To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS51042

General information about the entry

Entry name [info] CUT
Accession [info] PS51042
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-NOV-2004 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-SEP-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51042
Associated ProRule [info] PRU00374

Name and characterization of the entry

Description [info] CUT domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=88;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=83;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.9848237; R2=0.0174026; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5862.5786133; R2=6.8174806; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=346; H_SCORE=8221; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=202; H_SCORE=7240; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-100; I=-100; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='N'; M= -6, 15,-25,  9,  4,-24, -6, -2,-14, -4,-19,-12, 20,-15,  6, -7,  2, -6,-19,-30,-17,  4;
/M:         M= -5, -3,-25, -3, -3,-13, -1,-10,-17, -8,-14, -6, -3,-16, -3, -6, -2, -9,-14,-22,-11, -4;
/M: SY='Q'; M= -2, 10,-24, 10,  9,-30,-13, -2,-21,  5,-19,-10,  6,-12, 18,  0,  2, -6,-21,-27,-14, 14;
/M: SY='V'; M= -3,-17,-20,-17,-13, -7,-22,-17,  4,-11, -4, -2,-14, -8,-13,-13, -1,  3,  7,-24, -5,-14;
/M: SY='S'; M= -1, -1,-22,  0,  1,-18, -1,-10,-21, -3,-16,-13, -1,-14, -4, -8,  5,  2,-15,-23, -9, -2;
/M: SY='B'; M= -5, 15,-24, 13,  5,-26,  0, -4,-24,  1,-22,-13, 13,-13,  3, -5,  2, -4,-21,-29,-18,  4;
/M: SY='N'; M= -9,  9,-24,  6,  2,-15, -1, -1,-17, -7,-13, -8, 13,-18, -3, -8, -1, -7,-19,-26, -9, -1;
/M: SY='E'; M= -6,  0, -8,  2, 20,-25,-19, -9,-24,  1,-20,-16, -3, -3,  7, -4,  5,  4,-19,-32,-18, 13;
/I:         I=-30; MD=-32;
/M: SY='E'; M=  1,  1,-22,  2, 13,-19,-15, -8, -8, -5, -9, -3, -4, -9,  2,-10,  0, -5, -8,-25,-13,  7; D=-30;
/I:         I=-30; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='L'; M=-10,-15,-23,-18, -8, -3,-25,-13,  8,-13, 22, 12,-12,-23,-10,-11,-19, -9,  0,-23, -5, -9;
/M: SY='D'; M=-15, 25,-26, 30,  3,-25,-15, -4,-14, -6,-15, -9, 13,-15, -5,-12, -4, -8,-12,-35,-15, -2;
/M: SY='T'; M= -1,  1,-12, -8, -9, -3,-14,-14,-12,-11,-14,-12,  7,-13,-10,-10, 19, 31, -6,-29, -9, -9;
/M: SY='Q'; M=  4, -8,-20,-10,  2,-17,-17, -8, -9, -2, -9, -4, -8,-14,  8, -5,  1,  0, -6,-21, -7,  4;
/M: SY='E'; M= -9, -4,-26, -2, 15,-13,-14,  1,-21,  2,-14, -9, -3,-12,  6, -1, -3, -8,-19,-23, -8, 11;
/M: SY='I'; M=-10,-30,-26,-38,-29, 10,-37,-28, 40,-29, 21, 17,-22,-23,-23,-27,-20, -9, 27,-17,  3,-29;
/M: SY='A'; M= 14,-14,-14,-18,-15, -5,-14,-12, -1,-12, -7, -5,-12,-18,-13,-15,  6,  5,  7,-17,  3,-15;
/M: SY='R'; M=-10,  4,-26,  8, 13,-27,-15,  8,-27, 10,-24,-13,  5,-12, 16, 17,  5, -5,-23,-29,-12, 13;
/M: SY='R'; M=-15, -2,-29, -4,  5,-19,-18,  5,-26, 12,-20,-12,  4,-17,  9, 30, -6, -6,-23,-11, -7,  5;
/M: SY='V'; M= -6,-26,-10,-30,-26, -5,-33,-28, 26,-17,  7,  9,-22,-25,-22,-19,-14, -6, 30,-27, -8,-26;
/M: SY='R'; M=-12, -6,-27, -6,  4,-23,-21, -7,-23, 28,-17, -6, -3,-15, 11, 31, -8, -5,-17,-21, -9,  6;
/M: SY='E'; M=-13, 12,-28, 20, 32,-29,-18, 11,-29,  6,-21,-16,  5, -7, 17,  4,  0, -6,-27,-30,-13, 23;
/M: SY='E'; M= -9,-13,-23,-11,  8, -6,-27,-14,  2,-10,  4,  0,-15,-16, -3,-12,-11, -8,  2,-23, -8,  2;
/M: SY='L'; M=-10,-24,-21,-24,-11,  4,-27,-14, 14,-22, 37, 23,-25,-25,-12,-16,-25,-10,  6,-21, -2,-11;
/M: SY='K'; M= -7, -6,-25, -9,  3,-18,-23,-15, -6, 10,-13, -5, -4,-11,  0,  1, -2,  2, -5,-25,-10,  0;
/M: SY='R'; M= -5, -3,-23,  0, 10,-21,-17, -8,-18,  9,-17,-11, -3,-14,  2, 15,  0, -4, -9,-28,-15,  5;
/M: SY='H'; M= -3,  1,-25, -4, -2,-15,-15, 30,-19,  0,-18, -6,  7,-18,  6, -1, -4, -9,-20,-18,  9,  0;
/M: SY='N'; M= -4,  6,-11,  0, -6,-24,  8, -9,-27, -4,-29,-19, 15, -7, -7, -8,  6, -4,-24,-33,-23, -7;
/M: SY='I'; M= -9,-29,-26,-37,-28,  1,-36,-26, 42,-27, 21, 23,-22,-22,-19,-26,-20, -9, 29,-21, -1,-27;
/M: SY='G'; M=  1, -2,-22, -2, -6,-25, 17,-12,-26,-12,-30,-20,  8,  3, -8,-14, 16,  1,-22,-32,-25, -8;
/M: SY='Q'; M=-10, -3,-31, -1, 17,-39,-20,  6,-20,  7,-21, -3, -3,  4, 50,  6, -1,-10,-30,-21,-13, 33;
/M: SY='R'; M=  8, -9,-20,-14, -5,-19,-13,-10,-20, 11,-15,-10, -4,-15,  0, 28,  1,  0,-10,-21,-14, -5;
/M: SY='I'; M= -6,-17,-19,-21,-16, -4,-25,-17, 15,-19, 14,  8,-12,-24,-11,-16,-11, -4, 12,-26, -7,-15;
/M: SY='F'; M=-19,-30,-20,-39,-29, 74,-30,-20,  2,-30, 14,  2,-21,-30,-38,-20,-21,-10,  1,  7, 27,-29;
/M: SY='A'; M= 32,-10,-17,-16,-14,-24, 25,-20,-21,-14,-17,-14, -6,-14,-14,-20,  6, -7,-11,-20,-24,-14;
/M: SY='E'; M=-12,  6,-28, 11, 20,-28,-20,  3,-25, 17,-21,-12,  1,-11, 12, 12, -5,-10,-19,-27,-12, 15;
/M: SY='H'; M=-11,-11,-23,-10, -3, -8,-24, 12, -8, -1, -9, -2, -9,-20, -4,  1, -8, -5, -2,-19,  8, -5;
/M: SY='V'; M=  4,-25,-18,-29,-25,  0,-27,-21, 23,-19,  7,  7,-22,-23,-21,-21,-10, -4, 27,-17,  3,-25;
/M: SY='L'; M= -4,-27,-19,-30,-20, 12,-26,-19, 15,-26, 38, 18,-26,-27,-19,-19,-24, -9,  8,-17,  0,-19;
/M: SY='G'; M= -5, 11,-12,  1,-12,-23, 23, -9,-28,-12,-27,-19, 23,-20,-12,-12,  6, -3,-25,-32,-24,-12;
/I:         I=-26; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='R'; M=-14,-16, -6,-17, -8,-13,-24,-12,-15,  7,  0, -2,-12,-24, -5, 21,-16,-10, -9,-24,-10, -8;
/M: SY='S'; M=  7,  0,-10, -3, -3,-17, -5,-13,-17,-10,-25,-17,  7,-10, -3,-10, 35, 28, -7,-37,-17, -3;
/M: SY='Q'; M=-10, -3,-31, -1, 17,-39,-20,  6,-20,  7,-21, -3, -3,  4, 50,  6, -1,-10,-30,-21,-13, 33;
/M: SY='G'; M=  0, -9,-27,-10,-19,-27, 57,-20,-36,-19,-27,-19,  0,-19,-19,-19,  3,-10,-26,-21,-27,-19;
/M: SY='T'; M=  0,-10,-17,-14,-10, -9,-13,-14, -9,-13,-10, -3, -6,-15, -6,-12, 12, 15, -5,-12, -7, -8;
/M: SY='L'; M= -7,-29,  3,-30,-24,  3,-30,-24, 16,-27, 28, 11,-29,-31,-24,-21,-21, -7, 20,-27, -7,-24;
/M: SY='S'; M= 13, -4,  5, -6, -5,-20, -3,-14,-20,-12,-26,-19,  4,-13, -5,-14, 30, 14, -9,-38,-21, -5;
/M: SY='D'; M=-15, 28,-30, 43, 42,-35,-15,  0,-35,  5,-25,-25,  9, -5, 11, -5,  0,-10,-30,-35,-20, 26;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-32,-22,  8,-32,-22, 25,-30, 45, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 13,-20,  0,-22;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-30,-20,  9,-29,-17, 20,-27, 46, 26,-29,-29,-17,-19,-29,-10, 10,-20,  0,-19;
/M: SY='R'; M=  3, -6,-21,-12, -6,-17,-13, -9,-12,  3,-15, -9,  3,-16, -1, 16,  3, -2, -8,-25,-14, -6;
/M: SY='R'; M=-16, -5,-31, -7,  0,-20,-18,  5,-28, 24,-24,-11,  1,-18,  6, 33,-12,-13,-23, -4, -3,  1;
/M: SY='P'; M= -9,-12,-34, -6,  5,-27,-20,-17,-21, -2,-26,-17,-13, 57, -5,-11, -5, -2,-25,-29,-24, -4;
/M: SY='K'; M=-11,  1,-30,  3, 19,-29,-20, -7,-30, 41,-27,-12,  0, -9, 12, 27, -8,-10,-22,-22,-12, 15;
/M: SY='P'; M=-12, -3,-35,  7,  3,-30,-18, -7,-24, -8,-28,-20, -8, 54, -7,-16, -5, -6,-27,-32,-23, -5;
/M: SY='W'; M=-18,-35,-44,-34,-24, 12,-21,-27,-17,-19,-18,-17,-33, -6,-21,-20,-31,-23,-26, 95, 18,-19;
/M: SY='D'; M= -6, 12,-22, 13,  5,-28, -3,  2,-26,  0,-26,-16, 12,-12,  7, -3, 12,  2,-21,-32,-15,  6;
/M: SY='K'; M= -2,-10,-26,-12, -2,-20,-21,-15,-10, 10,-10, -3, -9, -2,  1,  1, -8, -4, -9,-22,-11, -1;
/M: SY='L'; M= -1,-19,-18,-19, -8, -3,-21,-16,  7,-18, 19, 10,-18,-21,-11,-15,-10, -4,  6,-25, -8,-10;
/M: SY='T'; M= -3,  3,-17, -2, -1,-19,-12, -9,-20,  7,-22,-14,  9,-13,  0,  9, 15, 18,-12,-31,-14, -1;
/I:         I=-30; MD=-32;
/M: SY='Q'; M= -8, -4,-21,  0,  6,-18,-15, -5,-12,  1,-10, -6, -5,  4,  8,  3, -5, -6,-12,-19,-11,  6; D=-30;
/I:         I=-30; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='K'; M= -5,  1,-20, -5, -2,-18,-15, -9,-17, 12,-19, -5,  5,-13,  1,  9,  7, 11,-11,-28,-11, -1;
/M: SY='G'; M= -3,-11,-28,-10, -9,-22, 38,-17,-27,-18,-13,-12, -6,-19,-14,-17, -6,-17,-22,-21,-23,-12;
/M: SY='R'; M=-17,-13,-31,-13, -3,-16,-21, -7,-25, 24,-16, -9, -7,-20,  4, 44,-15,-12,-19, -1, -5, -2;
/M: SY='E'; M= -7,  1,-23,  7, 21,-22,-13,-11,-16, -2,-14,-13, -5,-10,  0, -8,  0, -2, -9,-30,-18, 11;
/M: SY='P'; M= -1, -3,-20, -9, -9,-16,-14,-12, -6, -9,-14, -3,  1,  7, -8,-12,  3,  7, -6,-31,-17, -9;
/M: SY='F'; M=-18,-27,-23,-31,-25, 49,-30, -7,  4,-23, 15,  4,-22,-30,-26,-17,-22,-10, -1, 11, 41,-25;
/M: SY='R'; M=-12,-12,-25,-14, -5, -7,-22,  1,-12,  2,-12, -3, -5,-19,  7, 17, -5, -7,-10,-19, -3, -1;
/M: SY='R'; M=-11,-10,-27,-12, -2,-19,-18, -3,-23, 25,-16, -2, -3,-18,  7, 47, -9, -9,-15,-20,-10,  0;
/M: SY='M'; M=-10,-22,-22,-32,-22,  0,-24, -6, 26,-14, 20, 53,-20,-20, -4,-14,-20,-10, 14,-20,  0,-14;
/M: SY='R'; M=-11,-11,-29,-14, -3, -8,-20,  5,-19,  6,-15, -6, -7,-19, 11, 16,-10,-12,-19,  0,  6,  3;
/M: SY='N'; M= -5, 10,-23,  0, -3,-18, -5, -2,-16,  1,-14,-10, 20,-19,  1,  5, -1, -6,-19,-29,-15, -2;
/M: SY='W'; M=-20,-35,-35,-40,-30, 45,-25,-25,-10,-25, -5,-10,-30,-30,-30,-20,-30,-20,-15, 81, 30,-25;
/M: SY='L'; M= -5,-27,-20,-30,-20,  6,-27,-19, 20,-27, 40, 21,-27,-27,-17,-20,-25, -9, 11,-20, -2,-19;
/M: SY='N'; M= -7, 16,-10, 16, 11,-28,-10, -1,-25, -2,-26,-18, 17,-13, 10, -5, 12,  0,-23,-36,-19, 10;
/M: SY='D'; M=-15, 16,-26, 26,  7,-20,-18, -6,-15, -9, -1, -5,  0,-16, -4,-12,-11,-10,-14,-31,-12,  2;
/M: SY='P'; M= -9,  1,-31, 11,  7,-29,-16,-13,-21, -7,-26,-20, -6, 37, -6,-15, -1, -6,-21,-34,-24, -2;
/M: SY='E'; M= -7,  9,-27, 11, 30,-29,-14,  0,-24,  4,-24,-16,  9,  2, 19, -1,  6, -4,-27,-31,-19, 24;
/M: SY='A'; M=  6,  2,-20,  0,  0,-14,-10,-11,-15, -8,-17,-14,  3, -3, -8,-13,  6, -1,-10,-28,-16, -4;
/M: SY='I'; M= -4, -9,-23, -9, -1,-15,-25,-17,  9,-11, -2,  0,-12,-16, -5,-15, -7, -7,  9,-27,-11, -4;
/M: SY='R'; M=-10, -8,-28, -6,  1,-20,-18, -6,-20, 10,-13, -6, -6, -2,  2, 26, -9, -9,-16,-24,-13, -1;
/M: SY='B'; M= -2,  7,-23,  7,  3,-19,-13, -6,-15,  0, -8, -6,  4,-15, -2, -1, -5, -7,-13,-28,-14,  0;
/M: SY='L'; M=  2,-10,-20,-10, -2,-10,-18,-14, -4,-12, 11, -1,-13,-18, -8, -9, -9, -6, -4,-24,-10, -5;
/M: SY='I'; M= -7,-16,-16,-21,-17,-10,-28,-20, 14,-14,  6,  8,-14,-20,-12,-13,-14, -9,  9,-24, -7,-17;
/M: SY='Y'; M=-10, -5,-13, -3, -7, -9,-18, -7,-18, -5,-16,-13, -7,-21, -7, -8, -4, -5,-15, -1,  7, -8;
/M: SY='K'; M=-13, -6,-27, -6,  3,-11,-23, -9,-10,  7, -4,  0, -8,-16,  2,  5,-13,-10,-11,-20, -5,  3;
/M: SY='Q'; M= -9, -4,-26, -3,  7,-19,-21, -7, -7,  1, -3,  3, -7,-14, 10, -2, -8, -8,-11,-25, -9,  8;
/M: SY='E'; M= -6,  4,-30, 10, 23,-31,-11, -6,-28,  7,-23,-17, -2,  8, 10,  1, -2,-10,-26,-27,-20, 15;
/M: SY='R'; M= -5, -8,-25, -7,  6,-19,-17, -8,-17, 10,-12, -5, -6, -5,  3, 14, -4, -6,-14,-25,-13,  3;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_09 which contains 555'594 sequence entries.


Total number of hits 42 in 23 different sequences
Number of true positive hits 42 in 23 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] V_Lesaux
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 3
Feature key [info] DNA_BIND
Feature description [info] CUT
Version [info] 5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
23 sequences

CUT_CAEEL   (Q9BL02    ), CUT_DROME   (P10180    ), CUX1_CANLF  (P39881    ), 
CUX1_HUMAN  (P39880    ), CUX1_MOUSE  (P53564    ), CUX1_RAT    (P53565    ), 
CUX2_HUMAN  (O14529    ), CUX2_MOUSE  (P70298    ), HM21_CAEEL  (Q22811    ), 
HM38_CAEEL  (Q19720    ), HM39_CAEEL  (Q22812    ), HNF6_HUMAN  (Q9UBC0    ), 
HNF6_MOUSE  (O08755    ), HNF6_RAT    (P70512    ), ONEC2_HUMAN (O95948    ), 
ONEC2_MOUSE (Q6XBJ3    ), ONEC3_HUMAN (O60422    ), ONEC3_MOUSE (Q8K557    ), 
ONEC_DROME  (Q9NJB5    ), SATB1_HUMAN (Q01826    ), SATB1_MOUSE (Q60611    ), 
SATB2_HUMAN (Q9UPW6    ), SATB2_MOUSE (Q8VI24    )
» more

PDB
[Detailed view]
10 PDB

1S7E; 1WH6; 1WH8; 1WIZ; 1X2L; 1YSE; 2CSF; 2D5V; 2O49; 2O4A

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission