Entry: PS51185

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] WHEP_TRS_2
Accession [info] PS51185
Entry type [info] MATRIX
Date [info] MAR-2006 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); OCT-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00614
Associated ProRule [info] PRU00531

Name and characterization of the entry

Description [info] WHEP-TRS domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=57;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=57;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4966421; R2=0.0045687; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3302.92857; R2=22.04464; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1315; N_SCORE=8.5; H_SCORE=27442; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=877; N_SCORE=6.5; H_SCORE=22614; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-18; D=-100; I=-100; B1=-500; E1=-500; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;
...
                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='D'; M= -1,-49, 46, 16,-51,  0,-19,-22, 10,-28,-16,-16,-21, 27, -4, 35, -1,-37,-57,-42;
/M: SY='L'; M= 17,-35,-21,-14,-36,-12,-31, 18, -2, 23,-24,-40, 17,-29, 11, -2,-21, 20,-52,-31;
/M: SY='A'; M= 43,-45,  4, 20,-46,-22,-37,-38, 28,  2,  5, -4,-22,  8,-29,  3,-16,-22,-53,-42;
/M: SY='E'; M= 37,-23, 31, 41,-53,-33,-36,-41,-22,-34,-41,-22, 35, 17,-36,  6, -3,-19,-57,-46;
/M: SY='L'; M=  1,-45,-35,-31,-13,-56,-45, 30,-27, 64, -5,-51,-37,-43,-28,-45,-23, -3,-48,-31;
/M: SY='Y'; M=-15,-51,-27, 29, 11,-47,-29,-38,-23, -1, -4, -4,-46, 28, 40, -6,  6,-28, 18, 47;
/M: SY='E'; M= 21,-47, 32, 36,-48,-32, -9,-42, 20, -1,-36, 21,-41, 20,-29,  6, -9,-27,-56,-42;
/M: SY='E'; M= 35,-19,-30, 37,-49,-39,-35,-16, 29,-17,-35,-20,-41, 30, 15, 10,-30,-15,-52,-42;
/M: SY='V'; M=-29,-47,-58,-53,-27,-61,-58, 64,-47, -1,-15,-52,-52,-49,-10,-44,-30, 66,-56,-35;
/M: SY='A'; M= 36,-47, 12, 27,-52,-38,-34,-22, 32,-45,-39, 16,-40, 23, 14,-21, 15,-24,-55,-43;
/M: SY='E'; M= 32,-23, -1, 53,-51,-40,-23,-33, 11,-20,-37,-31,-39, 44,-28,  2,-14, -8,-54,-43;
/M: SY='Q'; M=-35,-59,-31,-12,-57,-44,-23,-47, -6,-30,  3,-27,-43,112, 10,-26,-37,-50,-46, -7;
/M: SY='G'; M= 11,-50,  7,-44,-57, 86,-13,-62,-43,-59,-49,-25,-43,-40,-50,-24,-41,-55,-51,-51;
/M: SY='D'; M=  3,-50, 70, 48,-55,-31,-29,-51,-26,-27,-46, 47,-41,-19,-20,-28,-15,-40,-65,-46;
/M: SY='K'; M= 10,-46,-41,  4,-17,-49,  3, -5, 42, 37,-21,-33,-47,-23,-16,-36,-19, 20,-50,-35;
/M: SY='V'; M=-17,-42,-58,-52,-29,-59,-61, 29,-50,-14,-17,-53,-53,-52,-52,-41,-27, 86,-62,-37;
/M: SY='R'; M=-11,-57,-38,-26,-52,-50,-28,-57,  2,-50,-39,-32,-50, 12,101,-34,-40,-50,-51,-38;
/M: SY='K'; M= -5,-52, 41, 34,-56,-12,-31,-53, 45,-51,-43,-24,-39, 41, 16,  3,-12,-38,-55,-43;
/M: SY='L'; M=-13,-44,-59,-51,-18,-59,-44,  7,-52, 77,  4,-57,-58,-45,-50,-50,-37, -7,-47,-30;
/M: SY='K'; M=-38,-53,-31,-17,-54,-45,-33,-55, 96,-53,-41,-23,-39,-15, 17,-32,-33,-50,-48,-41;
/M: SY='A'; M= 57,-42,-34, 15,-51, 16,-39,-42,-33,-44,-16,-22,-40, 16,-38, 29,  4,-13,-53,-45;
/M: SY='E'; M= 31,-48, 17, 43,-56,-16,-33,-51, 39,-50,-42,-13,-38, 33,-13, 10,-15,-44,-53,-44;
/M: SY='K'; M=-36,-51, 26,-20,-55, 17,-32,-55, 76,-55,-44, 28,-40, -5,  1,-29, -7,-51,-53,-43;
/M: SY='A'; M= 75,-39,-19,-24,-51,-20,-42,-42,-11,-44,-38,-16, -6,-32,-39, 13,  0,-27,-53,-46;
/M: SY='P'; M= 16,-50, 35, 23,-56,-35,-36,-51, 16,-54,-46,-27, 61,-26,-33, 44,-26,-46,-57,-47;
/I:         I=-26; MD=-65;
/M: SY='K'; M= -6,-51, -6,  1,-55,-41,-35,-51, 71,-51,-10,-26, 22, 20, -3, 17, -9,-47,-52,-43; D=-26;
/I:         I=-26; MI=0; MD=-65; IM=0; DM=-65;
/M: SY='E'; M= 20,-49, 35, 42,-52,-13,-34,-12,-28,-38,-39,  2, -6, 37,-35, 14, -3, -9,-57,-44;
/M: SY='E'; M=  3,-50, 42, 49,-49,-41,-35,-21,  6,-19,-36,-29,-40, 39,-30,-29,  7, 16,-58,-42;
/M: SY='W'; M=-18,-48,-57,-53,-27,-57,-58, 66,-49,  1,-17,-49,-50,-48,-53,-19,  9, 46, 67,-31;
/I:         I=-30; MI=0; MD=-77; IM=0; DM=-77;
/M: SY='D'; M= -1,-51, 74, 10,-57,-30,-31,-53, 40,-53,-47,  4,-40, 19,-24,-22, 16,-48,-62,-44;
/M: SY='A'; M= 42,-48, 25, 34,-54,-29,-37,-36, 19,-48,-41,-30, 33,  3, -8,  7,-30,-21,-55,-46;
/M: SY='A'; M= 68,-43,-27, 57,-54,-33,-38,-47,-28,-46,-40,-35,-38,-14,-13,-13,-30,-35,-53,-47;
/M: SY='V'; M=-30,-43,-59,-54,-28,-61,-61, 44,-51,-13,-16,-53,-53,-52,-53,-43,-27, 83,-60,-36;
/M: SY='A'; M= 45,-45, -3,  8,-53, -7,-35,-46, 43,-48,-40, 33,-41, 17,-24,-15,  0,-24,-54,-44;
/M: SY='K'; M=-15,  9,-30, 33,-46,-47,-35,  2, 60,-13, 23,-12,-40, 19, -8,-32,  9,-26,-51,-40;
/M: SY='L'; M=-42,-44,-60,-52,-16,-61,-43, -7,-53, 81, 16,-59,-59,-46,-50,-53,-38,-15,-46,-28;
/M: SY='L'; M=-41,-46,-49,-41,-23,-55,-40,-15, 33, 69,-11, -7,-54,-37,-33,-31,-36,-17,-48,-32;
/M: SY='A'; M= 42,-46, 25, 36,-53,-35,-35,-31, 21,-47,-41,-24,-39, 20,-29, 31,-15,-27,-55,-44;
/M: SY='L'; M=-12,-46,-54,-46,-21,-35,-40,-14,-20, 70, 10,-51,-56,-39, 19,-46,-38,-20,-46,-13;
/M: SY='K'; M=-38,-52,-29,  3,-54,-45,-33,-55, 96,-53,-41,-23,-38,-15,  0,-32,-33,-50,-48,-41;
/M: SY='K'; M= 46,-44,-35, -8,-46,-31,-18,-38, 47,-10, 14, 18,-43,-13,  8,-26, -9,-13,-52,-41;
/M: SY='Q'; M=-13,-51, 17, 39,-41,-42,  1,-37, 14,-17,-36,  4,-40, 67,-25, 10,  7,-20,-54,-39;
/M: SY='Y'; M=-32,-50,-52,-49, 29,-56,-28,-19,-18, 50,-15,-51,-58,-41,-42,-46,-39,-16,-21, 86;
/M: SY='K'; M= 16,-19,-16, 30,-54, 17,-36,-53, 68,-41,-42,-27,-39, -5,-15, -3,-32,-46,-50,-44;
/M: SY='E'; M= 27,-47, 23, 31,-51, 15, 22,-47,  2,-21,-40,-16,-22, -2,-11, 14, 12,-36,-56,-42;
/M: SY='V'; M= 33,-44, 13,-34,-38,-15,-43,-12, 29, 17, 14,-37,-46,-35,-27,-32,-14, 33,-54,-39;
/M: SY='T'; M=-10,-45, -1, 53,-48,-14,-36,-32,-10,-42, 13,-26,-35,-10,-34,  5, 66,-29,-58,-43;
/M: SY='G'; M=-22,-51,-36, 10,-48, 73,-42,-19,  0,  1,-38,-20,-43,-14,-25, -7,-39,-44,-50,-46;
/M: SY='K'; M=  6,-49,-29, 28,-53, -8,-34,-38, 44,-48,-40,-10, -7, 37, 16, 22, -2,-16,-52,-42;
/M: SY='D'; M=-27,-52, 64, 30,-47,-34, -2,-42,-30, 13,-37,-25, 24, 11,-21, 14, -4,-42,-60,-41;
/M: SY='Y'; M=  4,-53,-42,-28,  8,-15,  4,-31, 12,-28,-32,-25, -1, 26, -7,-23,-11,-12, 65, 74;
/M: SY='K'; M=  6,-50, -8, -2, 10,-43,-38,-35, 61,-17,-37,-32, 46,-15,-18, -9, -6,-23, -9,-37;
/M: SY='P'; M= 38,-50,-41,-19,-18,-24,-43,-21, 26,-43,-37,-39, 73,-25,-19,-19,-20,  6,-51,-28;
/M: SY='P'; M= -3,-51, 28,-13,-32, 44,-43,-15,-28,-10,-37, -9, 53,-39,-46,-16,-34, 12,-55,-46;
/M: SY='C'; M= 22, 38,  8,-31,-49, 12,-30,-42, 17,-29,-24,  8,  4, 10,-34, 29, 12,-11,-57,-44;
/M: SY='P'; M= 28,  3,-39,-35,-46, -8,-42, -1,  2,-13,-34, -7, 49, -1,-21, 18, 23,-11,-54,-44;
/M: SY='P'; M= 17,-50,-39,-32,  8,-25,-41,-40, 23,-45,-39,-20, 76,-18,-10, 10,  7, -9,-50,-41;
/I:         E1=0; IE=-255; DE=-255;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_11 which contains 547'085 sequence entries.


Total number of hits 37 in 28 different sequences
Number of true positive hits 37 in 28 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 1
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] V_Lesaux
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 6
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] WHEP-TRS
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
28 sequences

SYEP_CRIGR  (Q7SIA2), SYEP_DROME  (P28668), SYEP_HUMAN  (P07814), 
SYEP_MOUSE  (Q8CGC7), SYGM1_ARATH (O23627), SYG_BOMMO   (Q04451), 
SYG_CAEEL   (Q10039), SYG_HUMAN   (P41250), SYG_MOUSE   (Q9CZD3), 
SYG_PONAB   (Q5RBL1), SYHC_BOVIN  (Q2KI84), SYHC_HUMAN  (P12081), 
SYHC_MESAU  (P07178), SYHC_MOUSE  (Q61035), SYHC_PONAB  (Q5R4R2), 
SYH_SCHPO   (O43011), SYMC_BOVIN  (Q2T9L8), SYMC_HUMAN  (P56192), 
SYMC_MOUSE  (Q68FL6), SYMC_XENLA  (Q6PF21), SYNC1_ARATH (Q9SW96), 
SYNC3_ARATH (Q9SSK1), SYWC_BOVIN  (P17248), SYWC_HUMAN  (P23381), 
SYWC_MOUSE  (P32921), SYWC_PONAB  (Q5R4J1), SYWC_RABIT  (P23612), 
SYWC_RAT    (Q6P7B0)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
'Partial' sequences
1 sequence

SYG_RAT     (Q5I0G4)

		

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission