Entry: PS51053

General information about the entry

Entry name [info] SERTA
Accession [info] PS51053
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JAN-2005 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2015 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51053
Associated ProRule [info] PRU00396

Name and characterization of the entry

Description [info] SERTA domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=48;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=44;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0283349; R2=0.0138353; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1524.75200; R2=17.72400; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=468; N_SCORE=8.5; H_SCORE=8526; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=324; N_SCORE=6.5; H_SCORE=7250; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='Y'; M=-14,-20,-30,-19,-12,  4,-28,  0,  3,-13,  3,  2,-19, -8, -3,-12,-17,-10, -8,  0, 29,-11;
/M: SY='R'; M=  1, -6,-20,-11, -2,-12,-15,-10,-17,  5,-16, -9, -2,-14,  5,  7,  5,  5,-12,-21, -8,  1;
/M: SY='E'; M= -7, -4,-21,  1,  8,-13,-20,-12, -6,-11,  3, -5, -9,-16, -5,-12, -4, -4, -3,-30,-13,  1;
/M: SY='Q'; M= -1, -2,-24, -2, 15,-19,-19,  1,-17,  1,-14, -8, -5,-11, 19, -3,  1, -1,-18,-16,  0, 16;
/M: SY='R'; M=-14, -7,-27, -7,  3,-23,-17,  0,-27, 21,-22,-10,  2,-17, 17, 48, -1, -5,-20,-23,-12,  6;
/M: SY='Q'; M=  0, -5,-23, -6,  7,-27,-16, -3,-15,  5,-13, -3, -4,-13, 25,  3,  2, -4,-17,-23,-11, 16;
/M: SY='S'; M=  4, -3,-18, -6, -2,-20,-11,  1,-21,  4,-21,-12,  2,-13,  1,  6, 13,  9,-12,-29,-11, -2;
/M: SY='I'; M=-10,-30,-25,-35,-25,  5,-35,-25, 36,-30, 34, 20,-25,-25,-20,-25,-25,-10, 21,-20,  0,-25;
/M: SY='F'; M=-14,-27,-21,-30,-20, 28,-29,-17,  7,-22, 28, 10,-23,-29,-22, -8,-24,-10,  3,-11,  8,-20;
/M: SY='B'; M=-16, 22,-27, 22,  6,-23,-12,  7,-25,  5,-24,-16, 21,-17,  9,  9, -1, -7,-26,-26, -6,  6;
/M: SY='L'; M=-10,-27,-23,-33,-23,  4,-31,-18, 30,-25, 33, 30,-24,-24,-15,-21,-24,-10, 16,-20,  0,-21;
/M: SY='S'; M=  7, -3,  9, -4, -4,-20, -4,-13,-21,-13,-29,-20,  6,-14, -4,-13, 33, 16,-10,-41,-21, -4;
/M: SY='L'; M=  0,-26,-17,-29,-20,  3,-24,-19, 17,-23, 31, 19,-26,-26,-17,-19,-20, -7, 15,-22, -4,-19;
/M: SY='M'; M=-13, -7,-23, -5, -4, -1,-23,  5, -4,-13,  3,  7,-10,-20, -9,-12,-13,-10, -2,-23,  0, -7;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='L'; M= -8,-29,-18,-30,-22,  7,-29,-19, 22,-26, 39, 24,-29,-29,-19,-19,-25, -8, 16,-22, -2,-20;
/M: SY='Q'; M=-10, -2,-27,  0, 13,-21,-19, 19,-21,  6,-19, -7,  0,-13, 22,  3, -1, -8,-23,-18,  6, 16;
/M: SY='R'; M=-17, -6,-26,-10, -6, -5,-19, 12,-18,  4, -8, -5,  5,-23, -1, 26,-11,-10,-17,-21, -1, -6;
/M: SY='S'; M= -7,-14, -1,-20,-16, -2,-22, -2, -2,-21, -9, -4, -6,-21,-13,-18,  2, -2, -2,-28, -3,-16;
/M: SY='R'; M=-15, -7,-27, -4, -3,-14,-22,  6,-16,  5, -1, -1, -6,-21,  0, 17,-15,-11,-13,-24, -4, -4;
/M: SY='Q'; M=-11,  5,-30, 11,  5,-31, -3, -4,-23, -3,-20, -6, -1,  3, 12, -8, -4,-12,-24,-27,-18,  8;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='L'; M= -6,-16,-18,-15, -7, -8,-19,-12,  4,-12,  8,  4,-16,  0, -3,-10,-12, -6,  0,-18, -8, -6; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='S'; M=  0, -8,-17, -9, -6,-17,-13,-14,-13, -5,-20,-13, -2, -3, -5,  0, 16, 14, -4,-33,-17, -7;
/M: SY='E'; M=  0,  7,-27, 14, 49,-28,-17, -3,-27,  7,-18,-18, -2, -2, 15, -3,  2, -8,-25,-28,-20, 32;
/M: SY='P'; M=  0,-17,-31,-12, -2,-27,-18,-17,-13, -8,-21,-13,-17, 49, -3,-16, -6, -7,-17,-27,-24, -6;
/M: SY='N'; M= -4, 17,-18, 14,  1,-17, -5,  1,-21, -6,-27,-19, 22,-15, -1, -7, 19,  6,-19,-32, -9, -1;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='R'; M=-17,-11, -9,-13, -4,-17,-23,  0,-24, 13,-17, -8, -5,-23, 10, 36,-10,-10,-19,-18, -1, -1;
/M: SY='R'; M=-18, -7,-30, -7,  2,-22,-20, 13,-30, 27,-22, -8,  2,-18, 10, 53,-10,-12,-22,-22, -5,  2;
/M: SY='S'; M=  1, -5,-15, -6, -5,-14,-11,  5,-14,-13,-13, -9,  2,-15, -3,-10, 18, 14, -9,-34, -9, -5;
/M: SY='V'; M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='L'; M=-10,-29,  0,-30,-21,  6,-30,-21, 13,-30, 40, 14,-29,-31,-21,-21,-27,-10,  7,-24, -4,-21;
/M: SY='I'; M= -8,-30,-27,-38,-30,  0,-38,-30, 47,-28, 18, 18,-22,-22,-22,-28,-18, -8, 33,-22, -2,-30;
/M: SY='N'; M= -2,  8,  0, -3,-10,-17,-12,  9,-14,-10,-18,-11, 18,-23, -8,-10,  1, -5,-11,-35,-13,-10;
/M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='T'; M= -3, -7,-13,-15,-13, -6,-21,-17, -2,-12,  2,  4, -7,-14,-10,-11,  8, 34,  3,-27, -7,-11;
/M: SY='L'; M=-10,-27,-20,-29,-21, 10,-29,-13, 19,-23, 34, 20,-27,-29,-18,-17,-25, -9, 13,-14, 10,-20;
/M: SY='R'; M=-14, -7, -8, -9,  1,-26,-21, -5,-28, 23,-22,-10, -3,-19, 12, 36, -8,-10,-20,-24,-13,  5;
/M: SY='R'; M=-17, -7,-30, -7,  6,-26,-20,  3,-27, 24,-20, -7,  0,-17, 25, 52, -7,-10,-23,-20,-10, 12;
/M: SY='I'; M=-10,-30,-27,-37,-27,  3,-37,-27, 41,-30, 29, 20,-23,-23,-20,-27,-23,-10, 24,-20,  0,-27;
/M: SY='Q'; M=-12, 12,-29, 12, 15,-35,-16, 19,-24,  5,-23, -7, 12,-13, 38,  5,  0,-10,-30,-27, -9, 26;
/M: SY='E'; M=  7,  5,-24,  7, 15,-27, -2, -8,-26,  2,-19,-17,  0, -9,  2, -1,  2, -8,-19,-26,-20,  8;
/M: SY='E'; M=  3,  5,-24, 11, 40,-27,-14, -5,-25,  4,-20,-18,  0, -3, 12, -5,  8, -4,-22,-30,-20, 26;
/M: SY='L'; M=-10,-27,-22,-32,-22,  5,-30,-17, 27,-24, 34, 32,-25,-25,-14,-20,-25,-10, 15,-20,  0,-20;
/M: SY='R'; M= -3, -7,-24, -9,  3,-19,-19,-11,-15, 12,-14, -8, -4,-13,  2, 18, -3,  0,-10,-23,-12,  1;
/M: SY='Q'; M= -4,-13,-26,-14, -1,-20,-19, -6, -9, -1, -4,  4,-11, -1, 13,  3, -9, -9,-14,-22,-12,  5;
/M: SY='E'; M=  7,  8,-24, 12, 28,-29,-12, -5,-24,  2,-18,-16,  0, -6, 12, -7,  3, -7,-21,-27,-19, 20;
/M: SY='G'; M= 10, -5,-25, -8, -7,-26, 15,-15,-25, -3,-24,-16,  1,  2, -9,-11,  1, -9,-20,-24,-23, -9;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_08 which contains 320'201 sequence entries.


Total number of hits 10 in 10 different sequences
Number of true positive hits 10 in 10 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] SERTA
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
10 sequences

CDCA4_HUMAN (Q9BXL8), CDCA4_MOUSE (Q9CWM2), SRTD1_HUMAN (Q9UHV2), 
SRTD1_MOUSE (Q9JL10), SRTD2_HUMAN (Q14140), SRTD2_MOUSE (Q9JJG5), 
SRTD3_HUMAN (Q9UJW9), SRTD3_MOUSE (Q9ERC3), SRTD4_HUMAN (Q9NUC0), 
SRTD4_MOUSE (A7DTG3)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission