, -3,-26;
/M: SY='R'; M= -7, -8,-25, -9, -2,-17,-18, -4,-16, 10,-13, -6, -5,-10,  1, 11, -7, -4,-12,-21, -7, -2;
/M: SY='W'; M=-12,-16,-22,-18,-16,  0,-15, -6,-12,-12,-11, -9,-13,-22,-12, -9,-13,-10,-12, 15, 14,-15;
/M: SY='G'; M= -2, -5,-26, -6,-14,-23, 38,-14,-28,-14,-22,-15,  4,-20,-14,-14,  0,-13,-22,-23,-21,-14;
/M: SY='D'; M= -5, 13,-22, 17,  9,-27, -9,  2,-25, -2,-25,-17, 10,-10,  7, -5, 12,  3,-20,-34,-15,  8;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='V'; M= -2,-12,-21,-13, -9,-10,-20,-12,  0, -8, -3, -1,-12,-13, -9, -9, -5, -2,  4,-23, -6,-10;
/M: SY='V'; M= -8,-28,-10,-33,-27, 16,-31,-24, 21,-25, 14,  9,-24,-28,-26,-22,-16, -6, 24,-18,  3,-27;
/M: SY='R'; M=-14,-11,-26,-13, -4,-13,-22, -7,-16, 14,-12, -5, -5,-19,  5, 34, -8, -4,-11,-19, -6, -3;
/M: SY='L'; M=-11,-30,-21,-33,-23, 17,-31,-22, 22,-29, 37, 16,-27,-28,-23,-21,-26, -9, 13,-16,  3,-23;
/M: SY='R'; M=-12,-12,-25,-14, -5, -7,-23, -7, -9,  8, -7,  0, -8,-19,  1, 16,-11, -8, -6,-18, -3, -3;
/M: SY='H'; M=-16,  4,-28,  2,  1,-21,-16, 77,-28, -9,-22, -4, 14,-15,  8, -1, -4,-15,-29,-32, 11,  0;
/M: SY='V'; M= -1,-20,-17,-23,-18, -7,-17,-18,  9,-16,  7,  6,-17,-21,-15,-15,-10, -4, 12,-24, -9,-17;
/M: SY='N'; M=  1,  0,-15, -3, -2,-18, -9, -5,-16, -4,-15,-10,  2,-15, -5, -7,  2, -1,-11,-28,-13, -4;
/M: SY='T'; M=  1, -2,-14, -7, -6,-13,-14,-12,-11,-10,-11, -8,  0,-11, -4,-10, 15, 26, -5,-29,-11, -5;
/M: SY='G'; M= -4,  6,-26,  6,  3,-28, 21, -7,-31, -4,-26,-18,  9,-14, -2, -6,  4, -9,-26,-27,-22,  0;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='R'; M= -7,-10, -9,-13, -7,-16,-15, -7,-15,  1,-10, -2, -6,-20, -3,  5, -6, -5, -9,-26,-11, -6;
/M: SY='Y'; M=-13,-18,-26,-21,-18, 14,-23, -1, -7,-12, -5, -6,-16,-24,-13,-10,-17,-10,-12, 26, 36,-17;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-31,-21,  9,-30,-20, 22,-29, 45, 21,-29,-29,-20,-20,-28, -9, 13,-20,  0,-21;
/M: SY='H'; M= -2, -5,-19, -8, -6,-16,-11, 22,-20, -9,-16, -7,  1,-13, -2, -7,  2,  1,-15,-23, -2, -6;
/M: SY='S'; M=  5,-13, -7,-16,-12, -8,-14,-13, -5,-15, -6, -5, -9,-18,-11,-15,  7,  5,  1,-26, -7,-12;
/M: SY='H'; M= -6,  3,-22,  2,  4,-19,-14, 22,-20, -6,-17, -8,  6,-12,  3, -5,  5,  2,-18,-31, -5,  2;
/M: SY='D'; M= -4,  5,-24,  7,  5,-22, -6, -7,-20, -4,-19,-15,  4, -8, -3, -8,  2, -2,-16,-27,-15,  0;
/M:         M= -5, -2,-22, -4, -2,-15,-16, -1,-10, -5,-12, -7, -1,-14, -2, -5, -1, -2, -7,-25, -7, -4;
/M: SY='E'; M= -6,  1,-25,  2,  7,-24,-14, -3,-20,  3,-20,-12,  2,  1,  6,  1,  1, -3,-19,-28,-15,  5;
/I:         I=-4; MD=-8;
/M: SY='Y'; M= -5,-11,-22,-11, -8, -4,-14, -6, -6, -9, -3, -4,-10,-11, -8,-10, -7, -5, -7,-12,  5,-10; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-8;
/M: SY='P'; M= -5,-11,-26, -7, -3,-19,-11,-13,-14, -4,-15,-10,-10, 21, -5,-10, -6, -7,-15,-22,-15, -6; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-8;
/M:         M= -4, -5,-18, -5,  0,-13,-17, -9, -6, -3, -5, -2, -6,-12, -1, -3, -3, -2, -4,-23, -9, -1; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-8;
/M: SY='W'; M= -6, -9,-19, -9, -7, -6,-11, -8, -7, -6, -5, -5, -9, -7, -7, -6, -8, -4, -8,  5,  0, -7; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-8; IM=0; DM=-8;
/M: SY='G'; M= -2,  3,-20,  4,  0,-23, 16,-10,-24, -8,-21,-16,  5,-13, -5, -9,  5, -6,-18,-25,-19, -3; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-8;
/M: SY='K'; M= -6, -2,-24, -1,  2,-14,-13, -8,-21,  5,-20,-13, -1, -6, -2,  2,  2, -2,-15,-23,-10, -1;
/M: SY='G'; M= -4, -6,-26, -7, -2,-18,  2, -9,-17, -8,-12, -8, -3,-14, -4, -7, -4, -9,-15,-20,-13, -4;
/M: SY='Q'; M= -6,  1,-20,  0, 10,-26,-16,  2,-20,  3,-19, -8,  0,-12, 20,  1, -1, -8,-21,-22,-11, 14;
/M: SY='Q'; M=-10, -9,-25,-11, -2,-11,-20, -1,-10,  2, -8,  1, -6,-17, 10,  6, -8, -6,-11,-17, -1,  3;
/M: SY='E'; M= -9,  5,-27,  9, 22,-29,-16, -3,-26, 13,-22,-14,  2, -5, 15,  9,  0, -6,-23,-27,-16, 18;
/M: SY='V'; M=  4,-24,-13,-28,-24, -3,-25,-25, 22,-19,  9,  9,-23,-23,-22,-20, -7,  0, 31,-26, -9,-24;
/M: SY='T'; M=  0, -7,-14,-13,-13, -9,-14,-14, -3,-12, -9, -5, -3,-17,-12,-12,  9, 16,  4,-28, -9,-13;
/M: SY='C'; M=  1,-15,  9,-20,-17,-10, -7,-17,-11,-19, -5, -6,-11,-22,-17,-19, -4, -5, -5,-27,-14,-17;
/M: SY='Y'; M=-10,-10,-21,-11, -8,  2,-23,  1, -5, -8, -2,  1,-10,-21, -7, -7,-10, -5, -4,-12, 13, -8;
/I:         I=-7; MD=-14;
/M: SY='E'; M= -4, -5,-20, -4,  4,-21, -8, -6,-18,  0,-18,-11, -4, -1,  1, -3,  0, -3,-15,-24,-14,  1; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-14;
/M: SY='E'; M= -7,  1,-22,  1,  3, -9, -6,  3,-19, -6,-15,-10,  2,-13, -2, -6,  0, -5,-17,-20, -5,  0; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-14;
/M: SY='G'; M=  0, -5,-17, -6, -6,-18,  3,-12,-17, -5,-16,-10, -2,-10, -7, -6,  0, -5,-12,-22,-15, -7; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-14;
/M: SY='S'; M=  1, -1,-10, -4, -3,-11, -5, -8, -9, -4, -9, -6,  0,-10, -4, -5,  2,  1, -5,-18,-10, -4; D=-7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-14; IM=0; DM=-14;
/M: SY='D'; M=-10, 18,-24, 22,  9,-25, -6,  9,-26, -1,-23,-16, 13, -9,  3, -4,  2, -6,-23,-29,-12,  5; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-14;
/M: SY='E'; M=  0, -1,-18, -1,  4,-19,-12, -9,-13, -3,-13, -6, -2,-10, -1, -8,  2, -2,-10,-25,-12,  1; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-14;
/M: SY='N'; M= -4, 12,-24, 10,  4,-25, -6, -2,-24,  6,-23,-15, 14,-13,  3,  4,  3, -4,-21,-29,-15,  3;
/M: SY='S'; M= -2, 11,-13,  9,  4,-20,-11, -9,-18, -7,-20,-16, 11,-10, -3,-10, 12,  9,-14,-34,-17,  0;
/M: SY='L'; M= -7,-14,-20,-16,-11, -5,-18,-10, -5,-13,  1, -2,-14,-22,-10,-12,-13, -7, -6, -4,  0,-11;
/M: SY='W'; M=-19,-34,-40,-36,-27, 22,-23,-24,-13,-20, -8,-12,-32,-29,-22,-17,-33,-23,-20, 96, 27,-20;
/M: SY='K'; M= -5,  0,-22, -3,  1,-15,-17, -8,-12,  2,-12, -8,  2,-15, -1,  2,  0,  2,-10,-25, -9, -1;
/M: SY='I'; M= -5,-27,-19,-31,-25,  5,-31,-25, 27,-24, 18, 13,-23,-25,-22,-22,-16, -5, 26,-22, -3,-25;
/M: SY='E'; M= -6,  0,-25,  3, 15,-20,-16, -1,-16,  0,-12, -9, -2,-12,  6, -2, -2, -6,-14,-27,-12, 10;
/M: SY='P'; M= -9,-10,-24, -7,  0,-19,-19,-13,-12, -6,-14, -9,-10, 14, -6, -7, -6, -6,-12,-28,-17, -5;
/M:         M= -3, -9,-16,-12,-11, -8,-15, -7, -4,-12, -6, -3, -6,-17,-11,-12, -3, -2,  0,-25, -7,-12;
/I:         E0=0; E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_04 which contains 544'996 sequence entries.


Total number of hits 223 in 56 different sequences
Number of true positive hits 223 in 56 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 5
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] MIR
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
56 sequences

ITPR1_BOVIN (Q9TU34), ITPR1_HUMAN (Q14643), ITPR1_MOUSE (P11881), 
ITPR1_RAT   (P29994), ITPR2_BOVIN (Q8WN96), ITPR2_HUMAN (Q14571), 
ITPR2_MOUSE (Q9Z329), ITPR2_RAT   (P29995), ITPR3_BOVIN (Q8WN95), 
ITPR3_HUMAN (Q14573), ITPR3_MOUSE (P70227), ITPR3_RAT   (Q63269), 
ITPR_CAEEL  (Q9Y0A1), ITPR_DROME  (P29993), ITPR_PATPE  (Q8WSR4), 
PMT1_CANAL  (O74189), PMT1_SCHPO  (O13898), PMT1_YEAST  (P33775), 
PMT2_SCHPO  (Q9C100), PMT2_YEAST  (P31382), PMT3_YEAST  (P47190), 
PMT4_SCHPO  (O42933), PMT4_YEAST  (P46971), PMT5_YEAST  (P52867), 
PMT6_YEAST  (P42934), PMT7_YEAST  (Q06644), POMT1_DROME (Q9VTK2), 
POMT1_DROPS (Q2LZ62), POMT1_HUMAN (Q9Y6A1), POMT1_MOUSE (Q8R2R1), 
POMT1_RAT   (Q99PR0), POMT2_DROME (Q9W5D4), POMT2_DROPS (Q29IL2), 
POMT2_HUMAN (Q9UKY4), POMT2_MOUSE (Q8BGQ4), RY44_DROME  (Q24498), 
RYR1_HUMAN  (P21817), RYR1_MOUSE  (E9PZQ0), RYR1_PIG    (P16960), 
RYR1_RABIT  (P11716), RYR1_RAT    (F1LMY4), RYR2_HUMAN  (Q92736), 
RYR2_MOUSE  (E9Q401), RYR2_RABIT  (P30957), RYR2_RAT    (B0LPN4), 
RYR3_HUMAN  (Q15413), RYR3_MOUSE  (A2AGL3), RYR3_RABIT  (Q9TS33), 
SDF2L_BOVIN (Q3T083), SDF2L_HUMAN (Q9HCN8), SDF2L_MOUSE (Q9ESP1), 
SDF2_ARATH  (Q93ZE8), SDF2_BOVIN  (Q3SZ45), SDF2_DICDI  (Q54P23), 
SDF2_HUMAN  (Q99470), SDF2_MOUSE  (Q9DCT5)
» More

PDB
[Detailed view]
29 PDB

1N4K; 1XZZ; 2MC2; 2XOA; 3HSM; 3ILA; 3IM5; 3IM6; 3IM7; 3JRR; 3MAL; 3QR5; 3T8S; 3UJ0; 3UJ4; 4I0Y; 4I1E; 4I2S; 4I37; 4I3N; 4I6I; 4I7I; 4I8M; 4I96; 4KEI; 4KEJ; 4KEK; 4L4H; 4L4I
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission