Entry: PS51083

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] ZF_HIT
Accession [info] PS51083
Entry type [info] MATRIX
Date [info] FEB-2005 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAR-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51083
Associated ProRule [info] PRU00453

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc finger HIT-type profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=34;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=31;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5706942; R2=0.0090412; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1121.08451; R2=11.95775; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=656; N_SCORE=8.5; H_SCORE=7638; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=435; N_SCORE=6.5; H_SCORE=6323; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-10; D=-30; I=-30; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='C'; M=  0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
/M: SY='S'; M=  2, -8,-16, -7, -1,-19, -2,-11,-17, -6,-19,-12, -4,-16, -5,-12,  7, -6,-13,-25,-15, -2;
/M: SY='I'; M= -3,-28,-10,-28,-22, -4,-32,-27, 27,-23, 12,  8,-27,-24,-22,-26,-16, -3, 27,-27,-10,-22;
/M: SY='C'; M=  0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='G'; M= -4, -8,-25,-11, -8,-23,  8, -9,-24, -5,-21,-14,  0,-16, -5, -7,  0, -9,-19,-24,-18, -7;
/M: SY='K'; M= -4, -4,-23, -7,  1,-21, -8,-10,-18,  3,-18,-11,  1,-16,  0, -6,  1, -5,-12,-27,-16,  0;
/I:         I=-9; MD=-32;
/M: SY='N'; M= -9,  5,-21,  0,  5,-17, -9,  1,-19,  3,-18,-11, 13,-13,  5, -2,  3, -5,-16,-21, -7,  4; D=-9;
/I:         I=-9; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='E'; M= -5, -5,-20, -1,  6,-23,-18,-13,-19, -1,-19,-12, -7, -1, -1, -9,  0, -3,-13,-29,-19,  4;
/M: SY='S'; M=  4,-10,-15,-11, -7,-14, -6, -6,-19, -6,-18,-12, -4,-11, -6, -9, 13, -1,-17,-20,-11, -7;
/M: SY='K'; M=-11, -6,-24,-13,  0,-23,-21,-10,-19, 21,-13, -7, -3,-14,  3,  7, -4,-10,-14,-27,-15,  1;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='Y'; M=-15,-27,-18,-27,-18, 23,-26, 16,-11,-28,-11,-10,-17,-27, -9,-19,-13,-16,-11, 13, 58,-18;
/M: SY='K'; M= -5, -2,-23,-10,  1,-26,-16, -8,-23, 18,-18,-11,  6,-13,  3, 14,  5,  5,-18,-29,-20,  1;
/M: SY='C'; M= -1,-30, 82,-30,-39,-14,-30,-29, -9,-30, -9, -9,-30,-31,-30,-30,-11,-11,-10,-18,-16,-30;
/M: SY='P'; M= -6,-19,-20,-13,-12,-31,-21,-21,-18,-11,-20,-13,-17, 38,-11,-19, -7,  2, -8,-34,-25,-11;
/M: SY='R'; M= -3, -9,-14,-16, -6,-22,-13, -9,-21,  9,-16,-10, -2,-18, -1, 12, -1, -6,-18,-27,-17, -5;
/M: SY='C'; M=  0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
/M: SY='G'; M= -8, -2,-26, -3, -3,-20,  5, -8,-25, -8,-23,-15,  4,-16, -4, -9,  2,-10,-21,-23,-15, -4;
/M: SY='V'; M=  1,-15,-14,-14, -9,-13,-21,-19,  1,-10, -1,  0,-14,-18,-10,-13, -5, -3,  3,-27,-15,-10;
/M: SY='R'; M=-11,-16,-22,-21, -8,-16,-25, -9,-16,  8, -8, -3,-10,-13,  0,  9,-10,-11,-15,-22, -8, -7;
/M: SY='Y'; M=-11,-24,-16,-24,-18, 15,-26,  1, -5,-18, -7, -7,-16,-25,-13,-19,-10, -1, -4,  1, 31,-18;
/M: SY='C'; M=  0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
/M: SY='S'; M=  8, -3, -3, -3, -4,-20, -2,-12,-19, -4,-19,-11,  6,-12, -4,-12, 33, 10,-18,-28,-20, -4;
/M: SY='L'; M= -7,-35, -8,-35,-27, -3,-36,-29, 23,-21, 27, 15,-29,-27,-31,-24,-18, -7, 19,-24,-10,-26;
/M: SY='K'; M=  3, -8,-22, -9,  4,-26,-12,-12,-19,  5,-19,-12, -7, -6,  0,  2,  0, -6,-12,-31,-20,  2;
/M: SY='C'; M=  0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
/M: SY='Y'; M=-12,-19,-18,-21,-15, 10,-22,  0, -8,-14, -8, -5,-10,-25, -9,-15, -7, -9, -9, -4, 22,-14;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-29, -7,  7,-28,-16, -7,-27, 26,-20,-10,  4,-13, 10, 15, -1, -7,-20,-29,-19,  7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23; I=-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-7,-40,-7,-7;
/M: SY='K'; M= -7,-12,-19,-16, -6,-18,-24,-16, -5,  4, -3, -2, -7,-17, -4, -3, -3,  2, -2,-27,-16, -6;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,-10,  0,-10,-20, 80,-30,-10,-30,-20, 10,-20,  0,  0,-10,-20,-30,-20, 20,  0;
/M: SY='K'; M=-10,  5,-27, -2,  8,-27,-14, -6,-25, 22,-21,-11, 10,-13,  9,  7,  4, -6,-19,-31,-19,  8;
/I:         I=-6; MD=-22;
/M: SY='E'; M= -6,  5,-26, 11, 18,-24,-17, -8,-21,  3,-22,-15, -1,-12,  6, -3,  2, -2,-16,-29,-19, 13; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-22;
/M: SY='T'; M= -5, -4,-17, -4,  2,-19,-17,-11,-13, -1,-10, -5, -1,-12,  5, -2,  3,  8, -9,-21,-15,  2; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-22;
/M: SY='R'; M= -6, -7,-19, -7,  0,-16,-16, -7,-15,  2,-11, -8, -4, -9,  0,  7, -4, -1,-12,-21,-13, -1; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='C'; M=  0,-28, 79,-28,-36,-20,-28, 10,-11,-28,-11,-10,-27,-28,-28,-28, -9, -9,-10,-20,-18,-28;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_04 which contains 544'996 sequence entries.


Total number of hits 22 in 22 different sequences
Number of true positive hits 22 in 22 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 7
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 75.86 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] HIT-type
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
22 sequences

BCD1_HUMAN  (Q9NWK9), BCD1_MOUSE  (Q3UFB2), BCD1_PONAB  (Q5RF97), 
BCD1_SCHPO  (O74906), BCD1_YEAST  (P38772), HIT1_YEAST  (P46973), 
SWC6_ARATH  (Q9FHW2), VPS71_SCHPO (O59669), VPS71_YEAST (Q03433), 
YEKJ_SCHPO  (O36031), ZNHI1_BOVIN (Q24JY4), ZNHI1_DICDI (Q54NW0), 
ZNHI1_HUMAN (O43257), ZNHI1_MOUSE (Q8R331), ZNHI2_BOVIN (Q2TBW5), 
ZNHI2_HUMAN (Q9UHR6), ZNHI2_MOUSE (Q9QY66), ZNHI3_BOVIN (Q2KIH1), 
ZNHI3_HUMAN (Q15649), ZNHI3_MACMU (Q6UIM1), ZNHI3_MOUSE (Q9CQK1), 
ZNHI3_PANTR (Q6UIM2)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
7 sequences

DDX59_HUMAN (Q5T1V6), DDX59_MOUSE (Q9DBN9), DDX59_RAT   (Q66HG7), 
IN80B_HUMAN (Q9C086), IN80B_MOUSE (Q99PT3), RH41_ARATH  (Q3EBD3), 
RH41_ORYSJ  (Q0E2Z7)
» More

PDB
[Detailed view]
2 PDB

1X4S; 2YQQ

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission