PROSITE entry PS51071

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	HTH_RPIR
Accession [info]	PS51071
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-JAN-2005 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51071
Associated ProRule [info]	PRU00390

Name and characterization of the entry

Description [info]

RpiR-type HTH domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=77;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=72;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2726376; R2=0.0145922; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5058.8837891; R2=3.9102941; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=468; H_SCORE=6889; N_SCORE=9.1; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=290; H_SCORE=6193; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='M';  M= -7,-16,-20,-23,-18, -3,-15, -7,  9,-13,  6, 27,-13,-19, -6,-13, -7,  1,  4,-19,  2,-13;
/M: SY='G';  M= -7,  9,-25,  7, -5,-24, 16, -8,-25,-10,-19,-15, 13,-18, -5,-11,  1, -6,-23,-28,-20, -5;
/M: SY='L';  M= -6,-23,-20,-24,-21,  0,-13,-16, 10,-21, 13,  9,-20,-25,-18,-18,-13, -7, 11,-19,  0,-20;
/M: SY='L';  M= -3,-21,-20,-23,-11,  0,-26,-19, 12,-22, 29, 10,-22,-22,-14,-18,-17, -3,  6,-22, -5,-13;
/M: SY='E';  M=  1, -3,-23, -4, 10,-20,-16,-11,-11, -6,-11,-10, -3,  0,  3,-10,  3,  1,-12,-28,-16,  5;
/M: SY='R';  M=-13,-11,-28,-12, -3,-14,-24, -6,-12, 18,-10, -2, -8,-18,  4, 21,-13, -9, -9,-15,  1, -1;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-27,-37,-27,  3,-37,-27, 41,-30, 29, 20,-23,-23,-20,-27,-23,-10, 24,-20,  0,-27;
/M: SY='R';  M=-10,  2,-27,  2, 14,-27,-10, -2,-27, 17,-24,-13,  6,-12, 15, 22,  1, -7,-24,-26,-15, 13;
/M: SY='E';  M= -4,  8,-21,  5, 15,-23,-10,  0,-18,  0,-21, -8, 12,-11, 15, -2, 12,  1,-20,-32,-16, 15;
/M: SY='M';  M= -5,-14,-26,-16, -6,-15,-21, -2, -4,  0, -1,  8,-11, -9,  1,  0,-13,-10, -7,-22, -6, -4;
/M: SY='Y';  M=-11,-15,-27,-16,-11, -2,-16, -3, -5, -5, -2,  0,-12,-21, -2, -6,-12, -9, -9, -6, 18, -8;
/M: SY='N';  M= -7, 10,-22,  9, 13,-18,-11,  6,-22, -3,-23,-15, 14,-12, 10, -4, 10, -1,-22,-30,-12, 11;
/M: SY='E';  M= -8,  3,-27,  7, 11,-28,  0,  0,-31, 11,-27,-16,  4,-12,  4,  8,  1, -8,-24,-27,-16,  7;
/M: SY='L';  M= -7,-25,-20,-30,-22, 20,-17,-18,  7,-25, 24, 13,-22,-26,-22,-19,-20,-10,  3,-13,  3,-21;
/M: SY='T';  M=  1,  5,-16, -4, -5,-17,-13,-13,-15, -2,-18,-13,  9, -5, -6, -6, 14, 25,-10,-31,-15, -6;
/M: SY='E';  M=-10,  4,-32,  9, 16,-31, -9, -7,-28, 10,-27,-17,  2, 13,  7,  0, -4,-10,-28,-28,-20, 11;
/M: SY='S';  M=  6, 11,-13,  4, -2,-19, -2, -6,-18, -7,-27,-18, 23,-13, -2, -8, 27, 15,-14,-38,-19, -2;
/M: SY='E';  M=-12, 17,-30, 28, 53,-32,-18,  0,-32,  8,-22,-22,  3, -2, 17, -2,  0,-10,-30,-32,-20, 35;
/M: SY='R';  M= -7, -6,-26, -7,  4,-18,-17, -5,-23, 19,-21, -8, -1,-14, 13, 23, -2, -6,-18,-19, -8,  8;
/M: SY='K';  M=-12, -2,-28, -3,  5,-25,-20,  1,-28, 35,-25, -9,  1,-13,  8, 32, -7, -6,-19,-22, -7,  5;
/M: SY='I';  M= -9,-30,-25,-36,-27,  3,-36,-27, 39,-29, 29, 19,-24,-24,-21,-26,-23, -9, 25,-21, -1,-27;
/M: SY='A';  M= 34,-16,-13,-24,-15,-13, -9,-22,  2,-15,  0, -3,-15,-15,-14,-21,  2, -2,  9,-21,-15,-15;
/M: SY='D';  M=-15, 22,-30, 33, 31,-33,-16, -2,-34, 14,-26,-21,  8, -7, 10,  8, -3,-10,-27,-31,-17, 20;
/M: SY='Y';  M=-16,-22,-26,-25,-22, 30,-27, -3, -1,-16, -1, -3,-20,-27,-19,-14,-16, -3, -4, 26, 45,-21;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-26,-36,-26,  4,-36,-26, 38,-30, 32, 20,-24,-24,-20,-26,-24,-10, 22,-20,  0,-26;
/M: SY='L';  M=-10,-24,-22,-24,-13,  1,-28,-16, 12,-19, 36, 15,-24,-26, -9,-13,-25,-10,  3,-20, -2,-11;
/M: SY='N';  M=  6,  7,-19,  4,  3,-21, -8, -7,-19,  2,-18,-14,  9,-13, -1, -1,  6, -1,-15,-29,-17,  1;
/M: SY='N';  M= -8, 16,-24, 15,  5,-26, -8, 15,-25, -4,-28,-17, 21, -3,  5, -5,  9, -2,-25,-36,-14,  4;
/M: SY='P';  M= -7,-16,-30,-12, -6,-22,-10,-17,-16, -5,-18,-12,-13, 27, -9, -6, -6, -7,-15,-27,-21,-10;
/M: SY='D';  M=-13, 24,-25, 29,  9,-29,-12, 13,-30,  5,-27,-18, 17,-13,  2, -1,  3, -3,-24,-34,-11,  5;
/M: SY='N';  M= -2,  2,-19, -4, -3,-14, -9,-10,-10, -6, -7, -8,  7,-17, -7, -8,  0,  3, -9,-28,-14, -5;
/M: SY='V';  M=  6,-21, -5,-28,-21,  0,-23,-24, 11,-22,  5,  2,-17,-22,-20,-22, -6, -3, 13,-23, -8,-21;
/M: SY='I';  M= -7,-17, -7,-21,-16, -9,-26,-15,  6,-14, -4,  0,-11,-21, -7,-11, -3,  0,  6,-24, -3,-13;
/M: SY='H';  M=  0,  3,-24,  5, 12,-21,-14, 21,-23, -3,-18,-11,  1,-12,  8, -6,  2, -7,-20,-24, -1,  8;
/M: SY='L';  M= -5,-18,-10,-19,-13, -8,-21,-17,  0,-14,  6,  5,-16,-11,-12,-13, -7, -3,  2,-28,-11,-13;
/M: SY='S';  M= 11,  2,-13, -2, -4,-20,  5,-11,-20,-10,-26,-18, 11,-12, -4,-11, 29, 14,-12,-35,-20, -4;
/M: SY='I';  M= -4,-25,-21,-30,-24, -3,-30,-26, 31,-24, 11, 10,-18,-21,-19,-23, -8, -2, 26,-26, -6,-24;
/M: SY='N';  M=  3,  7,-21,  5,  4,-25, -8, -5,-23, 10,-25,-15, 11,-12,  6,  7,  9,  0,-17,-29,-16,  4;
/M: SY='E';  M= -2,  9,-27, 14, 27,-29,-17, -4,-20,  2,-17,-13,  0, -7, 15, -6,  0, -8,-20,-28,-17, 21;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-21,-32,-23,  5,-30,-20, 28,-25, 34, 26,-26,-26,-18,-20,-24, -9, 19,-21, -1,-22;
/M: SY='A';  M= 44, -9,-10,-17, -9,-20,  0,-19,-11,-10,-13,-11, -7,-10, -9,-19, 14,  3, -1,-23,-20, -9;
/M: SY='K';  M= -5,  4,-26,  2, 12,-26, -9, -6,-23, 15,-20,-11,  6,-12,  9,  7, -3, -9,-22,-25,-15, 11;
/M: SY='E';  M= 11, -3,-22, -5, 13,-24,-13, -2,-18,  5,-13, -9, -5,-10,  8, -3, -1, -7,-15,-23,-13, 10;
/M: SY='A';  M= 17,-16,  8,-21,-14,-12,-13,-20, -7,-19,  2, -5,-14,-20,-14,-20,  1, -1, -1,-28,-16,-14;
/M: SY='G';  M=  3,  3,-25,  0, -9,-28, 34,-11,-31,-12,-27,-18, 10,-17, -7,-13,  6,-10,-25,-26,-25, -8;
/M: SY='V';  M=  1,-23,-12,-25,-24, -4,-26,-26, 21,-19,  3,  5,-21,-24,-23,-19, -1,  6, 35,-31,-11,-24;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='S';  M=  8, -2,-13, -2, -3,-22, 11,-12,-23,-12,-30,-20,  8,-12, -3,-12, 34, 14,-13,-37,-22, -3;
/M: SY='E';  M=-10,  7,-28, 13, 35,-31,-17,  0,-28, 13,-23,-15,  2, -6, 22,  9,  2, -7,-26,-28,-16, 28;
/M: SY='A';  M= 31, -7,-12,-12, -6,-21, -1,-16,-14,-10,-19,-14, -4, -3, -6,-16, 19,  6, -6,-28,-21, -6;
/M: SY='S';  M= 12, -4,-11, -9, -6,-16, -7,-13,-12,-10,-17, -8,  1,-11, -4,-12, 24, 20, -4,-32,-16, -5;
/M: SY='I';  M= -5,-30,-20,-35,-29,  1,-35,-29, 38,-25, 17, 15,-25,-25,-25,-25,-16, -5, 38,-25, -5,-29;
/M: SY='V';  M= -4,-22,-16,-27,-25, -1,-29,-25, 27,-21, 11,  9,-19,-25,-23,-20,-10,  1, 32,-27, -7,-25;
/M: SY='R';  M=-16, -6,-30, -6,  4,-24,-20, -4,-30, 37,-24,-10,  0,-16, 10, 56,-10,-10,-20,-20,-10,  4;
/M: SY='F';  M=-15,-30,-19,-36,-28, 54,-30,-21,  8,-29, 20,  6,-24,-30,-34,-20,-21, -9,  8, -2, 18,-28;
/M: SY='C';  M=  9,-12, 36,-20,-17,-15,-17,-20,-18,-17,-15,-14,-10,-23,-16,-20,  5,  7, -6,-31,-15,-17;
/M: SY='R';  M=-13, -3,-30, -3, 10,-30,-20, -2,-27, 33,-24, -7,  0,-13, 24, 37, -7,-10,-23,-20,-10, 15;
/M: SY='K';  M= -6, -6,-23, -8,  0,-20,-20,-12,-12, 14,-13, -5, -4,-13,  5,  6, -1,  3, -9,-24, -9,  2;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-21,-31,-21,  7,-30,-18, 24,-27, 41, 27,-27,-27,-17,-20,-27,-10, 13,-20,  0,-20;
/M: SY='G';  M= -2, -1,-29, -2,-15,-30, 58,-16,-38,-17,-30,-21,  7,-19,-17,-18,  1,-18,-30,-23,-28,-16;
/M: SY='F';  M= -9,-23,-21,-28,-22, 35,-26,-10,  3,-21, 12,  3,-20,-26,-23,-17,-16, -5,  0,  3, 28,-22;
/M: SY='K';  M= -8,  5,-24,  1,  6,-26,-13, -3,-25, 23,-27,-13, 11,-13, 12, 22,  4, -2,-21,-27,-14,  8;
/M: SY='G';  M=  1, -9,-29, -9,-19,-29, 65,-19,-39,-19,-30,-20,  1,-19,-19,-19,  3,-17,-29,-21,-29,-19;
/M: SY='F';  M=-20,-27,-23,-35,-27, 66,-30, -9,  0,-25,  7,  0,-20,-30,-32,-17,-20,-10, -3, 15, 44,-27;
/M: SY='Q';  M= -5, -4,-24, -4,  6,-27,-15, -6,-21,  6,-24,-11,  0,  4, 17,  7,  9,  4,-20,-28,-16, 10;
/M: SY='D';  M= -9, 24,-27, 32, 32,-32,-13,  0,-30,  4,-24,-21, 12, -7, 12, -4,  2, -8,-28,-33,-19, 22;
/M: SY='F';  M=-16,-30,-20,-36,-26, 50,-30,-20,  9,-30, 27,  9,-24,-30,-31,-20,-24,-10,  4, -3, 17,-26;
/M: SY='R';  M=-14, -4,-30, -4,  6,-26,-20, -6,-30, 42,-26,-10,  0,-14, 10, 46,-10,-10,-20,-20,-10,  6;
/M: SY='V';  M= -4,-25,-17,-28,-23,  0,-27,-20, 24,-21, 18, 19,-22,-25,-18,-19,-12, -3, 25,-26, -6,-21;
/M: SY='A';  M= 10, -4,-19, -7, -2,-11,-13, -6,-15, -4, -9, -9, -5,-14, -6, -6, -1, -2, -9,-21, -9, -4;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-22,-31,-22, 10,-32,-18, 24,-27, 38, 17,-27,-28,-20,-21,-26, -9, 14,-16,  7,-22;
/M: SY='A';  M= 20, -9,-17,-14, -2,-17,-11,-17, -6, -6, -7, -7, -8,-12, -5,-13,  5, -1, -2,-24,-15, -4;
/M: SY='Q';  M= -8, -3,-28, -1,  1,-24, -4,-12,-20,  1,-21,-12, -4,-15,  3, -4, -4,-10,-17,-10,-12,  2;
/M: SY='E';  M= -5, 13,-24, 21, 23,-23,-13, -2,-26, -1,-22,-20,  4, -9,  5, -7,  7, -3,-21,-27, -9, 13;
/M: SY='L';  M=-12,-15,-24,-16,-11,  8,-28,-14,  8,-20, 17,  5,-16,-22,-15,-17,-16, -5,  2,-15,  7,-13;
/M: SY='A';  M= 20, -6,-14,-10, -3,-21, -6,-14,-13, -3,-18,-11, -3,-12,  0, -9, 16,  6, -4,-28,-17, -2;
/M: SY='N';  M= -2,  6,-23,  0,  4,-26,-12, -3,-20,  8,-24,-12, 13, -4, 12,  6,  5,  0,-21,-28,-16,  7;
/M: SY='Q';  M= -1, -6,-23, -6,  3,-20,-10, -7,-17,  2,-20,-10, -5, -7,  6, -3,  4, -3,-13,-22, -8,  4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	47 in 47 different sequences
Number of true positive hits	47 in 47 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20
Author [info]	PS_Langendijk_Genevaux
Taxonomic range [info]	Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	1
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	HTH rpiR-type
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

47 sequences

GLK_BURL3   (Q39IQ1), GLK_BURMA   (Q62HW8), GLK_BURO1   (Q1BYA7),

GLK_BURP1   (Q3JPP0), GLK_BURPS   (Q63RQ7), GLK_BURTA   (Q2SYA5), 
GLK_PARXL   (Q143F8), GLVR_BACSU  (P54717), HEXR_ECOLI  (P46118), 
HEXR_PSEAE  (O68281), HEXR_PSEPK  (Q88P32), MURR_CITK8  (A8ADG3), 
MURR_ECO24  (A7ZPM7), MURR_ECO55  (B7LCH1), MURR_ECO57  (Q8XBJ3), 
MURR_ECO5E  (B5YZX2), MURR_ECO5T  (C6UQ16), MURR_ECO7I  (B7NPW3), 
MURR_ECO8A  (B7M6T6), MURR_ECOBD  (C5W7D8), MURR_ECOBR  (C6UMS6), 
MURR_ECOBW  (C4ZVV8), MURR_ECODH  (B1XA98), MURR_ECOHS  (A8A2S4), 
MURR_ECOLC  (B1IX45), MURR_ECOLI  (P77245), MURR_ECOLU  (B7N617), 
MURR_ECOSE  (B6I503), MURR_ECOSM  (B1LMM1), MURR_ESCF3  (B7LKK8), 
MURR_SALAR  (A9MIE1), MURR_SHIB3  (B2TX16), MURR_SHIBS  (Q31Y52), 
MURR_SHIDS  (Q32DC7), MURR_SHIF8  (Q0T281), MURR_SHIFL  (Q83K75), 
MURR_SHISS  (Q3YZB5), RPIR_ECOL6  (P0ACS8), RPIR_ECOLI  (P0ACS7), 
Y143_HAEIN  (P44540), Y189_CLOPE  (P26833), Y191_CLOAB  (Q97MK5), 
Y211_CALS4  (Q8RD36), Y326_THEMA  (Q9WYG1), YARA_PROST  (P46117), 
YBBH_BACSU  (Q45581), YFHH_ECOLI  (P37767)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

1 PDB

2O3F