PROSITE entry PS51042

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	CUT
Accession [info]	PS51042
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-NOV-2004 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51042
Associated ProRule [info]	PRU00374

Name and characterization of the entry

Description [info]

CUT domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=88;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=83;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.9848237; R2=0.0174026; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5883.5385742; R2=6.7435899; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=346; H_SCORE=8217; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=202; H_SCORE=7246; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-100; I=-100; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='N';  M= -6, 15,-25,  9,  4,-24, -6, -2,-14, -4,-19,-12, 20,-15,  6, -7,  2, -6,-19,-30,-17,  4;
/M:         M= -5, -3,-25, -3, -3,-13, -1,-10,-17, -8,-14, -6, -3,-16, -3, -6, -2, -9,-14,-22,-11, -4;
/M: SY='Q';  M= -2, 10,-24, 10,  9,-30,-13, -2,-21,  5,-19,-10,  6,-12, 18,  0,  2, -6,-21,-27,-14, 14;
/M: SY='V';  M= -3,-17,-20,-17,-13, -7,-22,-17,  4,-11, -4, -2,-14, -8,-13,-13, -1,  3,  7,-24, -5,-14;
/M: SY='S';  M= -1, -1,-22,  0,  1,-18, -1,-10,-21, -3,-16,-13, -1,-14, -4, -8,  5,  2,-15,-23, -9, -2;
/M: SY='B';  M= -5, 15,-24, 13,  5,-26,  0, -4,-24,  1,-22,-13, 13,-13,  3, -5,  2, -4,-21,-29,-18,  4;
/M: SY='N';  M= -9,  9,-24,  6,  2,-15, -1, -1,-17, -7,-13, -8, 13,-18, -3, -8, -1, -7,-19,-26, -9, -1;
/M: SY='E';  M= -6,  0, -8,  2, 20,-25,-19, -9,-24,  1,-20,-16, -3, -3,  7, -4,  5,  4,-19,-32,-18, 13;
/I:         I=-30; MD=-32;
/M: SY='E';  M=  1,  1,-22,  2, 13,-19,-15, -8, -8, -5, -9, -3, -4, -9,  2,-10,  0, -5, -8,-25,-13,  7; D=-30;
/I:         I=-30; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='L';  M=-10,-15,-23,-18, -8, -3,-25,-13,  8,-13, 22, 12,-12,-23,-10,-11,-19, -9,  0,-23, -5, -9;
/M: SY='D';  M=-15, 25,-26, 30,  3,-25,-15, -4,-14, -6,-15, -9, 13,-15, -5,-12, -4, -8,-12,-35,-15, -2;
/M: SY='T';  M= -1,  1,-12, -8, -9, -3,-14,-14,-12,-11,-14,-12,  7,-13,-10,-10, 19, 31, -6,-29, -9, -9;
/M: SY='Q';  M=  4, -8,-20,-10,  2,-17,-17, -8, -9, -2, -9, -4, -8,-14,  8, -5,  1,  0, -6,-21, -7,  4;
/M: SY='E';  M= -9, -4,-26, -2, 15,-13,-14,  1,-21,  2,-14, -9, -3,-12,  6, -1, -3, -8,-19,-23, -8, 11;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-26,-38,-29, 10,-37,-28, 40,-29, 21, 17,-22,-23,-23,-27,-20, -9, 27,-17,  3,-29;
/M: SY='A';  M= 14,-14,-14,-18,-15, -5,-14,-12, -1,-12, -7, -5,-12,-18,-13,-15,  6,  5,  7,-17,  3,-15;
/M: SY='R';  M=-10,  4,-26,  8, 13,-27,-15,  8,-27, 10,-24,-13,  5,-12, 16, 17,  5, -5,-23,-29,-12, 13;
/M: SY='R';  M=-15, -2,-29, -4,  5,-19,-18,  5,-26, 12,-20,-12,  4,-17,  9, 30, -6, -6,-23,-11, -7,  5;
