Entry: PS50966

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] ZF_SWIM
Accession [info] PS50966
Entry type [info] MATRIX
Date [info] MAR-2004 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50966
Associated ProRule [info] PRU00325

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc finger SWIM-type profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=38;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=35;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1868844; R2=0.0123659; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2333.61830; R2=8.54416; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=471; N_SCORE=8.0; H_SCORE=6005; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=349; N_SCORE=6.5; H_SCORE=5314; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B0=-100; B1=-150; E0=-100; E1=-110; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B0=0; B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='Y'; M=-16,-21,-26,-24,-20, 30,-28, -9,  0,-15,  1,  1,-17,-27,-16,-13,-17, -9,  4, -2, 47,-20;
/M: SY='T'; M= -9, -7,-24, -7,  2,-12,-19, -6,-13,  2,-11, -6, -6,-14,  1,  5, -2, 13,-10,-20, -6,  1;
/M: SY='V'; M= -1,-25, -9,-28,-26, -3,-29,-26, 23,-19,  8,  8,-24,-26,-24,-19, -8,  2, 35,-29, -9,-25;
/M: SY='Q'; M= -6, -4,-23, -5,  0,-15,-16, -3,-12, -2,-12, -5, -2,-14,  2, -1, -1, -1,-10,-22, -7,  0;
/M: SY='I'; M= -4,-23,-20,-26,-20,  0,-24,-18, 16,-21, 12,  8,-20,-23,-17,-19,-14, -7, 14,-18, -2,-20;
/M: SY='D'; M= -7,  6,-23,  8,  4,-22, -5, -7,-21, -2,-18,-13,  3,-13, -1, -5,  0, -5,-17,-26,-13,  1;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='L'; M= -6, -8,-20, -9, -6, -6,-14,-11, -4, -9,  1, -1, -7,-15, -7, -8, -7, -5, -4,-18, -6, -7; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='D'; M= -6,  7,-21,  9,  6,-20, -7, -4,-20,  2,-18,-13,  6, -9,  1,  0,  1, -3,-16,-24,-12,  3; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='D'; M= -5,  6,-18,  7,  4,-19, -5, -5,-18,  1,-15,-11,  6, -8,  0, -1,  0, -3,-15,-24,-13,  1; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='D'; M= -4,  2,-18,  3,  2,-16, -3, -6,-17, -1,-15,-10,  0, -9, -3, -3, -1, -5,-13,-21,-11, -1; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='E'; M= -6,  0,-19,  1,  2,-12,-11, -5,-13, -2,-11, -8, -1,-10, -2, -2, -1, -1,-10,-18, -5, -1; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-21;
/M:         M= -4, -8,-15, -9, -5, -6,-10,-10, -2, -7, -2, -2, -7,-13, -7, -7, -5, -4,  0,-13, -5, -6; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-21; MD=-21; IM=-21; DM=-21;
/M: SY='E'; M= -4,  0,-18, -1,  1,-14, -7, -5,-13, -2,-12, -7,  0,-10, -1, -3,  0, -2,-10,-20, -8,  0; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M:         M=  0,-10,-13,-13,-12,-11, -9,-11,-11,-10,-13, -8, -6,-16,-10, -9, -1, -3, -7,-19, -7,-12;
/M: SY='S'; M= -6, -2,-21, -3,  0,-10,-16, -4,-17,  1,-16,-11,  0,-15, -1,  1,  3,  3,-13,-20, -1, -1;
/M: SY='C'; M=-30,-30,140,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30;
/M: SY='S'; M=  3,  5,-15, 20,  1,-19, -7,-11,-18, -8,-21,-16, 15,-10, -3,-10, 62, 59,-10,-35,-17, -1;
/M: SY='C'; M=-30,-30,140,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30;
/M: SY='P'; M= -6, -8,-26, -5,  2,-23,-12,-10,-22,  1,-22,-14, -6, 18, -2,  0, -3, -6,-21,-26,-17, -2;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M:         M= -4, -4,-19, -4, -4,-11,-12, -6,-13, -4,-11, -7, -4,-17, -4, -5, -4, -6,-10,-14, -3, -5; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='F'; M=-11,-18,-22,-21,-18, 25,-15,-11, -7,-17, -3, -4,-14,-18,-19,-14,-14,-10, -8, 19, 16,-16; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='E'; M= -4,  2,-19,  3, 10,-18,-12, -3,-14,  3,-11, -7,  1, -8, 10,  0, -1, -4,-14,-20,-10, 10; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='H'; M= -9, -2,-19, -4, -3, -9,-11,  1,-13, -2,-10, -6,  0,-16, -2,  1, -2, -2,-12,-18, -1, -3; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='G'; M= -4, -3,-26, -5, -6,-23, 17, -2,-29, -2,-24,-14,  4,-15, -5, -1,  0,-10,-23,-23,-15, -6;
/M:         M= -8,-12,-26,-15,-14, -4, -9,-10, -4,-13, -4, -3, -7,-17,-12,-11,-10, -8, -7,-13,  0,-14;
/M: SY='P'; M=-10,-15,-26,-14,-10,-10,-22,-14, -5,-13, -6, -4,-15, 23,-11,-15,-13, -9,-10,-18, -7,-13;
/M: SY='C'; M=-30,-30,140,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30;
/M: SY='K'; M= -6, -6,-22, -7,  2,-21,-18, -8,-20, 19,-21, -9, -2,-13,  4, 16, -2, -4,-13,-22, -9,  2;
/M: SY='H'; M=-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,140,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30,-30;
/M: SY='I'; M=  3,-22,-17,-28,-21, -6, -3,-22, 19,-19, 10, 11,-18,-21,-14,-19,-11, -5, 17,-22, -7,-19;
/M: SY='L'; M= 10,-24,-17,-28,-21,  1, -4,-28, 16,-21, 17,  9,-22,-34,-18,-19,-14, -6, 16,-18, -1,-21;
/M: SY='A'; M= 27,-10,-14,-17, -9,-16,  5,-24,-12, -7,-11, -8, -8,-13, -9,-11, -5, -1, -4,-20,-14,-10;
/M: SY='V'; M= 15,-24,-13,-26,-22,-10, -3,-24, 16,-20, 13,  7,-23,-24,-21,-20, -8, -5, 25,-25, -9,-22;
/M: SY='L'; M=  5,-19,-18,-23,-14,  4,-23,-13,  6,-15, 12,  7,-17,-22,-13,-13,-14, -7,  4,-16,  3,-14;
/M: SY='L'; M=-10,-15,-22,-18,  0,  1,-24, -8,  3,-13,  9,  5,-12,-22,  2, -9,-13, -5, -1,-15,  6,-11;
/M: SY='A'; M=  1, -8,-18,-11, -6,-11,-14, -1, -5, -5, -5, -4, -5,-17, -3, -4,  0, -1, -8,-22, -3, -5;
/M: SY='L'; M= -6,-17,-14,-20,-14, -3,-22,-11,  0,-10,  6,  6,-15,-22,-10, -7,-12, -7,  3,-14,  3,-13;
/M: SY='N'; M= -4, -1,-21, -4, -1,-18, -5, -7,-17, -1,-14, -9,  2,-17, -1, -2, -2, -6,-15,-24,-11, -2;
/I:         E0=0; E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 46 in 45 different sequences
Number of true positive hits 45 in 44 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits 1
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 97.83 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] SWIM-type
Version [info] 3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
44 sequences

FAR1_ARATH  (Q9SWG3), FHY3_ARATH  (Q9LIE5), FRS10_ARATH (Q9LKR4), 
FRS11_ARATH (Q9SY66), FRS12_ARATH (Q3E7I5), FRS1_ARATH  (Q5UBY2), 
FRS2_ARATH  (Q3EBQ3), FRS3_ARATH  (Q9ZVC9), FRS4_ARATH  (Q6NQJ7), 
FRS5_ARATH  (Q9SZL8), FRS6_ARATH  (Q9SSQ4), FRS7_ARATH  (Q9M8J3), 
FRS8_ARATH  (Q9S793), FRS9_ARATH  (Q9SZL7), IRLC_DICDI  (Q55DJ8), 
M3K1_HUMAN  (Q13233), M3K1_MOUSE  (P53349), M3K1_RAT    (Q62925), 
SWS1_SCHPO  (O13600), Y018_MYCGE  (P47264), Y020_MYCPN  (P75093), 
Y1109_ARCFU (O29156), Y1493_METJA (Q58888), YEHQ_ECOLI  (P33353), 
YWQB_BACSU  (P96714), ZSWM1_HUMAN (Q9BR11), ZSWM1_MOUSE (Q9CWV7), 
ZSWM2_HUMAN (Q8NEG5), ZSWM2_MOUSE (Q9D9X6), ZSWM3_HUMAN (Q96MP5), 
ZSWM3_MOUSE (Q8CFL8), ZSWM4_HUMAN (Q9H7M6), ZSWM4_MOUSE (Q8C7B8), 
ZSWM5_HUMAN (Q9P217), ZSWM5_MOUSE (Q80TC6), ZSWM6_HUMAN (Q9HCJ5), 
ZSWM6_MOUSE (Q80TB7), ZSWM7_DANRE (A4FVI0), ZSWM7_DICDI (Q55FI7), 
ZSWM7_HUMAN (Q19AV6), ZSWM7_MOUSE (Q9CWQ2), ZSWM8_BOVIN (A7E305), 
ZSWM8_HUMAN (A7E2V4), ZSWM8_MOUSE (Q3UHH1)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences
1 sequence

SYE_HALMA   (Q5V5N9)

		

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission