PROSITE entry PS51185

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	WHEP_TRS_2
Accession [info]	PS51185
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-MAR-2006 CREATED; 13-FEB-2019 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00614
Associated ProRule [info]	PRU00531

Name and characterization of the entry

Description [info]

WHEP-TRS domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=57;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=57;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4966421; R2=0.0045687; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=6066.1040039; R2=3.2124279; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1315; H_SCORE=10290; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=877; H_SCORE=8883; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-18; D=-100; I=-100; B1=-500; E1=-500; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;

...

                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='D';  M= -1,-49, 46, 16,-51,  0,-19,-22, 10,-28,-16,-16,-21, 27, -4, 35, -1,-37,-57,-42;
/M: SY='L';  M= 17,-35,-21,-14,-36,-12,-31, 18, -2, 23,-24,-40, 17,-29, 11, -2,-21, 20,-52,-31;
/M: SY='A';  M= 43,-45,  4, 20,-46,-22,-37,-38, 28,  2,  5, -4,-22,  8,-29,  3,-16,-22,-53,-42;
/M: SY='E';  M= 37,-23, 31, 41,-53,-33,-36,-41,-22,-34,-41,-22, 35, 17,-36,  6, -3,-19,-57,-46;
/M: SY='L';  M=  1,-45,-35,-31,-13,-56,-45, 30,-27, 64, -5,-51,-37,-43,-28,-45,-23, -3,-48,-31;
/M: SY='Y';  M=-15,-51,-27, 29, 11,-47,-29,-38,-23, -1, -4, -4,-46, 28, 40, -6,  6,-28, 18, 47;
/M: SY='E';  M= 21,-47, 32, 36,-48,-32, -9,-42, 20, -1,-36, 21,-41, 20,-29,  6, -9,-27,-56,-42;
/M: SY='E';  M= 35,-19,-30, 37,-49,-39,-35,-16, 29,-17,-35,-20,-41, 30, 15, 10,-30,-15,-52,-42;
/M: SY='V';  M=-29,-47,-58,-53,-27,-61,-58, 64,-47, -1,-15,-52,-52,-49,-10,-44,-30, 66,-56,-35;
/M: SY='A';  M= 36,-47, 12, 27,-52,-38,-34,-22, 32,-45,-39, 16,-40, 23, 14,-21, 15,-24,-55,-43;
/M: SY='E';  M= 32,-23, -1, 53,-51,-40,-23,-33, 11,-20,-37,-31,-39, 44,-28,  2,-14, -8,-54,-43;
/M: SY='Q';  M=-35,-59,-31,-12,-57,-44,-23,-47, -6,-30,  3,-27,-43,112, 10,-26,-37,-50,-46, -7;
/M: SY='G';  M= 11,-50,  7,-44,-57, 86,-13,-62,-43,-59,-49,-25,-43,-40,-50,-24,-41,-55,-51,-51;
/M: SY='D';  M=  3,-50, 70, 48,-55,-31,-29,-51,-26,-27,-46, 47,-41,-19,-20,-28,-15,-40,-65,-46;
/M: SY='K';  M= 10,-46,-41,  4,-17,-49,  3, -5, 42, 37,-21,-33,-47,-23,-16,-36,-19, 20,-50,-35;
/M: SY='V';  M=-17,-42,-58,-52,-29,-59,-61, 29,-50,-14,-17,-53,-53,-52,-52,-41,-27, 86,-62,-37;
/M: SY='R';  M=-11,-57,-38,-26,-52,-50,-28,-57,  2,-50,-39,-32,-50, 12,101,-34,-40,-50,-51,-38;
/M: SY='K';  M= -5,-52, 41, 34,-56,-12,-31,-53, 45,-51,-43,-24,-39, 41, 16,  3,-12,-38,-55,-43;
/M: SY='L';  M=-13,-44,-59,-51,-18,-59,-44,  7,-52, 77,  4,-57,-58,-45,-50,-50,-37, -7,-47,-30;
/M: SY='K';  M=-38,-53,-31,-17,-54,-45,-33,-55, 96,-53,-41,-23,-39,-15, 17,-32,-33,-50,-48,-41;
/M: SY='A';  M= 57,-42,-34, 15,-51, 16,-39,-42,-33,-44,-16,-22,-40, 16,-38, 29,  4,-13,-53,-45;
/M: SY='E';  M= 31,-48, 17, 43,-56,-16,-33,-51, 39,-50,-42,-13,-38, 33,-13, 10,-15,-44,-53,-44;
/M: SY='K';  M=-36,-51, 26,-20,-55, 17,-32,-55, 76,-55,-44, 28,-40, -5,  1,-29, -7,-51,-53,-43;
/M: SY='A';  M= 75,-39,-19,-24,-51,-20,-42,-42,-11,-44,-38,-16, -6,-32,-39, 13,  0,-27,-53,-46;
/M: SY='P';  M= 16,-50, 35, 23,-56,-35,-36,-51, 16,-54,-46,-27, 61,-26,-33, 44,-26,-46,-57,-47;
/I:         I=-26; MD=-65;
/M: SY='K';  M= -6,-51, -6,  1,-55,-41,-35,-51, 71,-51,-10,-26, 22, 20, -3, 17, -9,-47,-52,-43; D=-26;
/I:         I=-26; MI=0; MD=-65; IM=0; DM=-65;
/M: SY='E';  M= 20,-49, 35, 42,-52,-13,-34,-12,-28,-38,-39,  2, -6, 37,-35, 14, -3, -9,-57,-44;
/M: SY='E';  M=  3,-50, 42, 49,-49,-41,-35,-21,  6,-19,-36,-29,-40, 39,-30,-29,  7, 16,-58,-42;
/M: SY='W';  M=-18,-48,-57,-53,-27,-57,-58, 66,-49,  1,-17,-49,-50,-48,-53,-19,  9, 46, 67,-31;
/I:         I=-30; MI=0; MD=-77; IM=0; DM=-77;
/M: SY='D';  M= -1,-51, 74, 10,-57,-30,-31,-53, 40,-53,-47,  4,-40, 19,-24,-22, 16,-48,-62,-44;
/M: SY='A';  M= 42,-48, 25, 34,-54,-29,-37,-36, 19,-48,-41,-30, 33,  3, -8,  7,-30,-21,-55,-46;
/M: SY='A';  M= 68,-43,-27, 57,-54,-33,-38,-47,-28,-46,-40,-35,-38,-14,-13,-13,-30,-35,-53,-47;
/M: SY='V';  M=-30,-43,-59,-54,-28,-61,-61, 44,-51,-13,-16,-53,-53,-52,-53,-43,-27, 83,-60,-36;
/M: SY='A';  M= 45,-45, -3,  8,-53, -7,-35,-46, 43,-48,-40, 33,-41, 17,-24,-15,  0,-24,-54,-44;
/M: SY='K';  M=-15,  9,-30, 33,-46,-47,-35,  2, 60,-13, 23,-12,-40, 19, -8,-32,  9,-26,-51,-40;
/M: SY='L';  M=-42,-44,-60,-52,-16,-61,-43, -7,-53, 81, 16,-59,-59,-46,-50,-53,-38,-15,-46,-28;
/M: SY='L';  M=-41,-46,-49,-41,-23,-55,-40,-15, 33, 69,-11, -7,-54,-37,-33,-31,-36,-17,-48,-32;
/M: SY='A';  M= 42,-46, 25, 36,-53,-35,-35,-31, 21,-47,-41,-24,-39, 20,-29, 31,-15,-27,-55,-44;
/M: SY='L';  M=-12,-46,-54,-46,-21,-35,-40,-14,-20, 70, 10,-51,-56,-39, 19,-46,-38,-20,-46,-13;
/M: SY='K';  M=-38,-52,-29,  3,-54,-45,-33,-55, 96,-53,-41,-23,-38,-15,  0,-32,-33,-50,-48,-41;
/M: SY='K';  M= 46,-44,-35, -8,-46,-31,-18,-38, 47,-10, 14, 18,-43,-13,  8,-26, -9,-13,-52,-41;
/M: SY='Q';  M=-13,-51, 17, 39,-41,-42,  1,-37, 14,-17,-36,  4,-40, 67,-25, 10,  7,-20,-54,-39;
/M: SY='Y';  M=-32,-50,-52,-49, 29,-56,-28,-19,-18, 50,-15,-51,-58,-41,-42,-46,-39,-16,-21, 86;
/M: SY='K';  M= 16,-19,-16, 30,-54, 17,-36,-53, 68,-41,-42,-27,-39, -5,-15, -3,-32,-46,-50,-44;
/M: SY='E';  M= 27,-47, 23, 31,-51, 15, 22,-47,  2,-21,-40,-16,-22, -2,-11, 14, 12,-36,-56,-42;
/M: SY='V';  M= 33,-44, 13,-34,-38,-15,-43,-12, 29, 17, 14,-37,-46,-35,-27,-32,-14, 33,-54,-39;
/M: SY='T';  M=-10,-45, -1, 53,-48,-14,-36,-32,-10,-42, 13,-26,-35,-10,-34,  5, 66,-29,-58,-43;
/M: SY='G';  M=-22,-51,-36, 10,-48, 73,-42,-19,  0,  1,-38,-20,-43,-14,-25, -7,-39,-44,-50,-46;
/M: SY='K';  M=  6,-49,-29, 28,-53, -8,-34,-38, 44,-48,-40,-10, -7, 37, 16, 22, -2,-16,-52,-42;
/M: SY='D';  M=-27,-52, 64, 30,-47,-34, -2,-42,-30, 13,-37,-25, 24, 11,-21, 14, -4,-42,-60,-41;
/M: SY='Y';  M=  4,-53,-42,-28,  8,-15,  4,-31, 12,-28,-32,-25, -1, 26, -7,-23,-11,-12, 65, 74;
/M: SY='K';  M=  6,-50, -8, -2, 10,-43,-38,-35, 61,-17,-37,-32, 46,-15,-18, -9, -6,-23, -9,-37;
/M: SY='P';  M= 38,-50,-41,-19,-18,-24,-43,-21, 26,-43,-37,-39, 73,-25,-19,-19,-20,  6,-51,-28;
/M: SY='P';  M= -3,-51, 28,-13,-32, 44,-43,-15,-28,-10,-37, -9, 53,-39,-46,-16,-34, 12,-55,-46;
/M: SY='C';  M= 22, 38,  8,-31,-49, 12,-30,-42, 17,-29,-24,  8,  4, 10,-34, 29, 12,-11,-57,-44;
/M: SY='P';  M= 28,  3,-39,-35,-46, -8,-42, -1,  2,-13,-34, -7, 49, -1,-21, 18, 23,-11,-54,-44;
/M: SY='P';  M= 17,-50,-39,-32,  8,-25,-41,-40, 23,-45,-39,-20, 76,-18,-10, 10,  7, -9,-50,-41;
/I:         E1=0; IE=-255; DE=-255;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	43 in 32 different sequences
Number of true positive hits	43 in 32 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	window20
Author [info]	V_Lesaux
Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	6
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	WHEP-TRS
Version [info]	6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

32 sequences

GARS_BOMMO  (Q04451), GARS_CAEEL  (Q10039), GARS_DROME  (Q9VUK8),

GARS_HUMAN  (P41250), GARS_MOUSE  (Q9CZD3), GARS_PONAB  (Q5RBL1), 
GARS_RAT(Q5I0G4), HARS1_BOVIN (Q2KI84), HARS1_DANRE (E9QI36), 
HARS1_HUMAN (P12081), HARS1_MESAU (P07178), HARS1_MOUSE (Q61035), 
HARS1_PONAB (Q5R4R2), SYEP_CRIGR  (Q7SIA2), SYEP_DROME  (P28668), 
SYEP_HUMAN  (P07814), SYEP_MOUSE  (Q8CGC7), SYGM1_ARATH (O23627), 
SYH_SCHPO   (O43011), SYMC_BOVIN  (Q2T9L8), SYMC_HUMAN  (P56192), 
SYMC_MOUSE  (Q68FL6), SYMC_XENLA  (Q6PF21), SYNC1_ARATH (Q9SW96), 
SYNC3_ARATH (Q9SSK1), SYWC_BOVIN  (P17248), SYWC_DANRE  (Q6PBS3), 
SYWC_HUMAN  (P23381), SYWC_MOUSE  (P32921), SYWC_PONAB  (Q5R4J1), 
SYWC_RABIT  (P23612), SYWC_RAT(Q6P7B0)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

28 PDB

1D2D; 1FYJ; 1R1B; 1R6T; 1X59; 2AZX; 2DJV; 2LW7; 2PME; 2PMF; 2Q5H; 2Q5I; 2QUH; 2QUI; 2QUJ; 2QUK; 2ZT5; 2ZT6; 2ZT7; 2ZT8; 2ZXF; 4G85; 4KQE; 4PHC; 4X5O; 5E6M; 5UJJ; 6O76
» more