Entry: PS51262

General information about the entry

Entry name [info] COS
Accession [info] PS51262
Entry type [info] MATRIX
Date [info] NOV-2006 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAY-2015 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51262
Associated ProRule [info] PRU00586

Name and characterization of the entry

Description [info] COS domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=59;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=54;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.9286619; R2=0.0150344; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2693.76119; R2=16.05821; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=504; N_SCORE=8.5; H_SCORE=9711; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=371; N_SCORE=6.5; H_SCORE=8651; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-5; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='L'; M=  0,-13, -9,-17,-13,  6,-18, -7, 22,-10, 29, 25,-13,-31,-16,-16,-16,  1, 13,-26, 12,-13;
/M: SY='E'; M=  1,  8,-19, 17, 25,-26,-13,-14,-21, 20,-13,  0, -1,  3,  7, -1, -1,-11,-19,-21,-13, 17;
/M: SY='E'; M=  3,  2, -2, 11, 40,-35,-17, -4,-26, 13,-12, -9, -5,  3, 24,  1, -1,-14,-25,-16,-19, 36;
/M: SY='P'; M= -3, -2,-25, -6, -4,-25, -6,  5,-15,  0,-19,-15,  6, 32, -2,-11,  1,  8,-22,-39,-20, -6;
/M: SY='D'; M= -1, 18,-25, 32,  7,-28,  2, -9,-25, -1,-11,-19,  4, -8, -4,-10,  1,-11,-21,-23,-13,  2;
/M: SY='H'; M=  3,-14,-28,-14, -3,-19,-12,  7, -6,  3, -5,  4,-11,  5,  3, -3, -4,  3,-10,-23, -7, -3;
/M: SY='A'; M= 19, -5,-24, -5, -1,-18, -7,-14,  0, -1,-10, -4, -5,  2,  0,-13, 10, 11,  3,-39,-25, -3;
/M: SY='A'; M=  9, -5,  4, -3, -1,-16,-13,-22, -1, -8, -1, -1, -8,-17, -5, -9, -3, -1,  4,-30,-19, -2;
/M: SY='F'; M=-22,-29,-33,-43,-34, 82,-29,-24, -3, -9, 18,-20,-15,-27,-26, -9,-11,-17,  6, 12, 33,-35;
/M: SY='L'; M= -3,-11, -7,-13,-13, 10,-19,-11, 20,-15, 28, 16,-14,-28,-18,-18,-12,  6, 14,-25, 17,-13;
/M: SY='Q'; M=  7,-11,-19,-12,  9,-22,-20, -5,-11, -3,-13, -6,-10, -6, 56, 23, -9,  2,-17,-14, -6, 25;
/M: SY='A'; M= 13, -5,-21,-10, -8,-10,-12,-17,  9, -5, -2,  3, -1,-14,  2,-11,  5, 13,  9,-35,-13, -6;
/M: SY='A'; M= 23, -3,-28, -3, -3,-16,  0, -7, -2, -3,-12, -1, -2,-11, -1,-11, 16,  9,  2,-39,-27, -6;
/M: SY='K'; M= -1,  3,-25,  3, 10,-15,-10,-14,-20, 22,-20,  4,  5,  6,  7, 14,  0, -7,-20,-25,-14,  6;
/M: SY='Q'; M=  9,  1,-16, -1, 10,-22,-12, -7, -7,  2,-10, -4,  4, -7, 14, -4,  2,  2,-10,-30,-19, 10;
/M: SY='L'; M= -4,-11, -7,-15,-15, 11,-18,-14, 25,-18, 28, 13,-13,-27,-19,-21,-11,  5, 17,-25, 16,-15;
/M: SY='I'; M=  1,-11,-18,-19,-16, -1,-16,-10, 25,-13, 15, 11, -6,-20,-13,-21, -6,  8, 18,-32,  1,-15;
/M: SY='D'; M=  1, 16,-16, 19, 14,-25,-12, -1,-15,  5, -9, -3, 14, -8,  1,-10, -2, -6,-17,-37,-17,  9;
/M: SY='R'; M= -4,-11,-21, -7,  2,-13,-11,-11,-21, 11,-16,  1,-12, -5, 22, 40, -6,-17,-15, -7, -5,  7;
/M: SY='I'; M=  6,-17,-21,-25,-22, -3,-16,-18, 34,-13,  8,  4, -8,-20,-18,-19, -4,  8, 29,-32, -6,-23;
/M: SY='A'; M= 10, -3,-23, -5, -1,-18, -5,-17, -9,  4,-11, -1, -1, -4,  4, -5, 10, 10, -5,-28,-16,  0;
/M: SY='D'; M=  4,  8, -8, 15,  2,-22,-14,-15,-12,  2, -4,  1,  3,-16, -5, -5, -1, -1, -7,-33,-16, -2;
/M: SY='A'; M= 19,  1,-22, -5, -8,-14, -2,-16,  2, -4, -2,  7,  5,-13, -1,-16,  7, 14,  4,-41,-22, -6;
/M: SY='S'; M= 10, -1,-18,  0,  7,-23,-10,-10, -9,  1,-12,-10, -3,  2,  8,-10, 13, 11, -9,-31,-19,  5;
/M: SY='K'; M=  4, -6,-23, -7,  9,-11, -8,-13,-16, 15,-13,  5, -3, -5, 13, 12, -3,-10,-15,-17,-13,  9;
/M: SY='T'; M=  9, -1,-13, -4, -7,-11,-10,-18, -4, -7, -4, -5,  1,-13,  3,-12,  6, 12, -2,-32,-15, -4;
/M: SY='W'; M=-12,-14,-10,-10, -4, -2, -7,-23,-15, -8, -8,-15,-21,-18, -8, -5,  2, -8,-12, 30,  6, -7;
/M: SY='H'; M= -4, -5,-23, -9, -3,-12,-20, 19, -3, -9, -2,  2,  1,-11,  5, -8, -4,  3, -7,-31,  0,  0;
/M: SY='I'; M=  3, -7,-21,-10, -9, -7, -3,-18,  4, -4, -1,  1, -6,-14, -5, -6,  1,  4,  2,-22, -6, -9;
/M: SY='E'; M= -5, -9,-14, -6, 15,-19, -7,  2,-18,  3, -8, -7,-13,  4, 12,  3, -6,-16,-21,-10, -8, 15;
/M: SY='R'; M=  0, -1,-22,  3, -4,-13,-15,-13,-10,  7, -7,  6, -1,-14,  3, 17, -5, -8, -4,-25, -7, -4;
/M: SY='P'; M= -2,-12,-19, -8,  0,-20,-15, -5,-12,  1, -8,-11,-17, 33,  2, -3, -5,  4,-12,-28, -8, -1;
/M: SY='E'; M=  3, -1,-11,  3, 24,-30,-15, -5,-17,  9,-12, -9, -3, 13, 17, -7, -1, -4,-20,-24,-18, 22;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='P'; M= -6,-11,-21,-11, -1, -7,-15,  3,-10,  2, -8, -6,-11, 19, -1,  1, -8, -5,-13,-21, -3, -3; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='G'; M=  3, -3,-27, -4,-10,-19, 21,-23, -4, -4, -9, -8, -5,-13,-11, -8, -1, -7, -7,-12,-14,-10;
/M: SY='Y'; M=-13,-14,-33,-14,-15, 20,-18,-12, -2, -5, 10, -7,-11,-19,-13, -9,  0,  2,  4, -1, 26,-17;
/M: SY='E'; M=  1,  4,-13, 17, 30,-37,-16,  6,-28,  8,-14,-15, -8, 15, 15, -5,  0,-10,-26,-24,-17, 24;
/M: SY='N'; M=  3, 10,-16,  6,  5,-16, -7,-12,-10,  6,-15, -7, 16,-10, -4, -8, 14,  6,-13,-35,-20,  0;
/M: SY='M'; M=  2,-21,-20,-32,-14,  8,-22,  2, 10,  8, 17, 31, -4,-36,-14, -6,-15, -5,  6,-20, -1,-15;
/M: SY='D'; M=  2, 33,-26, 53,  2,-28, -9,-18,-27,  0,-10,-21, 14,-15, -8, -7,  2, -6,-15,-38,-13, -5;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='H'; M=-12,-15,-33,-14, -2,-12,-23, 64,-10,-12, -3,  7,-10,  0,  0, -7, -7, -9,-13,-26,  6, -1; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='F'; M=-16,-23,-13,-33,-26, 54,-27,-20,  6,-12, 24, -3,-15,-35,-24,-11,-14,-11, 11, -1, 26,-26;
/M: SY='T'; M=  6, -1,-21, -4,-10,-20,-15,-12, -5, -2, -6, -1,  6, -2,  4, -7,  6, 18, -1,-38,-13, -6;
/M: SY='I'; M=  2,-15,-13,-18,-20, 10,-21,-20, 33,-19, 22, 10,-15,-32,-22,-17,-13,  4, 30,-27, 11,-20;
/M: SY='D'; M=  3, 36,-27, 59,  3,-36,-10,-14,-25, -2,-10,-19, 16,-14,-10,-11,  1, -4,-13,-44,-15, -4;
/M: SY='F'; M= -1,-11,-23,-19,-25, 25,-23,-24,  5,-11,  8, -8, -3,-22,-17,-18,  3, 14, 14,-24,  8,-23;
/M: SY='E'; M=  7,  4,-10,  7, 24,-26, -8,-11,-16, 11,-12, -6,  0, -3,  4, -9,  5, -6,-15,-24,-21, 17;
/M: SY='H'; M= -2, -2,-27,  4,  8,-30,-10, 23,-22,  0,-16, -6, -4, 10, 10,  3, -4,-12,-23,-30,-15,  7;
/M: SY='E'; M=  0, -9, -7, -7, 11,-10,-21, -1,  3, -5,  9,  5,-14,-14,  0,-11, -9, -5,  0,-22,  1,  9;
/M: SY='A'; M= 13, -2,-20,  3,  9,-21, -8,-11,-13,  6,-10,  2, -5, -8, 12,  5,  2, -4, -8,-27,-20,  9;
/M: SY='R'; M=  3, -4,-23, -2,  1,-15,-13, -9,-15,  7,-11,  1, -2,-10, 13, 14,  1, -2,-10,-20, -7,  3;
/M: SY='A'; M= 19, -8,-20, -9, -3,-14,-12,-11,  3,  1,  2, 16, -5,-18,  1, -5, -1,  6,  8,-36,-17, -3;
/M: SY='L'; M= -7,-13, -6,-19,-16, 14,-17,-13, 33,-20, 34, 17,-14,-30,-20,-23,-17,  0, 19,-23, 17,-16;
/M: SY='Q'; M=  0, -9,-24, -4,  7,-23,-20, 12,-18,  2, -9,  1,-10, -5, 26, 16, -6, -6,-15,-18, -4, 13;
/M: SY='Q'; M=  6,  2,-10, -3,  7,-21,-13, -3,-13,  3,-13,  1,  9, -6, 11, -2,  3,  2,-13,-35,-23,  8;
/M: SY='L'; M= -5,-12, -8,-17,-16, 11,-13,-13, 27,-18, 30, 16,-14,-30,-20,-20,-16, -1, 15,-21, 16,-16;
/M: SY='D'; M=  0, 33,-28, 49,  2,-27,-10,-10,-25,  1,-10,-16, 19,-13, -9,-10, -1, -6,-17,-42,-14, -4;
/M: SY='F'; M=-20,-29,-31,-43,-32, 78,-27,-23, -4, -7, 14,-22,-14,-19,-25,-10,-10,-17,  3,  7, 26,-34;
/M: SY='I'; M= -1,-11, -9,-18,-13, -1, -3,-17,  7,-10,  7,  3, -7,-21, -8,-10, -5, -2,  2,-19, -6,-12;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_07 which contains 548'872 sequence entries.


Total number of hits 35 in 35 different sequences
Number of true positive hits 35 in 35 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] COS
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
35 sequences

FSD1L_HUMAN (Q9BXM9), FSD1L_MOUSE (Q8BYN5), FSD1_BOVIN  (Q05B84), 
FSD1_DANRE  (Q1LY10), FSD1_HUMAN  (Q9BTV5), FSD1_MACFA  (Q4R539), 
FSD1_MOUSE  (Q7TPM6), TRI18_HUMAN (O15344), TRI18_MOUSE (O70583), 
TRI18_MUSSP (P82457), TRI18_RAT   (P82458), TRI36_HUMAN (Q9NQ86), 
TRI36_MOUSE (Q80WG7), TRI42_HUMAN (Q8IWZ5), TRI42_MOUSE (Q9D2H5), 
TRI46_HUMAN (Q7Z4K8), TRI46_MOUSE (Q7TNM2), TRI54_BOVIN (Q58D15), 
TRI54_HUMAN (Q9BYV2), TRI54_MOUSE (Q9ERP3), TRI54_PONAB (Q5REJ9), 
TRI54_RAT   (Q5XIH6), TRI55_HUMAN (Q9BYV6), TRI55_RAT   (Q5PQN5), 
TRI63_HUMAN (Q969Q1), TRI63_MOUSE (Q38HM4), TRI63_RAT   (Q91Z63), 
TRI67_HUMAN (Q6ZTA4), TRI67_MOUSE (Q505D9), TRIM1_HUMAN (Q9UJV3), 
TRIM1_MOUSE (Q9QUS6), TRIM9_BOVIN (Q29RQ5), TRIM9_HUMAN (Q9C026), 
TRIM9_MOUSE (Q8C7M3), TRIM9_RAT   (Q91ZY8)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission