PROSITE entry PS51118
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | HTH_HXLR |
| Accession [info] | PS51118 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-APR-2005 CREATED;
26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51118 |
| Associated ProRule [info] | PRU00435 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | HxlR-type HTH domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=99; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=94; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1077032; R2=0.0123771; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=9160.4521484; R2=3.5806754; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=638; H_SCORE=11445; N_SCORE=10.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=355; H_SCORE=10432; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='C'; M= -4,-16, 77,-23,-17,-20,-26,-25,-22,-23,-16,-16,-16,-30,-21,-25, -7, -9, -9,-42,-26,-19; /M: SY='P'; M= -4,-11,-30, -5, 3,-27, -8,-16,-22, -9,-29,-20, -9, 47, -6,-16, 5, -2,-24,-32,-26, -4; /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='V'; M= -5,-23,-17,-27,-22, 9,-25,-21, 15,-15, 4, 10,-19,-24,-20,-15, -8, -2, 21,-21, -2,-21; /M: SY='E'; M=-10, 4,-30, 10, 38,-30, -9, -1,-30, 9,-21,-16, 0, -6, 18, 8, -1,-11,-29,-26,-19, 27; /M: SY='H'; M= -5,-11,-21,-12, -3, -4,-20, 2, -8, -7, -6, -4, -9,-19, -6, -1, -3, -2, -3,-20, 2, -6; /M: SY='T'; M= 16,-10,-10,-18,-15,-11,-16,-22, 0,-12, -5, -5,-10,-15,-15,-16, 10, 22, 12,-27,-13,-15; /M: SY='L'; M= -9,-28,-19,-29,-21, 13,-29,-21, 16,-22, 32, 14,-27,-29,-22,-16,-23, -8, 14,-18, 1,-21; /M: SY='D'; M= -3, 16,-23, 21, 21,-28,-10, -4,-28, 6,-26,-20, 11, -8, 6, -2, 9, -2,-22,-33,-19, 14; /M: SY='L'; M= -9,-23,-20,-22,-14, -1,-28, -6, 14,-21, 22, 11,-22,-26,-16,-16,-19, -9, 14,-25, -2,-16; /M: SY='I'; M= -7,-30,-23,-35,-28, 2,-35,-28, 38,-27, 24, 17,-25,-25,-23,-25,-20, -7, 31,-23, -3,-28; /M: SY='G'; M= -2, -2,-27, -1,-14,-29, 49,-18,-36,-16,-27,-20, 2,-18,-16,-18, 3,-10,-26,-24,-26,-15; /M: SY='G'; M= -2, 1,-26, 0, -2,-28, 31,-12,-33, -4,-29,-19, 8,-15, -7, -8, 5,-10,-26,-26,-24, -4; /M: SY='R'; M=-14, -4,-30, -4, 6,-26,-20, -6,-30, 43,-26,-10, 0,-14, 10, 45,-10,-10,-20,-20,-10, 6; /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20; /M: SY='K'; M= -5, 3,-24, 0, 1,-25, -4,-10,-26, 21,-27,-14, 8,-12, 1, 11, 3, 1,-19,-26,-15, 1; /M: SY='M'; M= -4,-19,-12,-23,-21,-11, 3,-19, 0,-20, 0, 8,-14,-23,-17,-19, -8, -9, 2,-25,-14,-20; /M: SY='L'; M=-10,-28,-21,-29,-20, 5,-30,-20, 19,-23, 37, 16,-26,-28,-18,-12,-25, -9, 12,-21, -2,-20; /M: SY='I'; M= -7,-30,-24,-36,-29, 1,-36,-29, 41,-27, 21, 17,-24,-24,-23,-26,-18, -7, 33,-23, -3,-29; /M: SY='L'; M=-11,-30,-21,-32,-22, 13,-31,-21, 22,-30, 44, 19,-28,-29,-21,-21,-28,-10, 12,-18, 2,-22; /M: SY='Y'; M=-16,-18, -6,-20,-16, -1,-26, 7,-13, -6,-10, -6,-15,-28, -9, 5,-15,-11, -8, 0, 19,-16; /M: SY='H'; M= -3, -4,-23, -3, 13,-13,-19, 16,-16, -6,-12, -8, -4,-13, 1, -7, -2, -5,-12,-26, -4, 6; /M: SY='L'; M= -2,-27,-19,-29,-19, 6,-26,-19, 16,-26, 41, 19,-27,-27,-18,-19,-24, -9, 9,-20, -3,-18; /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='F'; M=-11,-16, -4,-22,-15, 12,-21,-12, -1, -7, 0, 5,-11,-19,-13, -1,-12, -8, -1,-11, 2,-14; D=-6; /I: I=-6; DM=-29; /M: SY='D'; M=-16, 20,-28, 28, 19,-18,-16, 4,-29, 3,-22,-19, 10,-12, 2, -3, -4,-10,-25,-28,-10, 11; /M: SY='G'; M= -1, -9,-30, -9,-17,-30, 61,-19,-39,-13,-30,-19, 0,-19,-17,-15, -1,-19,-29,-20,-28,-17; /M: SY='T'; M= -6, -8,-23, -9, -2,-21,-21,-15,-13, 7,-18, -8, -8, 7, 1, 0, 0, 10, -8,-26,-14, -2; /M: SY='R'; M=-14, -7,-28, -8, 1,-20,-21, 7,-21, 25,-15, 1, -3,-16, 6, 27,-13,-11,-16,-21, -4, 2; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='F'; M=-15,-21,-18,-30,-24, 52,-27,-16, -3,-23, 4, -3,-15,-25,-29,-16,-10, 5, -1, 2, 25,-24; /M: SY='G'; M= 1, 4,-21, 0, -6,-25, 21,-10,-28, -4,-30,-19, 15,-15, -6, -7, 15, -1,-22,-31,-22, -6; /M: SY='E'; M=-11, 13,-30, 22, 45,-34,-19, 2,-29, 9,-21,-17, 3, -4, 27, 1, 0,-10,-30,-29,-18, 36; /M: SY='L'; M=-11,-30,-22,-33,-23, 16,-32,-22, 24,-30, 39, 18,-27,-28,-22,-22,-27,-10, 13,-17, 3,-23; /M: SY='R'; M= -4, -4,-23, -8, -1,-19,-17, -9,-19, 18,-14, -8, 0,-15, 1, 21, -4, -1,-13,-23,-11, -1; /M: SY='R'; M=-17, 0,-29, 3, 9,-23,-19, -2,-30, 22,-21,-13, 2,-15, 9, 45, -6, -6,-21,-24,-12, 6; /M: SY='A'; M= 3, -8,-20,-15,-10,-12,-18,-15, -2, -4, 0, -1, -3,-17, -8, -4, -5, 0, -2,-24,-10,-10; /M: SY='I'; M=-11,-27,-16,-34,-25, 3,-32,-18, 28,-24, 24, 26,-22,-24,-15,-22,-22,-10, 16,-19, 2,-22; /I: I=-6; MD=-32; /M: SY='P'; M= -7,-16,-34, -9, -3,-26, -6,-17,-20,-10,-26,-17,-15, 64,-10,-17, -7,-10,-26,-25,-26,-10; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='G'; M= -7, 0,-25, -3,-10,-14, 17,-10,-23, -5,-20, -8, 6,-18,-10, -8, -2,-10,-20,-22,-15, -9; /M: SY='I'; M= -9,-29,-11,-38,-30, -2,-38,-30, 39,-29, 14, 14,-21,-24,-22,-29,-18, -9, 28,-25, -5,-30; /M: SY='T'; M= 2, -3,-14, -6, -5,-16,-13,-16,-15,-10,-20,-15, 1, 3, -6,-11, 23, 32, -7,-34,-16, -6; /M: SY='Q'; M=-11, 0,-28, 0, 17,-31,-20, 13,-22, 8,-19, -5, 1,-11, 36, 13, 0, -4,-25,-23, -8, 25; /M: SY='K'; M=-12, -4,-31, -3, 7,-28,-20, -9,-29, 39,-28,-11, -3, 1, 7, 31,-10,-10,-21,-21,-13, 6; /M: SY='M'; M= -8,-16,-18,-26,-18, -2,-21, -7, 15,-11, 13, 40,-15,-18, -4,-11,-11, 4, 9,-22, -2,-11; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='T'; M= 14, -7,-11,-14,-11,-13,-13,-19, -5,-12,-11, -9, -4,-12,-10,-15, 17, 23, 4,-29,-14,-11; /M: SY='Q'; M= -2, -4,-22, -6, 7,-20,-16, -4,-12, -3, -5, -4, -2,-15, 14, 1, -1, -4,-15,-25,-12, 10; /M: SY='R'; M= -9, -4,-24, -5, 6,-26,-17, -1,-22, 11,-20, -8, 1,-14, 24, 26, 5, 3,-19,-24,-11, 13; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='R'; M=-16, -6,-30, -6, 5,-25,-20, -1,-29, 32,-22, -9, 0,-16, 17, 53, -9,-10,-21,-20,-10, 7; /M: SY='E'; M= -2, 3,-26, 6, 36,-26,-17, -1,-20, 5,-14, -6, -4, -5, 18, -3, -1, -9,-21,-26,-16, 27; /M: SY='L'; M=-11,-29,-21,-29,-19, 8,-29,-19, 16,-26, 45, 18,-28,-29,-18,-13,-29,-10, 8,-20, -1,-19; /M: SY='E'; M= -9, 4,-27, 12, 45,-27,-21, -3,-21, 6,-16,-14, -4, -5, 18, -1, -1, -9,-20,-29,-18, 31; /M: SY='Q'; M= 5, -1,-20, -4, 10,-26,-14, -6,-18, 1,-17, -9, -1, -9, 18, 0, 9, 7,-15,-25,-14, 14; /M: SY='D'; M=-12, 25,-23, 33, 6,-27,-11, 7,-25, -5,-24,-19, 16,-15, -3, -9, 5, -4,-17,-38,-14, 1; /M: SY='G'; M= -2, -8,-29, -8,-11,-28, 53,-16,-34,-16,-25,-14, -1,-18,-14,-17, -1,-18,-27,-21,-27,-12; /M: SY='I'; M=-10,-30,-22,-35,-26, 14,-34,-25, 29,-29, 29, 16,-25,-26,-24,-24,-23, -9, 21,-17, 3,-26; /M: SY='I'; M= -8,-30,-21,-35,-29, 11,-34,-27, 33,-27, 19, 14,-25,-26,-26,-24,-18, -7, 30,-19, 1,-29; /M: SY='H'; M=-13, 23,-25, 19, 10,-24, -9, 32,-27, -2,-26,-15, 30,-16, 5, -2, 4, -7,-29,-36, -8, 6; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='E'; M= -7, -2,-24, 2, 12,-21,-21,-10, -7, -1,-12, -7, -5,-12, 5, -7, -1, -5, -4,-29,-13, 8; /M: SY='V'; M= 1,-21,-17,-20,-13, -9,-23,-22, 11,-14, -1, 4,-21, -8,-17,-17, -5, -2, 22,-29,-14,-16; /M: SY='Y'; M=-17,-22,-27,-22,-21, 25,-30, 10, 5,-13, 7, 3,-22,-30,-13,-12,-20, -9, -1, 18, 61,-21; /M: SY='P'; M= -6, -5,-29, -2, 1,-26,-13, -6,-21, -5,-29,-18, 1, 39, -4,-11, 4, -2,-25,-33,-22, -5; /M: SY='E'; M= -6, -3,-23, 0, 18,-24,-20, 5,-14, -1,-15, -7, -4,-12, 16, -3, 2, -5,-11,-29,-11, 17; /M: SY='V'; M= -4,-13,-15,-14,-19, -7,-26,-24, 15,-16, 2, 2,-16,-22,-21,-18, -3, 9, 27,-30,-10,-21; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='P'; M= -9,-18,-33,-11, 2,-22,-22,-19,-11,-11,-16,-12,-20, 52,-10,-17,-11, -9,-16,-29,-23, -7; /M: SY='R'; M=-15, -3,-30, -3, 5,-25,-20, 8,-30, 36,-25, -9, 1,-15, 10, 39,-10,-11,-21,-21, -6, 5; /M: SY='V'; M= -3,-26,-13,-26,-26, -3,-29,-14, 22,-19, 6, 9,-25,-29,-25,-17,-10, -3, 40,-30, -6,-26; /M: SY='E'; M=-10, 5,-30, 13, 49,-26,-22, -4,-21, 5,-15,-15, -2, -2, 15, -4, -2,-10,-23,-29,-18, 32; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20; /M: SY='S'; M= 2, -2, -3, -4, 1,-20, -9,-11,-22, -5,-25,-18, 4,-13, -1, -1, 24, 15,-11,-36,-18, -1; /M: SY='L'; M= -9,-28,-19,-28,-19, 8,-28,-19, 17,-29, 44, 17,-27,-29,-19,-19,-25, -8, 9,-21, -1,-19; /M: SY='T'; M= 2, 0,-10, -8, -8,-12,-17,-18,-12,-10,-13,-12, 2,-10, -8,-10, 23, 45, -2,-32,-12, -8; /M: SY='E'; M= -4, 6,-30, 15, 36,-30,-17, -6,-27, 3,-22,-20, -3, 16, 9, -7, -1, -9,-27,-30,-22, 21; /M: SY='R'; M= -7,-14,-24,-17, -8, -1,-21, -2,-12, 4, -2, -1,-10,-21, -6, 11,-13, -9, -9,-14, 4, -8; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='R'; M=-14, -2,-28, -1, 16,-22,-20, -3,-28, 21,-20,-13, 0,-12, 10, 38, -4, -3,-20,-24,-13, 11; /M: SY='S'; M= 5, 6,-17, 8, 9,-25, -8, -7,-21, -4,-23,-16, 5, -9, 8, -7, 20, 10,-15,-33,-18, 9; /M: SY='L'; M= -8,-30,-19,-31,-23, 7,-31,-23, 25,-28, 38, 18,-29,-29,-22,-21,-25, -8, 21,-22, -2,-23; /M: SY='Q'; M=-10, -8,-25, -9, 6, -6,-21, -3, -9, -2,-10, -1, -6,-14, 10, -4, -3, -6,-13,-15, 3, 8; /M: SY='P'; M= 5,-10,-31, -5, 1,-28, -8,-17,-21, -9,-24,-18,-12, 46, -8,-18, -3, -8,-23,-27,-26, -6; /M: SY='I'; M= 0,-24,-21,-28,-21, -5,-29,-25, 23,-14, 10, 9,-20,-21,-18,-17,-13, -6, 23,-23, -7,-21; /M: SY='L'; M= -9,-30,-21,-34,-26, 14,-33,-25, 28,-28, 29, 16,-26,-27,-24,-23,-22, -8, 22,-18, 2,-26; /M: SY='D'; M= -4, 2,-24, 5, 3,-22,-19,-10, -6, -8, -5, -5, -6,-15, 3,-11, -6, -7, -5,-27,-12, 3; /M: SY='A'; M= 15, -6,-19, -8, 10,-20,-13, -6,-10, -4, -9, -4, -9,-11, 2,-11, 1, -5, -5,-25,-15, 6; /M: SY='M'; M=-10,-25,-20,-30,-20, 5,-25,-10, 20,-20, 34, 41,-25,-25,-10,-15,-25,-10, 10,-20, 0,-15; /M: SY='C'; M= -4,-12, 23,-18,-12,-17,-21, 0,-18, -8,-13, -1,-11,-24, -3,-10, -8,-10,-12,-27, -7, -8; /M: SY='E'; M= -1, 9,-26, 13, 21,-32,-14, -4,-26, 13,-22,-14, 2, -8, 17, 3, 0, -8,-22,-26,-16, 19; /M: SY='W'; M=-19,-39,-47,-39,-29, 10,-21,-29,-16,-21,-12,-16,-39,-30,-20,-20,-39,-28,-26,131, 27,-20; /M: SY='G'; M= 5,-13,-28,-15,-20,-25, 47,-21,-25,-20,-21,-14, -4,-19,-19,-21, -1,-16,-19,-20,-25,-20; /M: SY='D'; M= -5, 11,-25, 17, 17,-28, -7, -6,-26, 6,-21,-12, 3, -9, 4, -3, 1, -7,-20,-30,-17, 10; /M: SY='E'; M= -4, 1,-24, 1, 4,-18,-10, -4,-14, -3, -9, -4, -1,-15, 4, -7, -3, -7,-15,-22, -7, 4; /M: SY='Y'; M=-17, -9,-29,-14,-13, 14,-21, 13,-10,-10,-10, -6, -3,-25, -4, -8,-14,-11,-18, 18, 36,-10; /M: SY='L'; M= -4,-20, -7,-23,-18, -9, -8,-19, -3,-17, 10, 5,-17,-25,-16,-13,-15,-11, -2,-24,-12,-18; /M: SY='E'; M= -8, 6,-30, 13, 23,-30, -7, -7,-28, -2,-26,-21, 2, 18, 3, -9, 1, -8,-28,-32,-24, 11; /M: SY='Q'; M=-13,-10,-30, -7, 6,-24,-21, 3,-18, 4,-15, -6, -8, 7, 14, 13, -8,-10,-20,-24,-12, 7; /M: M= -8,-13,-27,-12, -1,-18,-15, -5, -4,-12, -7, -3,-12, -4, -4,-13, -9,-10, -4,-26,-12, -4; /M: SY='D'; M=-12, 6,-25, 13, 13,-14,-18, -1,-15, -5, -7, -6, -3,-14, 1, -9, -4, -7,-16,-23, -1, 7; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 18 in 18 different sequences |
| Number of true positive hits | 18 in 18 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Archaea, Prokaryotes (Bacteria) |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | window20 |
| Author [info] | PS_Langendijk_Genevaux |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | HTH hxlR-type |
| Version [info] | 6 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
18 sequences
HXLR_BACSU (P42406), MALR_FUSMR (Q93K57), Y1285_METTH (O27346), Y1512_SYNY3 (P72979), Y3095_MYCTO (P9WMG2), Y3095_MYCTU (P9WMG3), Y3122_MYCBO (P0A649), Y655_HALH5 (Q9Z9W1), Y925_METJA (Q58335), YDEP_BACSU (P96673), YDZF_BACSU (O31494), YKVN_BACSU (O31679), YODB_BACSU (O34844), YTCD_BACSU (O34533), YTFH_ECOLI (P0ACN2), YTFH_SHIFL (P0ACN3), YVAP_BACSU (O32238), YYBR_BACSU (P37486)» more
|
| PDB [Detailed view] |
9 PDB
2HZT; 4A5M; 4A5N; 5HS7; 5HS8; 5HS9; 7BZD; 7BZE; 7BZG |