/M: SY='V';  M= -6,-26,-10,-30,-26, -5,-33,-28, 26,-17,  7,  9,-22,-25,-22,-19,-14, -6, 30,-27, -8,-26;
/M: SY='R';  M=-12, -6,-27, -6,  4,-23,-21, -7,-23, 28,-17, -6, -3,-15, 11, 31, -8, -5,-17,-21, -9,  6;
/M: SY='E';  M=-13, 12,-28, 20, 32,-29,-18, 11,-29,  6,-21,-16,  5, -7, 17,  4,  0, -6,-27,-30,-13, 23;
/M: SY='E';  M= -9,-13,-23,-11,  8, -6,-27,-14,  2,-10,  4,  0,-15,-16, -3,-12,-11, -8,  2,-23, -8,  2;
/M: SY='L';  M=-10,-24,-21,-24,-11,  4,-27,-14, 14,-22, 37, 23,-25,-25,-12,-16,-25,-10,  6,-21, -2,-11;
/M: SY='K';  M= -7, -6,-25, -9,  3,-18,-23,-15, -6, 10,-13, -5, -4,-11,  0,  1, -2,  2, -5,-25,-10,  0;
/M: SY='R';  M= -5, -3,-23,  0, 10,-21,-17, -8,-18,  9,-17,-11, -3,-14,  2, 15,  0, -4, -9,-28,-15,  5;
/M: SY='H';  M= -3,  1,-25, -4, -2,-15,-15, 30,-19,  0,-18, -6,  7,-18,  6, -1, -4, -9,-20,-18,  9,  0;
/M: SY='N';  M= -4,  6,-11,  0, -6,-24,  8, -9,-27, -4,-29,-19, 15, -7, -7, -8,  6, -4,-24,-33,-23, -7;
/M: SY='I';  M= -9,-29,-26,-37,-28,  1,-36,-26, 42,-27, 21, 23,-22,-22,-19,-26,-20, -9, 29,-21, -1,-27;
/M: SY='G';  M=  1, -2,-22, -2, -6,-25, 17,-12,-26,-12,-30,-20,  8,  3, -8,-14, 16,  1,-22,-32,-25, -8;
/M: SY='Q';  M=-10, -3,-31, -1, 17,-39,-20,  6,-20,  7,-21, -3, -3,  4, 50,  6, -1,-10,-30,-21,-13, 33;
/M: SY='R';  M=  8, -9,-20,-14, -5,-19,-13,-10,-20, 11,-15,-10, -4,-15,  0, 28,  1,  0,-10,-21,-14, -5;
/M: SY='I';  M= -6,-17,-19,-21,-16, -4,-25,-17, 15,-19, 14,  8,-12,-24,-11,-16,-11, -4, 12,-26, -7,-15;
/M: SY='F';  M=-19,-30,-20,-39,-29, 74,-30,-20,  2,-30, 14,  2,-21,-30,-38,-20,-21,-10,  1,  7, 27,-29;
/M: SY='A';  M= 32,-10,-17,-16,-14,-24, 25,-20,-21,-14,-17,-14, -6,-14,-14,-20,  6, -7,-11,-20,-24,-14;
/M: SY='E';  M=-12,  6,-28, 11, 20,-28,-20,  3,-25, 17,-21,-12,  1,-11, 12, 12, -5,-10,-19,-27,-12, 15;
/M: SY='H';  M=-11,-11,-23,-10, -3, -8,-24, 12, -8, -1, -9, -2, -9,-20, -4,  1, -8, -5, -2,-19,  8, -5;
/M: SY='V';  M=  4,-25,-18,-29,-25,  0,-27,-21, 23,-19,  7,  7,-22,-23,-21,-21,-10, -4, 27,-17,  3,-25;
/M: SY='L';  M= -4,-27,-19,-30,-20, 12,-26,-19, 15,-26, 38, 18,-26,-27,-19,-19,-24, -9,  8,-17,  0,-19;
/M: SY='G';  M= -5, 11,-12,  1,-12,-23, 23, -9,-28,-12,-27,-19, 23,-20,-12,-12,  6, -3,-25,-32,-24,-12;
/I:         I=-26; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='R';  M=-14,-16, -6,-17, -8,-13,-24,-12,-15,  7,  0, -2,-12,-24, -5, 21,-16,-10, -9,-24,-10, -8;
/M: SY='S';  M=  7,  0,-10, -3, -3,-17, -5,-13,-17,-10,-25,-17,  7,-10, -3,-10, 35, 28, -7,-37,-17, -3;
/M: SY='Q';  M=-10, -3,-31, -1, 17,-39,-20,  6,-20,  7,-21, -3, -3,  4, 50,  6, -1,-10,-30,-21,-13, 33;
/M: SY='G';  M=  0, -9,-27,-10,-19,-27, 57,-20,-36,-19,-27,-19,  0,-19,-19,-19,  3,-10,-26,-21,-27,-19;
/M: SY='T';  M=  0,-10,-17,-14,-10, -9,-13,-14, -9,-13,-10, -3, -6,-15, -6,-12, 12, 15, -5,-12, -7, -8;
/M: SY='L';  M= -7,-29,  3,-30,-24,  3,-30,-24, 16,-27, 28, 11,-29,-31,-24,-21,-21, -7, 20,-27, -7,-24;
/M: SY='S';  M= 13, -4,  5, -6, -5,-20, -3,-14,-20,-12,-26,-19,  4,-13, -5,-14, 30, 14, -9,-38,-21, -5;
/M: SY='D';  M=-15, 28,-30, 43, 42,-35,-15,  0,-35,  5,-25,-25,  9, -5, 11, -5,  0,-10,-30,-35,-20, 26;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-22,-32,-22,  8,-32,-22, 25,-30, 45, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 13,-20,  0,-22;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-20,-30,-20,  9,-29,-17, 20,-27, 46, 26,-29,-29,-17,-19,-29,-10, 10,-20,  0,-19;
/M: SY='R';  M=  3, -6,-21,-12, -6,-17,-13, -9,-12,  3,-15, -9,  3,-16, -1, 16,  3, -2, -8,-25,-14, -6;
/M: SY='R';  M=-16, -5,-31, -7,  0,-20,-18,  5,-28, 24,-24,-11,  1,-18,  6, 33,-12,-13,-23, -4, -3,  1;
/M: SY='P';  M= -9,-12,-34, -6,  5,-27,-20,-17,-21, -2,-26,-17,-13, 57, -5,-11, -5, -2,-25,-29,-24, -4;
/M: SY='K';  M=-11,  1,-30,  3, 19,-29,-20, -7,-30, 41,-27,-12,  0, -9, 12, 27, -8,-10,-22,-22,-12, 15;
/M: SY='P';  M=-12, -3,-35,  7,  3,-30,-18, -7,-24, -8,-28,-20, -8, 54, -7,-16, -5, -6,-27,-32,-23, -5;
/M: SY='W';  M=-18,-35,-44,-34,-24, 12,-21,-27,-17,-19,-18,-17,-33, -6,-21,-20,-31,-23,-26, 95, 18,-19;
/M: SY='D';  M= -6, 12,-22, 13,  5,-28, -3,  2,-26,  0,-26,-16, 12,-12,  7, -3, 12,  2,-21,-32,-15,  6;
/M: SY='K';  M= -2,-10,-26,-12, -2,-20,-21,-15,-10, 10,-10, -3, -9, -2,  1,  1, -8, -4, -9,-22,-11, -1;
/M: SY='L';  M= -1,-19,-18,-19, -8, -3,-21,-16,  7,-18, 19, 10,-18,-21,-11,-15,-10, -4,  6,-25, -8,-10;
/M: SY='T';  M= -3,  3,-17, -2, -1,-19,-12, -9,-20,  7,-22,-14,  9,-13,  0,  9, 15, 18,-12,-31,-14, -1;
/I:         I=-30; MD=-32;
/M: SY='Q';  M= -8, -4,-21,  0,  6,-18,-15, -5,-12,  1,-10, -6, -5,  4,  8,  3, -5, -6,-12,-19,-11,  6; D=-30;
/I:         I=-30; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='K';  M= -5,  1,-20, -5, -2,-18,-15, -9,-17, 12,-19, -5,  5,-13,  1,  9,  7, 11,-11,-28,-11, -1;
/M: SY='G';  M= -3,-11,-28,-10, -9,-22, 38,-17,-27,-18,-13,-12, -6,-19,-14,-17, -6,-17,-22,-21,-23,-12;
/M: SY='R';  M=-17,-13,-31,-13, -3,-16,-21, -7,-25, 24,-16, -9, -7,-20,  4, 44,-15,-12,-19, -1, -5, -2;
/M: SY='E';  M= -7,  1,-23,  7, 21,-22,-13,-11,-16, -2,-14,-13, -5,-10,  0, -8,  0, -2, -9,-30,-18, 11;
/M: SY='P';  M= -1, -3,-20, -9, -9,-16,-14,-12, -6, -9,-14, -3,  1,  7, -8,-12,  3,  7, -6,-31,-17, -9;
/M: SY='F';  M=-18,-27,-23,-31,-25, 49,-30, -7,  4,-23, 15,  4,-22,-30,-26,-17,-22,-10, -1, 11, 41,-25;
/M: SY='R';  M=-12,-12,-25,-14, -5, -7,-22,  1,-12,  2,-12, -3, -5,-19,  7, 17, -5, -7,-10,-19, -3, -1;
/M: SY='R';  M=-11,-10,-27,-12, -2,-19,-18, -3,-23, 25,-16, -2, -3,-18,  7, 47, -9, -9,-15,-20,-10,  0;
/M: SY='M';  M=-10,-22,-22,-32,-22,  0,-24, -6, 26,-14, 20, 53,-20,-20, -4,-14,-20,-10, 14,-20,  0,-14;
/M: SY='R';  M=-11,-11,-29,-14, -3, -8,-20,  5,-19,  6,-15, -6, -7,-19, 11, 16,-10,-12,-19,  0,  6,  3;
/M: SY='N';  M= -5, 10,-23,  0, -3,-18, -5, -2,-16,  1,-14,-10, 20,-19,  1,  5, -1, -6,-19,-29,-15, -2;
/M: SY='W';  M=-20,-35,-35,-40,-30, 45,-25,-25,-10,-25, -5,-10,-30,-30,-30,-20,-30,-20,-15, 81, 30,-25;
/M: SY='L';  M= -5,-27,-20,-30,-20,  6,-27,-19, 20,-27, 40, 21,-27,-27,-17,-20,-25, -9, 11,-20, -2,-19;
/M: SY='N';  M= -7, 16,-10, 16, 11,-28,-10, -1,-25, -2,-26,-18, 17,-13, 10, -5, 12,  0,-23,-36,-19, 10;
/M: SY='D';  M=-15, 16,-26, 26,  7,-20,-18, -6,-15, -9, -1, -5,  0,-16, -4,-12,-11,-10,-14,-31,-12,  2;
/M: SY='P';  M= -9,  1,-31, 11,  7,-29,-16,-13,-21, -7,-26,-20, -6, 37, -6,-15, -1, -6,-21,-34,-24, -2;
/M: SY='E';  M= -7,  9,-27, 11, 30,-29,-14,  0,-24,  4,-24,-16,  9,  2, 19, -1,  6, -4,-27,-31,-19, 24;
/M: SY='A';  M=  6,  2,-20,  0,  0,-14,-10,-11,-15, -8,-17,-14,  3, -3, -8,-13,  6, -1,-10,-28,-16, -4;
/M: SY='I';  M= -4, -9,-23, -9, -1,-15,-25,-17,  9,-11, -2,  0,-12,-16, -5,-15, -7, -7,  9,-27,-11, -4;
/M: SY='R';  M=-10, -8,-28, -6,  1,-20,-18, -6,-20, 10,-13, -6, -6, -2,  2, 26, -9, -9,-16,-24,-13, -1;
/M: SY='B';  M= -2,  7,-23,  7,  3,-19,-13, -6,-15,  0, -8, -6,  4,-15, -2, -1, -5, -7,-13,-28,-14,  0;
/M: SY='L';  M=  2,-10,-20,-10, -2,-10,-18,-14, -4,-12, 11, -1,-13,-18, -8, -9, -9, -6, -4,-24,-10, -5;
/M: SY='I';  M= -7,-16,-16,-21,-17,-10,-28,-20, 14,-14,  6,  8,-14,-20,-12,-13,-14, -9,  9,-24, -7,-17;
/M: SY='Y';  M=-10, -5,-13, -3, -7, -9,-18, -7,-18, -5,-16,-13, -7,-21, -7, -8, -4, -5,-15, -1,  7, -8;
/M: SY='K';  M=-13, -6,-27, -6,  3,-11,-23, -9,-10,  7, -4,  0, -8,-16,  2,  5,-13,-10,-11,-20, -5,  3;
/M: SY='Q';  M= -9, -4,-26, -3,  7,-19,-21, -7, -7,  1, -3,  3, -7,-14, 10, -2, -8, -8,-11,-25, -9,  8;
/M: SY='E';  M= -6,  4,-30, 10, 23,-31,-11, -6,-28,  7,-23,-17, -2,  8, 10,  1, -2,-10,-26,-27,-20, 15;
/M: SY='R';  M= -5, -8,-25, -7,  6,-19,-17, -8,-17, 10,-12, -5, -6, -5,  3, 14, -4, -6,-14,-25,-13,  3;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	43 in 23 different sequences
Number of true positive hits	43 in 23 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	V_Lesaux
Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	3
Feature key [info]	DNA_BIND
Feature description [info]	CUT
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

23 sequences

CUT_CAEEL   (Q9BL02), CUT_DROME   (P10180), CUX1_CANLF  (P39881),

CUX1_HUMAN  (P39880), CUX1_MOUSE  (P53564), CUX1_RAT(P53565), 
CUX2_HUMAN  (O14529), CUX2_MOUSE  (P70298), HM21_CAEEL  (Q22811), 
HM38_CAEEL  (Q19720), HM39_CAEEL  (Q22812), HNF6_HUMAN  (Q9UBC0), 
HNF6_MOUSE  (O08755), HNF6_RAT(P70512), ONEC2_HUMAN (O95948), 
ONEC2_MOUSE (Q6XBJ3), ONEC3_HUMAN (O60422), ONEC3_MOUSE (Q8K557), 
ONEC_DROME  (Q9NJB5), SATB1_HUMAN (Q01826), SATB1_MOUSE (Q60611), 
SATB2_HUMAN (Q9UPW6), SATB2_MOUSE (Q8VI24)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

11 PDB

1S7E; 1WH6; 1WH8; 1WIZ; 1X2L; 1YSE; 2CSF; 2D5V; 2O49; 2O4A; 6LFF