To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS51081

General information about the entry

Entry name [info] ZF_SIAH
Accession [info] PS51081
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-FEB-2005 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 22-NOV-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51081
Associated ProRule [info] PRU00455

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc finger SIAH-type profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=61;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=56;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.3849263; R2=0.0085326; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4587.2543945; R2=2.9152544; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=776; H_SCORE=6849; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=483; H_SCORE=5995; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S'; M= 14, -3,-10, -7,  0,-19, -8,-13,-18, -2,-20,-14,  1,-11, -1, -7, 17,  9, -9,-29,-17, -1;
/M: SY='V'; M=  4,-22,-18,-26,-21, -5,-17,-23, 16,-21,  9,  7,-18,-22,-18,-21, -7, -3, 18,-25,-10,-21;
/M: SY='L'; M= -5,-13,-23,-15, -3,-10,-22, -8, -3, -4,  3,  3,-11,-16, -2, -1,-10, -6, -4,-22, -7, -3;
/M: SY='V'; M= -6,-28,-11,-32,-28, 21,-29,-24, 18,-24, 10,  6,-24,-28,-29,-21,-13, -4, 26,-17,  3,-28;
/M: SY='P'; M= -1,-16,-31,-11, -2,-26,-16,-18,-18, -9,-25,-16,-15, 57, -8,-15, -2, -4,-22,-29,-25, -9;
/M: SY='C'; M=-10,-19,107,-28,-29,-21,-24,-29,-31,-28,-21,-20,-18,-38,-28,-27, -9,-11,-11,-47,-29,-29;
/M: SY='K'; M= -4, -9,-28, -8, -1,-25, -9,-12,-23, 11,-22,-12, -6,  9,  0, 10, -3, -7,-19,-24,-18, -2;
/M: SY='H'; M=-12,  3,-25, -5,-10,  5,-17, 24,-11, -9,-13, -7, 13,-23, -6, -7, -6, -8,-18,-11, 23,-10;
/M: SY='A'; M= 25, -5,-12,-12, -7,-20, -7,-14,-13, -5,-14,-11, -3,-13, -4, -8, 10,  5, -5,-25,-17, -6;
/M: SY='K'; M=  0, -3,-19, -5,  1,-21,-12, -3,-18,  3,-19, -9, -1, -6, -1, -1,  2,  0,-13,-28,-13, -1;
/M: SY='Y'; M=-12,-11,-25,-13, -8,  5,-18, 15,-13, -9, -7, -4, -6,-21, -7, -7, -9, -9,-14, -6, 18, -9;
/M: SY='G'; M= -1,-10,-30,-10,-19,-29, 65,-19,-39,-17,-29,-19,  0,-20,-18,-15, -1,-19,-29,-20,-29,-19;
/M: SY='C'; M= -7,-19,113,-29,-29,-20,-28,-29,-29,-29,-19,-19,-19,-38,-29,-29, -9, -9, -9,-48,-29,-29;
/M: SY='T'; M=  0, -7,-17, -9, -3,-19,-15,-13,-15, -2,-13, -8, -6,  0, -3, -4,  2,  7,-11,-27,-15, -4;
/M: SY='E'; M=  1, -3,-23, -1, 11,-21,-14, -6,-16,  0,-14,-10, -5,-12,  1, -6, -1, -7,-11,-21,-12,  6;
/M: SY='R'; M= -8, -7,-22,-12, -6, -9,-20,-11,-11,  7,-13, -5, -1,-16, -3, 10,  1,  6, -7,-21, -4, -6;
/M: SY='I'; M= -9,-24,-20,-29,-23, 13,-29,-20, 16,-23, 15,  9,-20,-20,-22,-19,-14,  1, 15,-18,  3,-23;
/M: SY='P'; M=  3,-11,-22,-12, -7,-17,-13,-10,-12,-12,-16,-11, -8, 16,-10,-15,  4,  3, -9,-28,-15,-10;
/M: SY='Y'; M=-19,-18,-29,-19,-17, 21,-29, 21, -2,-10,  0,  1,-17,-28, -7, -7,-18,-10, -9, 17, 62,-16;
/M: SY='A'; M=  4, -7,-15,-11, -9,-14,  2, -4,-19,-12,-16,-10, -4,-17, -6,-13,  3, -1,-13,-21, -8, -8;
/M: SY='D'; M= -9, 16,-22, 17, 16,-26,-10, -3,-25,  5,-21,-16, 14,-13,  5,  0,  0, -6,-24,-32,-17, 10;
/M: SY='K'; M=-10, -9,-26, -9,  4,-19,-22, -9,-11, 14, -9,  0, -7,-15,  6, 14, -9, -8, -8,-23, -9,  4;
/M: SY='S'; M= -3, -1,-22,  0,  1,-17,-16, -9,-15, -4,-10,-10, -3, -7, -4, -4,  2,  2,-11,-28,-13, -2;
/I:         I=-5; MD=-27;
/M: SY='E'; M=  4,  1,-22,  2,  9,-21, -8,-11,-21,  0,-20,-16,  0,-10,  1, -7,  6,  0,-16,-15,-14,  5; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='E'; M= -9,  6,-29, 14, 49,-28,-20, -1,-27, 10,-18,-17, -1, -3, 18,  3, -2,-10,-27,-28,-18, 34;
/M: SY='E'; M= -1,  0,-25,  1, 15,-26,-17, -7,-21, 14,-17,-10, -3,-10, 11,  9, -3, -7,-16,-24,-14, 13;
/M: SY='A'; M=  7, -5,-19, -6,  1,-19,-11,-12, -9, -7,-10, -8, -7,-14, -2, -9,  3,  0, -3,-27,-15, -1;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P'; M= -6, -6,-27, -4,  6,-21,-14,-10,-15, -1,-15, -8, -5,  8,  0, -1, -3, -6,-16,-27,-17,  1;
/M: SY='Y'; M=-19,-19,-14,-24,-20, 33,-27, 21,-10,-20, -3, -2,-12,-28,-19,-13,-17,-13,-11, -1, 34,-20;
/I:         I=-5; MD=-25;
/M: SY='R'; M=  7, -5,-18, -6,  3,-19, -7, -8,-20,  8,-17,-11, -1,-11,  2, 14,  5, -1,-12,-22,-14,  1; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-25;
/M: SY='P'; M= -8,-16,-30, -9, -1,-21,-16,-16,-13, -9,-19,-13,-16, 64, -9,-16, -9, -8,-21,-23,-22, -9; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-25;
/M: SY='Y'; M= -6,-12, 10,-16,-15,  3,-18, -4, -3,-12, -3, -2,-12,-19,-11,-12, -6, -2, -1, -7, 14,-14; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='F'; M= -8, -8,-14,-10, -5,  3,-16, -5, -8, -5, -4, -4, -5,-15, -5,  1, -3, -1, -6,-14,  2, -5; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-25;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P'; M= -7,-17,-28,-15, -8, -5,-17,-13,-13,-13,-18,-12,-14, 28,-12,-15, -3, -5,-15,-21, -9,-12;
/M: SY='C'; M= -9,-16, 55,-22,-15,-12,-28,-17,-16,-20,-11, -8,-17,-29,-17,-22,-11,-10, -8,-32,-11,-17;
/I:         I=-3; MD=-17;
/M: SY='P'; M= -3,-17,-34,-11, -3,-27,-10,-18,-20, -9,-26,-18,-16, 63,-10,-15, -7, -9,-25,-27,-27,-10; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-17;
/M: SY='G'; M= -2, -5,-24, -5,-11,-18, 19,-16,-20,-12,-18,-13, -1,-18,-14,-12,  0,-10,-13,-23,-18,-13; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='S'; M=  1, -5, -1, -5, -3,-17,-14,-14,-14,-10,-12,-11, -5,-10, -6,-11,  6,  2, -8,-31,-17, -5; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='N'; M= -5, 10,-23, 11,  4,-25, 10, -6,-27, -2,-25,-18, 12,-14, -3, -3,  6, -5,-21,-29,-20,  1; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='C'; M=-10,-20,103,-29,-29,-12,-29,-28,-27,-29,-18,-18,-19,-38,-29,-28, -9, -9, -9,-45,-25,-29;
/M: SY='N'; M= -1,  6,-22,  0, -4,-23,  8, -6,-24,  1,-24,-15, 15,-16, -4,  1,  5, -3,-20,-28,-18, -5;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='W'; M=-14,-27,-31,-29,-23, 26,-25, -9, -4,-17, -4, -6,-25,-23,-19,-16,-22,-14, -9, 48, 39,-21; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='Q'; M=  7, -8,-19,-12, -3,-18,-15, -5,-10, -4,-11, -5, -6,-14,  8, -3,  5,  4, -7,-22, -8,  2;
/M: SY='G'; M=  2, -8,-26, -8,-16,-28, 56,-18,-36,-18,-30,-20,  2,-18,-16,-18,  8,-12,-26,-24,-28,-16;
/M: SY='S'; M=  5, -6,-13, -7, -7,-14, -5,-11,-16,-11,-16,-12, -3,-12, -9,-10,  9,  1, -9,-28,-14, -8;
/M: SY='Y'; M= -5,-17,-22,-19,-12,  2,-25, -8,  5,-14,  7,  3,-18,-18,-10,-14,-11, -1,  2,-10, 14,-12;
/I:         I=-6; MD=-29;
/M: SY='K'; M=  5,  1,-21,  1,  4,-23, -8, -6,-21,  6,-20,-13,  1, -6,  1,  1,  4, -3,-14,-26,-15,  2; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='D'; M= -2,  8,-21, 11,  4,-18,-13, -7,-15, -6, -9,-10,  2,-13, -1, -8,  0, -2,-12,-26,-11,  1; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-29;
/M: SY='L'; M= -6,-30,-22,-31,-23,  6,-28,-24, 19,-26, 29, 12,-29,-28,-22,-21,-24,-10, 15, -4,  0,-22;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='Y'; M=-10,-13,-25,-13, -9,  0,-22, -4, -2, -7, -1,  3,-14,-15, -7, -9,-13, -8, -5, -1, 15,-10; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='E'; M=  1,  4,-23,  4,  6,-26, -3, -4,-24,  0,-23,-15,  4, -6,  2, -3,  6, -3,-19,-29,-17,  3;
/M: SY='H'; M=-20, -2,-29, -2, -2,-15,-21, 94,-28,-11,-18,  0,  8,-21,  7, -1,-11,-19,-28,-28, 21, -2;
/M: SY='F'; M= -9,-26,-15,-30,-22, 25,-28,-17,  9,-25, 23,  8,-23,-28,-23,-19,-20, -6,  5, -9, 13,-22;
/M: SY='M'; M=  0, -8,-15,-12, -4,-14,-19,-10, -8, -2, -4,  1, -8,-16, -3, -1, -4,  1, -5,-24, -9, -4;
/M: SY='A'; M=  4, -2,-21, -3, -2,-20,-10, -7,-16, -3,-13, -9, -3, -9, -5, -5,  1,  0,-10,-27,-14, -5;
/M: SY='E'; M= -4,  2,-23,  2,  6,-23, -8, -6,-21,  1,-18,-11,  3,-12,  5,  3,  5,  4,-17,-28,-15,  5;
/M: SY='H'; M=-17,  0,-29, -1,  0,-20,-19, 95,-29,-10,-20,  0,  9,-20,  9, -1, -9,-19,-29,-30, 18,  0;
/M: SY='K'; M= -1,  0,-24, -1,  3,-23, -7, -5,-22, 10,-22,-11,  3, -8,  1,  2,  1, -6,-17,-25,-13,  1;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_11 which contains 556'196 sequence entries.


Total number of hits 42 in 42 different sequences
Number of true positive hits 39 in 39 different sequences
Number of 'unknown' hits 3 in 3 different sequences
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 2
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 95.12 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] SIAH-type
Version [info] 5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
39 sequences

DIS1_ORYSJ  (Q10L91    ), RNF41_DANRE (Q7ZW16    ), RNF41_HUMAN (Q9H4P4    ), 
RNF41_MOUSE (Q8BH75    ), RNF41_PONAB (Q5R7T5    ), SIA1A_MOUSE (P61092    ), 
SIA1B_MOUSE (Q06985    ), SIAH1_CAEBR (A8X679    ), SIAH1_CAEEL (Q965X6    ), 
SIAH1_DANRE (Q7ZVG6    ), SIAH1_HUMAN (Q8IUQ4    ), SIAH1_RAT   (Q920M9    ), 
SIAH2_DANRE (Q7SYL3    ), SIAH2_HUMAN (O43255    ), SIAH2_MOUSE (Q06986    ), 
SIAH2_RAT   (Q8R4T2    ), SIAH2_XENLA (Q9I8X5    ), SIL10_ARATH (Q84K34    ), 
SIL11_ARATH (Q9FM14    ), SINA1_ARATH (P93748    ), SINA2_ARATH (Q9M2P4    ), 
SINA3_ARATH (Q84JL3    ), SINA4_ARATH (Q9STN8    ), SINA5_ARATH (Q8S3N1    ), 
SINAL_DROME (Q8T3Y0    ), SINA_DROER  (P61093    ), SINA_DROME  (P21461    ), 
SINA_DROVI  (P29304    ), SINA_DROWI  (Q8I147    ), SINA_SCHMA  (Q86MW9    ), 
SINL1_ARATH (Q9C6H4    ), SINL2_ARATH (Q9C6H3    ), SINL3_ARATH (Q9C6H2    ), 
SINL4_ARATH (Q9C9M0    ), SINL5_ARATH (Q7XA77    ), SINL6_ARATH (Q9FKD9    ), 
SINL7_ARATH (Q9FKD7    ), SINL8_ARATH (Q9FKD6    ), SINL9_ARATH (Q9FKD5    )
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
2 sequences

SIAH3_HUMAN (Q8IW03    ), SINA6_ARATH (Q93WE4    )

		
UniProtKB/Swiss-Prot
'Unknown' sequences
3 sequences

RN151_BOVIN (Q2TBT8    ), RN151_HUMAN (Q2KHN1    ), RN151_MOUSE (Q9CQ29    )

		
PDB
[Detailed view]
10 PDB

1K2F; 2A25; 2AN6; 4C9Z; 4CA1; 4I7B; 4I7C; 4I7D; 4X3G; 5H9M

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission