Entry: PS51081

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] ZF_SIAH
Accession [info] PS51081
Entry type [info] MATRIX
Date [info] FEB-2005 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAR-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51081
Associated ProRule [info] PRU00455

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc finger SIAH-type profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=61;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=56;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.3849263; R2=0.0085326; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1386.19444; R2=20.63889; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=778; N_SCORE=9.0; H_SCORE=14967; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=483; N_SCORE=6.5; H_SCORE=11334; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S'; M= 14, -3,-10, -7,  0,-19, -8,-13,-18, -2,-20,-14,  1,-11, -1, -7, 17,  9, -9,-29,-17, -1;
/M: SY='V'; M=  4,-22,-18,-26,-21, -5,-17,-23, 16,-21,  9,  7,-18,-22,-18,-21, -7, -3, 18,-25,-10,-21;
/M: SY='L'; M= -5,-13,-23,-15, -3,-10,-22, -8, -3, -4,  3,  3,-11,-16, -2, -1,-10, -6, -4,-22, -7, -3;
/M: SY='V'; M= -6,-28,-11,-32,-28, 21,-29,-24, 18,-24, 10,  6,-24,-28,-29,-21,-13, -4, 26,-17,  3,-28;
/M: SY='P'; M= -1,-16,-31,-11, -2,-26,-16,-18,-18, -9,-25,-16,-15, 57, -8,-15, -2, -4,-22,-29,-25, -9;
/M: SY='C'; M=-10,-19,107,-28,-29,-21,-24,-29,-31,-28,-21,-20,-18,-38,-28,-27, -9,-11,-11,-47,-29,-29;
/M: SY='K'; M= -4, -9,-28, -8, -1,-25, -9,-12,-23, 11,-22,-12, -6,  9,  0, 10, -3, -7,-19,-24,-18, -2;
/M: SY='H'; M=-12,  3,-25, -5,-10,  5,-17, 24,-11, -9,-13, -7, 13,-23, -6, -7, -6, -8,-18,-11, 23,-10;
/M: SY='A'; M= 25, -5,-12,-12, -7,-20, -7,-14,-13, -5,-14,-11, -3,-13, -4, -8, 10,  5, -5,-25,-17, -6;
/M: SY='K'; M=  0, -3,-19, -5,  1,-21,-12, -3,-18,  3,-19, -9, -1, -6, -1, -1,  2,  0,-13,-28,-13, -1;
/M: SY='Y'; M=-12,-11,-25,-13, -8,  5,-18, 15,-13, -9, -7, -4, -6,-21, -7, -7, -9, -9,-14, -6, 18, -9;
/M: SY='G'; M= -1,-10,-30,-10,-19,-29, 65,-19,-39,-17,-29,-19,  0,-20,-18,-15, -1,-19,-29,-20,-29,-19;
/M: SY='C'; M= -7,-19,113,-29,-29,-20,-28,-29,-29,-29,-19,-19,-19,-38,-29,-29, -9, -9, -9,-48,-29,-29;
/M: SY='T'; M=  0, -7,-17, -9, -3,-19,-15,-13,-15, -2,-13, -8, -6,  0, -3, -4,  2,  7,-11,-27,-15, -4;
/M: SY='E'; M=  1, -3,-23, -1, 11,-21,-14, -6,-16,  0,-14,-10, -5,-12,  1, -6, -1, -7,-11,-21,-12,  6;
/M: SY='R'; M= -8, -7,-22,-12, -6, -9,-20,-11,-11,  7,-13, -5, -1,-16, -3, 10,  1,  6, -7,-21, -4, -6;
/M: SY='I'; M= -9,-24,-20,-29,-23, 13,-29,-20, 16,-23, 15,  9,-20,-20,-22,-19,-14,  1, 15,-18,  3,-23;
/M: SY='P'; M=  3,-11,-22,-12, -7,-17,-13,-10,-12,-12,-16,-11, -8, 16,-10,-15,  4,  3, -9,-28,-15,-10;
/M: SY='Y'; M=-19,-18,-29,-19,-17, 21,-29, 21, -2,-10,  0,  1,-17,-28, -7, -7,-18,-10, -9, 17, 62,-16;
/M: SY='A'; M=  4, -7,-15,-11, -9,-14,  2, -4,-19,-12,-16,-10, -4,-17, -6,-13,  3, -1,-13,-21, -8, -8;
/M: SY='D'; M= -9, 16,-22, 17, 16,-26,-10, -3,-25,  5,-21,-16, 14,-13,  5,  0,  0, -6,-24,-32,-17, 10;
/M: SY='K'; M=-10, -9,-26, -9,  4,-19,-22, -9,-11, 14, -9,  0, -7,-15,  6, 14, -9, -8, -8,-23, -9,  4;
/M: SY='S'; M= -3, -1,-22,  0,  1,-17,-16, -9,-15, -4,-10,-10, -3, -7, -4, -4,  2,  2,-11,-28,-13, -2;
/I:         I=-5; MD=-27;
/M: SY='E'; M=  4,  1,-22,  2,  9,-21, -8,-11,-21,  0,-20,-16,  0,-10,  1, -7,  6,  0,-16,-15,-14,  5; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='E'; M= -9,  6,-29, 14, 49,-28,-20, -1,-27, 10,-18,-17, -1, -3, 18,  3, -2,-10,-27,-28,-18, 34;
/M: SY='E'; M= -1,  0,-25,  1, 15,-26,-17, -7,-21, 14,-17,-10, -3,-10, 11,  9, -3, -7,-16,-24,-14, 13;
/M: SY='A'; M=  7, -5,-19, -6,  1,-19,-11,-12, -9, -7,-10, -8, -7,-14, -2, -9,  3,  0, -3,-27,-15, -1;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P'; M= -6, -6,-27, -4,  6,-21,-14,-10,-15, -1,-15, -8, -5,  8,  0, -1, -3, -6,-16,-27,-17,  1;
/M: SY='Y'; M=-19,-19,-14,-24,-20, 33,-27, 21,-10,-20, -3, -2,-12,-28,-19,-13,-17,-13,-11, -1, 34,-20;
/I:         I=-5; MD=-25;
/M: SY='R'; M=  7, -5,-18, -6,  3,-19, -7, -8,-20,  8,-17,-11, -1,-11,  2, 14,  5, -1,-12,-22,-14,  1; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-25;
/M: SY='P'; M= -8,-16,-30, -9, -1,-21,-16,-16,-13, -9,-19,-13,-16, 64, -9,-16, -9, -8,-21,-23,-22, -9; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-25;
/M: SY='Y'; M= -6,-12, 10,-16,-15,  3,-18, -4, -3,-12, -3, -2,-12,-19,-11,-12, -6, -2, -1, -7, 14,-14; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='F'; M= -8, -8,-14,-10, -5,  3,-16, -5, -8, -5, -4, -4, -5,-15, -5,  1, -3, -1, -6,-14,  2, -5; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-25;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P'; M= -7,-17,-28,-15, -8, -5,-17,-13,-13,-13,-18,-12,-14, 28,-12,-15, -3, -5,-15,-21, -9,-12;
/M: SY='C'; M= -9,-16, 55,-22,-15,-12,-28,-17,-16,-20,-11, -8,-17,-29,-17,-22,-11,-10, -8,-32,-11,-17;
/I:         I=-3; MD=-17;
/M: SY='P'; M= -3,-17,-34,-11, -3,-27,-10,-18,-20, -9,-26,-18,-16, 63,-10,-15, -7, -9,-25,-27,-27,-10; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-17;
/M: SY='G'; M= -2, -5,-24, -5,-11,-18, 19,-16,-20,-12,-18,-13, -1,-18,-14,-12,  0,-10,-13,-23,-18,-13; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='S'; M=  1, -5, -1, -5, -3,-17,-14,-14,-14,-10,-12,-11, -5,-10, -6,-11,  6,  2, -8,-31,-17, -5; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='N'; M= -5, 10,-23, 11,  4,-25, 10, -6,-27, -2,-25,-18, 12,-14, -3, -3,  6, -5,-21,-29,-20,  1; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='C'; M=-10,-20,103,-29,-29,-12,-29,-28,-27,-29,-18,-18,-19,-38,-29,-28, -9, -9, -9,-45,-25,-29;
/M: SY='N'; M= -1,  6,-22,  0, -4,-23,  8, -6,-24,  1,-24,-15, 15,-16, -4,  1,  5, -3,-20,-28,-18, -5;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='W'; M=-14,-27,-31,-29,-23, 26,-25, -9, -4,-17, -4, -6,-25,-23,-19,-16,-22,-14, -9, 48, 39,-21; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='Q'; M=  7, -8,-19,-12, -3,-18,-15, -5,-10, -4,-11, -5, -6,-14,  8, -3,  5,  4, -7,-22, -8,  2;
/M: SY='G'; M=  2, -8,-26, -8,-16,-28, 56,-18,-36,-18,-30,-20,  2,-18,-16,-18,  8,-12,-26,-24,-28,-16;
/M: SY='S'; M=  5, -6,-13, -7, -7,-14, -5,-11,-16,-11,-16,-12, -3,-12, -9,-10,  9,  1, -9,-28,-14, -8;
/M: SY='Y'; M= -5,-17,-22,-19,-12,  2,-25, -8,  5,-14,  7,  3,-18,-18,-10,-14,-11, -1,  2,-10, 14,-12;
/I:         I=-6; MD=-29;
/M: SY='K'; M=  5,  1,-21,  1,  4,-23, -8, -6,-21,  6,-20,-13,  1, -6,  1,  1,  4, -3,-14,-26,-15,  2; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='D'; M= -2,  8,-21, 11,  4,-18,-13, -7,-15, -6, -9,-10,  2,-13, -1, -8,  0, -2,-12,-26,-11,  1; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-29;
/M: SY='L'; M= -6,-30,-22,-31,-23,  6,-28,-24, 19,-26, 29, 12,-29,-28,-22,-21,-24,-10, 15, -4,  0,-22;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='Y'; M=-10,-13,-25,-13, -9,  0,-22, -4, -2, -7, -1,  3,-14,-15, -7, -9,-13, -8, -5, -1, 15,-10; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='E'; M=  1,  4,-23,  4,  6,-26, -3, -4,-24,  0,-23,-15,  4, -6,  2, -3,  6, -3,-19,-29,-17,  3;
/M: SY='H'; M=-20, -2,-29, -2, -2,-15,-21, 94,-28,-11,-18,  0,  8,-21,  7, -1,-11,-19,-28,-28, 21, -2;
/M: SY='F'; M= -9,-26,-15,-30,-22, 25,-28,-17,  9,-25, 23,  8,-23,-28,-23,-19,-20, -6,  5, -9, 13,-22;
/M: SY='M'; M=  0, -8,-15,-12, -4,-14,-19,-10, -8, -2, -4,  1, -8,-16, -3, -1, -4,  1, -5,-24, -9, -4;
/M: SY='A'; M=  4, -2,-21, -3, -2,-20,-10, -7,-16, -3,-13, -9, -3, -9, -5, -5,  1,  0,-10,-27,-14, -5;
/M: SY='E'; M= -4,  2,-23,  2,  6,-23, -8, -6,-21,  1,-18,-11,  3,-12,  5,  3,  5,  4,-17,-28,-15,  5;
/M: SY='H'; M=-17,  0,-29, -1,  0,-20,-19, 95,-29,-10,-20,  0,  9,-20,  9, -1, -9,-19,-29,-30, 18,  0;
/M: SY='K'; M= -1,  0,-24, -1,  3,-23, -7, -5,-22, 10,-22,-11,  3, -8,  1,  2,  1, -6,-17,-25,-13,  1;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_04 which contains 544'996 sequence entries.


Total number of hits 41 in 41 different sequences
Number of true positive hits 38 in 38 different sequences
Number of 'unknown' hits 3 in 3 different sequences
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 1
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 97.44 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] SIAH-type
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
38 sequences

RNF41_DANRE (Q7ZW16), RNF41_HUMAN (Q9H4P4), RNF41_MOUSE (Q8BH75), 
RNF41_PONAB (Q5R7T5), SIA1A_MOUSE (P61092), SIA1B_MOUSE (Q06985), 
SIAH1_CAEBR (A8X679), SIAH1_CAEEL (Q965X6), SIAH1_DANRE (Q7ZVG6), 
SIAH1_HUMAN (Q8IUQ4), SIAH1_RAT   (Q920M9), SIAH2_DANRE (Q7SYL3), 
SIAH2_HUMAN (O43255), SIAH2_MOUSE (Q06986), SIAH2_RAT   (Q8R4T2), 
SIAH2_XENLA (Q9I8X5), SIL10_ARATH (Q84K34), SIL11_ARATH (Q9FM14), 
SINA1_ARATH (P93748), SINA2_ARATH (Q9M2P4), SINA3_ARATH (Q84JL3), 
SINA4_ARATH (Q9STN8), SINA5_ARATH (Q8S3N1), SINAL_DROME (Q8T3Y0), 
SINA_DROER  (P61093), SINA_DROME  (P21461), SINA_DROVI  (P29304), 
SINA_DROWI  (Q8I147), SINA_SCHMA  (Q86MW9), SINL1_ARATH (Q9C6H4), 
SINL2_ARATH (Q9C6H3), SINL3_ARATH (Q9C6H2), SINL4_ARATH (Q9C9M0), 
SINL5_ARATH (Q7XA77), SINL6_ARATH (Q9FKD9), SINL7_ARATH (Q9FKD7), 
SINL8_ARATH (Q9FKD6), SINL9_ARATH (Q9FKD5)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
1 sequence

SIAH3_HUMAN (Q8IW03)

		
UniProtKB/Swiss-Prot
'Unknown' sequences
3 sequences

RN151_BOVIN (Q2TBT8), RN151_HUMAN (Q2KHN1), RN151_MOUSE (Q9CQ29)

		
PDB
[Detailed view]
8 PDB

1K2F; 2A25; 2AN6; 4C9Z; 4CA1; 4I7B; 4I7C; 4I7D

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission