PROSITE entry PS51119

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	TAFH
Accession [info]	PS51119
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-MAY-2005 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51119
Associated ProRule [info]	PRU00440

Name and characterization of the entry

Description [info]

TAFH/NHR1 domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=98;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=93;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8619466; R2=0.0130077; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=8079.7114258; R2=9.9848614; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=626; H_SCORE=14330; N_SCORE=10.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=357; H_SCORE=11644; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='A';  M= 18,-13,-18,-19, -7,-16,-12,-11, -3, -9,  2,  8,-13,-15,  5,-12, -3, -5, -3,-20,-11, -1;
/M: SY='R';  M=-12, -4,-30,  0, 15,-25, -1, -4,-32, 13,-22,-15,  0,-14,  7, 28, -5,-12,-25,-23,-18,  8;
/M: SY='N';  M=-10, 14,-22,  3,  0,-17,-12,  3,-10, -5, -8, -6, 25,-20,  9, -3, -2, -5,-20,-31,-13,  4;
/M: SY='V';  M= -2,-24,-12,-26,-23,  0,-28,-26, 19,-20, 15,  8,-24,-26,-23,-18, -8,  9, 30,-28, -8,-23;
/M: SY='K';  M= -1,  0,-21,  0,  5,-25,-11,-10,-25, 22,-30,-15,  5,-10,  5, 11, 13,  4,-15,-29,-15,  5;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='C';  M=-10,-22, 55,-30,-25, -8,-28,-21, -7,-25,  5,  8,-22,-33,-21,-23,-17,-10, -1,-36,-16,-23;
/M: SY='R';  M=-15, -5,-30, -5,  5,-25,-20, -5,-30, 41,-25,-10,  0,-15, 10, 48,-10,-10,-20,-20,-10,  5;
/M: SY='K';  M=-12, 10,-27,  4,  5,-25,-14, -1,-27, 30,-28,-13, 19,-15,  7, 29, -4, -7,-23,-26,-13,  5;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='A';  M= 21, -6,-15,-12,-11,-20, 12,-18,-19,-12,-18,-14, -2,-12,-11,-16, 14,  9, -9,-25,-20,-11;
/M: SY='T';  M=  8,  3,-14, -9,-10,-13,-11,-10, -7, -8, -9,  0,  7,-14, -6,-10,  9, 17, -5,-28,-13, -8;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='I';  M= -8,-23,-25,-29,-19, -9,-33,-21, 29,-19,  9, 13,-18,-20, -5,-19,-13, -8, 21,-22, -5,-14;
/M: SY='Q';  M=-10,  2,-30,  4, 25,-35,-20,  1,-25, 23,-23, -8,  0, -8, 35, 14, -3,-10,-27,-22,-12, 30;
/M: SY='F';  M=-15,-30,-20,-35,-25, 43,-30,-20, 11,-30, 31, 11,-25,-30,-29,-20,-25,-10,  5, -6, 14,-25;
/M: SY='S';  M= 20, -5,-14, -9, -8,-22, 16,-15,-21,-12,-24,-17,  1,-12, -8,-15, 22,  5,-11,-29,-22, -8;
/M: SY='N';  M= -5,  6,  5, -3, -2,-23,-14, -6,-20, -6,-22,-13, 12,-17,  7, -6, 11, 10,-17,-35,-17,  2;
/M: SY='E';  M= -8, 11,-24, 18, 19,-27,-11, -3,-29,  6,-25,-20,  8,-10,  7, 10, 11,  0,-21,-33,-18, 12;
/I:         I=-5; MD=-25;
/M: SY='L';  M= -5,-17,-21,-19,-18, -7,  6,-18,  3,-20,  7,  3,-12,-18,-16,-18,-12,-11,  0,-16,-10,-18; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-25;
/M: SY='G';  M=  2, -2,-16, -2, -3,-20, 14,-10,-22, -1,-24,-14,  4,-10, -3, -4, 14,  1,-14,-24,-17, -3; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-25;
/M: SY='Q';  M= -8,  2,-23,  4, 24,-29,-16,  6,-18,  8,-16, -4,  0, -6, 38,  6,  0, -8,-23,-18,-10, 31; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-25;
/M: SY='P';  M=  1, -4,-12, -2,  0,-13, -4, -8,-11, -5,-16,-11, -1, 16, -2, -8, 11,  4,-10,-19,-13, -2; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='P';  M= -8,-13,-33, -8,  1,-27,-20,-18,-21,  3,-27,-16,-13, 53, -6, -8, -5, -1,-23,-28,-23, -6;
/M: SY='E';  M=-10,  4,-32, 14, 47,-30,-20, -4,-28,  6,-22,-20, -4, 19, 14, -4, -2,-10,-30,-30,-22, 29;
/M: SY='V';  M= -4,-24,-16,-29,-25, -2,-29,-23, 27,-19, 11, 18,-22,-23,-20,-19, -9,  4, 31,-26, -6,-24;
/M: SY='G';  M=  8, -3,-22, -3,  4,-26, 23,-13,-28,-10,-25,-18,  1,-12, -5,-13, 11, -5,-21,-27,-24, -1;
/M: SY='E';  M= -1,  3,-27,  6, 32,-30,-17, -4,-25, 16,-21,-13, -2, -5, 20,  5, -1, -8,-23,-25,-16, 26;
/M: SY='R';  M=-15, 17,-25,  6,  0,-20, -9,  5,-25, 14,-25,-15, 32,-20,  5, 33,  1, -5,-25,-31,-15,  0;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='R';  M=-17, -7,-30, -7,  3,-23,-20, -3,-30, 36,-23,-10,  0,-17, 10, 57,-10,-10,-20,-20,-10,  3;
/M: SY='T';  M=  9, -1,-16, -6,  4,-19,-15,-15,-16,  3,-15,-12, -2, -8, -2, -4, 10, 19, -8,-26,-14,  1;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='V';  M= -2,-30,-14,-32,-30,  0,-32,-30, 34,-22, 12, 12,-28,-28,-28,-22,-12, -2, 46,-28, -8,-30;
/M: SY='Q';  M=-10,-12,-25,-11,  8,-15,-25, -6, -3, -9, 13,  6,-14,-18, 16, -6,-14,-10,-11,-22, -7, 12;
/M: SY='E';  M= -3,  6,-24,  5, 12,-28,  8, -4,-27, -3,-26,-17, 11,-12, 10, -5, 11, -3,-25,-30,-21, 11;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='V';  M= -6,-28, 18,-30,-27, -2,-30,-27, 12,-26, 15,  6,-28,-32,-27,-22,-16, -6, 23,-32,-12,-27;
/M: SY='N';  M= -8, 34,-21, 31,  6,-26, -3,  2,-26, -2,-30,-23, 35,-14,  0, -6, 14,  2,-25,-40,-20,  3;
/M: SY='G';  M= 21, -8,-18,-12,-12,-24, 27,-18,-24,-14,-22,-16, -2,-14,-12,-18, 13, -3,-14,-24,-24,-12;
/M: SY='N';  M= -3,  9,-19,  2,  1,-21,-11, -8,-21, 11,-26,-15, 15,-12,  1,  5, 13, 13,-15,-31,-15,  1;
/M: SY='I';  M= -8,-30,-23,-36,-28,  2,-36,-28, 39,-28, 25, 18,-24,-24,-22,-26,-20, -8, 30,-22, -2,-28;
/M: SY='E';  M= -3,  5,-21,  8, 30,-23,-15, -7,-23,  1,-20,-18,  2, -5,  8, -5, 14, 11,-18,-32,-18, 19;
/M: SY='A';  M= 12,-21,-21,-25,-17,-13,-21,-25, 11,-17, -3, -1,-19,  5,-17,-22, -6, -4, 12,-25,-15,-19;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='E';  M=-12, 16,-30, 28, 54,-32,-18,  0,-32,  8,-22,-22,  3, -2, 17, -2,  0,-10,-30,-32,-20, 35;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='H';  M=-11, -7,  9,-12,-10,-17,-22, 10,-24, -5,-17,-10, -2,-21, -5,  7,  0,  7,-14,-32, -8,-10;
/M: SY='D';  M= -6,  2,-20,  6, -1,-17,-13, -9,-16, -6, -9,-11,  1,-17, -3,  1,  6,  1,-11,-32,-13, -3;
/M: SY='R';  M=  1, -6,-25, -9,  1,-24,-15, -9,-25, 28,-21,-10, -2,-14,  5, 33, -5, -8,-15,-20,-12,  1;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='Q';  M=-13, -4,-30, -2, 16,-16,-23, 11,-16,  4,-14, -4, -6,-14, 29,  1, -6,-10,-24, -6, 16, 21;
/M: SY='E';  M=-12, -4,-27,  1, 23,-21,-22, -5,-20, 12,-15,-11, -5,-12,  8, 22, -5, -8,-13,-26,-15, 14;
/M: SY='A';  M= 18, -8,-19, -9, 10,-17,-13,-14,-10, -8,  0, -7,-11,-11, -3,-14, -2, -5, -7,-23,-16,  4;
/M: SY='L';  M= -8,-23,-20,-28,-20,  3,-30,-22, 21,-26, 29, 13,-21,-23,-18,-20,-16,  3, 13,-22, -2,-20;
/M: SY='N';  M=-10, 33,-22, 17,  2,-22, -3,  7,-22,  8,-30,-18, 50,-18,  2,  5,  7, -2,-28,-37,-18,  2;
/M: SY='F';  M=  7,-16,-15,-21,-14, 10,-14,-17, -4,-19,  3, -4,-11,-19,-16,-17,  3,  2, -1,-20, -4,-14;
/M: SY='P';  M=  1, -9,-24, -5,  0,-25, -9,-15,-20,-10,-30,-20, -4, 37, -5,-15, 17,  6,-19,-35,-25, -5;
/M: SY='P';  M=-10,-25,-31,-19, -9,-11,-25,-20, -1,-19,  7, -1,-25, 34,-15,-20,-19,-10,-11,-25,-16,-15;
/M: SY='R';  M=-15, -5,-30, -5, 11,-31,-20,  5,-25, 19,-20, -5,  0,-15, 37, 38, -5,-10,-25,-20,-10, 21;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='Y';  M=-18,-19,  5,-23,-21, 22,-28, 14,-12,-19, -5, -4,-15,-30,-18,-15,-16,-12,-11, -2, 35,-21;
/M: SY='L';  M= -5,-30,-15,-30,-25,  5,-30,-25, 25,-25, 31, 15,-30,-30,-25,-20,-21, -5, 29,-25, -5,-25;
/M: SY='V';  M= -4,-30,-19,-34,-30,  0,-34,-30, 39,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 41,-26, -6,-30;
/M: SY='P';  M= -8,-18,-38,-10, -4,-30, -1,-20,-24,-12,-30,-20,-16, 66,-12,-20, -8,-12,-30,-28,-30,-12;
/M: SY='F';  M=-18,-30,-20,-38,-28, 63,-30,-20,  5,-30, 20,  5,-22,-30,-35,-20,-22,-10,  2,  3, 23,-28;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='K';  M=  2,  6,-23, -1,  2,-24,-11, -6,-23, 21,-24,-12, 12,-14,  3, 18, -1, -5,-18,-25,-15,  2;
/M: SY='S';  M=  6,  9,-12,  4,  0,-20,  0, -6,-20, -8,-30,-20, 21,-12,  0, -8, 33, 16,-14,-40,-20,  0;
/M: SY='L';  M= -8,-30,-21,-32,-24,  6,-32,-24, 29,-28, 36, 18,-28,-28,-22,-22,-24, -8, 22,-22, -2,-24;
/M: SY='P';  M=  6,-19,-28,-16, -7,-23,-17,-22, -9,-12,-18,-13,-19, 46,-13,-20, -5, -6, -9,-28,-24,-13;
/M: SY='L';  M=  9,-24,-17,-27,-17,  0,-20,-20, 10,-24, 31, 10,-24,-24,-17,-20,-17, -7,  7,-20, -6,-17;
/M: SY='L';  M= -8,-30,-18,-30,-22,  8,-30,-22, 22,-28, 40, 18,-30,-30,-22,-20,-25, -8, 20,-22, -2,-22;
/M: SY='R';  M=-15, -5,-30, -5,  9,-29,-20,  5,-25, 21,-20, -5,  0,-15, 33, 42, -5,-10,-25,-20,-10, 19;
/M: SY='R';  M=-15, -5,-30, -5, 11,-31,-20,  5,-25, 19,-20, -5,  0,-15, 37, 38, -5,-10,-25,-20,-10, 21;
/M: SY='E';  M=  3, -7,-22, -5, 19,-15,-19,-11,-10, -7,  4, -5,-12,-12,  1,-11, -7, -8,-11,-25,-14, 10;
/M: SY='L';  M= -8,-25,-21,-29,-21,  5,-31,-22, 23,-27, 34, 15,-23,-25,-18,-21,-20, -1, 13,-22, -2,-21;
/M: SY='L';  M=-12,-25,-29,-21,-14,  2,-27,-11,  3,-19, 14,  3,-25,  8,-15,-18,-21,-10, -7,-12,  8,-17;
/M: SY='H';  M=  3, 12,-19,  7, -2,-21,-10, 15,-21, -7,-19,-12, 13,-14, -2, -9,  6,  5,-16,-31, -9, -3;
/M: SY='C';  M= -4,-12, 12,-14, -9,-15,-18,-17,-15, -6, -8, -8, -9,-22, -9, -8,  1,  0, -7,-33,-15, -9;
/M: SY='A';  M= 27, -4,-18, -8, 10,-26, -8,-11,-16, -2,-14,-10, -6, -8,  8,-11,  6, -4,-12,-22,-18,  9;
/M: SY='R';  M= -2,-13,-21,-14, -6,-14,-16, -9,-15,  4, -5, -5, -6,-19, -1, 24, -3, -3, -9,-23,-11, -6;
/M: SY='F';  M=  4,-25,-15,-31,-23, 23,-23,-22,  9,-23, 14,  4,-22,-25,-26,-20,-13, -5, 13,-13,  3,-23;
/M: SY='I';  M=  6,-18,-21,-28,-21, -7,-26,-25, 22,-21,  6,  6,-13,-15,-15,-23, -4,  7, 16,-22, -7,-21;
/M: SY='Q';  M=-10, 12,-28,  9, 22,-31,-15,  3,-24, 17,-25,-11, 15,-10, 26, 10,  0, -8,-28,-27,-15, 24;
/M: SY='Q';  M= -8, -2,-30, -2, 11,-38, -1,  4,-24,  4,-22, -4,  0,-12, 43,  4,  0,-12,-30,-20,-14, 27;
/M: SY='S';  M= -2, -1,  5, -9,-12,-16,-14,-13, -7,-15,-18,-11, 10,-19, -9,-15, 12,  4, -6,-37,-17,-12;
/M: SY='P';  M=  6,-12,-24,-12, -2,-24,-17,-15,-11,  4,-17, -7,-12,  9,  2, -5, -4, -6, -7,-24,-17, -1;
/M: SY='Q';  M=  3,-14,-25,-14, -1,-21,-18,-10, -8, -8, -3, -2,-14,  7, 10,-10, -7, -8,-14,-22,-14,  3;
/M: SY='Q';  M=-10, -4,-32, -2, 16,-38,-20,  4,-20,  6,-22, -4, -4, 12, 45,  4, -2,-10,-30,-22,-14, 29;
/M: SY='Y';  M=-13,-17,-30,-15,-11,  1,-25, -1, -9,-10,-13, -9,-17, 17,-10,-14,-10,  0,-16, -2, 25,-15;
/M: SY='V';  M= -4,-17,-21,-15, -7,-14,-21,-14,  1,-13,  0,  1,-15, -4,  0,-12, -4, -3,  2,-27,-12, -5;
/M: SY='S';  M=  7, -5,-19, -8, -5,-19,-12,  8,-18,-10,-19,-11, -1,  3, -4,-12, 10, 10,-13,-29,-10, -6;
/M: SY='B';  M=-10,  9,-25,  9,  1,-25,-16, -5,-13, -4,-19,-11,  8, -2,  5, -7, -1, -5,-13,-32,-17,  3;
/M: SY='H';  M=-11,  0,-21, -8, -9, -9,-17, 17, -5,-12,  1,  8,  7,-21, -4, -8, -7, -1,-10,-29, -2, -8;
/M: SY='E';  M= -3, -3,-24,  2, 19,-23,  1,-11,-21, -5,-19,-15, -4,-11,  0, -9,  4, -6,-14,-29,-20,  9;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_05 which contains 572'214 sequence entries.

Total number of hits	13 in 13 different sequences
Number of true positive hits	13 in 13 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	PS_Langendijk_Genevaux
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	TAFH/NHR1
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

13 sequences

MTG16_CHICK (Q5F3B1), MTG16_HUMAN (O75081), MTG16_MOUSE (O54972),

MTG8R_HUMAN (O43439), MTG8R_MOUSE (O70374), MTG8R_XENLA (Q9IAB2), 
MTG8_HUMAN  (Q06455), MTG8_MOUSE  (Q61909), TAF4B_HUMAN (Q92750), 
TAF4B_MOUSE (G5E8Z2), TAF4_CAEEL  (O61707), TAF4_DROME  (P47825), 
TAF4_HUMAN  (O00268)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

34 PDB

2H7B; 2KNH; 2P6V; 2PP4; 5ECJ; 6MZC; 6MZD; 6MZL; 6MZM; 7EDX; 7EG7; 7EG8; 7EG9; 7EGA; 7EGB; 7EGC; 7EGD; 7EGE; 7EGF; 7EGG; 7EGI; 7EGJ; 7ENA; 7ENC; 8GXQ; 8GXS; 8WAK; 8WAL; 8WAN; 8WAO; 8WAP; 8WAQ; 8WAR; 8WAS
» more