Entry: PS51262

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] COS
Accession [info] PS51262
Entry type [info] MATRIX
Date [info] NOV-2006 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51262
Associated ProRule [info] PRU00586

Name and characterization of the entry

Description [info] COS domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=59;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=54;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.9286619; R2=0.0150344; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2693.76119; R2=16.05821; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=504; N_SCORE=8.5; H_SCORE=9711; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=371; N_SCORE=6.5; H_SCORE=8651; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-5; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='L'; M=  0,-13, -9,-17,-13,  6,-18, -7, 22,-10, 29, 25,-13,-31,-16,-16,-16,  1, 13,-26, 12,-13;
/M: SY='E'; M=  1,  8,-19, 17, 25,-26,-13,-14,-21, 20,-13,  0, -1,  3,  7, -1, -1,-11,-19,-21,-13, 17;
/M: SY='E'; M=  3,  2, -2, 11, 40,-35,-17, -4,-26, 13,-12, -9, -5,  3, 24,  1, -1,-14,-25,-16,-19, 36;
/M: SY='P'; M= -3, -2,-25, -6, -4,-25, -6,  5,-15,  0,-19,-15,  6, 32, -2,-11,  1,  8,-22,-39,-20, -6;
/M: SY='D'; M= -1, 18,-25, 32,  7,-28,  2, -9,-25, -1,-11,-19,  4, -8, -4,-10,  1,-11,-21,-23,-13,  2;
/M: SY='H'; M=  3,-14,-28,-14, -3,-19,-12,  7, -6,  3, -5,  4,-11,  5,  3, -3, -4,  3,-10,-23, -7, -3;
/M: SY='A'; M= 19, -5,-24, -5, -1,-18, -7,-14,  0, -1,-10, -4, -5,  2,  0,-13, 10, 11,  3,-39,-25, -3;
/M: SY='A'; M=  9, -5,  4, -3, -1,-16,-13,-22, -1, -8, -1, -1, -8,-17, -5, -9, -3, -1,  4,-30,-19, -2;
/M: SY='F'; M=-22,-29,-33,-43,-34, 82,-29,-24, -3, -9, 18,-20,-15,-27,-26, -9,-11,-17,  6, 12, 33,-35;
/M: SY='L'; M= -3,-11, -7,-13,-13, 10,-19,-11, 20,-15, 28, 16,-14,-28,-18,-18,-12,  6, 14,-25, 17,-13;
/M: SY='Q'; M=  7,-11,-19,-12,  9,-22,-20, -5,-11, -3,-13, -6,-10, -6, 56, 23, -9,  2,-17,-14, -6, 25;
/M: SY='A'; M= 13, -5,-21,-10, -8,-10,-12,-17,  9, -5, -2,  3, -1,-14,  2,-11,  5, 13,  9,-35,-13, -6;
/M: SY='A'; M= 23, -3,-28, -3, -3,-16,  0, -7, -2, -3,-12, -1, -2,-11, -1,-11, 16,  9,  2,-39,-27, -6;
/M: SY='K'; M= -1,  3,-25,  3, 10,-15,-10,-14,-20, 22,-20,  4,  5,  6,  7, 14,  0, -7,-20,-25,-14,  6;
/M: SY='Q'; M=  9,  1,-16, -1, 10,-22,-12, -7, -7,  2,-10, -4,  4, -7, 14, -4,  2,  2,-10,-30,-19, 10;
/M: SY='L'; M= -4,-11, -7,-15,-15, 11,-18,-14, 25,-18, 28, 13,-13,-27,-19,-21,-11,  5, 17,-25, 16,-15;
/M: SY='I'; M=  1,-11,-18,-19,-16, -1,-16,-10, 25,-13, 15, 11, -6,-20,-13,-21, -6,  8, 18,-32,  1,-15;
/M: SY='D'; M=  1, 16,-16, 19, 14,-25,-12, -1,-15,  5, -9, -3, 14, -8,  1,-10, -2, -6,-17,-37,-17,  9;
/M: SY='R'; M= -4,-11,-21, -7,  2,-13,-11,-11,-21, 11,-16,  1,-12, -5, 22, 40, -6,-17,-15, -7, -5,  7;
/M: SY='I'; M=  6,-17,-21,-25,-22, -3,-16,-18, 34,-13,  8,  4, -8,-20,-18,-19, -4,  8, 29,-32, -6,-23;
/M: SY='A'; M= 10, -3,-23, -5, -1,-18, -5,-17, -9,  4,-11, -1, -1, -4,  4, -5, 10, 10, -5,-28,-16,  0;
/M: SY='D'; M=  4,  8, -8, 15,  2,-22,-14,-15,-12,  2, -4,  1,  3,-16, -5, -5, -1, -1, -7,-33,-16, -2;
/M: SY='A'; M= 19,  1,-22, -5, -8,-14, -2,-16,  2, -4, -2,  7,  5,-13, -1,-16,  7, 14,  4,-41,-22, -6;
/M: SY='S'; M= 10, -1,-18,  0,  7,-23,-10,-10, -9,  1,-12,-10, -3,  2,  8,-10, 13, 11, -9,-31,-19,  5;
/M: SY='K'; M=  4, -6,-23, -7,  9,-11, -8,-13,-16, 15,-13,  5, -3, -5, 13, 12, -3,-10,-15,-17,-13,  9;
/M: SY='T'; M=  9, -1,-13, -4, -7,-11,-10,-18, -4, -7, -4, -5,  1,-13,  3,-12,  6, 12, -2,-32,-15, -4;
/M: SY='W'; M=-12,-14,-10,-10, -4, -2, -7,-23,-15, -8, -8,-15,-21,-18, -8, -5,  2, -8,-12, 30,  6, -7;
/M: SY='H'; M= -4, -5,-23, -9, -3,-12,-20, 19, -3, -9, -2,  2,  1,-11,  5, -8, -4,  3, -7,-31,  0,  0;
/M: SY='I'; M=  3, -7,-21,-10, -9, -7, -3,-18,  4, -4, -1,  1, -6,-14, -5, -6,  1,  4,  2,-22, -6, -9;
/M: SY='E'; M= -5, -9,-14, -6, 15,-19, -7,  2,-18,  3, -8, -7,-13,  4, 12,  3, -6,-16,-21,-10, -8, 15;
/M: SY='R'; M=  0, -1,-22,  3, -4,-13,-15,-13,-10,  7, -7,  6, -1,-14,  3, 17, -5, -8, -4,-25, -7, -4;
/M: SY='P'; M= -2,-12,-19, -8,  0,-20,-15, -5,-12,  1, -8,-11,-17, 33,  2, -3, -5,  4,-12,-28, -8, -1;
/M: SY='E'; M=  3, -1,-11,  3, 24,-30,-15, -5,-17,  9,-12, -9, -3, 13, 17, -7, -1, -4,-20,-24,-18, 22;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='P'; M= -6,-11,-21,-11, -1, -7,-15,  3,-10,  2, -8, -6,-11, 19, -1,  1, -8, -5,-13,-21, -3, -3; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='G'; M=  3, -3,-27, -4,-10,-19, 21,-23, -4, -4, -9, -8, -5,-13,-11, -8, -1, -7, -7,-12,-14,-10;
/M: SY='Y'; M=-13,-14,-33,-14,-15, 20,-18,-12, -2, -5, 10, -7,-11,-19,-13, -9,  0,  2,  4, -1, 26,-17;
/M: SY='E'; M=  1,  4,-13, 17, 30,-37,-16,  6,-28,  8,-14,-15, -8, 15, 15, -5,  0,-10,-26,-24,-17, 24;
/M: SY='N'; M=  3, 10,-16,  6,  5,-16, -7,-12,-10,  6,-15, -7, 16,-10, -4, -8, 14,  6,-13,-35,-20,  0;
/M: SY='M'; M=  2,-21,-20,-32,-14,  8,-22,  2, 10,  8, 17, 31, -4,-36,-14, -6,-15, -5,  6,-20, -1,-15;
/M: SY='D'; M=  2, 33,-26, 53,  2,-28, -9,-18,-27,  0,-10,-21, 14,-15, -8, -7,  2, -6,-15,-38,-13, -5;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='H'; M=-12,-15,-33,-14, -2,-12,-23, 64,-10,-12, -3,  7,-10,  0,  0, -7, -7, -9,-13,-26,  6, -1; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='F'; M=-16,-23,-13,-33,-26, 54,-27,-20,  6,-12, 24, -3,-15,-35,-24,-11,-14,-11, 11, -1, 26,-26;
/M: SY='T'; M=  6, -1,-21, -4,-10,-20,-15,-12, -5, -2, -6, -1,  6, -2,  4, -7,  6, 18, -1,-38,-13, -6;
/M: SY='I'; M=  2,-15,-13,-18,-20, 10,-21,-20, 33,-19, 22, 10,-15,-32,-22,-17,-13,  4, 30,-27, 11,-20;
/M: SY='D'; M=  3, 36,-27, 59,  3,-36,-10,-14,-25, -2,-10,-19, 16,-14,-10,-11,  1, -4,-13,-44,-15, -4;
/M: SY='F'; M= -1,-11,-23,-19,-25, 25,-23,-24,  5,-11,  8, -8, -3,-22,-17,-18,  3, 14, 14,-24,  8,-23;
/M: SY='E'; M=  7,  4,-10,  7, 24,-26, -8,-11,-16, 11,-12, -6,  0, -3,  4, -9,  5, -6,-15,-24,-21, 17;
/M: SY='H'; M= -2, -2,-27,  4,  8,-30,-10, 23,-22,  0,-16, -6, -4, 10, 10,  3, -4,-12,-23,-30,-15,  7;
/M: SY='E'; M=  0, -9, -7, -7, 11,-10,-21, -1,  3, -5,  9,  5,-14,-14,  0,-11, -9, -5,  0,-22,  1,  9;
/M: SY='A'; M= 13, -2,-20,  3,  9,-21, -8,-11,-13,  6,-10,  2, -5, -8, 12,  5,  2, -4, -8,-27,-20,  9;
/M: SY='R'; M=  3, -4,-23, -2,  1,-15,-13, -9,-15,  7,-11,  1, -2,-10, 13, 14,  1, -2,-10,-20, -7,  3;
/M: SY='A'; M= 19, -8,-20, -9, -3,-14,-12,-11,  3,  1,  2, 16, -5,-18,  1, -5, -1,  6,  8,-36,-17, -3;
/M: SY='L'; M= -7,-13, -6,-19,-16, 14,-17,-13, 33,-20, 34, 17,-14,-30,-20,-23,-17,  0, 19,-23, 17,-16;
/M: SY='Q'; M=  0, -9,-24, -4,  7,-23,-20, 12,-18,  2, -9,  1,-10, -5, 26, 16, -6, -6,-15,-18, -4, 13;
/M: SY='Q'; M=  6,  2,-10, -3,  7,-21,-13, -3,-13,  3,-13,  1,  9, -6, 11, -2,  3,  2,-13,-35,-23,  8;
/M: SY='L'; M= -5,-12, -8,-17,-16, 11,-13,-13, 27,-18, 30, 16,-14,-30,-20,-20,-16, -1, 15,-21, 16,-16;
/M: SY='D'; M=  0, 33,-28, 49,  2,-27,-10,-10,-25,  1,-10,-16, 19,-13, -9,-10, -1, -6,-17,-42,-14, -4;
/M: SY='F'; M=-20,-29,-31,-43,-32, 78,-27,-23, -4, -7, 14,-22,-14,-19,-25,-10,-10,-17,  3,  7, 26,-34;
/M: SY='I'; M= -1,-11, -9,-18,-13, -1, -3,-17,  7,-10,  7,  3, -7,-21, -8,-10, -5, -2,  2,-19, -6,-12;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 35 in 35 different sequences
Number of true positive hits 35 in 35 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] COS
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
35 sequences

FSD1L_HUMAN (Q9BXM9), FSD1L_MOUSE (Q8BYN5), FSD1_BOVIN  (Q05B84), 
FSD1_DANRE  (Q1LY10), FSD1_HUMAN  (Q9BTV5), FSD1_MACFA  (Q4R539), 
FSD1_MOUSE  (Q7TPM6), TRI18_HUMAN (O15344), TRI18_MOUSE (O70583), 
TRI18_MUSSP (P82457), TRI18_RAT   (P82458), TRI36_HUMAN (Q9NQ86), 
TRI36_MOUSE (Q80WG7), TRI42_HUMAN (Q8IWZ5), TRI42_MOUSE (Q9D2H5), 
TRI46_HUMAN (Q7Z4K8), TRI46_MOUSE (Q7TNM2), TRI54_BOVIN (Q58D15), 
TRI54_HUMAN (Q9BYV2), TRI54_MOUSE (Q9ERP3), TRI54_PONAB (Q5REJ9), 
TRI54_RAT   (Q5XIH6), TRI55_HUMAN (Q9BYV6), TRI55_RAT   (Q5PQN5), 
TRI63_HUMAN (Q969Q1), TRI63_MOUSE (Q38HM4), TRI63_RAT   (Q91Z63), 
TRI67_HUMAN (Q6ZTA4), TRI67_MOUSE (Q505D9), TRIM1_HUMAN (Q9UJV3), 
TRIM1_MOUSE (Q9QUS6), TRIM9_BOVIN (Q29RQ5), TRIM9_HUMAN (Q9C026), 
TRIM9_MOUSE (Q8C7M3), TRIM9_RAT   (Q91ZY8)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission