Entry: PS50919

General information about the entry

Entry name [info] MIR
Accession [info] PS50919
Entry type [info] MATRIX
Date [info] AUG-2003 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2015 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50919
Associated ProRule [info] PRU00131

Name and characterization of the entry

Description [info] MIR domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=56;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=51;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4597137; R2=0.0244729; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2141.81111; R2=13.67778; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=247; N_SCORE=8.5; H_SCORE=4959; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=97; N_SCORE=4.8; H_SCORE=3277; MODE=1; TEXT='RR';
/DEFAULT: B0=-30; E0=-30; M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B0=0; B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='G'; M= -4, -4,-26, -3, -5,-24, 17, -9,-26,-11,-22,-15,  0, -5, -8,-12, -1,-10,-22,-26,-21, -8;
/M: SY='E'; M= -4,  1,-23,  2,  4,-24, -2, -8,-23, -1,-21,-14,  2, -8,  0, -1,  3, -4,-18,-28,-17,  1;
/M:         M= -6, -5,-23, -7, -3, -8,-19, -3, -8, -6, -8, -5, -4,-13, -6, -7, -5, -2, -7,-21, -1, -6;
/M: SY='I'; M= -6,-28,-21,-30,-26,  2,-26,-26, 24,-24, 15, 10,-25,-25,-23,-22,-17, -8, 24,-14, -3,-26;
/M: SY='R'; M= -7, -8,-25, -9, -2,-17,-18, -4,-16, 10,-13, -6, -5,-10,  1, 11, -7, -4,-12,-21, -7, -2;
/M: SY='W'; M=-12,-16,-22,-18,-16,  0,-15, -6,-12,-12,-11, -9,-13,-22,-12, -9,-13,-10,-12, 15, 14,-15;
/M: SY='G'; M= -2, -5,-26, -6,-14,-23, 38,-14,-28,-14,-22,-15,  4,-20,-14,-14,  0,-13,-22,-23,-21,-14;
/M: SY='D'; M= -5, 13,-22, 17,  9,-27, -9,  2,-25, -2,-25,-17, 10,-10,  7, -5, 12,  3,-20,-34,-15,  8;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='V'; M= -2,-12,-21,-13, -9,-10,-20,-12,  0, -8, -3, -1,-12,-13, -9, -9, -5, -2,  4,-23, -6,-10;
/M: SY='V'; M= -8,-28,-10,-33,-27, 16,-31,-24, 21,-25, 14,  9,-24,-28,-26,-22,-16, -6, 24,-18,  3,-27;
/M: SY='R'; M=-14,-11,-26,-13, -4,-13,-22, -7,-16, 14,-12, -5, -5,-19,  5, 34, -8, -4,-11,-19, -6, -3;
/M: SY='L'; M=-11,-30,-21,-33,-23, 17,-31,-22, 22,-29, 37, 16,-27,-28,-23,-21,-26, -9, 13,-16,  3,-23;
/M: SY='R'; M=-12,-12,-25,-14, -5, -7,-23, -7, -9,  8, -7,  0, -8,-19,  1, 16,-11, -8, -6,-18, -3, -3;
/M: SY='H'; M=-16,  4,-28,  2,  1,-21,-16, 77,-28, -9,-22, -4, 14,-15,  8, -1, -4,-15,-29,-32, 11,  0;
/M: SY='V'; M= -1,-20,-17,-23,-18, -7,-17,-18,  9,-16,  7,  6,-17,-21,-15,-15,-10, -4, 12,-24, -9,-17;
/M: SY='N'; M=  1,  0,-15, -3, -2,-18, -9, -5,-16, -4,-15,-10,  2,-15, -5, -7,  2, -1,-11,-28,-13, -4;
/M: SY='T'; M=  1, -2,-14, -7, -6,-13,-14,-12,-11,-10,-11, -8,  0,-11, -4,-10, 15, 26, -5,-29,-11, -5;
/M: SY='G'; M= -4,  6,-26,  6,  3,-28, 21, -7,-31, -4,-26,-18,  9,-14, -2, -6,  4, -9,-26,-27,-22,  0;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='R'; M= -7,-10, -9,-13, -7,-16,-15, -7,-15,  1,-10, -2, -6,-20, -3,  5, -6, -5, -9,-26,-11, -6;
/M: SY='Y'; M=-13,-18,-26,-21,-18, 14,-23, -1, -7,-12, -5, -6,-16,-24,-13,-10,-17,-10,-12, 26, 36,-17;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-31,-21,  9,-30,-20, 22,-29, 45, 21,-29,-29,-20,-20,-28, -9, 13,-20,  0,-21;
/M: SY='H'; M= -2, -5,-19, -8, -6,-16,-11, 22,-20, -9,-16, -7,  1,-13, -2, -7,  2,  1,-15,-23, -2, -6;
/M: SY='S'; M=  5,-13, -7,-16,-12, -8,-14,-13, -5,-15, -6, -5, -9,-18,-11,-15,  7,  5,  1,-26, -7,-12;
/M: SY='H'; M= -6,  3,-22,  2,  4,-19,-14, 22,-20, -6,-17, -8,  6,-12,  3, -5,  5,  2,-18,-31, -5,  2;
/M: SY='D'; M= -4,  5,-24,  7,  5,-22, -6, -7,-20, -4,-19,-15,  4, -8, -3, -8,  2, -2,-16,-27,-15,  0;
/M:         M= -5, -2,-22, -4, -2,-15,-16, -1,-10, -5,-12, -7, -1,-14, -2, -5, -1, -2, -7,-25, -7, -4;
/M: SY='E'; M= -6,  1,-25,  2,  7,-24,-14, -3,-20,  3,-20,-12,  2,  1,  6,  1,  1, -3,-19,-28,-15,  5;
/I:         I=-4; MD=-8;
/M: SY='Y'; M= -5,-11,-22,-11, -8, -4,-14, -6, -6, -9, -3, -4,-10,-11, -8,-10, -7, -5, -7,-12,  5,-10; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-8;
/M: SY='P'; M= -5,-11,-26, -7, -3,-19,-11,-13,-14, -4,-15,-10,-10, 21, -5,-10, -6, -7,-15,-22,-15, -6; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-8;
/M:         M= -4, -5,-18, -5,  0,-13,-17, -9, -6, -3, -5, -2, -6,-12, -1, -3, -3, -2, -4,-23, -9, -1; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-8;
/M: SY='W'; M= -6, -9,-19, -9, -7, -6,-11, -8, -7, -6, -5, -5, -9, -7, -7, -6, -8, -4, -8,  5,  0, -7; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-8; IM=0; DM=-8;
/M: SY='G'; M= -2,  3,-20,  4,  0,-23, 16,-10,-24, -8,-21,-16,  5,-13, -5, -9,  5, -6,-18,-25,-19, -3; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-8;
/M: SY='K'; M= -6, -2,-24, -1,  2,-14,-13, -8,-21,  5,-20,-13, -1, -6, -2,  2,  2, -2,-15,-23,-10, -1;
/M: SY='G'; M= -4, -6,-26, -7, -2,-18,  2, -9,-17, -8,-12, -8, -3,-14, -4, -7, -4, -9,-15,-20,-13, -4;
/M: SY='Q'; M= -6,  1,-20,  0, 10,-26,-16,  2,-20,  3,-19, -8,  0,-12, 20,  1, -1, -8,-21,-22,-11, 14;
/M: SY='Q'; M=-10, -9,-25,-11, -2,-11,-20, -1,-10,  2, -8,  1, -6,-17, 10,  6, -8, -6,-11,-17, -1,  3;
/M: SY='E'; M= -9,  5,-27,  9, 22,-29,-16, -3,-26, 13,-22,-14,  2, -5, 15,  9,  0, -6,-23,-27,-16, 18;
/M: SY='V'; M=  4,-24,-13,-28,-24, -3,-25,-25, 22,-19,  9,  9,-23,-23,-22,-20, -7,  0, 31,-26, -9,-24;
/M: SY='T'; M=  0, -7,-14,-13,-13, -9,-14,-14, -3,-12, -9, -5, -3,-17,-12,-12,  9, 16,  4,-28, -9,-13;
/M: SY='C'; M=  1,-15,  9,-20,-17,-10, -7,-17,-11,-19, -5, -6,-11,-22,-17,-19, -4, -5, -5,-27,-14,-17;
/M: SY='Y'; M=-10,-10,-21,-11, -8,  2,-23,  1, -5, -8, -2,  1,-10,-21, -7, -7,-10, -5, -4,-12, 13, -8;
/I:         I=-7; MD=-14;
/M: SY='E'; M= -4, -5,-20, -4,  4,-21, -8, -6,-18,  0,-18,-11, -4, -1,  1, -3,  0, -3,-15,-24,-14,  1; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-14;
/M: SY='E'; M= -7,  1,-22,  1,  3, -9, -6,  3,-19, -6,-15,-10,  2,-13, -2, -6,  0, -5,-17,-20, -5,  0; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-14;
/M: SY='G'; M=  0, -5,-17, -6, -6,-18,  3,-12,-17, -5,-16,-10, -2,-10, -7, -6,  0, -5,-12,-22,-15, -7; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-14;
/M: SY='S'; M=  1, -1,-10, -4, -3,-11, -5, -8, -9, -4, -9, -6,  0,-10, -4, -5,  2,  1, -5,-18,-10, -4; D=-7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-14; IM=0; DM=-14;
/M: SY='D'; M=-10, 18,-24, 22,  9,-25, -6,  9,-26, -1,-23,-16, 13, -9,  3, -4,  2, -6,-23,-29,-12,  5; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-14;
/M: SY='E'; M=  0, -1,-18, -1,  4,-19,-12, -9,-13, -3,-13, -6, -2,-10, -1, -8,  2, -2,-10,-25,-12,  1; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-14;
/M: SY='N'; M= -4, 12,-24, 10,  4,-25, -6, -2,-24,  6,-23,-15, 14,-13,  3,  4,  3, -4,-21,-29,-15,  3;
/M: SY='S'; M= -2, 11,-13,  9,  4,-20,-11, -9,-18, -7,-20,-16, 11,-10, -3,-10, 12,  9,-14,-34,-17,  0;
/M: SY='L'; M= -7,-14,-20,-16,-11, -5,-18,-10, -5,-13,  1, -2,-14,-22,-10,-12,-13, -7, -6, -4,  0,-11;
/M: SY='W'; M=-19,-34,-40,-36,-27, 22,-23,-24,-13,-20, -8,-12,-32,-29,-22,-17,-33,-23,-20, 96, 27,-20;
/M: SY='K'; M= -5,  0,-22, -3,  1,-15,-17, -8,-12,  2,-12, -8,  2,-15, -1,  2,  0,  2,-10,-25, -9, -1;
/M: SY='I'; M= -5,-27,-19,-31,-25,  5,-31,-25, 27,-24, 18, 13,-23,-25,-22,-22,-16, -5, 26,-22, -3,-25;
/M: SY='E'; M= -6,  0,-25,  3, 15,-20,-16, -1,-16,  0,-12, -9, -2,-12,  6, -2, -2, -6,-14,-27,-12, 10;
/M: SY='P'; M= -9,-10,-24, -7,  0,-19,-19,-13,-12, -6,-14, -9,-10, 14, -6, -7, -6, -6,-12,-28,-17, -5;
/M:         M= -3, -9,-16,-12,-11, -8,-15, -7, -4,-12, -6, -3, -6,-17,-11,-12, -3, -2,  0,-25, -7,-12;
/I:         E0=0; E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_08 which contains 320'201 sequence entries.


Total number of hits 235 in 60 different sequences
Number of true positive hits 235 in 60 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 5
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] MIR
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
60 sequences

ITPR1_BOVIN (Q9TU34), ITPR1_HUMAN (Q14643), ITPR1_MOUSE (P11881), 
ITPR1_RAT   (P29994), ITPR2_BOVIN (Q8WN96), ITPR2_HUMAN (Q14571), 
ITPR2_MOUSE (Q9Z329), ITPR2_RAT   (P29995), ITPR3_BOVIN (Q8WN95), 
ITPR3_HUMAN (Q14573), ITPR3_MOUSE (P70227), ITPR3_RAT   (Q63269), 
ITPR_CAEEL  (Q9Y0A1), ITPR_DROME  (P29993), ITPR_PATPE  (Q8WSR4), 
PMT1_CANAL  (O74189), PMT1_SCHPO  (O13898), PMT1_YEAST  (P33775), 
PMT2_CANAL  (Q5ADM9), PMT2_SCHPO  (Q9C100), PMT2_YEAST  (P31382), 
PMT3_YEAST  (P47190), PMT4_CANAL  (Q59X23), PMT4_SCHPO  (O42933), 
PMT4_YEAST  (P46971), PMT5_CANAL  (Q5ACU3), PMT5_YEAST  (P52867), 
PMT6_CANAL  (Q5A688), PMT6_YEAST  (P42934), PMT7_YEAST  (Q06644), 
POMT1_DROME (Q9VTK2), POMT1_DROPS (Q2LZ62), POMT1_HUMAN (Q9Y6A1), 
POMT1_MOUSE (Q8R2R1), POMT1_RAT   (Q99PR0), POMT2_DROME (Q9W5D4), 
POMT2_DROPS (Q29IL2), POMT2_HUMAN (Q9UKY4), POMT2_MOUSE (Q8BGQ4), 
RY44_DROME  (Q24498), RYR1_HUMAN  (P21817), RYR1_MOUSE  (E9PZQ0), 
RYR1_PIG    (P16960), RYR1_RABIT  (P11716), RYR1_RAT    (F1LMY4), 
RYR2_HUMAN  (Q92736), RYR2_MOUSE  (E9Q401), RYR2_RABIT  (P30957), 
RYR2_RAT    (B0LPN4), RYR3_HUMAN  (Q15413), RYR3_MOUSE  (A2AGL3), 
RYR3_RABIT  (Q9TS33), SDF2L_BOVIN (Q3T083), SDF2L_HUMAN (Q9HCN8), 
SDF2L_MOUSE (Q9ESP1), SDF2_ARATH  (Q93ZE8), SDF2_BOVIN  (Q3SZ45), 
SDF2_DICDI  (Q54P23), SDF2_HUMAN  (Q99470), SDF2_MOUSE  (Q9DCT5)
» More

PDB
[Detailed view]
33 PDB

1N4K; 1XZZ; 2MC2; 2XOA; 3HSM; 3ILA; 3IM5; 3IM6; 3IM7; 3J8E; 3JRR; 3MAL; 3QR5; 3T8S; 3UJ0; 3UJ4; 4I0Y; 4I1E; 4I2S; 4I37; 4I3N; 4I6I; 4I7I; 4I8M; 4I96; 4JKQ; 4KEI; 4KEJ; 4KEK; 4L4H; 4L4I; 4UWA; 4UWE
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission