To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS51071

General information about the entry

Entry name [info] HTH_RPIR
Accession [info] PS51071
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-JAN-2005 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 25-OCT-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51071
Associated ProRule [info] PRU00390

Name and characterization of the entry

Description [info] RpiR-type HTH domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=77;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=72;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2726376; R2=0.0145922; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5058.8837891; R2=3.9102941; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=468; H_SCORE=6889; N_SCORE=9.1; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=290; H_SCORE=6193; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='M'; M= -7,-16,-20,-23,-18, -3,-15, -7,  9,-13,  6, 27,-13,-19, -6,-13, -7,  1,  4,-19,  2,-13;
/M: SY='G'; M= -7,  9,-25,  7, -5,-24, 16, -8,-25,-10,-19,-15, 13,-18, -5,-11,  1, -6,-23,-28,-20, -5;
/M: SY='L'; M= -6,-23,-20,-24,-21,  0,-13,-16, 10,-21, 13,  9,-20,-25,-18,-18,-13, -7, 11,-19,  0,-20;
/M: SY='L'; M= -3,-21,-20,-23,-11,  0,-26,-19, 12,-22, 29, 10,-22,-22,-14,-18,-17, -3,  6,-22, -5,-13;
/M: SY='E'; M=  1, -3,-23, -4, 10,-20,-16,-11,-11, -6,-11,-10, -3,  0,  3,-10,  3,  1,-12,-28,-16,  5;
/M: SY='R'; M=-13,-11,-28,-12, -3,-14,-24, -6,-12, 18,-10, -2, -8,-18,  4, 21,-13, -9, -9,-15,  1, -1;
/M: SY='I'; M=-10,-30,-27,-37,-27,  3,-37,-27, 41,-30, 29, 20,-23,-23,-20,-27,-23,-10, 24,-20,  0,-27;
/M: SY='R'; M=-10,  2,-27,  2, 14,-27,-10, -2,-27, 17,-24,-13,  6,-12, 15, 22,  1, -7,-24,-26,-15, 13;
/M: SY='E'; M= -4,  8,-21,  5, 15,-23,-10,  0,-18,  0,-21, -8, 12,-11, 15, -2, 12,  1,-20,-32,-16, 15;
/M: SY='M'; M= -5,-14,-26,-16, -6,-15,-21, -2, -4,  0, -1,  8,-11, -9,  1,  0,-13,-10, -7,-22, -6, -4;
/M: SY='Y'; M=-11,-15,-27,-16,-11, -2,-16, -3, -5, -5, -2,  0,-12,-21, -2, -6,-12, -9, -9, -6, 18, -8;
/M: SY='N'; M= -7, 10,-22,  9, 13,-18,-11,  6,-22, -3,-23,-15, 14,-12, 10, -4, 10, -1,-22,-30,-12, 11;
/M: SY='E'; M= -8,  3,-27,  7, 11,-28,  0,  0,-31, 11,-27,-16,  4,-12,  4,  8,  1, -8,-24,-27,-16,  7;
/M: SY='L'; M= -7,-25,-20,-30,-22, 20,-17,-18,  7,-25, 24, 13,-22,-26,-22,-19,-20,-10,  3,-13,  3,-21;
/M: SY='T'; M=  1,  5,-16, -4, -5,-17,-13,-13,-15, -2,-18,-13,  9, -5, -6, -6, 14, 25,-10,-31,-15, -6;
/M: SY='E'; M=-10,  4,-32,  9, 16,-31, -9, -7,-28, 10,-27,-17,  2, 13,  7,  0, -4,-10,-28,-28,-20, 11;
/M: SY='S'; M=  6, 11,-13,  4, -2,-19, -2, -6,-18, -7,-27,-18, 23,-13, -2, -8, 27, 15,-14,-38,-19, -2;
/M: SY='E'; M=-12, 17,-30, 28, 53,-32,-18,  0,-32,  8,-22,-22,  3, -2, 17, -2,  0,-10,-30,-32,-20, 35;
/M: SY='R'; M= -7, -6,-26, -7,  4,-18,-17, -5,-23, 19,-21, -8, -1,-14, 13, 23, -2, -6,-18,-19, -8,  8;
/M: SY='K'; M=-12, -2,-28, -3,  5,-25,-20,  1,-28, 35,-25, -9,  1,-13,  8, 32, -7, -6,-19,-22, -7,  5;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-25,-36,-27,  3,-36,-27, 39,-29, 29, 19,-24,-24,-21,-26,-23, -9, 25,-21, -1,-27;
/M: SY='A'; M= 34,-16,-13,-24,-15,-13, -9,-22,  2,-15,  0, -3,-15,-15,-14,-21,  2, -2,  9,-21,-15,-15;
/M: SY='D'; M=-15, 22,-30, 33, 31,-33,-16, -2,-34, 14,-26,-21,  8, -7, 10,  8, -3,-10,-27,-31,-17, 20;
/M: SY='Y'; M=-16,-22,-26,-25,-22, 30,-27, -3, -1,-16, -1, -3,-20,-27,-19,-14,-16, -3, -4, 26, 45,-21;
/M: SY='I'; M=-10,-30,-26,-36,-26,  4,-36,-26, 38,-30, 32, 20,-24,-24,-20,-26,-24,-10, 22,-20,  0,-26;
/M: SY='L'; M=-10,-24,-22,-24,-13,  1,-28,-16, 12,-19, 36, 15,-24,-26, -9,-13,-25,-10,  3,-20, -2,-11;
/M: SY='N'; M=  6,  7,-19,  4,  3,-21, -8, -7,-19,  2,-18,-14,  9,-13, -1, -1,  6, -1,-15,-29,-17,  1;
/M: SY='N'; M= -8, 16,-24, 15,  5,-26, -8, 15,-25, -4,-28,-17, 21, -3,  5, -5,  9, -2,-25,-36,-14,  4;
/M: SY='P'; M= -7,-16,-30,-12, -6,-22,-10,-17,-16, -5,-18,-12,-13, 27, -9, -6, -6, -7,-15,-27,-21,-10;
/M: SY='D'; M=-13, 24,-25, 29,  9,-29,-12, 13,-30,  5,-27,-18, 17,-13,  2, -1,  3, -3,-24,-34,-11,  5;
/M: SY='N'; M= -2,  2,-19, -4, -3,-14, -9,-10,-10, -6, -7, -8,  7,-17, -7, -8,  0,  3, -9,-28,-14, -5;
/M: SY='V'; M=  6,-21, -5,-28,-21,  0,-23,-24, 11,-22,  5,  2,-17,-22,-20,-22, -6, -3, 13,-23, -8,-21;
/M: SY='I'; M= -7,-17, -7,-21,-16, -9,-26,-15,  6,-14, -4,  0,-11,-21, -7,-11, -3,  0,  6,-24, -3,-13;
/M: SY='H'; M=  0,  3,-24,  5, 12,-21,-14, 21,-23, -3,-18,-11,  1,-12,  8, -6,  2, -7,-20,-24, -1,  8;
/M: SY='L'; M= -5,-18,-10,-19,-13, -8,-21,-17,  0,-14,  6,  5,-16,-11,-12,-13, -7, -3,  2,-28,-11,-13;
/M: SY='S'; M= 11,  2,-13, -2, -4,-20,  5,-11,-20,-10,-26,-18, 11,-12, -4,-11, 29, 14,-12,-35,-20, -4;
/M: SY='I'; M= -4,-25,-21,-30,-24, -3,-30,-26, 31,-24, 11, 10,-18,-21,-19,-23, -8, -2, 26,-26, -6,-24;
/M: SY='N'; M=  3,  7,-21,  5,  4,-25, -8, -5,-23, 10,-25,-15, 11,-12,  6,  7,  9,  0,-17,-29,-16,  4;
/M: SY='E'; M= -2,  9,-27, 14, 27,-29,-17, -4,-20,  2,-17,-13,  0, -7, 15, -6,  0, -8,-20,-28,-17, 21;
/M: SY='L'; M= -9,-28,-21,-32,-23,  5,-30,-20, 28,-25, 34, 26,-26,-26,-18,-20,-24, -9, 19,-21, -1,-22;
/M: SY='A'; M= 44, -9,-10,-17, -9,-20,  0,-19,-11,-10,-13,-11, -7,-10, -9,-19, 14,  3, -1,-23,-20, -9;
/M: SY='K'; M= -5,  4,-26,  2, 12,-26, -9, -6,-23, 15,-20,-11,  6,-12,  9,  7, -3, -9,-22,-25,-15, 11;
/M: SY='E'; M= 11, -3,-22, -5, 13,-24,-13, -2,-18,  5,-13, -9, -5,-10,  8, -3, -1, -7,-15,-23,-13, 10;
/M: SY='A'; M= 17,-16,  8,-21,-14,-12,-13,-20, -7,-19,  2, -5,-14,-20,-14,-20,  1, -1, -1,-28,-16,-14;
/M: SY='G'; M=  3,  3,-25,  0, -9,-28, 34,-11,-31,-12,-27,-18, 10,-17, -7,-13,  6,-10,-25,-26,-25, -8;
/M: SY='V'; M=  1,-23,-12,-25,-24, -4,-26,-26, 21,-19,  3,  5,-21,-24,-23,-19, -1,  6, 35,-31,-11,-24;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='S'; M=  8, -2,-13, -2, -3,-22, 11,-12,-23,-12,-30,-20,  8,-12, -3,-12, 34, 14,-13,-37,-22, -3;
/M: SY='E'; M=-10,  7,-28, 13, 35,-31,-17,  0,-28, 13,-23,-15,  2, -6, 22,  9,  2, -7,-26,-28,-16, 28;
/M: SY='A'; M= 31, -7,-12,-12, -6,-21, -1,-16,-14,-10,-19,-14, -4, -3, -6,-16, 19,  6, -6,-28,-21, -6;
/M: SY='S'; M= 12, -4,-11, -9, -6,-16, -7,-13,-12,-10,-17, -8,  1,-11, -4,-12, 24, 20, -4,-32,-16, -5;
/M: SY='I'; M= -5,-30,-20,-35,-29,  1,-35,-29, 38,-25, 17, 15,-25,-25,-25,-25,-16, -5, 38,-25, -5,-29;
/M: SY='V'; M= -4,-22,-16,-27,-25, -1,-29,-25, 27,-21, 11,  9,-19,-25,-23,-20,-10,  1, 32,-27, -7,-25;
/M: SY='R'; M=-16, -6,-30, -6,  4,-24,-20, -4,-30, 37,-24,-10,  0,-16, 10, 56,-10,-10,-20,-20,-10,  4;
/M: SY='F'; M=-15,-30,-19,-36,-28, 54,-30,-21,  8,-29, 20,  6,-24,-30,-34,-20,-21, -9,  8, -2, 18,-28;
/M: SY='C'; M=  9,-12, 36,-20,-17,-15,-17,-20,-18,-17,-15,-14,-10,-23,-16,-20,  5,  7, -6,-31,-15,-17;
/M: SY='R'; M=-13, -3,-30, -3, 10,-30,-20, -2,-27, 33,-24, -7,  0,-13, 24, 37, -7,-10,-23,-20,-10, 15;
/M: SY='K'; M= -6, -6,-23, -8,  0,-20,-20,-12,-12, 14,-13, -5, -4,-13,  5,  6, -1,  3, -9,-24, -9,  2;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-21,-31,-21,  7,-30,-18, 24,-27, 41, 27,-27,-27,-17,-20,-27,-10, 13,-20,  0,-20;
/M: SY='G'; M= -2, -1,-29, -2,-15,-30, 58,-16,-38,-17,-30,-21,  7,-19,-17,-18,  1,-18,-30,-23,-28,-16;
/M: SY='F'; M= -9,-23,-21,-28,-22, 35,-26,-10,  3,-21, 12,  3,-20,-26,-23,-17,-16, -5,  0,  3, 28,-22;
/M: SY='K'; M= -8,  5,-24,  1,  6,-26,-13, -3,-25, 23,-27,-13, 11,-13, 12, 22,  4, -2,-21,-27,-14,  8;
/M: SY='G'; M=  1, -9,-29, -9,-19,-29, 65,-19,-39,-19,-30,-20,  1,-19,-19,-19,  3,-17,-29,-21,-29,-19;
/M: SY='F'; M=-20,-27,-23,-35,-27, 66,-30, -9,  0,-25,  7,  0,-20,-30,-32,-17,-20,-10, -3, 15, 44,-27;
/M: SY='Q'; M= -5, -4,-24, -4,  6,-27,-15, -6,-21,  6,-24,-11,  0,  4, 17,  7,  9,  4,-20,-28,-16, 10;
/M: SY='D'; M= -9, 24,-27, 32, 32,-32,-13,  0,-30,  4,-24,-21, 12, -7, 12, -4,  2, -8,-28,-33,-19, 22;
/M: SY='F'; M=-16,-30,-20,-36,-26, 50,-30,-20,  9,-30, 27,  9,-24,-30,-31,-20,-24,-10,  4, -3, 17,-26;
/M: SY='R'; M=-14, -4,-30, -4,  6,-26,-20, -6,-30, 42,-26,-10,  0,-14, 10, 46,-10,-10,-20,-20,-10,  6;
/M: SY='V'; M= -4,-25,-17,-28,-23,  0,-27,-20, 24,-21, 18, 19,-22,-25,-18,-19,-12, -3, 25,-26, -6,-21;
/M: SY='A'; M= 10, -4,-19, -7, -2,-11,-13, -6,-15, -4, -9, -9, -5,-14, -6, -6, -1, -2, -9,-21, -9, -4;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-22,-31,-22, 10,-32,-18, 24,-27, 38, 17,-27,-28,-20,-21,-26, -9, 14,-16,  7,-22;
/M: SY='A'; M= 20, -9,-17,-14, -2,-17,-11,-17, -6, -6, -7, -7, -8,-12, -5,-13,  5, -1, -2,-24,-15, -4;
/M: SY='Q'; M= -8, -3,-28, -1,  1,-24, -4,-12,-20,  1,-21,-12, -4,-15,  3, -4, -4,-10,-17,-10,-12,  2;
/M: SY='E'; M= -5, 13,-24, 21, 23,-23,-13, -2,-26, -1,-22,-20,  4, -9,  5, -7,  7, -3,-21,-27, -9, 13;
/M: SY='L'; M=-12,-15,-24,-16,-11,  8,-28,-14,  8,-20, 17,  5,-16,-22,-15,-17,-16, -5,  2,-15,  7,-13;
/M: SY='A'; M= 20, -6,-14,-10, -3,-21, -6,-14,-13, -3,-18,-11, -3,-12,  0, -9, 16,  6, -4,-28,-17, -2;
/M: SY='N'; M= -2,  6,-23,  0,  4,-26,-12, -3,-20,  8,-24,-12, 13, -4, 12,  6,  5,  0,-21,-28,-16,  7;
/M: SY='Q'; M= -1, -6,-23, -6,  3,-20,-10, -7,-17,  2,-20,-10, -5, -7,  6, -3,  4, -3,-13,-22, -8,  4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_10 which contains 556'006 sequence entries.


Total number of hits 47 in 47 different sequences
Number of true positive hits 47 in 47 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] PS_Langendijk_Genevaux
Taxonomic range [info] Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] HTH rpiR-type
Version [info] 5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
47 sequences

GLK_BURCA   (Q1BYA7    ), GLK_BURL3   (Q39IQ1    ), GLK_BURMA   (Q62HW8    ), 
GLK_BURP1   (Q3JPP0    ), GLK_BURPS   (Q63RQ7    ), GLK_BURTA   (Q2SYA5    ), 
GLK_PARXL   (Q143F8    ), GLVR_BACSU  (P54717    ), HEXR_ECOLI  (P46118    ), 
HEXR_PSEAE  (O68281    ), HEXR_PSEPK  (Q88P32    ), MURR_CITK8  (A8ADG3    ), 
MURR_ECO24  (A7ZPM7    ), MURR_ECO55  (B7LCH1    ), MURR_ECO57  (Q8XBJ3    ), 
MURR_ECO5E  (B5YZX2    ), MURR_ECO5T  (C6UQ16    ), MURR_ECO7I  (B7NPW3    ), 
MURR_ECO8A  (B7M6T6    ), MURR_ECOBD  (C5W7D8    ), MURR_ECOBR  (C6UMS6    ), 
MURR_ECOBW  (C4ZVV8    ), MURR_ECODH  (B1XA98    ), MURR_ECOHS  (A8A2S4    ), 
MURR_ECOLC  (B1IX45    ), MURR_ECOLI  (P77245    ), MURR_ECOLU  (B7N617    ), 
MURR_ECOSE  (B6I503    ), MURR_ECOSM  (B1LMM1    ), MURR_ESCF3  (B7LKK8    ), 
MURR_SALAR  (A9MIE1    ), MURR_SHIB3  (B2TX16    ), MURR_SHIBS  (Q31Y52    ), 
MURR_SHIDS  (Q32DC7    ), MURR_SHIF8  (Q0T281    ), MURR_SHIFL  (Q83K75    ), 
MURR_SHISS  (Q3YZB5    ), RPIR_ECOL6  (P0ACS8    ), RPIR_ECOLI  (P0ACS7    ), 
Y143_HAEIN  (P44540    ), Y189_CLOPE  (P26833    ), Y191_CLOAB  (Q97MK5    ), 
Y211_CALS4  (Q8RD36    ), Y326_THEMA  (Q9WYG1    ), YARA_PROST  (P46117    ), 
YBBH_BACSU  (Q45581    ), YFHH_ECOLI  (P37767    )
» more

PDB
[Detailed view]
1 PDB

2O3F

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission